wiki:LMDZ4OR_v2

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Attention! Cette configuration n'est plus entretenu.

Les configurations LMDZ4OR_v3(en phase avec le couplé IPSLCM5A), LMDZ4OR_work et LMDZ4_work sont maintenant géré par Laurent Fairhead. N'hésitez pas a prend contacte avec lui si vous utilisez ces configurations.

Une nouvelle configuration zoomé guidé est en cours de mise en place voir : LMDZOR_v4 (ancien page LMDZoGuOR)

LMDZ4OR_v2

  • Une configuration avec LMDZ4 et ORCHIDEE en phase avec le couplé IPSLCM4_v2

Contact : Josefine Ghattas

Ce wiki est aussi compatible pour les configurations LMDZ4OR_work et LMDZ4_work qui fonctionnent sur le même principe que LMDZ4OR_v2. Mais attention ! Ces configurations _work, utilisent le HEAD(trunk) de LMDZ4 sur SVN, ils ne sont donc pas stable ! Les sources extraient depuis le HEAD(trunk) de SVN sont sur le risque de l'utilisateur - pensez a rapporter si vous trouveriez des bugs.


Description pour un utilisation standard de LMDZ4OR_v2

Voici un description rapide pour utilisation de cette configuration. Pour plus des detail comment utiliser modipsl, voir le wiki ModipslBeginner et pour les scripts et les posttraitement, voir la documentation de libIGCM.

1) Extraction des sources

Extrait d'abord modipsl :

svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl

Avant la première extraction d'ORCHIDEE il faut demander un mot-de-passe de M. Mancip. Extrait la configuration LMDZ4OR_v2 :

cd modipsl/util
./model -h LMDZ4OR_v2
./model LMDZ4OR_v2

2) Compilation

Avant de compiler le premier fois, il faut ajouter le chemin pour fcm : /home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin (brodie) dans la variable d'environnement PATH. Ensuite sur les machines brodie et mercure le compilation se fait :

./ins_make
cd ../config/LMDZ4OR_v2
gmake [resolution_desirée]

3) Creation des états initiaux et des fichiers limites

Les états initiaux (start.nc et startphy.nc) et le fichier des conditions limites (limit.nc) sont crées avec un job dans le repertoire modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE. Par défaut le fichier limite est crée avec AMIP climatologique. Après execution ces fichiers crées seront stockés dans IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/JobName/ATM/Output. Le JobName, par défaut ELC-LMDXXXX, contient la résolution horisontale(XXXX) mais non pas la résolution verticale. Le nom peut être modifier dans config.card avant le lancement de ins_job.

cd CREATE
(éventuellement modification dans config.card, par example Jobname)
../../../util/ins_job
qsub Job_ELC-LMD9671

Creation des conditions limites avec AMIP interannuelles

Dans le même repertoire CREATE, les fichiers qui doivent être modifier existent avec le suffix _Interannuel : condig.card_Interannuel et COMP/lmdz.card_Interannuel. Il suffit de renommer ces fichiers en enlevent le suffix, et ensuite comme toujours créer le job et lance la simulation.

Trait de côte avec o2a.nc

Pour avoir les mêmes traits de côte comme dans le modèle couplé, il est necessaire de crée les fichiers limites en utilisant le fichier o2a.nc. Ce n'est pas le cas par défaut. Il faut ajouter dans COMP/lmdz.card dans la liste "ListNonDel" sous "[BoundaryFiles]" le chemin complet vers ce fichier, par exemple ${R_INIT}/ATM/IPSLCM4_v2/ORCA2xLMD9671/o2a.nc pour la résolution ORCA2xLMD9671.

4) Lancer une simulation

La simulation se lance dans le repertoire modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR. Verifiez et modifiez la mise en place de la simulation avant lancement. Pour créer le job et après une modification dans config.card, utilisez "ins_job". La simulation par défaut est de type AMIP climatologique. Pour utiliser les AMIP interannuel, copiez le fichier lmdz.card_Interannuel dans lmdz.card. Pour apprendre à utiliser les scripts, voir la documentation de libIGCM.

cd ../LMDZ4OR
(éventuellement modification dans COMP, PARAM et config.card)
(éventuellement ../../../util/ins_job)
(éventuellement modification dans Job_LMDZOR)
qsub Job_LMDZOR

Modifications récentes

  • 26/03/09 Utilisation des nouveaux fichiers AMIP pour construction des fichiers limites. Ces fichiers sont utilisés uniquement dans le job CREATE. Les fichiers limit.nc ne converge pas avec les anciennes fichiers AMIP.
  • 27/08/08 Ajoute "RESOL_SRF" dans orchidee.driver pour resoudrer problème avec le monitoring.
  • Changement des versions des composantes : La configuration contient maintenant les composantes taguées LMDZ4_V3_4, orchidee_1_9_2, libIGCM_v1 et IOIPSL tag v2_1_2.
  • Mise a jour des cards et drivers dans COMP pour faire fonctionner le monitoring.
  • Mise a jour des .def dans PARAM pour être en phase avec le couplé. Rq: ok_ade=n et ok_aie=n (=y dans le couplé).
  • Tests ont été fait sur BRODIE et MERCURE sur 4 processus.

