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2016WP/2016SharedActions (diff) – NEMO

Changes between Version 27 and Version 28 of 2016WP/2016SharedActions


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2015-11-10T16:56:41+01:00 (8 years ago)
Author:
jchanut
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    v27 v28  
    2121|| AGRIF-1 || Continue vertical grid refinement from 2015 || || Met Office || Tim Graham || 
    2222|| AGRIF-2 || AGRIF + LIM3 || || CNRS || Clément Rousset || 
     23|| AGRIF-3 || AGRIF + VVL (2 way nesting) || || Mercator Océan || Jérôme Chanut || 
    2324|| '''HPC''' || || || || || 
    2425|| HPC-1 || Suppress Global Comms (mpp_sum etc)* || || CMCC/Met Office || Silvia Mocavero/Tim Graham || 
     
    4142|| ROBUST-5 || Revisiting TOP interface || || CNRS || Christian Ethé || 
    4243|| ROBUST-6 || Continuous integration tool ('Trusting') || || CNRS || Nicolas Martin || 
    43 || ROBUST-7 ||  BDY for nested limited area models || || CMCC || Stefania Ciliberti || 
     44|| ROBUST-7 || BDY for nested limited area models || || CMCC || Stefania Ciliberti || 
     45|| ROBUST-8 || Improve split-explicit free surface || || Mercator Océan || Jérôme Chanut || 
    4446|| '''GMD Special Issue''' || || || || || 
    4547|| || || || || || 
     
