source: TOOLS/PACK_IPSL/write_liste_pack.sh @ 2027

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Line 
1#!/bin/bash
2
3# Script permettant de creer les listes de fichiers pour ncrcat
4# si un trou est detecte dans la simulation alors cette liste sera
5# pour un tar
6
7# $1= PATH/config_card d'une simulation avec
8# TagName/JobName/ExperimentName/SpaceName/DateBegin/DateEnd/PATH_SIMUL
9
10
11# Pour commencer on travaille avec le fichier information_dmnfs
12# /cscratch/cont003/p86mart/FROM_CCRT_INFORMATIONS_DMNFS/information_dmnfs_2011-09-21
13
14config_card=${1}
15LISTE_DMNFS=${2}
16
17# Declaration des variables
18
19# ----
20export JOB_DIR=${JOB_DIR:-${TMP_MIGR_DATA}}
21export IGCM_DEM=${IGCM_DEM:-${SCRATCHDIR}/IGCM_DEM}
22export IGCM_TMP=${IGCM_TMP:-${IGCM_DEM}/tmp}
23mkdir -p ${IGCM_DEM}
24mkdir -p ${IGCM_TMP}
25clean_tmp=${clean_tmp:-yes}
26EXE_DIR=$(dirname ${0} )
27SCRIPT_NAME=$(basename ${0} )
28source ${EXE_DIR}/DEM_utilities.sh
29
30# gpdebug : verif si le present script a ete execute jusqu'au bout #########
31MonitoringInfo="${SCRIPT_NAME}-->OK"
32simuMonitoring_check "$MonitoringInfo" "$config_card"
33
34# gpdebug : Execute la function errorReceive() si reception d'un signal TERM
35trap 'DEM_errorReceive' TERM ########
36
37# gpdebug : on augmente la liste des proc à détruire en cas d'erreur bloquante du présent proc
38export listPID="$$ ${listPID}" #########
39
40DEM_log -0 "Demmarrage de ${SCRIPT_NAME}"
41cd ${JOB_DIR}
42# ----
43
44DEM_log -0 "config_card : ${config_card}"
45DEM_log -0 "LISTE_DMNFS : ${LISTE_DMNFS}"
46
47eval $(grep JobName         ${config_card}) 
48eval $(grep PATH_SIMUL_FULL ${config_card}) 
49eval $(grep DateBegin       ${config_card}) 
50eval $(grep DateEnd         ${config_card}) 
51eval $(grep IGCM_DEM_SIMU   ${config_card})
52
53SIMUL=${PATH_SIMUL_FULL}/${JobName}
54
55
56DEM_state=$( DEM_read_state ${IGCM_DEM}/config_card.liste ${config_card} )
57# gpdebug : si c'est une premiere exec (pas une reprise)
58if [[ "x${execEveryStep}" == "1" ]] && [[ "${DEM_state}" != "FindSizePackDone" ]] ; then
59    DEM_errorSend "${SCRIPT_NAME}:${LINENO}:Etat incorrect dans ${IGCM_DEM}/config_card.liste"
60fi
61
62
63DEM_write_state ${IGCM_DEM}/config_card.liste ${config_card} WriteListPackRunning
64
65# creation des repertoires with_tar et with_ncrcat
66OUTPUT_NCRCAT=${IGCM_DEM_SIMU}/output_ncrcat
67OUTPUT_TAR=${IGCM_DEM_SIMU}/output_tar
68
69mkdir -p ${OUTPUT_NCRCAT}
70mkdir -p ${OUTPUT_TAR}
71
72# lecture de periodpack dans ${IGCM_DEM_SIMU}/period_pack.txt
73period_pack=$( awk '{print $0} ' ${IGCM_DEM_SIMU}/period_pack.txt )
74
75year_begin=$(  echo ${DateBegin} | cut -c 1-4 )
76month_begin=$( echo ${DateBegin} | cut -c 5-6 )
77year_end=$(    echo ${DateEnd}   | cut -c 1-4 )
78month_end=$(   echo ${DateEnd}   | cut -c 5-6 )
79
80awk '{print $2}' ${IGCM_DEM_SIMU}/liste_output_files_config.txt >  ${IGCM_DEM_SIMU}/info_Output_light.txt
81
82# on cree la liste des fichiers pour chaque type_file
83for type_file in $( awk '{print $0}' ${IGCM_DEM_SIMU}/info_name_file.txt ) ; do 
84   #sed -e "/${type_file}/!d" ${IGCM_DEM_SIMU}/info_Output_light.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt
85    grep ${type_file} ${IGCM_DEM_SIMU}/info_Output_light.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt
86    sort -u ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.tmp_info_${type_file}.txt.tmp
87    cp ${IGCM_TMP}/${$}.tmp_info_${type_file}.txt.tmp ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt
88    [[ "${clean_tmp}" = "yes" ]] && rm -f ${IGCM_TMP}/${$}.tmp_info_${type_file}.txt.tmp
89done
90
91# 3- Maintenant pour chaque type de fichier de sortie nous allons creer la liste
92# des fichiers contenus dans chaque pack
93
94# Recherche des dates du premier pack
95
96date_begin_pack=${DateBegin}
97date_end_simulation=${DateEnd}
98
99month_begin_pack=${month_begin}
100year_begin_pack=${year_begin}
101
102number_pack=1
103
104#
105date_begin_pack=`echo $date_begin_pack|sed 's/^0*//'`
106date_end_simulation=`echo $date_end_simulation|sed 's/^0*//'`
107
108while [[ ${date_begin_pack} -le ${date_end_simulation}  ]]
109do
110
111   month_end_pack=${month_begin_pack}
112   year_end_pack=$(( ${year_begin_pack} +${period_pack} ))
113   
114   date_end_pack=${year_end_pack}${month_end_pack}01   
115
116   DEM_log -2 "Entree boucle 3 : year_begin_pack month_begin_pack year_end_pack month_end_pack : ${year_begin_pack} ${month_begin_pack} ${year_end_pack} ${month_end_pack}"
117   DEM_log -2 "Entree boucle 3 : date_end_pack : ${date_end_pack}"
118   
