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MODIPSL for beginner
(Auteurs : Anne Cozic, Marie-Alice Foujols)
MODIPSL pour les débutants
MODIPSL est l'interface d'accès aux modèles de l'IPSL.
Cette page résume ce qu'un nouvel utilisateur de MODIPSL doit connaître.
Cette page veut rassembler les informations pour les nouveaux utilisateurs et pointer
vers les pages plus complètes de chaque configuration ou de chaque outil quand nécessaire.
N'hésitez pas à consulter la présentation du cours "modipsl"
ppt (ou
pdf).
Les transparents 24 à 48 reprennent avec des schémas une grande partie des
informations qui vous seront données ci-dessous.
Table des matières
- Environnements de Calculs
- IDRIS
- CCRT
- Accès à modipsl
- Présentation des répertoires de Modipsl
- Liste des configurations
- Travailler avec une configuration
- Extraction
- FCM
- Compilation
- Lancement d'une simulation
- Suivi de la simulation (Monitoring)
- Post-traitements systématiques (atlas)
- Plus d'informations :
- Etat de la simulation en cours
- Fin de simulation
- Comment lire le fichier Script_output
- Comment sont rangés les fichiers de sortie?
- Où est le script de sortie dans tous les cas (normal ou anormal)?
- Où trouver le journal de sortie?
- Questions/Réponses? :
- Extraction :
- Compilation :
- A qui signaler quand cela ne marche pas?
- Execution :
- Post-traitements :
- Comment vérifier les post-traitements?
- Comment relancer les post-traitements seulement?
- Questions/Réponses? des autres documentations :
- Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1
- Redémarrage depuis des fichiers créés par un couplé IPSLCM4_v1_OASIS3
- Comment remettre en route une compilation de LMDZ après recopie d'un répertoire complet sur un autre
- Comment avoir autant de fichiers de sorties texte LMDZ que de taches lancées en parallèle
- Comment déboguer le couplé avec totalview sur mercure
- libIGCM
- Messages erreurs dans Script_output
Environnements de calculs
- IDRIS : http://www.idris.fr/
- Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :
- PATH sur brodie : ajouter l'accès à svn et fcm :
- Mémo des choses à faire sur un nouveau login à l'IDRIS pour pouvoir préparer et lancer une simulation :
PATH=$PATH:/TXlocal/pub/svn/svn-1.3.1/bin:/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin
- $HOME_BIS sur rhodes est très vaste mais non sauvegardé. Faire les post-traitements là après avoir vérifié que ce répertoire existe ou demander sa création à l'assistance IDRIS. Pour cela créer un répertoire sur $HOME_BIS et son homonyme sur le $HOME en lien. Ce répertoire doit avoir le même nom que sur brodie. cd ; mkdir $HOME_BIS/MONEXPAMOI ; ln -s $HOME_BIS/MONEXPAMOI MONEXPAMOI ; si l'expérience a été préparée sur brodie ainsi cd $WORKDIR ; mkdir MONEXPAMOI ; cd MONEXPAMOI ; svn_ano ; ...
- $WORKDIR sur brodie peut être étendu largement (50 Go pour le groupe par exemple). Le demander à l'assistance. Pour vérifier l'occupation et la taille : quota_u -w
- sur brodie, remplir le fichier .rhosts avec rhodes.
- Faire marcher les transferts brodie/gaya par mfget/mfput. Ftuas sur rhodes pour faire connaitre le mot de passe gaya à brodie et à toutes les machines.
- Pour que le stockage sur le serveur dods.idris fonctionne, il faut faire marcher la commande rsh gaya pwd sur rhodes. Pour cela remplir le fichier gaya:~/.rhosts (et lui donner les accès rw-------) avec :
rhodes.idris.fr rhodes brodie.idris.fr brodie
- Pour les accès dods, il faut lancer de plus une commande mfdods sur gaya. Cela crée le lien (24h après la première fois) visible là : http://dods.idris.fr/monlogin.
- Pour donner les accès à tous (755 ou drwxr-xr-x) au WORKDIR de brodie, il faut demander à l'assistance IDRIS pour le niveau /u/rech/grp. Idem pour /home_b/rech/grp sur rhodes.
