Changes between Version 190 and Version 191 of ModipslBeginner


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acosce
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  • ModipslBeginner

    v190 v191  
    11= MODIPSL for beginner = 
    22 
    3 Dernière mise à jour : 13/01/2011 
     3Dernière mise à jour : 13/01/2011 
    44---- 
    55[[BR]] 
     
    77[[PageOutline]] 
    88 
    9 '''MODIPSL pour les débutants''' 
    10  
    11 MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL.  
    12 Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître. 
     9'''MODIPSL pour les débutants''' 
     10 
     11MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL.  
     12Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître. 
    1313[[BR]] 
    1414Cette page veut rassembler les informations pour les nouveaux utilisateurs et pointer  
    15 vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire. [[BR]] 
    16 N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl" disponible sur cette page : [wiki:igcmg/Documentation] 
     15vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire. [[BR]] 
     16N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl" disponible sur cette page : [wiki:igcmg/Documentation] 
    1717 [[BR]] 
    1818 
    1919{{{ 
    20 #!comment Table des matières ancienne version  
     20#!comment Table des matières ancienne version  
    2121---- 
    22 '''Table des matières''' 
     22'''Table des matières''' 
    2323 * [wiki:ModipslBeginner#Environnementsdecalculs Environnements de Calculs] 
    2424  * IDRIS 
    2525  * CCRT 
    26  * [wiki:ModipslBeginner#Extrairemodipsl Accès à modipsl] 
    27   * [wiki:ModipslBeginner#Lectureseule Lecture seule (accès anonyme)] 
     26 * [wiki:ModipslBeginner#Extrairemodipsl Accès à modipsl] 
     27  * [wiki:ModipslBeginner#Lectureseule Lecture seule (accès anonyme)] 
    2828  * [wiki:ModipslBeginner#Modeadministrateur Mode administrateur ] 
    2929  * [wiki:ModipslBeginner#PourensavoirplussurSVN Pour en savoir plus sur SVN ] 
    30  * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdesrepertoires Présentation des répertoires de Modipsl] 
     30 * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdesrepertoires Présentation des répertoires de Modipsl] 
    3131 * [wiki:ModipslBeginner#Listedesconfigurations Liste des configurations] 
    3232 * [wiki:ModipslBeginner#Travailleravecuneconfiguration Travailler avec une configuration] 
     
    3636    * [wiki:ModipslBeginner#OptionsdecompilationsdeLMDZ Options de compilations de LMDZ] 
    3737  * [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation Lancement d'une simulation] 
    38    * [wiki:ModipslBeginner#Casgeneral Cas général ] 
    39      * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdurepertoireexperience Présentation du répertoire d'expérience] 
     38   * [wiki:ModipslBeginner#Casgeneral Cas général ] 
     39     * [wiki:ModipslBeginner#Presentationdurepertoireexperience Présentation du répertoire d'expérience] 
    4040     * [wiki:ModipslBeginner#Creationdujob Creation du job ] 
    4141     * [wiki:ModipslBeginner#Lancementdelasimulation Lancement de la simulation ] 
     
    4343   * [wiki:ModipslBeginner#CasparticuliersLMDZ4OR_v2etLMDZINCA_v2 Cas particuliers LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2]  
    4444  * Suivi de la simulation (Monitoring) 
    45   * Post-traitements systématiques (atlas) 
     45  * Post-traitements systématiques (atlas) 
    4646 * Plus d'informations : 
    4747  * [wiki:ModipslBeginner#Etatdelasimulationencours Etat de la simulation en cours ] 
     
    4949   * [wiki:ModipslBeginner#CommentlirelefichierScriptOutput Comment lire le fichier Script_output ] 
    5050   * [wiki:ModipslBeginner#Outrouverlesfichiersdeoutput Ou trouver les fichiers de output ? ] 
    51    * Où est le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)? 
    52    * Où trouver le journal de sortie? 
    53  * Questions/Réponses : 
     51   * Où est le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)? 
     52   * Où trouver le journal de sortie? 
     53 * Questions/Réponses : 
    5454  * Extraction : 
    5555    * [wiki:ModipslBeginner#Motsdepasse Mots de passe] 
     
    6060    * [wiki:ModipslBeginner#Poursuivreunesimulation Comment poursuivre?] 
    6161  * Post-traitements : 
    62     * Comment vérifier les post-traitements? 
     62    * Comment vérifier les post-traitements? 
    6363    * Comment relancer les post-traitements seulement? 
    64  * Questions/Réponses des autres documentations :  
    65   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1] 
    66   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3] 
    67   * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre] 
    68   * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle] 
    69   * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure] 
     64 * Questions/Réponses des autres documentations :  
     65  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1] 
     66  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3] 
     67  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre] 
     68  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle] 
     69  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure] 
    7070  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ libIGCM ]  
    7171  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ#Messagesderreur Messages erreurs dans Script_output]  
     
    7979 === IDRIS === 
    8080 * http://www.idris.fr/ 
    81  * les machines de l'IDRIS disponibles pour le couplé sont brodie (NEC SX-8) et vargas (IBM Power6). Pour vargas, voir informations plus loin. 
    82 __Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__ 
    83      * PATH sur brodie : ajouter l'accès à svn et fcm : 
     81 * les machines de l'IDRIS disponibles pour le couplé sont brodie (NEC SX-8) et vargas (IBM Power6). Pour vargas, voir informations plus loin. 
     82__Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__ 
     83     * PATH sur brodie : ajouter l'accès à svn et fcm : 
    8484 {{{  
    8585PATH=$PATH:/TXlocal/pub/svn/svn-1.3.1/bin:/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin 
    8686 }}} 
    8787     * sur vargas, il faut  
    88        * avoir accès à svn : {{{module load svn}}} 
     88       * avoir accès à svn : {{{module load svn}}} 
    8989       * avoir fcm dans son PATH : 
    9090 {{{  
    9191PATH=$PATH:/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin 
    9292 }}} 
    93      * $WORKDIR sur ulam est très vaste mais non sauvegardé. C'est là que les post-traitements tourneront in fine.  
    94      * $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille : 
     93     * $WORKDIR sur ulam est très vaste mais non sauvegardé. C'est là que les post-traitements tourneront in fine.  
     94     * $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille : 
    9595{{{  
    9696quota_u -w  
    9797}}} 
    98      * sur ulam, il faut éviter les bavardages affichés lors de la connexion. Vérifier depuis brodie que la commande : rsh ulam pwd renvoie juste une ligne avec le HOME.  
     98     * sur ulam, il faut éviter les bavardages affichés lors de la connexion. Vérifier depuis brodie que la commande : rsh ulam pwd renvoie juste une ligne avec le HOME.  
    9999{{{ 
    100100brodie : rsh ulam pwd 
     
    102102brodie :  
    103103}}} 
    104      * Il faut faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Pour cela utiliser la commande '''Ftuas''' sur ulam (permet de faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et à toutes les machines).  
    105      * Pour que le stockage sur le serveur dods.idris fonctionne, il faut faire marcher la commande '''rsh gaya pwd''' sur ulam. Pour cela remplir le fichier gaya:~/.rhosts (et lui donner les accès rw-------) avec : 
     104     * Il faut faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Pour cela utiliser la commande '''Ftuas''' sur ulam (permet de faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et à toutes les machines).  
     105     * Pour que le stockage sur le serveur dods.idris fonctionne, il faut faire marcher la commande '''rsh gaya pwd''' sur ulam. Pour cela remplir le fichier gaya:~/.rhosts (et lui donner les accès rw-------) avec : 
    106106 {{{ 
    107107ulam.idris.fr 
     
    110110brodie 
    111111}}} 
    112      * Pour les accès dods, il faut lancer de plus une commande mfdods sur gaya. Cela crée le lien (24h après la première fois) visible là : http://dods.idris.fr/monlogin. 
    113      * Pour donner les accès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de brodie, il faut demander à l'assistance IDRIS pour le niveau /u/rech/grp.  
     112     * Pour les accès dods, il faut lancer de plus une commande mfdods sur gaya. Cela crée le lien (24h après la première fois) visible là : http://dods.idris.fr/monlogin. 
     113     * Pour donner les accès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de brodie, il faut demander à l'assistance IDRIS pour le niveau /u/rech/grp.  
    114114=== CCRT === 
    115   * accès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/ 
    116   * accès protégé (authentification à l'aide de votre login et de votre mot de passe CCRT): https://www-ccrt.ccc.cea.fr  
     115  * accès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/ 
     116  * accès protégé (authentification à l'aide de votre login et de votre mot de passe CCRT): https://www-ccrt.ccc.cea.fr  
    117117   * [https://www-ccrt.ccc.cea.fr/intranetccrt/fr/ccrt/environnement_des_codes.htm Environnement des codes] 
    118  * les machines du CCRT disponibles pour le couplé sont mercure (NEC SX-8 et NEC SX-9) et platine (Bull Itanium) et titane (Bull Xeon). Voir information spécifique titane plus loin. 
    119 [[BR]] 
    120  __Mémo des choses à faire sur un nouveau login au CCRT pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__ 
    121        * PATH sur mercure/platine/titane : ajouter l'accès à fcm : 
     118 * les machines du CCRT disponibles pour le couplé sont mercure (NEC SX-8 et NEC SX-9) et platine (Bull Itanium) et titane (Bull Xeon). Voir information spécifique titane plus loin. 
     119[[BR]] 
     120 __Mémo des choses à faire sur un nouveau login au CCRT pour pouvoir préparer et lancer une simulation :__ 
     121       * PATH sur mercure/platine/titane : ajouter l'accès à fcm : 
    122122{{{  
    123123PATH=$PATH:/home/cont003/p86ipsl/fcm/bin  # MERCURE only  
     
    133133svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl 
    134134}}} 
    135 Pour vous simplifier la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous  
    136 vous conseillons de vous créer un alias :  
     135Pour vous simplifier la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous  
     136vous conseillons de vous créer un alias :  
    137137{{{ 
    138138alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl' 
     
    143143}}} 
    144144 
    145 Attention sur vargas (IDRIS) il faut explicitement demander l'accès à svn : {{{ module load subversion }}} 
     145Attention sur vargas (IDRIS) il faut explicitement demander l'accès à svn : {{{ module load subversion }}} 
    146146 
    147147=== Mode administrateur === 
     
    153153=== Pour en savoir plus sur SVN === 
    154154 * Le site officiel de subversion : http://subversion.tigris.org/ 
    155  * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_p.html Présentation de SVN (Jacques Bellier)] 
     155 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_p.html Présentation de SVN (Jacques Bellier)] 
    156156 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svn_swt.html SVN commandes] 
    157157 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/svnqref.html SVN quick reference guide] 
    158  * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/key_ssh.html Mémo sur la gestion des clés ssh]  
     158 * [http://igcmg.ipsl.jussieu.fr/ESCI/Exposes/SVN-2007-03-28/key_ssh.html Mémo sur la gestion des clés ssh]  
    159159 * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki/InstSvnInca Quelques commandes de base pour SVN (Anne Cozic)]  
    160  * [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/ESCI?action=AttachFile&do=get&target=Subversion_2008.pdf Point sur l'utilisation de SVN (Marie-Alice Foujols)] (accès restreint) 
     160 * [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/ESCI?action=AttachFile&do=get&target=Subversion_2008.pdf Point sur l'utilisation de SVN (Marie-Alice Foujols)] (accès restreint) 
    161161 
    162162[[BR]] 
     
    164164---- 
    165165 
    166 == Présentation des répertoires de modipsl == 
    167 Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires :  
     166== Présentation des répertoires de modipsl == 
     167Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires :  
    168168 * bin/ 
    169169 * config/ 
     
    173173 * tmp/ 
    174174 * util/ 
    175 Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire '''doc/''' contenant le texte de la licence CECILL (license 
    176 sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire '''util/''' qui contient les scripts  
    177 nécessaires à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]] 
    178 {{{ 
    179 mod.def         >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags 
    180 model           >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles 
     175Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire '''doc/''' contenant le texte de la licence CECILL (license 
     176sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire '''util/''' qui contient les scripts  
     177nécessaires à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. [[BR]] 
     178{{{ 
     179mod.def         >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags 
     180model           >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles 
    181181ins_make        >>>>>> Installation et configuration des Makefiles  
    182182ins_job         >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement 
    183183}}} 
    184 Voir le transparent 26 de la présentation. 
     184Voir le transparent 26 de la présentation. 
    185185 
    186186[[BR]] 
     
    189189 
    190190== Liste des configurations disponibles via modipsl == 
    191 Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL.  
    192 Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire '''util/''' de passer la commande suivante :  
     191Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL.  
     192Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire '''util/''' de passer la commande suivante :  
    193193{{{ 
    194194cd modipsl/util 
     
    196196}}} 
    197197 
    198 Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...)  
     198Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...)  
    199199il faut passer la commande 
    200200{{{ 
     
    249249Local Dir 5 : . 
    250250}}} 
    251 La première partie indique les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN.  
    252 Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes.  
     251La première partie indique les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN.  
     252Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes.  
    253253 
    254254[[BR]] 
     
    257257 
    258258== Travailler avec une configuration choisie == 
    259 Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé '''IPSLCM5A'''. Les autres configurations 
     259Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé '''IPSLCM5A'''. Les autres configurations 
    260260utilisant modipsl ('''IPSL_ESM_V1''', '''LMDZ4OR_v2''', '''LMDZINCA_v2''', '''LMDZORINCA''' ...) 
    261 suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.  
     261suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.  
    262262 [[BR]] 
    263263 
     
    268268./model IPSLCM5A       >>>> on choisit d'extraire la configuration IPSLCM5A 
    269269}}} 
    270 Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les  
    271 récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address) [[BR]] 
    272 En cas d'urgence, vous pouvez aussi récupérer le fichier ~/.cvspass et le répertoire ~/.subversion d'un autre utilisateur. 
    273 Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée.  
    274 Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire '''modipsl/modeles/'''. Pour notre exemple 
    275 vous obtenez les répertoires suivants :  
     270Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les  
     271récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address) [[BR]] 
     272En cas d'urgence, vous pouvez aussi récupérer le fichier ~/.cvspass et le répertoire ~/.subversion d'un autre utilisateur. 
     273Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée.  
     274Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire '''modipsl/modeles/'''. Pour notre exemple 
     275vous obtenez les répertoires suivants :  
    276276 * modipsl/modeles/IOIPSL/ 
    277277 * modipsl/modeles/LMDZ4/ 
     
