wiki:ModipslBeginner

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MODIPSL for beginner

Dernière mise à jour : 02/05/2011


  1. MODIPSL for beginner
    1. Environnements de calculs
      1. IDRIS
      2. CCRT
        1. Conseil pour installer son environnement au ccrt
    2. Extraire modipsl
      1. Mode utilisateur
      2. Mode administrateur
      3. Pour en savoir plus sur SVN
    3. Présentation des répertoires de modipsl
    4. Liste des configurations disponibles via modipsl
    5. Travailler avec une configuration choisie
      1. Extraction
        1. Mots de passe
      2. FCM
      3. Compilation
        1. Spécificité titane
        2. Spécificité SX8
        3. Spécificité SX9
        4. Toutes machines
        5. A qui signaler quand cela ne marche pas?
        6. Options de compilations de LMDZ
      4. Lancer une simulation
        1. Cas général
          1. Présentation du répertoire d'expérience
          2. Etapes avant la création du job de simulation
          3. Création du job
          4. Temps d'execution du couplé IPSLCM5A
          5. Exécution de la simulation
        2. Le parallelisme et les fichiers Bands
          1. A retenir
        3. Cas particuliers LMDZ-ORCHIDEE et LMDZ-INCA
          1. Répertoires d'expérience
          2. Création de l'état initial pour LMDZOR
        4. Passage d'une simulation couplée IPSLCM5A à une simulation forcée …
        5. Comment désactiver STOMATE dans le couplé IPSLCM5A?
      5. Etat de la simulation en cours
      6. Fin de simulation
        1. Comment lire le fichier ScriptOutput
        2. Comment sont stockés les fichiers de sorties du modèle
        3. Quels fichiers de sorties sont produits?
        4. Comment regarder les fichiers sur dods
      7. Execution
        1. Comment lancer un run guidé (nudge) ?
        2. Relancer une simulation
        3. Poursuivre une simulation
        4. Comment préparer une autre expérience ?
        5. Démarrer depuis une autre simulation
        6. Comment repérer qu'il manque un fichier dans les sorties, comment …
        7. Comment boucher un trou cad relancer une simulation pour refaire les …
        8. Comment relancer une simulation à l'identique pour récupérer quelques …
        9. Lancer IPSLCM5A sur la machine Titane (machine Xeon du CCRT)
        10. Lancer IPSLCM5A sur la machine Vargas (machine IBM de l'IDRIS)
      8. Les post-traitements avec libIGCM
        1. Quels sont les paramètres de lancement des post-traitement?
        2. Où tournent les post-traitements?
        3. Comment vérifier que les post-traitements sont bien passés?
        4. Qu'est-ce que rebuild?
        5. Comment relancer les rebuild?
        6. Qu'est-ce qu'une Time Series?
        7. Comment ajouter une variable dans les Time Series?
        8. Qu'est-ce qu'un monitoring?
        9. Comment superposer des courbes de monitoring de simus stockées à l'IDRIS …
        10. Comment ajouter une figure dans les monitoring?
        11. Qu'est-ce qu'une moyenne saisonnière?
        12. Où voir les atlas?
        13. Comment relancer les post-traitements depuis la machine de …
        14. Comment utiliser !TimeSeries_Checker.job?
        15. Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans?
    6. Questions/Réponses des autres documentations

MODIPSL pour les débutants

MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL. Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître.
Cette page veut rassembler les informations pour les nouveaux utilisateurs et pointer vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire.
N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl" disponible sur cette page : igcmg/Documentation




Environnements de calculs

IDRIS

  • ​http://www.idris.fr/
  • les machines de l'IDRIS disponibles pour le couplé sont brodie (NEC SX-8) et vargas (IBM Power6). Pour vargas, voir informations plus loin.

Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :

  • PATH sur brodie : ajouter l'accès à svn et fcm : 
    PATH=$PATH:/TXlocal/pub/svn/svn-1.3.1/bin:/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin
  • sur vargas, il faut
    • avoir accès à svn : module load svn
    • avoir fcm dans son PATH : 
      PATH=$PATH:/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin
  • $WORKDIR sur ulam est très vaste mais non sauvegardé. C'est là que les post-traitements tourneront in fine.
  • $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille : 
    quota_u -w
  • sur ulam, il faut éviter les bavardages affichés lors de la connexion. Vérifier depuis brodie que la commande : rsh ulam pwd renvoie juste une ligne avec le HOME. 
    brodie : rsh ulam pwd
/home/rech/...
brodie :
  • Il faut faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Pour cela utiliser la commande Ftuas sur ulam (permet de faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et à toutes les machines).
  • Pour que le stockage sur le serveur dods.idris fonctionne, il faut faire marcher la commande rsh gaya pwd sur ulam. Pour cela remplir le fichier gaya:~/.rhosts (et lui donner les accès rw-------) avec : 
    ulam.idris.fr
ulam
brodie.idris.fr
brodie
  • Pour les accès dods, il faut lancer de plus une commande mfdods sur gaya. Cela crée le lien (24h après la première fois) visible là : ​http://dods.idris.fr/monlogin.
  • Pour donner les accès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de brodie, il faut demander à l'assistance IDRIS pour le niveau /u/rech/grp.

CCRT

  • les machines du CCRT disponibles pour le couplé sont mercure (NEC SX-8 et NEC SX-9) et platine (Bull Itanium) et titane (Bull Xeon). Voir information spécifique titane plus loin.


Mémo des choses à faire sur un nouveau login au CCRT pour pouvoir préparer et lancer une simulation :

  • PATH sur mercure/platine/titane : ajouter l'accès à fcm : 
    PATH=$PATH:/home/cont003/p86ipsl/fcm/bin  # MERCURE only



Conseil pour installer son environnement au ccrt

Nous vous conseillons de garder le bash comme shell de login, et de récupérer les fichiers suivants : 

~p86ipsl/.bashrc
~p86ipsl/.bashrc_platine
~p86ipsl/.bashrc_mercure01
~p86ipsl/.bashrc_cesium
~p86ipsl/.bashrc_titane
~p86ipsl/.profile

Ces fichiers sont maintenus par le groupe esci et sont adaptés aux machines de calcul du CCRT. Lorsque des modifications majeures sont apportées à l'une des machines (exemple : le changement de frontale de la machine mercure en juin 2010) vous pouvez récupérer la nouvelle version du fichier concerné (.bashrc_machine).

Avant de travailler il faut modifier votre nouveau fichier .bashrc en remplaçant les "~p86ipsl" par "~" 

Exemple : 
cesium*) 
        . ~p86ipsl/.bashrc_cesium ;;

Devient : 
cesium*)
        . ~/.bashrc_cesium ;;

ATTENTION : ces fichiers vous permettent d'avoir un environnement correct pour les outils de post-traitement. Vous devez y rajouter les commandes nécessaires au calcul sur chaque machine 

Pour mercure : 
module load netcdf_sx8

Pour titane : 
module unload intel/10.1.022 mkl/10.1.1.019 ; module load intel/11.1.056 ; module load netcdf/3.6.3

Pour chaque machine : 
ajouter au path ~p86ipsl/fcm/bin

NOTE : si votre shell de login n'est pas bash, vous pouvez le modifier avec la commande chsh.

Extraire modipsl

Mode utilisateur

svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl

Pour vous simplifier la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous vous conseillons de vous créer un alias : 

alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl'

La commande d'extraction devient alors juste 

svn_ano

Attention sur vargas (IDRIS) il faut explicitement demander l'accès à svn : module load subversion

Mode administrateur

svn co svn+ssh://yourlogin@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl

D'autres commandes en bas de cette page : igcmg/Documentation

Pour en savoir plus sur SVN



Présentation des répertoires de modipsl

Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires :

  • bin/
  • config/
  • doc/
  • lib/
  • modeles/
  • tmp/
  • util/

Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire doc/ contenant le texte de la licence CECILL (license sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire util/ qui contient les scripts nécessaires à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL. 

mod.def         >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags
model           >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles
ins_make        >>>>>> Installation et configuration des Makefiles 
ins_job         >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement

Voir le transparent 26 de la présentation.



Liste des configurations disponibles via modipsl

Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL. Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire util/ de passer la commande suivante : 

cd modipsl/util
./model -h

Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...) il faut passer la commande 

./model -h nom_de_la_config

Exemple avec LMDZ4OR_v2 : 

>> ./model -h LMDZ4OR_v2

>> model : LMDZ4OR_v2
 
LMDZ4OR_v2 configuration with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE
working configuration
Official beta release
IOIPSL/src svn tags/v2_1_1
LMDZ4 tag LMDZ4_V3_1
ORCHIDEE tag orchidee_1_9_1
LMDZ4OR_v2 svn trunk
libIGCM HEAD
 
model manager email address : blabla@blabla
 
Component 1 : IOIPSL/tags/v2_1_1/src
Tag       1 : HEAD
System    1 : svn
Server    1 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn
Directory 1 : IOIPSL/src
Local Dir 1 : modeles
Component 2 : ORCHIDEE
Tag       2 : orchidee_1_9_1
System    2 : cvs
Server    2 : sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ssipsl/CVSREP
Directory 2 : .
Local Dir 2 : modeles
Component 3 : LMDZ4
Tag       3 : LMDZ4_V3_1
System    3 : cvs
Server    3 : lmdzbrowse@cvs.lmd.jussieu.fr:/home/cvsroot
Directory 3 : .
Local Dir 3 : modeles
Component 4 : CONFIG/trunk/LMDZ4OR_v2
Tag       4 : HEAD
System    4 : svn
Server    4 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn
Directory 4 : LMDZ4OR_v2
Local Dir 4 : config
Component 5 : libIGCM
Tag       5 : ?
System    5 : cvs
Server    5 : anonymous@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ioipsl/CVSROOT
Directory 5 : .
Local Dir 5 : .

La première partie indique les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN. Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes.



