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Entête des jobs et commandes occigen
Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS).
Un executable séquentiel
- Entête du job
#!/bin/bash #SBATCH -J job_name #SBATCH -e job_name.e%j #SBATCH -o job_name.o%j #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH --threads-per-core=1 #SBATCH --time=00:10:00
- Commande
time ./mon_executable param1 param2 …
Un executable parallélisé avec MPI seulement
- Entête du job
#!/bin/bash #SBATCH -J job_name #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks=48 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH --threads-per-core=1 #SBATCH --time=00:30:00 #SBATCH --output job_name.output
- Commande
module purge module load intel/15.0.0.090 module load bullxmpi/1.2.8.3 time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1 param2 …
- Résultat : srun lance 48 tâches MPI
NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur
- Merci à JMM, DRAKKAR et CINES
- Entête du job
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=554 #SBATCH --ntasks=13296 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH --threads-per-core=1 #SBATCH -J nemo_occigen #SBATCH -e nemo_occigen.e%j #SBATCH -o nemo_occigen.o%j #SBATCH --time=24:00:00 #SBATCH --exclusive
- Commande (exemple) :
time srun --mpi=pmi2 -m cyclic \ --cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\ --multi-prog ./ztask_file.conf
- avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement:
0-295 ./xios_server.exe 296-13295 ./opa
- avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement:
- Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS