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MODIPSL for beginner
MODIPSL pour les débutants
MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL.
Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître.
Cette page veut rassembler les informations pour les nouveaux utilisateurs et pointer
vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire.
N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl"
ppt (ou
pdf).
Les transparents 24 à 48 reprennent avec des schémas une grande partie des
informations qui vous seront données ci-dessous.
- Accès à modipsl
- Présentation des répertoires de Modipsl
- Liste des configurations
- Travailler avec une configuration
- Extraction
- Compilation
- Lancement d'une simulation
- Suivi de la simulation (Monitoring)
- Post-traitements systématiques (atlas)
- Plus d'informations :
- Comment connaitre l'état de la simulation en cours?
- Comment sont rangés les fichiers de sortie?
- Où est le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)?
- Où trouver le journal de sortie?
- Questions/Réponses? :
- Extraction :
- Mots de passe
- Compilation :
- A qui signaler quand cela ne marche pas?
- Execution :
- Comment relancer?
- Comment poursuivre?
- Post-traitements :
- Comment vérifier les post-traitements?
- Comment relancer les post-traitements seulement?
- Extraction :
Extraire modipsl
Lecture seule
svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
Pour vous simplifiez la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous vous conseillons de vous créer un alias :
alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl'
La commande d'extraction devient alors juste
svn_ano
Mode administrateur
svn co svn+ssh://yourlogin@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
D'autres commandes en bas de cette page : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/WikiStart
Pour en savoir plus sur SVN
- Le site officiel de subversion : http://subversion.tigris.org/
- Présentation de SVN (Jacques Bellier)
- SVN commandes
- SVN quick reference guide
- Mémo sur la gestion des clés ssh
- Quelques commandes de base pour SVN (Anne Cozic)
Presentation des repertoires
Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires :
- bin/
- config/
- doc/
- lib/
- modeles/
- tmp/
- util/
Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire doc/ contenant le texte de la licence CECILL (license
sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire util/ qui contient les scripts
nécessaire à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL.
mod.def >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags model >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles ins_make >>>>>> Installation et configuration des Makefiles ins_job >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement
Voir le transparent 26 de la présentation suivante ppt
Liste des configurations
Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL. Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire util/ de passer la commande suivante :
cd modipsl/util ./model -h
Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...) il faut passer la commande
./model -h nom_de_la_config
Exemple avec LMDZ4OR_v2 :
>> ./model -h LMDZ4OR_v2 >> model : LMDZ4OR_v2 LMDZ4OR_v2 configuration with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE working configuration Official beta release IOIPSL/src svn tags/v2_1_1 LMDZ4 tag LMDZ4_V3_1 ORCHIDEE tag orchidee_1_9_1 LMDZ4OR_v2 svn trunk libIGCM HEAD model manager email address : Abderrahmane.Idelkadi@lmd.jussieu.fr Component 1 : IOIPSL/tags/v2_1_1/src Tag 1 : HEAD System 1 : svn Server 1 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn Directory 1 : IOIPSL/src Local Dir 1 : modeles Component 2 : ORCHIDEE Tag 2 : orchidee_1_9_1 System 2 : cvs Server 2 : sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ssipsl/CVSREP Directory 2 : . Local Dir 2 : modeles Component 3 : LMDZ4 Tag 3 : LMDZ4_V3_1 System 3 : cvs Server 3 : lmdzbrowse@cvs.lmd.jussieu.fr:/home/cvsroot Directory 3 : . Local Dir 3 : modeles Component 4 : CONFIG/trunk/LMDZ4OR_v2 Tag 4 : HEAD System 4 : svn Server 4 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn Directory 4 : LMDZ4OR_v2 Local Dir 4 : config Component 5 : libIGCM Tag 5 : ? System 5 : cvs Server 5 : anonymous@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ioipsl/CVSROOT Directory 5 : . Local Dir 5 : .
La première partie les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN. Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes.
Travailler avec une configuration
Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé IPSLCM4_v2. Les autres configurations utilisant le nouveau modipsl (IPSL_ESM_V1, LMDZ4OR_v2, LMDZINCA_v2, LMDZORINCA) suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.
Extraction
cd modipsl/util ./model -h >>>> indique toutes les configurations dispo ./model IPSLCM4_v2 >>>> on choisi d'extraire la configuration IPSLCM4_v2
Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les
récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus)
Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée.
Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire modipsl/modeles/. Pour notre exemple
vous obtenez les répertoires suivants :
- modipsl/modeles/IOIPSL/
- modipsl/modeles/LMDZ4/
- modipsl/modeles/OPA/
- modipsl/modeles/ORCHIDEE/
- modipsl/modeles/UTIL/
Modipsl installe également ce que l'on appelle une configuration. Elle est dans le répertoire
modipsl/config/ (ici modipsl/config/IPSLCM4_v2/).
Cette configuration vous permettra de compiler l'ensemble des modèles, puis de lancer une simulation.
Compilation
Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez.
cd modipsl/util ./ins_make
La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple modipsl/config/IPSLCM4_v2/Makefile.
Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés.Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regéner (sauf
changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture).
Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez
regarder les différentes target dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM4_v2 ce sont les suivantes :
- ORCA2xLMD4443
- ORCA2xLMD444315
- ORCA2xLMD444311
- ORCA2xLMD7245
- ORCA2lgmxLMD7245
- ORCA2xLMD9671
- ORCA2lgmxLMD9671
- ORCA2xLMD14496
- ORCA2xLMD144142
Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation :
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ gmake resolution_desirée
par exemple
gmake ORCA2xLMD9671
Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations juste avec la commande gmake vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.
