wiki:ConfigIPSLCM5

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Configuration IPSLCM5


Last edited Sun Oct 13 10:36:39 2024

  1. Configuration IPSLCM5
    1. Préparation CMIP5 : à valider et comparer pour le 19 février
    2. Validation paramètres TKE (fin 21/01/2010)
    3. Historique des modifications IPSLCM5
      1. Reste à faire
      2. IPSLCM5_v2
      3. IPSLCM5_v1
    4. Test TKE3
    5. Configuration IPSL CM5, point 9 septembre 2009
    6. Configurations, point 24 juin 2009
      1. IPSLCM5_v0
      2. IPSLCM5_v1
      3. IPSLCM5_v2
    7. Tests configuration IPSLCM5
    8. Tests nouvelle physique NEMO
    9. Tests de validation de l'intégration de NEMO dans la configuration IPSLCM5
    10. Précautions d'utilisation sur mercure
    11. Plus de détails
    12. 17 mars 2009
    13. 27 février 2009
    14. 23 janvier 2009
      1. Tests en cours
    15. Contrôle qualité
    16. 7 janvier 2009
      1. Compte-rendu réunion NEMO-IPSLCM5
    17. 8 décembre 2008
    18. Pour mémoire
    19. Premiers Tests (suite) - Aout 2008
    20. First tests - April 2008
    21. Steps
    22. Open questions

IPSLCM5 is the IPSL coupled configuration based on NEMO as oceanic component.

This page (in french) lists the story of this configuration.

Préparation CMIP5 : à valider et comparer pour le 19 février

Les deux simulations partent du même état océanique : un forcé ORCA, équilibré (1500 ans de simulation). Elles sont toutes au CCRT (Mercure SX9). Les années de départ sont différents, mais c'est fictif : on peut comparer la n-ième années des différentes expériences entre elles.

Inter monitoring : ​http://dods.extra.cea.fr/data/p86mart/IPSLCM5/monitCPL_prod

  • ST11R (en cours, login p86caub). Sans le nouveau TKE.

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/ST11R. Démarrage année 1950.

  • ST19 (en cours, login p86mart) : avec nouveau TKE, réduction de l'effet de la variabilité du vent sur TKE : rn_sclhft =1/30 dans la namelist ORCA.

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86mart/IPSLCM5/ST19. Démarrage année 1500.

Pour ceux que ça intéresse, il y aussi un équivalent ST11R, avec atmosphère à plus haute résolution :

  • HIAER02 (en cours, login p86denv) : même océan que ST11R, même démarrage, mais haute résolution atmosphère. Démarrage année 1860.

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86denv/IPSLCM5/HIAER02

Validation paramètres TKE (fin 21/01/2010)

Simulations en cours sur mercure SX9 (login p86caub) :

  • ST20 (en cours, login p86caub) : idem ST16, mais avec réduction très forte de l'effet de la variabilité du vent sur TKE : rn_sclhft =1/30 dans la namelist ORCA.
  • ST19 (en cours, login p86mart) : idem ST15, ST17 et ST18, mais avec réduction très forte de l'effet de la variabilité du vent sur TKE : rn_sclhft =1/30 dans la namelist ORCA.

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86mart/IPSLCM5/ST19

  • ST18 (arrêtée, login p86mart) : idem ST15 et ST17, mais avec réduction de l'effet de la variabilité du vent sur TKE : rn_sclhft=1/2 dans la namelist ORCA.

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86mart/IPSLCM5/ST18

  • ST17 (en cours, login p86caub) : ST15 avec module du stress corrigé c'est à dire départ sur run ORCA forcé-équilibré, paramètres atmosphère de CLOUD09, nn_etau=3,nn_htau=2, passage du module du stress,ITF actif,rn_hrnf=15, langmuir cells, mxl0=true

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/ST17

  • ST16 (en cours, login p86caub) : ST12 avec module du stress correct c'est à dire IPSLCM5_v2 (extrait le 15/12/09) nn_etau=3,nn_htau=2, passage du module du stress,ITF actif,rn_hrnf=15, langmuir cells, mxl0=true, paramètres atmosphère de CLOUD09,prolonge TT02

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/ST16

  • ST11R (en cours, login p86caub) : ST11 avec départ sur run ORCA forcé-équilibré

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/ST11R

  • ST11 (arrêtée, login p86caub) : IPSLCM5_v2 (extrait le 15/12/09) nn_etau=0, rn_hrnf=15.e0, ITF actif, langmuir cells, mxl0=true, paramètres atmosphère de CLOUD09, prolonge ST10

