1 | #!/bin/bash |
---|
2 | |
---|
3 | function update_tasks_list |
---|
4 | { |
---|
5 | local tasksListFile=$1 # fichier contenant la nouvelle liste de cmds |
---|
6 | touch $tasksListFile |
---|
7 | local logFileOfPrevPack=$2 # fichier log de relatif a l'execution de la derniere liste de cmds |
---|
8 | local tasksListFileOfPrevPack=$3 # fichier contenant la derniere liste de cmds |
---|
9 | |
---|
10 | > $tasksListFile |
---|
11 | |
---|
12 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
13 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
14 | for cmdReport in $( cat $logFileOfPrevPack | grep -e '^#executed by process' ) |
---|
15 | do |
---|
16 | local resCmd=`echo $cmdReport | awk '{print $9}' ` |
---|
17 | # Status 50 = FAILED mais pas de ressoumission |
---|
18 | if [ "x$resCmd" != "x0" ] && [ "x$resCmd" != "x50" ] |
---|
19 | then |
---|
20 | local cmdToPrint=`echo $cmdReport | awk '{print $NF}' ` |
---|
21 | case "x$resCmd" in |
---|
22 | x5) |
---|
23 | newCmdToPrint=`echo $cmdToPrint | sed 's;output_ncrcat;output_tar;' ` |
---|
24 | echo "./process_list.sh $newCmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
---|
25 | ;; |
---|
26 | x10) |
---|
27 | echo "./process_list.sh $cmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
---|
28 | newCmdToPrint=`echo $cmdToPrint | sed 's;output_ncrcat;output_tar;' ` |
---|
29 | echo "./process_list.sh $newCmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
---|
30 | ;; |
---|
31 | *) |
---|
32 | echo "./process_list.sh $cmdToPrint" >> ${tasksListFile} |
---|
33 | ;; |
---|
34 | esac |
---|
35 | fi |
---|
36 | done |
---|
37 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
38 | |
---|
39 | # Il faut aussi rajouter les cmds qui n'ont pas ete traitees du tout, |
---|
40 | # par exemple en cas d'interruption du calculateur |
---|
41 | # Pour cela, on boucle sur la derniere liste de cmds et on cherche dans le |
---|
42 | # fichier log associe si certaines sont absentes. On remet ces commandes (absentes) |
---|
43 | # dans la nouvelle liste |
---|
44 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
45 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
46 | for cmd in $( cat $tasksListFileOfPrevPack ) |
---|
47 | do |
---|
48 | local list=`echo $cmd | awk '{print $NF}' ` |
---|
49 | hasListBeenTreated=`grep $list $logFileOfPrevPack | wc -l ` |
---|
50 | if [ "x${hasListBeenTreated}" == "x0" ] |
---|
51 | then |
---|
52 | echo $cmd >> ${tasksListFile} |
---|
53 | fi |
---|
54 | |
---|
55 | |
---|
56 | done |
---|
57 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
58 | |
---|
59 | # Il peut arriver que 2 listes soient identiques, on empeche ce cas |
---|
60 | cat ${tasksListFile} | sort | uniq > taskFile.txt |
---|
61 | cat taskFile.txt > ${tasksListFile} |
---|
62 | |
---|
63 | } |
---|
64 | |
---|
65 | function getNumeroOfCurrentTry |
---|
66 | { |
---|
67 | local num_try="1" |
---|
68 | tryNumFile=${USER_OUTPUT_PROGRESS}/numero_current_try.txt |
---|
69 | if [ ! -e $tryNumFile ] |
---|
70 | then |
---|
71 | echo "Le fichier :" >> $badFailureFile |
---|
72 | echo "$tryNumFile" >> $badFailureFile |
---|
73 | echo "doit etre present dans le repertoire :" >> $badFailureFile |
---|
74 | echo "${USER_OUTPUT_PROGRESS}" >> $badFailureFile |
---|
75 | echo "et il doit contenir un numero d'essai" >> $badFailureFile |
---|
76 | exit 1 |
---|
77 | fi |
---|
78 | num_try=`head -n 1 $tryNumFile ` |
---|
79 | echo $num_try |
---|
80 | |
---|
81 | } |
---|
82 | |
---|
83 | function getNumeroOfLastInstance |
---|
84 | { |
---|
85 | local num_instance="0" |
---|
86 | local numTry=$1 |
---|
87 | ici=$PWD |
---|
88 | local progressDirectory="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numTry}" |
---|
89 | if [ ! -e $progressDirectory ] |
---|
90 | then |
---|
91 | echo "fonction getNumeroOfLastInstance :" >> $badFailureFile |
---|
92 | echo "Le repertoire :" >> $badFailureFile |
---|
93 | echo "$progressDirectory" >> $badFailureFile |
---|
94 | echo "devrait exister. Il n'existe pas." >> $badFailureFile |
---|
95 | exit 1 |
---|
96 | fi |
---|
97 | cd $progressDirectory |
---|
98 | |
---|
99 | listFiles=`ls | grep -e "inputCmd__try__${numTry}__instance__[[:digit:]]\{1,2\}.list" ` |
---|
100 | for listFile in $listFiles |
---|
101 | do |
---|
102 | num=`echo $listFile | awk -F"__" '{print $NF}' | awk -F"." '{print $1}' ` |
---|
103 | if [ $num -gt $num_instance ] |
---|
104 | then |
---|
105 | num_instance=$num |
---|
106 | fi |
---|
107 | done |
---|
108 | cd $ici |
---|
109 | echo $num_instance |
---|
110 | |
---|
111 | |
---|
112 | } |
---|
113 | |
---|
114 | |
---|
115 | function check_progress |
---|
116 | { |
---|
117 | local file1=$1 |
---|
118 | local file2=$2 |
---|
119 | local file_to_get_retCode=$3 |
---|
120 | if [ "x${file1}" == "x" ] || [ "x${file2}" == "x" ] || [ "x${file_to_get_retCode}" == "x" ] |
---|
121 | then |
---|
122 | echo "check_progress : Le nom d'au moins 1 des 3 fichiers d'entree est vide" >> $badFailureFile |
---|
123 | exit 1 |
---|
124 | fi |
---|
125 | |
---|
126 | if [ ! -e $file1 ] || [ ! -e $file2 ] || [ ! -e ${file_to_get_retCode} ] |
---|
127 | then |
---|
128 | echo "check_progress : au moins un des 3 fichiers suivants n'existe pas :" >> $badFailureFile |
---|
129 | echo "$file1" >> $badFailureFile |
---|
130 | echo "$file2" >> $badFailureFile |
---|
131 | echo "${file_to_get_retCode}" >> $badFailureFile |
---|
132 | exit 1 |
---|
133 | fi |
---|
134 | local nbLineFile1=`cat $file1 | wc -l ` |
---|
135 | local nbLineFile2=`cat $file2 | wc -l ` |
---|
136 | if [ $nbLineFile1 -ne $nbLineFile2 ] |
---|
137 | then |
---|
138 | echo 1 |
---|
139 | return |
---|
140 | fi |
---|
141 | # si l'on parvient a ce stade, c'est les 2 fichiers ont le meme |
---|
142 | # nombre de lignes |
---|
143 | |
---|
144 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
145 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
146 | for line in $( cat $file1 ) |
---|
147 | do |
---|
148 | # echo $line |
---|
149 | local isLineInFile2=`grep $line $file2 | wc -l ` |
---|
150 | if [ $isLineInFile2 -eq 0 ] |
---|
151 | then |
---|
152 | echo 1 |
---|
153 | return |
---|
154 | fi |
---|
155 | done |
---|
156 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
157 | |
---|
158 | # Les codes de retour sont-ils != 0 ? |
---|
159 | nbNonZeroCodes=`cat ${file_to_get_retCode} | grep -e '^#executed by' | awk '{ if ($9 != 0) {print $9} }' | wc -l ` |
---|
160 | if [ $nbNonZeroCodes -gt 0 ] |
---|
161 | then |
---|
162 | echo 1 |
---|
163 | return |
---|
164 | fi |
---|
165 | |
---|
166 | echo 0 |
---|
167 | } |
---|
168 | |
---|
169 | |
---|
170 | function update_report |
---|
171 | { |
---|
172 | > $reportFile # on vide le fichier rapport |
---|
173 | echo "Execution of tasks :" >> $reportFile |
---|
174 | echo "------------------" >> $reportFile |
---|
175 | cat $inputCmd >> $reportFile |
---|
176 | echo >> $reportFile |
---|
177 | echo "Results of tasks :" >> $reportFile |
---|
178 | echo "----------------" >> $reportFile |
---|
179 | cat $output >> $reportFile |
---|
180 | echo >> $reportFile |
---|
181 | echo >> $reportFile |
---|
182 | |
---|
183 | } |
---|
184 | |
---|
185 | function searchListsToDestroy |
---|
186 | { |
---|
187 | outputToSearchIn=$1 |
---|
188 | listToRmvFile=$2 |
---|
189 | listsToProcessFile=$3 |
---|
190 | # On cherche les listes qui ont ete traitees correctement a la precedente etape de traitement |
---|
191 | cat ${outputToSearchIn} | grep -e '^#executed by' | awk '{ if ($9 == 0) {print $12} }' >> ${listToRmvFile} |
---|
192 | |
---|
193 | # Cependant, il se peut (cas du basculement de listes "output_ncrcat" vers "output_tar") que des listes soient |
---|
194 | # encore a traiter alors que qu'il y a eu traitement correct. |
---|
195 | # Ne pas supprimer ces listes (les retirer du fichier des listes a supprimer). |
---|
196 | listToRmvFile_tmp="${listToRmvFile}_tmp" |
---|
197 | cp $listToRmvFile $listToRmvFile_tmp |
---|
198 | |
---|
199 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
200 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
201 | for list in $( cat $listToRmvFile_tmp | grep "/output_ncrcat/" ) |
---|
202 | do |
---|
203 | list_tar=`echo $list | sed 's;output_ncrcat;output_tar;' ` |
---|
204 | isInLstsToProcess=`grep $list_tar $listsToProcessFile | wc -l ` |
---|
205 | if [ "x${isInLstsToProcess}" != "x0" ] |
---|
206 | then |
---|
207 | lineNbInRmvFile=`grep -n $list $listToRmvFile | awk -F":" '{print $1}' ` |
---|
208 | sed -i "${lineNbInRmvFile}d" ${listToRmvFile} |
---|
209 | fi |
---|
210 | done |
---|
211 | |
---|
212 | for list in $( cat $listToRmvFile_tmp | grep "/output_tar/" ) |
---|
213 | do |
---|
214 | list_ncrcat=`echo $list | sed 's;output_tar;output_ncrcat;' ` |
---|
215 | isInLstsToProcess=`grep $list_ncrcat $listsToProcessFile | wc -l ` |
---|
216 | if [ "x${isInLstsToProcess}" != "x0" ] |
---|
217 | then |
---|
218 | lineNbInRmvFile=`grep -n $list $listToRmvFile | awk -F":" '{print $1}' ` |
---|
219 | sed -i "${lineNbInRmvFile}d" ${listToRmvFile} |
---|
220 | fi |
---|
221 | |
---|
222 | # Si la liste est a detruire ET a traiter alors on l enleve de la liste a traiter |
---|
223 | isInLstsToProcess=`grep $list $listsToProcessFile | wc -l ` |
---|
224 | if [ "x${isInLstsToProcess}" != "x0" ] |
---|
225 | then |
---|
226 | lineNbInProcessFile=`grep -n $list $listsToProcessFile | awk -F":" '{print $1}' ` |
---|
227 | sed -i "${lineNbInProcessFile}d" ${listsToProcessFile} |
---|
228 | fi |
---|
229 | done |
---|
230 | |
---|
231 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
232 | |
---|
233 | rm -f $listToRmvFile_tmp |
---|
234 | } |
---|
235 | |
---|
236 | function removeFilesInLists |
---|
237 | { |
---|
238 | setOfFileLstsToRmv=$1 |
---|
239 | rmvedFiles=$2 |
---|
240 | linksToEraseFile=$3 |
---|
241 | realDataToEraseFile=$4 |
---|
242 | |
---|
243 | old_IFS=$IFS # sauvegarde du séparateur de champ |
---|
244 | IFS=$'\n' # nouveau séparateur de champ, le caractère fin de ligne |
---|
245 | |
---|
246 | # Suppression des donnees autres que celles de type "debug" et "restart". |
---|
247 | for lst in $( cat $setOfFileLstsToRmv | grep -v -E '(restart_tar|debug_tar)' ) |
---|
248 | do |
---|
249 | opt= |
---|
250 | lstName=$( basename $lst ) |
---|
251 | |
---|
252 | if [ "${lstName}" == "tar_full_simul.list" ] || [ "${lstName}" == "cp_files.list" ] |
---|
253 | then |
---|
254 | opt="r" |
---|
255 | fi |
---|
256 | |
---|
257 | for file in $( cat $lst ) |
---|