Travailler avec une configuration choisie

Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé IPSLCM5A. Les autres configurations utilisant modipsl (IPSL_ESM_V1, LMDZ4OR_v2, LMDZINCA_v2, LMDZORINCA ...) suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.


Extraction

cd modipsl/util
./model -h               >>>> indique toutes les configurations dispo
./model IPSLCM5A       >>>> on choisit d'extraire la configuration IPSLCM5A

Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address)
En cas d'urgence, vous pouvez aussi récupérer le fichier ~/.cvspass et le répertoire ~/.subversion d'un autre utilisateur. Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée. Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire modipsl/modeles/. Pour notre exemple vous obtenez les répertoires suivants :

  • modipsl/modeles/IOIPSL/
  • modipsl/modeles/LMDZ4/
  • modipsl/modeles/NEMO/
  • modipsl/modeles/UTIL/
  • modipsl/modeles/ORCHIDEE/
  • modipsl/modeles/XMLF90
  • modipsl/modeles/XMLIO_SERVER

Modipsl installe également ce que l'on appelle une configuration. Elle est dans le répertoire modipsl/config/ (ici modipsl/config/IPSLCM5A/).
Cette configuration vous permettra de compiler l'ensemble des modèles, puis de lancer une simulation.


Mots de passe

Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au model manager email address. Il est indiqué lors de la commande 

 ./model -h IPSLCM5A


FCM

Certains modèles de l'IPSL utilisent l'outils ​FCM pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...). FCM n'est pas accessible par défaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter à votre PATH : 

# sur mercure, platine et titane
PATH=~p86ipsl/fcm/bin:$PATH
# sur brodie
PATH=/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin:$PATH
# sur vargas
PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin/fcm:$PATH


Compilation

Spécificité titane

Pour compiler sur titane, il faut charger explicitement la bonne bibliothèque NetCDF. Faire : 

module load netcdf/3.6.3

Pour compiler le couplé, voir plus loin les détails :

  • il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" dans config/IPSLCM5A/AA_make
  • il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Sinon le message est : 
    xmlf90 ../../../lib/libioipsl.a -L/applications/netcdf-3.6.3/lib -lnetcdff -lnetcdf
/applications/intel/cprof/11.1.056/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail
../../../lib/libopa.a(opa.o): In function `opa_mp_opa_model_':
opa.F90:(.text+0x2a5): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `dom_oce_mp_narea_' defined in COMMON section in ../../../lib/libopa.a(dom_oce.o)
opa.F90:(.text+0x8bb): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `in_out_manager_mp_nprint_' defined in COMMON section in ../../../lib/libopa.a(in_out_manager.o)
...
opa.F90:(.text+0xa4d): additional relocation overflows omitted from the output
gmake[2]: *** [../../../bin/opa] Error 1

La correction à faire est la suivante : 

dans modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31)
      jpni   = 1,                   &  !: number of processors following i
      jpnj   = 5,                   &  !: number of processors following j
      jpnij  = 5                       !: nb of local domain = nb of
processors

Spécificité SX8

Pour compiler pour la SX8, il faut explicitement charger netcdf pour SX8. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx8 : 

sx8 () {  module load netcdf_sx8 ; export PS1="SX8"' - $PWD : ' ; }

Spécificité SX9

Pour compiler pour la SX9, il faut vous placer dans l'environnement SX9. Le plus simple est de se préparer une fonction pour cela, par exemple sx9 : 

sx9 () { module switch SX8 SX9 ; module load netcdf_sx9 ; export PS1="SX9"' - $PWD : ' ; }

A noter : si vous recompilez en restant en SX8 alors que tout a été fait en SX9 jusque là, vous aurez le message suivant d'erreur et aucune recompilation ne se fera. 

****************************************************************
INFO -  This Makefile is for host type : sx9mercure
INFO -  Host used has type :             sx8mercure
****************************************************************
ERROR - This Makefile is not compatible whith the host !
****************************************************************
Makefile:22: *** .  Stop.

La soumission des post-traitements se fait vers cesium depuis le 11/2009. Pour que cela marche il faut avoir créé une passphrase vide pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois.

Mémo : 

mercure : pwd
~/.ssh
mercure : ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/cont003/xxxxxx/.ssh/id_rsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): (RETURN)
Enter same passphrase again: (RETURN)
Your identification has been saved in ...../.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in ...../.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
af:....
mercure  : cat id_rsa.pub >>authorized_keys

Commandes à passer pour vérifier que les post-traitements se feront bien sur ceisum : 

cesium : ssh mercure pwd
mercure : ssh mercure01 pwd
mercure : ssh mercure01 ssh cesium pwd

Plus d'informations sur la compilation SX9/SX8 : ​là (Intranet)

Toutes machines

Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez. 

cd modipsl/util
./ins_make

La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple modipsl/config/IPSLCM5A/Makefile. Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés. Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regénérer (sauf changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture).
Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x95x39) : 

cd modipsl/config/IPSLCM5A/
gmake

Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez regarder les différentes target (normalement en lettres majuscules) dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM5A ce sont les suivantes :

  • ORCA2xLMD4443
  • ORCA2xLMD5655
  • ORCA2xLMD9671
  • ORCA2xLMD9695
  • ORCA2xLMD9695-L39
  • ORCA2xLMD144142
  • ORCA2xLMD144142-L39

Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation : 

cd modipsl/config/IPSLCM5A/
gmake resolution_desirée

par exemple 

gmake ORCA2xLMD144142-L39

Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations juste avec la commande gmake vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.


A qui signaler quand cela ne marche pas?

Si il y a un problème de compilation vous pouvez vous adresser au model manager. Il est indiqué lors de la commande 

 ./model -h IPSLCM5A


Options de compilations de LMDZ

LMDZ propose un certain nombre d'options de compilation que voilà : 

makelmdz_fcm [options] -m arch exec
[-h]                       : manuel abrégé
[-d [[IMx]JMx]LM]          : IM, JM, LM sont les dims en x, y, z (def: $dim)
[-p PHYS]                  : compilation avec la physique libf/phyPHYS, (def: lmd)
[-prod / -dev / -debug]    : compilation en mode production (default) / developpement / debug .
[-c false/MPI1/MPI2]       : couplé océan : MPI1/MPI2/false (def: false)
[-v false/true]            : avec ou sans végétation (def: false)
[-chimie INCA/false]       : avec ou sans model de chimie INCA (def: false)
[-parallel none/mpi/omp/mpi_omp] : parallelisation (default: none) : mpi, openmp ou mixte mpi_openmp
[-g GRI]                   : conf. grille dans dyn3d/GRI_xy.h  (def: reg inclue un zoom)
[-io IO]                   : choix d'une librairie I/O, experts (def: ioipsl)
[-include INCLUDES]        : variables supplementaires pour include
[-cpp CPP_KEY]             : cle cpp supplementaires
[-adjnt]                   : adjoint, a remettre en route ...
[-filtre NOMFILTRE]        : prend le filtre dans libf/NOMFILTRE (def: filtrez)
[-link LINKS]              : liens optionels avec d'autres librairies
[-fcm_path path]           : chemin pour fcm (def: le chemin est suppose deja exister dans le PATH)
 -arch nom_arch            : nom de l'architecture cible
 exec                      : exécutable généré

Ces options sont utilisées dans le fichier config/IPSLCM5A/Makefile. Notez que par défaut on demande la compilation en mode mpi.

Lancer une simulation

Cas général

NOTE avant la première simulation veillez à créer le fichier ~/.forward contenant votre adresse mail, pour que les mails envoyés en fin de simulation soient bien redirigés vers votre boîte mail.

Présentation du répertoire d'expérience

Dans le répertoire modipsl/config/IPSLCM5A/ vous trouverez 1 sous répertoire EXP00
Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation :

  • un fichier config.card
  • un répertoire COMP/
  • un répertoire PARAM/
  • un répertoire POST/

Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non).
Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles
Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer, ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement qu'on leur associe.)
Le répertoire POST/ contient 2 fichiers de configuration des monitoring, spécifiques pour la glace lim2 et stomate.
Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : ​Doc Utilisateur libIGCM


Etapes avant la création du job de simulation

config.card
Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card
Voici les rubriques à modifier : 

JobName=_nom_simul_
ExperimentName=pdControl (mettre le nom de l'expérience selon le vocabulaire CMIP5. pdControl par défaut)
SpaceName=DEVT (mettre DEVT, TEST ou PROD) 
DateBegin=_date_debut_simul_
DateEnd=_date_fin_simul_
PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple 
JobNumProcTot=_nombre_processeurs

Exemple (10 ans): 

JobName=RUN1
DateBegin=1950-01-01
DateEnd=1959-12-30
PeriodLength=1M
JobNumProcTot=4

!PeriodLength :
PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre 1 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une année de simulation vous aurez 360 fichiers de sorties. Si vous choisissez 1M vous aurez 12 fichiers de sorties, et si vous choisissez 1Y vous aurez 1 fichier de sortie.
Attention il faut impérativement que PeriodLength ne soit pas supérieur à la durée de votre simulation : c'est à dire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une PeriodLength de 1 an.

répertoire COMP
Comme indiqué ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune de ces cartes est divisée en différentes parties :

  • [InitialStateFiles] >>>> indique les fichiers d'état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)
  • [BoundaryFiles] >>>> indique les fichiers de conditions aux limites (deux parties List pour les fichiers variant avec le temps, et ListNonDel pour ceux qui ne varient pas)
  • [ParametersFiles] >>>> liste des fichiers de paramètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/)
  • [RestartFiles] >>>> liste des fichiers de restart pour le redémarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée
  • [OutputText] >>>> liste des fichiers texte en sortie du modèle
  • [OutputFiles] >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du modèle avec le post-traitement éventuel
  • [Post_...] >>>> description des différentes post-traitements.

A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante :

(path_fichier, fichier)
Elle est équivalente à :
cp path_fichier fichier 

exemple :
ListNonDel= (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf, .),\

c'est équivalent à 

cp ${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf .

ATTENTION : il ne faut pas laisser d'espace après le "\". Si jamais vous laissez un espace la ligne qui suit n'est pas prise en compte.
NOTE : dans les cartes fournies avec les modèles nous utilisons régulièrement les variables ${R_BC} et ${R_INIT}. Par défaut elles sont définies ainsi : 

  R_BC = /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/BC
  R_INIT = /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/INIT

Toute fois si vous le souhaitez vous pouvez écraser ces définitions en redéfinissant R_BC et R_INIT dans le fichier config.card.
Le répertoire /dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM regroupe tous les fichiers d'input pour les différentes configurations.


Nouvelles options dans lmdz.card
Dans certaines configurations (entre autre IPSLCM5A) vous avez des options en plus dans lmdz.card : 

LMDZ_NbPeriod_adjust=3
  • LMDZ_NbPeriod_adjust permet de définir combien de PeriodLenght on veut utiliser au début d'une simulation pour créer le fichier Bands qui permet d'ajuster au mieux la parallélisation du code. Si jamais on souhaite utiliser un fichier pré-existant il faut indiquer LMDZ_NbPeriod_adjust=0 et préciser le nom du fichier Bands à utiliser. Attention au nombre de proc et à la grille précisés dans ce nom.


répertoire PARAM
Ce répertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles pour en connaître les différentes utilisations.

Création du job

Avant : vérifier le fichier config.card. 

cd modipsl/util
./ins_job

Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée les job associés (en reprenant la rubrique JobName du fichier config.card). Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé. Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer.

Cette commande crée également run.card.init, squelette du fichier run.card qui contiendra l'état d'avancement de la simulation.

Il crée également les jobs de post-traitement, spécifiques à la machine de post-traitement dans le répertoire : modipsl/libIGCM . Ils s'appellent xxxx.job.

Après : vérifier le fichier Job_nom_simul

N'oubliez pas de modifier les variables elapstim_req et memsz_job en entête de job si nécessaire (voir documentation sur les machines de calculs du CCRT ou les variables cputim_job et memsz_job sur les machines NEC de l'IDRIS). 

#PBS -l memsz_job=15.0gb       # limite memoire
#PBS -l elapstim_req=02:00:00 # limite en temps elapsed

Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande class au CCRT ou news class à l'IDRIS.
Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine. Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir ou workdir, vous devez modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul 

RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR

Avant de lancer votre simulation il vous reste une dernière étape : vous devez définir la variable PeriodNb dans votre Job. PeriodNb peut être définie comme le nombre maximal de PeriodLength (dans config.card) pouvant être simulée sur le elapstim_req demandé !
exemple : 

PeriodLength=1M
elapstim_req=20:00:00
PeriodNb=12             >>>> cela signifie que vous pouvez faire passer 12 mois de simulations durant 20h de temps CPU



Temps d'execution du couplé IPSLCM5A

ORCA2xLMD9695-L39

machine cpus (1 mois) temps CPU (1 mois) temps réel 10 ans temps réel
mercure SX8R 4 3300 s 1000 s 2 jours
mercure SX9 4 2000 s 680 s 1 jour
brodie SX8 4 3600 s 1200 s 2 jours
vargas IBM 32 1100 s 1,5 jours

En gras, ce qu'il faut utiliser pour l'entête du job.

Exécution de la simulation

Avant : Vérifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card.

Au CCRT 

cd modipsl/config/IPSLCM5A/EXP00/
ccc_msub Job_nom_simul

A l'IDRIS 

cd modipsl/config/IPSLCM5A/EXP00/
qsub Job_nom_simul


ATTENTION: par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation. Ces jobs s'intitulent REBUILDA, TS et SE. Pour en savoir plus voir ModipslBeginner

Le parallelisme et les fichiers Bands

Les fichiers Bands sont des fichiers nécesaires à la parallélisation. Ils permettent d'optimiser la répartition des points de grilles sur les différents processeurs en fonction du code de calcul.

A retenir

Par défaut, le couplé IPSLCM5A, peut tourner sur un nombre quelconque de processeurs. Il crée lui-même le fichier Bands lors des 3 premiers mois de la simulation puis utilise celui du dernier mois. Il est possible d'utiliser le fichier Bands d'une autre simulation, voir paramétrage dans COMP/lmdz.card.

ATTENTION : Pour être certain d'obtenir les même résultats entre deux simulations il faut annuler l'ajustement et la création des fichiers Bands. Il faut utiliser pour les deux simulations le MÊME fichier Bands.

Cas particuliers LMDZ-ORCHIDEE et LMDZ-INCA

Répertoires d'expérience
  • Pour LMDZ4OR_v2 le répertoire d'expérience se nomme LMDZOR
  • Pour LMDZINCA_v2 il y a un répertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC ....

Plus d'information sur les configs avec le modèle INCA ​ICI

Création de l'état initial pour LMDZOR

Si vous n'avez pas de fichier d'états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un répertoire CREATE/ en plus de votre répertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE.
Le répertoire CREATE/ est composé de :

  • un fichier config.card
  • un fichier config.card_Interannuel
  • un sous répertoire COMP/
  • un sous répertoire PARAM/

L'utilisateur peut décider soit de créer un état initial pour un run climato c'est à dire qu'il utilisera pour chaque année de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un run nudgé c'est à dire qu'à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment procéder dans ces deux cas :

  • RUN CLIMATO

Dans ce cas vous laissez les fichiers tels que vous les avez extraits. 

cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/
ls                                >>>> verification des fichiers dans le répertoire CREATE/ (cf ci-dessus) 
cd ../../../util
./ins_job                         >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le répertoire CREATE/
cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE
ccc_msub Job_ELC-$RESOL              >>>> soumission du job tel quel

L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/ 

ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-LMD9671/ATM/Restart/
ELC-LMD9671_19791230_limit.nc   ELC-LMD9671_19791230_start.nc ELC-LMD9671_19791230_startphy.nc

Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez vérifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card renvoie bien vers ces fichiers 

[InitialStateFiles]
List=   (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_start.nc, start.nc) \
        (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_startphy.nc, startphy.nc)
[...]
[BoundaryFiles]
ListNonDel= (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_limit.nc, limit.nc) \
[...]


  • RUN NUDGE

Dans ce cas là vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour les années 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6. 

cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE
mv config.card_Interannuel config.card
mv COMP/lmdz.card_Interannuel COMP/lmdz.card
cd ../../../util
./ins_job                             >>>> creation du Job Job_ELI-$RESOL
cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE
ccc_msub Job_ELI-$RESOL

L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/. Contrairement au cas climato vous obtenez 50 trios "start.nc, startphy.nc et limit.nc" 

ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-LMD9671/ATM/Restart/
ELI-LMD9671_19561230_limit.nc   ELI-LMD9671_19561230_start.nc   ELI-LMD9671_19561230_startphy.nc 
(...)
ELI-LMD9671_20051230_limit.nc   ELI-LMD9671_20051230_start.nc   ELI-LMD9671_20051230_startphy.nc

Pour votre simulation vous devrez comme précédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais attention cette fois ci pour le fichier de conditions aux limites il faudra l'indiquer dans la section List et non pas ListNonDel de BoundaryFiles. 

[InitialStateFiles]
List=  (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_start.nc, start.nc) \
       (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_startphy.nc, startphy.nc)
[...]
[BoundaryFiles]
List=(${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_limit.nc, limit.nc)


Remarque : Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de données que les données AMIP vous devez modifier le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/lmdz.card

Passage d'une simulation couplée IPSLCM5A à une simulation forcée LMDZ4OR_v3

Vous avez fait tourner une simulation couplée IPSLCM5A et vous voulez faire tourner la simulation forcée LMDZOR4_v3 équivalente. Voici les différentes étapes :

1) Extraire la configuration forcée LMDZ4OR_v3 dans le répertoire modipsl/config ou se trouve le repertoire IPSLCM5A : 

>cd modipsl/config
>svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/CONFIG/LMDZOR/branches/LMDZ4OR_v3 LMDZ4OR_v3
>ls
IPSLCM5A  LMDZ4OR_v3

2) Modifier le fichier LMDZ4OR_v3/LMDZOR/config.card en fonction de la simulation à lancer (Nom, Dates,...)

3) Créer les jobs de la nouvelle configuration LMDZ4OR_v3 

>cd modipsl/util
>./ins_job

4) Si vous ne l'avez jamais fait, créer le fichier de conditions aux limites (voir là). Attention, pour avoir le même trait de côtes que dans la simulation couplée, il est necessaire d'utiliser pour la création des conditions aux limites le fichier o2a.nc utilisé par la simulation couplée. Pour cela, ajouter le path du fichier o2a.nc dans CREATE/COMP/lmdz.card en lieu et place du commentaire. Par exemple : 

(/dmnfs/cont003/p86ipsl/IGCM/INIT/ATM/IPSLCM5A/ORCA2.3xLMD9695/o2a.nc, o2a.nc)

5) Indiquer la résolution de la composante LMDZOR (qui correspond à la résolution de la simulation couplée). 

>cd modipsl/config/LMDZ4OR_v3
>cat ../IPSLCM5A/.resol
ORCA2xLMD9695-L39
RESOL_ATM_3D=96x95x39
>echo "LMD9695-L39" > .resol
>echo "RESOL_ATM_3D=96x95x39" >> .resol

6) Lancer la simulation 

>cd modipsl/config/LMDZ4OR_v3/LMDZOR
puis soumission du Job



Comment désactiver STOMATE dans le couplé IPSLCM5A?

Attention! Il n'y a pas eu validation scientifique des résultats. Pour désactiver stomate dans le couplé IPSLCM5A, il faut :

  • supprimer la composante SBG dans le fichier config.card : 
    -SBG= (stomate, ORCHIDEE_1_9_4_AR5)
-SBG= ("", "")
  • dans COMP/orchidee.card ajouter la recherche du fichier lai2D.nc : 
    +ListNonDel= (${R_BC}/SRF/${config_UserChoices_TagName}/lai2D.nc, .)
  • dans PARAM/orchidee.def, ajouter le paramètre pour demander la lecture du fichier LAI_MAP : 
    +# Read a LAI map (12 monthly values)
+LAI_MAP = y
+# default = n

Etat de la simulation en cours

La variable PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation : 

Start ou OnQueue : run en attente
Running : run en cours d'exécution
Completed : run fini correctement
Fatal : run fini avec un plantage



Fin de simulation

Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience:

  • run.card
  • Script_Output_JobName

Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier :

  • !JobName_date_out_run_file_error qui contient le journal de sortie de votre simulation

Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable PeriodState qui vous renseigne 

PeriodState= Completed ( = simulation bien finie) 
PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation)

Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant : 

$DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_ 
Avec les sous répertoires suivant : 
ATM CPL ICE OCE SRF SBG Out Exe 
MOD = Restart et Output de la composante (ATM, ICE...) 
Out = journaux de sorties du run 
Exe = exécutables utilisés pour le run

Lorsque votre simulation est bien finie, les post-traitements sont lancés et exécutés sur les frontales. En savoir plus sur les post-traitements : PostTraitementLibIGCM?

Comment lire le fichier ScriptOutput

A la fin de chaque période de simulation un fichier Script_Output correspondant est créé. Ces fichiers comportent trois parties :

  • copies des fichiers d'input
  • exécution
  • copies des fichiers d'output

Ces trois parties sont délimités ainsi : 

#######################################
#       ANOTHER GREAT SIMULATION      #
#######################################

 1ère partie

#######################################
#      DIR BEFORE RUN EXECUTION       #
#######################################

 2ème partie

#######################################
#       DIR AFTER RUN EXECUTION       #
#######################################

 3ème partie

Si à la fin de votre simulation le fichier run.card indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output. Il y a plusieurs solutions :

  • si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacé un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.
  • si le fichier s'arrête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU
  • si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'exécution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs.

Si le message suivant apparaît dans la deuxième partie du fichier, c'est qu'il y a un problème lors de l'exécution. 

========================================================================
EXECUTION of : mpirun -f ./run_file > out_run_file 2>&1
Return code of executable : 1
IGCM_debug_Exit :  EXECUTABLE

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! IGCM_debug_CallStack !!
!------------------------!

!------------------------!
IGCM_sys_Cp : out_run_file xxxxxxxxxxxx_out_run_file_error
========================================================================

Si au contraire vous avez le message suivant 

========================================================================
EXECUTION of : mpirun -f ./run_file > out_run_file 2>&1
========================================================================

Il y a alors deux solutions :

  • dans 90% des cas c'est que le problème s'est produit lors de la copie des outputs.
  • dans les 10% restant c'est que vous êtes passé par un garde fou du modèle et que celui-ci s'est fini proprement mais avant

la fin de la simulation. Dans ce cas là si votre modèle propose un journal de sortie autre que celui de la simulation il faut le consulter. Par exemple, le fichier de sortie de l'océan est stocké sur le serveur de fichiers sous ce nom là : 

IGCM_sys_Put_Out : ocean.output xxxxxxxx/OCE/Debug/xxxxxxxx_ocean.output

Sinon (par exemple pour LMDZ ou INCA) votre journal de sortie est confondu avec celui de la simulation et celui-ci n'a pas eu le temps d'être copié sur l'espace de stockage (explication ICI). Si votre simulation a tourné sur le $SCRATCHDIR vous pouvez le récupérer là, sinon vous devez relancer votre simulation sur le $SCRATCHDIR (par défaut elle est sur le $TMPDIR). Pour cette opération il faut modifier la variable RUN_DIR_PATH voir ICI.

Comment sont stockés les fichiers de sorties du modèle

Les sorties de la simulation sont stockées sur le disque de stockage de la machine. Le DMFDIR pour le CCRT, et GAYA pour l'IDRIS.
libIGCM permet de créer une architecture de stockage commune à toutes les configurations de modèles : IGCM_OUT. Cette architecture est ordonnancée de la manière suivante : 

IGCM_OUT/nom_config/nom_experience/repertoires_composantes/

Exemple pour le modèle couplé IPSLCM5A :
IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MonExp/
       - ATM/
       - SRF/
       - ICE/
       - OCE/
       - SBG/
       - CPL/

Chaque répertoire de composante contient lui-même deux sous-répertoires : Restart/ et Output/ qui comme leurs noms l'indiquent contiennent pour l'un les fichiers de restart et pour l'autre les fichiers d'output de la simulation. En plus de ces deux répertoires il y en a un troisième Debug/ qui contient éventuellement les fichiers textes liés à la simulations (*.def, fichier Bands ...)
A noter : le répertoire Analyse contient les fichiers issus des post-traitements (Time Series : TS_MO ou TS_DA, moyennes saisonnières SE).
En plus de ces répertoires propres aux composantes il y a deux répertoires Exe/ et Out/ contenant pour le premier les copies des exécutables de la simulation, et pour le second une copie des journaux de sorties de la simulation.



Quels fichiers de sorties sont produits?

Dans config.card, vous pouvez gérer la fréquence de sorties de vos fichiers. Par défaut vous avez :

  • pour l'atmosphère : 
    [ATM]
WriteFrequency="1M 1D HF"

c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans ATM/Ouput/MO, des fichiers journaliers rangés par mois (28,30 ou 31 valeurs) dans ATM/Output/DA et des fichiers haute fréquence (4 valeurs par jour) rangés dans ATM/Ouput/HF.

  • pour l'océan et le coupleur : 
    [OCE]
WriteFrequency="1M 1D"

c'est à dire des fichiers mensuels (1 valeur par mois) rangés dans OCE/Ouput/MO (CPL/Output/MO) et des fichiers journaliers rangés par mois (28, 30 ou 31 valeurs) dans OCE/Output/DA (CPL/Output/DA)

  • pour la glace de mer, les surfaces continentales et la biogéochimie continentale : 
    WriteFrequency="1M"

c'est à dire des fichiers mensuels rangés dans ICE/Ouput/MO, SRF/Output/MO et SBG/Output/MO

Que peut-on demander ?

  • Vous pouvez enlever une fréquence que vous ne souhaitez pas : HF pour ATM par exemple.
  • Pour ajouter une fréquence, il faut rajouter le fichier généré dans le fichier COMP.card, rajouter le traitement des paramètres de gestion de cette fréquence dans COMP.driver.
  • Pour modifier le niveau de sorties de LMDZ, les paramètres lev_histf sont à modifier dans le fichier PARAM/physiq.def_L39 (ou _L19 si vous êtes avec 19 niveaux). Par défaut :
    • lev_histhf=2
    • lev_histday=2
    • lev_histmth=2
  • Pour modifier les sorties de NEMO, vous pouvez ajouter ou supprimer des variables dans le fichier PARAM/iodef.xml.
    • A faire dans la partie 2 : output files definition pour supprimer des variables.
    • A faire dans la partie 2 pour ajouter des variables
      • suffisant pour des variables déjà décrites dans la partie 1 : definition of all existing variables
      • en modifiant le code NEMO sinon.
  • Pour modifier le niveau de sortie d'Orchidee, les paramètres SECHIBA_HISTLEVEL et STOMATE_HISTLEVEL sont à modifier dans PARAM/orchidee.def. Par défaut :
    • SECHIBA_HISTLEVEL = 5
    • STOMATE_HISTLEVEL=10

Comment regarder les fichiers sur dods

  • A l'IDRIS, il faut aller sur le web à l'adresse : ​http://dodsp.idris.fr/ et choisir son login, sa configuration, sa simulation puis enfin la composante (Output ou Analyse) ou les atlas ou encore le monitoring.
  • Au CCRT, il faut aller sur le web à l'adresse : ​http://dods.extra.cea.fr/data/ et choisir son login, da configuration, sa simulation...
  • Une fois trouvé un fichier netcdf (suffixe .nc), on peut le récupérer en clickant dessus ou l'analyser avec les fonctionalités DODS. Pour cela il faut à son adresse ajouter cgi-bin/nph-dods juste avant son login. Plus d'informations là : ​http://dods.ipsl.jussieu.fr/

Execution

Comment lancer un run guidé (nudge) ?

Ce paragraphe s'applique aux configurations contenant LMDZ

  1. Il faut ajouter un fichier guide.def dans le répertoire PARAM/ de votre répertoire d'expériences 
Type de fichier guide.def :
guide_u= y
guide_v= y
guide_T= n
guide_P= n
guide_Q= n
ini_anal=.true.
tau_min_u=0.0208333
tau_max_u=0.1
tau_min_v=0.0208333
tau_max_v=0.1
tau_min_T=0.0208333
tau_max_T=10
  1. Il faut modifier le fichier PARAM/run.def pour lui indiquer de prendre en compte guide.def 
Ajoutez la ligne :
INCLUDEDEF=guide.def
  1. Il faut modifier la variable ok_guide dans le fichier PARAM/gcm.def
  2. Dans COMP/lmdz.card :
    1. Vous devez indiquer les path des fichiers de vents avec lesquels vous souhaitez guider votre modèle 
      [BoundaryFiles]
List= ....\
      (/dmnfs/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/u_ecmwf_${year}${month}.nc, u.nc)\
      (/dmnfs/p24data/ECMWF96x72/AN${year}/v_ecmwf_${year}${month}.nc, v.nc)\
    2. indiquer dans la liste [ParametersFiles] le fichier guide.def 
[ParametersFiles]
List= ....\
      (${SUBMIT_DIR}/PARAM/guide.def,.)
  1. Vous devez indiquer dans config.card le bon calendrier (leap pour prendre en compte les années bisextiles ou noleap pour ne pas en tenir compte)

Relancer une simulation

  1. Pour repartir du début, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card.
  2. Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/_nom_simul_
  3. Si vous aviez changé la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir.
  4. Relancer le job



Poursuivre une simulation

Dans le fichier config.card modifiez la date de fin de simulation Dans le fichier run.card vous devez :

  • vérifier que les variables PeriodDateBegin et PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation (ex: si vous venez de finir le mois de mai 2000 vous devez avoir PeriodDateBegin= 20000601 et PeriodDateEnd= 2000630)
  • indiquer PeriodState = OnQueue
  • Dans le Job vous devez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Output existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.0001, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.CumulPeriod (vous trouverez CumulPeriod dans run.card)
  • si jamais vous êtes dans le cas ou votre simulation s'est arrêtée au milieu d'un mois et vous la relancez, il faut effacer les fichiers créés pour ce mois là dans vos archives ($DMFDIR/IGCM_OUT/etc...). Vous pouvez utiliser le script modipsl/libIGCM/clean_month.job pour cela. Mode d'emploi : 
     cd $SUBMIT_DIR (ie modipsl/config/IPSLCM5A/EXP00)
 cp ../../../libIGCM/clean_month.job . ; chmod 755 clean_month.job  # une seule fois pour toute
 ./clean_month.job   #   Repondre aux questions. 
qsub Job_EXP00

Comment préparer une autre expérience ?

