# $Id$
set -xv

CONF=ZAGRIF
# Variables changed by lance_batch.ksh script
RUN=xxx
NB_PROCS=xxx
LAUNCH=xxx
LEXE=xxx
CPERF=xxx
D_INPUT=xxx
D_GET=xxx
REF_TAG=xxx
MYO_EXP=xxx
TSYMB=xxx

# Variables changed by ins_valid.ksh script
MAINDIR=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE
WORK=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE/modipsl/config/
REF_OD=/u/rech/eee/reee831/NEMO_VALIDATION

# Arguments
# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
type=$1

case ${type} in
        'long' ) 
             DIROUT='LONG'
             ITERATIONS=210
             NOUTPUT=75 ;;
              
        '1_short' ) 
             DIROUT='1_SHORT'
             ITERATIONS=105
             NOUTPUT=75 ;;
              
        '2_short' ) 
             DIROUT='2_SHORT'
             ITERATIONS=105
             NOUTPUT=75 ;;

        'gtime' ) 
             DIROUT='GTIME'
             ITERATIONS=5475
             NOUTPUT=75 ;;
esac

# Working directory
cd ${TMPDIR}

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##############################################################
##############################################################
###             Input files
##############################################################
##############################################################
##############################################################
# Local function to copy namelists files
get_namelist () {
    if [ -a $1/$2_$3 ] ; then
        cp $1/$2_$3 $4
    else
        echo '                ###############################################################'
        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
        echo '                ###############################################################'
        echo "              $2_$3 file doesn't exist, we use the standard $2"
        echo '                ###############################################################'
        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
        echo '                ###############################################################'
        cp $1/$2 $4
    fi
}

# Local function to find namelists parameters
supergrep () {
    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
}

# Ocean namelist
LOC_NAM=${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00
get_namelist ${LOC_NAM} namelist ${MYO_EXP} namelist
get_namelist ${LOC_NAM} 1_namelist ${MYO_EXP} 1_namelist

# Sea-Ice namelist
get_namelist ${LOC_NAM} namelist_ice_lim2 ${MYO_EXP} namelist_ice
get_namelist ${LOC_NAM} 1_namelist_ice_lim2 ${MYO_EXP} 1_namelist_ice

# AGRIF file
cp ${LOC_NAM}/AGRIF_FixedGrids.in AGRIF_FixedGrids.in

# Local function to find namelists parameters
supergrep () {
    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
}

for CHGFILE in `ls *namelist`
do
     # namelist modifications
     PAT_NIT000=$( supergrep nit000             ${CHGFILE} )
     PAT_NITEND=$( supergrep nitend             ${CHGFILE} )
     PAT_NSTOCK=$( supergrep nstock             ${CHGFILE} )
     PAT_NWRITE=$( supergrep nwrite             ${CHGFILE} )
     PAT_NRSTDT=$( supergrep nrstdt             ${CHGFILE} )
     PAT_NBITCM=$( supergrep nbit_cmp           ${CHGFILE} )
     PAT_TRACEN=$( supergrep ln_traadv_cen2     ${CHGFILE} )
     PAT_TRATVD=$( supergrep ln_traadv_tvd      ${CHGFILE} )
     PAT_N_CLAA=$( supergrep n_cla              ${CHGFILE} )
     PAT_NSOLVV=$( supergrep nsolv              ${CHGFILE} )
     PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          ${CHGFILE} )
     PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  ${CHGFILE} )
     PAT_NAMECF=$( supergrep cexper             ${CHGFILE} )

    if [ ${CHGFILE} = 'namelist' ] ; then
        ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS   ))
        ORCA_NSTOCK=$(( $NOUTPUT   ))
        PAT_NAMECF_tmp="   cexper     =     \"${CONF}\""
    else
        ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
        ORCA_NSTOCK=$(( $NOUTPUT*2   ))
        PAT_NAMECF_tmp="$PAT_NAMECF"
    fi

     sed -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .false.%"           \
         -e "s%$PAT_NAMECF%$PAT_NAMECF_tmp%"                     \
         -e "s%$PAT_NIT000%   nit000     =     1   %"            \
         -e "s%$PAT_NITEND%   nitend     =     ${ORCA_NITEND} %" \
         -e "s%$PAT_NSTOCK%   nstock     =     ${ORCA_NITEND} %" \
         -e "s%$PAT_NWRITE%   nwrite     =     ${ORCA_NSTOCK} %" \
         -e "s%$PAT_NRSTDT%   nrstdt     =     0   %"            \
         -e "s%$PAT_NBITCM%   nbit_cmp =     1%"                 \
         -e "s%$PAT_TRACEN%   ln_traadv_cen2   =  .false.%"      \
         -e "s%$PAT_TRATVD%   ln_traadv_tvd    =  .true.%"       \
         -e "s%$PAT_N_CLAA%   n_cla   = 0%"                      \
         -e "s%$PAT_NSOLVV%   nsolv     =      2%"               \
         -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .false.%" ${CHGFILE} > nam.$$
     
     mv nam.$$ ${CHGFILE} && rm -f nam.$$
done

# Get forcing files
${D_GET} ${D_INPUT}/ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar
tar xvf ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar
rm -rf ORCA2_LIM_nemo_v3.1.tar