​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/ST11

  • ST10 (terminée) : idem ST09, avec ITF actif
  • ST09 (terminée) : idem ST07 (voir ContinentIPSLCM5), avec rn_hrnf=15.e0
  • TT02 (terminée) : Test TKE nn_etau=3 et nn_htau=2, passage du module du stress,rn_sclhft=1,ITF actif, rn_hrnf=0, config ORCA2.2
  • TT03 (terminée) : Test TKE nn_etau=2, nn_htau=1, passage du module du stress, ITF actif, , rn_hrnf=15, config ORCA2.3
  • TT04 (terminée) : Test TKE nn_etau=2, nn_htau=1, sans passage du module du stress, ITF actif, rn_hrnf=15, config ORCA2.3
  • TT05 (terminée) : Test TKE nn_etau=3 et nn_htau=2, passage du module du stress,rn_sclhft=0.5,ITF actif, rn_hrnf=15, config ORCA2.3
  • TT06 (terminée) : Test TKE nn_etau=1, nn_htau=1, sans passage du module du stress, ITF actif, rn_hrnf=15, config ORCA2.3
  • TT07 (terminée) : Test TKE nn_etau=1, nn_htau=1, avec passage du module du stress, ITF actif, rn_hrnf=15, config ORCA2.3
  • TT08 (terminée) : Test TKE nn_etau=3 et nn_htau=2, avec passage du module du stress, rn_sclhft=0.03, ITF actif, rn_hrnf=15, config ORCA2.3

Historique des modifications IPSLCM5

  • Voir la liste de toutes les modifs de la config IPSLCM5_v2 là : ​log

Reste à faire

  • NEMO :
    • Choix de la namelist en cours. Voir simus en route.

IPSLCM5_v2

  • 13/01/10 : Dépôt sur les comptes communs des fichiers aérosols et ozones pour d'autres résolutions :
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD144142/AR5/HISTORIQUE/aerosols_11YearsClim_1860.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD144142/AR5/HISTORIQUE/aerosols_11YearsClim_1995.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD144142/AR5/HISTORIQUE/climoz_LMDZ_1855.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD144142/AR5/HISTORIQUE/climoz_LMDZ_1995.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD192192/AR5/HISTORIQUE/aerosols_11YearsClim_1860.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD192192/AR5/HISTORIQUE/aerosols_11YearsClim_1995.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD280280/AR5/HISTORIQUE/aerosols_11YearsClim_1860.nc
    • IGCM/STORAGE/BC/ATM/LMD280280/AR5/HISTORIQUE/aerosols_11YearsClim_1995.nc
  • 6/1/10 : contrôle qualité : refaire un mois perdu donne bien le même résultat selon les 2 méthodes possibles :
    • refaire le mois avec run.card en cohérence et donc garder les mêmes noms. Voir ​mode d'emploi
    • faire une simu avec redémarrage sous un nouveau nom. Voir ​mode d'emploi
    • les simulations tests :
      • CEPROY12, le mois de décembre en restart
      • CEPROY2, l'original et le mois de décembre en bouche-trou
      • CEPROY2/BKUP12, le mois de décembre original
  • 6/1/10 : contrôle qualité : les simulations exécutées avec PeriodNb=1 ou !PeriodNB=12 donnent des résultats identiques. CEPROX5 et CEPROY5.
  • 6/1/10 : mise à jour du fichier : IGCM/BC/ATM/IPSLCM5/LMD9695/AR5/HISTORIQUE/climoz_LMDZ_1995.nc sur les comptes communs pour prendre celui créé par create_etat0_limit.e rev. 1273
  • 18/12/09 : par défaut carte de végétation an 2000. Voir [863].
  • 10/12/09 : ajout de l'envoi du vent à 10m dans le couplage. Voir [844].
  • 10/12/09 : passage à 39 niveaux par défaut pour LMDZ, fichier ECDYN.nc.20020101 utilisé à l'initialisation, ajout de l'envoi du vent à 10m dans le couplage. Voir [843].
  • 04/12/09 : Changement du fichier coordinates.nc de NEMO et des poids pour le coupleur.
  • Jusqu'au 4/12/09 : Validation fichier iodef.xml. Voir : ​iodef.xml. Voir détails : SortiesNemo
  • 03/12/09 : NEMO v3_2 utilisé pour le couplé IPSLCM5_v2. Voir [838].
  • 30/11/09 : key_diaar5 activée par défaut dans IPSLCM5_v2. Voir [821].
  • 27/11/09 : ORCA2.3 utilisé pour la bathymétrie. namcouple(s) et namelist_ORCA2 modifiées pour avoir le module du stress passé par l'atmosphère. Non activé par défaut. Voir [819].
  • 25/11/09 : Paramètres pour ozone lu introduits. Reste à mettre les fichiers ozone dans les comptes communs.
  • 24/11/09 : Mettre pour avoir le bon couplage (état initial et poids OK) COMP/opa9.card:ORCA_version=ORCA2.3
  • 22/11/09 : champs du coupleur gardés par défaut, rassemblés en 4 fichiers au lieu de 48 fichiers, voir détails IPSLCM5CplFields
  • 12/11/09 : Rassemblement des expériences EXP00, LANDU et BIOS en une : EXP00. Plus d'informations sur l'activation ou pas du Land Use : ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/orchidee/wiki/LandUse
  • 10/11/09 :
    • Compilation spécifique SX9.
      • Voir modipsl : [785]
      • Voir IPSLCM5_v2. Voir : [786]
      • Voir Orchidee : tag orchidee_1_9_4_AR5. Voir [784]
      • Voir LMDZ : ​1260
      • Voir NEMO : UTIL/fait_AAmake
      • Voir XMLIO : ​49
    • Elle pointe maintenant sur NEMO 1719, LMDZ 1260, orchidee_1_9_4_AR5 et libIGCM v1_4. Voir : [788]
  • Vérifications.
  • 9/11/09 : NEMO 1719 OK
  • 6/11/09 : iomput par défaut pour NEMO. Voir IPSLCM5iomputNEMO
    • LMDZ 1257
    • NEMO 1712
    • libIGCM 195 (attention force cesium sur SX9, pas OK)
      • Sur SX9 modifier mod.def et prendre Patch (temporaire).
  • 28/10/09 : ajouts aérosols CMIP5, LMDZ 1248, libIGCM v1 4. Voir [762], [763], [768] et [772].
    • Paramétrage OK pour 96x95x39 seulement
  • 21/10/09 : ajout extraction xmlf90, xml_ioserver et compilation par FCM. Voir [757] et [758].
  • 13/10/09 : ajout échange courant de surface. Voir [754]
  • 14/08/09 : ajout config IPSLCM5_v2 pour finir NEMO
    • nemo v3 2 beta. Voir [706].
    • namelist. Voir [705].

