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Configuration IPSLCM5
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IPSLCM5 is the IPSL coupled configuration based on NEMO as oceanic component.
8 décembre 2008
Une première version de la configuration IPSLCM5 a tourné sur mercure. Cette version comprend :
- LMDZ4_V3_4 pour LMDZ (avec l'interface de couplage modifiée à la main)
- Trunk NEMO (avec des modifications à la main pour compilation et exécution)
Cette version a tourné en configuration Orca2xLMD9671. La physique utilisée dans NEMO est la meme que celle utilisée dans OPA8. Les résultats de la config IPSLCM5 (avec NEMO) sont disponibles la : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5/WEND5 à comparer avec une version de référence IPSLCM4_v2 (avec OPA8) : http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM4_v2/PRMLSUR
Il reste à faire pour avoir une configuration IPSLCM5 de référence (IPSLCM4_v2 avec NEMO à la place d'OPA8) :
NEMO :
- Committer les modifications nécessaires sur le trunk (Fait : http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/changeset/1226 )
- Resoudre le problème de nom de restart ( Fait : voir ticket NEMO http://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/ticket/258)
- Resoudre le pb de traitement de Gibraltar NEMO vs OPA8
- Taguer une version validée de NEMO + modifier le mod.def pour utiliser ce tag
- Modifier le fait_config pour l'utiliser en configuration couplée. Voir plus loin Premiers Tests (suite) - Aout 2008
- Attention : ORCA2 seulement. Voir remarque plus loin : Remarques concernant la compilation
- Prévoir platine et vargas dans les machines en standard
LMDZ :
- Committer les modifications nécessaires sur la branche LMDZ4_v3_patches pour le couplage avec NEMO
- Taguer + modifier le mod.def pour utiliser ce tag
LibIGCM :
- Committer les modifications nécessaires pour l'utilisation de NEMO (merge avec la config ORCA2_LIM).
- Taguer + modifier le mod.def pour utiliser ce tag
Config IPSLCM5 :
- Committer les modifications nécessaires : namcouple, namelist (Fait : https://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/changeset/445 )
- Generer proprement les restarts du coupleur
- Taguer + modifier le mod.def pour utiliser ce tag
Ne pas oublier :
- ajouter 96x95
- ajouter vargas (IBM IDRIS)
Attention : sur mercure l'utilisation de la librairie MPI 7.2.4 est indispensable. Pour l'utiliser : export SX_BASE_MPI=/SX/opt/mpisx/new avant de faire le gmake
Contrôle Qualité (10 décembre 2008)
Comparaison Mono Multi
Comparaison des résultats en mono et en parallèle
- 2x5 jours de simulation ORCA2xLMD9671
- mercure
- Config NEMO (namelist) :
- nbit_cmp = 1
- n_cla = 0
- nsolv = 2
- Fichiers solver.stat de NEMO strictement identiques avec les configurations suivantes :
Cpl | Oce | Atm | |
Nb procs | 1 | 1 | 1 |
Nb procs | 1 | 1 | 3 |
Nb procs | 1 | 2 | 3 |
Pour mémoire
Premiers Tests (suite) - Aout 2008
To acess and compile IPSLCM5 coupled configuration, differents steps are needed :
mkdir TEST ; cd TEST svn_ano # alias described here http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/ModipslBeginner#Lectureseule cd modipsl/util ./model IPSLCM5 vi ../modeles/UTIL/fait_config # add line 41 : set -A DIR_IPSLCM5 OPA_SRC LIM_SRC_2 C1D_SRC NST_SRC # complete line 35 with : ... \nIPSLCM5" ../modeles/UTIL/fait_config IPSLCM5 ./ins_make cd ../config/IPSLCM5 sxgmake vi EXP00/config.card # change JobName, ... ../../util/ins_job vi EXP00/Job_... # change batch memory request (replace 6gb by 7gb)
Execution :
- La configuration IPSLCM5 a été ajoutée là : source:CONFIG/trunk/IPSLCM5
- Les fichiers d'entrée ont été ajoutés au CCRT et à l'IDRIS sous le login commun
- Seule la résolution 96x71-ORCA2 a été prévue pour le moment
- L'exécution se passe bien (2 mois), plantage à 2 ans.
Prochaines étapes :
- check que les fichiers de sortie de IPSLCM5 sont biens rebuildés, sauvés, post-traités,...