    281281 * modipsl/modeles/XMLF90 
    282282 * modipsl/modeles/XMLIO_SERVER 
    283 Modipsl installe également ce que l'on appelle une '''configuration'''. Elle est dans le répertoire  
     283Modipsl installe également ce que l'on appelle une '''configuration'''. Elle est dans le répertoire  
    284284'''modipsl/config/''' (ici modipsl/config/IPSLCM5A/). [[BR]] 
    285 Cette configuration vous permettra de [wiki:ModipslBeginner#Compilation compiler] l'ensemble des modèles, puis de [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation lancer une simulation]. [[BR]] 
     285Cette configuration vous permettra de [wiki:ModipslBeginner#Compilation compiler] l'ensemble des modèles, puis de [wiki:ModipslBeginner#Lancerunesimulation lancer une simulation]. [[BR]] 
    286286 [[BR]] 
    287287==== Mots de passe ==== 
    288288 
    289 Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au ''model manager email address''. Il est indiqué lors de la commande  
     289Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au ''model manager email address''. Il est indiqué lors de la commande  
    290290{{{ 
    291291 ./model -h IPSLCM5A  
     
    294294 
    295295=== FCM === 
    296 Certains modèles de l'IPSL utilisent l'outils [http://www.metoffice.gov.uk/research/nwp/external/fcm/ FCM] pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...).  
    297 FCM n'est pas accessible par défaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter à votre PATH : 
     296Certains modèles de l'IPSL utilisent l'outils [http://www.metoffice.gov.uk/research/nwp/external/fcm/ FCM] pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...).  
     297FCM n'est pas accessible par défaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter à votre PATH : 
    298298{{{ 
    299299# sur mercure, platine et titane 
     
    308308=== Compilation === 
    309309 
    310 ==== Spécificité titane ==== 
    311  
    312 Pour compiler sur titane, il faut charger explicitement la bonne bibliothèque NetCDF. Faire : 
     310==== Spécificité titane ==== 
     311 
     312Pour compiler sur titane, il faut charger explicitement la bonne bibliothèque NetCDF. Faire : 
    313313{{{ 
    314314module load netcdf/3.6.3 
    315315}}} 
    316316 
    317 Pour compiler le couplé, voir plus loin les détails : 
    318  * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory"  dans config/IPSLCM5A/AA_make 
     317Pour compiler le couplé, voir plus loin les détails : 
     318 * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory"  dans config/IPSLCM5A/AA_make 
    319319 * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Sinon le message est : 
    320320{{{ 
     
    328328gmake[2]: *** [../../../bin/opa] Error 1 
    329329}}} 
    330 La correction à faire est la suivante :  
     330La correction à faire est la suivante :  
    331331{{{ 
    332332dans modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31) 
     
    338338}}} 
    339339 
    340 ==== Spécificité SX8 ==== 
    341  
    342 Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 : 
     340==== Spécificité SX8 ==== 
     341 
     342Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 : 
    343343{{{ 
    344344sx8 () {  module load netcdf_sx8 ; export PS1="SX8"' - $PWD : ' ; } 
    345345}}} 
    346346 
    347 ==== Spécificité SX9 ==== 
    348 Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 : 
     347==== Spécificité SX9 ==== 
     348Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 : 
    349349{{{ 
    350350sx9 () { module switch SX8 SX9 ; module load netcdf_sx9 ; export PS1="SX9"' - $PWD : ' ; } 
    351351}}} 
    352352 
    353 A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera. 
     353A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera. 
    354354{{{ 
    355355**************************************************************** 
     
    362362}}} 
    363363 
    364 La soumission des post-traitements se fait vers cesium depuis le 11/2009. Pour que cela marche il faut avoir créé une passphrase vide pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. 
    365  
    366 Mémo : 
     364La soumission des post-traitements se fait vers cesium depuis le 11/2009. Pour que cela marche il faut avoir créé une passphrase vide pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. 
     365 
     366Mémo : 
    367367{{{ 
    368368mercure : pwd 
     
    381381}}} 
    382382 
    383 Commandes à passer pour vérifier que les post-traitements se feront bien sur ceisum : 
     383Commandes à passer pour vérifier que les post-traitements se feront bien sur ceisum : 
    384384 
    385385{{{ 
     
    389389}}} 
    390390 
    391 Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/Couple/CCRT/SX9 là (Intranet)] 
     391Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : [http://wiki.ipsl.jussieu.fr/Pole/Couple/CCRT/SX9 là (Intranet)] 
    392392 
    393393==== Toutes machines ==== 
    394394 
    395 Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration 
    396 vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez.  
     395Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration 
     396vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez.  
    397397{{{ 
    398398cd modipsl/util 
    399399./ins_make 
    400400}}} 
    401 La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM5A/Makefile'''.  
    402 Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf  
     401La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple '''modipsl/config/IPSLCM5A/Makefile'''.  
     402Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf  
    403403changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture). [[BR]] 
    404 Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x39) :  
     404Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x39) :  
    405405{{{ 
    406406cd modipsl/config/IPSLCM5A/ 
     
    408408}}} 
    409409 
    410 Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez  
    411 regarder les différentes target (normalement en lettres majuscules) dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5A ce sont les suivantes :  
     410Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez  
     411regarder les différentes target (normalement en lettres majuscules) dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5A ce sont les suivantes :  
    412412 * ORCA2xLMD4443  
    413413 * ORCA2xLMD5655   
     
    417417 * ORCA2xLMD144142 
    418418 * ORCA2xLMD144142-L39 
    419 Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation :  
     419Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation :  
    420420{{{ 
    421421cd modipsl/config/IPSLCM5A/ 
    422 gmake resolution_desirée 
     422gmake resolution_desirée 
    423423}}} 
    424424par exemple  
     
    427427}}} 
    428428 
    429 Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution  
    430 de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations  
    431 juste avec la commande '''gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.  
     429Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution  
     430de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations  
     431juste avec la commande '''gmake''' vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.  
    432432 [[BR]] 
    433433==== A qui signaler quand cela ne marche pas? ==== 
    434 Si il y a un problème de compilation vous pouvez vous adresser au ''model manager''. Il est indiqué lors de la commande  
     434Si il y a un problème de compilation vous pouvez vous adresser au ''model manager''. Il est indiqué lors de la commande  
    435435{{{ 
    436436 ./model -h IPSLCM5A  
     
    439439 
    440440==== Options de compilations de LMDZ ====  
    441 LMDZ propose un certain nombre d'options de compilation que voilà :  
     441LMDZ propose un certain nombre d'options de compilation que voilà :  
    442442{{{ 
    443443makelmdz_fcm [options] -m arch exec 
    444 [-h]                       : manuel abrégé 
     444[-h]                       : manuel abrégé 
    445445[-d [[IMx]JMx]LM]          : IM, JM, LM sont les dims en x, y, z (def: $dim) 
    446446[-p PHYS]                  : compilation avec la physique libf/phyPHYS, (def: lmd) 
    447447[-prod / -dev / -debug]    : compilation en mode production (default) / developpement / debug . 
    448 [-c false/MPI1/MPI2]       : couplé océan : MPI1/MPI2/false (def: false) 
    449 [-v false/true]            : avec ou sans végétation (def: false) 
     448[-c false/MPI1/MPI2]       : couplé océan : MPI1/MPI2/false (def: false) 
     449[-v false/true]            : avec ou sans végétation (def: false) 
    450450[-chimie INCA/false]       : avec ou sans model de chimie INCA (def: false) 
    451451[-parallel none/mpi/omp/mpi_omp] : parallelisation (default: none) : mpi, openmp ou mixte mpi_openmp 
     
    459459[-fcm_path path]           : chemin pour fcm (def: le chemin est suppose deja exister dans le PATH) 
    460460 -arch nom_arch            : nom de l'architecture cible 
    461  exec                      : exécutable généré 
    462 }}} 
    463 Ces options sont utilisées dans le fichier config/IPSLCM5A/Makefile. Notez que par défaut on demande la compilation en mode mpi.  
     461 exec                      : exécutable généré 
     462}}} 
     463Ces options sont utilisées dans le fichier config/IPSLCM5A/Makefile. Notez que par défaut on demande la compilation en mode mpi.  
    464464[[BR]] 
    465465 
    466466=== Lancer une simulation === 
    467 ==== Cas général ==== 
    468 '''NOTE''' avant la première simulation veillez à créer le fichier ~/.forward contenant votre adresse mail, pour que les mails envoyés en fin de simulation soient  
    469 bien redirigés vers votre boîte mail. [[BR]] 
    470  
    471 ===== Présentation du répertoire d'expérience ===== 
    472 Dans le répertoire '''modipsl/config/IPSLCM5A/''' vous trouverez 1 sous répertoire EXP00 [[BR]] 
    473 Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation :  
     467==== Cas général ==== 
     468'''NOTE''' avant la première simulation veillez à créer le fichier ~/.forward contenant votre adresse mail, pour que les mails envoyés en fin de simulation soient  
     469bien redirigés vers votre boîte mail. [[BR]] 
     470 
     471===== Présentation du répertoire d'expérience ===== 
     472Dans le répertoire '''modipsl/config/IPSLCM5A/''' vous trouverez 1 sous répertoire EXP00 [[BR]] 
     473Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation :  
    474474 - un fichier config.card 
    475  - un répertoire COMP/ 
    476  - un répertoire PARAM/ 
    477  - un répertoire POST/ 
    478  
    479 Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non).[[BR]] 
    480 Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles[[BR]] 
    481 Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer,  
    482 ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes   
    483 contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les  
    484 fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement  
     475 - un répertoire COMP/ 
     476 - un répertoire PARAM/ 
     477 - un répertoire POST/ 
     478 
     479Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non).[[BR]] 
     480Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles[[BR]] 
     481Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer,  
     482ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes   
     483contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les  
     484fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement  
    485485qu'on leur associe.) [[BR]] 
    486 Le répertoire POST/ contient 2 fichiers de configuration des monitoring, spécifiques pour la glace lim2 et stomate. [[BR]] 
    487 Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur Doc Utilisateur libIGCM] 
    488  
    489 [[BR]] 
    490 ===== Etapes avant la création du job de simulation ===== 
     486Le répertoire POST/ contient 2 fichiers de configuration des monitoring, spécifiques pour la glace lim2 et stomate. [[BR]] 
     487Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur Doc Utilisateur libIGCM] 
     488 
     489[[BR]] 
     490===== Etapes avant la création du job de simulation ===== 
    491491__'''config.card'''__ [[BR]] 
    492 Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card [[BR]] 
    493 Voici les rubriques à modifier :  
     492Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card [[BR]] 
     493Voici les rubriques à modifier :  
    494494{{{ 
    495495JobName=_nom_simul_ 
    496 ExperimentName=pdControl (mettre le nom de l'expérience selon le vocabulaire CMIP5. pdControl par défaut) 
     496ExperimentName=pdControl (mettre le nom de l'expérience selon le vocabulaire CMIP5. pdControl par défaut) 
    497497SpaceName=DEVT (mettre DEVT, TEST ou PROD)  
    498498DateBegin=_date_debut_simul_ 
    499499DateEnd=_date_fin_simul_ 
    500 PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple  
     500PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple  
    501501JobNumProcTot=_nombre_processeurs 
    502502}}} 
     
    511511 
    512512__!PeriodLength__ : [[BR]] 
    513 !PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre 
    514 1 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une année 
     513!PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre 
     5141 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une année 
    515515de simulation vous aurez 360 fichiers de sorties. Si vous choisissez 1M vous aurez 12 fichiers de sorties, et si  
    516516vous choisissez 1Y vous aurez 1 fichier de sortie. [[BR]] 
    517 '''Attention''' il faut impérativement que !PeriodLength ne soit  
    518 pas supérieur à la durée de votre simulation : c'est à dire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une 
     517'''Attention''' il faut impérativement que !PeriodLength ne soit  
     518pas supérieur à la durée de votre simulation : c'est à dire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une 
    519519!PeriodLength de 1 an. [[BR]] 
    520520 
    521 '''__répertoire COMP__'''[[BR]] 
    522 Comme indiqué ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune 
    523 de ces cartes est divisée en différentes parties :  
    524  * `[InitialStateFiles]        >>>> indique les fichiers d'état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)` 
     521'''__répertoire COMP__'''[[BR]] 
     522Comme indiqué ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune 
     523de ces cartes est divisée en différentes parties :  
     524 * `[InitialStateFiles]        >>>> indique les fichiers d'état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)` 
    525525 * `[BoundaryFiles]            >>>> indique les fichiers de conditions aux limites (deux parties List pour les fichiers variant avec le temps, ` 
    526526 `                                 et ListNonDel pour ceux qui ne varient pas)` 
    527  * `[ParametersFiles]          >>>> liste des fichiers de paramètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/) ` 
    528  * `[RestartFiles]             >>>> liste des fichiers de restart pour le redémarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée` 
    529  * `[OutputText]               >>>> liste des fichiers texte en sortie du modèle` 
    530  * `[OutputFiles]              >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du modèle avec le post-traitement éventuel` 
    531  * `[Post_...]                 >>>> description des différentes post-traitements. ` 
     527 * `[ParametersFiles]          >>>> liste des fichiers de paramètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/) ` 
     528 * `[RestartFiles]             >>>> liste des fichiers de restart pour le redémarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée` 
     529 * `[OutputText]               >>>> liste des fichiers texte en sortie du modèle` 
     530 * `[OutputFiles]              >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du modèle avec le post-traitement éventuel` 
     531 * `[Post_...]                 >>>> description des différentes post-traitements. ` 
    532532  
    533 A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante :  
     533A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante :  
    534534 
    535535''(path_fichier, fichier)'' [[BR]] 
    536 Elle est équivalente à : [[BR]] 
     536Elle est équivalente à : [[BR]] 
    537537''cp path_fichier fichier'' [[BR]] 
    538538 
     
    541541ListNonDel= (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf, .),\ 
    542542 
    543 c'est équivalent à  
     543c'est équivalent à  
    544544 
    545545cp ${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf . 
    546546}}} 
    547547 
    548 '''ATTENTION''' : il ne faut pas laisser d'espace après le "\". Si jamais vous laissez un espace la ligne qui suit n'est pas prise en compte. [[BR]] 
    549 '''NOTE''' : dans les cartes fournies avec les modèles nous utilisons régulièrement les variables ${R_BC} et ${R_INIT}. Par défaut elles sont définies ainsi : 
     548'''ATTENTION''' : il ne faut pas laisser d'espace après le "\". Si jamais vous laissez un espace la ligne qui suit n'est pas prise en compte. [[BR]] 
     549'''NOTE''' : dans les cartes fournies avec les modèles nous utilisons régulièrement les variables ${R_BC} et ${R_INIT}. Par défaut elles sont définies ainsi : 
    550550{{{ 
    551551  R_BC = /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC 
    552552  R_INIT = /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/INIT 
    553553}}} 
    554 Toute fois si vous le souhaitez vous pouvez écraser ces définitions en redéfinissant R_BC et R_INIT dans le fichier config.card. [[BR]] 
    555 Le répertoire /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM regroupe tous les fichiers d'input pour les différentes configurations. [[BR]] 
     554Toute fois si vous le souhaitez vous pouvez écraser ces définitions en redéfinissant R_BC et R_INIT dans le fichier config.card. [[BR]] 
     555Le répertoire /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM regroupe tous les fichiers d'input pour les différentes configurations. [[BR]] 
    556556[[BR]] 
    557557[[BR]] 
     
