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04/12/10 15:42:59 (12 years ago)
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cetlod
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Update iodef.xml file to take into account new diagnostics for PISCES

  • needed for AR5 outputs (vertical inventories, passive tracers at surface...
  • new output file with suffix dbio_T
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CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5/branches/IPSLCM5_v3/EXP00/PARAM
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  • CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5/branches/IPSLCM5_v3/EXP00/PARAM/iodef.xml

    r942 r970  
    231231     </group> 
    232232 
    233       <!-- diad on T grid --> 
     233      <!-- diad on T grid : : variables available with key_trc_diaadd && key_trc_dia3d --> 
    234234 
    235235     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     
    245245       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol-Fe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    246246       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol-Fe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    247        <field id="Pcal"        description="Calcite production"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    248        <field id="Dcal"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    249        <field id="Graz"        description="Grazing by microzoo"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    250        <field id="Graz2"       description="Grazing by mesozoo"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    251        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                        unit="mol-N/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
    252        <field id="ExpPOC"      description="POC export"                               unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="ExpGOC"      description="GOC export"                               unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="ExpFe1"      description="Nano iron export"                         unit="mol-Fe/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="ExpFe2"      description="Diatoms iron export"                      unit="mol-Fe/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="ExpSi"       description="Silicate export"                          unit="mol-Si/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="Expcal"      description="Calcite export"                           unit="mol-C/m2/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol-C/m2/s" /> 
    259        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol-C/m2/s" /> 
     247       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     248       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     249       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol-C/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     250       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol-N/m2/s"      /> 
     251       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol-C/m2/s"      /> 
     252       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol-Fe/m2/s"     /> 
     253       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol-Si/m2/s"     /> 
     254       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol-C/m2/s"      /> 
     255       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol-C/m2/s"      /> 
     256       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol-C/m2/s"      /> 
    260257       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol-C/m2/s/uatm" /> 
    261        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm" /> 
    262        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm" /> 
    263        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m" /> 
    264        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s" /> 
     258       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            /> 
     259       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
     260       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               /> 
     261       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s"     /> 
     262     </group> 
     263 
     264 
     265      <!-- dbio_T on T grid : variables available with key_diaar5 --> 
     266        
     267     <group id="dbio_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T">   
     268       <field id="PHYT"        description="Total phytoplankton Concentration"                   unit="mol-C/L"     axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="ZOOT"        description="Total zooplankton Concentration"                     unit="mol-C/L"     axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="CHLT"        description="Total chlorophyll Concentration"                     unit="mol-C/L"     axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="POCT"        description="Total carbon particles Concentration"                unit="mol-C/L"     axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="PFET"        description="Total biogenic Iron Concentration"                   unit="mol-C/L"     axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="TPP"         description="Total Primary production of phyto"                   unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="TPNEW"       description="New Primary production of phyto"                     unit="mol-C/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="TPBFE"       description="Total biogenic iron production"                      unit="mol-Fe/m3/s" axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="EXPC"        description="Export of carbon"                                    unit="mol-C/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="EXPFE"       description="Export of biogenic iron"                             unit="mol-Fe/m2/s" axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="EXPSI"       description="Export of Silicate"                                  unit="mol-Si/m2/s" axis_ref="deptht" /> 
