Changeset 3744


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Timestamp:
04/12/18 15:06:04 (7 years ago)
Author:
cugnet
Message:

Few corrections in clims_CMIP6.bash, in particular:

  • paths corrections to match final files organization.
  • boundary variables indicated by "bounds" attributes are also renamed.

Jobs generator "gen_jobs_ce0l.bash" introduced.

Location:
TOOLS/CMIP6_FORCING/OZONE
Files:
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  • TOOLS/CMIP6_FORCING/OZONE/clims_CMIP6.bash

    r3595 r3744  
    11#!/bin/bash 
    2 module load nco/4.4.8 
     2module load nco/4.6.9 
    33 
    44ia="1"    #=== Indices of chosen Amip  datasets (see below AMIP_VERSION_NAMES/AMIP_VERSION_FOLDERS) 
    … …  
    1919local=$PWD 
    2020case $machine in 
    21   ada)    work=$WORKDIR;    DATAIN="" 
    22           DATAOU='/workgpfs/rech/psl/rpsl035/IGCM' ;; 
    23   curie)  work=$CCCWORKDIR; DATAIN="" 
    24           DATAOU='/ccc/work/rech/psl/rpsl035/IGCM' ;; 
    25   ciclad) work=/data/$USER; DATAIN=/prodigfs/project/input4MIPs/CMIP6/CMIP 
    26           DATAOU='/prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM'     ;; 
     21  ada)    work=$WORKDIR 
     22          DATAIN="" 
     23          DATAOU='/workgpfs/rech/psl/rpsl035/IGCM/ATM'    ;; 
     24  curie)  work=$WORKDIR 
     25          DATAIN="" 
     26          DATAOU='/ccc/work/cont003/igcmg/igcmg/IGCM/ATM' ;; 
     27  ciclad) work=/data/$USER 
     28          DATAIN='/prodigfs/project/input4MIPs/CMIP6/CMIP' 
     29          DATAOU='/prodigfs/ipslfs/igcmg/IGCM/ATM'        ;; 
    2730esac 
    28 DATAOU=/home/tlurton/IGCM     ##### !!!!!! PROVISOIRE !!!!!!! 
    29  
     31if [ "$DATAIN" = "" ]; then echo "Raw data folder for $machine has to be specified."; exit; fi 
     32DATAOU=/data/dcugnet$DATAOU 
    3033#--- INPUT DATA: AMIP 
    3134AMIP_VERSION_NAMES=('PCMDI-AMIP-1-1-3') 
    … …  
    4346ozon_vname_in='vmro3' 
    4447ozon_fname_in='${V}_input4MIPs_ozone_CMIP_${ozon_version_name}_${ozon_version_folder%/*}_${Yi}01-${Yf}12.nc' 
     48res3D='144x96x66' 
     49res2D='96x66_zonal' 
     50 
    4551 
    4652#--- VERSIONS OF INPUT FILES EFFECTIVELY CHOSEN 
    … …  
    4854 
    4955#--- OUTPUT DATA 
    50 DATAOU=${DATAOU%/*}/ANTICHAMBRE; if [ ! -d $DATAOU ]; then mkdir -p $DATAOU; fi 
    51 AMIP_FOLDER_OU=$DATAOU/'ATM/LIMIT/AMIP.${amip_version_folder##*/}/${suf}' 
    52 OZON_FOLDER_OU=$DATAOU/'ATM/OZONE/UReading.${ozon_version_folder##*/}' 
     56if [ ! -d $DATAOU ]; then mkdir -p $DATAOU; fi 
     57AMIP_FOLDER_OU=$DATAOU/'LIMIT/AMIP.${amip_version_folder##*/}/${suf}' 
     58OZON_FOLDER_OU=$DATAOU/'OZONE/UReading/historical.${ozon_version_folder##*/}/original' 
    5359amip_vname_ou=('tosbcs' 'sicbcs'); amip_fname_ou='amip${bc}_${V}_360x180_${Y}.nc' 
    5460ozon_vname_ou='tro3'             ; ozon_fname_ou='${V}_${Y}.nc' 
    … …  
    233239} 
    234240#================================================================================== 
     241function get_boundsvar { 
     242# Input arguments: 
     243#    $1: file name  $2: variable name 
     244  local a=$(ncdump -h $1 | grep -P "\t$2:bounds") 
     245  if [ "$a" != "${a#*\"}" ]; then a=${a#*\"}; echo ${a%\"*}; else echo ""; fi 
     246} 
     247#================================================================================== 
     248function rename_bounds { 
     249# Input arguments: 
     250#    $1: file name  $2: variable name  $3: new variable name 
     251  local vin=$(get_boundsvar $1 $2) beg end vou 
     252  if [ "$vin" = "" ]; then return 1; fi 
     253  beg=${vin##*$2}; if [ "$beg" = "$vin" ]; then beg=$vin; fi 
     254  beg=${vin%%$2*}; if [ "$end" = "$vin" ]; then end=$vin; fi 
     255  if [[  "$beg" = ""  &&  "$end" = ""  ]]; then return 1; fi 
     256  vou=$beg$3$end 
     257  echo "$2,$vin,$vou" 
     258} 
     259#================================================================================== 
    235260function renam_dims { 
    236261# Input arguments: 
    … …  
    238263# 
    239264# Purpose: 
    240 #    Rename dimensions, dimensional variables and possibly bounds_<variable>. 
    241 # 
    242   local f=$1 out="" nam_in nam_ou 
     265#    Rename dimensions, dimensional variables. 
     266#    In case of boundary grid variables with bounds_<variable> names are available, 
     267#    they are renamed together with the corresponding "bounds" attributes. 
     268  local vio f=$1 out="|" nam_in nam_ou 
    243269  shift 
    244270  while [ $# -ge 1 ]; do 
    … …  
    246272    if [ "$nam_in" != "$nam_ou" ]; then 
    247273      out="$out -d $nam_in,$nam_ou -v $nam_in,$nam_ou" 
    248       nam_in=bounds_$nam_in; nam_ou=bounds_$nam_ou 
    249       test_var $f $nam_in 
    250       if [ $? -eq 0 ]; then out="$out -d $nam_in,$nam_ou -v $nam_in,$nam_ou"; fi 
     274      #--- CHECK WETHER "bounds" ATTRIBUTE IS THERE 
     275      vio="$(rename_bounds $f $nam_in $nam_ou)" 
     276      if [ "$vio" != "" ]; then out="-a bounds,${vio%%,*},m,c,${vio##*,} ${out} -v ${vio#*,}"; fi 
    251277    fi 
    252278    ((ia++)) 