- CCRT :
- accès ouvert : http://www-ccrt.cea.fr/
- accès protégé (lancer firefox sur platine, par exemple):
- Mémo des choses à faire sur un nouveau login au CCRT pour pouvoir préparer et lancer une simulation :
- PATH sur mercure/platine : ajouter l'accès à fcm :
PATH=$PATH:/home/cont003/p86ipsl/fcm/bin # MERCURE only
Extraire modipsl
Lecture seule
svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
Pour vous simplifiez la vie et éviter de retaper cette ligne de commande à chaque nouvelle extraction de modipsl, nous vous conseillons de vous créer un alias :
alias svn_ano='svn co http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl'
La commande d'extraction devient alors juste
svn_ano
Mode administrateur
svn co svn+ssh://yourlogin@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/igcmg/svn/modipsl/trunk modipsl
D'autres commandes en bas de cette page : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/WikiStart
Pour en savoir plus sur SVN
- Le site officiel de subversion : http://subversion.tigris.org/
- Présentation de SVN (Jacques Bellier)
- SVN commandes
- SVN quick reference guide
- Mémo sur la gestion des clés ssh
- Quelques commandes de base pour SVN (Anne Cozic)
- Point sur l'utilisation de SVN (Marie-Alice Foujols) (accès restreint)
Presentation des repertoires
Après avoir extrait Modipsl vous avez un répertoire contenant 7 sous-répertoires :
- bin/
- config/
- doc/
- lib/
- modeles/
- tmp/
- util/
Tous ces répertoires sont vides excepté le répertoire doc/ contenant le texte de la licence CECILL (license
sous laquelle sont placés les modèles de l'IPSL) et le répertoire util/ qui contient les scripts
nécessaire à une installation complète de n'importe quelle configuration disponible des modèles de l'IPSL.
mod.def >>>>>> Définition pour chaque configuration de leurs composantes et de leurs tags model >>>>>> Extraction des modèles validés disponibles ins_make >>>>>> Installation et configuration des Makefiles ins_job >>>>>> Installation et configuration des scripts de lancement
Voir le transparent 26 de la présentation suivante ppt
Liste des configurations
Via modipsl vous pouvez avoir accès à un grand nombre de configurations regroupant différents modèles de l'IPSL. Pour connaître cette liste il vous suffit dans le répertoire util/ de passer la commande suivante :
cd modipsl/util ./model -h
Pour avoir plus d'informations sur une configuration en particulier (modèles utilisés, versions CVS ou SVN utilisées ...) il faut passer la commande
./model -h nom_de_la_config
Exemple avec LMDZ4OR_v2 :
>> ./model -h LMDZ4OR_v2 >> model : LMDZ4OR_v2 LMDZ4OR_v2 configuration with parallel LMDZ4 and ORCHIDEE working configuration Official beta release IOIPSL/src svn tags/v2_1_1 LMDZ4 tag LMDZ4_V3_1 ORCHIDEE tag orchidee_1_9_1 LMDZ4OR_v2 svn trunk libIGCM HEAD model manager email address : Abderrahmane.Idelkadi@lmd.jussieu.fr Component 1 : IOIPSL/tags/v2_1_1/src Tag 1 : HEAD System 1 : svn Server 1 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn Directory 1 : IOIPSL/src Local Dir 1 : modeles Component 2 : ORCHIDEE Tag 2 : orchidee_1_9_1 System 2 : cvs Server 2 : sechiba@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ssipsl/CVSREP Directory 2 : . Local Dir 2 : modeles Component 3 : LMDZ4 Tag 3 : LMDZ4_V3_1 System 3 : cvs Server 3 : lmdzbrowse@cvs.lmd.jussieu.fr:/home/cvsroot Directory 3 : . Local Dir 3 : modeles Component 4 : CONFIG/trunk/LMDZ4OR_v2 Tag 4 : HEAD System 4 : svn Server 4 : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/svn Directory 4 : LMDZ4OR_v2 Local Dir 4 : config Component 5 : libIGCM Tag 5 : ? System 5 : cvs Server 5 : anonymous@cvs.ipsl.jussieu.fr:/home/ioipsl/CVSROOT Directory 5 : . Local Dir 5 : .
La première partie les modèles utilisés dans la configuration ainsi que leurs numéros de version sur CVS ou SVN. Ensuite est donnée l'adresse e-mail du responsable de cette configuration, puis tous les paths des composantes.
Travailler avec une configuration
Dans ce paragraphe nous prendrons comme exemple le modèle couplé IPSLCM4_v2. Les autres configurations utilisant le nouveau modipsl (IPSL_ESM_V1, LMDZ4OR_v2, LMDZINCA_v2, LMDZORINCA) suivent le même principe. Quand des cas particuliers existent nous vous les indiquerons.
Extraction
cd modipsl/util ./model -h >>>> indique toutes les configurations dispo ./model IPSLCM4_v2 >>>> on choisi d'extraire la configuration IPSLCM4_v2
Lors de cette extraction plusieurs logins et mots de passe vous seront demandés. Pour les
récupérer adressez vous au responsable de la configuration (voir ci-dessus model manager email address)
Cette commande récupère sur CVS et/ou SVN les différents modèles composant la configuration demandée.
Les sources de ces modèles sont installées dans le répertoire modipsl/modeles/. Pour notre exemple
vous obtenez les répertoires suivants :
- modipsl/modeles/IOIPSL/
- modipsl/modeles/LMDZ4/
- modipsl/modeles/OPA/
- modipsl/modeles/ORCHIDEE/
- modipsl/modeles/UTIL/
Modipsl installe également ce que l'on appelle une configuration. Elle est dans le répertoire
modipsl/config/ (ici modipsl/config/IPSLCM4_v2/).
Cette configuration vous permettra de compiler l'ensemble des modèles, puis de lancer une simulation.
FCM
Certains modèles de l'IPSL utilisent l'outils FCM pour gérer la création de leur makefile (modèle LMDZ, modèle INCA ...). FCM n'est pas accessible par défaut sur les machines de calcul. Il est disponible sur les machines de l'IDRIS et du CCRT et vous devez l'ajouter à votre PATH :
sur mercure PATH=~p86ipsl/fcm/bin:$PATH sur brodie PATH=/home/rech/psl/rpsl035/fcm/bin:$PATH
Compilation
Avant la première compilation des différents modèles de votre configuration vous devez créer les makefiles adaptés à la machine sur laquelle vous travaillez.
cd modipsl/util ./ins_make
La commande ins_make permet de créer un makefile pour la config. Dans notre exemple modipsl/config/IPSLCM4_v2/Makefile.
Ce Makefile contrôle tous les makefiles des différents modèles utilisés.Une fois qu'il est créé vous n'avez pas besoin de le regéner (sauf
changement de machine ou d'emplacement de modipsl dans votre architecture).
Vous pouvez ensuite lancer la compilation (résolution par défaut soit ORCA2 et LMDZ 96x71x19) :
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ sxgmake
Suivant la configuration sur laquelle vous travaillez le Makefile peut vous proposer différentes résolutions. Pour les connaître vous devez regarder les différentes target dans le fichier Makefile. Pour IPSLCM4_v2 ce sont les suivantes :
- ORCA2xLMD4443
- ORCA2xLMD444315
- ORCA2xLMD444311
- ORCA2xLMD7245
- ORCA2lgmxLMD7245
- ORCA2xLMD9671
- ORCA2lgmxLMD9671
- ORCA2xLMD14496
- ORCA2xLMD144142
Lorsque vous savez quelle résolution vous désirez vous pouvez alors lancer la compilation :
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/ sxgmake resolution_desirée
par exemple
sxgmake ORCA2xLMD144142
Petit truc : A la fin de la compilation le makefile crée un fichier .resol qui contiendra la résolution de la dernière compilation. Une fois ce fichier créé vous pouvez ensuite relancer les compilations juste avec la commande sxgmake vous n'êtes plus obligé de préciser la résolution.
Lancer une simulation
Cas general
Presentation du repertoire experience
Dans le répertoire modipsl/config/IPSLCM4_v2/ vous trouverez 1 sous répertoires EXP00
Ce répertoire contient les fichiers nécessaires pour lancer une simulation :
- un fichier config.card
- un répertoire COMP/
- un répertoire PARAM/
Le fichier config.card contient la fiche d'identité de votre simulation (nom - dates de début et de fin - calendrier ...). Il contient également les options de démarrage : démarrage depuis les états initiaux (par défaut) ou redémarrage depuis une simulation (à soi ou non). Voir plus d'informations sur les redémarrages pour le couplé IPSLCM4_v2
Le répertoire PARAM/ contient les fichiers de paramètres nécessaires aux modèles
Le répertoire COMP/ contient deux sortes de fichiers : des cartes (.card) et des drivers (.driver). Les drivers ne sont pas à changer,
ils indiquent les opérations à faire pour chaque composantes (modèles) de votre configuration. Les cartes elles
contiennent les informations nécessaires pour chaque composantes (les fichiers d'états initiaux, les fichiers de conditions aux limites, les
fichiers d'émissions ...) ainsi que comment gérer les fichiers sorties des composantes (noms des fichiers que l'on veut conserver, et post-traitement
qu'on leur associe)
Vous trouverez plus d'informations sur les cartes là : Doc Utilisateur libIGCM
Etapes avant la creation du job de simulation
config.card
Avant de créer un job pour votre simulation vous devez indiquer tous les paramètres nécessaires à cette dernière dans le fichier config.card
Voici les rubriques à modifier :
JobName=_nom_simul_ DateBegin=_date_debut_simul_ DateEnd=_date_fin_simul_ PeriodLength= indiquez ici la fréquence de lancement de l'exécutable >>> voir ci-dessous après l'exemple JobNumProcTot=_nombre_processeurs
Exemple :
JobName=RUN1 DateBegin=1950-01-01 DateEnd=2000-12-30 PeriodLength=1M JobNumProcTot=4
!PeriodLength :
PeriodLength correspond à la fréquence des fichiers de sorties de votre modèle. Vous avez le choix entre
1 jour, 5 jours, 1 mois ou 1 an (1D, 5D, 1M ou 1Y). Si vous choisissez 1D cela signifie que au bout d'une année
de simulation vous aurez 360 fichiers de sorties. Si vous choisissez 1M vous aurez 12 fichiers de sorties, et si
vous choisissez 1Y vous aurez 1 fichier de sortie.
Attention il faut impérativement que PeriodLength ne soit
pas plus supérieur à la durée de votre simulation : c'est à dire pour une simulation de 1 mois ne demandez pas une
PeriodLength de 1 an.
répertoire COMP
Comme indiqué ci-dessus le répertoire COMP contient une carte par composante (modèle) de votre configuration. Chacune
de ces cartes est divisée en différentes parties :
- [InitialStateFiles] >>>> indique les fichiers d'état initiaux utilisés pour votre simulation (ex start.nc et startphy.nc pour le modèle lmdz)
- [BoundaryFiles] >>>> indique les fichiers de conditions aux limites (deux parties List pour les fichiers variant avec le temps, et ListNonDel pour ceux qui ne varient pas)
- [ParametersFiles] >>>> liste des fichiers de paramètres pour le modèle (stockés dans EXP00/PARAM/)
- [RestartFiles] >>>> liste des fichiers de restart pour le redémarrage du modèle : cette liste ne doit pas être modifiée
- [OutputText] >>>> liste des fichiers texte en sortie du modèle
- [OutputFiles] >>>> liste des fichiers netcdf en sortie du modèle avec le post-traitement éventuel
- [Post_...] >>>> description des différentes post-traitements.
A chaque fois la syntaxe utilisée est la suivante :
exemple : ListNonDel= (${R_BC}/ATM/${config_UserChoices_TagName}/${RESOL_ATM}/HISTORIQUE/so4.run1850.cdf, .),\
(path_fichier, fichier)
Elle est équivalente à :
cp path_fichier fichier
ATTENTION : il ne faut pas laisser d'espace après le "\". Si jamais vous laissez un espace la ligne qui suit n'est pas prise en compte.
répertoire PARAM
Ce répertoire contient les fichiers de paramètres des différents modèles. Reportez vous aux documentations scientifiques de chacun de ces modèles
pour en connaître les différentes utilisations.
Creation du job
Avant : vérifier le fichier config.card.
cd modipsl/util ./ins_job
Cette commande recherche tous les fichiers config.card existant dans des sous-répertoires de modipsl et crée
les job associés (en reprenant la rubrique JobName du fichier config.card).
Si jamais un fichier du même nom (Job_nom_simul) existe déjà alors
un message d'avertissement apparait et le job n'est pas écrasé.
Vous devez l'effacer au préalable pour pouvoir le recréer.
Après : vérifier le fichier Job_nom_simul
N'oubliez pas de modifier les variables elapstim_req et memsz_job en entête de job si nécessaire (voir documentation sur les machines de calculs du CCRT ou les variables cputim_job et memsz_job sur les machines de l'IDRIS).
#PBS -l memsz_job=6.0gb # limite memoire #PBS -l elapstim_req=00:30:00 # limite en temps elapsed
Remarque : Pour connaître les temps autorisés sur les différentes queues de la machine vous pouvez utiliser la commande
class au CCRT ou news class à l'IDRIS.
Par défaut la simulation tournera sur le disque tmpdir de la machine.
Si vous voulez qu'elle ait lieu sur le scratchir, vous devez
modifier la variable RUN_DIR_PATH dans le fichier Job_nom_simul
RUN_DIR_PATH=$SCRATCHDIR
Avant de lancer votre simulation il vous reste une dernière étape : vous devez définir la variable PeriodNb dans
votre Job. PeriodNb peut être définie comme le nombre maximal de PeriodLength (dans config.card) pouvant être
simulée sur le elapstim_req demandé !
exemple :
PeriodLength=1M elapstim_req=20:00:00 PeriodNb=12 >>>> cela signifie que vous pouvez faire passer 12 mois de simulations durant 20h de temps CPU
Lancement de la simulation
Avant : Vérifier les dates et les options de démarrage du fichier config.card.
Au CCRT
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00/ ccc_msub Job_nom_simul
A l'IDRIS
cd modipsl/config/IPSLCM4_v2/EXP00/ qsub Job_nom_simul
ATTENTION: par défaut des job d'atlas seront lancés à la fin de votre simulation (se renseigner auprès du responsable de la configuration pour plus d'informations). Ces jobs s'intitulent TS et SE.
Le parallelisme
Par défaut, pour le couplé IPSLCM4_v2 le nombre de processeurs demandé est le suivant :
IPSLCM4_v2 | Nb de processeurs total | Nb de processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE | Nb de processeurs pour OPA et OASIS | Fichier utilisé par LMDZ |
ORCA2xLMD9671 | 4 | 3 | 1 | Bands_96x71x19_3prc.dat |
Il est possible de demander le nombre de processeurs suivants pour les résolutions citées.
IPSLCM4_v2 | Nb de processeurs total | Nb de processeurs pour LMDZ/ORCHIDEE | Nb de processeurs pour OPA et OASIS | Fichier utilisé par LMDZ |
ORCA2xLMD14496 | 6 | 5 | 1 | Bands_144x96x19_5prc.dat |
ORCA2xLMD144142 | 6 | 5 | 1 | Bands_144x142x19_5prc.dat |
ORCA2xLMD144142 | 8 | 7 | 1 | Bands_144x142x19_7prc.dat |
Pour changer le nombre de processeurs utilisés et prendre une des valeurs du tableau précédent (4, 6, 6 ou 8), il faut modifier le parametre JobNumProcTot dans le fichier config.card, juste avant de lancer la commande ins_job. On peut également le changer ultérieurement en modifiant dans le fichier Job_nom_simul le parametre BATCH_NUM_PROC_TOT=
Pour le changer pour mettre un nombre non dans cette liste, le fichier Bands n'existe pas. Il faut donc en plus modifier les cards pour ne pas aller le chercher et modifier LMDZ pour qu'il crée le fichier. Voir : IPSLCM4_v2_PAR
Cas particuliers LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2
Répertoires d'experience
- Pour LMDZ4OR_v2 le répertoire d'expérience se nomme LMDZOR
- Pour LMDZINCA_v2 il y a un répertoire d'expérience par configuration de INCA : EXP_AER, EXP_CH4, EXP_NMHC ....
Plus d'information sur la config LMDZINCA_v2 ici : http://forge.ipsl.jussieu.fr/igcmg/wiki/LMDZINCA_v2
Création de l'état initial
Si vous n'avez pas de fichier d'états initiaux pour le modèle couplé celui-ci les crée automatiquement. Ce qui n'est pas le
cas pour les configurations LMDZ4OR_v2 et LMDZINCA_v2. Dans ces deux cas vous trouverez un répertoire CREATE/ en plus de votre
répertoire d'expérience. Nous allons prendre pour exemple la config LMDZ-ORCHIDEE.
Le répertoire CREATE/ est composé de :
- un fichier config.card
- un fichier config.card_Interannuel
- un sous répertoire COMP/
- un sous répertoire PARAM/
L'utilisateur peut décider soit de créer un état initial pour un run climato c'est à dire qu'il utilisera pour chaque
année de simulation le même fichier de conditions aux limites. Soit de créer un état initial pour un run nudgé c'est à dire
qu'à chaque année de simulation correspondra un fichier de conditions aux limites différents prenant en compte les données de sst et de
glaces de mer (sic). Nous allons voir maintenant comment procéder dans ces deux cas :
- RUN CLIMATO
Dans ce cas vous laissez les fichiers tels que vous les avez extraits.
cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/ ls >>>> verification des fichiers dans le répertoire CREATE/ (cf ci-dessus) cd ../../../util ./ins_job >>>> creation du job Job_ELC-$RESOL ($RESOL = la resolution de votre simulation, ex LMD9671) dans le répertoire CREATE/ cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE ccc_msub Job_ELC-$RESOL >>>> soumission du job tel quel
L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-$RESOL/
ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDZ4OR_v2/ELC-LMD9671/ATM/Restart/ ELC-LMD9671_19791230_limit.nc ELC-LMD9671_19791230_start.nc ELC-LMD9671_19791230_startphy.nc
Ensuite avant de lancer votre simulation vous devez vérifier que le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/COMP/lmdz.card renvoie bien vers ces fichiers
[InitialStateFiles] List= (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_start.nc, start.nc) \ (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_startphy.nc, startphy.nc) [...] [BoundaryFiles] ListNonDel= (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_19791230_limit.nc, limit.nc) \ [...]
- RUN NUDGE
Dans ce cas là vous devez utiliser les fichiers suffixés AMIP. Ils permettent de créer les fichiers aux limites pour les années 1956 à 2005 en utilisant les données AMIP6.
cd modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE mv config.card_Interannuel config.card mv COMP/lmdz.card_Interannuel COMP/lmdz.card cd ../../../util ./ins_job >>>> creation du Job Job_ELI-$RESOL cd ../config/LMDZ4OR_v2/CREATE ccc_msub Job_ELI-$RESOL
L'état initial ainsi créé sera dans le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-$RESOL/. Contrairement au cas climato vous obtenez 50 trios "start.nc, startphy.nc et limit.nc"
ls $DMFDIR/IGCM_OUT/LMDz4OR_v2/ELI-LMD9671/ATM/Restart/ ELI-LMD9671_19561230_limit.nc ELI-LMD9671_19561230_start.nc ELI-LMD9671_19561230_startphy.nc (...) ELI-LMD9671_20051230_limit.nc ELI-LMD9671_20051230_start.nc ELI-LMD9671_20051230_startphy.nc
Pour votre simulation vous devrez comme précédemment indiquer les path de start et startphy dans le fichier lmdz.card. Mais attention cette fois ci pour le fichier de conditions aux limites il faudra l'indiquer dans la section List et non pas ListNonDel de BoundaryFiles.
