wiki:ConfigIPSLCM5

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Configuration IPSLCM5


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  1. Configuration IPSLCM5
    1. 8 décembre 2008
    2. Contrôle Qualité (10 décembre 2008)
      1. Comparaison Mono Multi
    3. Premiers Tests (suite) - Aout 2008
    4. First tests - April 2008
    5. Steps
    6. Open questions

IPSLCM5 is the IPSL coupled configuration based on NEMO as oceanic component.

8 décembre 2008

Une première version de la configuration IPSLCM5 a tourné sur mercure. Cette version comprend :

  • LMDZ4_V3_4 pour LMDZ (avec l'interface de couplage modifiée à la main)
  • Trunk NEMO (avec des modifications à la main pour compilation et exécution)

Cette version a tourné en configuration Orca2xLMD9671. La physique utilisée dans NEMO est la meme que celle utilisée dans OPA8. Les résultats de la config IPSLCM5 (avec NEMO) sont disponibles la : ​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/WEND5 à comparer avec une version de référence IPSLCM4_v2 (avec OPA8) : ​http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM4_v2/PRMLSUR

Il reste à faire pour avoir une configuration IPSLCM5 de référence (IPSLCM4_v2 avec NEMO à la place d'OPA8) :

NEMO :

LMDZ :

  • Committer les modifications nécessaires sur la branche LMDZ4_v3_patches pour le couplage avec NEMO

LibIGCM :

  • Committer les modifications nécessaires pour l'utilisation de NEMO (merge avec la config ORCA2_LIM).

Config IPSLCM5 :

Attention : sur mercure l'utilisation de la librairie MPI 7.2.4 est indispensable. Pour l'utiliser : export SX_BASE_MPI=/SX/opt/mpisx/new avant de faire le gmake

Contrôle Qualité (10 décembre 2008)

Comparaison Mono Multi

Comparaison des résultats en mono et en parallèle

  • 2x5 jours de simulation ORCA2xLMD9671
  • mercure
  • Config NEMO (namelist) :
    • nbit_cmp = 1
    • n_cla = 0
    • nsolv = 2
  • Fichiers solver.stat de NEMO strictement identiques avec les configurations suivantes :
Cpl Oce Atm
Nb procs 1 1 1
Nb procs 1 1 3
Nb procs 1 2 3

Premiers Tests (suite) - Aout 2008

To acess and compile IPSLCM5 coupled configuration, differents steps are needed : 

mkdir TEST ; cd TEST
svn_ano # alias described here http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/ModipslBeginner#Lectureseule
cd modipsl/util
./model IPSLCM5
vi ../modeles/UTIL/fait_config # add line 41 : set -A DIR_IPSLCM5 OPA_SRC LIM_SRC_2 C1D_SRC NST_SRC
                               # complete line 35 with : ... \nIPSLCM5"
../modeles/UTIL/fait_config IPSLCM5
./ins_make 
cd ../config/IPSLCM5
sxgmake

vi EXP00/config.card # change JobName, ...
../../util/ins_job
vi EXP00/Job_... # change batch memory request (replace 6gb by 7gb)

Execution :

  • La configuration IPSLCM5 a été ajoutée là : source:CONFIG/trunk/IPSLCM5
  • Les fichiers d'entrée ont été ajoutés au CCRT et à l'IDRIS sous le login commun
  • Seule la résolution 96x71-ORCA2 a été prévue pour le moment
  • L'exécution se passe bien (2 mois), plantage à 2 ans.