    … …  
    351377 
    352378  nm=12 
    353   d_o2=$d_ou/2D_12Fields                                          #--- Output folder (2D) 
    354   d_o3=$d_ou/3D_12Fields                                          #--- Output folder (3D) 
     379  d_o2=$d_ou/${res2D}                                             #--- Output folder (2D) 
     380  d_o3=$d_ou/${res3D}                                             #--- Output folder (3D) 
    355381  if [ ! -d $d_o2 ]; then mkdir -p $d_o2; fi; f_o2=$d_o2/$f_ou 
    356382  if [ ! -d $d_o3 ]; then mkdir -p $d_o3; fi; f_o3=$d_o3/$f_ou 
    357383 
    358384  echo ">> BUILDING $nm MONTHS OZONE FILES FOR PERIOD ${Y_ozon_beg}-${Y_ozon_end} USING $OZON_VERSION_NAMES DATASET (${ozon_version_folder##*/})..." 
    359   for Y in $(eval echo {${Y_ozon_beg}..${Y_ozon_end}}); do      #--- Loop on years 
     385  for Y in $(eval echo {${Y_ozon_beg}..${Y_ozon_end}}); do       #--- Loop on years 
    360386  
    361387    #--- RECOMPUTE OR NOT 
    … …  
    365391    extract $v_in,$v_ou $f_in,$f_o3 $Y_ozon_beg,$Y_ozon_end,50 $Y 0 
    366392 
    367     #--- RENAME DIMENSIONS ACCORDING TO $coords VARIABLE 
     393    #--- RENAME DIMS/VARS ACCORDING TO $coords VARIABLE + "bounds" ATTRIBUTE IF REQUIRED 
    368394    fo3=$(Y=$Y; eval echo $f_o3); fo2=$(Y=$Y; eval echo $f_o2) 
    369     if [ $Y -eq $Y_ozon_beg ]; then args_ren=$(renam_dims $fo3 $coords); fi 
     395    if [ $Y -eq $Y_ozon_beg ]; then 
     396      args_all=$(renam_dims $fo3 $coords) 
     397      args_att=${args_all%|*}; args_ren=${args_all#*|} 
     398    fi 
     399    if [ "$args_att" != "" ]; then ncatted  $args_att $fo3 2>&1 > /dev/null ; fi 
    370400    if [ "$args_ren" != "" ]; then ncrename $args_ren $fo3 2>&1 > /dev/null ; fi 
    371401 
    … …  
    389419  v_ou=${ozon_vname_ou}                                           #--- Output variable 
    390420 
    391   for rank in 3 2; do                                             #--- Loop on rank 
    392     d12=$d_ou/${rank}D_12Fields 
     421  for res in ${res3D} ${res2D}; do                                #--- zonal/3D loop 
     422    dr=$d_ou/$res 
    393423 
    394424    #--- CLIMATOLOGY ON GIVEN YEARS INTERVAL (Y_clim_beg-Y_clim_end) 
    395425    f_ou=$(V=$v_ou; Y=${Y_clim_beg}_${Y_clim_end}_clim; eval echo $ozon_fname_ou) #--- Regular climatology name 
    396     if [[ ! -f $d12/$f_ou || $recomp = 'y' ]]; then 
    397       echo ">> BUILDING 12 MONTHS ${rank}D $v_ou CLIMATOLOGY ON PERIOD ${Y_clim_beg}-${Y_clim_end}..." 
    398       make_clim $v_ou $d12/\$ozon_fname_ou ${Y_clim_beg},${Y_clim_end} 0 
     426    if [[ ! -f $dr/$f_ou || $recomp = 'y' ]]; then 
     427      echo ">> BUILDING 12 MONTHS $res $v_ou CLIMATOLOGY ON PERIOD ${Y_clim_beg}-${Y_clim_end}..." 
     428      make_clim $v_ou $dr/\$ozon_fname_ou ${Y_clim_beg},${Y_clim_end} 0 
    399429    fi 
    400430 
    … …  
    404434    f_in=$(V=$v_in; Yi=1850; Yf=1850; ozon_version_name=$ozon_version_name; ozon_version_folder=$ozon_version_folder; clim='C'; eval echo $OZON_FOLDER_IN/$ozon_fname_in); #f_in=${f_in%.nc*}-clim.nc 
    405435    f_ou=$(V=$v_ou; Y=1850_1850_clim; eval echo $ozon_fname_ou) 
    406     if [[ ! -f $d12/$f_ou || $recomp = 'y' ]]; then 
    407       echo ">> BUILDING 12 MONTHS ${rank}D $v_ou PRE-INDUSTRIAL CLIMATOLOGY..." 
    408       if [ $rank -eq 3 ]; then f_ou0=$d12/$f_ou 
     436    if [[ ! -f $dr/$f_ou || $recomp = 'y' ]]; then 
     437      echo ">> BUILDING 12 MONTHS $res $v_ou PRE-INDUSTRIAL CLIMATOLOGY..." 
     438      if [ "$res" = "${res3D}" ]; then f_ou0=$dr/$f_ou 
    409439 
    410440        #--- DUPLICATE FILE AND RENAME DIMENSIONS 
    411         cp $f_in $d12/$f_ou ; args_ren=$(renam_dims $d12/$f_ou $coords) 
    412         ncrename $args_ren -v $ozon_vname_in,$ozon_vname_ou $d12/$f_ou 2>&1 > /dev/null 
    413  
     441        cp $f_in $dr/$f_ou 
     442        args_all=$(renam_dims $dr/$f_ou $coords) 
     443        args_att=${args_all%|*}; args_ren=" -v $ozon_vname_in,$ozon_vname_ou ${args_all#*|}" 
     444        if [ "$args_att" != "" ]; then ncatted  $args_att $dr/$f_ou 2>&1 > /dev/null ; fi 
     445        if [ "$args_ren" != "" ]; then ncrename $args_ren $dr/$f_ou 2>&1 > /dev/null ; fi 
    414446      else 
    415447        #--- ZONAL MEAN 
    416         ncwa    -a longitude      $f_ou0 $tmp ; mv $tmp $d12/$f_ou 
    417         ncks -x -v longitude $d12/$f_ou  $tmp ; mv $tmp $d12/$f_ou 
     448        ncwa    -a longitude     $f_ou0 $tmp ; mv $tmp $dr/$f_ou 
     449        ncks -x -v longitude $dr/$f_ou  $tmp ; mv $tmp $dr/$f_ou 
    418450 
    419451        #--- REMOVE USELESS VARIABLE 
    420452        v="bounds_longitude" 
    421         test_var $d12/$f_ou $v 
    422         if [ $? -eq 0 ]; then ncks -x -v $v $d12/$f_ou $tmp ; mv $tmp $d12/$f_ou; fi 
     453        test_var $dr/$f_ou $v 
     454        if [ $? -eq 0 ]; then ncks -x -v $v $dr/$f_ou $tmp ; mv $tmp $dr/$f_ou; fi 
    423455      fi 
    424456    fi 
    … …  
    430462#++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 
    431463 
     464 