Pour cela il suffit de recopier le répertoire EXP00, dans son ensemble, dans un autre répertoire.
Par commodité on appellera ce répertoire du même nom que l'expérience (JobName dans config.card). 

cd modipsl/config/IPSLCM5A
cp -pr EXP00 MONEXP
cd MONEXP
rm -f run.card Sc* Jo* # nécessaire si une simu a déjà tourné dans le répertoire EXP00
vi config.card # Changer ce qu'on veut et en particulier JobName
../../util/ins_job # installera un nouveau Job_MONEXP et dira qu'il ne peut pas réinstaller les jobs de post-traitements qui existent déjà. Pas grave.

ATTENTION : si vous modifiez vos codes et recompilez durant une simulation c'est ce nouvel exécutable qui sera pris en compte pour la fin de la simulation

Démarrer depuis une autre simulation

Dans le fichier config.card vous devez préciser en plus les différents paramètres de la section Restarts : 

#========================================================================
#D-- Restarts -
[Restarts]
#D- If you want a GENERAL RULE FOR ALL COMPONENTS RESTARTS, put this flag to 'y'
OverRule=y
#D- Last day of the experience used as restart
RestartDate=1869-12-30
#D- Define restart simulation name
RestartJobName=CD1
#D- Path Server Group Login
RestartPath=${ARCHIVE}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl


Si la simulation a été faite par une autre personne, vous devez bien préciser le répertoire : 

RestartPath=/u/rech/lab/plabxxx/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl # ou /dmnfs/contxxx/login/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl


Pour avoir exactement les mêmes résultats, il faut prendre le même fichier Bands. Cela se précise dans COMP/lmdz.card avec les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 

LMDZ_NbPeriod_adjust=0
# To force usage of this Bands file, put LMDZ_NbPeriod_adjust=0 and replace XXXXXXX by Restart Job Name
LMDZ_Bands_file_name=${ARCHIVE}/IGCM_OUT/IPSLCM5/CEPRO0/ATM/Debug/CEPRO0_Bands_96x95x39_3prc.dat_3

A noter : vous pouvez séparer les paramètres de redémarrage par composantes. Laisser OverRule=n et utiliser alors les différents paramètres Restart, RestartDate, RestartJobName et RestartPath pour chaque composante (section). Par exemple pour l'atmosphère : 

#D-- ATM -
[ATM]
#
WriteFrequency="1M 1D HF"
# If config_Restarts_OverRule == 'n' all params are read
Restart= y
# Last day of the experience used as restart for this component
RestartDate=1999-12-30
# Define restart simulation name
RestartJobName=2L18
RestartPath=${ARCHIVE}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl


Comment repérer qu'il manque un fichier dans les sorties, comment repérer que les tailles de fichiers ne sont pas identiques pour tous les mois des différentes années ?

Depuis le 19 janvier 2011, le script check_expe_files_size.sh disponible dans le répertoire libIGCM/libIGCM_post ou là : ​check_expe_files_size.sh permet de repérer les trous dans des séries de fichiers rangés selon la nomenclature IPSL.

Options :

  • L'option -Z permet d'étudier les tailles des fichiers et de repérer si les tailles des mois de janvier (février, ...) sont différentes entre les années. Fonctionne aussi avec les années bissextiles. Attention au temps d'execution qui dépasse largement 10 mn dans ce cas.
  • L'option -I xxxx, permet d'arrêter la vérification des noms à cette année là. Utile dans le cas d'une simulation en route avec des rebuild non faits.
  • L'option -R permet de parcourir l'arborescence.

Machines testées : CCRT (répertoire $DMFDIR) et IDRIS (gaya directement)

Exemples d'utilisation : 

check_expe_files_size.sh SRF/Output/MO # verification des noms du repertoire SRF/Output/MO
check_expe_files_size.sh -Z SRF/Output/MO # verification des noms et des tailles des fichiers du repertoire
check_expe_files_size.sh -R -S "*/Output" # verification des noms des fichiers pour toute une simulation IPSL
check_expe_files_size.sh -Z -R -S "*/Output" # verification des noms et des tailles des fichiers pour toute une simulation IPSL
check_expe_files_size.sh -I 1949 -R -S "*/Output" # verification jusuque a l annee 1949 incluse des noms des fichiers pour une simulation IPSL

Exemple avec erreur. A noter le code retour non nul : 

Example (with errors) :
> pwd
IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/SX81210 
> check_expe_files_size.sh  -Z -R ATM/Output
quiet : 0 recursion : 1 - examsize : 1 - dir - ATM/Output -- subdir -- maxyearp1 : 9999
48 files proceeded.
Years occurring : 2000
Years tested : 2000
File name patterns and holes (if any) :
                                       ./DA/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_1D_histday.nc : 
                                        ./HF/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_HF_histhf.nc : 
                                       ./MO/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_1M_histmth.nc : 200011
                                    ./MO/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_1M_histmthNMC.nc : 

Size verification per month (if different) :
                                       ./DA/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_1D_histday.nc : 
                                        ./HF/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_HF_histhf.nc : 
                                       ./MO/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_1M_histmth.nc : [11]
                                    ./MO/SX81210_YYmmdd_YYmmdd_1M_histmthNMC.nc : 
> echo $?
1

Comment boucher un trou cad relancer une simulation pour refaire les fichiers d'un mois complet?

Saperlipopette, j'ai perdu un fichier! Il s'agit du mois d'octobre 1932 de la simulation ARGENT. Que dois-je faire pour le recréer?

Pour boucher un trou, il faut refaire exactement la même simulation, c'est à dire :

  • sur le serveur de fichiers :
    • supprimer (ou mettre de côté) les autres fichiers du même mois. Utiliser le suffixe 19321031 (ou bien 19321030 si vous êtes en calendrier 360d) pour avoir aussi les fichiers de type Restart. 
      cd IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/ARGENT
find . -name '*19321031*' -exec rm -f {} \;
  • sur la machine de calcul :
    • créer un repertoire dédié spécial : cp -pr ARGENT ARGENTREDO
    • dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 
      OldPrefix= ARGENT_19320930
PeriodDateBegin= 1932-10-01
PeriodDateEnd= 1932-10-31
CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT)
PeriodState= OnQueue
    • modifier le fichier config.card pour ne faire qu'un seul mois ie qu'une seule Period : 
      DateEnd= 1932-10-31
    • vérifier que l'on prendra exactement le même fichier Bands.
      • Si c'est au delà de la 3ème itération pas de problème, c'est fait automatiquement.
      • Sinon, dans le fichier COMP/lmdz.card, modifier les paramètres LMDZ_NbPeriod_adjust et LMDZ_Bands_file_name ainsi : 
        LMDZ_NbPeriod_adjust=0
# To force usage of this Bands file, put LMDZ_NbPeriod_adjust=0 and replace XXXXXXX by Restart Job Name
LMDZ_Bands_file_name=${ARCHIVE}/IGCM_OUT/IPSLCM5/CEPRO0/ATM/Debug/CEPRO0_Bands_96x95x39_3prc.dat_3
    • relancer la simulation : 
      vi run.card # vérifier encore une fois
vi Job_ARGENT # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie
qsub Job_ARGENT

Comment relancer une simulation à l'identique pour récupérer quelques fichiers de sortie disparus ?

Ceci est une variante de la question précédente. Elle permet de faire une autre simulation à l'identique mais à côté. Pas besoin de détruire les fichiers sur le serveur de fichiers, on recrée tous les fichiers du mois en question.

Exemple : refaire tourner v3.historicalAnt1 car 3 fichiers ont disparu pour 19640930.