    561561LMDZ_NbPeriod_adjust=3 
    562562}}} 
    563  * LMDZ_NbPeriod_adjust permet de définir combien de !PeriodLenght on veut utiliser au début d'une simulation pour créer le fichier Bands qui permet d'ajuster au mieux la parallélisation du code. Si jamais on souhaite utiliser un fichier pré-existant il faut indiquer LMDZ_NbPeriod_adjust=0 et préciser le nom du fichier Bands à utiliser. Attention au nombre de proc et à la grille précisés dans ce nom. 
    564 [[BR]] 
    565  
    566 __'''répertoire PARAM'''__[[BR]] 
    567 Ce répertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles 
    568 pour en connaître les différentes utilisations.  
    569 [[BR]] 
    570  
    571 ===== Création du job ===== 
    572  
    573 '''Avant''' : vérifier le fichier config.card.  
     563 * LMDZ_NbPeriod_adjust permet de définir combien de !PeriodLenght on veut utiliser au début d'une simulation pour créer le fichier Bands qui permet d'ajuster au mieux la parallélisation du code. Si jamais on souhaite utiliser un fichier pré-existant il faut indiquer LMDZ_NbPeriod_adjust=0 et préciser le nom du fichier Bands à utiliser. Attention au nombre de proc et à la grille précisés dans ce nom. 
     564[[BR]] 
     565 
     566__'''répertoire PARAM'''__[[BR]] 
     567Ce répertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles 
     568pour en connaître les différentes utilisations.  
     569[[BR]] 
     570 
     571===== Création du job ===== 
     572 
     573'''Avant''' : vérifier le fichier config.card.  
    574574 
    575575{{{ 
     
    577577./ins_job  
    578578}}} 
    579 Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée  
    580 les job associés (en reprenant la rubrique !JobName du fichier config.card).  
    581 Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors  
    582 un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé.  
    583 Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer. [[BR]] 
    584  
    585 Cette commande crée également run.card.init, squelette du fichier run.card qui contiendra l'état d'avancement de la simulation. 
    586  
    587 Il crée également les jobs de post-traitement, spécifiques à la machine de post-traitement dans le répertoire : modipsl/libIGCM . Ils s'appellent xxxx.job. 
    588  
    589 '''Après''' : vérifier le fichier Job_nom_simul 
    590  
    591  
    592 N'oubliez pas de modifier les variables '''elapstim_req''' et '''memsz_job''' en entête de job si nécessaire (voir documentation 
     579Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée  
     580les job associés (en reprenant la rubrique !JobName du fichier config.card).  
     581Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors  
     582un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé.  
     583Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer. [[BR]] 
     584 
     585Cette commande crée également run.card.init, squelette du fichier run.card qui contiendra l'état d'avancement de la simulation. 
     586 
     587Il crée également les jobs de post-traitement, spécifiques à la machine de post-traitement dans le répertoire : modipsl/libIGCM . Ils s'appellent xxxx.job. 
     588 
     589'''Après''' : vérifier le fichier Job_nom_simul 
     590 
     591 
     592N'oubliez pas de modifier les variables '''elapstim_req''' et '''memsz_job''' en entête de job si nécessaire (voir documentation 
    593593sur les machines de calculs du CCRT ou les variables '''cputim_job''' et '''memsz_job''' sur les machines NEC de l'IDRIS). 
    594594{{{ 
     
    596596#PBS -l elapstim_req=02:00:00 # limite en temps elapsed 
    597597}}} 
    598 Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande 
    599 '''class''' au CCRT ou '''news class''' à l'IDRIS. 
    600 [[BR]] 
    601 Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine.  
     598Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande 
     599'''class''' au CCRT ou '''news class''' à l'IDRIS. 
     600[[BR]] 
     601Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine.  
    602602Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir ou workdir, vous devez 
    603603modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul  
     
    605605RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR 
    606606}}} 
    607 Avant de lancer votre simulation il vous reste une dernière étape : vous devez définir la variable '''!PeriodNb''' dans  
    608 votre Job. '''!PeriodNb''' peut être définie comme le nombre maximal de '''!PeriodLength''' (dans config.card) pouvant être 
    609 simulée sur le '''elapstim_req''' demandé ! [[BR]] 
     607Avant de lancer votre simulation il vous reste une dernière étape : vous devez définir la variable '''!PeriodNb''' dans  
     608votre Job. '''!PeriodNb''' peut être définie comme le nombre maximal de '''!PeriodLength''' (dans config.card) pouvant être 
     609simulée sur le '''elapstim_req''' demandé ! [[BR]] 
    610610exemple :  
    611611{{{ 
     
    617617[[BR]] 
    618618 
    619 ===== Temps d'execution du couplé IPSLCM5A ===== 
     619===== Temps d'execution du couplé IPSLCM5A ===== 
    620620 
    621621'''ORCA2xLMD9695-L39''' 
    622622 
    623 || machine || cpus || (1 mois)  temps CPU || (1 mois)  temps réel ||  10 ans temps réel || 
     623|| machine || cpus || (1 mois)  temps CPU || (1 mois)  temps réel ||  10 ans temps réel || 
    624624|| mercure SX8R || 4 || 3300 s || '''1000 s''' || 2 jours|| 
    625625|| mercure SX9 || 4 || 2000 s || '''680 s''' || 1 jour || 
     
    627627|| vargas IBM || 32 || || '''1100 s''' || 1,5 jours || 
    628628 
    629 En gras, ce qu'il faut utiliser pour l'entête du job. 
    630  
    631 ===== Exécution de la simulation ===== 
    632  
    633 '''Avant''' : Vérifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card. 
     629En gras, ce qu'il faut utiliser pour l'entête du job. 
     630 
     631===== Exécution de la simulation ===== 
     632 
     633'''Avant''' : Vérifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card. 
    634634 
    635635__Au CCRT__ 
     
    645645[[BR]] 
    646646 
    647 '''ATTENTION''': par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir [wiki:ModipslBeginner#Lespost-traitementsaveclibIGCM] 
     647'''ATTENTION''': par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir [wiki:ModipslBeginner#Lespost-traitementsaveclibIGCM] 
    648648 
    649649==== Le parallelisme et les fichiers Bands ==== 
    650 Les fichiers Bands sont des fichiers nécesaires à la parallélisation. Ils permettent d'optimiser la répartition des points de grilles sur les différents processeurs en fonction du code de calcul.  
     650Les fichiers Bands sont des fichiers nécesaires à la parallélisation. Ils permettent d'optimiser la répartition des points de grilles sur les différents processeurs en fonction du code de calcul.  
    651651 
    652652===== A retenir ===== 
    653653 
    654 Par défaut, le couplé IPSLCM5A, peut tourner sur un nombre quelconque de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card. 
    655  
    656 '''ATTENTION''' : Pour être certain d'obtenir les même résultats entre deux simulations il faut annuler l'ajustement et la création des fichiers Bands. Il faut utiliser pour les deux simulations le MÊME fichier Bands.  
     654Par défaut, le couplé IPSLCM5A, peut tourner sur un nombre quelconque de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card. 
     655 
     656'''ATTENTION''' : Pour être certain d'obtenir les même résultats entre deux simulations il faut annuler l'ajustement et la création des fichiers Bands. Il faut utiliser pour les deux simulations le MÊME fichier Bands.  
    657657 
    658658==== Cas particuliers LMDZ-ORCHIDEE et LMDZ-INCA ==== 
    659 ===== Répertoires d'expérience ===== 
    660  * Pour LMDZ4OR_v2 le répertoire d'expérience se nomme LMDZOR 
    661  * Pour LMDZINCA_v2 il y a un répertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC ....  
    662 Plus d'information sur les configs avec le modèle INCA [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki ICI] 
    663  
    664 ===== Création de l'état initial pour LMDZOR =====  
    665 Si vous n'avez pas de fichier d'états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le  
    666 cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un répertoire CREATE/ en plus de votre  
    667 répertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE. [[BR]] 
    668 Le répertoire '''CREATE/''' est composé de :  
     659===== Répertoires d'expérience ===== 
     660 * Pour LMDZ4OR_v2 le répertoire d'expérience se nomme LMDZOR 
     661 * Pour LMDZINCA_v2 il y a un répertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC ....  
     662Plus d'information sur les configs avec le modèle INCA [http://forge.ipsl.jussieu.fr/inca/wiki ICI] 
     663 
     664===== Création de l'état initial pour LMDZOR =====  
     665Si vous n'avez pas de fichier d'états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le  
     666cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un répertoire CREATE/ en plus de votre  
     667répertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE. [[BR]] 
     668Le répertoire '''CREATE/''' est composé de :  
    669669 * un fichier config.card 
    670670 * un fichier config.card_Interannuel 
    671  * un sous répertoire COMP/ 
    672  * un sous répertoire PARAM/ 
     671 * un sous répertoire COMP/ 
     672 * un sous répertoire PARAM/ 
    673673  
    674 L'utilisateur peut décider soit de créer un état initial pour un '''run climato''' c'est à dire qu'il utilisera pour chaque  
    675 année de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un '''run nudgé''' c'est à dire 
    676 qu'à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de 
    677 glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment procéder dans ces deux cas :  
     674L'utilisateur peut décider soit de créer un état initial pour un '''run climato''' c'est à dire qu'il utilisera pour chaque  
     675année de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un '''run nudgé''' c'est à dire 
     676qu'à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de 
     677glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment procéder dans ces deux cas :  
    678678[[BR]][[BR]] 
    679679 
     
    682682{{{ 
    683683cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/ 
    684 ls                                >>>> verification des fichiers dans le répertoire CREATE/ (cf ci-dessus)  
     684ls                                >>>> verification des fichiers dans le répertoire CREATE/ (cf ci-dessus)  
    685685cd ../../../util 
    686 ./ins_job                         >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le répertoire CREATE/ 
     686./ins_job                         >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le répertoire CREATE/ 
    687687cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE 
    688688ccc_msub Job_ELC-$RESOL              >>>> soumission du job tel quel  
    689689}}} 
    690 L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/''' 
     690L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/''' 
    691691{{{ 
    692692ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-LMD9671/ATM/Restart/ 
     
    694694}}} 
    695695 
    696 Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez vérifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card 
     696Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez vérifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card 
    697697renvoie bien vers ces fichiers  
    698698{{{ 
     
    708708 
    709709 * __RUN NUDGE__  
    710 Dans ce cas là vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour  
    711 les années 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6.  
     710Dans ce cas là vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour  
     711les années 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6.  
    712712{{{ 
    713713cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE 
     
    720720}}} 
    721721 
    722 L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/'''. Contrairement 
     722L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire '''$DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/'''. Contrairement 
    723723au cas climato vous obtenez 50 trios "start.nc, startphy.nc et limit.nc" 
    724724{{{ 
     
    728728ELI-LMD9671_20051230_limit.nc   ELI-LMD9671_20051230_start.nc   ELI-LMD9671_20051230_startphy.nc  
    729729}}} 
    730 Pour votre simulation vous devrez comme précédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais 
     730Pour votre simulation vous devrez comme précédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais 
    731731attention cette fois ci pour le fichier de conditions aux limites il faudra l'indiquer dans la section '''List''' et non pas 
    732732'''!ListNonDel''' de !BoundaryFiles.  
     
    741741  
    742742[[BR]] 
    743 __Remarque :__ Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de données que les données AMIP vous devez modifier 
     743__Remarque :__ Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de données que les données AMIP vous devez modifier 
    744744le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/lmdz.card 
    745745 
    746 ==== Passage d'une simulation couplée IPSLCM5A à une simulation forcée LMDZ4OR_v3 ==== 
    747  
    748 Vous avez fait tourner une simulation couplée IPSLCM5A et vous voulez faire tourner la simulation forcée LMDZOR4_v3 équivalente. 
    749 Voici les différentes étapes : 
    750  
    751 1) Extraire la configuration forcée LMDZ4OR_v3 dans le répertoire modipsl/config ou se trouve le repertoire IPSLCM5A : 
     746==== Passage d'une simulation couplée IPSLCM5A à une simulation forcée LMDZ4OR_v3 ==== 
     747 
     748Vous avez fait tourner une simulation couplée IPSLCM5A et vous voulez faire tourner la simulation forcée LMDZOR4_v3 équivalente. 
     749Voici les différentes étapes : 
     750 
     7511) Extraire la configuration forcée LMDZ4OR_v3 dans le répertoire modipsl/config ou se trouve le repertoire IPSLCM5A : 
    752752{{{ 
    753753>cd modipsl/config 
     
    757757}}} 
    758758 
    759 2) Modifier le fichier LMDZ4OR_v3/LMDZOR/config.card en fonction de la simulation à lancer (Nom, Dates,...) 
    760  
    761 3) Créer les jobs de la nouvelle configuration LMDZ4OR_v3 
     7592) Modifier le fichier LMDZ4OR_v3/LMDZOR/config.card en fonction de la simulation à lancer (Nom, Dates,...) 
     760 
     7613) Créer les jobs de la nouvelle configuration LMDZ4OR_v3 
    762762{{{ 
    763763>cd modipsl/util 
     
    765765}}} 
    766766 
    767 4) Si vous ne l'avez jamais fait, créer le fichier de conditions aux limites (voir [wiki:ModipslBeginner#CréationdelétatinitialpourLMDZOR là]). 
    768 Attention, pour avoir le même trait de côtes que dans la simulation couplée, il est necessaire d'utiliser pour la création des conditions aux limites le fichier o2a.nc utilisé par la simulation couplée. 
     7674) Si vous ne l'avez jamais fait, créer le fichier de conditions aux limites (voir [wiki:ModipslBeginner#CréationdelétatinitialpourLMDZOR là]). 
     768Attention, pour avoir le même trait de côtes que dans la simulation couplée, il est necessaire d'utiliser pour la création des conditions aux limites le fichier o2a.nc utilisé par la simulation couplée. 
    769769Pour cela, ajouter le path du fichier o2a.nc dans CREATE/COMP/lmdz.card en lieu et place du commentaire. Par exemple : 
    770770{{{ 
     
    772772}}} 
    773773 
    774 5) Indiquer la résolution de la composante LMDZOR (qui correspond à la résolution de la simulation couplée).  
     7745) Indiquer la résolution de la composante LMDZOR (qui correspond à la résolution de la simulation couplée).  
    775775{{{ 
    776776>cd modipsl/config/LMDZ4OR_v3 
     
    791791[[BR]] 
    792792 
    793 ==== Comment désactiver STOMATE dans le couplé IPSLCM5A? ==== 
    794 Attention! Il n'y a pas eu validation scientifique des résultats. Pour désactiver stomate dans le couplé IPSLCM5A, il faut : 
     793==== Comment désactiver STOMATE dans le couplé IPSLCM5A? ==== 
     794Attention! Il n'y a pas eu validation scientifique des résultats. Pour désactiver stomate dans le couplé IPSLCM5A, il faut : 
    795795 * supprimer la composante SBG dans le fichier config.card : 
    796796 {{{ 
     