IPSLCM5_v1

  • 28/10/09 : ajout aérosols CMIP5, LMDZ 1248, libIGCM v1 4. Voir [766] et [770]
  • 14/09/09 : ajout simulation EXPLANDU et EXPBIOS. Voir [736], [737],[738] et [739]

Test TKE3

Comprend le passage de la tension de vent. Expérience TT02 en cours chez Olivier. IPSLCM5_v2 extrait le 2/10/2009 à 18h00, et NEMO remplacé par la révision 1711. Modification de sbccpl.F90 pour assurer la positivité de la tension de vent reçue : l'interpolation en spline peut générer des valeurs faiblement négatives (très peu de points concernés ~3).

Paramètres modifiés dans la namelist de ORCA2 :

  • cn_rcv_taumod = 'coupled' (-> nom du champ champ: O_TauMod)

La nouvelle paramétrisation a deux paramètrres ajustables :

  • rn_addhft ! add offset applied to the "mean of stress module - module of mean stress" (always kept > 0) (default = 0.)
  • rn_sclhft ! scale factor applied to the "mean of stress module - module of mean stress" (default = 1.)

qui sont des coef additifs et multiplicateurs appliqués à la composante haute fréquence du stress qui pénètre en subsurface... Pour partir, on propose : rn_addhft = -1.e-3 et rn_sclhft = 1. On a aussi modifié 2 paramètres :

  • nn_etau = 3
  • nn_htau = 2 (nouveau)

Ajouté : ln_tmx_itf pour activer le mélange de la marée dans les détroits indonésiens.

Départ depuis VA67C, année 1920. La simulation de référence sans TKE3 est ST01. Il a fallu rajouter un champ (COTAUMOD) dans le restart cpl_atm de VA67C_19191230.

plus d'infos sur: ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/ticket/585

Configuration IPSL CM5, point 9 septembre 2009

La version NEMO 3_2 a été testée dans IPSLCM5, dans la configuration IPSLCM5_v2. La physique choisie est la même que celle de la version forcée. Sont actifs : le nouveau TKE, le rayonnement en 3 longueurs d'ondes, la couleur de l'eau à partir des observations de chlorophylle, le mélange dû aux marées, des paramètres modifiés de partial steps.

La configuration IPSLCM5_v2 sur le dépôt est à jour avec ces réglages.

Les simulations de références à comparer (atmosphere 96x95x19) :

CM5BCKUP VA40X9 VA66
Configuration IPSLCM5_v0 IPSLCM5_v1 IPSLCM5_v2
Océan NEMO-rev 1340 NEMO-rev 1340 V3_2 Beta
Atmosphere
Commentaires Simulation de reference IPSLCM5_backup 96x95 : la même physique océan que IPSLCM4_v2, plus les partials steps Une partie seulement de la nouvelle physique NEMO : le rayonnement en 3 longueurs dondes, la couleur de l'eau à partir des observations de chlorophylle Nouvelle physique NEMO de la version V3_2
Ou ? CCRT, login p86caub CCRT, login p86mart CCRT, login p86mart
Sources $SCRATCHDIR/TEST_COMMIT $WORKDIR/CPL/VA40X9 $WORKDIR/CPL/VA40X9
Paramètres $WORKDIR/CPL/VA40X9/config/IPSLCCM5/VA40X9 $WORKDIR/CPL/VA65/config/IPSLCCM5/VA66
Résultats $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/CM5BCKUP $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5/VA40X9 $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5/VA66
Résultat (dods) ​ici ​ici ​ici
Atlas ​ici ​ici ​ici
Divers plot de différences ​VA40X9 vs CM5BCKUP ​VA66 vs CM5BCKUP ​VA66 vs VA40X9

