1 | ! -*- Mode: f90 -*- |
---|
2 | !$Id$ |
---|
3 | ! f90 -L/usr/local/lib -lnetcdf -align dcommons -g |
---|
4 | ! -ladebug -check format -check bounds |
---|
5 | ! -check output_conversion -fpe1 |
---|
6 | ! -I/usr/local/include -free -arch host -tune host |
---|
7 | ! -warn declarations -warn argument_checking |
---|
8 | ! ncunderflow.f -o ncunderflow |
---|
9 | ! |
---|
10 | ! ifc -FR -cl,ncunderflow.pcl -o ncunderflow ncunderflow.f |
---|
11 | ! -L/usr/local/install/netcdf/lib/libnetcdf.a -lPEPCF90 |
---|
12 | ! |
---|
13 | MODULE declare |
---|
14 | IMPLICIT NONE |
---|
15 | INTEGER, PARAMETER :: r4 = 4, r8 = 8, i4 = 4, i8 = 8 |
---|
16 | INTEGER, PARAMETER :: il = KIND(1) |
---|
17 | LOGICAL :: ldebug = .FALSE. |
---|
18 | INTEGER (kind = il) :: nout = 0, nerr = 0 ! Standard output, standard error |
---|
19 | CHARACTER (LEN=4), PARAMETER :: cerror = 'VOID' |
---|
20 | END MODULE declare |
---|
21 | !! |
---|
22 | MODULE mod_nfdiag |
---|
23 | CONTAINS |
---|
24 | SUBROUTINE nfdiag ( kios, clmess, lcd) |
---|
25 | !! |
---|
26 | !! Imprime un message d'erreur NetCDF |
---|
27 | !! |
---|
28 | USE declare |
---|
29 | IMPLICIT NONE |
---|
30 | INCLUDE 'netcdf.inc' |
---|
31 | !! |
---|
32 | INTEGER (kind=i4), INTENT (in) :: kios |
---|
33 | CHARACTER (len = *), INTENT (in) :: clmess |
---|
34 | LOGICAL, INTENT (in), OPTIONAL :: lcd |
---|
35 | CHARACTER (len = 80) :: clt |
---|
36 | LOGICAL :: ld |
---|
37 | !! |
---|
38 | IF ( PRESENT ( lcd)) THEN |
---|
39 | ld = lcd |
---|
40 | ELSE |
---|
41 | ld = ldebug |
---|
42 | ENDIF |
---|
43 | !! |
---|
44 | clt = TRIM ( NF_STRERROR ( kios) ) |
---|
45 | !! |
---|
46 | IF ( ld ) THEN |
---|
47 | IF ( kios == NF_NOERR ) THEN |
---|
48 | WRITE ( unit = nout, fmt = * ) "OK : ", TRIM (clmess) |
---|
49 | ELSE |
---|
50 | WRITE ( unit = nout, fmt = * ) "ERROR : ", TRIM (clmess), " : ", TRIM ( clt), " : ", kios |
---|
51 | IF ( .NOT. ld ) STOP |
---|
52 | END IF |
---|
53 | ELSE |
---|
54 | IF ( kios /= NF_NOERR ) THEN |
---|
55 | WRITE ( unit = nout, fmt = * ) "ERROR : ", TRIM (clmess), " : ", TRIM ( clt), " : ", kios |
---|
56 | STOP |
---|
57 | END IF |
---|
58 | ENDIF |
---|
59 | !! |
---|
60 | RETURN |
---|
61 | !! |
---|
62 | END SUBROUTINE nfdiag |
---|
63 | !! |
---|
64 | END MODULE mod_nfdiag |
---|
65 | |
---|
66 | MODULE mod_lec |
---|
67 | CONTAINS |
---|
68 | !! |
---|
69 | SUBROUTINE lec (chaine, cval, c_c) |
---|
70 | !! |
---|
71 | USE declare |
---|
72 | IMPLICIT NONE |
---|
73 | !! |
---|
74 | CHARACTER (len = *), INTENT ( inout) :: chaine |
---|
75 | CHARACTER (len = *), INTENT ( inout) :: cval |
---|
76 | CHARACTER (len=*), OPTIONAL :: c_c |
---|
77 | INTEGER (kind = il) :: ji, ji1, ji2, ji3, jl, jb |
---|
78 | INTEGER (kind = i4) :: index |
---|
79 | !! |
---|
80 | !! Read character string up to ':' or ',', or in c_c if present |
---|