258 | do |
---|
259 | echo "rm -f${opt} $file" >> ${rmvedFiles} |
---|
260 | if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
---|
261 | then |
---|
262 | rm -f${opt} $file |
---|
263 | fi |
---|
264 | done |
---|
265 | done |
---|
266 | |
---|
267 | # Pour les listes de type "debug" et "restart", les listes ne comportent |
---|
268 | # que des liens : uniquement leur nom de base, pas leur path |
---|
269 | # Il faut retrouver leur path, detruire le lien et le fichier qu'il pointe. |
---|
270 | |
---|
271 | # Recherche de l'ensemble des fichiers a detruire : les liens + les donnees pointees par les liens |
---|
272 | for lst in $( cat $setOfFileLstsToRmv | grep -E '(restart_tar|debug_tar)' ) |
---|
273 | do |
---|
274 | # Recuperation du repertoire contenant les fichiers de liens |
---|
275 | dir_containing_links= |
---|
276 | is_debug_tar_lst=`echo $lst | grep "debug_tar" | wc -l ` |
---|
277 | if [ "x${is_debug_tar_lst}" != "x0" ] |
---|
278 | then |
---|
279 | dir_containing_links="DEBUG" |
---|
280 | else |
---|
281 | dir_containing_links="RESTART" |
---|
282 | fi |
---|
283 | |
---|
284 | tar_dir=$( dirname $lst ) |
---|
285 | simu_dir=$( dirname $tar_dir ) |
---|
286 | |
---|
287 | LINK_DIR="${simu_dir}/${dir_containing_links}" |
---|
288 | if [ ! -d $LINK_DIR ] |
---|
289 | then |
---|
290 | echo "Suppression des donnees :" >> $badFailureFile |
---|
291 | echo "Le repertoire sense contenir des liens symboliques :" >> $badFailureFile |
---|
292 | echo "${LINK_DIR}" >> $badFailureFile |
---|
293 | echo "n'existe pas." >> $badFailureFile |
---|
294 | exit 1 |
---|
295 | fi |
---|
296 | |
---|
297 | # |
---|
298 | # ls sur le reperoire de lien et insertion du path absolu avant chaque lien. |
---|
299 | ls -1 ${LINK_DIR} | sed "s;^;${LINK_DIR}/;" >> ${linksToEraseFile} |
---|
300 | |
---|
301 | # Recuperation des donnees reelles pointees par les liens. |
---|
302 | ls -1 -lrt ${LINK_DIR} | awk -F"->" '{print $2}' | sed 's;^ ;;' >> ${realDataToEraseFile} |
---|
303 | done |
---|
304 | |
---|
305 | # Destruction des liens et des donnees pointees par les liens pour les listes |
---|
306 | # de type "debug" et "restart" |
---|
307 | |
---|
308 | # Destroy links |
---|
309 | for file in $( cat ${linksToEraseFile} ) |
---|
310 | do |
---|
311 | echo "rm -f $file" >> ${rmvedFiles} |
---|
312 | if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
---|
313 | then |
---|
314 | rm -f $file |
---|
315 | fi |
---|
316 | done |
---|
317 | |
---|
318 | # Destroy real datas |
---|
319 | for file in $( cat ${realDataToEraseFile} ) |
---|
320 | do |
---|
321 | echo "rm -f $file" >> ${rmvedFiles} |
---|
322 | if [ "x$deleteFiles" == "x1" ] |
---|
323 | then |
---|
324 | rm -f $file |
---|
325 | fi |
---|
326 | done |
---|
327 | |
---|
328 | IFS=$old_IFS # rétablissement du séparateur de champ par défaut |
---|
329 | } |
---|
330 | |
---|
331 | |
---|
332 | export RANDOM=$$ # random seed |
---|
333 | function gives_random_number |
---|
334 | { |
---|
335 | lim=$1 |
---|
336 | bit=-1 |
---|
337 | let "bit = RANDOM % $lim" |
---|
338 | bit=$(( $bit + 1 )) # nb entre 1 et $limit |
---|
339 | echo $bit |
---|
340 | } |
---|
341 | |
---|
342 | ########## batch directives : begin ########## |
---|
343 | #MSUB -r pack_ipsl # Nom du job |
---|
344 | ### mutable directives ### |
---|
345 | #MSUB -o /ccc/dmfbuf/ipsl_logs/dsm/bacasable/ARNAUD/PSEUDO_DMNFS_PROGRESS/ARNAUD/IPSLCM5/detailed_pack_output/pack_ipsl_%I.o |
---|
