IPSLCM4_v2_PAR configuration

• Mise en place de la compilation de LMDZ et ORCHIDEE en parallèle :
  • configuration de test, mise en place sous cvs, pas entretenue. Voir IPSLCM4_v2 enregistrée sous svn.
  • ORCHIDEE :
    • activer le préprocesseur (option -eP)
    • activer la clé CPP CPP_PARA
    • Question : doit-on garder les listings de compilation
  • LMDZ :
    • makegcm .... -parallel false ... pour create_etat0_limit.e
    • makegcm ... - parallel true ... pour gcm.e
    • Question : cette méthode entraine la compilation en double de LMDZ. Comment l'éviter?
  • OASIS et OPA : pas de changement

• Exécution :
  • Le script est basé sur le script de première génération
  • La commande rebuild est lancé sur les machines de calcul
  • L'exécution demande 6 processeurs : 4 pour LMDZ-ORCHIDEE, 1 pour OASIS, 1 pour OPA. Ceci sera réglé ultérieurement

• FAQ :
  • Comment changer le nombre de processeurs pour LMDZ et ORCHIDEE?
  • error psol<0. Se rencontre lors d'un redémarrage depuis un restart produit par LMDZ (IPCC).

IPSLCM4_v2

• Mise en place de la configuration IPSLCM4_v2 dans modipsl (géré par svn).
• Modifications/Etapes? :
  • libIGCM chez l'utilisateur
  • nouveaux scripts - Voir ​la doc utilisateur
  • gestion des post-raitements
  • tests mercure et brodie
  • recommandations sur le nombre de processeurs et performances
• Voir détail des commandes à passer plus loin
• Attention : Par défaut, la version de LMDZ4 recupérée est la version HEAD qui n'est donc pas taggée. Les commits réalisés apres le 19/07/2007/17h40 n'ont pas ete testés dans cette configuration IPSLCM4_v2.
• Il y a 2 problèmes pour le compilation sur BRODIE/IDRIS :
  • Il n'y a pas assez de memoire pour compiler physiq.F dans LMDZ4. Pour cela il faut compiler LMDZ4 en batch comme décrit dans le paragraphe en-dessus.
  • Sur l'espace WORKDIR il y en plus un problème qui se produit quand on alterne la compilation en batch et en interactif. On n'a pas ce problème sur le HOME. Le problème peut eventuellement être resolue en traduisant makegcm_fcm en ksh (actuellement en csh). Workaround temporaire pour la resolution ORCA2xLMD9671 :

    cd modipsl/config/IPSLCM4_v2
    cd ../../lib
    ln -s libioipsl.a libsxioipsl.a
    cd -
    gmake libioipsl oasis3 liborchidee orca2
    qsub -qtx7 -lmemsz_prc=2gb -jo
    cd $PBS_O_WORKDIR
    gmake lmdz9671 
    ^D
    # verification
    ls ../../bin
    create_etat0_limit.e gcm.e  oasis  opa
    

Commands to access, compile and run IPSLCM4_v2

Par défaut, la compilation de LMDZ et ORCHIDEE active le mode parallèle.

PATH=$PATH:/TXlocal/pub/svn/svn-1.3.1/bin:/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin  # IDRIS only
PATH=$PATH:/home/p86ipsl/fcm/bin  # MERCURE only
mkdir MY_EXPER 
cd MY_EXPER
svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
cd modipsl/util
./model IPSLCM4_v2
./ins_make      # ins_make -t sx6nec  on mercure
cd ../config/IPSLCM4_v2
gmake (or gmake ORCA2xLMD144142 ) # 
# on BRODIE : when the error is
# f90 fatal: Limitation : memory could not allocate.
# you have to use a batch submission to compile LMDZ
#

# temporarly work around to have a working libsxioipsl.a 
cd ../../lib
ln -s libioipsl.a libsxioipsl.a
cd -

qsub -qtx7 -lmemsz_prc=2gb -jo
cd $PBS_O_WORKDIR
gmake lmdz9671   (or gmake lmdz144142 )
                 # Attention aux dimensions de lmdz et il faudra finir la compilation 
                 # en interactif avec la commande : gmake ORCA2xLMD9671
^D               # Control D en début de ligne

# si un message erreur eventuelle contient " Voulez-vous vraiment continuer?" il faut effacer le fichier .lock 
rm ../../modeles/LMDZ4/.lock  # et reprendre le lancement en batch

# end of compilation
gmake (or gmake ORCA2xLMD144142 )

# verification
ls ../../bin
create_etat0_limit.e gcm.e  oasis  opa

# job customization
cd EXP00
pwd # .../modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00

#definir le nom de l'experience à lancer dans le fichier config.card (par defaut JobName=L01)
JobName=VV20CP

cd ../../../util
./ins_job -v

# job verification
# check config.card, (DateBegin, DateEnd and resttart option) 
# check Job_VV20CP (PBS options)
cd ../config/IPSLCM4_v2/EXP00
qsub Job_VV20CP

Commands to access, modify and commit IPSLCM4_v2 CONFIG files (CARD, PARAM)

Il faut avoir les droits en écriture cad avoir un compte ouvert (USER) sur le serveur forge.ipsl.jussieu.fr et qu'il soit enregistré dans le projet igcmg. Voir : Jacques Bellier, Marie-Alice Foujols ou Martial Mancip.

mkdir REPERTOIRE_TEMPORAIRE
cd REPERTOIRE_TEMPORAIRE
svn co svn+ssh://USER@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/igcmg/svn/CONFIG/trunk/IPSLCM4_v2 IPSLCM4_v2
...
... modifs
...
svn ci -m 'MESSAGE EXPLICATIF'

How to be informed when IPSLCM4_v2 files are commited

Il suffit de s'enregistrer sur la liste de messagerie: igcm-dev@…

Voir : ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/mailman/listinfo/igcmg-dev