81 | !! Returns the real before the character (xerror if not available) |
---|
82 | !! Reduce the string |
---|
83 | !! |
---|
84 | jl = LEN (chaine) ; jb = LEN_TRIM (chaine) |
---|
85 | IF ( ldebug) WRITE ( nout, *) 'Lec : jl, jb ', jl, jb |
---|
86 | IF ( jb == 0 ) THEN |
---|
87 | cval = cerror |
---|
88 | ELSE |
---|
89 | ji1 = INDEX (chaine, ':') ; ji2 = INDEX (chaine, ',') |
---|
90 | IF ( PRESENT (c_c)) THEN |
---|
91 | ji3 = INDEX (chaine, c_c) ; ji = MAX (ji1, ji2, ji3) |
---|
92 | ELSE |
---|
93 | ji = MAX (ji1, ji2) |
---|
94 | ENDIF |
---|
95 | IF ( ji == 0 ) THEN |
---|
96 | READ ( chaine (1:jb) , fmt = * ) cval |
---|
97 | chaine (1:jl-jb) = chaine (jb+1:jl) |
---|
98 | ELSE IF ( ji == 1 ) THEN |
---|
99 | cval = cerror |
---|
100 | chaine (1:jl-1) = chaine (2:jl) |
---|
101 | ELSE |
---|
102 | cval = chaine (1:ji-1) |
---|
103 | chaine (1:jl-ji) = chaine (ji+1:jl ) |
---|
104 | END IF |
---|
105 | END IF |
---|
106 | !! |
---|
107 | END SUBROUTINE lec |
---|
108 | END MODULE mod_lec |
---|
109 | |
---|
110 | PROGRAM ncunderflow |
---|
111 | |
---|
112 | ! Ce programme ouvre un fichier de donnees au format netcdf |
---|
113 | ! et met a zero toutes les valeurs trop petites pour etre |
---|
114 | ! representees par un reel sur 4 octets au format IEEE |
---|
115 | ! |
---|
116 | ! Revision 2.0 2004/04/05 14:47:50 adm |
---|
117 | ! JB+MAF+AC: switch to IOIPSL 2.0 (1) |
---|
118 | ! |
---|
119 | ! Revision 1.1 2003/04/09 15:21:56 adm |
---|
120 | ! add ncunderflow in IOIPSL |
---|
121 | ! and modify AA_make to take it into account |
---|
122 | ! SD + MAF |
---|
123 | ! |
---|
124 | ! Revision 1.1 2001/02/07 14:36:07 jypeter |
---|
125 | ! J-Y Peterschmitt / LMCE / 07/02/2001 |
---|
126 | ! Initial revision |
---|
127 | ! |
---|
128 | USE declare |
---|
129 | USE mod_nfdiag |
---|
130 | USE mod_lec |
---|
131 | IMPLICIT NONE |
---|
132 | |
---|
133 | INCLUDE 'netcdf.inc' |
---|
134 | |
---|
135 | INTEGER (kind=il), EXTERNAL :: iargc |
---|
136 | |
---|
137 | ! Nombre maximal de dimensions : 6 |
---|
138 | |
---|
139 | INTEGER (kind=il), PARAMETER :: jpmaxdim = 6, jpmaxvar = 1024 |
---|
140 | |
---|
141 | CHARACTER (len = 128) :: clnomprog, clnomfic |
---|
142 | CHARACTER (len = 1024) :: clistvar, clecline |
---|
143 | CHARACTER (len = 128), DIMENSION(jpmaxdim) :: clnomdim |
---|
144 | CHARACTER (len = 128), DIMENSION(jpmaxvar) :: clvarcmd, clvarfic, clvar ! Nom des variables dans le fichier est sur la ligne de commande. |
---|
145 | LOGICAL :: lrever = .FALSE. ! Si .true., on traite toutes les variables sauf celle de la ligne de commande |
---|
146 | LOGICAL :: lnocoord = .FALSE. ! Si .truee., on exclu les variables coordonnées |
---|
147 | LOGICAL :: lverbose = .TRUE. |
---|
148 | |
---|
149 | INTEGER (kind=il) :: incid, ircode, ivarid, ivartype, inbdim, inbatt |
---|
