New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
2016WP/2016SharedActions (diff) – NEMO

Changes between Version 59 and Version 60 of 2016WP/2016SharedActions


Ignore:
Timestamp:
2016-01-05T12:36:43+01:00 (8 years ago)
Author:
mocavero
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
  • 2016WP/2016SharedActions

    v59 v60  
    6565=== '''AGRIF''' === 
    6666==== ''' '''AGRIF-1 / Met Office - Increased vertical resolution with AGRIF ==== 
    67   '''                                            Motivation:'''                      Vertical grid refinement in NEMO would be a useful tool in simulating some aspects of the ocean (e.g. overflows)        [[BR]]                                        '''                                            Status: '''                      Started in 2015 but much more work to do                      [[BR]]                                        '''                                           Main Tasks: '''                                            [[BR]]                                        '''                                            Science Reviewer:'''                                                                                    [[BR]]                                                                                    '''                                            System Reviewer:'''                                                                                    [[BR]]                                                                                    '''                                            Deadline:'''                                            [[BR]]                                                                                    '''                                            Priority:'''                       Medium                     [[BR]]               '''               Depends on:'''                                                                                    [[BR]]                                                                                    '''                                            Principal Investigator : '''               Tim Graham 
     67  '''                                              Motivation:'''                        Vertical grid refinement in NEMO would be a useful tool in simulating some aspects of the ocean (e.g. overflows)        [[BR]]                                          '''                                              Status: '''                        Started in 2015 but much more work to do                      [[BR]]                                          '''                                             Main Tasks: '''                                              [[BR]]                                          '''                                              Science Reviewer:'''                                                                                      [[BR]]                                                                                      '''                                              System Reviewer:'''                                                                                      [[BR]]                                                                                      '''                                              Deadline:'''                                              [[BR]]                                                                                      '''                                              Priority:'''                         Medium                     [[BR]]                 '''                 Depends on:'''                                                                                      [[BR]]                                                                                      '''                                              Principal Investigator : '''                 Tim Graham 
    6868 
    6969====  ==== 
     
    7171====  ==== 
    7272==== AGRIF-2 / CNRS - Assessment of LIM3 with AGRIF ==== 
    73   '''                                            Motivation:'''        enable the use of AGRIF with LIM3 since LIM3 is the reference sea ice model in NEMO and LIM2 will soon be removed[[BR]]                                        '''                                            Status: '''           Not yet started in 2015 [[BR]]                                        '''                                           Main Tasks: '''       AGRIF already works with LIM2, so the strategy here will be to adapt what is done in LIM2 to LIM3.                                     [[BR]]                                        '''                                            Science Reviewer:'''                                                                                    [[BR]]                                                                                    '''                                            System Reviewer:'''                                                                                    [[BR]]                                                                                    '''                                            Deadline: '''       end of 2016                                     [[BR]]                                                                                    '''                                            Priority:'''                     High                     [[BR]]                    '''                    Depends on:'''                                                                                    [[BR]]                                                                                    '''                                            Principal Investigator :'''            Clément Rousset 
     73  '''                                              Motivation:'''          enable the use of AGRIF with LIM3 since LIM3 is the reference sea ice model in NEMO and LIM2 will soon be removed[[BR]]                                          '''                                              Status: '''             Not yet started in 2015 [[BR]]                                          '''                                             Main Tasks: '''         AGRIF already works with LIM2, so the strategy here will be to adapt what is done in LIM2 to LIM3.                                     [[BR]]                                          '''                                              Science Reviewer:'''                                                                                      [[BR]]                                                                                      '''                                              System Reviewer:'''                                                                                      [[BR]]                                                                                      '''                                              Deadline: '''         end of 2016                                     [[BR]]                                                                                      '''                                              Priority:'''                       High                     [[BR]]                      '''                      Depends on:'''                                                                                      [[BR]]                                                                                      '''                                              Principal Investigator :'''              Clément Rousset 
    7474 
    7575===  === 
    7676==== AGRIF-3 / Mercator Océan - Agrif + vvl (two way nesting) ==== 
    77   '''            Motivation:'''             Enable the use of agrif with temporally varying vertical grid (e.g. with zstar or ztilde coordinates) [[BR]]            '''            Status: '''            Started in 2015. One way nesting is ok, two way nesting needs to be finalized. [[BR]]            '''            Main Tasks: '''            [[BR]]            '''            Science Reviewer:'''             [[BR]]            '''            System Reviewer:'''             [[BR]]            '''            Deadline:'''             [[BR]]            '''            Priority:'''             High [[BR]]            '''            Depends on:'''             [[BR]]            '''            Principal Investigator :'''             Jérôme Chanut 
     77  '''              Motivation:'''               Enable the use of agrif with temporally varying vertical grid (e.g. with zstar or ztilde coordinates) [[BR]]              '''              Status: '''              Started in 2015. One way nesting is ok, two way nesting needs to be finalized. [[BR]]              '''              Main Tasks: '''              [[BR]]              '''              Science Reviewer:'''               [[BR]]              '''              System Reviewer:'''               [[BR]]              '''              Deadline:'''               [[BR]]              '''              Priority:'''               High [[BR]]              '''              Depends on:'''               [[BR]]              '''              Principal Investigator :'''               Jérôme Chanut 
    7878 
    7979===  === 
     
    8686 * implementation of the solution. 
    8787 
    88  
    89  
    90 '''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:''' June 2016[[BR]]                                                          '''                  Priority:''' HIGH[[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Silvia Mocavero/Tim Graham 
     88'''                  Science Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  System Reviewer:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Deadline:''' June 2016[[BR]]                                                          '''                  Priority:''' HIGH[[BR]]                                                          '''                  Depends on:'''                                                          [[BR]]                                                          '''                  Principal Investigator : ''' Silvia Mocavero/Tim Graham 
    9189 
    9290==== ''' '''HPC-2 / Barcelona - Gather communications ==== 
    9391'''                Motivation:''' Grouping communications (lbc_lnk) together is more efficient than several separate lbc_lnk calls. [[BR]] 
    9492 
    95   '''                                       Status: '''                      lbc_lnk_multi in 3.6                 [[BR]]                                   '''                                      Main Tasks: '''                      Extend functionality of lbc_lnk_multi to 3D (or 4D variables). Find calls to lbc_lnk that can be replaced with lbc_lnk_multi.                 [[BR]]                                   '''                                       Science Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       System Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       Deadline:'''                                       [[BR]]                                                                               '''                                       Priority:'''                                       [[BR]]                                                                               '''                                       Depends on:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       Principal Investigator : '''                      Miguel Castrillo 
     93  '''                                         Status: '''                        lbc_lnk_multi in 3.6                 [[BR]]                                     '''                                        Main Tasks: '''                        Extend functionality of lbc_lnk_multi to 3D (or 4D variables). Find calls to lbc_lnk that can be replaced with lbc_lnk_multi.                 [[BR]]                                     '''                                         Science Reviewer:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         System Reviewer:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         Deadline:'''                                         [[BR]]                                                                                 '''                                         Priority:'''                                         [[BR]]                                                                                 '''                                         Depends on:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         Principal Investigator : '''                        Miguel Castrillo 
    9694 
    9795==== ''' '''HPC-3 / Barcelona - Suppress useless communications ==== 
    9896'''                Motivation:''' Suppress unnecessary calls to lbc_lnk. 
    9997 
    100   [[BR]]                                   '''                                       Status: '''                                   [[BR]]                                   '''                                      Main Tasks: '''                      Use a script to search for and test impact of removing lbc_lnk calls from the model code. Determine whether communications used for diagnostic purposes can be suppressed.               [[BR]]                                   '''                                       Science Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       System Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       Deadline:'''                                       [[BR]]                                                                               '''                                       Priority:'''                                       [[BR]]                                                                               '''                                       Depends on:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       Principal Investigator : '''                      Tim Graham 
     98  [[BR]]                                     '''                                         Status: '''                                     [[BR]]                                     '''                                        Main Tasks: '''                        Use a script to search for and test impact of removing lbc_lnk calls from the model code. Determine whether communications used for diagnostic purposes can be suppressed.               [[BR]]                                     '''                                         Science Reviewer:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         System Reviewer:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         Deadline:'''                                         [[BR]]                                                                                 '''                                         Priority:'''                                         [[BR]]                                                                                 '''                                         Depends on:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         Principal Investigator : '''                        Tim Graham 
    10199 
    102100==== ''' '''HPC-4 / CMCC - Scalability with MPI-OPENMP ==== 
    103101'''                Motivation:''' Improving NEMO scalability. 
    104102 
    105   [[BR]]                                   '''                                       Status: '''                        continuation of 2015 dev CMCC-1            [[BR]]                                   '''                                      Main Tasks: ''' 
    106    * the activity started at the end of 2013 with the analysis of three OpenMP approaches (implemented using “mini-apps”) on several multicore architectures; the second step was the implementation of the hybrid version of the GYRE configuration using the best OpenMP approach. Some improvements to the implementation have been performed by Intel to match Intel architectures. During 2016, the extension of the hybrid implementation to the entire code is planned 
     103'''Status: '''                          continuation of 2015 dev CMCC-1 [[BR]]'''Main Tasks:''' 
     104 * the activity started at the end of 2013 with the analysis of three OpenMP approaches (implemented using “mini-apps”) on several multicore architectures; the second step was the implementation of the hybrid version of the GYRE configuration using the best OpenMP approach. Some improvements to the implementation have been performed by Intel to match Intel architectures. During 2016, the extension of the hybrid implementation to the entire code is planned 
    107105 * analysis of scalability improvement using MPI3 new communications (e.g. collective neighbours communications), instead of point to point communications 
    108106 
    109  
    110    
    111   '''Science Reviewer:''' Prof Giovanni Aloisio (University of Salento & CMCC)[[BR]]                                                                               '''                                       System Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       Deadline:''' December 2016[[BR]]                                                                               '''                                       Priority:'''                        HIGH               [[BR]]                                                                               '''                                       Depends on:'''                       results of the same action in 2015             [[BR]]                                                                               '''                                       Principal Investigator : '''                      Silvia Mocavero 
     107'''        Science Reviewer:''' Prof. Giovanni Aloisio (University of Salento & CMCC)[[BR]]'''        System Reviewer:''' [[BR]]'''        Deadline:''' December 2016[[BR]]'''        Priority:''' HIGH [[BR]]'''        Depends on:''' results of the same action in 2015[[BR]]'''        Principal Investigator : '''Silvia Mocavero 
    112108 
    113109==== ''' '''HPC-5 / NERC - Implement larger haloes ==== 
    114110'''                Motivation:''' Improving NEMO scalability. 
    115111 
    116   [[BR]]                                   '''                                       Status: '''                        New implementation - old idea           [[BR]]                                   '''                                      Main Tasks: '''                          Investigate the benefits of using larger halo to reduce the communication frequency and hence improve performance and scalability. This is likely to be most influential in the barotropic time-splitting where it should be possible to emulate earlier solutions for the iterative solvers. Extension to the rest of the code will be considered subject to an impact assessment.         [[BR]]                                   '''                                       Science Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       System Reviewer:'''                                                                               [[BR]]                                                                               '''                                       Deadline:'''                                       [[BR]]                                                                               '''                                       Priority:'''                        HIGH               [[BR]]                                                                               '''                                       Depends on:'''                                  [[BR]]                                                                               '''                                       Principal Investigator : '''                      Andrew Coward 
     112  [[BR]]                                     '''                                         Status: '''                          New implementation - old idea           [[BR]]                                     '''                                        Main Tasks: '''                            Investigate the benefits of using larger halo to reduce the communication frequency and hence improve performance and scalability. This is likely to be most influential in the barotropic time-splitting where it should be possible to emulate earlier solutions for the iterative solvers. Extension to the rest of the code will be considered subject to an impact assessment.         [[BR]]                                     '''                                         Science Reviewer:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         System Reviewer:'''                                                                                 [[BR]]                                                                                 '''                                         Deadline:'''                                         [[BR]]                                                                                 '''                                         Priority:'''                          HIGH               [[BR]]                                                                                 '''                                         Depends on:'''                                    [[BR]]                                                                                 '''                                         Principal Investigator : '''                        Andrew Coward 
    117113 
    118114===  === 
     