​Toutes les courbes des simulations ci-dessus et ci-dessous

Les test à plus haute résolution

Simulations identiques à VA66, mais avec une atmosphère à plus haute résolution

VA66 VA67 VA68B
Atmosphère 96x95x19 96x95x39 144x142x39
Commentaires Voir tableau ci-dessus Idem avec IPSLCM5_v0 C5993A (chez p86maf) Idem avec IPSLCM5_v0 C514143D (chez p86maf)
En cours
Ou ? CCRT, login p86mart CCRT, login p86mart CCRT, login p86mart
Sources $SWORKDIR/CPL/VA65 $WORKDIR/CPL/VA67 $WORKDIR/CPL/VA68
Paramètres $WORKDIR/CPL/VA65/config/IPSLCCM5/VA66 $WORKDIR/CPL/VA67/config/IPSLCCM5/VA67 $WORKDIR/CPL/VA68/config/IPSLCCM5/VA68
Résultats $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/VA66 $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5/VA67 $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5/VA68
Résultat (dods) ​ici ​ici ​ici
Atlas ​ici ​ici ​ici

Configurations, point 24 juin 2009

IPSLCM5_v0

Tous les tests de cette page ont été faits avec cette version. C'est la version 'Backup IPCC'

  • NEMO : physique OPA8, plus partial step (ORCA2.2). NEMO parallèle possible, mais demande quelques modifs (lancement des codes, diaptr).
  • LMDZ : idem IPSLCM4_v2, sauf interface de couplage
  • ORCHIDEE : idem IPSLCM4_v2
  • Machines testées : Mercure SX8, Platine, Brodie. Douteux sur Mercure SX9 ...

Pour le récupérer :

> svn_ano ; cd modipsl/util ; ./model IPSLCM5_v0 ; ins_make ; cd ../config/IPSLCM5 ; [sx]gmake

IPSLCM5_v1

En cours de test :

  • IPSLCM5_v1 :
    • branches/IPSLCM5_WORK
    • 39 niveaux : cibles ajoutées à la compilation : ORCA2LMD9695-L39 et ORCA2LMD144142-L39
    • fichiers d'entrée de la physique et Bands accessibles pour 39 niveaux aussi
  • NEMO Revision 1340 : diaptr parallèle (testé)
  • LMDZ : Revision 191. A venir : calendrier vrai, lecture des fichiers d'ozone et aérosols
  • LibIGCM tag libIGCM_v1_3: lancement avec NEMO parallèle possible mais dans prochaine version du couplé (modif libIGCM et liens libIGCM ORCA)
  • ORCHIDEE : 1_9_3, 1_9_4 très bientôt
  • Machines : idem plus Mercure SX9, Vargas au plus vite

Pour le récupérer :

> svn_ano ; cd modipsl/util ; ./model IPSLCM5_v1 ; ins_make ; cd ../config/IPSLCM5 ; [sx]gmake

IPSLCM5_v2

  • IPSLCM5_v2 :
    • branches/IPSLCM5_v2
    • idem IPSLCM5_WORK au 13 août 2009. Voir [704]
    • NEMO v3_2_beta :
      • changements de noms dans namelist[_ice]
      • adaptation opa9.driver
    • Mise en place dans mod.def. Voir [706]
  • NEMO : nouvelle physique, bathy ORCA2.3, serveur d'I/O (modification de .card, compilation depuis AA_make, attention à la mémoire)

Pour le récupérer :

> svn_ano ; cd modipsl/util ; ./model IPSLCM5_v2 ; ins_make ; cd ../config/IPSLCM5 ; [sx]gmake

Tests configuration IPSLCM5

CONFIRM BACKUP CM5BCKUP VAORC193 CM5MAGIC VALMDZEV COURANTS
Etat Terminée Terminee Terminee Terminee Terminee Terminee Terminee
Configuration IPSLCM4_v2 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM5
Ocean OPA8 NEMO-rev 1340 NEMO-rev 1340 NEMO-rev 1340 NEMO-rev 1340 NEMO-rev 1340 NEMO-rev 1340
Atmosphere LMDZ4_V3_4 LMDZ4_V3_6 LMDZ4_V3_6 LMDZ4_V3_6 LMDZ4_V3_6 LMDZ4-dev rev 1143 LMDZ4-dev rev 1143
Orchidee Orchidee_1_9_2 Orchidee_1_9_2 Orchidee_1_9_2 Orchidee_1_9_3 Orchidee_1_9_2 Orchidee_1_9_2 Orchidee_1_9_2
Résolutions
atmosphère 96x71x19 96x71x19 96x95x19 96x71x19 96x95x19 96x95x19 96x95x19
océan ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2
Paramètres
Version bathy ORCA2.0 ORCA2.2 ORCA2.2 ORCA2.2 ORCA2.2 ORCA2.2 ORCA2.2
Partial steps non oui oui oui oui oui oui
Poids mozaic v4
pmagic 0. 0. 0. 0. 0.01 0. 0.
Commentaires Simulation de référence IPSLCM4_V2 Simulation de reference IPSLCM5_backup 96x71 Simulation de reference IPSLCM5_backup 96x95 Tests Orchidee_1_9_3 Reglage/test pmagic = 0.01 Tests integration LMDZ4-dev. Config IPSLCM5_WORK Passage des courants de surface océan/glace
Durée 100 ans 100 ans 50 ans 50 ans 50 ans 50 ans 50 ans
Sources
Machine CCRT-mercure CCRT-mercure CCRT-mercure CCRT-mercure CCRT-mercure CCRT-mercure CCRT-mercure
Login p86caub p86caub p86caub p86caub p86caub p86caub p86caub
Sources : $SCRATCHDIR/ CONFIRM TEST_COMMIT_MR TEST_COMMIT ORC193 PMAGIC TEST_LMDZDEV TEST_LMDZDEV
Fichiers Parametres EXP00/PARAM EXP00/PARAM EXP00/PARAM EXP00/PARAM EXP00/PARAM EXP00/PARAM EXP01/PARAM
Résultats ​CONFIRM ​BACKUP ​CM5BCKUP ​VAORC193 ​CM5MAGIC ​VALMDZEV ​COURANTS
Fichiers résultats CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub
Différences - - - ​VAORC13-BACKUP ​VALMDZEV-CM5BCKUP ​COURANTS-CM5BCKUP

