wiki:IPSLCM5_v5

New configuration family v5

New set up of the coupled models of IPSL. The main difference is that each configuration now comes with the possibility to run all experiements defined for all sub-configurations that can be formed using the compiled sources. Extraction of a configuration defines the number of components to download and to compile.

Available configurations are :

  • IPSLCM5_v5 contains possibility to run IPSLCM5A, IPSLCM5B and IPSLCM5_C and all the smaller configurations LMDZOR and LMDZ.
  • LMDZORINCA_v5 contains possibility to run LMDZORINCA, LMDZOR and LMDZ (and maybe LMDZINCA later)
  • LMDZOR_v5 contains possibility to run LMDZOR and LMDZ
  • LMDZREPR_v5 contains possibility to run LMDZREPR and LMDZ
  • IPSLCM5CHS_v5 containts possibility to run all experiements in IPSLCM5_v5 and IPSLCM5CHS (IPSLCM5+REPROBUS)

Contents of the configuration directory (for exemple IPSLCM5_v5 or LMDZREPR_v5)

> ls
AA_make
AA_make.ldef
scripts             - this directory exists only for coupled configurations containg NEMO
GENERAL
EXPERIMENTS

The AA_make* files and the directory scripts are used for the compiling. These are the same as in the old configuration (for exemple IPSLCM5A). There are no differences in compiling compared to the old configurations.

For the running part, there are 2 directories :

  • GENERAL
    contains the sub-directories POST, PARAM and DRIVERS. The files in GENERAL are used for all types of experiments using this configuration.
  • EXPERIMENTS
    contains different sub-directories with all cards needed for all proposed experiments with the configuration. The possible experiments are divided into sub-configurations which contains different experiments. A configuration may contain several sub-configurations. Only sub-configurations and experiements that are possible with the extracted configuration are present in EXPERIMENTS.

For exemple for IPSLCM5_v5 :

! Available sub-configurations
> ls EXPERIMENTS
IPSLCM5
LMDZ
LMDZOR

! Available experiments
> ls EXPERIMENTS/*
EXPERIMENTS/IPSLCM5:
Chistorical
CpiControl
EXP00
historical
piControl

EXPERIMENTS/LMDZ:
CREATE_amip
CREATE_clim
clim

EXPERIMENTS/LMDZOR:
amip
clim

For one experiment, a config.card and a directory COMP exist. The COMP directory contains all components card for the experiment. For example the experiment historical :

> ls EXPERIMENTS/IPSLCM5/historical
config.card
COMP

> ls EXPERIMENTS/IPSLCM5/historical/COMP
lim2.card
lmdz.card
oasis.card
opa9.card
orchidee.card
pisces.card
stomate.card


How to create a job and run directory

Combining the GENERAL directory with one of the sub-directories in EXPERIMENTS makes a complete run directory. The ins_job contains the creation of such a run directory.

Choose in EXPERIMENTS the experiment to be done and copy the corresponding config.card to modipsl/config/IPSLCM5_v5/. Modify the config.card as usual, for at least the JobName. Apply ins_job and the creation of a new run directory will be done :

  • the run directory will be created with the same name as JobName in config.card. If a directory with the same name already exists, nothing will be done.
  • the directory GENERAL will be copied into the new run directory
  • one of the COMP directories in EXPERIMENTS will be copied into the new run directory, according to the variable ExpType in config.card
  • the config.card will be moved into the run directory
  • a job will be created in the run directory

Once the run directory has been created with ins_job, this directory is used as a normal run directory. For example it is possible to remove the job, change the config.card inside the directory and re-create the job with ins_job. To create a second run directory, copy a new config.card into the upper directory (IPSLCM5_v5 directory) and change at least the JobName, and re-run ins_job. If a directory with the same JobName already exist, nothing will be done using this config.card.

DRIVER directory

Another difference with origin configuration structure (such as IPSLCM5A) is the separation between cards and drivers. All cards (expect config.card) are kept in COMP directory and all drivers are in a new DRIVER directory. To use this structure the tag libIGCM_v1_12 or later is needed.