346 | #MSUB -e /ccc/dmfbuf/ipsl_logs/dsm/bacasable/ARNAUD/PSEUDO_DMNFS_PROGRESS/ARNAUD/IPSLCM5/detailed_pack_output/pack_ipsl_%I.e |
---|
347 | #MSUB -n 16 |
---|
348 | #MSUB -T 1500 |
---|
349 | #MSUB -A tgcc0013 |
---|
350 | #MSUB -q standard |
---|
351 | #MSUB -Qos test |
---|
352 | ########## batch directives : end ########## |
---|
353 | set +x |
---|
354 | |
---|
355 | export JOB_DIR=${LS_SUBCWD:-${PWD}} |
---|
356 | export EXE_DIR=${JOB_DIR} |
---|
357 | source ${EXE_DIR}/DEM_utilities.sh |
---|
358 | |
---|
359 | export badFailureFile=${USER_OUTPUT_PROGRESS}/badFailure.txt |
---|
360 | |
---|
361 | export numCurrentTry=$( getNumeroOfCurrentTry ) |
---|
362 | export progressDir="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numCurrentTry}" |
---|
363 | if [ ! -e $progressDir ] |
---|
364 | then |
---|
365 | echo "Le repertoire de suivi :" >> $badFailureFile |
---|
366 | echo "$progressDir" >> $badFailureFile |
---|
367 | echo "n'existe pas. STOP." >> $badFailureFile |
---|
368 | exit 1 |
---|
369 | fi |
---|
370 | export numPrevInstance=$( getNumeroOfLastInstance $numCurrentTry ) |
---|
371 | export numNewInstance=$(( $numPrevInstance + 1 )) |
---|
372 | |
---|
373 | export inputCmd="${progressDir}/inputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.list" |
---|
374 | export nextInputCmd="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.list" |
---|
375 | export output="${progressDir}/packOutput__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
---|
376 | export reportFile="${progressDir}/report__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
---|
377 | export checkFile="${progressDir}/check__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.log" |
---|
378 | export checkFileTmp="checkTmp__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
379 | |
---|
380 | export listsOfFilesToRemove="${progressDir}/listsToRmv__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
381 | export removedFiles="${progressDir}/removedFiles__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
382 | |
---|
383 | # Les 2 fichiers suivants sont crees pour la destruction des liens et des donnees pointes par ces liens |
---|
384 | # dans le cas de listes de type "debug" ou "restart" |
---|
385 | export linksToDestroyFile="${progressDir}/linksToDestroy__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
386 | export realDataToDestroyFile="${progressDir}/realDataToDestroy__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
387 | |
---|
388 | export noInterruptFile="${progressDir}/noInterrupt__try__${numCurrentTry}__instance__${numNewInstance}.txt" |
---|
389 | |
---|
390 | |
---|
391 | if [ ${numCurrentTry} -le 1 ] && [ ${numNewInstance} -le 1 ] |
---|
392 | then |
---|
393 | # C'est le tout premier essai |
---|
394 | # on construit la liste des taches a effectuer en inventoriant les fichiers *.liste |
---|
395 | # dans les rep contenus dans le fichier "config_card.liste" |
---|
396 | > ${inputCmd} |
---|
397 | for CONFIG in $( awk '{print $1}' ${IGCM_DEM}/config_card.liste ) ; do |
---|
398 | |
---|
399 | PATH_SIMU=$( dirname $CONFIG ) |
---|
400 | # echo "PATH_SIMU=$PATH_SIMU" |
---|
401 | |
---|
402 | setOfListFiles=`find $PATH_SIMU -type f -name "*.list" ` |
---|
403 | for file in $setOfListFiles |
---|
404 | do |
---|
405 | echo "./process_list.sh $file" >> ${inputCmd} |
---|
406 | done |
---|
407 | done |
---|
408 | |
---|
409 | else |
---|
410 | # if try > 1 && inst == 1 ==> construction liste cmd avec fichiers try - 1, derniere instance |
---|
