Entête des jobs et commandes irene

Cette page décrit les entêtes des jobs sur irene ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé.

RESUME : tout est comme curie.

Un executable séquentiel

• Entête du job

  #MSUB -n 1 
  

• Commande

  time ccc_mprun ./create_etat0_limit.e
  

Un executable parallélisé avec OpenMP seulement

• Entête du job

  #MSUB -n 1
  #MSUB -c 16
  

• Commande

  export OMP_NUM_THREADS=16
  time ccc_mprun ./gcm.e
  

• Résultat : 4 threads seront lancés sur 1 processus gcm.e A noter : on peut réserver un noeud entier pour soi tout seul :

  #MSUB -x 
  

Un executable parallélisé avec MPI seulement

• Entête du job

  #MSUB -n 32
  BATCH_NUM_PROC_TOT=32
  

• Commande

  time ccc_mprun ./gcm.e
  time ccc_mprun -n 32 ./gcm.e
  time ccc_mprun -n ${BRIDGE_MSUB_NPROC} ./gcm.e
  time ccc_mprun -n ${BATCH_NUM_PROC_TOT} ./gcm.e # A valider?
  

• Résultat : ccc_mprun lance 32 processus gcm.e

Un executable parallélisé avec MPI et OpenMP

• Méthode 1 sur un seul noeud :
  • Entête du job

    #MSUB -n 8 # Reservation de 8 processus MPI
    #MSUB -c 4  # Chaque tâche MPI lance 4 threads            
    

  • Commande

    export KMP_STACKSIZE=2g
    export KMP_LIBRARY=turnaround
    export MKL_SERIAL=YES
    export OMP_NUM_THREADS=4    # Utilisation de 4 threads OpenMP par processus MPI
    time ccc_mprun ./gcm.e
    

  • Résultat : ccc_mprun lance 8 tâches MPI gcm.e sur 4 threads chacun
• Méthode 2 sur un seul noeud :
  • Entête du job

    #MSUB -n 32 # Reservation de 32 procs            
    

    • Commande

      export OMP_NUM_THREADS=4    # Utilisation de 4 threads OpenMP par processus MPI
      time ccc_mprun -n 8 -c 4 ./gcm.e
      

    • Résultat : ccc_mprun lance 8 tâches MPI gcm.e sur 4 threads chacun
• Méthode pour plusieurs noeuds :
  • Entête du job

    #MSUB -N 4  # 4 noeuds 
    #MSUB -n 4  # 4 tâches MPI
    #MSUB -c 16  # Chaque tâche MPI lance 16 threads            
    

  • Commande

    export OMP_NUM_THREADS=16    # Utilisation de 16 threads OpenMP par processus MPI
    time ccc_mprun ./gcm.e
    

  • Résultat : ccc_mprun lance 4 tâches MPI gcm.e sur 4 noeuds différents, chacune avec 16 threads OpenMP

LMDZ en OpenMP/MPI avec sorties différentes par tâche MPI

#!/usr/bin/ksh
######################
## CURIE   TGCC/CEA ##
######################
#MSUB -r NEWCON32CM6       # nom de la requete
#MSUB -o Script_Output_NEWCON32CM6.000001    # nom du fichier de sortie
#MSUB -e Script_Output_NEWCON32CM6.000001    # nom du fichier de sortie
#MSUB -eo
#MSUB -c 8
#MSUB -n 4
#MSUB -q standard  # noeuds fins 
#MSUB -x
#MSUB -T 3600             # Limite temps (en secondes)
##MSUB -p XXXXXXX
BATCH_NUM_PROC_TOT=32

    cat <<-EOF > script_lmdz.x.ksh
#!/bin/ksh
export KMP_STACKSIZE=3g
export KMP_LIBRARY=turnaround
export MKL_SERIAL=YES
export OMP_NUM_THREADS=8
./lmdz.x > out_lmdz.x.out.\${SLURM_PROCID} 2>out_lmdz.x.err.\${SLURM_PROCID}
EOF
 chmod +x script_lmdz.x.ksh
 /usr/bin/time ccc_mprun -n 4 ./script_lmdz.x.ksh  >> ${Exe_Output} 2>&1

• Résultat : mpirun lance 4 processus gcm.e avec 8 threads chacun et sur 2 noeuds (de 2 processeurs octocoeurs)
• 308 s (run.card, NEWTON, 96x71x19)
• config.card : ATM= (gcm.e, lmdz.x, 4MPI, 8OMP)
• Comment surveiller les threads :
  • top avec f puis j pour avoir le numero du coeur utilise
  • 1 pour voir les %cpu
  • H pour voir les threads

Un couplé avec Oasis sur 1 proc, NEMO sur 5 procs et LMDZ sur 26 procs, MPI seul

• Entête du job

  #MSUB -n 32
  BATCH_NUM_PROC_TOT=$BRIDGE_MSUB_NPROC
  

• Commande

   time ccc_mprun -f ./run_file 
  

  • avec run_file contenant, oasis en premier obligatoirement:

    1 ./oasis
    26 ./lmdz.x
    5 ./opa.xx
    

• Résultat : mpirun lance 32 processus : 1 oasis, 26 lmdz et 5 opa

Un executable avec l'IOServer débranché

• Entête :

  #MSUB -n 32     # Total number of core to use
  #MSUB -N 4     # number of nodes
  

• Commande :

  cat > run_file << END 
  123 ./nemo.exe # 123 par exemple
  5 ./xios_server.exe # 5 par exemple pour en avoir 128=4x32 en tout
  END
  time ccc_mprun -f run_file
  

Un couplé avec Oasis sur 1 proc, NEMO sur 5 procs et LMDZ sur 13 procs MPI et 2 tâches OpenMP

• Entête du job :

  #MSUB -n 19                 #  !! A verifier si necessaire : reservation de 19 processus MPI
  #MSUB -N 1                  # Curie noeuds larges = 32 coeurs/noeud
  

• Commande :

  time mpirun -hostfile hosts -H curie30 -np 1 ./script_oasis.ksh : -H curie30 -np 5 ./script_opa.xx.ksh : -H curie30 -np 13 ./script_lmdz.x.ksh 
  

  • avec hosts contenant le noms des noeuds (recuperes via la commande mpirun hostname)

    curie30 slots=32 max_slots=32  #  ici pour curie noeuds larges avec 32 cores par noeud
    

  • avec par exemple script_lmdz.x.ksh contenant :

    #!/bin/ksh
    OMP_NUM_THREADS=2
    (( MYMPIRANK = OMPI_COMM_WORLD_RANK - 6)) 
    ./lmdz.x > out_lmdz.x.out.${MYMPIRANK} 2>out_lmdz.x.err.${MYMPIRANK}
    

MPMD MPI/OpenMP recommandé février 2017

#MSUB -n 28 # Réservation du nombre total de processus/threads
#MSUB -Q test
#MSUB -t 1800
#MSUB -q standard

export BRIDGE_HETEROGENEOUS_MPMD=1
export OMPI_MCA_ess=pmi # Nécessaire pour bullxmpi

ccc_mprun -f app.conf

Avec app.conf:

1-14 env OMP_NUM_THREADS=14 ./a.out
2-4 env OMP_NUM_THREADS=4 ./a.out

Dans l'exemple ci-dessus, on lance 1 processus MPI avec 14 threads OpenMP et 2 processus MPI avec 4 threads OpenMP.

Les configurations v6

Pour les configurations v6 il faut se reporter à la page ​suivante