Changes between Version 2 and Version 3 of IntegrationOpenMP/EnteteCommandesOccigen


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09/24/15 18:39:54 (6 years ago)
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mafoipsl
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  • IntegrationOpenMP/EnteteCommandesOccigen

    v2 v3  
    7474 * Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS 
    7575 
    76 = Entête des jobs et commandes occigen = 
    77  
    78 Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS). 
    79  
    80 [[PageOutline]] 
    81  
    82 == Un executable séquentiel == 
    83  * Entête du job 
    84 {{{ 
    85 #!/bin/bash 
    86 #SBATCH -J job_name 
    87 #SBATCH -e job_name.e%j 
    88 #SBATCH -o job_name.o%j 
    89 #SBATCH --nodes=1 
    90 #SBATCH --ntasks=1 
    91 #SBATCH --ntasks-per-node=24 
    92 #SBATCH --threads-per-core=1 
    93 #SBATCH --time=00:10:00 
    94  
    95 }}} 
    96  * Commande  
    97 {{{ 
    98 time ./mon_executable param1 param2 … 
    99 }}} 
    100  
    101 == Un executable parallélisé avec MPI seulement == 
    102  * Entête du job 
    103 {{{ 
    104 #!/bin/bash 
    105 #SBATCH -J job_name 
    106 #SBATCH --nodes=2 
    107 #SBATCH --ntasks=48 
    108 #SBATCH --ntasks-per-node=24 
    109 #SBATCH --threads-per-core=1 
    110 #SBATCH --time=00:30:00 
    111 #SBATCH --output job_name.output 
    112 }}} 
    113  * Commande  
    114 {{{ 
    115 module purge 
    116 module load intel/15.0.0.090 
    117 module load bullxmpi/1.2.8.3 
    118 time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1  param2 … 
    119 }}} 
    120  
    121  * Résultat : srun lance 48 tâches MPI 
    122  
    123 == NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur  == 
    124  * Merci à JMM, DRAKKAR et CINES 
    125  * Entête du job 
    126 {{{ 
    127 #!/bin/bash 
    128 #SBATCH --nodes=554 
    129 #SBATCH --ntasks=13296 
    130 #SBATCH --ntasks-per-node=24 
    131 #SBATCH --threads-per-core=1 
    132 #SBATCH -J nemo_occigen 
    133 #SBATCH -e nemo_occigen.e%j 
    134 #SBATCH -o nemo_occigen.o%j 
    135 #SBATCH --time=24:00:00 
    136 #SBATCH --exclusive 
    137 }}}quit 
    138  * Commande (exemple) : 
    139 {{{ 
    140  time srun --mpi=pmi2  -m cyclic \ 
    141 --cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\ 
    142     --multi-prog  ./ztask_file.conf 
    143 }}} 
    144   * avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement: 
    145 {{{ 
    146 0-295   ./xios_server.exe 
    147 296-13295   ./opa 
    148 }}} 
    149  * Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS 
    150  
    15176== Couplage IPSL : LMDZ + NEMO + 1 XIOS en mode serveur  == 
    15277