     279       <field id="EXPCAL"      description="Export of Calcite"                                   unit="mol-C/m2/s"  axis_ref="deptht" /> 
     280       <field id="DICSFC"      description="Dissolved inorganic Concentration at surface"        unit="mol-C/L" /> 
     281       <field id="AlkaliniSFC" description="Total Alkalinity Concentration at surface"           unit="eq/L"    /> 
     282       <field id="O2SFC"       description="Oxygen Concentration at surface"                     unit="mol-C/L" /> 
     283       <field id="CaCO3SFC"    description="Calcite Concentration at surface"                    unit="mol-C/L" /> 
     284       <field id="PO4SFC"      description="Phosphate Concentration at surface"                  unit="mol-C/L" /> 
     285       <field id="POCSFC"      description="Small organic carbon Concentration at surface"       unit="mol-C/L" /> 
     286       <field id="SiSFC"       description="Silicate Concentration at surface"                   unit="mol-C/L" /> 
     287       <field id="PHYSFC"      description="Nanophytoplankton Concentration at surface"          unit="mol-C/L" /> 
     288       <field id="ZOOSFC"      description="Microzooplankton Concentration at surface"           unit="mol-C/L" /> 
     289       <field id="DOCSFC"      description="Dissolved organic Concentration at surface"          unit="mol-C/L" /> 
     290       <field id="PHY2SFC"     description="Diatoms Concentration at surface"                    unit="mol-C/L" /> 
     291       <field id="ZOO2SFC"     description="Mesozooplankton Concentration at surface"            unit="mol-C/L" /> 
     292       <field id="BSiSFC"      description="Diatoms Silicate Concentration at surface"           unit="mol-C/L" /> 
     293       <field id="FerSFC"      description="Dissolved Iron Concentration at surface"             unit="mol-C/L" /> 
     294       <field id="BFeSFC"      description="Big iron particles Concentration at surface"         unit="mol-C/L" /> 
     295       <field id="GOCSFC"      description="Big organic carbon Concentration at surface"         unit="mol-C/L" /> 
     296       <field id="SFeSFC"      description="Small iron particles Concentration at surface"       unit="mol-C/L" /> 
     297       <field id="DFeSFC"      description="Diatoms iron  Concentration at surface"              unit="mol-C/L" /> 
     298       <field id="DSiSFC"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration at surface"  unit="mol-C/L" /> 
     299       <field id="NFeSFC"      description="Nano iron Concentration at surface"                  unit="mol-C/L" /> 
     300       <field id="NCHLSFC"     description="Nano chlorophyl Concentration at surface"            unit="mol-C/L" /> 
     301       <field id="DCHLSFC"     description="Diatoms chlorophyl Concentration at surface"         unit="mol-C/L" /> 
     302       <field id="NO3SFC"      description="Nitrates Concentration at surface"                   unit="mol-C/L" /> 
     303       <field id="NH4SFC"      description="Ammonium Concentration at surface"                   unit="mol-C/L" /> 
     304       <field id="PHYTSFC"     description="Total phytoplankton Concentration at surface"        unit="mol-C/L" /> 
     305       <field id="ZOOTSFC"     description="Total zooplankton Concentration at surface"          unit="mol-C/L" /> 
     306       <field id="CHLTSFC"     description="Total chlorophyll Concentration at surface"          unit="mol-C/L" /> 
     307       <field id="POCTSFC"     description="Total carbon particles Concentration at surface"     unit="mol-C/L" /> 
     308       <field id="PFETSFC"     description="Total biogenic Iron Concentration at surface"        unit="mol-C/L" /> 
     309       <field id="PHSFC"       description="PH at surface"                                       unit="-"       /> 
     310       <field id="INTDIC"      description="DIC content"                                         unit="kg/m2"   /> 
     311       <field id="O2MIN"       description="Oxygen minimum concentration"                        unit="mol-C/L" /> 
     312       <field id="ZO2MIN"      description="Depth of oxygen minimum concentration"               unit="m"       /> 
     313       <field id="INTNFIX"     description="Nitrogen fixation rate : vert. integrated"           unit="mol-N/m2/s"  /> 
     314       <field id="INTPPPHY"    description="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="mol-C/m2/s"  /> 
     315       <field id="INTPPPHY2"   description="Vertically integrated primary production by diatom"  unit="mol-C/m2/s"  /> 
     316       <field id="INTPP"       description="Vertically integrated primary production by phyto"   unit="mol-C/m2/s"  /> 
     317       <field id="INTPNEW"     description="Vertically integrated new primary production"        unit="mol-C/m2/s"  /> 
     318       <field id="INTPBFE"     description="Vertically integrated of biogenic iron production"   unit="mol-Fe/m2/s" /> 
     319       <field id="INTPBSI"     description="Vertically integrated of biogenic Si production"     unit="mol-Si/m2/s" /> 
     320       <field id="INTPCAL"     description="Vertically integrated of calcite production"         unit="mol-Si/m2/s" /> 
    265321     </group> 
    266322        
     
    522578        </file>    
    523579 
    524         <file id="ORCA2_1m_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
     580        <!-- 
     581..............................................   ptrc_T   ................................................. 
     582          --> 
     583        <file id="ORCA2_1m_ptrc_T" description="Marine Biogeochemical 3-D Fields" >            <!-- ptrc_T --> 
    525584          <field ref="DIC"      /> 
    526585          <field ref="Alkalini" /> 
     
    549608       </file> 
    550609 
    551        <file id="ORCA2_1m_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
     610        <!-- 
     611..............................................  diad_T   ................................................. 
     612          --> 
     613       <file id="ORCA2_1m_diad_T" description="Marine Biogeochemical Fields : Additional diagnostics" > 
    552614          <field ref="PH"       /> 
    553615          <field ref="CO3"      /> 
     
    561623          <field ref="PFeN"     /> 
    562624          <field ref="PFeD"     /> 
    563           <field ref="Pcal"     /> 
    564           <field ref="Dcal"     /> 
    565           <field ref="Graz"     /> 
    566           <field ref="Graz2"    /> 
     625          <field ref="PCAL"     /> 
     626          <field ref="DCAL"     /> 
     627          <field ref="GRAZ"     /> 
     628          <field ref="EPC100"   /> 
     629          <field ref="EPFE100"  /> 
     630          <field ref="EPSI100"  /> 
     631          <field ref="EPCAL100" /> 
    567632          <field ref="Cflx"     /> 
    568           <field ref="ExpPOC"   /> 
    569           <field ref="ExpGOC"   /> 
    570           <field ref="ExpFe1"   /> 
    571           <field ref="ExpFe2"   /> 
    572           <field ref="ExpSi"    /> 
    573           <field ref="Expcal"   /> 
    574633          <field ref="Oflx"     /> 
    575634          <field ref="Kg"       /> 
     
    579638          <field ref="Irondep"  /> 
    580639          <field ref="Nfix"     /> 
     640       </file> 
     641 
     642        <!-- 
     643..............................................  dbio_T   ................................................. 
     644          --> 
     645       <file id="ORCA2_1m_dbio_T" description="Marine Biogeochemical Fields : Additional AR5 variables" > 
     646          <field ref="PHYT"        /> 
     647          <field ref="ZOOT"        /> 
     648          <field ref="CHLT"        /> 
     649          <field ref="POCT"        /> 
     650          <field ref="PFET"        /> 
     651          <field ref="TPP"         /> 
     652          <field ref="TPNEW"       /> 
     653          <field ref="TPBFE"       /> 
     654          <field ref="EXPC"        /> 
     655          <field ref="EXPFE"       /> 
     656          <field ref="EXPSI"       /> 
     657          <field ref="EXPCAL"      /> 
     658          <field ref="DICSFC"      /> 
     659          <field ref="AlkaliniSFC" /> 
     660          <field ref="O2SFC"       /> 
     661          <field ref="CaCO3SFC"    /> 
     662          <field ref="PO4SFC"      /> 
     663          <field ref="POCSFC"      /> 
     664          <field ref="SiSFC"       /> 
     665          <field ref="PHYSFC"      /> 
     666          <field ref="ZOOSFC"      /> 
     667          <field ref="DOCSFC"      /> 
     668          <field ref="PHY2SFC"     /> 
     669          <field ref="ZOO2SFC"     /> 
     670          <field ref="BSiSFC"      /> 
     671          <field ref="FerSFC"      /> 
     672          <field ref="BFeSFC"      /> 
     673          <field ref="GOCSFC"      /> 
     674          <field ref="SFeSFC"      /> 
     675          <field ref="DFeSFC"      /> 
     676          <field ref="DSiSFC"      /> 
     677          <field ref="NFeSFC"      /> 
     678          <field ref="NCHLSFC"     /> 
     679          <field ref="DCHLSFC"     /> 
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     681          <field ref="NH4SFC"      /> 
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     683          <field ref="ZOOTSFC"     /> 
     684          <field ref="CHLTSFC"     /> 
     685          <field ref="POCTSFC"     /> 
     686          <field ref="PFETSFC"     /> 
     687          <field ref="PHSFC"       /> 
     688          <field ref="INTDIC"      /> 
     689          <field ref="O2MIN"       /> 
     690          <field ref="ZO2MIN"      /> 
     691          <field ref="INTNFIX"     /> 
     692          <field ref="INTPPPHY"    /> 
     693          <field ref="INTPPPHY2"   /> 
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     696          <field ref="INTPBFE"     /> 
     697          <field ref="INTPBSI"     /> 
     698          <field ref="INTPCAL"     /> 
    581699       </file> 
    582700 
  • CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5/branches/IPSLCM5_v3/EXP00/PARAM/namelist_ORCA2

    r942 r970  
    228228   ln_qsr_2bd  = .false.   !  2 bands              light penetration 
    229229   ln_qsr_bio  = .true.    !  bio-model light penetration 
    230    nn_chldta   =      0    !  RGB : Chl data (=1) or cst value (=0) 
     230   nn_chldta   =      0    !  RGB : Chl 2D data (=1), 3D data (=2) or cst value (=0) 
    231231   rn_abs      =   0.58    !  RGB & 2 bands: fraction of light (rn_si1) 
    232232   rn_si0      =   0.35    !  RGB & 2 bands: shortess depth of extinction 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.