Liste des développements réalisés

Voici la liste demes travaux :

• Réorganisation de stomate( juin-septembre 2010) : travail consistant à calquer l'organisation des modules de stomate sur l'organisation des modules de sechiba
  • encapsulation des variables restartées dand les modules où elles sont définies. Actuellement, toutes les variables sont définies dans stomate alors que certaines variables ne sont utilisées que dans un module.
  • création d'une routine init dans chaque module pour l'initialisation des variables
  • j'avais updaté la liste des variables par rapport à ma version de travail originelle (ORCHIDEE AR5 juin 2010)
  • J'explique ce travail sur la page suivante :voir CleanOrchidee
  • Avec le recul, je ne suis pas très satisfait de ce travail. Il est à reprendre et à actualiser. La version est sur le serveur SVN (branche Restruct_Stomate)
  • C'est un travail qui n'est pas spécialement difficile mais long. Les test à faire sont triviaux (comparaison de fichiers restart).
  • QUESTION : Est-ce que le but est bien de supprimer le module stomate_io ?

• Développement de l'externalisation des paramètres du modèle (septembre 2010 - Avril 2011 puis maintenance jusqu'en mai 2012) :
  • implémentée dans le tag 1.9.6.
  • Outils : script python permettant de construire une carte avec X pfts à partir de la classification de Olson. Il s'agit d'une mise à jour du script de Martial et Nathalie de 2006. Il utilise la librairie CDAT2. Problème : il est utilisable uniquement sur Obelix et n'est donc pas portable. Voir ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/browser/trunk/TOOLS/GENERATE_VEGET_MAP
  • J'avais reformaté les etiquettes pour les paramètres dans le code (ajout de Config units) afin qu'ils soient interprétables par un script shell et gawk.
    Ces 2 scripts permettent de génerer 2 fichiers texte orchidee.default et orchidee_wiki. orchidee_wiki génère un fichier texte au format wiki permettant de mettre à jour la page suivante Documentation/OrchideeParameters . Attention, seuls les Config Help écrits sur plusieurs lignes sont gérés. Les autres rubriques doivent tenir obligatoirement sur une ligne.​http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/browser/trunk/TOOLS/TOOLS_PARAMETERS
  • Tous les scripts sont documentés : il y a un fichier README pour chacun des 2 scripts.

• Spatialisation :
  • Travail jamais effectué. Il y a eu d'autres priorités, par conséquent pas le temps pour faire la liste des paramètres. Avec la nouvelle hydrologie, c'est peut-être le bon moment pour y réfléchir. Je peux ouvrir un ticket.
  • J'ai écrit un document en août 2011 sur la spatialisation de dpu_cste (maintenant dpu_max) et vcmax_opt. Voir fichier à attacher.
  • J'ai également une version d'ORCHIDEE basée sur la révision 300 de la branche ORCHIDEE-EXT où j'avais ajouté une dimension supplémentaire à dpu_cste et à vcmax_opt. Elle est présente sous le serveur svn dans mon dossier personnel sous le nom TEST_SPATIALIZATION_JULY_2011.
  • Nicolas Viovy a spatialisé la profondeur de sol et vcmax dans sa version (ainsi que le sla).

• Spin-up (avril-juin 2011 puis novembre 2011-juilet 2012) :
  • Implémentation réalisée. Permet d'accélerer la convergence des pools de carbone du sol.
  • Travail entièrement documenté : voir Branches/AccelerationSpinup pour la description du développement, la présentation donnée lors de la réunion ORCHIDEE-DEV du 05/07/2012 ​SPINUP_final_presentation et le document technique de septembre 2012 ​SPINUP_technical_documentation
  • Extension de la méthode lors des prochains merges : la méthode doit être retravaillée pour le merge avec FM et avec l'azote. Pour FM, il faut rajouter 2 pools de litière et donc augmenter la taille des matrices.
  • Extension de la méthode pour FM et la branche azote : branches/AccelerationSpinup/ExtensionMethod?

• Performances du modèle :
  • Mon travail sur les performances du modèle se trouvent ici : ParallelismPerformances
  • Tutoriel sur l'utilisation de vampirtrace ici HowTo/OrchideeVampir.

• Cours :
  • SVN : J'ai remis à jour mon cours en essayant de merger la présentation de Josefine donnée lors de la réunion DEV du 13/11/2012.
  • Quick start guide : écrit avec Sebastiaan et Josefine. Permet d'installer et de lancer ORCHIDEE avec libigcm pour la première fois.
  • Formation ORCHIDEE : cours sur la configuration OOL_SEC_STO et libigcm sur Obelix (voir ​ici)
  • TO DO : mettre les fichier odp sur le dods.

• Maintenance des configurations :
  • Le passage à libigcm 2.0 pour les configurations d'ORCHIDEE s'est fait un peu dans la douleur.
  • Les configurations du trunk actuel, dont le spinup fonctionnent avec toutes les versions de libigcm (rétro-compatibilité)
  • A l'avenir, s'assurer de se tenir au courant de l'évolution de libigcm

• TO DO :
  • merger nouvelle phéno + spinup
  • Externalisation : formulation du stress hydrique dans diffuco, correction DGVM (see #7)
  • Ajouter flowchart et équations pour l'externalisation et le spinup
  • Tutoriel sur debug libigcm (?)
  • Doc configurations ORCHIDEE pour la retraite ESCI (?)
  • Tickets : #7, #10, #14, #23, #28, #29, #34, #39
  • Tickets liés au nettoyage (encore 6), ticket spatialisation
  • écrire documentation sur les entrées-sorties (umbrella documentation)

• Travaux non effectués :
  • Lecture par paquets des fichiers de forçage : Martial a codé dans sa version personnelle la lecture par paquets des fichiers de forçage. Cette version est basée sur la version 1.9.5.2 et le portage sur le trunk actuel nécessite du travail (à cause de l'interpolation journalière). J'ai testé un peu le code et il y a un problème avec les fichiers de restart. J'ai archivé mes tests avec Vampir sous Curie, sur mon $WORKDIR dans MY_WORKS/PERFORMANCES_IO_ORCHIDEE_IMPROVEMENTS_TESTS/RESULTS (prendre l'archive TEST_LECTURE_PAQUETS_FORCING_MM.tar).