    802802+ListNonDel= (${R_BC}/SRF/${config_UserChoices_TagName}/lai2D.nc, .) 
    803803}}} 
    804  * dans PARAM/orchidee.def, ajouter le paramètre pour demander la lecture du fichier LAI_MAP : 
     804 * dans PARAM/orchidee.def, ajouter le paramètre pour demander la lecture du fichier LAI_MAP : 
    805805 {{{ 
    806806+# Read a LAI map (12 monthly values) 
     
    810810 
    811811=== Etat de la simulation en cours === 
    812 La variable !PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation :  
     812La variable !PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation :  
    813813{{{ 
    814814Start ou OnQueue : run en attente 
    815 Running : run en cours d'exécution 
     815Running : run en cours d'exécution 
    816816Completed : run fini correctement 
    817817Fatal : run fini avec un plantage 
     
    821821[[BR]] 
    822822=== Fin de simulation === 
    823 Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience:  
     823Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience:  
    824824 - run.card 
    825825 - Script_Output_JobName 
    826 Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier :  
     826Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier :  
    827827 - !JobName_date_out_run_file_error qui contient le journal de sortie de votre simulation 
    828 Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState  
     828Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable !PeriodState  
    829829qui vous renseigne  
    830830{{{ 
    831831PeriodState= Completed ( = simulation bien finie)  
    832 PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation)  
    833 }}} 
    834 Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant :  
     832PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation)  
     833}}} 
     834Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant :  
    835835{{{ 
    836836$DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_  
    837 Avec les sous répertoires suivant :  
     837Avec les sous répertoires suivant :  
    838838ATM CPL ICE OCE SRF SBG Out Exe  
    839839MOD = Restart et Output de la composante (ATM, ICE...)  
    840840Out = journaux de sorties du run  
    841 Exe = exécutables utilisés pour le run 
    842 }}} 
    843 Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lancés et exécutés sur les frontales. En savoir plus sur les post-traitements : [wiki:PostTraitementLibIGCM] 
     841Exe = exécutables utilisés pour le run 
     842}}} 
     843Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lancés et exécutés sur les frontales. En savoir plus sur les post-traitements : [wiki:PostTraitementLibIGCM] 
    844844[[BR]] 
    845845[[BR]] 
    846846  
    847847==== Comment lire le fichier !ScriptOutput ==== 
    848 A la fin de chaque période de simulation un fichier Script_Output correspondant est créé. Ces fichiers comportent trois parties :  
     848A la fin de chaque période de simulation un fichier Script_Output correspondant est créé. Ces fichiers comportent trois parties :  
    849849 * copies des fichiers d'input 
    850  * exécution  
     850 * exécution  
    851851 * copies des fichiers d'output 
    852 Ces trois parties sont délimités ainsi :  
     852Ces trois parties sont délimités ainsi :  
    853853{{{ 
    854854####################################### 
     
    856856####################################### 
    857857 
    858  1ère partie 
     858 1ère partie 
    859859 
    860860####################################### 
     
    862862####################################### 
    863863 
    864  2ème partie 
     864 2ème partie 
    865865 
    866866####################################### 
     
    868868####################################### 
    869869 
    870  3ème partie 
    871  
    872 }}} 
    873 Si à la fin de votre simulation le fichier [wiki:ModipslBeginner#Findesimulation run.card] indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output.  
     870 3ème partie 
     871 
     872}}} 
     873Si à la fin de votre simulation le fichier [wiki:ModipslBeginner#Findesimulation run.card] indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output.  
    874874Il y a plusieurs solutions :  
    875  * si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacé un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.  
    876  * si le fichier s'arrête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU 
    877  * si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'exécution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs.  
    878 Si le message suivant apparaît dans la deuxième partie du fichier, c'est qu'il y a un problème lors de l'exécution. 
     875 * si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacé un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.  
     876 * si le fichier s'arrête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU 
     877 * si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'exécution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs.  
     878Si le message suivant apparaît dans la deuxième partie du fichier, c'est qu'il y a un problème lors de l'exécution. 
    879879{{{ 
    880880======================================================================== 
     
    898898}}} 
    899899Il y a alors deux solutions : 
    900  * dans 90% des cas  c'est que le problème s'est produit lors de la copie des outputs.  
    901  * dans les 10% restant c'est que vous êtes passé par un garde fou du modèle et que celui-ci s'est fini proprement mais avant  
    902 la fin de la simulation. Dans ce cas là si votre modèle propose un journal de sortie autre que celui de la simulation il faut le consulter.  
    903 Par exemple, le fichier de sortie de l'océan est stocké sur le serveur de fichiers sous ce nom là : 
     900 * dans 90% des cas  c'est que le problème s'est produit lors de la copie des outputs.  
     901 * dans les 10% restant c'est que vous êtes passé par un garde fou du modèle et que celui-ci s'est fini proprement mais avant  
     902la fin de la simulation. Dans ce cas là si votre modèle propose un journal de sortie autre que celui de la simulation il faut le consulter.  
     903Par exemple, le fichier de sortie de l'océan est stocké sur le serveur de fichiers sous ce nom là : 
    904904{{{ 
    905905IGCM_sys_Put_Out : ocean.output xxxxxxxx/OCE/Debug/xxxxxxxx_ocean.output 
    906906}}} 
    907 Sinon (par exemple pour LMDZ ou INCA) votre journal de sortie est confondu avec celui de la simulation et celui-ci n'a pas eu le temps d'être 
    908 copié sur l'espace de stockage (explication [wiki:ModipslBeginner#Commentsontstockéslesfichiersdesortiesdumodèle ICI]). Si votre simulation a tourné  
    909 sur le $SCRATCHDIR vous pouvez le récupérer là, sinon vous devez relancer votre simulation sur le $SCRATCHDIR  
    910 (par défaut elle est sur le $TMPDIR). Pour cette opération il faut modifier la variable RUN_DIR_PATH voir [wiki:ModipslBeginner#Créationdujob ICI].  
    911 [[BR]] 
    912 [[BR]] 
    913 ==== Comment sont stockés les fichiers de sorties du modèle ==== 
    914 Les sorties de la simulation sont stockées sur le disque de stockage de la machine. Le DMFDIR pour le CCRT, et GAYA pour l'IDRIS. [[BR]] 
    915 libIGCM permet de créer une architecture de stockage commune à toutes les configurations de modèles : IGCM_OUT. Cette architecture est ordonnancée 
    916 de la manière suivante :  
     907Sinon (par exemple pour LMDZ ou INCA) votre journal de sortie est confondu avec celui de la simulation et celui-ci n'a pas eu le temps d'être 
     908copié sur l'espace de stockage (explication [wiki:ModipslBeginner#Commentsontstockéslesfichiersdesortiesdumodèle ICI]). Si votre simulation a tourné  
     909sur le $SCRATCHDIR vous pouvez le récupérer là, sinon vous devez relancer votre simulation sur le $SCRATCHDIR  
     910(par défaut elle est sur le $TMPDIR). Pour cette opération il faut modifier la variable RUN_DIR_PATH voir [wiki:ModipslBeginner#Créationdujob ICI].  
     911[[BR]] 
     912[[BR]] 
     913==== Comment sont stockés les fichiers de sorties du modèle ==== 
     914Les sorties de la simulation sont stockées sur le disque de stockage de la machine. Le DMFDIR pour le CCRT, et GAYA pour l'IDRIS. [[BR]] 
     915libIGCM permet de créer une architecture de stockage commune à toutes les configurations de modèles : IGCM_OUT. Cette architecture est ordonnancée 
     916de la manière suivante :  
    917917{{{ 
    918918IGCM_OUT/nom_config/nom_experience/repertoires_composantes/ 
    919919 
    920 Exemple pour le modèle couplé IPSLCM5A : 
     920Exemple pour le modèle couplé IPSLCM5A : 
    921921IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MonExp/ 
    922922       - ATM/ 
     
    927927       - CPL/ 
    928928}}}  
    929 Chaque répertoire de composante contient lui-même deux sous-répertoires : Restart/ et Output/ qui comme leurs noms l'indiquent contiennent pour l'un les fichiers 
    930 de restart et pour l'autre les fichiers d'output de la simulation. En plus de ces deux répertoires il y en a un troisième Debug/ qui contient éventuellement les  
    931 fichiers textes liés à la simulations (*.def, fichier Bands ...) [[BR]] 
    932 A noter : le répertoire Analyse contient les fichiers issus des post-traitements (Time Series : TS_MO ou TS_DA, moyennes saisonnières SE).[[BR]] 
    933 En plus de ces répertoires propres aux composantes il y a deux répertoires Exe/ et Out/ contenant pour le premier les copies des exécutables de la simulation, et pour  
     929Chaque répertoire de composante contient lui-même deux sous-répertoires : Restart/ et Output/ qui comme leurs noms l'indiquent contiennent pour l'un les fichiers 
     930de restart et pour l'autre les fichiers d'output de la simulation. En plus de ces deux répertoires il y en a un troisième Debug/ qui contient éventuellement les  
     931fichiers textes liés à la simulations (*.def, fichier Bands ...) [[BR]] 
     932A noter : le répertoire Analyse contient les fichiers issus des post-traitements (Time Series : TS_MO ou TS_DA, moyennes saisonnières SE).[[BR]] 
     933En plus de ces répertoires propres aux composantes il y a deux répertoires Exe/ et Out/ contenant pour le premier les copies des exécutables de la simulation, et pour  
    934934le second une copie des journaux de sorties de la simulation.  
    935935 
     
    939939==== Quels fichiers de sorties sont produits? ==== 
    940940 
    941 Dans config.card, vous pouvez gérer la fréquence de sorties de vos fichiers. 
    942 Par défaut vous avez : 
    943  * pour l'atmosphère : 
     941Dans config.card, vous pouvez gérer la fréquence de sorties de vos fichiers. 
     942Par défaut vous avez : 
     943 * pour l'atmosphère : 
    944944{{{  
    945945[ATM] 
    946946WriteFrequency="1M 1D HF" 
    947947}}} 
    948 c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans ATM/Ouput/MO, des fichiers journaliers rangés par mois (28,30 ou 31 valeurs) dans ATM/Output/DA et des fichiers haute fréquence (4 valeurs par jour) rangés dans ATM/Ouput/HF. 
    949  * pour l'océan et le coupleur :  
     948c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans ATM/Ouput/MO, des fichiers journaliers rangés par mois (28,30 ou 31 valeurs) dans ATM/Output/DA et des fichiers haute fréquence (4 valeurs par jour) rangés dans ATM/Ouput/HF. 
     949 * pour l'océan et le coupleur :  
    950950{{{  
    951951[OCE] 
    952952WriteFrequency="1M 1D" 
    953953}}} 
    954 c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans OCE/Ouput/MO (CPL/Output/MO) et des fichiers journaliers rangés par mois (28, 30 ou 31 valeurs) dans OCE/Output/DA (CPL/Output/DA) 
    955  * pour la glace de mer, les surfaces continentales et la biogéochimie continentale : 
     954c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans OCE/Ouput/MO (CPL/Output/MO) et des fichiers journaliers rangés par mois (28, 30 ou 31 valeurs) dans OCE/Output/DA (CPL/Output/DA) 
     955 * pour la glace de mer, les surfaces continentales et la biogéochimie continentale : 
    956956{{{ 
    957957WriteFrequency="1M" 
    958958}}} 
    959 c'est à dire des fichiers mensuels rangés dans ICE/Ouput/MO, SRF/Output/MO et SBG/Output/MO 
     959c'est à dire des fichiers mensuels rangés dans ICE/Ouput/MO, SRF/Output/MO et SBG/Output/MO 
    960960 
    961961Que peut-on demander ? 
    962  * Vous pouvez enlever une fréquence que vous ne souhaitez pas : HF pour ATM par exemple. 
    963  * Pour ajouter une fréquence, il faut rajouter le fichier généré dans le fichier COMP.card, rajouter le traitement des paramètres de gestion de cette fréquence dans COMP.driver. 
    964  * Pour modifier le niveau de sorties de LMDZ, les paramètres lev_histf sont à modifier dans le fichier PARAM/physiq.def_L39 (ou _L19 si vous êtes avec 19 niveaux). Par défaut :  
     962 * Vous pouvez enlever une fréquence que vous ne souhaitez pas : HF pour ATM par exemple. 
     963 * Pour ajouter une fréquence, il faut rajouter le fichier généré dans le fichier COMP.card, rajouter le traitement des paramètres de gestion de cette fréquence dans COMP.driver. 
     964 * Pour modifier le niveau de sorties de LMDZ, les paramètres lev_histf sont à modifier dans le fichier PARAM/physiq.def_L39 (ou _L19 si vous êtes avec 19 niveaux). Par défaut :  
    965965   * lev_histhf=2 
    966966   * lev_histday=2 
     
