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Entête des jobs et commandes occigen
Cette page décrit les entêtes des jobs sur occigen ainsi que les commandes à lancer pour avoir un exécutable simple ou un couplé (oasis ou XIOS).
Un executable séquentiel
- Entête du job
#!/bin/bash #SBATCH -J job_name #SBATCH -e job_name.e%j #SBATCH -o job_name.o%j #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH --threads-per-core=1 #SBATCH --time=00:10:00
- Commande
time ./mon_executable param1 param2 …
Un executable parallélisé avec MPI seulement
- Entête du job
#!/bin/bash #SBATCH -J job_name #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks=48 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH --threads-per-core=1 #SBATCH --time=00:30:00 #SBATCH --output job_name.output
- Commande
module purge module load intel/15.0.0.090 module load bullxmpi/1.2.8.3 time srun --mpi=pmi2 -K1 --resv-ports -n $SLURM_NTASKS ./mon_executable param1 param2 …
- Résultat : srun lance 48 tâches MPI
NEMO MPI seul et XIOS en mode serveur
- Merci à JMM, DRAKKAR et CINES
- Entête du job
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=554 #SBATCH --ntasks=13296 #SBATCH --ntasks-per-node=24 #SBATCH --threads-per-core=1 #SBATCH -J nemo_occigen #SBATCH -e nemo_occigen.e%j #SBATCH -o nemo_occigen.o%j #SBATCH --time=24:00:00 #SBATCH --exclusive }}}quit * Commande (exemple) : {{{ time srun --mpi=pmi2 -m cyclic \ --cpu_bind=map_cpu:0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23\ --multi-prog ./ztask_file.conf }}} * avec ./ztask_file.conf contenant, oasis en premier obligatoirement: {{{ 0-295 ./xios_server.exe 296-13295 ./opa }}} * Résultat : srun lance 13296 processus : 13000 pour NEMO et 296 pour XIOS == Couplage IPSL : LMDZ + NEMO + 1 XIOS en mode serveur == * ajouter dans le .bashrc ou au début du script slurm {{{ ulimit -S -s unlimited # stack ulimit -S -d unlimited # data area ulimit -S -m unlimited # memory ulimit -S -c 20 ulimit -S -n unlimited # memory ulimit -S -q unlimited # memory }}} * script automatique de création du rankfile : create_rankfile_cyclic_nemo_16ppn.sh (notation logique avec BullxMPI sur noeuds HT) {{{ MPI_LMDZ=$1 OMP_LMDZ=$2 PPN_LMDZ=$3 MPI_NEMO=$4 PPN_NEMO=$5 MPI_XIOS=$6 PPN_XIOS=$7 # ........................................................... for i in $( nodeset -e $SLURM_NODELIST) ; do echo $i >> atos_host for j in {1..24}; do echo $i >> atos_host1 done done rm -rf atos_lmdz_rankfile atos_xios_rankfile atos_nemo_rankfile compt=1 # rang absolu go_nemo=0 go_xios=0 for node in $( nodeset -e $SLURM_NODELIST ) ; do boucle sur les noeuds présents dans la liste fournie par SLURM compt1=1 # rang local pour LMDZ FIRST_CORE=0 FIRST_CORE1=0 while [[ $compt -le $MPI_LMDZ && $compt1 -le $PPN_LMDZ ]]; do if [ $compt1 -le $(( $PPN_LMDZ / 2 )) ] ; then SOC=0 # scoket 0 LAST_CORE=$(( $FIRST_CORE + ( $OMP_LMDZ * 2) )) STRING="" for core in ` seq $FIRST_CORE 2 $(( $LAST_CORE - 2 )) `; do if [ $core == $FIRST_CORE ]; then STRING=$( echo $core ) else STRING=$( echo $STRING','$core ) fi done FIRST_CORE=$LAST_CORE else # socket 1 SOC=1 LAST_CORE=$(( $FIRST_CORE1 + ( $OMP_LMDZ * 2) )) STRING="" for core in `seq $FIRST_CORE1 2 $(( $LAST_CORE - 2 )) `; do if [ $core == $FIRST_CORE1 ]; then STRING=$( echo $core ) else STRING=$( echo $STRING','$core ) fi done FIRST_CORE1=$LAST_CORE fi echo "rank "$(( $compt - 1 ))"="$node" slot="$SOC":"$STRING >> atos_lmdz_rankfile compt=$(( $compt + 1 )) # maj rang absolu compt1=$(( $compt1 + 1 )) # maj rang local LMDZ old_node=$node # dernier noeud occupé par LMDZ done # end while for lmdz #------------------------------------------------------------ # # NEMO ne coexiste pas sur le même noeud que des tâches LMDZ # NEMO : creation d'uh fichier temporaire NODEFILE pour NEMO # if [[ $compt -eq $(( $MPI_LMDZ + 1 )) && $old_node != $node ]]; then go_nemo=1 fi if [[ $go_nemo -eq 1 && $compt -le $(( $MPI_LMDZ + $MPI_NEMO )) ]]; then compt2=1 # rang local NEMO while [[ $compt2 -le $PPN_NEMO && $compt -le $(( $MPI_LMDZ + $MPI_NEMO )) ]]; do STRING=$(( ( $compt2 - 1 ) * 2 )) echo "rank "$(( $compt - 1 ))"="$node" slot="$STRING >> atos_nemo_rankfile compt=$(( $compt + 1 )) # rang absolu compt2=$(( $compt2 + 1 )) # rang local NEMO done fi # # XIOS # if [[ $compt -eq $(( $MPI_LMDZ + $MPI_NEMO + 1 )) ]]; then go_xios=1 fi while [[ $go_xios -eq 1 && $compt -le $(( $MPI_LMDZ + $MPI_NEMO + $MPI_XIOS )) ]]; do STRING=$(( ( $compt2 + 1 ) * 2 )) echo "rank "$(( $compt - 1 ))"="$node" slot="$STRING >> atos_xios_rankfile compt=$(( $compt + 1 )) compt2=$(( $compt2 + 1 )) done done # boucle for sur les noeuds présents dans la liste de SLURM # ------------------------------------------------------------------------------------------- # ------------------------------------------------------------------------------------------ # NEMO : travail spécifique sur la distribution cyclique # Cyclic for NEMO # First_rank_nemo=$(( $MPI_LMDZ + 1 )) compt=1 # rang NEMO while [[ $compt -le $MPI_NEMO ]]; do # boucle locale sur les rangs NEMO compt2=1 # nombre de rangs NEMO sur le noeud en cours ( pour dépeuplement) compt_core=$compt2 # initialisation compteur position du core utilisé sur le socketen suivant la numérotation logique max_on_socket=$(( $PPN_NEMO /2 )) while [[ $compt2 -le $PPN_NEMO && $compt -le $MPI_NEMO ]]; do # parcours des rangs NEMO for i in $( cat atos_nemo_rankfile | sed 's@=@ @g' | awk '{print $3}' | sort | uniq ) ; do # parcours de tous les noeuds pour NEMO if [ $compt -le $MPI_NEMO ] ; then echo "rank "$(( $First_rank_nemo + $compt - 2 ))"="$i" slot="$(( 2 * ( $compt_core - 1 ) )) >> atos_nemo_rankfile1 last_compt=$(( $First_rank_nemo + $compt - 2 )) # compteur rang nemo old_node1=$i old_string=$(( $compt_core - 1 )) compt=$(( $compt + 1 )) # rang NEMO fi done # fin parcours sur les noeuds du fichier temporaire NODEFILE pour NEMO compt2=$(( $compt2 + 1 )) # rang local NEMO # depeuplement 8 NEMO