Prochaines étapes :

  • check que les fichiers de sortie de IPSLCM5 sont biens rebuildés, sauvés, post-traités,...
  • ORCA2_LIM avec libIGCM, paramétrisation nb procs, y compris monitoring et atlas, restart n fichiers/n procs, ...
  • reflechir sur le couplé avec 2 modèles parallèles : choix du nbre de procs ocean, atm pour la compilation, l'execution (lien entre compil et execution pour NEMO)),...
  • portage sur platine Bull CCRT et Power6 IDRIS
  • point phasage avec seb masson sur la head. On doit passer du temps sur le reglage de la version actuelle que l'on a ou bien on attend le merge avec la head ?
  • Taggage de la Head de LMDZ puis ajout dans IPSLCM5, avec physique backup
  • Paramétrage et choix de la nouvelle physique LMDZ

Remarques concernant la compilation :

  • Inclure dans fait_AA_make :
    • $(USER_INC) ajouté à la fin des options de compilation sur toutes les machines
    • OASIS_LIB au lieu de OASISMPI2_LIB
  • Trouver le meilleur moyen de parametrer la résolution orca (ORCA2 ou ORCA05). A ce propos, voir NVTK (use_cfg et cfg.txt) qui utilise des fichiers du genre : BB_make.ldef_GYRE, des sources supplémentaires dans un répertoire de type MY_SRC, et range les bibliothèques dans des répertoires différents.
  • Répondre à 'comment donne-t-on le mot de passe NEMO?' Quel lien organiser avec la NEMO user database?

First tests - April 2008

Performances of 1 month simulation of IPSLCM5 configuration (NEMO_ORCA2xLMDZOR_144x142)

Machine Type Nb CPUs Configuration Real Time
Mercure Nec-SX8R 8 7 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA-OASIS3 15 minutes
Platine Bull-Itanium2 10 8 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 73 minutes
Platine Bull-Itanium2 20 18 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 34 minutes
Platine Bull-Itanium2 30 28 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 25 minutes
Platine Bull-Itanium2 40 38 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 22 minutes

Steps

Obsolète (août 2008)

  • mod.def update : to include IPSLCM5 configuration
    • mod.def : IPSLCM5 added
    • model (WORK stuff suppressed for IPSLCM5)
    • fait_config : IPSLCM5 config added
    • KEY2 adapted in IPSLCM5/AA_make
      • Pb: P_P filled in IPSLCM5/AA_make not known in Makefile.
        • Q: How to parametrize ORCA resolution and ORCA keys in IPSLCM5/AA_make?
        • A: use P_NEMO in IPSLCM5/AA_make and use P_P := $(P_NEMO:%=$(prefix)%) in scripts/BB_make
      • How to add 2 parameters in ORCA compilation : PSMILE Include and PSMILE library
    • Prefix for preprocessing added in IPSLCM5/scripts/BB_make.ldef (-D).
  • CONFIG/IPSLCM5 : to prepare files used for IPSLCM5
    • components compilation :
      • fait_config update for IPSLCM5 configuration
      • AA_make for compilation
    • files required for an execution
      • logical links to similar files handled through IPSLCM4_v2
        • COMP : lmdz.card, lmdz.driver, orchidee.card, orchidee.driver
        • PARAM : Bands*, cf_name.txt, *.def
      • physical files for files used by NEMO
        • AA_make, AA_make.ldef
        • COMP: lim.card, lim.driver, opa.card, opa.driver, oasis.card, oasis.driver
        • PARAM : *param (namelist pour LIM aussi), nacouple*, namelist*
  • NEMO sources modified to compile. copied from Arnaud's directory : /work/cont003/p86caub/IPSLCM4_v2_NEMO/modipsl/modeles/NEMO
    • cpl_oasis3.F90
    • restart.F90 (eviter d'appeler le fichier de restart : restart)
    • cpl.F90
    • cpl_oasis3.F90
    • tau_oasis_ice.h90
    • taumod.F90
    • flx_oasis_ice.h90
    • flxmod.F90
    • flx_oce.F90 (use mod_diurnalcycle suppressed)
    • traqsr.F90
    • trasbc.F90
    • step.F90 (use diawript suppressed)
    • opa.F90

Open questions

  • Cecill licences
  • User recording in NEMO and other components databases
  • Minimize the number of password required

Arnaud Caubel et Marie-Alice Foujols

February 2008