    121117'''Motivation:''' Introduce a vertical physics manager that allows to save MPP communications 
    122118 
    123   '''                Status: '''                 Already started[[BR]]                '''                Main Tasks: '''                 [[BR]]                '''                Science Reviewer:'''                 [[BR]]                '''                System Reviewer:'''                 [[BR]]                '''                Deadline:'''                 [[BR]]                '''                Priority:'''                 High[[BR]]                '''                Depends on:'''                 [[BR]]                '''                Principal Investigator : '''                Gurvan Madec 
     119  '''                  Status: '''                   Already started[[BR]]                  '''                  Main Tasks: '''                   [[BR]]                  '''                  Science Reviewer:'''                   [[BR]]                  '''                  System Reviewer:'''                   [[BR]]                  '''                  Deadline:'''                   [[BR]]                  '''                  Priority:'''                   High[[BR]]                  '''                  Depends on:'''                   [[BR]]                  '''                  Principal Investigator : '''                  Gurvan Madec 
    124120 
    125121==== SIMPLIF-2 / CNRS - Simplification of configurations, introduction of user-defined module ==== 
     
    184180'''                 Motivation: ''' Following investigative work by Nicolas Ducousso it became clear that the EEN scheme in NEMO did not perform as expected in idealised test cases. Although a fix was implemented that improved the performance in idealised test cases the performance in realistic simulations (e.g. ORCA025) is worse. It is not clear that the new or old formulation is correct for the case of sloping bathymetry and partial steps. 
    185181 
    186   [[BR]]                     '''                         Status: '''                         [[BR]]                     '''                        Main Tasks: '''                         [[BR]]                     '''                         Science Reviewer:'''                                                                 [[BR]]                                                                 '''                         System Reviewer:'''                                                                 [[BR]]                                                                 '''                         Deadline:'''                         [[BR]]                                                                 '''                         Priority:'''                         [[BR]]                                                                 '''                         Depends on:'''                                                                 [[BR]] 
     182  [[BR]]                       '''                           Status: '''                           [[BR]]                       '''                          Main Tasks: '''                           [[BR]]                       '''                           Science Reviewer:'''                                                                   [[BR]]                                                                   '''                           System Reviewer:'''                                                                   [[BR]]                                                                   '''                           Deadline:'''                           [[BR]]                                                                   '''                           Priority:'''                           [[BR]]                                                                   '''                           Depends on:'''                                                                   [[BR]] 
    187183 
    188184'''ROBUSTNESS-3 / CNRS - Academic test cases in the system'''