- ORCA2_LIM avec libIGCM, paramétrisation nb procs, y compris monitoring et atlas, restart n fichiers/n procs, ...
- reflechir sur le couplé avec 2 modèles parallèles : choix du nbre de procs ocean, atm pour la compilation, l'execution (lien entre compil et execution pour NEMO)),...
- portage sur platine Bull CCRT et Power6 IDRIS
- point phasage avec seb masson sur la head. On doit passer du temps sur le reglage de la version actuelle que l'on a ou bien on attend le merge avec la head ?
- Taggage de la Head de LMDZ puis ajout dans IPSLCM5, avec physique backup
- Paramétrage et choix de la nouvelle physique LMDZ
Remarques concernant la compilation :
- Inclure dans fait_AA_make :
- $(USER_INC) ajouté à la fin des options de compilation sur toutes les machines
- OASIS_LIB au lieu de OASISMPI2_LIB
- Trouver le meilleur moyen de parametrer la résolution orca (ORCA2 ou ORCA05). A ce propos, voir NVTK (use_cfg et cfg.txt) qui utilise des fichiers du genre : BB_make.ldef_GYRE, des sources supplémentaires dans un répertoire de type MY_SRC, et range les bibliothèques dans des répertoires différents.
- Répondre à 'comment donne-t-on le mot de passe NEMO?' Quel lien organiser avec la NEMO user database?
First tests - April 2008
Performances of 1 month simulation of IPSLCM5 configuration (NEMO_ORCA2xLMDZOR_144x142)
Machine | Type | Nb CPUs | Configuration | Real Time |
Mercure | Nec-SX8R | 8 | 7 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA-OASIS3 | 15 minutes |
Platine | Bull-Itanium2 | 10 | 8 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 | 73 minutes |
Platine | Bull-Itanium2 | 20 | 18 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 | 34 minutes |
Platine | Bull-Itanium2 | 30 | 28 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 | 25 minutes |
Platine | Bull-Itanium2 | 40 | 38 CPUs LMDZOR + 1 CPU OPA + 1 CPU OASIS3 | 22 minutes |
Steps
Obsolète (août 2008)
- mod.def update : to include IPSLCM5 configuration
- mod.def : IPSLCM5 added
- model (WORK stuff suppressed for IPSLCM5)
- fait_config : IPSLCM5 config added
- KEY2 adapted in IPSLCM5/AA_make
- Pb: P_P filled in IPSLCM5/AA_make not known in Makefile.
- Q: How to parametrize ORCA resolution and ORCA keys in IPSLCM5/AA_make?
- A: use P_NEMO in IPSLCM5/AA_make and use P_P := $(P_NEMO:%=$(prefix)%) in scripts/BB_make
- How to add 2 parameters in ORCA compilation : PSMILE Include and PSMILE library
- Pb: P_P filled in IPSLCM5/AA_make not known in Makefile.
- Prefix for preprocessing added in IPSLCM5/scripts/BB_make.ldef (-D).
- CONFIG/IPSLCM5 : to prepare files used for IPSLCM5
- components compilation :
- fait_config update for IPSLCM5 configuration
- AA_make for compilation
- files required for an execution
- logical links to similar files handled through IPSLCM4_v2
- COMP : lmdz.card, lmdz.driver, orchidee.card, orchidee.driver
- PARAM : Bands*, cf_name.txt, *.def
- physical files for files used by NEMO
- AA_make, AA_make.ldef
- COMP: lim.card, lim.driver, opa.card, opa.driver, oasis.card, oasis.driver
- PARAM : *param (namelist pour LIM aussi), nacouple*, namelist*
- logical links to similar files handled through IPSLCM4_v2
- components compilation :
- NEMO sources modified to compile. copied from Arnaud's directory : /work/cont003/p86caub/IPSLCM4_v2_NEMO/modipsl/modeles/NEMO
- cpl_oasis3.F90
- restart.F90 (eviter d'appeler le fichier de restart : restart)
- cpl.F90
- cpl_oasis3.F90
- tau_oasis_ice.h90
- taumod.F90
- flx_oasis_ice.h90
- flxmod.F90
- flx_oce.F90 (use mod_diurnalcycle suppressed)
- traqsr.F90
- trasbc.F90
- step.F90 (use diawript suppressed)
- opa.F90
Open questions
- Cecill licences
- User recording in NEMO and other components databases
- Minimize the number of password required
Arnaud Caubel et Marie-Alice Foujols
February 2008