# Get restarts files if needed
if [ $type = '2_short' ]
then
    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/ZAGRI*_restart.nc restart.nc
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/1_*restart.nc 1_restart.nc
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/ZAGRI*restart_ice.nc restart_ice_in.nc
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/1_*restart_ice.nc 1_restart_ice_in.nc
        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_mld.nc restart_mld.nc
    fi

    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
        typeset -Z4 i=0
        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
        do
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/ZAGRI*_restart_${i}.nc restart_${i}.nc
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/1_*restart_${i}.nc 1_restart_${i}.nc
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/ZAGRI*_restart_ice_${i}.nc restart_ice_in_${i}.nc
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/1_*restart_ice_${i}.nc 1_restart_ice_in_${i}.nc
           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_mld_${i}.nc restart_mld_${i}.nc
           let i=$i+1
        done
    fi

    for CHGFILE in `ls *namelist`
    do
        # namelist modifications
        PAT_NIT000=$( supergrep nit000             ${CHGFILE} )
        PAT_NITEND=$( supergrep nitend             ${CHGFILE} )
        PAT_NRSTDT=$( supergrep nrstdt             ${CHGFILE} )
        PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          ${CHGFILE} )
        PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  ${CHGFILE} )

        if [ ${CHGFILE} = 'namelist' ] ; then
            ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
            ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2   ))
        else
            ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS*2 + 1 ))
            ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*4 ))
        fi
        
        sed -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .true.%"          \
            -e "s%$PAT_NIT000%   nit000     =     $ORCA_NIT000 %" \
            -e "s%$PAT_NITEND%   nitend     =     $ORCA_NITEND %" \
            -e "s%$PAT_NRSTDT%   nrstdt     =     2%"             \
            -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .true.%" ${CHGFILE} > nam.$$
        
        mv nam.$$ ${CHGFILE} && rm -f nam.$$
    done

fi

##############################################################
##############################################################
##############################################################
###             Launch run
##############################################################
##############################################################
##############################################################

cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP} opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
chmod 777 opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}

#
# Profiling & Executable memory size
####################################
touch memory_size.txt

case ${RUN} in
        'mon' ) 
#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt 
#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
#-T- aix6     ;;
#-T- ax6_mono echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt 
#-T- ax6_mono echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
        'mpi' ) 
#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
#-T- aix6     ;;
#-T- ax6_mono ;;
        'omp' ) 
#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
#-T- aix6     ;;
#-T- ax6_mono ;;
esac
#
# >>>>>> EXECUTION < < < <
##########################

case ${RUN} in
        'mon' | 'omp' ) 
              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
        'mpi' ) 
#-T- sx8brodie              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
#-T- aix6              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
esac

ls -l
#

##############################################################
##############################################################
##############################################################
###             Save output files
##############################################################
##############################################################
##############################################################
case ${RUN} in
	'mon' | 'omp' )
               liste_files=' *abort* memory* *namelist* perfs* solver.stat ocean.output 1_Agulhas* layout* ZAGRIF* restart* mono*' ;;
	'mpi' )
               liste_files=' *abort* *namelist* solver.stat perfs* ocean.output* layout* 1_Agulhas* ZAGRIF* restart* mpp*' ;;
esac

# Ensure that all files saved are coming from the current run
ind=1
for k in $liste_files
do
   echo $k > temp
   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
       kc='perf*'
       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/${kc}
       ind=0
   fi
   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/$k
done

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##############################################################
##############################################################
###             Retrieve some reference run files
##############################################################
##############################################################
##############################################################
if [ ${REF_TAG} ]
then
   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
   for ref_file in ${LFILES}
   do
       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/REF/${ref_file}
   done
fi

##############################################################
##############################################################
##############################################################
###             Launch restart job
##############################################################
##############################################################
##############################################################
if [ $type = '1_short' ] ; then
    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT/${MYO_EXP}
    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short_${MYO_EXP}.ksh
fi
