source: TOOLS/PACK_IPSL/archive_debug.sh @ 2045

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made some modifications to speed up archive restart and debug process

  • Property svn:executable set to *
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Line 
1#!/bin/bash
2
3#on veut archiver les fichiers Debug.
4#Ils seront tous regroupes dans un repertoire DEBUG commun 
5# on les renommes (repertoire DEBUG) de la meme maniere que les fichiers restart
6# puis on les archive via tar par periode
7#Creation des listes dans un repertoire debug_tar
8
9config_card=${1}
10LISTE_DMNFS=${2}
11
12
13export JOB_DIR=${JOB_DIR:-${TMP_MIGR_DATA}}
14export IGCM_DEM=${IGCM_DEM:-${SCRATCHDIR}/IGCM_DEM}
15export IGCM_TMP=${IGCM_TMP:-${IGCM_DEM}/tmp}
16mkdir -p ${IGCM_DEM}
17mkdir -p ${IGCM_TMP}
18clean_tmp=${clean_tmp:-yes}
19EXE_DIR=$(dirname ${0})
20SCRIPT_NAME=$(basename ${0} )
21
22source ${EXE_DIR}/DEM_utilities.sh
23
24# gpdebug : verif si le present script a ete execute jusqu'au bout #########
25MonitoringInfo="${SCRIPT_NAME}-->OK"
26simuMonitoring_check "$MonitoringInfo" "$config_card"
27
28DEM_log -0 "Demarrage de ${SCRIPT_NAME}"
29
30#### 0- lecture de config.card
31#### on veut les renseignements suivants :
32#### JobName, PATH_SIMUL, DateBegin et DateEnd
33eval $(grep JobName ${config_card}) 
34eval $(grep PATH_SIMUL_FULL ${config_card}) 
35eval $(grep DateBegin ${config_card}) 
36eval $(grep DateEnd ${config_card}) 
37eval $(grep IGCM_DEM_SIMU ${config_card})
38
39
40#### Preparation de l'environnement
41# repertoire dans lequel seront renommes les fichiers de debug
42STORE_DEBUG=$IGCM_DEM_SIMU/DEBUG
43mkdir -p ${STORE_DEBUG}
44
45# repertoire dans lequel nous stockerons les listes de debug a archiver
46DEBUG_TAR=$IGCM_DEM_SIMU/debug_tar
47mkdir -p ${DEBUG_TAR}
48STORE_CP=$IGCM_DEM_SIMU/store_cp
49mkdir -p ${STORE_CP}
50
51# lecture de periodpack dans ${IGCM_DEM_SIMU}/period_pack.txt
52period_pack=`awk '{print $0} ' ${IGCM_DEM_SIMU}/period_pack.txt`
53
54#### 1- renommer les fichiers ######
55DEM_log -1 "Renommer les fichiers de Debug"
56
57cd ${STORE_DEBUG}
58if [ "x${STORE_DEBUG}" != "x" ]
59then
60rm -rf *
61fi
62# On copie les fichiers de Debug sur le scratchdir en changeant le nom et conservant la date
63grep ${PATH_SIMUL_FULL}/ ${LISTE_DMNFS} | grep Debug | grep "f "| awk '{print $3}' | sed '/^.*Debug$/d' | sort >> ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
64
65# Test si il y a un repertoire Debug
66listDebugNbLines=`cat ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt | wc -l `
67if [ "x${listDebugNbLines}" == "x0" ]
68then
69    DEM_log -0 "Pas de repertoire Debug pour cette simulation"
70else
71# cas particulier : les fichiers Bands sont conserves sans etre archives
72    grep ${JobName}_Bands ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt >> ${STORE_CP}/cp_files.list
73    sed "/${JobName}_Bands/d" ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt_tmp
74    mv ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt_tmp ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
75
76# on s assure que les fichiers restant sont bien des fichiers dans Debug et pas des fichiers dans des sous-repertoires"
77    for file in `cat ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt ` ; do
78        dir=$( echo $file | sed -e "s%.*Debug/%%")
79        testdir=$(dirname ${dir})
80        if [ $testdir != "." ]; then
81            echo $( grep ${file} ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt)  >> ${IGCM_TMP}/${$}.liste_no_debug_files.txt
82        fi
83    done
84    if [ -f ${IGCM_TMP}/${$}.liste_no_debug_files.txt ]; then
85        join -t % -v 1 ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt ${IGCM_TMP}/${$}.liste_no_debug_files.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.info_tmp.txt
86        mv ${IGCM_TMP}/${$}.info_tmp.txt ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
87        rm -f ${IGCM_TMP}/${$}.liste_no_debug_files.txt
88    fi
89    gawk -F/ '{dest_name=$(NF-2)("_") $(NF); system("ln -s " $0 " "dest_name)}' ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
90#on fait de meme avec les fichiers out_gcm.e stockes dans le repertoire Out/ qui seront prefixes par Out_
91    rm -f ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
92    grep ${PATH_SIMUL_FULL}/ ${LISTE_DMNFS} | grep -w Out | awk '{print $3}' | sed '/^.*Out$/d' > ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
93    gawk -F/ '{dest_name=$(NF-1)("_") $(NF); system("ln -s " $0 " "dest_name)}' ${IGCM_TMP}/${$}.liste_debug_files.txt
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95
96    ls -l ${STORE_DEBUG} > ${IGCM_TMP}/${$}.new_liste_debug_files.txt
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99#creation des listes en fonction des suffixes
100   if [ "x${ON_IDRIS}" == "xno" ]
101   then
102       awk '{if (NR >1) print $9}' ${IGCM_TMP}/${$}.new_liste_debug_files.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.new_liste_debug_files.txt_tmp
103   else
104       awk '{if (NR >1) print $8}' ${IGCM_TMP}/${$}.new_liste_debug_files.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.new_liste_debug_files.txt_tmp       
