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07/03/12 16:40:18 (12 years ago)
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pinsard
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less user dependant tools

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branches/bibliolocean
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  • branches/bibliolocean/data/biblioref.bib

    r226 r227  
    1966119661  volume = {22}, 
    1966219662  pages = {GB4027}, 
    19663   aeresteam = {phybiocar}, 
     19663  aeresteam = {phybiocar,caraus/snapo-co2}, 
    1966419664  aerestype = {ACL}, 
    1966519665  doi = {10.1029/2007GB003167}, 
    1966619666  loceanbibid = {00662}, 
    19667   loceanteam = {phybiocar}, 
     19667  loceanteam = {phybiocar,caraus/snapo-co2}, 
    1966819668  phybiocartheme = {3}, 
    1966919669  publisher = {{A}merican {G}eophysical {U}nion}, 

  • branches/bibliolocean/src/README.rst

    r214 r227  
    138138 
    139139 
     140Générer les fichiers GTBIBLIO pour le www 
     141========================================= 
     142 
     143::  
     144 
     145 genbib.sh 
     146 
     147Les fichiers sont dans ${PROJECT_OD}/public_html/gtbiblio/. 
     148 
     149:: 
     150 
     151 genaeres.sh  
     152 
     153Les fichiers sont dans ${PROJECT_OD}/public_html/gtbiblio/aeres2007_2012/. 
     154 
    140155Générer les fichiers rtf 
    141156======================== 
    … …  
    144159 
    145160   Pour l'instant toutes les sélections ne sont pas faites, j'avance ... 
     161 
     162Vérifier la référence:: 
     163 
     164   checkaeres.sh 
     165 
     166.. warning:: 
     167 
     168   Ne pas passer à la suite si erreur, corriger ${PROJECT_ID}/biblioref.bib 
     169   avant de passer à la suite 
    146170 
    147171:: 

  • branches/bibliolocean/src/biblio_check.sh

    r117 r227  
    6868usage=" Usage : ${command} -i biblio_dir -o dirout" 
    6969# 
     70. jabref_header.sh 
    7071# default 
    7172jabref_version="2.6" 
    … …  
    8485tmpdir=/tmp/${LOGNAME}/gtbiblio 
    8586mkdir -p /tmp/${LOGNAME}/gtbiblio/ 
    86 # artificial header of jabref file to enforce encoding 
    87 { 
    88 echo "% This file was articifialy created for JabRef ${jabref_version}." 
    89 echo "% Encoding: ISO8859_1" 
    90 echo " " 
    91 } > ${tmpdir}/header_jabref 
     87jabref_header ${tmpdir}/header_jabref 
    9288# 
    9389minargcount=4 

  • branches/bibliolocean/src/checkaeres.sh

    r216 r227  
    4242# 
    4343# phybiocar theme 
     44# 
     45# selection par les années après avoir tester les champs year sur toute la  
     46# biblio 
    4447# 
    4548# EVOLUTIONS 
    … …  
    113116# 
    114117# check for missing year 
    115 nbmissingyear=0 
    116118fbibmissingyear=${tmpdir}/missingyear.bib 
    117119fcitemissingyear=${tmpdir}/missingyear_cite.bib 
    … …  
    121123-oc ${fcitemissingyear} \ 
    122124${biblioreffull}  
    123 more ${fcitemissingyear} 
    124 echo ${missingyear} 
    125125if [ -s ${fcitemissingyear} ] 
    126126then  
    127     echo " ${LINENO} : eee : some missing years in ${biblioreffull}" 
     127    echo " ${LINENO} : eee : some missing year in ${biblioreffull}" 
    128128    echo " see ${fcitemissingyear}" 
    129     #++exit 1 
     129    exit 1 
    130130else 
    131131    echo " ${LINENO} : iii : no missing year in ${biblioreffull}" 
    132132    rm ${fcitemissingyear} 
    133133fi 
    134 unset missingyear 
    135134rm ${fcitemissingyear} 
    136135rm ${fbibmissingyear} 
    137136# 
     137# check for missing aeresteam 
     138fbibmissingaeresteam=${tmpdir}/missingaeresteam.bib 
     139fcitemissingaeresteam=${tmpdir}/missingaeresteam_cite.bib 
     140rm ${tmpdir}/missingaeresteam.bib 2> /dev/null 
     141bib2bib -c 'not exists aeresteam' \ 
     142-ob ${fbibmissingaeresteam} \ 
     143-oc ${fcitemissingaeresteam} \ 
     144${biblioreffull}  
     145if [ -s ${fcitemissingaeresteam} ] 
     146then  
     147    echo " ${LINENO} : eee : some missing aeresteam in ${biblioreffull}" 
     148    echo " see ${fcitemissingaeresteam}" 
     149    exit 1 
     150else 
     151    echo " ${LINENO} : iii : no missing aeresteam in ${biblioreffull}" 
     152    rm ${fcitemissingaeresteam} 
     153fi 
     154rm ${fcitemissingaeresteam} 
     155rm ${fbibmissingaeresteam} 
     156# 
    138157++++ la suite ... 
    139 # check for missing aeresteam 
    140158# check for missing aerestype 
    141159# check for missing phybiocar theme  

