= Liste des développements réalisés =

Voici la liste demes travaux :

 * Réorganisation de stomate( '''juin-septembre 2010''') : travail consistant à calquer l'organisation des modules de stomate sur l'organisation des modules de sechiba 
   - encapsulation des variables restartées dand les modules où elles sont définies. Actuellement, toutes les variables sont définies dans stomate alors que certaines variables ne sont utilisées que dans un module.
   - création d'une routine init dans chaque module pour l'initialisation des variables
   - j'avais updaté la liste des variables par rapport à ma version de travail originelle (ORCHIDEE AR5 juin 2010)
   - J'explique ce travail sur la page suivante :voir [wiki:CleanOrchidee]
   - Avec le recul, je ne suis pas très satisfait de ce travail. Il est à reprendre et à actualiser. La version est sur le serveur SVN (branche Restruct_Stomate) 
   - C'est un travail qui n'est pas spécialement difficile mais long. Les test à faire sont triviaux (comparaison de fichiers restart).
   - '''QUESTION ''': Est-ce que le but est bien de supprimer le module stomate_io ?

 * Développement de l'externalisation des paramètres du modèle ('''septembre 2010 - Avril 2011''' puis maintenance jusqu'en mai 2012) : 
   - implémentée dans le tag 1.9.6.
   - Outils : script python permettant de construire une carte avec X pfts à partir de la classification de Olson. Il s'agit d'une mise à jour du script de Martial et Nathalie de 2006. Il utilise la librairie CDAT2. Problème : il est utilisable uniquement sur Obelix et n'est donc pas portable. Voir [http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/browser/trunk/TOOLS/GENERATE_VEGET_MAP]  
   - J'avais reformaté les etiquettes pour les paramètres dans le code (ajout de Config units) afin qu'ils soient interprétables par un script shell et gawk.[[BR]]Ces 2 scripts permettent de génerer 2 fichiers texte orchidee.default et orchidee_wiki. orchidee_wiki génère un fichier texte au format wiki permettant de mettre à jour la page suivante [wiki:Documentation/OrchideeParameters] . '''Attention''', seuls les Config Help écrits sur plusieurs lignes sont gérés. Les autres rubriques doivent tenir obligatoirement sur une ligne.[http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/browser/trunk/TOOLS/TOOLS_PARAMETERS] 
   - Tous les scripts sont documentés : il y a un fichier README pour chacun des 2 scripts.

 * Spatialisation : 
   - Travail jamais effectué. Il y a eu d'autres priorités, par conséquent pas le temps pour faire la liste des paramètres. Avec la nouvelle hydrologie, c'est peut-être le bon moment pour y réfléchir. Je peux ouvrir un ticket.
   - J'ai écrit un document en août 2011 sur la spatialisation de dpu_cste (maintenant dpu_max) et vcmax_opt. Voir '''fichier à attacher'''.
   - Nicolas Viovy a spatialisé la profondeur de sol et vcmax dans sa version (ainsi que le sla).

 * Spin-up ('''avril-juin 2011''' puis '''novembre 2011-juilet 2012''')  :
   - Implémentation réalisée. Permet d'accélerer la convergence des pools de carbone du sol. 
   - Travail entièrement documenté : voir [wiki:Branches/AccelerationSpinup] pour la description du développement, la présentation donnée lors de la réunion ORCHIDEE-DEV du 05/07/2012 [http://dods.ipsl.jussieu.fr/orchidee/WIKI/ORCHIDEE_DEV_MEETING_05072012_final.pdf SPINUP_final_presentation] et le document technique de septembre 2012  [http://dods.ipsl.jussieu.fr/orchidee/WIKI/Spinup_documentation.pdf SPINUP_technical_documentation]
   - Extension de la méthode lors des prochains merges : la méthode doit être retravaillée pour le merge avec FM et avec l'azote. Pour FM, il faut rajouter 2 pools de litière et donc augmenter la taille des matrices.
   - ''' TO DO : ''' écrire un petit document sur l'extension de la méthode  

 * Performances du modèle :
   - Mon travail sur les performances du modèle se trouvent ici : [wiki:ParallelismPerformances]
   - '''TO DO : ''' écrire un tutoriel sur l'utilisation de vampirtrace

 * Cours :
   - SVN : J'ai remis à jour mon cours en essayant de merger la présentation de Josefine donnée lors de la réunion DEV du 13/11/2012. 
   - Quick start guide : écrit avec Sebastiaan et Josefine. Permet d'installer et de lancer ORCHIDEE avec libigcm pour la première fois.
   - Formation ORCHIDEE : cours sur la configuration OOL_SEC_STO et libigcm sur Obelix (voir [http://dods.ipsl.jussieu.fr/orchidee/WIKI/TUTORIALS/tutorial_ORCHIDEE_LSCE.pdf ici])
   - '''TO DO : ''' mettre les fichier odp sur le dods.

 * Maintenance des configurations :
   - Le passage à libigcm 2.0 pour les configurations d'ORCHIDEE s'est fait un peu dans la douleur.
   - Les configurations du trunk actuel, dont le spinup fonctionnent avec toutes les versions de libigcm (rétro-compatibilité)
   - A l'avenir, s'assurer de se tenir au courant de l'évolution de libigcm