PARAM directory

How to make clear that a variable in a parameter file might be edited by the drivers ?
A new syntax in parameter .def files are used (only for LMDZ and ORCHIDEE for the moment). In .def parameter file set :

  • varX = _AUTO_

if the variable always is edited

  • varX = _AUTO_ : DEFAULT=toto

if the variable is modified only in some cases, add the a default value

The drivers must be consistent with the parameter files. The driver must not modify a parameter which is not set as _AUTO_.

New functionnality

Ensemble functionnality : ensemble section into config.card and ensemble.card and ensemble driver. More information : wiki:Ensembles


Validation

Validation LMDZORINCA

Quelle version de LMDZORINCA ?

  • D'ici la fin de l'année la version de référence sera le LMDZ5 INCA4 réglé pour le 39 niveaux. C'est donc cette version uniquement qui sera porté dans la nouvelle norme
    • la configuration avec cette version mais dans l'ancien format est nommée LMDZORINCA_v4_2 (utilisé par la suite sous ce nom)
  • Cette version sera également celle utilisée pour un couplé avec INCA. Il sera directement intégré dans ce nouveau format

Comparaison avec anciennes configs

  • En utilisant le même exécutable nous obtenons les mêmes résultats entre LMDZORINCA_v4_2 et LMDZORINCA_v5 pour la configuration AER_39 moyennant quelques modifications de paramètres.

--> en attendant de trouver mieux ou de changer définitivement ces paramètres par ceux utilisés par les configurations couplées et LMDZOR : j'ai créé un fichier config.def_Anne qui permet de retrouver les résultats.

Changement de version ORCHIDEE (CVS to SVN)

Comparaison de deux simulations (/ccc/store/cont003/dsm/p86cozic/IGCM_OUT/LMDZORINCA/AER/) :

  • L5OI4_orch_cvs --> simulation de 3 mois avec Orchidee_1_9_5
  • L5OI4_orch_svn --> simulation de 3 mois avec tags/ORCHIDEE_1_9_5/
    • Fichiers output de inca / sechiba / lmdz ---> identiques
    • Fichiers start et startphy au bout de 3 mois ---> identiques

Création de nouvelles expériences

  • NMHC_AER_L39 : OK

A faire

  • ajout de la configuration GES_39
  • ajout des configurations AER, NMHC_AER et GES_19
  • discussion avec INCA pour savoir si l'on ajoute les configurations CH4, CH4_AER, NMHC_19
  • créer la configuration couplée

Validation IPSLCM5_v5

Comparaison avec anciennes configs : IPSLCM5_v5 rev 1780 vs IPSLCM5A rev 1780

Ancienne physique LMDZ4

  • EXP00 : titane, 2x1 mois : OK avec :
    • lev_histmth=5 dans PARAM/output.def_low car il reste encore des utilisations de lev_hismth dans LMDZ4
  • piControl : titane, 2x1 mois : OK (en rajoutant ecrit_hf dans IPSLCM5A/piControl/physiq.def_L39 : corrigé [1791])
  • historical : mercure 2x1 ans et curie 2x1 mois : OK avec :
    • pb memory fault dans pisces.driver (corrigé : [1785])
    • lev_histmth=5 dans PARAM/output.def_high
    • gestion de "ecrit_mth" (output.def_high + lmdz.driver) car il reste encore des utilisations de ecrit_mth dans LMDZ4 (appel à COSP).
    • avec fichiers Bands identiques. Si non identiques, restarts et solver.stat identiques mais différences dans histmth (var s_therm), sechiba_out_2.nc, sechiba_history.nc, stomate_history.nc.
  • Chistorical : curie, 2x1 mois : non validée (la version CIPSLCM5A est à mettre à jour avant comparaison avec IPSLCM5_v5)
  • CpiControl : curie, 2x1 mois : non validée (la version CIPSLCM5A est à mettre à jour avant comparaison avec IPSLCM5_v5)

Comparaison avec anciennes configs : IPSLCM5_v5 rev 1892 vs IPSLCM5A rev 1892

Ancienne physique LMDZ5 rev 1654

  • historical : mercure 2x1 mois : OK (avec fichiers Bands identiques)