  • branches/bibliolocean/src/genaeres.sh

    r226 r227  
    2828# critere aeresteam vs loceanteam 
    2929# 
     30# unpublished : normalement touts les références même les unpublished ont une 
     31# année.  donc la sélection faite ici entrainent des doublons : il faut sans 
     32# doute seulement supprimer éventuellement les "in prep" 
     33# 
    3034# EVOLUTIONS 
    3135# ========== 
    3236# 
     37# $Id$ 
     38# 
     39# $URL$ 
     40# 
    3341# - fplod 20120419T121614Z cratos (Linux) 
    3442# 
    … …  
    3846# - fplod 20120406 
    3947# 
    40 #   * creation sans répéter certaines fonctionalités de genbib.sh comme les vérif. de bases, les tutuelles 
     48#   * creation sans répéter certaines fonctionalités de genbib.sh 
     49#     comme les vérif. de bases, les tutuelles 
    4150# 
    4251#- 
    4352set -u 
    4453command=$(basename ${0}) 
    45 # 
    46 jabref_version="2.6" 
    47 # 
    48 case "$(uname -s)" in 
    49    Darwin) 
    50       jabref_version="2.7.2" 
    51       jabref_dir=/Applications/MacPorts/JabRef.app/Contents/Resources/Java/ 
    52    ;; 
    53    Linux) 
    54       jabref_dir="/usr/home/incas/francoise/jabref-${jabref_version}_$(hostname)/" 
    55    ;; 
    56    *) 
    57       echo "${command} : eee : unknown system $(uname -s)" 
    58    ;; 
    59 esac 
    6054# 
    6155system=$(uname) 
    … …  
    6963esac 
    7064# 
     65. jabref_header.sh 
    7166# 
    7267log_date=$(date -u +"%Y%m%dT%H%M%SZ") 
    73 log=/tmp/$(basename ${command} .sh).log.${log_date} 
     68log=${PROJECT_LOG}/$(basename ${command} .sh).log.${log_date} 
    7469# 
    7570usage=" Usage : ${command}" 
    … …  
    9085# n.a. 
    9186# 
    92 tmpdir=${PROJECT_LOG}/aeres2007_2012/ 
    93 dirwww=${PROJECT_OD}/aeres2007_2012/ 
     87tmpdir=${PROJECT_LOG}/gtbiblio/aeres2007_2012/ 
     88dirwww=${PROJECT_OD}/public_html/gtbiblio/aeres2007_2012/ 
    9489rm -rf ${tmpdir} 2> /dev/null 
    9590mkdir -p ${tmpdir} 
    … …  
    10499# 
    105100# define bibliography reference file 
    106 biblioref_orig=../data/biblioref.bib #++ parameter 
     101biblioref_orig=${PROJECT_ID}/biblioref.bib 
    107102biblioreffull=${tmpdir}/all.bib 
    108103cp ${biblioref_orig} ${biblioreffull} 
    … …  
    151146# 
    152147# artificial header of jabref file to enforce encoding 
    153 { 
    154 echo "% This file was articifialy created for JabRef ${jabref_version}." 
    155 echo "% Encoding: ISO8859_1" 
    156 echo " " 
    157 } > ${tmpdir}/header_jabref 
     148jabref_header ${tmpdir}/header_jabref 
    158149# 
    159150cp ${tmpdir}/header_jabref ${biblioref} 
    … …  
    212203# generation one RTF file style harvard 
    213204rm ${biblioref}.harvard.jabref.rtf 2> /dev/null 
    214 java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    215 -p ./jabref.preferences.xml \ 
     205java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     206-p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    216207--output ${dirwww}/${output_title}.harvard.jabref.rtf,harvard \ 
    217208${biblioref} 
    … …  
    226217   # generation one HTML file style ${format} 
    227218   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    228    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    229    -p ./jabref.preferences.xml \ 
     219   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     220   -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    230221   --output ${dirwww}/${output_title}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    231222   ${biblioref} 
    … …  
    255246   # generation one HTML file style ${format} 
    256247   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    257    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    258       -p ./jabref.preferences.xml \ 
     248   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     249      -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    259250      --output ${dirwww}/${output_title}_${list_team_title[iteam]}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    260251      ${biblioref_team} 
    … …  
    290281   # generation one HTML file style ${format} 
    291282   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    292    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    293       -p ./jabref.preferences.xml \ 
     283   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     284      -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    294285      --output ${dirwww}/${output_title}_${list_author_file[iauthor]}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    295286      ${biblioref_author} 