Tests nouvelle physique NEMO

  • mélange du à la marée (Kz tides) avec fichiers d'energies disponible pour M2 et K1 (clef cpp key_zdftmx)
  • couleur de l'eau avec champs climato. de chlorophylle, (paramètre de namelist n_coldta = 1)
  • pénétration du rayonnement solaire suivant 3 longueurs d'ondes avec fichier texte associé (logical de namelist ln_qsr_rgb = .true.) 
!-----------------------------------------------------------------------
&namqsr ! penetrative solar radiation
!-----------------------------------------------------------------------
ln_traqsr = .true. ! penetrative solar radiation (T) or not (F)
rabs = 0.58 ! fraction of qsr associated with xsi1
xsi1 = 0.35 ! first depth of extinction
xsi2 = 23.0 ! second depth of extinction
ln_qsr_rgb = .true. ! 3 wave lenghts penetration flag
n_coldta = 1 ! Use color data (1)
/

2 fichiers tar :

  • DATA_INPUT_NEW_PHYS.tar : fichiers en input avec README
  • NEW_PHYS_NEMO.tar : sources NEMO

Tests de validation de l'intégration de NEMO dans la configuration IPSLCM5

CONFIRM VALOPA8A VALNEMOA CONSERV VA01 CONFEVAP VA05
Configuration IPSLCM4_v2 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM5 IPSLCM4_v2 IPSLCM5
Ocean OPA8 NEMO-nemo_v3_1_beta NEMO-nemo_v3_1_beta NEMO-nemo_v3_1_beta NEMO-nemo_v3_1_beta OPA8 NEMO-nemo_v3_1_beta
Résolutions
atmosphère 96x71x19 96x71x19 96x71x19 96x71x19 96x71x19 96x71x19 96x71x19
océan ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2 ORCA2
Paramètres
Version bathy ORCA2.0 ORCA2.0 ORCA2.1 ORCA2.0 ORCA2.1 ORCA2.0 ORCA2.1
Partial steps non non non non oui non oui
Poids mozaic v4 v7 v7 v4
Commentaires Simulation de référence Modifs détroits/bathy à la main Couplage conservatif + modifs détroits/bathy à la main evap_ice=0 sur oce dans Atm avant envoi (pour comparaison) Couplage conservatif
Durée 100 ans 100 ans 50 ans 50 ans 50 ans 50 ans 50 ans
Résultats ​CONFIRM ​VALOPA8A ​VALNEMOA ​CONSERV ​VA01 ​CONFEVAP ​VA05
Fichiers résultats CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86caub CCRT-p86mart CCRT-p86caub CCRT-p86mart

Précautions d'utilisation sur mercure

L'utilisation de la librairie MPI 7.2.4 est indispensable. Pour l'utiliser sur mercure : export SX_BASE_MPI=/SX/opt/mpisx/new avant de faire le gmake

Plus de détails

  • VALOPA8A : Simulation de validation et comparaison avec OPA8-AR4 : NEMO tag "nemo_v3_1_beta" + physique OPA8-AR4 + même traitement des détroits que dans OP8-AR4 Routines modifiées à la main : /home/cont003/p86caub/SRC_NEMO_OPA8 sur mercure et /home/rech/ces/rces061/SRC_NEMO_OPA8 sur brodie
    • domhgr.F90
    • dommsk.F90
    • domzgr.F90
    • diafwb.F90
  • VALNEMOA : Simulation de validation : NEMO tag "nemo_v3_1_beta" + physique OPA8-AR4 + fichier bathy_level modifié pour tourner avec le traitement des détroits de la version taggée. Fichiers INIT et BC stockés sous la résolution ORCA2.1 au lieu d'ORCA2 sur les comptes communs.