[InitialStateFiles] List= (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_start.nc, start.nc) \ (${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_startphy.nc, startphy.nc) [...] [BoundaryFiles] List=(${R_OUT}/${config_UserChoices_TagName}/${CREATE}/ATM/Restart/${CREATE}_${year}1230_limit.nc, limit.nc)
Remarque : Si vous souhaitez utiliser d'autres jeux de données que les données AMIP vous devez modifier
le fichier modipsl/config/LMDZ4OR_v2/CREATE/lmdz.card
Etat de la simulation en cours
La variable PeriodState du fichier run.card peut vous aider à connaître l'état de votre simulation :
Start ou OnQueue : run en attente Running : run en cours d'exécution Completed : run fini correctement Fatal : run fini avec un plantage
Fin de simulation
Lorsque votre simulation est finie deux fichiers sont créés dans votre répertoire d'expérience:
- run.card
- Script_Output_JobName
Si la simulation s'est mal déroulée vous aurez un troisième fichier :
- !JobName_date_out_gcm.e_error qui contient le journal de sortie de votre simulation
Le fichier run.card indique l'état de votre run à la fin de la simulation. Il contient une variable PeriodState qui vous renseigne
PeriodState= completed ( = simulation bien finie) PeriodState= Fatal (= problème durant la simulation)
Lorsque votre simulation est bien finie les fichiers de sorties sont stockés au path suivant :
$DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/_nom_simul_ Avec les sous répertoires suivant : ATM CPL ICE OCE SRF Out Exe MOD = Restart et Output de la composante (ATM,ICE...) Out = journaux de sorties du run Exe = exécutables utilisés pour le run
Comment lire le fichier ScriptOutput
A la fin de chaque période de simulation un fichier Script_Output correspondant est créé. Ces fichiers comportent trois parties :
- copies des fichiers d'input
- exécution
- copies des fichiers d'output
C'est trois parties sont délimités ainsi :
####################################### # ANOTHER GREAT SIMULATION # ####################################### 1ère partie ####################################### # DIR BEFORE RUN EXECUTION # ####################################### 2ième partie ####################################### # DIR AFTER RUN EXECUTION # ####################################### 3ième partie
Si à la fin de votre simulation le fichier run.card indique qu'il y a eu un problème vous devez lire votre fichier Script_Output. Il y a plusieurs solutions :
- si le fichier s'arrête avant le début de la deuxième partie c'est que soit vous n'avez pas effacer un fichier run.card existant, soit l'un des fichiers d'input que vous demandez n'existe pas.
- si le fichier s'arrête durant la deuxième partie c'est certainement que vous n'avez pas demandé assez de mémoire ou de temps CPU
- si le fichier est entier c'est soit qu'il y a une erreur lors de l'exécution, soit qu'il y a un problème lors de la copie des outputs.
Si le message suivant apparaît dans la deuxième partie du fichier, c'est qu'il y a un problème lors de l'exécution.
======================================================================== EXECUTION of : mpirun -np 4 -max_np 4 ./lmdz.x > out_lmdz.x 2>&1 Return code of executable : 1 IGCM_debug_Exit : EXECUTABLE !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! IGCM_debug_CallStack !! !------------------------! !------------------------! IGCM_sys_Cp : out_lmdz.x /workdir2/rech/psl/rpsl592/PRINCE/modipsl/config/LMDZ4OR_v2/LMDZOR/LMDZOR01_19800201_19800230_out_lmdz.x_error ========================================================================
Si au contraire vous avez le message suivant, c'est que le problème s'est produit lors de la copie des outputs.
======================================================================== EXECUTION of : mpirun -np 4 -max_np 4 ./lmdz.x > out_lmdz.x 2>&1 ========================================================================
Mots de passe
Pour connaitre les mots de passe d'extraction s'adresser au model manager email address. Voir résultat commande ./model -h IPSLCM4_v2
Execution
Relancer une simulation
- Pour repartir du début, vous devez effacer dans votre répertoire d'expérience les fichiers stack_error (si existant) et run.card.
- Vous devez effacer le répertoire $DMFDIR/IGCM_OUT/IPSLCM4_v2/_nom_simul_
- Si vous aviez changé la variable RUN_DIR_PATH vous devez également effacer le répertoire correspondant à votre simulation sur votre scratchdir.
- Relancer le job
Poursuivre une simulation
Dans le fichier run.card vous devez :
- vérifier que les variables PeriodDateBegin et PeriodDateEnd correspondent bien à votre prochaine période de simulation
- indiquer PeriodState = OnQueue
- Dans le Job vous devez modifier le numéro du fichier de sortie pour qu'il ne se plante pas en cherchant à remplacer un fichier Script_Ouptut existant. Par défaut c'est Script_Output_NomJob.1, vous pouvez le changer par Script_Output_NomJob.CumulPeriod (vous trouverez CumulPeriod dans run.card)