source: TOOLS/CMIP6_FORCING/OZONE/clims_CMIP6.bash @ 3870

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Available datasets list on ciclad extended.
Genral tools contained in tools.bash are now fully independent of the main script clims_CMIP6.

  • Property svn:executable set to *
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Line 
1#!/bin/bash
2module load nco/4.6.9
3
4#=== Indices of chosen datasets among available collection (see DATANAMES after)
5DOPROCESS=('n' 'y')          #--- PROCESSED DATA TYPES (SSTandSeaIce, ozone)
6IXPROCESS=("0" "5 6 7")      #--- PROCESSED DATASETS INDICES
7recomp='n'                   #--- RECOMPUTE FILES THAT ARE ALREADY PRESENT (y/n)
8
9#===============================================================================
10#=== DETERMINE THE MACHINE NAME ================================================
11#===============================================================================
12if   [ ${HOSTNAME:0:3} = 'ada'    ]; then machine='ada';    work=$WORKDIR
13elif [ ${HOSTNAME:0:5} = 'curie'  ]; then machine='curie'work=$CCCWORKDIR
14elif [ ${HOSTNAME:0:6} = 'ciclad' ]; then machine='ciclad'; work=/home/$USER/tmp
15else echo "Not set up for this machine yet, sorry."; exit; fi
16export machine=$machine
17
18#===============================================================================
19#=== PARAMETERS NOT SUPPOSED TO BE CHANGED OFTEN ===============================
20#===============================================================================
21case $machine in
22  ada)    work=$WORKDIR
23          DATAIN=""
24          DATAOU='/workgpfs/rech/psl/rpsl035/IGCM/ATM'    ;;
25  curie)  work=$WORKDIR
26          DATAIN=""
27          DATAOU='/ccc/work/cont003/igcmg/igcmg/IGCM/ATM' ;;
28  ciclad) work=/data/$USER
29          DATAIN='/prodigfs/project'
30          DATAOU='/prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM/ATM'        ;;
31esac
32if [ "$DATAIN" = "" ]; then echo "Raw data folder for $machine has to be specified."; exit; fi
33# DATAOU=/data/dcugnet$DATAOU  # No write acces to $DATAOU => temporary storage space.
34
35#--- DATA TO TREAT (INTERANNUAL AND CLIMATOLOGIES): "SSTsAndSeaIce" "ozone":
36DATATYPES=('SSTsAndSeaIce' 'ozone')
37f='${var}_${datasets}_${datatype}_${project}_${dataset}_${grid}_${Yb}01-${Ye}??.nc'
38FILES_IN=("input4MIPs/CMIP6/CMIP/PCMDI/PCMDI-AMIP-1-1-0/ocean/mon/\${var}/gn/v20160609/$f  \
39           input4MIPs/CMIP6/CMIP/PCMDI/PCMDI-AMIP-1-1-1/ocean/mon/\${var}/gn/v20161020/$f  \
40           input4MIPs/CMIP6/CMIP/PCMDI/PCMDI-AMIP-1-1-2/ocean/mon/\${var}/gn/v20170419/$f  \
41           input4MIPs/CMIP6/CMIP/PCMDI/PCMDI-AMIP-1-1-3/ocean/mon/\${var}/gn/v20171031/$f  \
42           input4MIPs/CMIP6/CMIP/PCMDI/PCMDI-AMIP-1-1-4/ocean/mon/\${var}/gn/v20180427/$f" \
43          "input4MIPs/CMIP6/CMIP/UReading/UReading-CCMI-1-0/atmos/mon/\${var}/gn/v20160711/$f   \
44           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-stratO3-1-0/atmos/mon/\${var}/gn/v20170814/$f \
45           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-nat-1-0/atmos/mon/\${var}/gn/v20180503/$f     \
46           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-sol-1-0/atmos/mon/\${var}/gn/v20180503/$f     \
47           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-volc-1-0/atmos/mon/\${var}/gn/v20180503/$f    \
48           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-sol-1-1/atmos/mon/\${var}/gn/v20180525/$f     \
49           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-nat-1-1/atmos/mon/\${var}/gn/v20180525/$f     \
50           input4MIPs/CMIP6/DAMIP/CCCma/CCMI-hist-volc-1-1/atmos/mon/\${var}/gn/v20180525/$f")
51CLIMS_IN=("/ / / / /" \