    969969   * A faire dans la partie 2 : output files definition pour supprimer des variables.  
    970970   * A faire dans la partie 2 pour ajouter des variables  
    971     * suffisant pour des variables déjà décrites dans la partie 1 : definition of all existing variables 
     971    * suffisant pour des variables déjà décrites dans la partie 1 : definition of all existing variables 
    972972    * en modifiant  le code NEMO sinon. 
    973  * Pour modifier le niveau de sortie d'Orchidee, les paramètres SECHIBA_HISTLEVEL et STOMATE_HISTLEVEL sont à modifier dans PARAM/orchidee.def. Par défaut : 
     973 * Pour modifier le niveau de sortie d'Orchidee, les paramètres SECHIBA_HISTLEVEL et STOMATE_HISTLEVEL sont à modifier dans PARAM/orchidee.def. Par défaut : 
    974974  * SECHIBA_HISTLEVEL = 5 
    975975  * STOMATE_HISTLEVEL=10 
    976976 
    977977==== Comment regarder les fichiers sur dods ==== 
    978  * A l'IDRIS, il faut aller sur le web à l'adresse : http://dodsp.idris.fr/ et choisir son login, sa configuration, sa simulation puis enfin la composante (Output ou Analyse) ou les atlas ou encore le monitoring. 
    979  * Au CCRT, il faut aller sur le web à l'adresse : http://dods.extra.cea.fr/data/ et choisir son login, da configuration, sa simulation... 
    980  * Une fois trouvé un fichier netcdf (suffixe .nc), on peut le récupérer en clickant dessus ou l'analyser avec les fonctionalités DODS. Pour cela il faut à son adresse ajouter cgi-bin/nph-dods juste avant son login. Plus d'informations là : http://dods.ipsl.jussieu.fr/ 
     978 * A l'IDRIS, il faut aller sur le web à l'adresse : http://dodsp.idris.fr/ et choisir son login, sa configuration, sa simulation puis enfin la composante (Output ou Analyse) ou les atlas ou encore le monitoring. 
     979 * Au CCRT, il faut aller sur le web à l'adresse : http://dods.extra.cea.fr/data/ et choisir son login, da configuration, sa simulation... 
     980 * Une fois trouvé un fichier netcdf (suffixe .nc), on peut le récupérer en clickant dessus ou l'analyser avec les fonctionalités DODS. Pour cela il faut à son adresse ajouter cgi-bin/nph-dods juste avant son login. Plus d'informations là : http://dods.ipsl.jussieu.fr/ 
    981981 
    982982 
    983983=== Execution === 
     984==== Comment lancer un run guidé (nudge) ? ==== 
     985Ce paragraphe s'applique aux configurations contenant LMDZ 
     986 1. Il faut ajouter un fichier guide.def dans le répertoire PARAM/ de votre répertoire d'expériences 
     987 
     988{{{ 
     989Type de fichier guide.def : 
     990guide_u= y 
     991guide_v= y 
     992guide_T= n 
     993guide_P= n 
     994guide_Q= n 
     995ini_anal=.true. 
     996tau_min_u=0.0208333 
     997tau_max_u=0.1 
     998tau_min_v=0.0208333 
     999tau_max_v=0.1 
     1000tau_min_T=0.0208333 
     1001tau_max_T=10 
     1002}}} 
     1003 2. Il faut modifier le fichier PARAM/run.def pour lui indiquer de prendre en compte guide.def 
     1004 
     1005{{{ 
     1006Ajoutez la ligne : 
     1007INCLUDEDEF=guide.def 
     1008}}} 
     1009 3. Il faut modifier la variable ok_guide dans le fichier PARAM/gcm.def 
     1010 4. Dans COMP/lmdz.card : 
     1011  a. Vous devez indiquer les path des fichiers de vents avec lesquels vous souhaitez guider votre modèle 
     1012{{{ 
     1013[BoundaryFiles] 
     1014List= ....\ 
     1015      (/dmnfs/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/u_ecmwf_${year}${month}.nc, u.nc)\ 
     1016      (/dmnfs/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/v_ecmwf_${year}${month}.nc, v.nc)\ 
     1017}}} 
     1018  b. indiquer dans la liste [!ParametersFiles] le fichier guide.def 
     1019 
     1020{{{ 
     1021[ParametersFiles] 
     1022List= ....\ 
     1023      (${SUBMIT_DIR}/PARAM/guide.def,.) 
     1024}}} 
     1025 5. Vous devez indiquer dans config.card le bon calendrier (leap pour prendre en compte les années bisextiles ou noleap pour ne pas en tenir compte) 
     1026 
    9841027==== Relancer une simulation ==== 
    985  1. Pour repartir du début, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card.  
    986  2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_ 
    987  3. Si vous aviez changé la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir.  
     1028 1. Pour repartir du début, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card.  
     1029 2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_ 
     1030 3. Si vous aviez changé la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir.  
    9881031 4. Relancer le job 
    9891032[[BR]] 
     
    9931036Dans le fichier config.card modifiez la date de fin de simulation 
    9941037Dans le fichier run.card vous devez :  
    995  * vérifier que les variables !PeriodDateBegin et !PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation (ex: si vous venez de finir le mois de mai 2000 vous devez avoir !PeriodDateBegin= 20000601 et !PeriodDateEnd= 2000630)  
     1038 * vérifier que les variables !PeriodDateBegin et !PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation (ex: si vous venez de finir le mois de mai 2000 vous devez avoir !PeriodDateBegin= 20000601 et !PeriodDateEnd= 2000630)  
    9961039 * indiquer !PeriodState = !OnQueue 
    997  * Dans le Job vous devez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Output existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.0001, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.!CumulPeriod (vous trouverez !CumulPeriod dans run.card)  
    998  * si jamais vous êtes dans le cas ou votre simulation s'est arrêtée au milieu d'un mois et vous la relancez, il faut effacer les fichiers créés pour ce mois là dans vos archives ($DMFDIR/IGCM_OUT/etc...). Vous pouvez utiliser le script modipsl/libIGCM/clean_month.job pour cela. Mode d'emploi : 
     1040 * Dans le Job vous devez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Output existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.0001, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.!CumulPeriod (vous trouverez !CumulPeriod dans run.card)  
     1041 * si jamais vous êtes dans le cas ou votre simulation s'est arrêtée au milieu d'un mois et vous la relancez, il faut effacer les fichiers créés pour ce mois là dans vos archives ($DMFDIR/IGCM_OUT/etc...). Vous pouvez utiliser le script modipsl/libIGCM/clean_month.job pour cela. Mode d'emploi : 
    9991042 {{{ 
    10001043 cd $SUBMIT_DIR (ie modipsl/config/IPSLCM5A/EXP00) 
     
    10041047}}} 
    10051048 
    1006 ==== Comment préparer une autre expérience ? ==== 
    1007 Pour cela il suffit de recopier le répertoire EXP00, dans son ensemble, dans un autre répertoire.[[BR]] 
    1008 Par commodité on appellera ce répertoire du même nom que l'expérience (!JobName dans config.card). 
     1049==== Comment préparer une autre expérience ? ==== 
     1050Pour cela il suffit de recopier le répertoire EXP00, dans son ensemble, dans un autre répertoire.[[BR]] 
     1051Par commodité on appellera ce répertoire du même nom que l'expérience (!JobName dans config.card). 
    10091052 
    10101053{{{ 
     
    10121055cp -pr EXP00 MONEXP 
    10131056cd MONEXP 
    1014 rm -f run.card Sc* Jo* # nécessaire si une simu a déjà tourné dans le répertoire EXP00 
     1057rm -f run.card Sc* Jo* # nécessaire si une simu a déjà tourné dans le répertoire EXP00 
    10151058vi config.card # Changer ce qu'on veut et en particulier JobName 
    1016 ../../util/ins_job # installera un nouveau Job_MONEXP et dira qu'il ne peut pas réinstaller les jobs de post-traitements qui existent déjà. Pas grave. 
    1017 }}} 
    1018  
    1019 ATTENTION : si vous modifiez vos codes et recompilez durant une simulation c'est ce nouvel exécutable qui sera pris en compte pour la fin de la simulation  
    1020  
    1021 ==== Démarrer depuis une autre simulation  ====  
    1022  
    1023 Dans le fichier config.card vous devez préciser en plus les différents paramètres de la section Restarts : 
     1059../../util/ins_job # installera un nouveau Job_MONEXP et dira qu'il ne peut pas réinstaller les jobs de post-traitements qui existent déjà. Pas grave. 
     1060}}} 
     1061 
     1062ATTENTION : si vous modifiez vos codes et recompilez durant une simulation c'est ce nouvel exécutable qui sera pris en compte pour la fin de la simulation  
     1063 
     1064==== Démarrer depuis une autre simulation  ====  
     1065 
     1066Dans le fichier config.card vous devez préciser en plus les différents paramètres de la section Restarts : 
    10241067{{{ 
    10251068#======================================================================== 
     
    10361079}}} 
    10371080[[BR]] 
    1038 Si la simulation a été faite par une autre personne, vous devez bien préciser le répertoire : 
     1081Si la simulation a été faite par une autre personne, vous devez bien préciser le répertoire : 
    10391082{{{ 
    10401083RestartPath=/u/rech/lab/plabxxx/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl # ou /dmnfs/contxxx/login/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl 
    10411084}}} 
    10421085[[BR]] 
    1043 Pour avoir exactement les mêmes résultats, il faut prendre le même fichier Bands. Cela se précise dans COMP/lmdz.card avec les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 
     1086Pour avoir exactement les mêmes résultats, il faut prendre le même fichier Bands. Cela se précise dans COMP/lmdz.card avec les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 
    10441087{{{ 
    10451088LMDZ_NbPeriod_adjust=0 
     
    10471090LMDZ_Bands_file_name=${ARCHIVE}/IGCM_OUT/IPSLCM5/CEPRO0/ATM/Debug/CEPRO0_Bands_96x95x39_3prc.dat_3 
    10481091}}} 
    1049 '''A noter''' : vous pouvez séparer les paramètres de redémarrage par composantes. Laisser !OverRule=n et utiliser alors les différents paramètres Restart, !RestartDate, !RestartJobName et !RestartPath pour chaque composante (section). Par exemple pour l'atmosphère : 
     1092'''A noter''' : vous pouvez séparer les paramètres de redémarrage par composantes. Laisser !OverRule=n et utiliser alors les différents paramètres Restart, !RestartDate, !RestartJobName et !RestartPath pour chaque composante (section). Par exemple pour l'atmosphère : 
    10501093{{{ 
    10511094#D-- ATM - 
     
    10631106[[BR]] 
    10641107 
    1065 ==== Comment repérer qu'il manque un fichier dans les sorties, comment repérer que les tailles de fichiers ne sont pas identiques pour tous les mois des différentes années ? ==== 
    1066  
    1067 Depuis le 19 janvier 2011, le script check_expe_files_size.sh disponible dans le répertoire libIGCM/libIGCM_post ou là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post/check_expe_files_size.sh  check_expe_files_size.sh] permet de repérer les trous dans des séries de fichiers rangés selon la nomenclature IPSL. 
     1108==== Comment repérer qu'il manque un fichier dans les sorties, comment repérer que les tailles de fichiers ne sont pas identiques pour tous les mois des différentes années ? ==== 
     1109 
     1110Depuis le 19 janvier 2011, le script check_expe_files_size.sh disponible dans le répertoire libIGCM/libIGCM_post ou là : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post/check_expe_files_size.sh  check_expe_files_size.sh] permet de repérer les trous dans des séries de fichiers rangés selon la nomenclature IPSL. 
    10681111 
    10691112 Options :  
    1070  * L'option -Z permet d'étudier les tailles des fichiers et de repérer si les tailles des mois de janvier (février, ...) sont différentes entre les années. Fonctionne aussi avec les années bissextiles. Attention au temps d'execution qui dépasse largement 10 mn dans ce cas. 
    1071  * L'option -I xxxx, permet d'arrêter la vérification des noms à cette année là. Utile dans le cas d'une simulation en route avec des rebuild non faits. 
     1113 * L'option -Z permet d'étudier les tailles des fichiers et de repérer si les tailles des mois de janvier (février, ...) sont différentes entre les années. Fonctionne aussi avec les années bissextiles. Attention au temps d'execution qui dépasse largement 10 mn dans ce cas. 
     1114 * L'option -I xxxx, permet d'arrêter la vérification des noms à cette année là. Utile dans le cas d'une simulation en route avec des rebuild non faits. 
    10721115 * L'option -R permet de parcourir l'arborescence. 
    10731116 
    1074  Machines testées : CCRT (répertoire $DMFDIR) et IDRIS (gaya directement) 
     1117 Machines testées : CCRT (répertoire $DMFDIR) et IDRIS (gaya directement) 
    10751118 
    10761119Exemples d'utilisation : 
     
    11111154==== Comment boucher un trou cad relancer une simulation pour refaire les fichiers d'un mois complet? ==== 
    11121155 
    1113 Saperlipopette, j'ai perdu un fichier! Il s'agit du mois d'octobre 1932 de la simulation ARGENT. Que dois-je faire pour le recréer? 
    1114  
    1115 Pour boucher un trou, il faut refaire exactement la même simulation, c'est à dire : 
     1156Saperlipopette, j'ai perdu un fichier! Il s'agit du mois d'octobre 1932 de la simulation ARGENT. Que dois-je faire pour le recréer? 
     1157 
     1158Pour boucher un trou, il faut refaire exactement la même simulation, c'est à dire : 
    11161159 * sur le serveur de fichiers :  
    1117    * supprimer (ou mettre de côté) les autres fichiers du même mois. Utiliser le suffixe 19321031 (ou bien 19321030 si vous êtes en calendrier 360d) pour avoir aussi les fichiers de type Restart. 
     1160   * supprimer (ou mettre de côté) les autres fichiers du même mois. Utiliser le suffixe 19321031 (ou bien 19321030 si vous êtes en calendrier 360d) pour avoir aussi les fichiers de type Restart. 
    11181161{{{ 
    11191162cd IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/ARGENT 
     
    11211164}}} 
    11221165 * sur la machine de calcul : 
    1123    * créer un repertoire dédié spécial : {{{ cp -pr ARGENT ARGENTREDO }}} 
    1124    * dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 
     1166   * créer un repertoire dédié spécial : {{{ cp -pr ARGENT ARGENTREDO }}} 
     1167   * dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 
    11251168{{{ 
    11261169OldPrefix= ARGENT_19320930 
    11271170PeriodDateBegin= 1932-10-01 
    11281171PeriodDateEnd= 1932-10-31 
    1129 CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT) 
     1172CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT) 
    11301173PeriodState= OnQueue 
    11311174}}} 
     
    11341177DateEnd= 1932-10-31 
    11351178}}} 
    1136    * vérifier que l'on prendra exactement le même fichier Bands.  
    1137       * Si c'est au delà de la 3ème itération pas de problème, c'est fait automatiquement. 
    1138       * Sinon, dans le fichier COMP/lmdz.card, modifier les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 
     1179   * vérifier que l'on prendra exactement le même fichier Bands.  
     1180      * Si c'est au delà de la 3ème itération pas de problème, c'est fait automatiquement. 
     1181      * Sinon, dans le fichier COMP/lmdz.card, modifier les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 
    11391182{{{ 
    11401183LMDZ_NbPeriod_adjust=0 
     
    11441187   * relancer la simulation : 
    11451188{{{ 
    1146 vi run.card # vérifier encore une fois 
    1147 vi Job_ARGENT # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie 
     1189vi run.card # vérifier encore une fois 
     1190vi Job_ARGENT # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie 
    11481191qsub Job_ARGENT  
    11491192}}} 
    11501193 
    1151 ==== Comment relancer une simulation à l'identique pour récupérer quelques fichiers de sortie disparus ?  ==== 
    1152  
    1153 Ceci est une variante de la question précédente. Elle permet de faire une autre simulation à l'identique mais à côté. Pas besoin de détruire les fichiers sur le serveur de fichiers, on recrée tous les fichiers du mois en question. 
     1194==== Comment relancer une simulation à l'identique pour récupérer quelques fichiers de sortie disparus ?  ==== 
     1195 
     1196Ceci est une variante de la question précédente. Elle permet de faire une autre simulation à l'identique mais à côté. Pas besoin de détruire les fichiers sur le serveur de fichiers, on recrée tous les fichiers du mois en question. 
    11541197 
    11551198Exemple : refaire tourner v3.historicalAnt1 car 3 fichiers ont disparu pour 19640930. 
    11561199 
    11571200Actions : 
    1158  * Sur le serveur de fichiers : créer les fichiers Restart, mesh_mask et Bands. 
     1201 * Sur le serveur de fichiers : créer les fichiers Restart, mesh_mask et Bands. 
    11591202{{{ 
    11601203## Directory 
     