Actions :

  • Sur le serveur de fichiers : créer les fichiers Restart, mesh_mask et Bands. 
    ## Directory
mkdir ....IGCM_OUT/IPSLCM5A/REDO/historicalAnt/v3.historicalAnt1REDO
cd ....IGCM_OUT/IPSLCM5A/REDO/historicalAnt/v3.historicalAnt1REDO
mkdir -p ATM/Restart CPL/Restart ICE/Restart MBG/Restart OCE/Restart SBG/Restart SRF/Restart
# Restart
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/ATM/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_restart.nc ATM/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_restart.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/ATM/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_restartphy.nc      ATM/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_restartphy.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/CPL/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_flxat.nc   CPL/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_flxat.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/CPL/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_sstoc.nc   CPL/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_sstoc.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/ICE/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_restart_icemod.nc ICE/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_restart_icemod.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/MBG/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_restart_trc.nc     MBG/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_restart_trc.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/OCE/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_restart.nc OCE/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_restart.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/SBG/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_stomate_rest.nc    SBG/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_stomate_rest.nc
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/SRF/Restart/v3.historicalAnt1_19640831_sechiba_rest.nc    SRF/Restart/v3.historicalAnt1REDO_19640831_sechiba_rest.nc
# mesh_mask
mkdir -p OCE/Output
cd OCE/Output
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/OCE/Output/v3.historicalAnt1_mesh_mask.nc v3.historicalAnt1REDO_mesh_mask.nc
cd ../..
# Bands
mkdir -p ATM/Debug
cd ATM/Debug
ln -s ../../../../../PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/ATM/Debug/v3.historicalAnt1_Bands_96x95x39_3prc.dat_3 v3.historicalAnt1REDO_Bands_96x95x39_3prc.dat_3
cd ../..
  • Sur la machine de calcul:
    • créer un repertoire dédié spécial : 
      cp -pr  v3.historicalAnt1 v3.historicalAnt1REDO
    • dans ce nouveau répertoire, modifier le fichier run.card pour avoir les bonnes valeurs des paramètres suivants : 
      OldPrefix= v3.historicalAnt1REDO_19640831
PeriodDateBegin= 1964-09-01
PeriodDateEnd= 1964-09-30
CumulPeriod= xxx # Attention mettre la bonne valeur cad la valeur associé au même mois dans le fichier run.card témoin (ARGENT)
PeriodState= OnQueue
    • modifier le fichier config.card pour ne faire qu'un seul mois (ie qu'une seule Period), ne pas faire les Post-traitements et lancer rebuild à la fin du mois refait. 
      JobName=v3.historicalAnt1REDO
...
SpaceName=REDO
...
DateEnd= 1964-09-30
...
RebuildFrequency=1M
...
TimeSeriesFrequency=NONE
...
SeasonalFrequency=NONE
    • relancer la simulation : 
      vi run.card # vérifier encore une fois
mv Job_v3.historicalAnt1 Job_v3.historicalAnt1REDO
vi Job_v3.historicalAnt1REDO # vérifier les parametres de temps et les noms des Scripts de sortie
qsub Job_v3.historicalAnt1REDO
  • une fois le job fini, vérifier que les solver.stat sont bien identiques : 
    sdiff  OCE/Debug/v3.historicalAnt1REDO_19640901_19640930_solver.stat /dmnfs11/cont003/p86maf/IGCM_OUT/IPSLCM5A/PROD/historicalAnt/v3.historicalAnt1/OCE/Debug/v3.historicalAnt1_19640901_19640930_solver.stat

Lancer IPSLCM5A sur la machine Titane (machine Xeon du CCRT)

  • Etape préalable : assurez-vous que votre login est autorisé à tourner sur la machine titane à l'aide de la commande groups : 
    mercure - /home/cont003/p86caub : groups

Si ce n'est pas le cas, demandez l'autorisation au CCRT en passant par votre responsable de projet.

Les étapes à faire sont les mêmes que pour tourner le modèle IPSLCM5A sur mercure, a ceci près :

  • Avant la compilation ET l'exécution, il faut charger les modules nécessaires : 
    module load netcdf/3.6.3
  • N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM. Plus d'infos là.
  • Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable JobNumProcTot à 32. Par défaut, cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 30 CPUs alors que la composante océanique et le coupleur utiliseront chacun 1 CPU. 
JobNumProcTot=32
  • La soumission du job se fait à l'aide de la commande ccc_msub 
ccc_msub Job
  • A noter, que les post-traitements s'effectueront sur la machine cesium.

Rappel : Pour que cela marche il faut avoir créé des clés avec une passphrase vide pour ssh et s'être connecté sur cesium au moins une fois. (Attention, si vous vous servez pour vos connexions de clés ssh déjà générées avec des passphrases non vides de ne pas les écraser.)
Mémo : 

mercure : cd ~/.ssh
mercure : ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/cont003/xxxxxx/.ssh/id_rsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): (RETURN)
Enter same passphrase again: (RETURN)
Your identification has been saved in ...../.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in ...../.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
af:....
mercure : cat id_rsa.pub >>authorized_keys
mercure : ssh cesium
  • Pour améliorer légerement les performances :

La configuration par défaut du modèle couplé à la résolution 96x95x39 est quasiment équilibrée, cad que le modèle d'atmosphère sur 30 CPUs est très légerement plus rapide que le modèle d'ocean sur 1 CPU.
1 jour simulé par LMDZ sur 30 CPUs : 25s
1 jour simulé par NEMO sur 1 CPU : 27s
ce qui donne 1 mois simulé en 900s (par comparaison on a 1 mois simulé en 600s sur 4 CPUs SX9).

On voit donc que c'est le modèle d'océan qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. En utilisant 2 process MPI pour l'océan on obtient :
1 jour simulé par LMDZ sur 29 CPUs : 25s
1 jour simulé par NEMO sur 2 CPU : 15s
ce qui va donner 1 mois simulé en 840s.

On voit donc que désormais, c'est le modèle d'atmosphère qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. Mais à cette résolution là, il n'est pas possible d'utiliser plus de process pour LMDZ en parallélisation MPI seule (limite à 3 bandes de latitudes par process MPI).

La configuration idéale est donc : 29 CPUs ATM, 2 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis (lorsque PISCES n'est pas activé). Si PISCES est activé (c'est le cas avec IPSLCM5A CMIP5) la configuration ideale est : 26 CPUs ATM, 5 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis Pour activer cette configuration-là, deux étapes sont nécessaires :

  • Compilation :
    • Pour des raison de qualité (restartabilité NEMO), enlever les cles cpp suivantes pour la compilation : key_vectopt_loop key_vectopt_memory. Pour faire cela : 
      vi modipsl/config/IPSLCM5A/AA_make 
supprimer les cles cpp "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" de la varibale P_P à la ligne :

orca2: ../../modeles/NEMO/WORK
       (cd ../../modeles/NEMO/WORK; P_P='key_trabbl_dif key_vectopt_loop key_vectopt_memory ...

cd modipsl/util ; ./ins_make
    • Compiler NEMO pour qu'il tourne sur 5 process MPI en modifiant directement le code : 
      vi modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31)
      jpni   = 1,                   &  !: number of processors following i
      jpnj   = 5,                   &  !: number of processors following j
      jpnij  = 5                       !: nb of local domain = nb of processors

cd modipsl/config/IPSLCM5A ; gmake
  • Execution
    • Cas particulier : si vous souhaitez faire utiliser à votre NEMO parallèle un restart généré par un NEMO mono-processeur, alors il faut forcer une resoumission (ccc_msub) apres le 1er run de la simulation. Pour cela :
      • mettre PeriodNb=1 dans votre Job ; ccc_msub Job
      • une fois le 1er run en machine, remettre PeriodNb=48

Lancer IPSLCM5A sur la machine Vargas (machine IBM de l'IDRIS)

  • Accès au modèle :
    • Il faut avoir accès à subversion : module load svn et à fcm : export PATH=/homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin:$PATH
  • Compilation :
    • N'oubliez pas de verifier que votre PATH contient bien le path pour l'outil FCM : /homegpfs/rech/psl/rpsl035/FCM/bin . Plus d'infos là.
    • il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory" dans config/IPSLCM5A/AA_make. Dans IPSLCM5A/AA_make.gdef (à faire avant ins_make)
    • il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Fait pour l'execution mais à faire dans les sources de NEMO. 
      vi modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31)
      jpni   = 1,                   &  !: number of processors following i
      jpnj   = 5,                   &  !: number of processors following j
      jpnij  = 5                       !: nb of local domain = nb of processors
  • Exécution :
    • Repérer un état initial à utiliser.
  • Modifications dans config.card :
    • Avant la génération du Job de soumission via la commande ./ins_job, il faut préciser le nombre de CPUs demandés dans le config.card en mettant la variable JobNumProcTot à 32. 
      JobNumProcTot=32
    • Attention! create_etat0_limit ne fonctionne pas actuellement sur vargas. Il est compilé en parallèle (pour gagner du temps) et l'executable tourne sur le nombre de procs demandé par le job : 32 (ou 16). Comme ce n'est pas prévu dans ce0l, il s'arrête. Il faut donc partir d'un état initial créé autrement : autre simulation, ce0l executé ailleurs, par exemple sur brodie.
  • Il faut également utiliser la commande adéquate de lancement. Décommenter la ligne suivante et supprimer l'ancienne valeur de JobRunOptions dans config.card : 
    JobRunOptions='"-pgmmodel MPMD -cmdfile"'
  • Attention! Préciser dans PARAM/run.def use_filtre_fft=n
  • La soumission du job se fait à l'aide de la commande llsubmit et la suppression par llcancel 
    llsubmit Job_EXP00
  • A noter, que les post-traitements s'effectueront sur la machine ulam.

Les post-traitements avec libIGCM

Cette page donne quelques informations sur les post-traitements du couplé IPSLCM5A.

Les post-traitements sont des opérations systématiquement lancées en fin de simulation sur les frontales. Il s'agit des rebuild ou assemblage des fichiers créés par sous-domaines par les applications parallèles (LMDZ et ORCHIDEE dans le cas du couplé IPSLCM5A). Ils concernent également les fichiers concernés par des Patchs ou modifications systématiques avant stockage (axe des temps, masque terre/océan, ...). Il s'agit des séries temporelles (qui lancent les monitoring) et des moyennes saisonnières (qui lancent les atlas).

Quels sont les paramètres de lancement des post-traitement?