105   fi
106sort ${IGCM_TMP}/${$}.new_liste_debug_files.txt_tmp > ${IGCM_TMP}/${$}.order_new_liste_debug_files.txt
107ref=`awk -F_ '{if (NR==1) print $1}' ${IGCM_TMP}/${$}.order_new_liste_debug_files.txt`
108
109
110
111i=1
112for new_file in `awk  '{print $0}' ${IGCM_TMP}/${$}.order_new_liste_debug_files.txt`; do
113    new_ref=$( echo ${new_file} | sed -e "s/_.*//")
114
115    if [ ${new_ref} == ${ref} ]; then
116        echo ${new_file} >> ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${i}.txt
117    else
118        ref=${new_ref}
119        (( i = $i + 1 ))
120        echo ${new_file} >> ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${i}.txt
121    fi
122done
123
124j=1
125while [[ $j -le $i  ]]; do
126
127
128### 2- creer les listes de fichiers par periode ####
129    DEM_log -1 "Creation des listes de fichiers par periode"
130### 2.1- extraire l'annee et le mois de DateBegin ###
131    date_begin=${DateBegin}
132    date_end=${DateEnd}
133   
134    year_begin=$(echo ${date_begin} | cut -c 1-4 )
135    month_begin=$(echo ${date_begin} | cut -c 5-6 )
136    year_end=$(echo ${date_end} | cut -c 1-4 )
137    month_end=$(echo ${date_end} | cut -c 5-6 )
138
139
140### 2.2- creation des listes ###
141    date_begin_pack=${date_begin}
142    date_end_simulation=${date_end}
143
144    month_begin_pack=${month_begin}
145    year_begin_pack=${year_begin}
146
147    number_pack=1
148
149    while [ ${date_begin_pack} -le ${date_end_simulation} ]
150    do
151
152        DEM_log -1 "On calcule la date de fin du pack "
153        month_end_pack=${month_begin_pack}
154        year_end_pack=`expr ${year_begin_pack} + ${period_pack}`
155       
156        date_end_pack=${year_end_pack}${month_end_pack}01   
157        for file in `awk '{print $1}' ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${j}.txt`; do
158            extract_date_file=`echo ${file}  | sed -e "s/.*\${JobName}_//"`
159            date_file=`echo ${extract_date_file}| sed 's/\([0-9]\{8\}\)_.*$/\1/g'`
160            if [[  "x${date_file}" != "x" && ! -n ${date_file//[0-9]/} ]]; then
161                if [  ${date_file} -lt ${date_end_pack} ]
162                then
163                    if [ ${date_file} -ge ${date_begin_pack} ]
164                    then
165                        echo ${file} >> ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${number_pack}.txt
166                        grep -v ${file} ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${j}.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${j}.txt.tmp
167                        mv ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${j}.txt.tmp ${IGCM_TMP}/${$}.debug_list_${j}.txt
168                       
169                    fi
170                fi
171            fi
172            if [  ${date_file} -gt ${date_end_pack} ]
173            then
174                break
175            fi
176           
177        done
178        month_begin_pack=${month_end_pack}
179        year_begin_pack=${year_end_pack}
180
181        date_begin_pack=${year_begin_pack}${month_begin_pack}01
182
183        number_pack=`expr ${number_pack} + 1`
184    done
185
186    ((j = $j + 1 ))
187done
188
189compt_pack=1
190while [[ $compt_pack -le $number_pack ]]; do
191
192#on archive les debug - le nom de l'archive contiendra ${yearbegin}${monthbegin}_${yearend}${monthend}
193# end etant la date du dernier fichier contenu et non pas la premiere date suivant
194DEM_log -1 "Recherche de la date de fin reel pour nommer l'archive "
195#On classe par ordre alphabetique les fichiers contenus dans liste_pack_debug
196#la date du dernier fichier donnera la date de fin du pack
197  if [[ -f ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${compt_pack}.txt ]] ; then
198   sort ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${compt_pack}.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${compt_pack}.txt.tmp
199
200   first_file=$(head -n 1 ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${compt_pack}.txt.tmp )
201   extract_date_file=$( echo ${first_file}  | sed -e "s/.*${JobName}_//" )
202   DateBegin_Debug=$(echo ${extract_date_file}| sed 's%\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' )
203
204   last_file=$(tail -n 1 ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${compt_pack}.txt.tmp )
205   extract_date_file=$( echo ${last_file}  | sed -e "s/.*${JobName}_//" )
206   DateEnd_Debug=$(   echo ${extract_date_file}| sed 's%.*\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' )
207   mv ${IGCM_TMP}/${$}.liste_pack_debug_${compt_pack}.txt.tmp ${DEBUG_TAR}/${JobName}_debug_${DateBegin_Debug}_${DateEnd_Debug}.list
208  fi
209
210
211
212DEM_log -1 "On definit le datebegin de la  prochaine periode pack"
213#on definit la periode pack suivante
214
215   compt_pack=`expr ${compt_pack} + 1`
216done
217
218fi
219
220cd ${EXE_DIR}
221
222# gpdebug : le script n a pas rencontre d'erreur. On l'inscrit dans le fichier de suivi
223simuMonitoring_OK "$MonitoringInfo" "$config_card"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.