411 | # dans ce dernier cas, gerer une eventuelle interruption au try - 1 |
---|
412 | # if try > 1 && inst > 1 ==> construction liste cmd avec fichiers try, instance precedente |
---|
413 | if [ ${numNewInstance} -ge 2 ] |
---|
414 | then |
---|
415 | nextInputCmd_of_PrevInst="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numCurrentTry}__instance__${numPrevInstance}.list" |
---|
416 | if [ ! -e $nextInputCmd_of_PrevInst ] |
---|
417 | then |
---|
418 | echo "Le fichier suivant :" >> $badFailureFile |
---|
419 | echo "$nextInputCmd_of_PrevInst" >> $badFailureFile |
---|
420 | echo "n'existe pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
---|
421 | exit 1 |
---|
422 | fi |
---|
423 | cat $nextInputCmd_of_PrevInst > ${inputCmd} |
---|
424 | |
---|
425 | else # numNewInstance == 1 |
---|
426 | numPrevTry=$(( $numCurrentTry - 1 )) |
---|
427 | numLastInstInstanceInPrevTry=$( getNumeroOfLastInstance $numPrevTry ) |
---|
428 | noInterruptFile_prev_try="${progressDir}/noInterrupt__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
---|
429 | if [ ! -e ${noInterruptFile_prev_try} ] |
---|
430 | then |
---|
431 | # il y a eu interruption non prevue au dernier essai, il faut recomposer la liste des cmds avec les resultats |
---|
432 | # de l'essai precedent, derniere instance |
---|
433 | prevProgressDir="${USER_OUTPUT_PROGRESS}/TRY__${numPrevTry}" |
---|
434 | nextInputCmd_of_LastInst="${prevProgressDir}/nextInputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
---|
435 | output_of_LastInst="${prevProgressDir}/packOutput__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.log" |
---|
436 | inputCmd_of_LastInst="${prevProgressDir}/inputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
---|
437 | if [ ! -e $output_of_LastInst ] || [ ! -e $inputCmd_of_LastInst ] |
---|
438 | then |
---|
439 | echo "Les fichiers suivants :" >> $badFailureFile |
---|
440 | echo "$output_of_LastInst" >> $badFailureFile |
---|
441 | echo "$inputCmd_of_LastInst" >> $badFailureFile |
---|
442 | echo "n'existent pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
---|
443 | exit 1 |
---|
444 | fi |
---|
445 | |
---|
446 | update_tasks_list ${nextInputCmd_of_LastInst} ${output_of_LastInst} ${inputCmd_of_LastInst} |
---|
447 | cat $nextInputCmd_of_LastInst > ${inputCmd} |
---|
448 | |
---|
449 | |
---|
450 | # Il faut aussi detruire les donnees correctement traitement a l'essai precedent, derniere instance. |
---|
451 | listsOfFilesToRemoveFromPrevTry="${progressDir}/listsToRmvFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
---|
452 | removedFilesFromPrevTry="${progressDir}/removedFilesFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
---|
453 | linksToDestroyFileFromPrevTry="${progressDir}/linksToDestroyFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
---|
454 | realDataToDestroyFileFromPrevTry="${progressDir}/realDataToDestroyFromPrev__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.txt" |
---|
455 | |
---|
456 | searchListsToDestroy $output_of_LastInst $listsOfFilesToRemoveFromPrevTry ${inputCmd} |
---|
457 | removeFilesInLists $listsOfFilesToRemoveFromPrevTry $removedFilesFromPrevTry $linksToDestroyFileFromPrevTry $realDataToDestroyFileFromPrevTry |
---|
458 | |
---|
459 | else |
---|
460 | nextInputCmd_of_LastInst="${progressDir}/nextInputCmd__try__${numPrevTry}__instance__${numLastInstInstanceInPrevTry}.list" |
---|
461 | if [ ! -e $nextInputCmd_of_LastInst ] |
---|
462 | then |
---|
463 | echo "Le fichier suivant :" >> $badFailureFile |