Vargas

  • EXP00 : en cours

A faire

  • Test à l'IDRIS
  • Nouvelle physique à comparer avec IPSLCM5B

Validation LMDZOR_v5

  • Comparaison avec LMDZOR_v4
  • Test fait avec LMDZ5/trunk rev 1628 compilation par défaut sur vargas.
  • Toujours dans lmdz.card LMDZ_!NbPeriod_adjust=0
  • EXPERIENCE/LMDZOR/clim
    • Test fait sur vargas
    • Test sur 3 mois, calendar=360d
    • Les fichiers suivant ont été testé et validé OK : restart.nc, restartphy.nc, sechiba_rest.nc, stomate_rest.nc, histmth.nc, histday.nc, histhf.nc, sechiba_history.nc, sechiba_out_2.nc, stomate_history.nc, stomate_ipcc_history.nc
  • EXPERIENCE/LMDZOR/amip
    • Test fait sur vargas
    • Test en noleap sur 5mois : octobre 1980 - février 1981. Attention! C'est difficile avec les smoothfiles!!!
    • Différent niveau sortie dans LMDZOR_v4 et LMDZOR_v5.
    • Les fichiers suivant ont été testé validé OK : restart.nc, restartphy.nc, sechiba_rest.nc, stomate_rest.nc, histmth.nc, histday.nc, histhf.nc, sechiba_history.nc, sechiba_out_2.nc, stomate_history.nc, stomate_ipcc_history.nc
  • EXPERIENCE/LMDZ/CREATE_clim
    • OK
  • EXPERIENCE/LMDZ/CREATE_amip
    • Bug dans fichier d'entrée ECDYN.nc dans LMDZOR_v4/CREATE/COMP/lmdz.card_Interannuel
    • OK (en corrigant cette bug)
    • Changement de l'executable par default. Dans LMDZOR_v4 on utilisait create_etat0_limit.nc compilé en sequentielle

To do list

  • Améliorer ins_job (Sébastien D.)
    • pour prendre en compte le choix de config.card (pas de copie necessaire)
    • pour laisser l'utilisateur modifier le JobName et d'autre parametre cle
    • Ajouter dans ins_job option pour MPI/OpenMP (Arnaud)
  • Mettre le fichier bands sur CCCWORKDIR au lieu de CCCSTOREDIR
  • Moyenne résolution :
    • vérification de pmagic et le retirer de lmdz.card : MAF+JG+JL
    • ajouter nouveau expérience EXPERIMENTS/IPSLCM5/hisoricalMR et EXPERIMENTS/IPSLCM5/piControlMR. Ce sont des copies des experience de base mais en changeant TagName=IPSLCM5-MR dans config.card et chunk dans lmdz.card. Éventuellement faire des liens pour les autres card vers historical/COMP et piControl/COMP.
  • Nouveau expérience Newtonien et Aqua dans LMDZ. MAF
    • Ajouter le répertoire EXPERIMENTS/LMDZ/Newton et EXPERIMENTS/LMDZ/Aqua
    • Ajouter un nouveau target pour compiler ces 2 exécutable : dans AA_make de tout les configs contenant LMDZ
    • Modification dans lmdz.driver pour mettre iflag_phys=101 (ou se qu'il faut) (MAF + JG)
  • Re-lancer utilisation des tickets
  • Avoir un fichier de sortie texte par processeur par défaut
  • Séparer les environnements par défaut : calcul et post-traitement
  • passage à netcdf4?
  • Changer environnement de compilation pour NEMO : utiliser NEMO v3_4 avec fcm et allocation dynamique pour le nombre de processus
  • Amélioration dans la gestion des diagnostiques: choix des fichiers, fréquences, time-series,..., simplification et documentation
  • Déterminer si souhaitable d'ajouter NEMO et PISCES offline (Chrisitan)
  • Mettre au propre le gestion de la paramètre iphysiq actuellement dans lmdz.driver. Ce paramètre dépend de la résolution mais aussi de quelle type de physique ancienne ou nouvelle. Mais ce paramètre n'est pas déterminé pour la nouvelle physique autre que pour basse résolution 96x95x39.
Last modified 10 years ago Last modified on 11/14/12 18:31:56

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