    4850=== '''AGRIF''' === 
    4951==== ''' '''AGRIF-1 / Met Office - Increased vertical resolution with AGRIF ==== 
    50   '''                       Motivation:''' Vertical grid refinement in NEMO would be a useful tool in simulating some aspects of the ocean (e.g. overflows)        [[BR]]                   '''                       Status: ''' Started in 2015 but much more work to do                      [[BR]]                   '''                      Main Tasks: '''                       [[BR]]                   '''                       Science Reviewer:'''                                                               [[BR]]                                                               '''                       System Reviewer:'''                                                               [[BR]]                                                               '''                       Deadline:'''                       [[BR]]                                                               '''                       Priority:'''  Medium                     [[BR]]                                                               ''' Tim Graham                      Depends on:'''                                                               [[BR]]                                                               '''                       Principal Investigator : ''' 
     52  '''                        Motivation:'''  Vertical grid refinement in NEMO would be a useful tool in simulating some aspects of the ocean (e.g. overflows)        [[BR]]                    '''                        Status: '''  Started in 2015 but much more work to do                      [[BR]]                    '''                       Main Tasks: '''                        [[BR]]                    '''                        Science Reviewer:'''                                                                [[BR]]                                                                '''                        System Reviewer:'''                                                                [[BR]]                                                                '''                        Deadline:'''                        [[BR]]                                                                '''                        Priority:'''   Medium                     [[BR]]                                                                '''  Tim Graham                      Depends on:'''                                                                [[BR]]                                                                '''                        Principal Investigator : ''' 
     53   
     54 
     55==== AGRIF-3 / Mercator Océan - Agrif + vvl (two way nesting) ==== 
     56  '''                        Motivation:''' Enable the use of agrif with temporally varying vertical grid (e.g. with zstar or ztilde coordinates) [[BR]]                    '''                        Status: '''  Started in 2015. One way nesting is ok, two way nesting needs to be finalized.                      [[BR]]                    '''                       Main Tasks: '''                        [[BR]]                    '''                        Science Reviewer:'''                                                                [[BR]]                                                                '''                        System Reviewer:'''                                                                [[BR]]                                                                '''                        Deadline:'''                        [[BR]]                                                                '''                        Priority:''' High                     [[BR]]'''Depends on:'''                                                                [[BR]]                                                                '''                        Principal Investigator :''' Jérôme Chanut 
    5157 
    5258=== '''HPC''' === 
    5359==== ''' '''HPC-1 / CMCC/Met Office - Suppress global communications ==== 
    54 '''                 Motivation:''' Removing global communications could help improve the speed of NEMO [[BR]]               
    55 '''                 Status: ''' Not started                  [[BR]]               
    56 '''                 Main Tasks: ''' Silvia Mocavero to investigate which communications could be safely removed. Tim Graham to look at a more efficient implementation of functionality in stp_ctl.                 [[BR]]              '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Priority:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Silvia Mocavero/Tim Graham 
     60'''                 Motivation:''' Removing global communications could help improve the speed of NEMO [[BR]]               '''                 Status: ''' Not started                  [[BR]]               '''                 Main Tasks: ''' Silvia Mocavero to investigate which communications could be safely removed. Tim Graham to look at a more efficient implementation of functionality in stp_ctl.                 [[BR]]              '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Priority:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Silvia Mocavero/Tim Graham 
    5761 
    5862==== ''' '''HPC-2 / Barcelona - Gather communications ==== 
    5963'''                Motivation:''' Grouping communications (lbc_lnk) together is more efficient than several separate lbc_lnk calls. [[BR]] 
    60               '''                  Status: ''' lbc_lnk_multi in 3.6                 [[BR]]              '''                 Main Tasks: ''' Extend functionality of lbc_lnk_multi to 3D (or 4D variables). Find calls to lbc_lnk that can be replaced with lbc_lnk_multi.                 [[BR]]              '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Priority:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Miguel Castrillo 
     64 
     65  '''                   Status: '''  lbc_lnk_multi in 3.6                 [[BR]]               '''                  Main Tasks: '''  Extend functionality of lbc_lnk_multi to 3D (or 4D variables). Find calls to lbc_lnk that can be replaced with lbc_lnk_multi.                 [[BR]]               '''                   Science Reviewer:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   System Reviewer:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   Deadline:'''                   [[BR]]                                                           '''                   Priority:'''                   [[BR]]                                                           '''                   Depends on:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   Principal Investigator : '''  Miguel Castrillo 
    6166 
    6267==== ''' '''HPC-3 / Barcelona - Suppress useless communications ==== 
    6368'''                Motivation:''' Suppress unnecessary calls to lbc_lnk. 
    64  [[BR]]              '''                  Status: '''              [[BR]]              '''                 Main Tasks: ''' Use a script to search for and test impact of removing lbc_lnk calls from the model code. Determine whether communications used for diagnostic purposes can be suppressed.               [[BR]]              '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Priority:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Tim Graham 
     69 
     70  [[BR]]               '''                   Status: '''               [[BR]]               '''                  Main Tasks: '''  Use a script to search for and test impact of removing lbc_lnk calls from the model code. Determine whether communications used for diagnostic purposes can be suppressed.               [[BR]]               '''                   Science Reviewer:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   System Reviewer:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   Deadline:'''                   [[BR]]                                                           '''                   Priority:'''                   [[BR]]                                                           '''                   Depends on:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   Principal Investigator : '''  Tim Graham 
    6571 
    6672==== ''' '''HPC-4 / CMCC - Scalability with MPI-OPENMP ==== 
    6773'''                Motivation:''' Improving NEMO scalability. 
    68  [[BR]]              '''                  Status: '''   continuation of 2015 dev CMCC-1            [[BR]]              '''                 Main Tasks: ''' 1. the activity started at the end of 2013 with the analysis of three OpenMP approaches (implemented using “mini-apps”) on several multicore architectures; the second step was the implementation of the hybrid version of the GYRE configuration using the best OpenMP approach. Results in terms of scalability were not so good. Thus, the porting and the analysis of the hybrid version (using “mini-apps”) on many core architectures (e.g. Xeon Phi) is needed, before extending the hybrid OpenMP/MPI approach to the entire code, in order to justify the effort of the development. This analysis is carrying out in 2015. The extension of the hybrid implementation on the entire code will depend on the results of this analysis. 2. analysis of scalability improvement using MPI3 new communications (e.g. collective neighbours communications), instead of point to point communications              [[BR]]              '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Priority:'''   HIGH               [[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''  results of the same action in 2015             [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Silvia Mocavero 
     74 
     75  [[BR]]               '''                   Status: '''    continuation of 2015 dev CMCC-1            [[BR]]               '''                  Main Tasks: '''  1. the activity started at the end of 2013 with the analysis of three OpenMP approaches (implemented using “mini-apps”) on several multicore architectures; the second step was the implementation of the hybrid version of the GYRE configuration using the best OpenMP approach. Results in terms of scalability were not so good. Thus, the porting and the analysis of the hybrid version (using “mini-apps”) on many core architectures (e.g. Xeon Phi) is needed, before extending the hybrid OpenMP/MPI approach to the entire code, in order to justify the effort of the development. This analysis is carrying out in 2015. The extension of the hybrid implementation on the entire code will depend on the results of this analysis. 2. analysis of scalability improvement using MPI3 new communications (e.g. collective neighbours communications), instead of point to point communications              [[BR]]               '''                   Science Reviewer:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   System Reviewer:'''                                                           [[BR]]                                                           '''                   Deadline:'''                   [[BR]]                                                           '''                   Priority:'''    HIGH               [[BR]]                                                           '''                   Depends on:'''   results of the same action in 2015             [[BR]]                                                           '''                   Principal Investigator : '''  Silvia Mocavero 
     76 
    6977=== '''Configuration Manager''' === 
    7078==== ''' '''!ConfigMan-1 / MERCATOR - SIREN improvement and robustness ==== 
    71 '''                 Motivation: 
    72 - test SIREN code (working group members and maybe some external users) 
    73 - extract from NEMO the meshmask creation (Mercator-Océan) 
    74 - main program (python) to manage all SIREN codes (Mercator-Océan) 
    75 - improve documentation readibility, and add tutorial (Mercator-Océan) 
    76 ''' [[BR]]             '''                 Status: '''                 [[BR]]             '''                Main Tasks: '''                 [[BR]]             '''                 Science Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 System Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 Deadline:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Priority:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Depends on:'''                                                         [[BR]]'''                 Principal Investigator : julien PAUL''' 
     79'''                 Motivation:''' 
     80 
     81 * test SIREN code (working group members and maybe some external users) 
     82 * extract from NEMO the meshmask creation (Mercator-Océan) 
     83 * main program (python) to manage all SIREN codes (Mercator-Océan) 
     84 * improve documentation readibility, and add tutorial (Mercator-Océan) 
     85 
     86''' [[BR]]             '''                 Status: '''                 [[BR]]             '''                Main Tasks: '''                 [[BR]]             '''                 Science Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 System Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 Deadline:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Priority:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Depends on:'''                                                         [[BR]]'''                 Principal Investigator : julien PAUL 
     87 
    7788==== ''' '''!ConfigMan-2 / NERC/CMCC - BDY tool developpement and tests ==== 
    78 '''                 Motivation: 
    79 - finish last improvement of the BDY tool and add some documentation (NERC) 
    80 - test BDY tool (CMCC) 
    81 ''' [[BR]]             '''                 Status: '''                 [[BR]]             '''                Main Tasks: '''                 [[BR]]             '''                 Science Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 System Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 Deadline:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Priority:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Depends on:'''                                                         [[BR]]'''                 Principal Investigator : james HARLE, stefania CILIBERTI''' 
     89'''                 Motivation:''' 
     90 
     91 * finish last improvement of the BDY tool and add some documentation (NERC) 
     92 * test BDY tool (CMCC) 
     93 
     94''' [[BR]]             '''                 Status: '''                 [[BR]]             '''                Main Tasks: '''                 [[BR]]             '''                 Science Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 System Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 Deadline:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Priority:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Depends on:'''                                                         [[BR]]'''                 Principal Investigator : james HARLE, stefania CILIBERTI 
     95 
    8296=== '''SIMPLIFICATION''' === 
    8397==== ''' '''SIMPLIF-1 / institution - title ==== 
     