  • TOOLS/CMIP6_FORCING/OZONE/description_ozone.txt

    r3389 r3744  
    1 Utilisation du script /home/dcugnet/CLIMS_CMIP6/clims_CMIP6.bash, qui fournit à la fois les fichiers zonaux et les fichiers 3D à 12 enregistrements. 
    2 => fichiers annuels et quelques climatologies. Seuls les fichiers à 14 champs sont actuellement utilisés. 
     1Utilisation du script clims_CMIP6.bash, qui fournit à la fois les fichiers zonaux et les fichiers 3D à 12 enregistrements. 
     2=> fichiers annuels et quelques climatologies. 
    33 
    44Utilisation des archives officielles CMIP6 ; extraction par années (12 mois). 
    … …  
    99 
    1010En sortie de co0l: 
    11  climoz_lmdz.nc interpolé horizontalement (3D ou zonal) 
     11 climoz_LMDZ.nc interpolé horizontalement (3D ou zonal), 14 mois. 
    1212 
    1313Pour les versions zonales: nco. 
    … …  
    1717Période industrielle pour l'ozone: 1979_2008. 
    1818 
    19 Quels fichiers *.def et quelle version de ce0l ? A venir... 
     19ce0l à partir de la révision de 3278. 
     20Les fichiers *.def proviennent du dossier DefLists/ correspondant. 
     21Ils peuvent être construits: 
     22 * via modipsl 
     23 * à l'aide de "gen_jobs_ce0l.bash", qui construit des jobs pour différentes configurations (masque, résolution...) 
    2024 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.