119   for type_file in `awk '{print $0}' ${IGCM_DEM_SIMU}/info_name_file.txt`
120   do
121       DEM_log -2 "Boucle 3 : ${type_file} ${number_pack}"
122       taille=0
123
124       # On passe en revue chaque type de fichier
125       for file in `awk '{print $0}' ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt`
126       do 
127           # Extraire la date de debut et la date de fin de la periode d'output traitee par le fichier   
128           extract_date_file=$( echo ${file}             | sed -e "s%.*${JobName}_%%" )
129           date_debut=$(        echo ${extract_date_file}| sed 's%\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' )
130           date_fin=$(          echo ${extract_date_file}| sed 's%.*_\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' )
131           
132           if [  ${date_debut} -lt ${date_end_pack} ]
133           then
134               if [ ${date_fin} -ge ${date_begin_pack} ]
135               then
136                   echo ${file} >> ${OUTPUT_NCRCAT}/ncrcat_${type_file}_${date_begin_pack}_${date_end_pack}.list
137                   echo ${date_debut} | cut -c 1-6 >>  ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt
138                   grep -v ${file} ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt.tmp
139                   cp ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt.tmp ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt
140                   [[ "${clean_tmp}" = "yes" ]] && rm -f ${IGCM_TMP}/${$}.info_${type_file}.txt.tmp
141               fi
142           else
143               break
144           fi
145           
146       done
147       if [[ -f ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt ]] ; then
148           sort -u ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.date_tmp.txt
149           mv ${IGCM_TMP}/${$}.date_tmp.txt ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt
150       else
151           DEM_log -2 "Pas de fichier cree :  ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt - Date_end_pack : ${date_end_pack}"
152       fi
153
154#On renomme le fichier ncrcat avec la date reelle de fin et non pas la premiere date suivant la fin
155#on renomme egalement en fonction de la date reelle de debut pour le cas des annees < 1000 qui perdent leurs zeros en cour de route
156       if [[ -f ${OUTPUT_NCRCAT}/ncrcat_${type_file}_${date_begin_pack}_${date_end_pack}.list ]]; then
157           sort ${OUTPUT_NCRCAT}/ncrcat_${type_file}_${date_begin_pack}_${date_end_pack}.list > ${IGCM_TMP}/${$}.ncrcat.tmp
158
159           first_file=$(head -n 1 ${IGCM_TMP}/${$}.ncrcat.tmp )
160           extract_date_file=$( echo ${first_file}  | sed -e "s/.*${JobName}_//" )
161           date_debut=$(echo ${extract_date_file}| sed 's%\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' )
162
163           last_file=$(tail -n 1 ${IGCM_TMP}/${$}.ncrcat.tmp )
164           extract_date_file=$( echo ${last_file}  | sed -e "s/.*${JobName}_//" )
165           date_fin=$(echo ${extract_date_file}| sed 's%.*_\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' )
166           mv ${OUTPUT_NCRCAT}/ncrcat_${type_file}_${date_begin_pack}_${date_end_pack}.list ${OUTPUT_NCRCAT}/${JobName}_${date_debut}_${date_fin}_${type_file}.list
167       fi
168   done
169
170   month_begin_pack=${month_end_pack}
171   year_begin_pack=${year_end_pack}
172   date_begin_pack=${year_begin_pack}${month_begin_pack}01
173   
174   number_pack=$(( ${number_pack} + 1 ))
175
176   DEM_log -2 "Sortie boucle : year_begin_pack month_begin_pack year_end_pack month_end_pack : ${year_begin_pack} ${month_begin_pack} ${year_end_pack} ${month_end_pack}"
177   DEM_log -2 "Sortie boucle : date_begin_pack : ${date_begin_pack}"
178   
179done
180
181
182## Recherche des trous eventuels dans cette simulation
183
184## Creation de la liste des annees comprisent entre DateBegin et DateEnd >>  ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt
185force_sequence (){
186    awk '{
187        if (NR==1) {avant=$1; print $1}
188        else { for (i=avant+1 ; i<=$1 ; i++) printf "%04i\n", i}}'
189}
190
191DEM_log -1 "year_begin - year_end : ${year_begin} - ${year_end}"
192
193echo ${year_begin} > ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt
194echo ${year_end}  >> ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt
195
196force_sequence < ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt > ${IGCM_TMP}/${$}.tmp ; mv ${IGCM_TMP}/${$}.tmp ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt
197
198
199## il faut savoir si les fichiers d'output sont annuels ou mensuels ?