17 mars 2009

Vers l'annonce de la disponibilité de IPSLCM5 en version backup IPCC :

  • opa9 utilisé comme composante au lieu de nemo (config.card, opa9.driver, opa9.card)
  • Résolution LMDZ 56x55 ajouté (gmake ORCA2xLMD5655)
  • Résolution par défaut : ORCA2xLMD9695 (anciennement 9671)
  • Coupleur avec échange de type conservatif (flux d'eau et de chaleur)
  • Diagnostics océaniques : clé key_diaeiv ajouté par défaut et diagnostic diaptr (moyennes zonales) par défaut (calcul à chaque pas de temps, sorties mensuelles comme grid_T et C°)
  • ORCA2.2 tag pour les fichiers décrivant les bassins nécessaires à diaptr et aux atlas (en cours)
  • NEMO revision 1340 : axe des temps correct dans les fichiers OPA9 et LIM2, possibilité de travailler avec calendrier vrai (simus faites mois par mois de 31, 28, 31 ... jours)
  • libIGCM trunk (provisoire) : ulam, calendrier leap, suivi des temps réels d'exécution
  • LMDZ branches/LMDZ4_V3_patches (provisoire)

Différences entre la namelist ORCA2_LIM et la namelist IPSLCM5 :

nom ORCA2_LIM IPSLCM5
cn_ocerst_in restart restartopa suffix of ocean restart name (input)
ln_mskland .false. .true. mask land points in NetCDF output (+15% CPU??)
nclosea 0 1 = 0 no closed sea in the model domain
ln_blk_clio .true. .false. CLIO bulk formulation
ln_cpl .false. .true. Coupled formulation
ln_ssr .true. .false. Sea Surface Restoring on T and/or S
ln_2m .true. .false. air temperature and humidity referenced at 2m (T) instead 10m (F)
cn_rcv_w10m 'coupled' 'none' 'none' 'coupled
cn_rcv_tau_nature 'oce only' 'mixed oce-ice' 'oce only' 'oce and ice' 'mixed oce-ice'
cn_rcv_qsr 'oce and ice' 'conservative' 'conservative' 'oce and ice' 'mixed oce-ice'
cn_rcv_qns 'oce and ice' 'conservative' 'conservative' 'oce and ice' 'mixed oce-ice'
ln_rnf_emp .false. .true. runoffs included into precipitation field (T) or into a file (F)
ln_rnf_mouth .false. .true. specific treatment at rivers mouths
cgren 0.06 0.0 correction of the snow or ice albedo to take into account the albedo of melting ice in the arctic and antarctic
albice 0.53 0.5 =
n_cla 1 0 advection between 2 ocean pts separated by land
ln_diaptr .false. .true. Poleward heat and salt transport (T) or not (F)
ln_diaznl .false. .true. Add zonal means and meridional stream functions
ln_subbas .false. .true. Atlantic/Pacific/Indian? basins computation (T) or not

27 février 2009

  • Configuration IPSLCM5 mise à jour avec nemo_v3_1 :
    • modif dans mod.def
    • modif dans namelist (conformité nemo_v3_1 + ln_mskland = .true.)
    • modif dans nemo.driver : prêt pour calendrier vrai, grep AUTO namelist pour afficher dans le Script de sortie les paramètres de la namelist modifiés par les driver.
  • Validation : mêmes résultats nemo_v3_1/nemo_v3_1_beta (test résolution 96x71 2x5jours)
  • Test en 96x95 lancé sur IDRIS/brodie, 10 ans. Voir NEMOV31B.
  • Reste à faire à cette date:
    • version LMDZ et ORCHIDEE
    • calendrier 365 jours (on peut le faire, vérifions-le et décrivons-le)
    • variables de sorties et diagnostics complémentaires à valider pour NEMO, LMDZ, ORCHIDEE, vérification multiples, fréquences, etc... (ne pas sous-estimer ce travail)
    • porter le couplé IPSLCM5 sur la NEC SX-9 du CCRT, optimiser (à prévoir à partir de mars)
    • finaliser le portage du couplé IPSLCM5 sur vargas
    • insertion de la nouvelle frontale/post-traitements à l'IDRIS (ulam) mise en route ces jours-ci puis de celle du CCRT

23 janvier 2009

Une configuration IPSLCM5 a été créée avec les tags suivants :

  • NEMO nemo_v3_1_beta
  • IOIPSL tags/v2_1_7
  • LMDZ4 LMDZ4_V3_5
  • ORCHIDEE orchidee_1_9_2
  • OASIS3 HEAD
  • libIGCM libIGCM_v1_2

Tests en cours

Deux simulations de validation sont en cours à la résolution ORCA2xLMD9671 sur mercure.

  • VALOPA8A : Simulation de validation et comparaison avec OPA8-AR4 : NEMO tag "nemo_v3_1_beta" + physique OPA8-AR4 + même traitement des détroits que dans OP8-AR4 Routines modifiées à la main : /home/cont003/p86caub/SRC_NEMO_OPA8 sur mercure et /home/rech/ces/rces061/SRC_NEMO_OPA8 sur brodie
    • domhgr.F90
    • dommsk.F90
    • domzgr.F90
    • diafwb.F90
  • VALNEMOA : Simulation de validation : NEMO tag "nemo_v3_1_beta" + physique OPA8-AR4 + fichier bathy_level modifié pour tourner avec le traitement des détroits de la version taggée. Fichiers INIT et BC stockés sous la résolution ORCA2.1 au lieu d'ORCA2 sur les comptes communs.

