Changes between Version 29 and Version 30 of reduced_IPSLCM6


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07/11/19 14:51:09 (4 years ago)
Author:
snguyen
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  • reduced_IPSLCM6

    v29 v30  
    3373371. Edit `opa9.card` in `COMP` 
    338338 
     339The experiment we installed is a picontrol for an ORCA1 configuration. Because we are running an ORCA2 simulation we need to change the boundary files in the .card file. 
     340 
     341Replace: 
     342{{{ 
     343ListNonDel= (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/coordinates.nc                     , .  ), \ 
     344            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/coordinates_xios.nc                , .  ), \ 
     345            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/${opa9_UserChoices_ORCA_version}_bathy_meter.nc    , bathy_meter.nc ), \ 
     346            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/runoffs_${opa9_UserChoices_ORCA_version}_depths.nc    , runoffs_eORCA1.0_depths.nc   ), \ 
     347            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/ahmcoef.nc                         , .  ), \ 
     348            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/mask_itf.nc                        , .  ), \ 
     349            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/maskMFO_opa.nc                     , .  ), \ 
     350            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/K1rowdrg.nc                        , K1rowdrg.nc     ), \ 
     351            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/M2rowdrg.nc                        , M2rowdrg.nc     ), \ 
     352            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/subbasins_v10.nc                   , subbasins.nc    ), \ 
     353            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/Goutorbe_ghflux.nc                                   ,  . ), \ 
     354            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/conservative_temperature_WOA13_decav_Reg1L75_clim.nc ,  . ), \ 
     355            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/absolute_salinity_WOA13_decav_Reg1L75_clim.nc        ,  . ), \ 
     356            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/weights_3D_WOA13d1_2_eorca1_bilinear.nc              ,  . ), \ 
     357            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/weights_Goutorbe1_2_eorca1_bilinear.nc               ,  . ), \ 
     358            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/merged_ESACCI_BIOMER4V1R1_CHL_REG05.nc               ,  . ), \ 
     359            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/weights_reg05_2_eorca1_bilinear.nc                   ,  . ), \ 
     360            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/mixing_power_bot.nc                                  ,  . ), \ 
     361            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/mixing_power_pyc.nc                                  ,  . ), \ 
     362            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/mixing_power_cri.nc                                  ,  . ), \ 
     363            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/decay_scale_bot.nc                                   ,  . ), \ 
     364            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/decay_scale_cri.nc                                   ,  . ), \ 
     365            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/vosaline_360x180-ORCA1_WOA13_climatemonth.nc         , sali_ref_clim_monthly.nc ), \ 
     366            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/runoff-icb_DaiTrenberth_Depoorter_eORCA1_JD.nc       ,.) 
     367}}} 
     368 
     369by: 
     370 
     371{{{ 
     372ListNonDel= (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/coordinates.nc                          , .), \ 
     373            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/bathy_meter.nc                          , .), \ 
     374            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/ahmcoef.nc                              , .), \ 
     375            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/runoffs_ORCA2_depths.nc                 , .), \ 
     376            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/data_1m_potential_temperature_nomask.nc , .), \ 
     377            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/geothermal_heating.nc                   , .), \ 
     378            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/data_1m_salinity_nomask.nc              , .), \ 
     379            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/sss_data.nc                             , .), \ 
     380            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/sst_data.nc                             , .), \ 
     381            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/chlorophyll_surface.nc                  , .), \ 
     382            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/K1rowdrg.nc                             , .), \ 
     383            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/M2rowdrg.nc                             , .), \ 
     384            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/mask_itf.nc                             , .), \ 
     385            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/sali_ref_clim_monthly.nc                , .), \ 
     386            (${R_IN}/OCE/IPSLCM6/${opa9_UserChoices_ORCA_version}/subbasins.nc                            , .) 
     387}}} 
     388 
     389Next we need to change the `context.xml` file to remove the unwanted components, i.e. PISCES. 
     390 
     391The simulation will run with a modified copy of `ORCA1_LIM3_PISCES/EXP00/context.xml` located in `PARAM` 
     392 
     393In `[ParametersFiles]` section set the line indicating where to get `context.xml` to: 
     394{{{ 
     395(${SUBMIT_DIR}/PARAM/context_nemo.xml                                             , context_nemo.xml    ), \ 
     396}}} 
     397 
     398Be careful not to leave any character after the`\`. 
     399 
     4002. Set the `context.xml` file in `PARAM` directory. 
     401 
     402Copy `context.xml` from `NEMOGCM/CONFIG/ORCA1_LIM3_PISCES/EXP00` in `PARAM`. 
     403 
     404Edit the file to comment the lines related to pisces : 
     405{{{ 
     406<!-- Fields definition --> 
     407    <field_definition src="./field_def_nemo-opa.xml"/>   <!--  NEMO ocean dynamics                     --> 
     408    <field_definition src="./field_def_nemo-lim.xml"/>   <!--  NEMO ocean sea ice                      --> 
     409    <!-- 
     410    <field_definition src="./field_def_nemo-pisces.xml"/>   <!--  NEMO ocean biogeochemistry with PISCES  --> 
     411    <!-- 
     412    <field_definition src="./field_def_nemo-inerttrc.xml"/>   <!--  NEMO ocean biogeochemistry with PISCES  --> 
     413}}} 
     414 
     415and 
     416 
     417{{{ 
     418<!-- Files definition --> 
     419    <file_definition src="./file_def_nemo-opa.xml"/>     <!--  NEMO ocean dynamics                     --> 
     420    <file_definition src="./file_def_nemo-lim.xml"/>     <!--  NEMO ocean sea ice                      --> 
     421    <!-- 
     422    <file_definition src="./file_def_nemo-pisces.xml"/>     <!--  NEMO ocean biogeochemistry with PISCES  --> 
     423}}} 
     424