---|
464 | echo "$nextInputCmd_of_LastInst" >> $badFailureFile |
---|
465 | echo "n'existe pas. Il devrait exister. STOP." >> $badFailureFile |
---|
466 | exit 1 |
---|
467 | fi |
---|
468 | cat $nextInputCmd_of_LastInst > ${inputCmd} |
---|
469 | fi |
---|
470 | |
---|
471 | fi |
---|
472 | fi |
---|
473 | |
---|
474 | # Initialisation du rapport : par defaut, les calculs ont ete interrompus |
---|
475 | echo "No report. Le computation must have been interrupted." > $reportFile |
---|
476 | |
---|
477 | # exit 0 # a virer |
---|
478 | |
---|
479 | # a virer ######################################### |
---|
480 | # if [ ${numNewInstance} -ge 10 ] |
---|
481 | # then |
---|
482 | # echo >> $badFailureFile |
---|
483 | # echo "10eme instance. STOP." >> $badFailureFile |
---|
484 | # exit 1 |
---|
485 | # fi |
---|
486 | ################################################### |
---|
487 | # startTime=$( getDateMilliSeconds ) # suppr |
---|
488 | # echo "start time:$startTime" >> $timeHandlingFile # suppr |
---|
489 | > $timeEndFile # added |
---|
490 | |
---|
491 | ccc_mprun ./glost_launch -R $timeLimitBeforeEnd ${inputCmd} 2>${output} |
---|
492 | if [ "x$?" != "x0" ] |
---|
493 | then |
---|
494 | echo "Temps limite atteint pour l'essai : ${numCurrentTry}; instance : ${numNewInstance}" >> $badFailureFile |
---|
495 | fi |
---|
496 | |
---|
497 | ### ccc_mprun ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>${output} |
---|
498 | |
---|
499 | ### ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>${output} |
---|
500 | ### ccc_mprun -p standard -n ${BRIDGE_MSUB_NPROC} ./cmd_launch.exe ${inputCmd} 2>myIO/output.log |
---|
501 | ### mpirun -n 4 ./cmd_launch.exe myIO/inputCmd10.list 2>myIO/output.log |
---|
502 | |
---|
503 | # meantime=$( getTimeDiffSeconds $startTime ) # suppr |
---|
504 | |
---|
505 | endExecutionTime=$( getDateMilliSeconds ) |
---|
506 | echo "end time:$endExecutionTime" >> $timeEndFile |
---|
507 | |
---|
508 | |
---|
509 | |
---|
510 | # echo "meantime ncrcat = $meantime" |
---|
511 | |
---|
512 | # exit 0 # a virer |
---|
513 | |
---|
514 | # Gestion des reprises : |
---|
515 | # -------------------- |
---|
516 | |
---|
517 | update_report |
---|
518 | |
---|
519 | update_tasks_list $nextInputCmd $output $inputCmd |
---|
520 | |
---|
521 | |
---|
522 | # Verifications sur qq listes (dont le traitement semble correct) : |
---|
523 | # ---------------------------------------------------------------------------------------- |
---|
524 | if [ "x${doYouWantCheck}" == "xyes" ] |
---|
525 | then |
---|
526 | if [ "x${nbListsToCheck}" == "x" ] |
---|
527 | then |
---|
528 | echo "nbre de listes a checker absent" >> $checkFile |
---|
529 | echo "nbre de listes a checker absent" >> $badFailureFile |
---|
530 | exit 1 |
---|
531 | fi |
---|
532 | > $checkFileTmp |
---|
533 | # ensemble des listes concatenees correctement |
---|
534 | set_of_good_lists=`cat $output | grep -e '^#executed by process' | awk '{ if ($9==0){print $12} }' | grep "output_ncrcat" ` |
---|
535 | |
---|
536 | # envoi des cmds de check dans fichier tmp |
---|
537 | for lst in $set_of_good_lists |
---|
538 | do |
---|
539 | echo "./check_ncrcat_list.sh $lst" >> $checkFileTmp |
---|
540 | done |
---|
541 | |
---|
542 | # nombre de listes concatenees correctement |
---|
543 | nb_of_good_lists=`cat $checkFileTmp | wc -l ` |
---|
544 | |
---|
545 | # le nb de listes a checker ne peut exceder le nb de listes disponibles pour le check |
---|