Sur brodie :

  • équivalent VALNEMOA - CM5A

Contrôle qualité

Restartabilité

La restartabilité du modèle NEMO en mode couplé est vérifiée :

  • utilisation schéma tvd via namelist
  • comparaison fichiers solver.stat 1x2jours et 2x1jour

Restartabilité du couplé IPSLCM5 - sur mercure (résultats idem sur brodie mais atlas absents (rhodes obsolète)):

  • Avec NEMOv31
    • ​Multi-monitoring de comparaison d'une simulation de 10 ans faite mois par mois (CM5MV31M) avec la même simulation faite année par année (CM5MV31Y).
    • Atlas simulation mois par mois : ​CM5MV31M
    • Atlas simulation année par année : ​CM5MV31Y
  • Avec Nemo revision 1335 + modif limwri

Comparaison des résultats en mono et en parallèle (10/12/2008)

  • 2x5 jours de simulation ORCA2xLMD9671
  • mercure
  • Config NEMO (namelist) :
    • nbit_cmp = 1
    • n_cla = 0
    • nsolv = 2
  • Fichiers solver.stat de NEMO strictement identiques avec les configurations suivantes :
Cpl Oce Atm
Nb procs 1 1 1
Nb procs 1 1 3
Nb procs 1 2 3

7 janvier 2009

Compte-rendu réunion NEMO-IPSLCM5

Les prochaines étapes prévues sont :

  • Modifications à faire sur le trunk de NEMO :
    • fait_config : ajout de la config IPSLCM5
    • fait_AA_make :
      • ajout des variables $(USER_INC) et $(USER_LIB)
      • ajout des options machines platine, vargas et mise à jour mercure
      • gestion des clés CPP en argument (passage ORAC2 ORCA05, MONO vers MPI)
  • modifications sur le traitement des détroits
  • Tag (du style "Tests_IPSLCM5") à poser pour les tests de validation incluant :
  • Simulations prévues
    • Simulation de validation et comparaison avec OPA8-AR4 orca2xlmd9671 : NEMO tag "Tests_IPSLCM5" + physique OPA8-AR4 + même traitement des détroits que dans OP8-AR4 (copie des routines modifiées à la main)
    • Simulation de validation orca2xlmd9671 : NEMO tag "Tests_IPSLCM5" + physique OPA8-AR4 + fichier bathy_level modifié pour tourner avec le traitement des détroits de la verson taggée.
    • Simulations de test nouvelle physique NEMO (3 longueurs d'ondes, couleur de l'eau, kz tides,...): NEMO tag "Tests_IPSLCM5" + modules à tester
  • Fin mars : tag sur la version à utiliser pour l'IPCC-AR5

8 décembre 2008

Une première version de la configuration IPSLCM5 a tourné sur mercure. Cette version comprend :

  • LMDZ4_V3_4 pour LMDZ (avec l'interface de couplage modifiée à la main)
  • Trunk NEMO (avec des modifications à la main pour compilation et exécution)

Cette version a tourné en configuration Orca2xLMD9671. La physique utilisée dans NEMO est la meme que celle utilisée dans OPA8. Les résultats de la config IPSLCM5 (avec NEMO) sont disponibles la : ​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/WEND5 à comparer avec une version de référence IPSLCM4_v2 (avec OPA8) : ​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM4_v2/PRMLSUR

Il reste à faire pour avoir une configuration IPSLCM5 de référence (IPSLCM4_v2 avec NEMO à la place d'OPA8) :

NEMO :

  • Committer les modifications nécessaires sur le trunk (Fait : ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/changeset/1226 )
  • Resoudre le problème de nom de restart ( Fait : voir ticket NEMO ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/ticket/258)
  • Resoudre le pb de traitement de Gibraltar NEMO vs OPA8
  • Taguer une version validée de NEMO + modifier le mod.def pour utiliser ce tag
  • Modifier le fait_config pour l'utiliser en configuration couplée. Voir plus loin Premiers Tests (suite) - Aout 2008
  • Attention : ORCA2 seulement. Voir remarque plus loin : Remarques concernant la compilation
  • Prévoir platine et vargas dans les machines en standard

LMDZ :

  • Committer les modifications nécessaires sur la branche LMDZ4_v3_patches pour le couplage avec NEMO
  • Taguer + modifier le mod.def pour utiliser ce tag

LibIGCM :

  • Committer les modifications nécessaires pour l'utilisation de NEMO (merge avec la config ORCA2_LIM).
  • Taguer + modifier le mod.def pour utiliser ce tag

Config IPSLCM5 :

  • Committer les modifications nécessaires : namcouple, namelist (Fait : [445] )
  • Generer proprement les restarts du coupleur
  • Taguer + modifier le mod.def pour utiliser ce tag

Ne pas oublier :

  • ajouter 96x95
  • ajouter vargas (IBM IDRIS)

Attention : sur mercure l'utilisation de la librairie MPI 7.2.4 est indispensable. Pour l'utiliser : export SX_BASE_MPI=/SX/opt/mpisx/new avant de faire le gmake

