= Assimilation of ORCHIDEE model =

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== 08/12/2010 ==

== Réunion sur l'externalisation des paramètres d'ORCHIDEE ==
(Didier Solyga, Martial Mancip, Ernest Koffi)

Pour l'externalisation des paramètres d'ORCHIDEE, il y a actuellement deux versions du modèle: i) version utilisée pour l'assimilation (Delage/Cedric/Ernest: ci-après version DCE) et ii) la version d'externalisation générique (Didier: version DM).

== 1) Fusion des versions ==
On a parcouru les modules relatifs à l'externalisation de ces 2 versions citées ci-dessus. Globalement, ces 2 versions peuvent être fusionnées. Néanmoins ceci nécessitera un travail assez important.

 *  version CDE: l'externalisation des paramètres se fait dans le module inter_face_optim.f90

 *  version DM: l'externalisation se fait dans 2 modules: constantes.f90 and pft_parameters.f90

 * La version DCE est bien avancée, mais des problèmes restent à résoudre pour la rendre flexible. Particulièrement les deux points suivants on été discutés:

 * Le gros du travail concernerait la structure du module interface_optim.f90

 * En détail, e.g., la structure actuelle de dépendence des paramètres au temps de la version DCE est pour le moment trop rigide. En effet, tout ajout ou modfication de la liste des paramètres nécessitera des modifications à plusieurs endroits du code.

== 2) Coordination des travaux ==

Un nombre de paramètres important a déjà été externalisé pour l'assimilation. On s'est aperçu que certain d'entre eux ne voulaient pas dire la même chose !
exemple Q10 dans stomate_litter :
 * version DCE :
    !!>ORCHIS
    !!tempfunc_result(:) = EXP( 0.69 * ( temp_in(:) -
(ZeroCelsius+30.) ) / 10. )
    tempfunc_result(:) = EXP( LOG(q10(:)) * ( temp_in(:) -
(ZeroCelsius+30.) ) / 10. )
    !!<ORCHIS

 * version DM :
   tempfunc_result(:) = exp( soil_Q10 * ( temp_in(:) -
(ZeroCelsius+tsoil_ref)) / Q10 )
 

Actions:

 * Didier doit s'assurer qu'il externalise au moins les paramètres utilisés dans l'assimilation

== 3) Autres: Préparation du code pour l'adjoint ==

Pour l'adjoint d'ORCHIDEE, FastOpt veut un code préalablement compilé par le compilateur lf95. Martial n'a réussi à compiler le code qu'en mettant tous les codes sources dans le meme répertoire. Plus particulièrement, les difficultés sont survenues sur les modules parallel.f90 et slow_proc.f90. Est-ce un défaut du compilateur? La question reste posée. 





== 19/11/2010 ==
'''réunion de préparation de l'acceuil de Thomas Kaminski (équipe FastOpt)'''
 * On a constaté le conflit de compilation du code modifier par François Delage pour TAF. On a simplifier cette compilation : travail sur l'initialisation du routage.
   Après demande cette question qui lui a été posée : [[BR]]
   ''Bonjour François, [[BR]]
   Nous poursuivons ton travail et de fois viennent des questions comme celles de Martial formulées ci dessous. Peux-tu nous éclairer urgemment sur ce point car nous recevrons Thomas Kaminski le jeudi 25 novembre pour travailler sur le code.'' [[BR]]
   Une première réponse de sa part a été : [[BR]]
   ''Tout simplement parce que la subroutine routing ne contenais pas de variables independantes et n'etait donc pas une subroutines active que ce soit pour l'adjointisation ou pour la linéarisation. Si je me souviens bien, il existe deux version de routages dans orchidee et j'avais surement decidé de gagner du temps en sortant routing du process.[[BR]] Il y a surement d'autres raisons mais ca me vient pas la naturellement.'' [[BR]]
   Il semble que ce choix est judicieux, car il permet d'incorporer plus simplement les directive pour l'assimilation dans le code SVN de ORCHIDEE.[[BR]]
   * Martial doit faire ces tests d'incorporation et de compilation.
   * Ernest doit tester cette première version modifiée avec TAF.
 * On a analyser les scripts de pré-travail présents dans le répertoire ''bin/preproc''. Pour automatiser la création du modèle modifier, on doit re-travailler le script launch_preproc.ksh. On aura l'arborescence classique après récupération du modèle avec ''util/model'' puis installation standard des Makefiles avec util/ins_make.
 * voir [attachment:REUION_19-11-10]

== 02/08/2009 ==
'''Réunion de préparation du voyage vers FastOP'''[[BR]]
Le but est de cette réunion était de comprendre la chaîne de compilation pour fabriquer le tangeant linéaire.[[BR]]
Une simplification de cette chaîne est possible. Les notes succintes concernant cette chaîne et des améliorations
possibles est attaché à cette page : [attachment:COMMENTAIRES_compilation]