    11841227}}} 
    11851228 * Sur la machine de calcul: 
    1186    * créer un repertoire dédié spécial : 
     1229   * créer un repertoire dédié spécial : 
    11871230{{{ 
    11881231cp -pr  v3.historicalAnt1 v3.historicalAnt1REDO 
    11891232}}} 
    1190    * dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 
     1233   * dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 
    11911234{{{ 
    11921235OldPrefix= v3.historicalAnt1REDO_19640831 
    11931236PeriodDateBegin= 1964-09-01 
    11941237PeriodDateEnd= 1964-09-30 
    1195 CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT) 
     1238CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT) 
    11961239PeriodState= OnQueue 
    11971240}}} 
    1198    * modifier le fichier config.card pour ne faire qu'un seul mois (ie qu'une seule Period), ne pas faire les Post-traitements et lancer rebuild à la fin du mois refait. 
     1241   * modifier le fichier config.card pour ne faire qu'un seul mois (ie qu'une seule Period), ne pas faire les Post-traitements et lancer rebuild à la fin du mois refait. 
    11991242{{{ 
    12001243JobName=v3.historicalAnt1REDO 
     
    12121255   * relancer la simulation : 
    12131256{{{ 
    1214 vi run.card # vérifier encore une fois 
     1257vi run.card # vérifier encore une fois 
    12151258mv Job_v3.historicalAnt1 Job_v3.historicalAnt1REDO 
    1216 vi Job_v3.historicalAnt1REDO # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie 
     1259vi Job_v3.historicalAnt1REDO # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie 
    12171260qsub Job_v3.historicalAnt1REDO  
    12181261}}} 
    1219   * une fois le job fini, vérifier que les solver.stat sont bien identiques : 
     1262  * une fois le job fini, vérifier que les solver.stat sont bien identiques : 
    12201263 {{{ 
    12211264sdiff  OCE/Debug/v3.historicalAnt1REDO_19640901_19640930_solver.stat /dmnfs11/cont003/p86maf/IGCM_OUT/IPSLCM5A/PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/OCE/Debug/v3.historicalAnt1_19640901_19640930_solver.stat 
     
    12241267==== Lancer IPSLCM5A sur la machine Titane (machine Xeon du CCRT) ==== 
    12251268 
    1226  * Etape préalable : assurez-vous que votre login est autorisé à tourner sur la machine titane à l'aide de la commande groups : 
     1269 * Etape préalable : assurez-vous que votre login est autorisé à tourner sur la machine titane à l'aide de la commande groups : 
    12271270{{{ 
    12281271mercure - /home/cont003/p86caub : groups 
     
    12301273Si ce n'est pas le cas, demandez l'autorisation au CCRT en passant par votre responsable de projet. 
    12311274 
    1232 Les étapes à faire sont les mêmes que pour tourner le modèle IPSLCM5A sur mercure, a ceci près : 
    1233  
    1234  * Avant la compilation ET l'exécution, il faut charger les modules nécessaires : 
     1275Les étapes à faire sont les mêmes que pour tourner le modèle IPSLCM5A sur mercure, a ceci près : 
     1276 
     1277 * Avant la compilation ET l'exécution, il faut charger les modules nécessaires : 
    12351278{{{ 
    12361279module load netcdf/3.6.3 
    12371280}}} 
    12381281 
    1239  * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM. Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM là]. 
    1240  
    1241  
    1242  * Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32. Par défaut, cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 30 CPUs alors que la composante océanique et le coupleur utiliseront chacun 1 CPU. 
     1282 * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM. Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM là]. 
     1283 
     1284 
     1285 * Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32. Par défaut, cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 30 CPUs alors que la composante océanique et le coupleur utiliseront chacun 1 CPU. 
    12431286 
    12441287{{{ 
     
    12461289}}} 
    12471290 
    1248  * La soumission du job se fait à l'aide de la commande ccc_msub 
     1291 * La soumission du job se fait à l'aide de la commande ccc_msub 
    12491292 
    12501293{{{ 
     
    12531296 
    12541297 * A noter, que les post-traitements s'effectueront sur la machine cesium. 
    1255 Rappel : Pour que cela marche il faut avoir créé des clés avec une '''passphrase vide''' pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. 
    1256 (Attention, si vous vous servez pour vos connexions de clés ssh déjà générées avec des passphrases non vides de ne pas les écraser.) 
    1257 [[BR]] 
    1258 Mémo : 
     1298Rappel : Pour que cela marche il faut avoir créé des clés avec une '''passphrase vide''' pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. 
     1299(Attention, si vous vous servez pour vos connexions de clés ssh déjà générées avec des passphrases non vides de ne pas les écraser.) 
     1300[[BR]] 
     1301Mémo : 
    12591302{{{ 
    12601303 
     
    12731316}}} 
    12741317 
    1275  * Pour améliorer légerement les performances : 
    1276  
    1277 La configuration par défaut du modèle couplé à la résolution 96x95x39 est quasiment équilibrée, cad que le modèle d'atmosphère sur 30 CPUs est très légerement plus rapide que le modèle d'ocean sur 1 CPU. 
    1278 [[BR]] 
    1279 1 jour simulé par LMDZ sur 30 CPUs : 25s 
    1280 [[BR]] 
    1281 1 jour simulé par NEMO sur 1 CPU : 27s 
    1282 [[BR]] 
    1283 ce qui donne 1 mois simulé en 900s (par comparaison on a 1 mois simulé en 600s sur 4 CPUs SX9). 
    1284  
    1285  
    1286 On voit donc que c'est le modèle d'océan qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. En utilisant 2 process MPI pour l'océan on obtient : 
    1287 [[BR]] 
    1288 1 jour simulé par LMDZ sur 29 CPUs : 25s 
    1289 [[BR]] 
    1290 1 jour simulé par NEMO sur 2 CPU : 15s 
    1291 [[BR]] 
    1292 ce qui va donner 1 mois simulé en 840s. 
    1293  
    1294 On voit donc que désormais, c'est le modèle d'atmosphère qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. Mais à cette résolution là, il n'est pas possible d'utiliser plus de process pour LMDZ en parallélisation MPI seule (limite à 3 bandes de latitudes par process MPI). 
    1295  
    1296 La configuration idéale est donc : 29 CPUs ATM, 2 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis (lorsque PISCES n'est pas activé). 
    1297 Si PISCES est activé (c'est le cas avec IPSLCM5A CMIP5) la configuration ideale est : 26 CPUs ATM, 5 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis 
    1298 Pour activer cette configuration-là, deux étapes sont nécessaires : 
     1318 * Pour améliorer légerement les performances : 
     1319 
     1320La configuration par défaut du modèle couplé à la résolution 96x95x39 est quasiment équilibrée, cad que le modèle d'atmosphère sur 30 CPUs est très légerement plus rapide que le modèle d'ocean sur 1 CPU. 
     1321[[BR]] 
     13221 jour simulé par LMDZ sur 30 CPUs : 25s 
     1323[[BR]] 
     13241 jour simulé par NEMO sur 1 CPU : 27s 
     1325[[BR]] 
     1326ce qui donne 1 mois simulé en 900s (par comparaison on a 1 mois simulé en 600s sur 4 CPUs SX9). 
     1327 
     1328 
     1329On voit donc que c'est le modèle d'océan qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. En utilisant 2 process MPI pour l'océan on obtient : 
     1330[[BR]] 
     13311 jour simulé par LMDZ sur 29 CPUs : 25s 
     1332[[BR]] 
     13331 jour simulé par NEMO sur 2 CPU : 15s 
     1334[[BR]] 
     1335ce qui va donner 1 mois simulé en 840s. 
     1336 
     1337On voit donc que désormais, c'est le modèle d'atmosphère qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. Mais à cette résolution là, il n'est pas possible d'utiliser plus de process pour LMDZ en parallélisation MPI seule (limite à 3 bandes de latitudes par process MPI). 
     1338 
     1339La configuration idéale est donc : 29 CPUs ATM, 2 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis (lorsque PISCES n'est pas activé). 
     1340Si PISCES est activé (c'est le cas avec IPSLCM5A CMIP5) la configuration ideale est : 26 CPUs ATM, 5 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis 
     1341Pour activer cette configuration-là, deux étapes sont nécessaires : 
    12991342 
    13001343    * Compilation :  
    1301      * Pour des raison de qualité (restartabilité NEMO), enlever les cles cpp suivantes pour la compilation : key_vectopt_loop key_vectopt_memory. Pour faire cela : 
     1344     * Pour des raison de qualité (restartabilité NEMO), enlever les cles cpp suivantes pour la compilation : key_vectopt_loop key_vectopt_memory. Pour faire cela : 
    13021345{{{ 
    13031346vi modipsl/config/IPSLCM5A/AA_make  
    1304 supprimer les cles cpp "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" de la varibale P_P à la ligne : 
     1347supprimer les cles cpp "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" de la varibale P_P à la ligne : 
    13051348 
    13061349orca2: ../../modeles/NEMO/WORK 
     
    13201363 
    13211364    * Execution 
    1322      * Cas particulier : si vous souhaitez faire utiliser à votre NEMO parallèle un restart généré par un NEMO mono-processeur, alors il faut forcer une resoumission (ccc_msub) apres le 1er run de la simulation. Pour cela : 
     1365     * Cas particulier : si vous souhaitez faire utiliser à votre NEMO parallèle un restart généré par un NEMO mono-processeur, alors il faut forcer une resoumission (ccc_msub) apres le 1er run de la simulation. Pour cela : 
    13231366      * mettre !PeriodNb=1 dans votre Job ; ccc_msub Job 
    13241367      * une fois le 1er run en machine, remettre !PeriodNb=48 
     
    13271370==== Lancer IPSLCM5A sur la machine Vargas (machine IBM de l'IDRIS) ==== 
    13281371 
    1329  * Accès au modèle :  
    1330   * Il faut avoir accès à subversion : {{{ module load svn }}} et à fcm : {{{ export PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin:$PATH }}} 
     1372 * Accès au modèle :  
     1373  * Il faut avoir accès à subversion : {{{ module load svn }}} et à fcm : {{{ export PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin:$PATH }}} 
    13311374 * Compilation : 
    1332   * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM : /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin . Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM là]. 
    1333   * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory"  dans config/IPSLCM5A/AA_make. Dans IPSLCM5A/AA_make.gdef (à faire avant ins_make) 
    1334   * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Fait pour l'execution mais à faire dans les sources de NEMO. 
     1375  * N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM : /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin . Plus d'infos [wiki:ModipslBeginner#FCM là]. 
     1376  * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory"  dans config/IPSLCM5A/AA_make. Dans IPSLCM5A/AA_make.gdef (à faire avant ins_make) 
     1377  * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Fait pour l'execution mais à faire dans les sources de NEMO. 
    13351378 {{{ 
    13361379vi modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31) 
     
    13391382      jpnij  = 5                       !: nb of local domain = nb of processors 
    13401383}}} 
    1341  * Exécution : 
    1342     * Repérer un état initial à utiliser. 
     1384 * Exécution : 
     1385    * Repérer un état initial à utiliser. 
    13431386  * Modifications dans config.card :  
    1344     * Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32.  
     1387    * Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable !JobNumProcTot à 32.  
    13451388 {{{ 
    13461389JobNumProcTot=32 
    13471390}}} 
    1348     * Attention! create_etat0_limit ne fonctionne pas actuellement sur vargas. Il est compilé en parallèle (pour gagner du temps) et l'executable tourne sur le nombre de procs demandé par le job : 32 (ou 16). Comme ce n'est pas prévu dans ce0l, il s'arrête. Il faut donc partir d'un état initial créé autrement : autre simulation, ce0l executé ailleurs, par exemple sur brodie. 
    1349    * Il faut également utiliser la commande adéquate de lancement. Décommenter la ligne suivante et supprimer l'ancienne valeur de !JobRunOptions dans config.card : 
     1391    * Attention! create_etat0_limit ne fonctionne pas actuellement sur vargas. Il est compilé en parallèle (pour gagner du temps) et l'executable tourne sur le nombre de procs demandé par le job : 32 (ou 16). Comme ce n'est pas prévu dans ce0l, il s'arrête. Il faut donc partir d'un état initial créé autrement : autre simulation, ce0l executé ailleurs, par exemple sur brodie. 
     1392   * Il faut également utiliser la commande adéquate de lancement. Décommenter la ligne suivante et supprimer l'ancienne valeur de !JobRunOptions dans config.card : 
    13501393 {{{ 
    13511394JobRunOptions='"-pgmmodel MPMD -cmdfile"' 
    13521395}}} 
    1353   * Attention! Préciser dans PARAM/run.def {{{ use_filtre_fft=n }}} 
    1354  * La soumission du job se fait à l'aide de la commande {{{llsubmit}}} et la suppression par {{{llcancel}}} 
     1396  * Attention! Préciser dans PARAM/run.def {{{ use_filtre_fft=n }}} 
     1397 * La soumission du job se fait à l'aide de la commande {{{llsubmit}}} et la suppression par {{{llcancel}}} 
    13551398 {{{ 
    13561399llsubmit Job_EXP00 
     
    13601403=== Les post-traitements avec libIGCM === 
    13611404 
    1362 Cette page donne quelques informations sur les post-traitements du couplé IPSLCM5A. 
    1363  
    1364 Les post-traitements sont des opérations systématiquement lancées en fin de simulation sur les frontales. Il s'agit des rebuild ou assemblage des fichiers créés par sous-domaines par les applications parallèles (LMDZ et ORCHIDEE dans le cas du couplé IPSLCM5A). Ils concernent également les fichiers concernés par des Patchs ou modifications systématiques avant stockage (axe des temps, masque terre/océan, ...). Il s'agit des séries temporelles (qui lancent les monitoring) et des moyennes saisonnières (qui lancent les atlas). 
    1365  
    1366 ==== Quels sont les paramètres de lancement des post-traitement? ==== 
    1367  
    1368 Dans le fichier [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/config.card config.card], les variables qui gèrent les post-traitements sont dans la section Post :: 
     1405Cette page donne quelques informations sur les post-traitements du couplé IPSLCM5A. 
     1406 
     1407Les post-traitements sont des opérations systématiquement lancées en fin de simulation sur les frontales. Il s'agit des rebuild ou assemblage des fichiers créés par sous-domaines par les applications parallèles (LMDZ et ORCHIDEE dans le cas du couplé IPSLCM5A). Ils concernent également les fichiers concernés par des Patchs ou modifications systématiques avant stockage (axe des temps, masque terre/océan, ...). Il s'agit des séries temporelles (qui lancent les monitoring) et des moyennes saisonnières (qui lancent les atlas). 
     1408 
     1409==== Quels sont les paramètres de lancement des post-traitement? ==== 
     1410 
     1411Dans le fichier [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/config.card config.card], les variables qui gèrent les post-traitements sont dans la section Post :: 
    13691412{{{ 
    1370141382      #D-- Post - 
     