Pour mémoire

Premiers Tests (suite) - Aout 2008

To acess and compile IPSLCM5 coupled configuration, differents steps are needed : 

mkdir TEST ; cd TEST
svn_ano # alias described here http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/ModipslBeginner#Lectureseule
cd modipsl/util
./model IPSLCM5
vi ../modeles/UTIL/fait_config # add line 41 : set -A DIR_IPSLCM5 OPA_SRC LIM_SRC_2 C1D_SRC NST_SRC
                               # complete line 35 with : ... \nIPSLCM5"
../modeles/UTIL/fait_config IPSLCM5
./ins_make 
cd ../config/IPSLCM5
sxgmake

vi EXP00/config.card # change JobName, ...
../../util/ins_job
vi EXP00/Job_... # change batch memory request (replace 6gb by 7gb)

Execution :

  • La configuration IPSLCM5 a été ajoutée là : source:CONFIG/trunk/IPSLCM5
  • Les fichiers d'entrée ont été ajoutés au CCRT et à l'IDRIS sous le login commun
  • Seule la résolution 96x71-ORCA2 a été prévue pour le moment
  • L'exécution se passe bien (2 mois), plantage à 2 ans.

Prochaines étapes :

  • check que les fichiers de sortie de IPSLCM5 sont biens rebuildés, sauvés, post-traités,...
  • ORCA2_LIM avec libIGCM, paramétrisation nb procs, y compris monitoring et atlas, restart n fichiers/n procs, ...
  • reflechir sur le couplé avec 2 modèles parallèles : choix du nbre de procs ocean, atm pour la compilation, l'execution (lien entre compil et execution pour NEMO)),...
  • portage sur platine Bull CCRT et Power6 IDRIS
  • point phasage avec seb masson sur la head. On doit passer du temps sur le reglage de la version actuelle que l'on a ou bien on attend le merge avec la head ?
  • Taggage de la Head de LMDZ puis ajout dans IPSLCM5, avec physique backup
  • Paramétrage et choix de la nouvelle physique LMDZ

Remarques concernant la compilation :

  • Inclure dans fait_AA_make :
    • $(USER_INC) ajouté à la fin des options de compilation sur toutes les machines
    • OASIS_LIB au lieu de OASISMPI2_LIB
  • Trouver le meilleur moyen de parametrer la résolution orca (ORCA2 ou ORCA05). A ce propos, voir NVTK (use_cfg et cfg.txt) qui utilise des fichiers du genre : BB_make.ldef_GYRE, des sources supplémentaires dans un répertoire de type MY_SRC, et range les bibliothèques dans des répertoires différents.
  • Répondre à 'comment donne-t-on le mot de passe NEMO?' Quel lien organiser avec la NEMO user database?

First tests - April 2008

Performances of 1 month simulation of IPSLCM5 configuration (NEMO_ORCA2xLMDZOR_144x142)

Machine Type Nb CPUs Configuration Real Time
Mercure Nec-SX8R 8 7 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA-OASIS3 15 minutes
Platine Bull-Itanium2 10 8 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 73 minutes
Platine Bull-Itanium2 20 18 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 34 minutes
Platine Bull-Itanium2 30 28 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 25 minutes
Platine Bull-Itanium2 40 38 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 22 minutes

Steps

Obsolète (août 2008)

  • mod.def update : to include IPSLCM5 configuration
    • mod.def : IPSLCM5 added
    • model (WORK stuff suppressed for IPSLCM5)
    • fait_config : IPSLCM5 config added
    • KEY2 adapted in IPSLCM5/AA_make
      • Pb: P_P filled in IPSLCM5/AA_make not known in Makefile.
        • Q: How to parametrize ORCA resolution and ORCA keys in IPSLCM5/AA_make?
        • A: use P_NEMO in IPSLCM5/AA_make and use P_P := $(P_NEMO:%=$(prefix)%) in scripts/BB_make
      • How to add 2 parameters in ORCA compilation : PSMILE Include and PSMILE library
    • Prefix for preprocessing added in IPSLCM5/scripts/BB_make.ldef (-D).
  • CONFIG/IPSLCM5 : to prepare files used for IPSLCM5
    • components compilation :
      • fait_config update for IPSLCM5 configuration
      • AA_make for compilation
    • files required for an execution
      • logical links to similar files handled through IPSLCM4_v2
        • COMP : lmdz.card, lmdz.driver, orchidee.card, orchidee.driver
        • PARAM : Bands*, cf_name.txt, *.def
      • physical files for files used by NEMO
        • AA_make, AA_make.ldef
        • COMP: lim.card, lim.driver, opa.card, opa.driver, oasis.card, oasis.driver
        • PARAM : *param (namelist pour LIM aussi), nacouple*, namelist*
  • NEMO sources modified to compile. copied from Arnaud's directory : /work/cont003/p86caub/IPSLCM4_v2_NEMO/modipsl/modeles/NEMO
    • cpl_oasis3.F90
    • restart.F90 (eviter d'appeler le fichier de restart : restart)
    • cpl.F90
    • cpl_oasis3.F90
  • tau_oasis_ice.h90
  • taumod.F90
  • flx_oasis_ice.h90
  • flxmod.F90
  • flx_oce.F90 (use mod_diurnalcycle suppressed)
  • traqsr.F90
  • trasbc.F90
  • step.F90 (use diawript suppressed)
  • opa.F90

Open questions

  • Cecill licences
  • User recording in NEMO and other components databases
  • Minimize the number of password required

Arnaud Caubel et Marie-Alice Foujols

February 2008