52          "input4MIPs/CMIP6/CMIP/UReading/UReading-CCMI-1-0/atmos/monC/\${var}/gn/v20160830/$f  /  /  /  /")
53VARNAM_IN=('tosbcs siconcbcs' 'vmro3')
54DIRSTRUCT='datasets/exercise/project/origin/dataset/domain/frequency/var/grid/version/'
55DATADATES=()                                #--- DETERMINED LATER
56
57#--- RESULTS STORAGE
58if [ ! -d $DATAOU ]; then mkdir -p $DATAOU; fi
59FILES_OU=('LIMIT/AMIP.${version}/original/amipbcs_${var}_360x180_${Y}.nc' \
60          'OZONE/${origin}/${dataset}.${version}/original/${var}_${Y}.nc')
61#           SSTsAndSeaIce:        ozone:
62VARNAM_OU=('tosbcs sicbcs'       'tro3')    #--- VARIABLES NAMES IN FILES
63VARNAMFOU=('sst sic'             'tro3')    #--- VARIABLES NAMES FOR FILES NAMES
64CLIMDATES=('1870-1899 1979-2008' '1850-1879 1979-2008')
65coords="X:longitude Y:latitude Z:plev"      #--- COORDINATES NAMES KNOWN BY ce0l
66
67#=== EXCEPTIONS FOR STORAGE TREE ERRORS: variables not deduced from folder name parsing
68ex="PCMDI-AMIP-1-1-0:grid=gs1x1"  # <dset>:<var>=<val> if dataset=dset: export var=val
69
70#==================================================================================
71#=== FEW FUNCTIONS (not specific to this script)
72#==================================================================================
73source tools.bash
74
75#=== DETERMINE TIME INTERVALS AND DISPLAY WHAT DATASET ARE ABOUT TO BE TREATED
76for i in $(eval echo {0..$((${#DATATYPES[@]}-1))}); do
77  fin=${FILES_IN[$i]}; dt=${DATATYPES[$i]}; var=${VARNAM_IN[$i]%% *}
78  DATADATES[$i]=$(get_date $var $dt $DATAIN $DIRSTRUCT $fin $ex)
79  date=(${DATADATES[$i]}); fin=($fin); if [ ${DOPROCESS[$i]} != 'y' ]; then continue; fi
80  echo ">> Chosen $dt:"
81  for ka in ${IXPROCESS[$i]}; do echo "  * ${fin[$ka]%/*} (${date[$ka]%-*})"; done
82done
83
84#==================================================================================
85for i in $(eval echo {0..$((${#DATATYPES[@]}-1))}); do     #=== LOOP ON DATASETS
86#==================================================================================
87  if [ ${DOPROCESS[$i]} != 'y' ]; then continue; fi
88     dt=${DATATYPES[$i]}                                   #=== SSTAndSeaIce, ozone...
89    fin=(${FILES_IN[$i]}); vin=(${VARNAM_IN[$i]})          #=== INPUT FILE/VAR NAMES (each version)
90     fou=${FILES_OU[$i]} ; vou=(${VARNAM_OU[$i]})          #=== OUTPUT FILE/VAR NAMES (single pair)
91  date=(${DATADATES[$i]})                                  #=== ${Yb}-${Ye}-${dY}
92   vfo=(${VARNAMFOU[$i]})                                  #=== VARNAME, FOR FILE NAMING
93    cli=(${CLIMS_IN[$i]})                                  #=== SINGLE FILE CLIMATO
94  #================================================================================
95  for is in ${IXPROCESS[$i]}; do                           #=== LOOP ON VERSIONS
96  #================================================================================
97    parse_dir ${fin[$is]} $DIRSTRUCT $ex                   #--- Parse input directory
98    dso=$dataset                                           #--- For naming purpose
99    case $dt in                                            #--- NAMING EXCEPTIONS
100      ozone) dso=${dso#*hist-}; dso=hist-${dso%%-*}
101                    if [ "$dataset" = "UReading-CCMI-1-0" ]; then dso="historical"; fi ;;
102      SSTAndSeaIce) if [ "$dataset" =  "PCMDI-AMIP-1-1-0" ]; then dso='AMIP'; fi ;;
103    esac
104    #==============================================================================
105    for iv in $(eval echo {0..$((${#vin[@]}-1))}); do      #--- Loop on variables
106    #==============================================================================
107      da=${date[$is]}; Yb=${da%%-*}; Ye=${da#*-}; dY=${Ye##*-}; Ye=${Ye%-*}