Dans le fichier ​config.card, les variables qui gèrent les post-traitements sont dans la section Post :: 

82	#D-- Post -
83	[Post]
84	#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines
85	#D- frequency of rebuild submission (use NONE for DRYRUN=3)
86	RebuildFrequency=1Y
87	#D- Do we rebuild parallel output from archive
88	RebuildFromArchive=true
89	#D- If you want to produce time series, this flag determines
90	#D- frequency of post-processing submission
91	TimeSeriesFrequency=10Y
92	#D- If you want to produce seasonal average, this flag determines
93	#D- the period of this average
94	SeasonalFrequency=10Y
95	#D- Offset for seasonal average first start dates ; same unit as SeasonalFrequency
96	#D- Usefull if you do not want to consider the first X simulation's years
97	SeasonalFrequencyOffset=0
  • RebuildFrequency=1Y indique la fréquence de lancement des travaux REBUILDA. A noter: si JobType=DEV, le paramètre est forcé la valeur de PeriodLength. Attention : RebuildFrequency n'accepte pas comme valeur des multiples de month (6M par exemple)
  • RebuildFromArchive=true indique que les fichiers seront stockés dans leur état initial (par sous-domaine), sur la machine de stockage. Le job REBUILDA commencera par aller les chercher sur le serveur de fichiers, avant de les assembler (rebuild), de leur appliquer les Patchs demandés puis de les stocker dans le répertoire usuel COMP/Output/MO ou COMP/Output/DA pour les fichiers mensuels ou journaliers de la composante COMP (OCE, ICE, ATM, SRF, ...). A noter c'est lui qui enchaine les autres post-traitements lancés par les jobs create_ts.job et create_se.job
  • TimeSeriesFrequency=10Y Les séries temporelles seront lancées tous les 10 ans.
  • SeasonalFrequency=10Y Les moyennes saisonnières (des mois de janvier, février,...) seront lancées tous les 10 ans.
  • SeasonalFrequencyOffset=0 Les premières années seront sautées avant de commencer à calculer les moyennes saisonnières.

Où tournent les post-traitements?

Les post-traitements tournent généralement sur les frontales des calculateurs. Il s'agit de travaux systématiques de traitement de fichiers qui n'ont pas leur place sur les calculateurs. Peu d'optimisation, peu de parallélisation massive, ... Sur chaque centre, les machines de calcul ont leur frontale privilégiée.

Centre Calculateur Frontale
CCRT mercure SX8 frontale TX7 mercure
CCRT mercure SX9 cesium
CCRT platine cesium
IDRIS brodie ulam
IDRIS vargas ulam

Attention pour le passage de mercureSX9 (ou mercureSX8) à Cesium il faut faire au préalable au moins une fois une connection ssh entre les deux machines. 

ssh login@cesium.ccc.cea.fr

Comment vérifier que les post-traitements sont bien passés?

  • sur ulam, les sorties des post-traitements sont là : $WORKDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation
  • sur la frontale TX7, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation
  • sur cesium, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation
  • sur la frontale de platine, ils sont là : $SCRATCHDIR/IGCM_OUT/IPSLCM5A/Ma_simulation

On trouvera dans ces répertoires les fichiers de sorties des jobs : rebuild, ts, se, atlas. Sur cesium 2 fichiers standard error (.e) et standard output (.o) par job. A noter : Les commandes de mise sur dods sont faites à la fin du job de monitoring ou à la fin de chaque atlas.

Qu'est-ce que rebuild?

  • rebuild est un utilitaire qui permet de recombiner plusieurs fichiers créés par un programme parallèle (sous-domaines) en un seul.
  • rebuild est disponible avec IOIPSL. Voir ​http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/browser/IOIPSL/trunk/tools (il est donc distribué avec les différentes configuration via modipsl)
  • rebuild est installé sur les frontales de l'IDRIS et du CCRT dans les comptes communs. Il est appelé automatiquement à la fréquence RebuildFrequency et représente la toute première étape des post-traitements.

Comment relancer les rebuild?

Pour relancer à partir des rebuild, il faut aller sur la frontale, dans le répertoire modipsl/libIGCM (l'original ou celui synchronisé dans ~MIRROR/xxxxxx/modipsl/libIGCM), modifier le job : rebuild_fromArchive.job en précisant les paramètres, le lancer sur la frontale. llsubmit sur ulam, ccc_msub sur cesium. Paramètres à modifier : 

libIGCM=${libIGCM:=/path/to/your/libIGCM}
REBUILD_DIR=${REBUILD_DIR:=/path/to/your/TMP/REBUILD/FILES}
NbRebuildDir=${NbRebuildDir:=12}
PeriodDateBegin=${PeriodDateBegin:=18901201}
config_UserChoices_JobName=${config_UserChoices_JobName:=name_of_the_job}
R_SAVE=${R_SAVE:=/path/to/your/ARCHIVE/FILES}

Attention : avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).

Qu'est-ce qu'une Time Series?

Une Time Serie est un nouveau fichier, qui contient une seule variable sur toute la longueur d'une simulation (!ChunckJob2D = NONE) ou sur une période plus courte pour les variables 3D (!ChunckJob3D = 50Y) . Elles sont décrites dans les fichiers COMP/*.card derrière les paramètres !TimeSeriesVars2D et !TimeSeriesVars3D.

Exemple pour lmdz : 

45	[OutputFiles]
46	List=   (histmth.nc,      ${R_OUT_ATM_O_M}/${PREFIX}_1M_histmth.nc,      Post_1M_histmth), \
...
53	[Post_1M_histmth]
54	Patches= (Patch_20091030_histcom_time_axis)
55	GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, time_counter, aire)
56	TimeSeriesVars2D = (bils, cldh, ... )
57	ChunckJob2D = NONE
58	TimeSeriesVars3D = ()
59	ChunckJob3D = NONE
  • Chaque fichier de sortie (section [OutputFiles]) est associé à un post-traitement : Post_1M_histmth dans l'exemple.
  • post_1M_histmth est une section (débutant par "[Post_1M_histmth]")
  • Cette section contient les variables : Patches= , GatherWithInternal = , !TimeSeriesVars2D = , !ChunckJob2D , !TimeSeriesVars3D et !ChunckJob3D
  • Patches= (Patch_20091030_histcom_time_axis) Il s'agit du Patch qui sera appliqué sur le fichier avant son stockage sur le serveur de fichiers. Ils sont visibles au niveau de : ​libIGCM_post On peut avoir plusieurs Patch appliqués l'un après l'autre.
  • GatherWithInternal = (lon, lat, presnivs, time_counter, aire) Il s'agit des variables qui sont extraites du fichier initial et rangées avec la variable de la Time Serie.

Les Time Series sont rangées sur le serveur de fichiers dans les répertoires IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/TS_MO pour celles qui sont issues des fichiers mensuelles. TS_DA pour celles qui sont issues des fichiers journaliers.

A noter : Il y a un job de Time Series 2D et un job par Time Series 3D sur les frontales. Pour le couplé IPSLCM5A , il y en donc 5 actuellement.

Comment ajouter une variable dans les Time Series?

Pour ajouter une nouvelle Time Serie il suffit d'ajouter son nom à la série de variables existantes, en prenant soin de la mettre avec les variables similaires : 2D ou 3D.

Qu'est-ce qu'un monitoring?

Voici un exemple de Monitoring du couplé IPSLCM5A : ​10 ans

On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/MONITORING.

Le monitoring d'une simulation est composé de plusieurs courbes produites à partir de variables des Time Series. Il contient également une première page détaillant les dates de passage en machine de la simulation. Cette page permet de suivre la progression d'une simulation en machine.

Le monitoring est lancé automatiquement à la fin des Time Series.

Comment superposer des courbes de monitoring de simus stockées à l'IDRIS et/ou au CCRT?

Mémo : 

Aller sur :
http://webservices.ipsl.jussieu.fr/monitoring/

Rentrer dans l'onglet 1 :
http://dods.extra.cea.fr/cgi-bin/nph-dods/data/p86cadul/OL2
Pousser "List directories".
Pour ajouter des simulations à l'IDRIS, retourner sur l'onglet 1
Rentrer : http://dods.idris.fr/cgi-bin/nph-dods/rpsl003/IPSLCM5A/DEVT/pdControl
Puis Pousser "Append dircetories" pour avoir sur l'onglet suivant les simulations CCRT et IDRIS.
Dans l'onglet 2, sélectionner les simus : 27, 29, 30 et 33 (shift click ou control click pour en choisir plusieurs)
Puis Pousser "search files".
Dans l'onglet 3, choisir une variable (SBG_BIOMASS) puis pousser sur "Validate" 
puis "Validate" dans l'onglet 4 et "Prepare and Run the ferret script".
Ensuite , apparait une page appelée
"http://webservices.ipsl.jussieu.fr/monitoring/script.php" avec un joli
multi-monitoring sur la biomasse
cliquer sur "Run script on server" pour lancer toutes les figures.
Dans l'aide 'Help' est décrite la manip pour enregistrer le script ferret et
le faire tourner en local (ça fonctionne bien).

Amusez-vous bien !

Pour sélectionner des simus sur les 2 centres, il faut revenir à l'étape 1 et appuyer sur append directories pour les ajouter.

Comment ajouter une figure dans les monitoring?

Les monitoring sont paramétrés là: ~compte_commun/atlas/ Par exemple pour LMDZ : monitoring01_lmdz_LMD9695.cfg

Il est possible de modifier un monitoring en créant un répertoire POST locale à la configuration, en recopiant un fichier .cfg et en le modifant à sa convenance. Il y a 2 exemples dans le couplé. Voir ​post-traitements spécifiques

Attention : pour faire une opération entre deux variables il faut impérativement la délimiter avec des parenthèses : 

#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#  field | files patterns | files additionnal | operations | title | units | calcul of area
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 nettop_global | "tops topl"                  | LMDZ4.0_9695_grid.nc | "(tops[d=1]-topl[d=2])" | "TOA. total heat flux (GLOBAL)"         | "W/m^2"     | "aire[d=3]"

Qu'est-ce qu'une moyenne saisonnière?

Les fichiers SE ou moyennes saisonnières sont lancées automatiquement à la fréquence SeasonalFrequency=10Y (en faisant attention à SeasonalFrequencyOffset=0) lorsqu'il y a autre choses que NONE dans le dernier paramètre du fichier dans la section '[OutputFiles]'. Tous les fichiers avec un Post demandé sont alors moyennés avec la commande ncra avant d'être stockés dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATM/Analyse/SE 1 fichier par SeasonalFrequency=10Y

Où voir les atlas?

Voici un exemple d'atlas du couplé IPSLCM5A disponible sur dods : ​ATM

Il y a au moins 8 répertoires avec les atlas pour le couplé. On peut les voir directement sur les serveurs de fichiers dans le répertoire : IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/MyExp/ATLAS.