    101115==== ''' '''ROBUSTNESS-1 / CNRS - INTEGRATION OF THE SEABASS CONFIGURATION AS A TEST CASE ==== 
    102116'''                 Motivation: '''SEABASS is the reference configuration for Data Assimilation, included  in the NEMO v3.4_STABLE version. Various data assimilation experiments  have been done with this configuration, with various data assimilation  systems (e.g. Cosme et al, 2011, Bouttier et al. 2014, Yin et al.,  2014). In this context, this configuration appears to be useful for data  assimilation users, to couple their own DA system on NEMO and compare  their results with thgose obtained on this configuration. SEABASS is  also easy to take in hand. Also, it allows to update the configuration  status to the future version of NEMO. For these reasons, this  configuration is a relevant test case for Data Assimilation. [[BR]]             '''                 Status: '''                 [[BR]]             '''                Main Tasks: '''                 [[BR]]             '''                 Science Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 System Reviewer:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 Deadline:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Priority:'''                 [[BR]]                                                         '''                 Depends on:'''                                                         [[BR]]                                                         '''                 Principal Investigator: '''Pierre-Antoine Bouttier 
    103  
    104  
    105 ==== ''' '''ROBUSTNESS-7 / CMCC - BDY for nested limited area models  ==== 
    106 '''                Motivation:''' Improving nesting techniques for regional and sub-regional circulation models nested into coarser models. 
    107  [[BR]]              '''                  Status: '''       [[BR]]              '''                 Main Tasks: ''' 1. Implementation of the generalised Flather’s condition for the barotropic component (Oddo & Pinardi, 2008) 2. Interpolation Constraint applied to total velocity field for preserving the transport conservation across open boundaries.  [[BR]]              '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:'''                  [[BR]]                                                          '''                  Priority:'''   HIGH               [[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''         [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' S. A. Ciliberti