Comment faire quand le fichier Bands_xxxx_yprc.dat n'existe pas pour le résolution ou le nombre de processus voulu ?

Mettre "LMDZ_adjust = y" dans LMDZOR/COMP/lmdz.card. Dans le même fichier, commenter aussi la ligne avec Bands_xxxx_yprc.dat dans la liste de "ParametersFiles". Ensuite, lancer l'éxecution pendant un mois. Le fichier Bands_xxxx_yprc.dat sera cré par LMDZ et copié dans le répertoire PARAM après execution. Après un mois de simulation, remettre la ligne avec Bands_xxxx_yprc.dat dans la liste de "ParametersFiles". Ensuite c'est possible pour bien équilibre le fichier Bands_xxxx_yprc.dat, de continuer encore quelque mois jusqu'au un an en gardant "LMDZ_adjust = y". Une fois le fichier Bands_xxxx_yprc.dat est équilibré, remettre "LMDZ_adjust = n", en génerale un mois est consideré suffisant.

Remarque : "LMDZ_adjust = y" augmuntera le temps de calcule.

Comment tourner la version HEAD(trunk) de SVN de LMDZ4 ?

Il existe 2 configurations sous modipsl de test qui utilisent la trunk de LMDZ4 : LMDZ4OR_work et LMDZ4_work. Ils sont tout les 2 configurés pour utiliser "l'ancienne physique" (corresponde à IPCC AR4) de LMDZ. LMDZ4OR_work contient la version OpenMP de ORCHIDEE : orchidee_1_9_2_OMP.

Attention!!! Ces 2 configurations utilisent la trunk de SVN LMDZ4. Ils ne sont pas stable. Les sources varies d'un jour sur l'autre...


Comment faire tourner le couplé IPSLCM4_v2 en mode forcé ? Cad en utilisant le binaire exécutable lmdz du couplé en forcé

Un exécutable de LMDZ qui a été compilé dans la configuration couplée peut également être exécuté en mode forcé (sans ou avec ORCHIDEE). Ceci est possible à partir du tag LMDZ4_V3_2. Ci-dessous comment procéder en restant dans la même arborescence modipsl.

1 ) Extraire "les fichiers CONFIG" pour la config LMDZ4OR_v2.

>cd modipsl/config
>svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZOR/branches/LMDZ4OR_v2 LMDZ4OR_v2
>ls
IPSLCM4_v2  LMDZ4OR_v2

=> Pour extraire le config LMDZ4OR_work (le nom LMDZ4OR_v3 sur SVN)

>svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZOR/branches/LMDZ4OR_v3 LMDZ4OR_v3

=> Pour extraire le config LMDZ4_work (le nom LMDZ4 sur SVN)

>svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZ/branches/LMDZ4 LMDZ4

2 ) Créer le fichier LMDZ4OR_v2/.resol contenant la résolution actuelle d'LMDZ qui correspond à l'exécutable du modèle couplé

>cd LMDZ4OR_v2
>echo "LMD9671" > .resol
>cat .resol
LMD9671

=> Les configs LMDZ4_work et LMDZ4OR_work ont un fichier .resol evoulé pour prendre en compte les niveau verticaux. Le fichier pour ces configs doit ressembler à :

>cat .resol
LMD9671
RESOL_ATM_3D=96x71x19

3) Pour l'expérience CREATE, pour tourne l'exécutable create_etat0_limit, il y a un différence dans le mode de compilation ce qui implique un différence dans le lancement. Dans le couplé, cette programme est compilé en mode parallèle mais dans la configuration forcé, c'est en mode séquentielle. Avec l'exécutable du couplé, on doit lancer avec mpirun : modification à faire dans le job :

#    if ( [ X${BATCH_NUM_PROC_TOT} != X ] && [ "${BATCH_NUM_PROC_TOT}" -gt 1 ] ) ; then
        MPIRUN_COMMAND=${HOST_MPIRUN_COMMAND}
        eval MPIRUN_OPTIONS=${config_UserChoices_JobRunOptions}
#    else
#        MPIRUN_COMMAND=${MPIRUN_COMMAND:="time "}
#        MPIRUN_OPTIONS=${MPIRUN_OPTIONS:=""}
#    fi

4) Pour l'expérience LMDZOR il n'y a pas de différence.


Souci sur IDRIS - problème résolu

Pour plus d'information voir le paragraphe "Souci MPI IDRIS depuis le 12 mars 2008" sur wiki IPSLCM4_v2 .