150 | INTEGER (kind=il) :: nvarcmd, nvarfic, nvar, nfile, jvarcmd, jvarfic, jvar, jfile, ierr |
---|
151 | INTEGER (kind=il) :: ji, jdim3, jdim4, jdim5, jdim6, j1, j2, j3, jarg, ncumul |
---|
152 | INTEGER (kind=il), DIMENSION(jpmaxdim) :: idimid, idimsize, istart, icount |
---|
153 | REAL (kind=r4), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: zdatacorr |
---|
154 | REAL (kind=r8), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: zdata |
---|
155 | REAL (kind=r4) :: reps = TINY (1.0_r4) * 10.0_r4 |
---|
156 | LOGICAL :: lok |
---|
157 | |
---|
158 | ! Verification du nombre de parametres |
---|
159 | IF(iargc() .LT. 2) THEN |
---|
160 | CALL usage |
---|
161 | STOP |
---|
162 | ENDIF |
---|
163 | |
---|
164 | ! Aide |
---|
165 | jarg = 1 |
---|
166 | Lab1: DO WHILE ( jarg <= 3 ) |
---|
167 | IF (ldebug) WRITE(nout,*) 'lecture ligne commande ', jarg |
---|
168 | CALL getarg (jarg,clecline) |
---|
169 | IF ( clecline(1:1) /= '-' ) EXIT Lab1 |
---|
170 | IF ( clecline(1:2) == '-h' .OR. clecline(1:2) == '-?' ) THEN |
---|
171 | CALL usage |
---|
172 | STOP |
---|
173 | ELSE IF ( clecline(1:2) == '-x' ) THEN |
---|
174 | lrever = .TRUE. |
---|
175 | ELSE IF ( clecline(1:2) == '-d' ) THEN |
---|
176 | ldebug = .TRUE. |
---|
177 | ELSE IF ( clecline(1:2) == '-V' ) THEN |
---|
178 | lverbose = .FALSE. |
---|
179 | ELSE IF ( clecline(1:2) == '-v' ) THEN |
---|
180 | jarg = jarg + 1 |
---|
181 | ! Recuperation des noms de variables |
---|
182 | IF (ldebug) WRITE(nout,*) 'lecture liste vriables ', jarg |
---|
183 | CALL getarg (jarg,clistvar) |
---|
184 | clistvar = TRIM(ADJUSTL(clistvar)) |
---|
185 | jvarcmd = 0 ; nvarcmd = 0 |
---|
186 | SeekVar: DO WHILE ( .TRUE. ) |
---|
187 | CALL lec ( clistvar, clvarcmd(jvarcmd+1)(:) ) |
---|
188 | IF ( TRIM(clvarcmd(jvarcmd+1)(:)) == cerror ) EXIT SeekVar |
---|
189 | jvarcmd = jvarcmd + 1 |
---|
190 | nvarcmd = jvarcmd |
---|
191 | IF (ldebug) WRITE(nout,*) 'affecte variable ', jvarcmd, TRIM(clvarcmd(jvarcmd)) |
---|
192 | END DO SeekVar |
---|
193 | ENDIF |
---|
194 | jarg = jarg + 1 |
---|
195 | END DO Lab1 |
---|
196 | |
---|
197 | ! Boucle sur les fichiers |
---|
198 | FileLoop: DO jfile = jarg, iargc() |
---|
199 | |
---|
200 | ! Recuperation du nom du fichier a traiter |
---|
201 | CALL getarg ( jfile, clnomfic) |
---|
202 | |
---|
203 | ! Ouverture du fichier |
---|
204 | CALL nfdiag ( NF_OPEN ( TRIM(clnomfic), NF_WRITE, incid ), "Opening " // TRIM(clnomfic) ) |
---|
205 | WRITE (nout,*) TRIM(clnomfic) |
---|
206 | |
---|
207 | ! Recuparation de la liste des variables du fichier |
---|
208 | nvarfic = 0 |
---|
209 | DO jvarfic = 1, jpmaxvar |
---|
210 | j3 = NF_INQ_VAR ( incid, jvarfic, clvarfic(jvarfic)(:), ivartype, inbdim, idimid, inbatt) |
---|
211 | IF ( j3 /= NF_NOERR ) EXIT |
---|
212 | nvarfic = jvarfic |
---|
213 | END DO |
---|
214 | |
---|