  • branches/bibliolocean/src/genbib.sh

    r226 r227  
    8585# 
    8686# $URL$ 
     87# 
     88# - fplod 20120703T135330Z cratos (Linux) 
     89# 
     90#   * usage of PROJECT env. variables 
    8791# 
    8892# - fplod 20120703T105755Z cratos (Linux) 
    … …  
    251255set -u 
    252256command=$(basename ${0}) 
    253 # 
    254 jabref_version="2.6" 
    255 # 
    256 jabref_dir="/usr/home/incas/francoise/jabref-${jabref_version}_$(hostname)/" 
    257 case "$(uname -s)" in 
    258    Darwin) 
    259       jabref_dir=${jabref_dir}"JabRef.app/Contents/Resources/Java/" 
    260    ;; 
    261    Linux) 
    262    ;; 
    263    *) 
    264       echo "${command} : eee : unknown system $(uname -s)" 
    265    ;; 
    266 esac 
    267257# 
    268258system=$(uname) 
    … …  
    298288# 
    299289hostname=$(hostname) 
    300 case ${hostname} in 
    301    cratos) 
    302       tmpdir=/usr/work/incas/${LOGNAME}/gtbiblio 
    303       dirwww=/usr/work/incas/${LOGNAME}/public_html/gtbiblio/ 
    304    ;; 
    305    *) 
    306       tmpdir=/tmp/${LOGNAME}/gtbiblio 
    307       dirwww=/tmp/${LOGNAME}/public_html/gtbiblio/ 
    308    ;; 
    309 esac 
     290tmpdir=${PROJECT_LOG}/gtbiblio 
     291dirwww=${PROJECT_OD}/public_html/gtbiblio/ 
    310292rm -rf ${tmpdir} 2> /dev/null 
    311293mkdir -p ${tmpdir} 
    312294rm -rf ${dirwww} 2> /dev/null 
    313295mkdir -p ${dirwww} 
     296# 
     297. jabref_header.sh 
    314298# 
    315299# copy javascript and css for sort table in  output directory 
    … …  
    387371# define bibliography reference file 
    388372# ++ pour test biblioref_orig=../../../trunk/data/petitpoly.bib 
    389 biblioref_orig=../data/biblioref.bib #++ parameter 
     373biblioref_orig=${PROJECT_ID}/biblioref.bib #++ parameter 
    390374biblioref=${tmpdir}/all.bib 
    391375cp ${biblioref_orig} ${biblioref} 
    … …  
    498482 
    499483# artificial header of jabref file to enforce encoding 
    500 { 
    501 echo "% This file was articifialy created for JabRef ${jabref_version}." 
    502 echo "% Encoding: ISO8859_1" 
    503 echo " " 
    504 } > ${tmpdir}/header_jabref 
     484jabref_header ${tmpdir}/header_jabref 
    505485# 
    506486#list_style="amsalpha plain alpha" 
    … …  
    543523# pour vérifier que j'ai bien tout mes styles d'exportation 
    544524# pour mémoire 
    545 #java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    546 #-p ./jabref.preferences.xml -h 
     525#java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     526#-p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml -h 
    547527 
    548528# processing on the whole bibliography reference file 
    … …  
    550530# generation one RTF file style harvard 
    551531rm ${biblioref}.harvard.jabref.rtf 2> /dev/null 
    552 java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    553 -p ./jabref.preferences.xml \ 
     532java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     533-p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    554534--output ${dirwww}/${output_title}.harvard.jabref.rtf,harvard \ 
    555535${biblioref} 
    556536echo "fin rtf all" 
     537read a 
    557538# 
    558539# theses 
    … …  
    560541bibtool -- 'select={type ".*doctorat.*"}' -- 'sort.format={%d(year)%N(author)}' ${tmpdir}/tmp1.bib -o ${tmpdir}/tmp2.bib 
    561542rm ${tmpdir}/tmp1.bib 
    562 java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    563 -p ./jabref.preferences.xml \ 
     543java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     544-p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    564545--output ${dirwww}/these.html,locean_tablerefsabsbibsort \ 
    565546${tmpdir}/tmp2.bib 
    … …  
    574555-o ${tmpdir}/tmp3.bib 
    575556rm ${tmpdir}/tmp1.bib ${tmpdir}/tmp2.bib 
    576 java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    577 -p ./jabref.preferences.xml \ 
     557java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     558-p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    578559--output ${dirwww}/thesesud.html,locean_tablerefsabsbibsort \ 
    579560${tmpdir}/tmp3.bib 
    … …  
    617598   # generation one HTML file style ${format} 
    618599   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    619    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    620    -p ./jabref.preferences.xml \ 
     600   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     601   -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    621602   --output ${dirwww}/${output_title}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    622603   ${biblioref} 
    … …  
    632613format=docbook 
    633614rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    634 java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    635 -p ./jabref.preferences.xml \ 
     615java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     616-p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    636617--output ${dirwww}/${output_title}.${format}.jabref.xml,${format} \ 
    637618${biblioref} 
    … …  
    659640   # generation one HTML file style ${format} 
    660641   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    661    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    662       -p ./jabref.preferences.xml \ 
     642   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     643      -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    663644      --output ${dirwww}/${list_team_title[iteam]}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    664645      ${biblioref_team} 
    … …  
    692673   # generation one HTML file style ${format} 
    693674   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    694    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    695         -p ./jabref.preferences.xml \ 
     675   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     676        -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    696677        --output ${dirwww}/${list_affectation_title[iaffectation]}_unpublished.${format}.jabref.html,${format} \ 
    697678        ${biblioref_affectation_unpublished} 
    … …  
    719700      # generation one HTML file style ${format} 
    720701      rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    721       java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    722          -p ./jabref.preferences.xml \ 
     702      java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     703         -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    723704         --output ${dirwww}/${list_affectation_title[iaffectation]}_${iyear}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    724705         ${biblioref_affectation_year} 
    … …  
    11621143   # generation one HTML file style ${format} 
    11631144   rm ${biblioref}.${format}.jabref.html 2> /dev/null 
    1164    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    1165       -p ./jabref.preferences.xml \ 
     1145   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     1146      -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    11661147      --output ${dirwww}/${list_author_file[iauthor]}.${format}.jabref.html,${format} \ 
    11671148      ${biblioref_author} 
    … …  
    11921173 
    11931174   rm ${biblioref}.1.jabref.xml 2> /dev/null 
    1194    java -jar ${jabref_dir}/JabRef-${jabref_version}.jar -n true \ 
    1195       -p ./jabref.preferences.xml \ 
     1175   java -jar ${JABREF_DIR}/JabRef-${JABREF_VERSION}.jar -n true \ 
     1176      -p ${PROJECT}/../branches/bibliolocean/src/jabref.preferences.xml \ 
    11961177      --output ${tmpdir}/${output_title}.1.jabref.xml,prehal \ 
    11971178      ${biblioref}_hal.bib 