108      v_in=${vin[$iv]}; v_ou=${vou[$iv]}                   #--- Variables names
109      f_in=$(var=$v_in; Yb=\${Yb}; Ye=\${Ye}; datatype=$dt; eval echo $DATAIN/${fin[$is]})
110      axis=$(get_grid $(Yb=$Yb; Ye=????; eval echo $f_in) $v_in)
111      res=${axis#*=}; axis=${axis%=*}
112      Zonal='n'; if [ $axis = 'XYZT' ]; then Zonal='y'; fi #--- Zonal mean ?  For 3D files
113      f_ou=$(var=${vfo[$iv]}; Y=\${Y}; dataset=$dso; eval echo $DATAOU/${fou})
114      if [ $Zonal = 'y' ]; then                            #--- 2 directories for 3D files
115        res3D=${res%x*}; res2D=${res3D#*x}_zonal; f_ou=${f_ou%/*}/\${res}/${f_ou##*/}
116      fi
117      echo ">> BUILDING 12 MONTHS ${v_in} FILES FOR THE $Yb-$Ye PERIOD USING $dataset DATASET ($version)..."
118      #============================================================================
119      for Y in $(eval echo {$Yb..$Ye}); do                 #--- Loop on years
120      #============================================================================
121        fO=$(Y=$Y; res=${res3D}; eval echo ${f_ou})        #--- Original resolution
122        if [[ ! -f $fO || $recomp = 'y' ]]; then
123          extract $v_in,$v_ou $f_in,$fO $Yb,$Ye,$dY $Y 0   #--- Field extraction
124          rename_dims $fO $coords                          #--- Rename dims/atts
125        fi
126        if [ $Zonal = 'y' ]; then                          #--- Zonal mean
127          fZ=$(Y=$Y; res=${res2D}; eval echo ${f_ou})      #--- Zonal File name
128          if [[ ! -f $fZ || $recomp = 'y' ]]; then zonal_mean $fO $fZ; fi
129        fi
130        progress_bar $((Y-Yb+1)) $((Ye-Yb+1)) 50           #--- Check progress
131      #============================================================================
132      done
133      #============================================================================
134      for per in ${CLIMDATES[$i]}; do                      #--- Loop on periods
135      #============================================================================
136        Yb=${per%%-*}; Ye=${per##*-}; Yc=${Yb}_${Ye}_clim; c='n'; cli0=${cli[$is]}
137
138        #=== Is there a single file climatology available ?
139        fc0=$(var=$v_in; Yb=$Yb; Ye=$Yb; datatype=$dt; eval echo $DATAIN/${cli0})
140        if [[ ${cli0} != "/" && -f $fc0 ]]; then c='y'; Yc=${Yb}_${Yb}_clim; fi
141
142        fO=$(Y=\$Y; res=${res3D}; eval echo ${f_ou})       #--- Original resolution
143        fOc=$(Y=$Yc; res=${res3D}; eval echo ${f_ou})      #--- ", target climatology
144        if [[ ! -f $fOc || $recomp = 'y' ]]; then
145          if [ "$c" = "y" ]; then
146            echo ">> BUILDING $v_ou CLIMATOLOGY USING SPECIAL FILE ${fC0##*/} ($version)..."
147            cp $fc0 $fOc ; rename_dims $fOc $coords        #--- Rename dims/atts
148          else
149            echo ">> BUILDING $v_ou CLIMATOLOGY USING YEARLY FILES FOR $per ($version)..."
150            make_clim ${v_ou} $fO $per 0                   #--- Compute climatology
151          fi
152        fi
153        if [ $Zonal = 'y' ]; then
154          fZc=$(Y=$Yc; res=${res2D}; eval echo ${f_ou})    #--- Zonal File name
155          if [[ ! -f $fZc || $recomp = 'y' ]]; then zonal_mean $fOc $fZc; fi
156        fi
157      done
158      #============================================================================
159    done
160    #==============================================================================
161  done
162  #================================================================================
163done
164#==================================================================================
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166
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.