546 | if [ $nbListsToCheck -ge $nb_of_good_lists ] |
---|
547 | then |
---|
548 | nbListsToCheck=$nb_of_good_lists |
---|
549 | fi |
---|
550 | nbLstToCheck_tmp=$nbListsToCheck |
---|
551 | |
---|
552 | while [ $nbLstToCheck_tmp -gt 0 ] |
---|
553 | do |
---|
554 | random_number=$( gives_random_number $nbLstToCheck_tmp ) # nb aleatoire entre 1 et $nbLstToCheck_tmp |
---|
555 | checkCmd=`sed -n "${random_number}p" $checkFileTmp ` |
---|
556 | $checkCmd # on envoie la cmd de check |
---|
557 | resCmd=$? |
---|
558 | if [ "x${resCmd}" != "x0" ] |
---|
559 | then |
---|
560 | echo "$checkCmd ==> not OK ==> stop everything." >> $checkFile |
---|
561 | echo "$checkCmd ==> not OK ==> stop everything." >> $badFailureFile |
---|
562 | exit 1 # a retablir |
---|
563 | else |
---|
564 | echo "$checkCmd ==> OK" >> $checkFile |
---|
565 | fi |
---|
566 | sed -i "${random_number}d" $checkFileTmp # on retire la cmd qui vient d'etre effectuee du fichier tmp |
---|
567 | nbLstToCheck_tmp=$(( $nbLstToCheck_tmp - 1 )) |
---|
568 | done |
---|
569 | |
---|
570 | |
---|
571 | rm $checkFileTmp |
---|
572 | fi |
---|
573 | # ----- Fin verif ------------------------------------------------------------------------ |
---|
574 | |
---|
575 | |
---|
576 | # Suppression des données des fichiers de listes correctement traitees ------------------- |
---|
577 | # Recherche des listes de fichiers de donnees a detruire : |
---|
578 | # Parmi celles traitees, celles qui ont ete traitees correctement |
---|
579 | > $listsOfFilesToRemove |
---|
580 | > $removedFiles |
---|
581 | > $linksToDestroyFile |
---|
582 | > $realDataToDestroyFile |
---|
583 | |
---|
584 | searchListsToDestroy $output $listsOfFilesToRemove $nextInputCmd |
---|
585 | |
---|
586 | removeFilesInLists $listsOfFilesToRemove $removedFiles $linksToDestroyFile $realDataToDestroyFile |
---|
587 | |
---|
588 | |
---|
589 | |
---|
590 | # ----- Fin suppression de donnees ------------------------------------------------------- |
---|
591 | |
---|
592 | # Si le fichier dans variable "noInterruptFile" inexistant, une interruption non prevue a eu lieu |
---|
593 | echo "no interruption has occured" > ${noInterruptFile} |
---|
594 | |
---|
595 | # exit 0 # a virer |
---|
596 | |
---|
597 | # Tout s'est bien passe |
---|
598 | # ---------------------- |
---|
599 | everythingOK=`cat $nextInputCmd | wc -l ` |
---|
600 | if [ "x${everythingOK}" == "x0" ] |
---|
601 | then |
---|
602 | echo "Tout s'est fini correctement" >> $badFailureFile |
---|
603 | exit 0 |
---|
604 | fi |
---|
605 | |
---|
606 | # Y a t il progression entre avant traitements et apres ? |
---|
607 | # ------------------------------------------------------ |
---|
608 | # Dans la fonction 'check_progress', on a besoin de verifier le code |
---|
609 | # de retour du traitement des listes : en effet, si les 2 fichiers a comparer |
---|
610 | # contiennent les memes fichiers de liste, il faut aussi que les codes de |
---|
611 | # retour soient != 0. |
---|
612 | file_to_get_lists_retCode=$output |
---|
613 | resDiff=$( check_progress $inputCmd $nextInputCmd $file_to_get_lists_retCode ) |
---|
614 | |
---|
615 | # resDiff == 1 : fichiers differents |
---|
616 | # resDiff == 0 : fichiers identiques |
---|
617 | if [ "x${resDiff}" == "x0" ] |
---|
618 | then |
---|
619 | echo "Il n'y pas plus de progression" >> $badFailureFile |
---|
620 | exit 1 |
---|
621 | fi |
---|
622 | |
---|
623 | # On enchaine avec le meme script |
---|
624 | ccc_msub launch_and_measureTime.sh |
---|