Les atlas sont des outils mis à disposition sous les comptes communs. Voir ~compte_commun/atlas/ Ils sont basés sur des fichiers atlas_composante.cfg. utilisant les outils fast/atlas. Voir : ​http://dods.ipsl.jussieu.fr/fast/

Comment relancer les post-traitements depuis la machine de post-traitement?

Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée ST11 de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT).

  • On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain : 
    cd ; mkdir -p POST/ST11 ; cd POST/ST11
  • On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 
    cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/COMP .
  • On recopie les post-traitements spécifiques à la configuration (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée) 
cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/POST .
  • On recopie les cartes spécifiques (config.card et run.card) à la simulation (depuis le répertoire où la simulation a été lancée) 
cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/config.card .
cp –r /home/cont003/p86caub/ST11/config/IPSLCM5A/ST11/run.card .
  • On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 
    cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/rebuild_fromArchive.job .
cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/create_ts.job .
cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/create_se.job .

ou bien si on est dans le cas RebuildFromArchive=NONE 

cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/rebuild_fromWorkdir.job .
cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/create_ts.job .
cp /home/cont003/p86caub/ST11/libIGCM/create_se.job .
  • On adapte les jobs à soumettre en modifiant certaines variables :

Dans tous les jobs à lancer (rebuild_fromArchive.job, create_ts.job et create_se.job), il faut modifier : 

StandAlone=true
libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l’expérience

Dans rebuild_fromArchive.job, il faut modifier : 

PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder
NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la  PeriodDateBegin 
config_UserChoices_JobName=ST11
R_SAVE=${DMFDIR}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/${config_UserChoices_JobName}
REBUILD_DIR=${R_SAVE}/TMP

ou bien si on est dans le cas RebuildFromArchive=NONE il faut modifier le rebuild_fromWorkdir.job : 

PeriodDateBegin=20191201 # Date de fin de la série à rebuilder
NbRebuildDir=12 # Nombre de repertoires de la série à rebuilder jusqu'à la  PeriodDateBegin 
config_UserChoices_JobName=ST11
R_SAVE=${DMFDIR}/IGCM_OUT/IPSLCM5A/DEVT/pdControl/${config_UserChoices_JobName}
REBUILD_DIR=${R_SAVE}/TMP
MASTER=mercure # ou bien titane
libIGCM=${HOME}/MIRROR/ST11/libIGCM # Pointe vers le répertoire libIGCM de l’expérience
libIGCM_SX = # POinte vers le répertoire libIGCM utilisé sur la machine MASTER

Dans create_ts.job, il faut modifier : 

PeriodDateEnd=20191230 # date de fin des time-series a créer
CompletedFlag=20091230 # date de fin des times-series déjà existantes (si tel est le cas)
TsTask=2D  # 2D or 3D
RebuildFrequency=true

Dans create_se.job, il faut modifier : 

PeriodDateEnd=20191230 # date de fin de la décennie a traiter
  • Lancement des jobs de post-traitement : 
ccc_msub rebuild_fromArchive.job
ccc_msub create_ts.job
ccc_msub create_se.job

ou bien si on est dans le cas RebuildFromArchive=NONE 

ccc_msub rebuild_fromWorkdir.job
ccc_msub create_ts.job
ccc_msub create_se.job

Attention : avant de lancer le job vérifiez que son entête correspond bien à la frontale sur laquelle vous travaillez (en particulier si vous le lancer sur une autre frontale que celle de votre machine de calcul). Pour cela comparez l'entête de votre job et celle qui est indiquée dans libIGM/AA_rebuild_fromWorkdir (ou autre).

Comment utiliser !TimeSeries_Checker.job?

!TimeSeries_Checker.job est un script (qui se lance en interactif) qui vérifie les Séries temporelles (TS) existantes et relance les jobs create_TS nécessaires pour reconstruire les TS manquantes. C'est donc un utilitaire de post-traitement qui se lance depuis la machine de post-traitement. Voir question précédente.

Les différentes étapes sur un exemple (la simulation couplée MYEXP de la configuration IPSLCM5A a tourné sur la machine SX9 mercure du CCRT et ses post-traitements sont effectués sur la machine cesium du CCRT).

  • On se met sur la machine cesium et on prépare le terrain (voir question précédente) : 
    Cesium > cd $WORKDIR; mkdir -p POST/MYEXP ; cd POST/MYEXP
  • On recopie les cartes caractérisant les composantes (depuis le répertoire ou la simulation a été lancée). Voir aussi question précédente. 
    Cesium> scp –pr mercure:... MYEXP/COMP .
Cesium> scp –pr mercure:... MYEXP/POST .
Cesium> scp –r mercure:... MYEXP/config.card .
  • On recopie les jobs de post-traitement à soumettre : 
    Cesium> scp mercure:.../libIGCM/create_ts.job .
Cesium> scp mercure:.../libIGCM/TimeSeries_Checker.job .
  • On adapte !TimeSeries_Checker.job en modifiant certaines variables : 
    libIGCM=${libIGCM:=...MYEXP/modipsl/libIGCM} ==> libIGCM sur cesium!!!!
SpaceName=${SpaceName:=DEVT}
ExperimentName=${ExperimentName:=pdControl}
JobName=${JobName:=MYEXP}
CARD_DIR=${CARD_DIR:=${CURRENT_DIR}}
  • Lancement de !TimeSeries_Checker.job : 
cesium> ./TimeSeries_Checker.job

ou mieux encore , en ksh : 

cesium> ./TimeSeries_Checker.job 2>&1 | tee TSC_OUT   =====> en ksh pour garder la trace dans un fichier
cesium> grep Batch TSC_OUT   =====> pour repérer l'ensemble des jobs lancés

Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans?

Ceci est possible depuis libIGCM_v1_10 cad depuis le 13/12/2010.

Comment faire une moyenne saisonnière sur 100 ans? Le job create_multi_se est là pour ça. Il faut le lancer sur le serveur de post-traitement après avoir vérifié que les différentes décennies étaient présentes sur le serveur de fichiers (SE_checker).

Notez que l'atlas de ces 100 ans sera également créé. Voir exemple de l'atlas de 100 ans de piControl2 là : ​SE 2000 2099

  1. si ce n'est déjà fait, installer un répertoire spécial post-traitement. Voir ModipslBeginner
  2. recopier create_se.job, SE_checker.job et create_multi_se.job
  3. vérifier/modifier dans create_se.job les variables : 
    libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM}
  4. vérifier que les décennies sont toutes présentes.
  5. vérifier/modifier les variables dans SE_checker.job: 
    libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM} 
SpaceName=${SpaceName:=PROD}
ExperimentName=${ExperimentName:=piControl}
JobName=${JobName:=piControlMR1}
CARD_DIR=${CARD_DIR:=${CURRENT_DIR}}
  6. lancer en interactif : ./SE_checker.job la vérification. Les jobs create_se.job nécessaires seront lancés. Exemple : 
     ./SE_Checker.job

====================================================
Where do we run ? cesium21
Linux cesium21 2.6.18-194.11.4.el5 #1 SMP Tue Sep 21 05:04:09 EDT 2010 x86_64
====================================================

sys source cesium Intel X-64 lib.

--Debug1--> DefineVariableFromOption : config_UserChoices
--------------Debug3--> config_UserChoices_JobName=piControlMR1
--------------Debug3--> config_UserChoices_CalendarType=noleap
--------------Debug3--> config_UserChoices_DateBegin=1800-01-01
--------------Debug3--> config_UserChoices_DateEnd=2099-12-31

--Debug1--> DateBegin/End for SE : 1800_1809
--Debug1--> ATM
--Debug1--> SRF
--Debug1--> SBG
--Debug1--> OCE
--Debug1--> ICE
--Debug1--> MBG
--Debug1--> CPL
...
--Debug1--> DateBegin/End for SE : 2030_2039
--Debug1--> ATM
--Debug1--> 2 file(s) missing for ATM :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_histmth.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_histmthNMC.nc
--Debug1--> SRF
--Debug1--> 1 file(s) missing for SRF :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_sechiba_history.nc
--Debug1--> SBG
--Debug1--> 2 file(s) missing for SBG :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_stomate_history.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_stomate_ipcc_history.nc
--Debug1--> OCE
--Debug1--> 4 file(s) missing for OCE :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_grid_T.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_grid_U.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_grid_V.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_grid_W.nc
--Debug1--> ICE
--Debug1--> 1 file(s) missing for ICE :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_icemod.nc
--Debug1--> MBG
--Debug1--> 3 file(s) missing for MBG :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_ptrc_T.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_diad_T.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_dbio_T.nc
--Debug1--> CPL
--Debug1--> 2 file(s) missing for CPL :
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_cpl_atm.nc
--Debug1--> piControlMR1_SE_2030_2039_1M_cpl_oce.nc
--------Debug2--> Submit create_se  for period 2030-2039
IGCM_sys_MkdirWork : .../POST_CMIP5/piControl/piControlMR1/OutScript
IGCM_sys_QsubPost : create_se
Submitted Batch Session 179472
...
  7. attendre la fin des jobs create_se
  8. recopier create_multi_se.job
  9. Vérifier/Modifier les variables : 
    libIGCM=${libIGCM:=.../POST_CMIP5/libIGCM_v1_10/modipsl/libIGCM}
  10. si besoin, paramétrer le nombre de décennies dans config.card. 50Y ou 50 ans par défaut. Ajouter cette ligne dans la section POST cad à la fin après le mot-clé [POST] 
    MultiSeasonalFrequency=100Y
  11. lancer le job create_multi_se.job : ccc_msub create_multi_se.job
  12. Les années prises en compte seront les dernières cad celles entre DateEnd (pris dans config.card du répertoire local) et DateEnd - MultiSaesonalFrequency.

Les moyennes sont stockées dans les répertoires Analyse des différentes composantes dans les sous-répertoires SE_100Y. Par exemple : ATM/Analyse/SE_100Y/

Questions/Réponses des autres documentations