par socket et 16 par noeud # Quand commence -t on au deuxième socket ? ### if [ $compt2 -eq 9 ]; then # 8 rangs NEMO non consecutifs sont déjà placés if [ $compt2 -eq $(( $max_on_socket + 1 )) ]; then # premier socket a atteint la limite max_on_socket compt_core=13 # on passe au deuxieme socket (numerotation logigue pour OpenMPI et pour le deuxieme socket sur Occigen cela commence au slot=24 == 2*(13-1) else compt_core=$(( $compt_core + 1 )) fi done done mv atos_nemo_rankfile1 atos_nemo_rankfile ######## XIOS with cyclic nemo if [ $MPI_XIOS = 1 ]; then echo "rank "$(( $last_compt + 1 ))"="$old_node1" slot="$(( ( $old_string + 1 ) * 2 )) > atos_xios_rankfile fi ######## rm -f atos_rankfile cat atos_lmdz_rankfile >> atos_rankfile cat atos_nemo_rankfile >> atos_rankfile cat atos_xios_rankfile >> atos_rankfile }}} * script SLURM sur OCCIGEN {{{ #!/bin/bash #SBATCH --nodes=26 #SBATCH --ntasks=269 #SBATCH --time=00:30:00 #SBATCH -J IPSL ##SBATCH -o IPSL_occigen.o.%J ##SBATCH -e IPSL_occigen.e.%J #SBATCH --mem=120GB #SBATCH --cpu_bind=none #SBATCH --exclusive module load intel/15.0.3.187 module load bullxmpi/1.2.8.4-mxm module load hdf5/1.8.14_parallel_bullxmpi module load netcdf/bullxmpi/4.3.3-rc2 module load netcdf/bullxmpi/fortran-4.4.1_4.3.3-rc2 module load ferret/6.93 MPI_LMDZ=47 # nombre de tâches LMDZ PPN_LMDZ=4 # nombre de tâches LMDZ par noeud de 24 cores OMP_LMDZ=$(( 24 / $PPN_LMDZ )) # nombre de threads par tâche MPI LMDZ MPI_NEMO=221 # nombre de tâches NEMO export OMP_NUM_THREADS=$OMP_LMDZ #export KMP_STACKSIZE=2g export KMP_STACKSIZE=3g * tuning pour bullxmpi export KMP_BLOCKTIME=infinite export OMP_NESTED=FALSE export MXM_MEM_ON_DEMAND_MAP=n export OMPI_MCA_mpi_leave_pinned=0 export bin_dir=$HOME/bin-with-xCORE-AVX2 cp $bin_dir/* . # recopie des scripts cp ../scripts/s*ksh . # recopie des donnees d entree ln -sf ../INPUT_CURIE/* . # les arguments passes au script de creation automatique du rankfile sont : # nb de tâches LMDZ - nb de threads/tâche - nombre de tâches LMDZ/noeud - nombre de tâches NEMO - nombre de tâches NEMO par noeud - nombre de tâches XIOS - nombre de tâches XIOS par noeud bash $SLURM_SUBMIT_DIR/create_rankfile_cyclic_nemo_16ppn.sh $MPI_LMDZ $OMP_LMDZ $PPN_LMDZ $MPI_NEMO 16 1 1 # ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ echo "RUN STARTS" date # # recopie du script slurm en cours dans le repertoire de travail sur $SCRATCHDIR cp $0 . # # execution # /usr/bin/time mpirun --rankfile atos_rankfile -np $MPI_LMDZ ./script_lmdz.ksh : -np $MPI_NEMO ./script_opa.ksh : -np 1 ./script_xios.ksh # ##################################################################################################################################################### * scripts ksh de lancement des trois codes gmc.e opa et xios_serve.exe {{{ cat script_lmdz.ksh #!/bin/ksh export KMP_STACKSIZE=3g ./gcm.e }}} {{{ cat script_opa.ksh #!/bin/ksh ./opa }}} {{{ cat script_xios.ksh #!/bin/ksh ./xios_server.exe }}} }}}