    13861429}}} 
    13871430 
    1388  * !RebuildFrequency=1Y indique la fréquence de lancement des travaux REBUILDA. A noter: si !JobType=DEV, le paramètre est forcé la valeur de !PeriodLength. '''Attention''' : !RebuildFrequency n'accepte pas comme valeur des multiples de month (6M par exemple)  
    1389  * !RebuildFromArchive=true indique que les fichiers seront stockés dans leur état initial (par sous-domaine), sur la machine de stockage. Le job REBUILDA commencera par aller les chercher sur le serveur de fichiers, avant de les assembler (rebuild), de leur appliquer les Patchs demandés puis de les stocker dans le répertoire usuel COMP/Output/MO ou COMP/Output/DA pour les fichiers mensuels ou journaliers de la composante COMP (OCE, ICE, ATM, SRF, ...). A noter c'est lui qui enchaine les autres post-traitements lancés par les jobs create_ts.job et create_se.job 
    1390  * !TimeSeriesFrequency=10Y Les séries temporelles seront lancées tous les 10 ans. 
    1391  * !SeasonalFrequency=10Y Les moyennes saisonnières (des mois de janvier, février,...) seront lancées tous les 10 ans. 
    1392  * !SeasonalFrequencyOffset=0 Les premières années seront sautées avant de commencer à calculer les moyennes saisonnières. 
    1393  
    1394 ==== Où tournent les post-traitements? ==== 
    1395 Les post-traitements tournent généralement sur les frontales des calculateurs. Il s'agit de travaux systématiques de traitement de fichiers qui n'ont pas leur place sur les calculateurs. Peu d'optimisation, peu de parallélisation massive, ... 
    1396 Sur chaque centre, les machines de calcul ont leur frontale privilégiée. 
     1431 * !RebuildFrequency=1Y indique la fréquence de lancement des travaux REBUILDA. A noter: si !JobType=DEV, le paramètre est forcé la valeur de !PeriodLength. '''Attention''' : !RebuildFrequency n'accepte pas comme valeur des multiples de month (6M par exemple)  
     1432 * !RebuildFromArchive=true indique que les fichiers seront stockés dans leur état initial (par sous-domaine), sur la machine de stockage. Le job REBUILDA commencera par aller les chercher sur le serveur de fichiers, avant de les assembler (rebuild), de leur appliquer les Patchs demandés puis de les stocker dans le répertoire usuel COMP/Output/MO ou COMP/Output/DA pour les fichiers mensuels ou journaliers de la composante COMP (OCE, ICE, ATM, SRF, ...). A noter c'est lui qui enchaine les autres post-traitements lancés par les jobs create_ts.job et create_se.job 
     1433 * !TimeSeriesFrequency=10Y Les séries temporelles seront lancées tous les 10 ans. 
     1434 * !SeasonalFrequency=10Y Les moyennes saisonnières (des mois de janvier, février,...) seront lancées tous les 10 ans. 
     1435 * !SeasonalFrequencyOffset=0 Les premières années seront sautées avant de commencer à calculer les moyennes saisonnières. 
     1436 
     1437==== Où tournent les post-traitements? ==== 
     1438Les post-traitements tournent généralement sur les frontales des calculateurs. Il s'agit de travaux systématiques de traitement de fichiers qui n'ont pas leur place sur les calculateurs. Peu d'optimisation, peu de parallélisation massive, ... 
     1439Sur chaque centre, les machines de calcul ont leur frontale privilégiée. 
    13971440|| Centre || Calculateur || Frontale || 
    13981441||  CCRT || mercure SX8 || frontale TX7 mercure || 
     
    14031446 
    14041447 
    1405 '''Attention''' pour le passage de mercureSX9 (ou mercureSX8) à Cesium il faut faire au préalable au moins une fois une connection ssh entre les deux machines.  
     1448'''Attention''' pour le passage de mercureSX9 (ou mercureSX8) à Cesium il faut faire au préalable au moins une fois une connection ssh entre les deux machines.  
    14061449{{{ 
    14071450ssh login@cesium.ccc.cea.fr 
    14081451}}} 
    14091452 
    1410 ==== Comment vérifier que les post-traitements sont bien passés? ==== 
    1411  
    1412  * sur ulam, les sorties des post-traitements sont là : $WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
    1413  * sur la frontale TX7, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
    1414  * sur cesium, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
    1415  * sur la frontale de platine, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
    1416  
    1417 On trouvera dans ces répertoires les fichiers de sorties des jobs : rebuild, ts, se, atlas. Sur cesium 2 fichiers standard error (.e)  et standard output (.o) par job. 
     1453==== Comment vérifier que les post-traitements sont bien passés? ==== 
     1454 
     1455 * sur ulam, les sorties des post-traitements sont là : $WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
     1456 * sur la frontale TX7, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
     1457 * sur cesium, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
     1458 * sur la frontale de platine, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation 
     1459 
     1460On trouvera dans ces répertoires les fichiers de sorties des jobs : rebuild, ts, se, atlas. Sur cesium 2 fichiers standard error (.e)  et standard output (.o) par job. 
    14181461  
    1419 A noter :  Les commandes de mise sur dods sont faites à la fin du job de monitoring ou à la fin de chaque atlas. 
     1462A noter :  Les commandes de mise sur dods sont faites à la fin du job de monitoring ou à la fin de chaque atlas. 
    14201463 
    14211464==== Qu'est-ce que rebuild? ==== 
    14221465 
    1423  * rebuild est un utilitaire qui permet de recombiner plusieurs fichiers créés par un programme parallèle (sous-domaines) en un seul.  
    1424  * rebuild est disponible avec IOIPSL. Voir http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/IOIPSL/trunk/tools (il est donc distribué avec les différentes configuration via modipsl)  
    1425  * rebuild est installé sur les frontales de l'IDRIS et du CCRT dans les comptes communs. Il est appelé automatiquement à la fréquence  !RebuildFrequency et représente la toute première étape des post-traitements. 
     1466 * rebuild est un utilitaire qui permet de recombiner plusieurs fichiers créés par un programme parallèle (sous-domaines) en un seul.  
     1467 * rebuild est disponible avec IOIPSL. Voir http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/IOIPSL/trunk/tools (il est donc distribué avec les différentes configuration via modipsl)  
     1468 * rebuild est installé sur les frontales de l'IDRIS et du CCRT dans les comptes communs. Il est appelé automatiquement à la fréquence  !RebuildFrequency et représente la toute première étape des post-traitements. 
    14261469 
    14271470==== Comment relancer les rebuild? ==== 
    14281471 
    1429 Pour relancer à partir des rebuild, il faut aller sur la frontale, dans le répertoire modipsl/libIGCM (l'original ou celui synchronisé dans ~MIRROR/xxxxxx/modipsl/libIGCM), modifier le job : rebuild_fromArchive.job en précisant les paramètres, le lancer sur la frontale. llsubmit sur ulam, ccc_msub sur cesium. Paramètres à modifier :  
     1472Pour relancer à partir des rebuild, il faut aller sur la frontale, dans le répertoire modipsl/libIGCM (l'original ou celui synchronisé dans ~MIRROR/xxxxxx/modipsl/libIGCM), modifier le job : rebuild_fromArchive.job en précisant les paramètres, le lancer sur la frontale. llsubmit sur ulam, ccc_msub sur cesium. Paramètres à modifier :  
    14301473 
    14311474{{{ 
     
    14381481}}} 
    14391482 
    1440 '''Attention : ''' avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).  
     1483'''Attention : ''' avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).  
    14411484 
    14421485==== Qu'est-ce qu'une Time Series? ==== 
    14431486 
    1444 Une Time Serie est un nouveau fichier, qui contient une seule variable sur toute la longueur d'une simulation (!ChunckJob2D = NONE) ou sur une période plus courte pour les variables 3D (!ChunckJob3D = 50Y) . Elles sont décrites dans les fichiers COMP/*.card derrière les paramètres !TimeSeriesVars2D et !TimeSeriesVars3D.  
     1487Une Time Serie est un nouveau fichier, qui contient une seule variable sur toute la longueur d'une simulation (!ChunckJob2D = NONE) ou sur une période plus courte pour les variables 3D (!ChunckJob3D = 50Y) . Elles sont décrites dans les fichiers COMP/*.card derrière les paramètres !TimeSeriesVars2D et !TimeSeriesVars3D.  
    14451488 
    14461489Exemple pour lmdz : 
     
    14591502}}} 
    14601503 
    1461  * Chaque fichier de sortie (section [!OutputFiles]) est associé à un post-traitement : Post_1M_histmth dans l'exemple.  
    1462  * post_1M_histmth est une section (débutant par "[Post_1M_histmth]") 
     1504 * Chaque fichier de sortie (section [!OutputFiles]) est associé à un post-traitement : Post_1M_histmth dans l'exemple.  
     1505 * post_1M_histmth est une section (débutant par "[Post_1M_histmth]") 
    14631506 * Cette section contient les variables : Patches= , !GatherWithInternal = , !TimeSeriesVars2D = , !ChunckJob2D , !TimeSeriesVars3D et !ChunckJob3D 
    1464  * Patches= (Patch_20091030_histcom_time_axis) Il s'agit du Patch qui sera appliqué sur le fichier avant son stockage sur le serveur de fichiers. Ils sont visibles au niveau de : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post libIGCM_post] On peut avoir plusieurs Patch appliqués l'un après l'autre.  
    1465  * !GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, time_counter, aire) Il s'agit des variables qui sont extraites du fichier initial et rangées avec la variable de la Time Serie. 
    1466  
    1467 Les Time Series sont rangées sur le serveur de fichiers dans les répertoires IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/TS_MO pour celles qui sont issues des fichiers mensuelles. TS_DA pour celles qui sont issues des fichiers journaliers. 
    1468  
    1469 A noter : Il y a un job de Time Series 2D et un job par Time Series 3D sur les frontales. Pour le couplé IPSLCM5A , il y en donc 5 actuellement. 
     1507 * Patches= (Patch_20091030_histcom_time_axis) Il s'agit du Patch qui sera appliqué sur le fichier avant son stockage sur le serveur de fichiers. Ils sont visibles au niveau de : [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/browser/trunk/libIGCM/libIGCM_post libIGCM_post] On peut avoir plusieurs Patch appliqués l'un après l'autre.  
     1508 * !GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, time_counter, aire) Il s'agit des variables qui sont extraites du fichier initial et rangées avec la variable de la Time Serie. 
     1509 
     1510Les Time Series sont rangées sur le serveur de fichiers dans les répertoires IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/TS_MO pour celles qui sont issues des fichiers mensuelles. TS_DA pour celles qui sont issues des fichiers journaliers. 
     1511 
     1512A noter : Il y a un job de Time Series 2D et un job par Time Series 3D sur les frontales. Pour le couplé IPSLCM5A , il y en donc 5 actuellement. 
    14701513 
    14711514==== Comment ajouter une variable dans les Time Series? ==== 
    14721515 
    1473 Pour ajouter une nouvelle Time Serie il suffit d'ajouter son nom à la série de variables existantes, en prenant soin de la mettre avec les variables similaires : 2D ou 3D. 
     1516Pour ajouter une nouvelle Time Serie il suffit d'ajouter son nom à la série de variables existantes, en prenant soin de la mettre avec les variables similaires : 2D ou 3D. 
    14741517 
    14751518==== Qu'est-ce qu'un monitoring? ==== 
    14761519 
    1477 Voici un exemple de Monitoring du couplé IPSLCM5A : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/MONITORING/ 10 ans] 
    1478  
    1479 On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/MONITORING. 
    1480  
    1481 Le monitoring d'une simulation est composé de plusieurs courbes produites à partir de variables des Time Series. Il contient également une première page détaillant les dates de passage en machine de la simulation. Cette page permet de suivre la progression d'une simulation en machine.  
    1482  
    1483 Le monitoring est lancé automatiquement à la fin des Time Series. 
    1484  
    1485 ==== Comment superposer des courbes de monitoring de simus stockées à l'IDRIS et/ou au CCRT? ==== 
    1486 Mémo : 
     1520Voici un exemple de Monitoring du couplé IPSLCM5A : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/MONITORING/ 10 ans] 
     1521 
     1522On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/MONITORING. 
     1523 
     1524Le monitoring d'une simulation est composé de plusieurs courbes produites à partir de variables des Time Series. Il contient également une première page détaillant les dates de passage en machine de la simulation. Cette page permet de suivre la progression d'une simulation en machine.  
     1525 
     1526Le monitoring est lancé automatiquement à la fin des Time Series. 
     1527 
     1528==== Comment superposer des courbes de monitoring de simus stockées à l'IDRIS et/ou au CCRT? ==== 
     1529Mémo : 
    14871530{{{ 
    14881531Aller sur : 
     
    14921535http://dods.extra.cea.fr/cgi-bin/nph-dods/data/p86cadul/OL2 
    14931536Pousser "List directories". 
    1494 Pour ajouter des simulations à l'IDRIS, retourner sur l'onglet 1 
     1537Pour ajouter des simulations à l'IDRIS, retourner sur l'onglet 1 
    14951538Rentrer : http://dods.idris.fr/cgi-bin/nph-dods/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl 
    14961539Puis Pousser "Append dircetories" pour avoir sur l'onglet suivant les simulations CCRT et IDRIS. 
    1497 Dans l'onglet 2, sélectionner les simus : 27, 29, 30 et 33 (shift click ou control click pour en choisir plusieurs) 
     1540Dans l'onglet 2, sélectionner les simus : 27, 29, 30 et 33 (shift click ou control click pour en choisir plusieurs) 
    14981541Puis Pousser "search files". 
    14991542Dans l'onglet 3, choisir une variable (SBG_BIOMASS) puis pousser sur "Validate"  
    15001543puis "Validate" dans l'onglet 4 et "Prepare and Run the ferret script". 
    1501 Ensuite , apparait une page appelée 
     1544Ensuite , apparait une page appelée 
    15021545"http://webservices.ipsl.jussieu.fr/monitoring/script.php" avec un joli 
    15031546multi-monitoring sur la biomasse 
    15041547cliquer sur "Run script on server" pour lancer toutes les figures. 
    1505 Dans l'aide 'Help' est décrite la manip pour enregistrer le script ferret et 
    1506 le faire tourner en local (ça fonctionne bien). 
     1548Dans l'aide 'Help' est décrite la manip pour enregistrer le script ferret et 
     1549le faire tourner en local (ça fonctionne bien). 
    15071550 
    15081551Amusez-vous bien ! 
    15091552}}} 
    15101553 
    1511 Pour sélectionner des simus sur les 2 centres, il faut revenir à l'étape 1 et appuyer sur append directories pour les ajouter. 
     1554Pour sélectionner des simus sur les 2 centres, il faut revenir à l'étape 1 et appuyer sur append directories pour les ajouter. 
    15121555 
    15131556==== Comment ajouter une figure dans les monitoring? ==== 
    15141557 
    1515 Les monitoring sont paramétrés là: ~compte_commun/atlas/ Par exemple pour LMDZ : monitoring01_lmdz_LMD9695.cfg 
    1516  
    1517 Il est possible de modifier un monitoring en créant un répertoire POST locale à la configuration, en recopiant un fichier .cfg et en le modifant à sa convenance. Il y a 2 exemples dans le couplé. Voir [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/POST post-traitements spécifiques] 
    1518  
    1519 '''Attention''' : pour faire une opération entre deux variables il faut impérativement la délimiter avec des parenthèses :  
     1558Les monitoring sont paramétrés là: ~compte_commun/atlas/ Par exemple pour LMDZ : monitoring01_lmdz_LMD9695.cfg 
     1559 
     1560Il est possible de modifier un monitoring en créant un répertoire POST locale à la configuration, en recopiant un fichier .cfg et en le modifant à sa convenance. Il y a 2 exemples dans le couplé. Voir [http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/CONFIG/IPSLCM/IPSLCM5A/EXP00/POST post-traitements spécifiques] 
     1561 
     1562'''Attention''' : pour faire une opération entre deux variables il faut impérativement la délimiter avec des parenthèses :  
    15201563{{{ 
    15211564#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
     
    15261569}}} 
    15271570 
    1528 ==== Qu'est-ce qu'une moyenne saisonnière? ==== 
    1529  
    1530 Les fichiers SE ou moyennes saisonnières sont lancées automatiquement à la fréquence !SeasonalFrequency=10Y (en faisant attention à !SeasonalFrequencyOffset=0) lorsqu'il y a autre choses que NONE dans le dernier paramètre du fichier dans la section '[!OutputFiles]'. 
    1531 Tous les fichiers avec un Post demandé sont alors moyennés avec la commande ncra avant d'être stockés dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/SE 1 fichier par !SeasonalFrequency=10Y 
    1532  
    1533 ==== Où voir les atlas? ==== 
    1534  
    1535 Voici un exemple d'atlas du couplé IPSLCM5A disponible sur dods : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/ATLAS/SE_2000_2009/ATM/ATM.html ATM] 
    1536  
    1537 Il y a au moins 8 répertoires avec les atlas pour le couplé. On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATLAS. 
    1538  
    1539 Les atlas sont des outils mis à disposition sous les comptes communs. Voir ~compte_commun/atlas/ Ils sont basés sur des fichiers atlas_composante.cfg. utilisant les outils fast/atlas. Voir : http://dods.ipsl.jussieu.fr/fast/ 
     1571==== Qu'est-ce qu'une moyenne saisonnière? ==== 
     1572 
     1573Les fichiers SE ou moyennes saisonnières sont lancées automatiquement à la fréquence !SeasonalFrequency=10Y (en faisant attention à !SeasonalFrequencyOffset=0) lorsqu'il y a autre choses que NONE dans le dernier paramètre du fichier dans la section '[!OutputFiles]'. 
     1574Tous les fichiers avec un Post demandé sont alors moyennés avec la commande ncra avant d'être stockés dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/SE 1 fichier par !SeasonalFrequency=10Y 
     1575 
     1576==== Où voir les atlas? ==== 
     1577 
     1578Voici un exemple d'atlas du couplé IPSLCM5A disponible sur dods : [http://dods.idris.fr/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/BAL1210/ATLAS/SE_2000_2009/ATM/ATM.html ATM] 
     1579 
     1580Il y a au moins 8 répertoires avec les atlas pour le couplé. On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATLAS. 
     1581 
     1582Les atlas sont des outils mis à disposition sous les comptes communs. Voir ~compte_commun/atlas/ Ils sont basés sur des fichiers atlas_composante.cfg. utilisant les outils fast/atlas. Voir : http://dods.ipsl.jussieu.fr/fast/ 
    15401583 
    15411584==== Comment relancer les post-traitements depuis la machine de post-traitement? ==== 
    15421585 
    1543 Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée ST11 de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT). 
    1544  
    1545  * On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain : 
     1586Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée ST11 de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT). 
     1587 
     1588 * On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain : 
    15461589{{{ 
    15471590cd ; mkdir -p POST/ST11 ; cd POST/ST11 
    15481591}}} 
    15491592 
    1550  * On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 
    1551 {{{ 
    1552 cp r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/COMP . 
    1553 }}} 
    1554  
    1555  * On recopie les post-traitements spécifiques à la configuration (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 
    1556  
    1557 {{{ 
    1558 cp r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/POST . 
    1559 }}} 
    1560  
    1561  * On recopie les cartes spécifiques (config.card et run.card) à la simulation (depuis le répertoire où la simulation a été lancée) 
    1562  
    1563 {{{ 
    1564 cp r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/config.card . 
    1565 cp r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/run.card . 
    1566 }}} 
    1567  
    1568  * On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 
     1593 * On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 
     1594{{{ 
     1595cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/COMP . 
     1596}}} 
     1597 
     1598 * On recopie les post-traitements spécifiques à la configuration (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 
     1599 
     1600{{{ 
     1601cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/POST . 
     1602}}} 
     1603 
     1604 * On recopie les cartes spécifiques (config.card et run.card) à la simulation (depuis le répertoire où la simulation a été lancée) 
     1605 
     1606{{{ 
     1607cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/config.card . 
     1608cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/run.card . 
     1609}}} 
     1610 
     1611 * On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 
    15691612{{{ 
    15701613cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/rebuild_fromArchive.job . 
     
    15791622}}} 
    15801623 
    1581  * On adapte les jobs à soumettre en modifiant certaines variables : 
    1582  
    1583 Dans tous les jobs à lancer (rebuild_fromArchive.job, create_ts.job et create_se.job), il faut modifier : 
     1624 * On adapte les jobs à soumettre en modifiant certaines variables : 
     1625 
     1626Dans tous les jobs à lancer (rebuild_fromArchive.job, create_ts.job et create_se.job), il faut modifier : 
    15841627 
    15851628{{{ 
    15861629StandAlone=true 
    1587 libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l’expérience 
     1630libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l’expérience 
    15881631}}} 
    15891632 
     
    15911634 
    15921635{{{ 
    1593 PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder 
    1594 NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la  PeriodDateBegin  
     1636PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder 
     1637NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la  PeriodDateBegin  
    15951638config_UserChoices_JobName=ST11 
    15961639R_SAVE=${DMFDIR}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/${config_UserChoices_JobName} 
     
    16011644 
    16021645{{{ 
    1603 PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder 
    1604 NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la  PeriodDateBegin  
     1646PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder 
     1647NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la  PeriodDateBegin  
    16051648config_UserChoices_JobName=ST11 
    16061649R_SAVE=${DMFDIR}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/${config_UserChoices_JobName} 
    16071650REBUILD_DIR=${R_SAVE}/TMP 
    16081651MASTER=mercure # ou bien titane 
    1609 libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l’expérience 
    1610 libIGCM_SX = # POinte vers le répertoire libIGCM utilisé sur la machine MASTER 
     1652libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l’expérience 
     1653libIGCM_SX = # POinte vers le répertoire libIGCM utilisé sur la machine MASTER 
    16111654}}} 
    16121655 
     
    16141657 
    16151658{{{ 
    1616 PeriodDateEnd=20191230 # date de fin des time-series a créer 
    1617 CompletedFlag=20091230 # date de fin des times-series déjà existantes (si tel est le cas) 
     1659PeriodDateEnd=20191230 # date de fin des time-series a créer 
     1660CompletedFlag=20091230 # date de fin des times-series déjà existantes (si tel est le cas) 
    16181661TsTask=2D  # 2D or 3D 
    16191662RebuildFrequency=true 
     
    16231666 
    16241667{{{ 
    1625 PeriodDateEnd=20191230 # date de fin de la décennie a traiter 
     1668PeriodDateEnd=20191230 # date de fin de la décennie a traiter 
    16261669}}} 
    16271670 
     
    16411684}}} 
    16421685 
    1643 '''Attention : ''' avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).  
     1686'''Attention : ''' avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).  
    16441687 
    16451688==== Comment utiliser !TimeSeries_Checker.job? ==== 
    16461689 
    1647 !TimeSeries_Checker.job est un script (qui se lance en interactif) qui vérifie les Séries temporelles (TS) existantes et relance les jobs create_TS nécessaires pour reconstruire les TS manquantes. C'est donc un utilitaire de post-traitement qui se lance depuis la machine de post-traitement. Voir question précédente. 
    1648  
    1649 Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée MYEXP de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT). 
    1650  
    1651  * On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain (voir question précédente) : 
     1690!TimeSeries_Checker.job est un script (qui se lance en interactif) qui vérifie les Séries temporelles (TS) existantes et relance les jobs create_TS nécessaires pour reconstruire les TS manquantes. C'est donc un utilitaire de post-traitement qui se lance depuis la machine de post-traitement. Voir question précédente. 
     1691 
     1692Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée MYEXP de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT). 
     1693 
     1694 * On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain (voir question précédente) : 
    16521695{{{ 
    16531696Cesium > cd $WORKDIR; mkdir -p POST/MYEXP ; cd POST/MYEXP 
    16541697}}} 
    16551698 
    1656  * On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée). Voir aussi question précédente. 
    1657 {{{ 
    1658 Cesium> scp pr mercure:... MYEXP/COMP . 
    1659 Cesium> scp pr mercure:... MYEXP/POST . 
    1660 Cesium> scp r mercure:... MYEXP/config.card . 
    1661 }}} 
    1662  
    1663  * On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 
     1699 * On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée). Voir aussi question précédente. 
     1700{{{ 
     1701Cesium> scp –pr mercure:... MYEXP/COMP . 
     1702Cesium> scp –pr mercure:... MYEXP/POST . 
     1703Cesium> scp –r mercure:... MYEXP/config.card . 
     1704}}} 
     1705 
     1706 * On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 
    16641707{{{ 
    16651708Cesium> scp mercure:.../libIGCM/create_ts.job . 
     
    16841727{{{ 
    16851728cesium> ./TimeSeries_Checker.job 2>&1 | tee TSC_OUT   =====> en ksh pour garder la trace dans un fichier 
    1686 cesium> grep Batch TSC_OUT   =====> pour repérer l'ensemble des jobs lancés 
    1687 }}} 
    1688  
    1689  
    1690 ==== Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? ==== 
     1729cesium> grep Batch TSC_OUT   =====> pour repérer l'ensemble des jobs lancés 
     1730}}} 
     1731 
     1732 
     1733==== Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? ==== 
    16911734 
    16921735Ceci est possible depuis libIGCM_v1_10 cad depuis le 13/12/2010. 
    16931736 
    1694 Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? Le job create_multi_se est là pour ça. Il faut le lancer sur le serveur de post-traitement après avoir vérifié que les différentes décennies étaient présentes sur le serveur de fichiers (SE_checker). 
    1695  
    1696 Notez que l'atlas de ces 100 ans sera également créé. Voir exemple de l'atlas de 100 ans de piControl2 là : [http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/PROD/piControl/piControl2/ATLAS/SE_2000_2099/ SE 2000 2099] 
    1697  
    1698  1. si ce n'est déjà fait, installer un répertoire spécial post-traitement. Voir [wiki:ModipslBeginner#Commentrelancerlespost-traitementsdepuislamachinedepost-traitement] 
     1737Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? Le job create_multi_se est là pour ça. Il faut le lancer sur le serveur de post-traitement après avoir vérifié que les différentes décennies étaient présentes sur le serveur de fichiers (SE_checker). 
     1738 
     1739Notez que l'atlas de ces 100 ans sera également créé. Voir exemple de l'atlas de 100 ans de piControl2 là : [http://dods.extra.cea.fr/data/p86caub/IPSLCM5A/PROD/piControl/piControl2/ATLAS/SE_2000_2099/ SE 2000 2099] 
     1740 
     1741 1. si ce n'est déjà fait, installer un répertoire spécial post-traitement. Voir [wiki:ModipslBeginner#Commentrelancerlespost-traitementsdepuislamachinedepost-traitement] 
    16991742 1. recopier create_se.job, SE_checker.job et create_multi_se.job 
    1700  1. vérifier/modifier dans create_se.job  les variables : 
     1743 1. vérifier/modifier dans create_se.job  les variables : 
    17011744 {{{ 
    17021745libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM} 
    17031746}}} 
    1704  1. vérifier que les décennies sont toutes présentes.  
    1705  1. vérifier/modifier les variables dans SE_checker.job: 
     1747 1. vérifier que les décennies sont toutes présentes.  
     1748 1. vérifier/modifier les variables dans SE_checker.job: 
    17061749 {{{ 
    17071750libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM}  
     
    17111754CARD_DIR=${CARD_DIR:=${CURRENT_DIR}} 
    17121755}}} 
    1713  1. lancer en interactif : {{{ ./SE_checker.job }}} la vérification. Les jobs create_se.job nécessaires seront lancés. Exemple : 
     1756 1. lancer en interactif : {{{ ./SE_checker.job }}} la vérification. Les jobs create_se.job nécessaires seront lancés. Exemple : 
    17141757 {{{ 
    17151758 ./SE_Checker.job 
     
    17751818 1. attendre la fin des jobs create_se 
    17761819 1. recopier create_multi_se.job 
    1777  1. Vérifier/Modifier les variables : 
     1820 1. Vérifier/Modifier les variables : 
    17781821 {{{  
    17791822libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM} 
    17801823}}} 
    1781  1. si besoin, paramétrer le nombre de décennies dans config.card. 50Y ou 50 ans par défaut. Ajouter cette ligne dans la section POST cad à la fin après le mot-clé [POST] 
     1824 1. si besoin, paramétrer le nombre de décennies dans config.card. 50Y ou 50 ans par défaut. Ajouter cette ligne dans la section POST cad à la fin après le mot-clé [POST] 
    17821825 {{{ 
    17831826MultiSeasonalFrequency=100Y 
    17841827}}} 
    17851828 1. lancer le job create_multi_se.job : ccc_msub create_multi_se.job 
    1786  1. Les années prises en compte seront les dernières cad celles entre !DateEnd (pris dans config.card du répertoire local) et !DateEnd - !MultiSaesonalFrequency. 
    1787  
    1788 Les moyennes sont stockées dans les répertoires Analyse des différentes composantes dans les sous-répertoires SE_100Y. Par exemple : ATM/Analyse/SE_100Y/ 
    1789  
    1790  
    1791 == Questions/Réponses des autres documentations == 
    1792   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1] 
    1793   * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3] 
    1794   * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre] 
    1795   * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle] 
    1796   * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure] 
     1829 1. Les années prises en compte seront les dernières cad celles entre !DateEnd (pris dans config.card du répertoire local) et !DateEnd - !MultiSaesonalFrequency. 
     1830 
     1831Les moyennes sont stockées dans les répertoires Analyse des différentes composantes dans les sous-répertoires SE_100Y. Par exemple : ATM/Analyse/SE_100Y/ 
     1832 
     1833 
     1834== Questions/Réponses des autres documentations == 
     1835  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1_OASIS3anciensscripts Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1] 
     1836  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/DocUtilisateur/InstallationIPSLCM4v2#RedémarragedepuisdesrésultatsIPSLCM4_v1Oasis2.4 Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3] 
     1837  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CompilationFcm Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre] 
     1838  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#CommentavoirautantdesortiestexteLMDZquedetaches Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle] 
     1839  * [wiki:IPSLCM4_v2_PAR#Commentdebogueravectotalview Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure] 
    17971840  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ FAQ libIGCM ]  
    17981841  * [http://forge.ipsl.jussieu.fr/libigcm/wiki/libIGCM/DocUtilisateur/FAQ#Messagesderreur Messages erreurs dans Script_output]