215 | ! Liste des variables a traiter |
---|
216 | IF ( lrever ) THEN |
---|
217 | IF ( nvarcmd == 0) THEN |
---|
218 | clvar = clvarfic |
---|
219 | nvar = nvarfic |
---|
220 | ELSE |
---|
221 | jvar = 0 |
---|
222 | DO jvarfic = 1, nvarfic |
---|
223 | lok = .TRUE. |
---|
224 | DO jvarcmd = 1, nvarcmd |
---|
225 | IF ( TRIM(clvarfic(jvarfic)(:)) == TRIM(clvarcmd(jvarcmd)(:)) ) THEN |
---|
226 | lok = .FALSE. |
---|
227 | END IF |
---|
228 | END DO |
---|
229 | IF ( lok) THEN |
---|
230 | jvar = jvar + 1 |
---|
231 | clvar(jvar) = clvarfic(jvarfic) |
---|
232 | END IF |
---|
233 | END DO |
---|
234 | nvar = jvar |
---|
235 | END IF |
---|
236 | ELSE |
---|
237 | clvar = clvarcmd |
---|
238 | nvar = nvarcmd |
---|
239 | END IF |
---|
240 | |
---|
241 | ncumul = 0 |
---|
242 | VarLoop: DO jvar = 1, nvar |
---|
243 | |
---|
244 | IF (lverbose) & |
---|
245 | & WRITE(nout, FMT='("Correction de ", A, " dans ", A, " : ", $)') TRIM(clvar(jvar)(:)), TRIM(clnomfic) |
---|
246 | |
---|
247 | ! Passage de netcdf en mode 'erreurs non fatales' |
---|
248 | ! CALL ncpopt(NCVERBOS) |
---|
249 | ! En fait, on reste dans le mode par defaut, dans lequel une erreur |
---|
250 | ! netcdf cause un arret du programme. Du coup, il n'est pas |
---|
251 | ! necessaire de tester la valeur de la variable ircode |
---|
252 | ! ATTENTION! Si jamais on veut arreter le programme a cause d'une |
---|
253 | ! erreur ne provenant pas de netcdf, il faut penser a fermer |
---|
254 | ! manuellement le fichier avec un appel a ncclos |
---|
255 | |
---|
256 | ! Recuperation de l'identificateur de la variable |
---|
257 | CALL nfdiag ( NF_INQ_VARID ( incid, TRIM(clvar(jvar)(:)), ivarid), "Get var id " // TRIM(clvar(jvar)(:))) |
---|
258 | |
---|
259 | ivartype = 0 ; idimid = 0 ; inbdim = 0 ; inbatt = 0 |
---|
260 | ! Recuperation du nombre de dimensions de la variable |
---|
261 | CALL nfdiag ( NF_INQ_VAR ( incid, ivarid, clvar(jvar)(:), ivartype, inbdim, idimid, inbatt), & |
---|
262 | & "Get var info " // TRIM(clvar(jvar)(:))) |
---|
263 | |
---|
264 | IF(inbdim .GT. jpmaxdim) THEN |
---|
265 | WRITE(nout,*) |
---|
266 | WRITE(nout, *) 'La variable ', TRIM(clvar(jvar)(:)), ' a trop de dimensions' |
---|
267 | CALL nfdiag ( NF_CLOSE (incid), "Closing file") |
---|
268 | STOP |
---|
269 | ENDIF |
---|
270 | |
---|
271 | ! Recuperation des dimensions effectives |
---|
272 | idimsize(3:jpmaxdim) = 1 ! Au cas ou la variable n'ait que |
---|
273 | ! 2 ou 3 dims, on initialise ces valeurs |
---|
274 | ! qui serviront dans le controle des boucles |
---|
275 | ! et qui auraient une valeur indefinie sinon |
---|
276 | DO ji = 1, inbdim |
---|
277 | CALL nfdiag ( NF_INQ_DIM ( incid, idimid(ji), clnomdim(ji), idimsize(ji)), "NF_INQ_DIM") |
---|
278 | IF (lverbose) WRITE(nout, '(A,A,A,I3,$)') ' ', TRIM(clnomdim(ji)), ' = ', idimsize(ji) |
---|
279 | IF ( idimsize(ji) == 0 ) THEN |
---|
280 | WRITE(nout, '(A,A,A,A,I3)') TRIM(clvar(jvar)(:)), ', ', TRIM(clnomdim(ji)), ' = ', idimsize(ji) |
---|
281 | CYCLE VarLoop |
---|
282 | END IF |
---|
283 | ENDDO |
---|
284 | IF (lverbose) WRITE(nout,*) |
---|
285 | idimsize = MAX ( idimsize, 1) |
---|
286 | ncumul = ncumul + 1 |
---|
287 | |
---|
288 | ! Determination du type de la variable, en fonction du nom de |
---|
289 | ! la premiere dimension |
---|
290 | !$$$ IF(INDEX(TRIM(clnomdim(1)),'ongitude') .NE. 0) THEN |
---|
291 | !$$$ ! var de type map ou 3d |
---|
292 | !$$$ write(nout, *) ' --> MAP/3D' |
---|
293 | !$$$ ELSE IF(INDEX(TRIM(clnomdim(1)),'atitude') .NE. 0) THEN |
---|
294 | !$$$ ! var de type xsec |
---|
295 | !$$$ write(nout, *) ' --> XSEC' |
---|
296 | !$$$ ELSE |
---|
297 | !$$$ WRITE(nout, *) |
---|
298 | !$$$ WRITE(nout, *) 'Bizarre, la premiere dimension n''est ni "longitude" ni "latitude"' |
---|
299 | !$$$ CALL ncclos(incid, ircode) |
---|
300 | !$$$ STOP |
---|
301 | !$$$ ENDIF |
---|
302 | |
---|
303 | ! Reservation de memoire pour charger et traiter |
---|
304 | ! une grille idimsize(1)*idimsize(2) de la variable |
---|
305 | ALLOCATE(zdata(idimsize(1), idimsize(2)), stat=ierr) |
---|
306 | IF(ierr .NE. 0) THEN |
---|
307 | WRITE(nout, *) 'Erreur d''allocation memoire pour zdata' |
---|
308 | CALL nfdiag ( NF_CLOSE (incid), "NF_CLOSE") |
---|
309 | STOP |
---|
310 | ENDIF |
---|
311 | ALLOCATE(zdatacorr(idimsize(1), idimsize(2)), stat=ierr) |
---|
312 | IF(ierr .NE. 0) THEN |
---|
313 | WRITE(nout, *) 'Erreur d''allocation memoire pour zdatacorr' |
---|
314 | CALL nfdiag ( NF_CLOSE (incid), "NF_CLOSE") |
---|
315 | STOP |
---|
316 | ENDIF |
---|
317 | |
---|
318 | ! Parametrisation de la partie de la variable a charger en memoire |
---|
319 | ! (une 'grille' que l'on lira autant de fois qu'il y a de niveaux et |
---|
320 | ! de pas de temps) |
---|
321 | ! Rappel : seuls les elements 1..inbdim des tableaux sont |
---|
322 | ! significatifs et utiles |
---|
323 | |
---|
324 | icount = 0 |
---|
325 | |
---|
326 | DO jdim6 = 1, idimsize(6) |
---|
327 | DO jdim5 = 1, idimsize(5) |
---|
328 | DO jdim4 = 1, idimsize(4) |
---|
329 | DO jdim3 = 1, idimsize(3) |
---|
330 | istart = (/ 1 , 1 , jdim3, jdim4, jdim5, jdim6 /) |
---|
331 | icount = (/ idimsize(1), idimsize(2), 1 , 1 , 1 , 1 /) |
---|
332 | |
---|
333 | ! Chargement d'une 'grille' de donnees, en real*8 |
---|
334 | CALL nfdiag ( NF_GET_VARA_DOUBLE(incid, ivarid, istart(1:inbdim), icount(1:inbdim), zdata), & |
---|
335 | & "NF_GET_VARA_DOUBLE") |
---|
336 | ! Mise a zero de toutes les valeurs trop petites pour etre |
---|
337 | ! representees par un reel sur 4 octets au format IEEE. |
---|
338 | ! Le truc est de faire une operation nulle (addition de 0) |
---|
339 | ! sur des donnees qui posent problemes, EN AYANT COMPILE LE PROG |
---|
340 | ! AVEC l'OPTION "-fpe1". Dans ce cas, les valeurs trop petites |
---|
341 | ! sont remplacees par zero (0.0) et le programme continue, |
---|
342 | ! au lieu de planter. |
---|
343 | ! Il est possible de faire afficher le nb de valeurs qui ont pose |
---|
344 | ! un pb en utilisant en plus l'option "-check underflow" |
---|
345 | zdata = zdata + 0.0_r8 |
---|
346 | zdatacorr = REAL(zdata, KIND=r4) |
---|
347 | WHERE ( ABS (zdatacorr) < reps) zdatacorr = 0.0_r4 |
---|
348 | |
---|
349 | ! Sauvegarde de la grille corrigee dans le fichier |
---|
350 | ! (a la place de la grille initiale), en real*4 |
---|
351 | CALL nfdiag ( NF_PUT_VARA_REAL(incid, ivarid, istart, icount, zdatacorr), "NF_PUT_VARA_REAL" ) |
---|
352 | |
---|
353 | END DO |
---|
354 | END DO |
---|
355 | END DO |
---|
356 | END DO |
---|
357 | |
---|
358 | DEALLOCATE ( zdata) |
---|
359 | DEALLOCATE ( zdatacorr) |
---|
360 | |
---|
361 | END DO VarLoop |
---|
362 | |
---|
363 | WRITE (nout,*) 'ncunderflow, nombre de variables corrigees : ', ncumul |
---|
364 | |
---|
365 | ! Fermeture du fichier |
---|
366 | CALL nfdiag ( NF_CLOSE (incid), "Closing" ) |
---|
367 | |
---|
368 | END DO FileLoop |
---|
369 | |
---|
370 | CONTAINS |
---|
371 | SUBROUTINE usage |
---|
372 | IMPLICIT NONE |
---|
373 | CALL getarg (0, clnomprog) |
---|
374 | |
---|
375 | WRITE(nout, FMT='("Command : ", A)') TRIM(clnomprog) |
---|
376 | WRITE(nout, FMT='("Removes underflows in NetCDF files") ') |
---|
377 | WRITE(nout, FMT='("Usage : ", A, " [-x] [-V] [-d] -v nomvar[,nomvar] nomfic [nomfic]")' ) TRIM(clnomprog) |
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378 | WRITE(nout, FMT='("Options : ")' ) |
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379 | WRITE(nout, FMT='(" -V : mode verbose off. Default is verbose on.")' ) |
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380 | WRITE(nout, FMT='(" -d : debug mode on. Default is debug off.")' ) |
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381 | WRITE(nout, FMT='(" -v : gives list of variables to be corrected, separated by a coma.")' ) |
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382 | WRITE(nout, FMT='(" -x : reverses meaning of -v : given variable are not corrected")' ) |
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383 | WRITE(nout, FMT='(" if -x is given, and not -v, all variables are corrected.")' ) |
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384 | |
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385 | |
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386 | STOP |
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387 | END SUBROUTINE usage |
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388 | |
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389 | END PROGRAM ncunderflow |
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