  • branches/bibliolocean/src/gtbiblio.xml

    r226 r227  
    100100<keyword>latex</keyword> 
    101101</keywordset> 
    102 <pubdate>20120406</pubdate> 
     102<pubdate>20120703</pubdate> 
    103103</info> 
    104104<sect1 xml:id="introduction"> 

  • branches/bibliolocean/src/makefile

    r173 r227  
    1 # module : 
     1# DESCRIPTION 
     2# =========== 
     3#  
    24# génération de la page de lien sur toutes les versions de la biblio du labo 
    35# 
     6# 
     7# SEE ALSO 
     8# ======== 
     9# 
     10# project_profile.sh 
    411# 
    512# TODO 
    … …  
    815# add genbib.sh in this file 
    916# 
    10 # EVOLUIONS 
     17# EVOLUTIONS 
    1118# ========= 
    1219# 
    … …  
    1522# $URL$ 
    1623# 
     24# - fplod 20120703T134938Z cratos (Linux) 
     25#    
     26#   * usage of PROJECT_OD 
     27#    
    1728# - fplod 20120406 
    1829#    
    … …  
    3748 
    3849DIRWWW = \ 
    39 /usr/work/incas/$(LOGNAME)/public_html/$(PRODUCT)/ 
     50$(PROJECT_OD)/public_html/$(PRODUCT)/ 
    4051 
    4152URLPUBLISH = \ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.