200file=$( head -n 2 ${IGCM_DEM_SIMU}/liste_output_files_config.txt )
201
202extract_date_file=$( echo ${file}             | sed -e "s%.*${JobName}_%%" )
203date_debut=$(        echo ${extract_date_file}| sed 's%\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g')
204date_fin=$(          echo ${extract_date_file}| sed 's%.*_\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g')
205month_begin=$(       echo ${date_debut}       | cut -c 5-6 )
206month_end=$(         echo ${date_fin}         | cut -c 5-6 )
207
208DEM_log -1 "Recherche de la frequence"
209if [ ${month_end} -eq ${month_begin} ]
210then
211    DEM_log -1 "Mensuel"
212    frequency="mensuel"
213    while read an ; do
214        for month in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 ; do
215            printf "%s%02d\n" ${an} ${month}  >> ${IGCM_TMP}/${$}.toutes_dates
216        done
217    done < ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt
218    [[ "${clean_tmp}" = "yes" ]] && rm -f ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt
219fi
220if [[ ${month_end} -eq "12" && ${month_begin} -eq "01" ]]
221then
222    DEM_log -1 "Annuel"
223    frequency="annuel"
224    while read an ; do
225        i=1
226        printf "%s%02d\n" ${an} ${i}  >> ${IGCM_TMP}/${$}.toutes_dates
227    done < ${IGCM_TMP}/${$}.liste_date.txt   
228fi
229
230
231# Maintenant il faut comparer la liste des dates avec la liste des dates des fichiers
232# et pour des dates manquantes transformer le fichier ncrcat_date correspondant en fichier
233# tar_date
234DEM_log -1 "Recherche des dates manquantes"
235for type_file in `awk '{print $0}' ${IGCM_DEM_SIMU}/info_name_file.txt`
236do
237    DEM_log -2 "${type_file}"
238    rm -f ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list
239   
240    if [ -f ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt ] ; then
241        join -v 1  ${IGCM_TMP}/${$}.toutes_dates ${IGCM_TMP}/${$}.date_${type_file}.txt > ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list
242       
243        # On change le fichier ncrcat pour chaque date manquante en fichier tar
244        if [[ -f ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list && -s ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list ]]; then
245            for date in `awk '{print $0}' ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list` ; do
246### AC : test si le fichier de list existe dans output_ncrcat (si non ca veut dire qu'il deja ete move dans output_tar)
247                nb_files=$(ls ${OUTPUT_NCRCAT} | grep ${JobName} | grep "${type_file}.list" | wc -l )
248                if [ "x$nb_files" != "x0" ] ; then
249                    ls -l ${OUTPUT_NCRCAT}/${JobName}_*_${type_file}.list > ${IGCM_TMP}/${$}.liste_ncrcat
250                    for pack in $( awk '{print $9}' ${IGCM_TMP}/${$}.liste_ncrcat ) ; do
251                        extract_date_file=$( echo ${pack}       | sed -e "s%.*${JobName}_%%" )
252                        date_debut=$( echo ${extract_date_file} | sed 's%\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g'     | cut -c 1-6  )
253                        date_fin=$(   echo ${extract_date_file} | sed 's%.*_\([0-9]\{8\}\)_.*$%\1%g' | cut -c 1-6  )
254                        #on retire les eventuels zero pour eviter de tomber sur des dates de type 08 ou 09
255                        date=`echo $date|sed 's/^0*//'`
256                        date_debut=`echo $date_debut|sed 's/^0*//'`
257                        date_fin=`echo $date_fin|sed 's/^0*//'`
258                        if [[ ${date} -ge ${date_debut} && ${date} -lt ${date_fin} ]]; then
259                            mv ${pack} ${OUTPUT_TAR}/.
260                            break
261                        else
262                            rm -f ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list
263                        fi
264                    done
265                fi
266                [[ "${clean_tmp}" = "yes" ]] && rm -f ${IGCM_TMP}/${$}.liste_ncrcat
267            done
268        elif [[ -f ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list && ! -s ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list ]]; then
269            rm -f ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list
270        fi
271    fi
272    rm -f ${IGCM_DEM_SIMU}/${type_file}_manquant.list
273done
274
275DEM_write_state ${IGCM_DEM}/config_card.liste ${config_card} WriteListPackDone
276
277# gpdebug : le script n'a pas rencontre d'erreur. On l'inscrit dans le fichier de suivi
278simuMonitoring_OK "$MonitoringInfo" "$config_card"
279
280DEM_log -0 "Fin de ${SCRIPT_NAME}"
281
282exit
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.