wiki:IntegrationOpenMP/EnteteCommandesOccigen

Version 1 (modified by mafoipsl, 7 years ago) (diff)

--

Entête des jobs et commandes occigen

Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS).

Un executable séquentiel

  • Entête du job
    #!/bin/bash
    #SBATCH -J job_name
    #SBATCH -e job_name.e%j
    #SBATCH -o job_name.o%j
    #SBATCH --nodes=1
    #SBATCH --ntasks=1
    #SBATCH --ntasks-per-node=24
    #SBATCH --threads-per-core=1
    #SBATCH --time=00:10:00
    
    
  • Commande
    time ./mon_executable param1 param2 …
    

Un executable parallélisé avec MPI seulement

  • Entête du job
    #!/bin/bash
    #SBATCH -J job_name
    #SBATCH --nodes=2
    #SBATCH --ntasks=48
    #SBATCH --ntasks-per-node=24
    #SBATCH --threads-per-core=1
    #SBATCH --time=00:30:00
    #SBATCH --output job_name.output
    
  • Commande
    module purge
    module load intel/15.0.0.090
    module load bullxmpi/1.2.8.3
    time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1  param2 …
    
  • Résultat : srun lance 48 tâches MPI

NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur

  • Merci à JMM, DRAKKAR et CINES
  • Entête du job
    #!/bin/bash
    #SBATCH --nodes=554
    #SBATCH --ntasks=13296
    #SBATCH --ntasks-per-node=24
    #SBATCH --threads-per-core=1
    #SBATCH -J nemo_occigen
    #SBATCH -e nemo_occigen.e%j
    #SBATCH -o nemo_occigen.o%j
    #SBATCH --time=24:00:00
    #SBATCH --exclusive
    
  • Commande (exemple) :
     time srun --mpi=pmi2  -m cyclic \
    --cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\
        --multi-prog  ./ztask_file.conf
    
    • avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement:
      0-295   ./xios_server.exe
      296-13295   ./opa
      
  • Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS