Changes between Version 17 and Version 18 of Modipsl_titane


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01/27/12 09:03:18 (10 years ago)
Author:
mafoipsl
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  • Modipsl_titane

    v17 v18  
    9595 
    9696 
     97== Les messages de fin de job == 
     98Pour recevoir les messages de fin de job envoyés par le job de calcul lui-même : fin de simulation, plantage, .... il faut : 
     99 * être dans le groupe platine. Le vérifier par la commande groups. 
     100 * avoir mis une clé ssh vide. 
    97101 
    98 [[BR]][[BR]] 
    99102== Compiler le modèle IPSLCM5A ==  
    100103 
    101  * il faut supprimer les 2 clés : "key_vectopt_loop key_vectopt_memory"  dans config/IPSLCM5A/AA_make 
    102  * il faut explicitement demander l'utilisation de 5 processeurs pour NEMO. Sinon le message est : 
    103 {{{ 
    104 xmlf90 ../../../lib/libioipsl.a -L/applications/netcdf-3.6.3/lib -lnetcdff -lnetcdf 
    105 /applications/intel/cprof/11.1.056/lib/intel64/libimf.so: warning: warning: feupdateenv is not implemented and will always fail 
    106 ../../../lib/libopa.a(opa.o): In function `opa_mp_opa_model_': 
    107 opa.F90:(.text+0x2a5): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `dom_oce_mp_narea_' defined in COMMON section in ../../../lib/libopa.a(dom_oce.o) 
    108 opa.F90:(.text+0x8bb): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `in_out_manager_mp_nprint_' defined in COMMON section in ../../../lib/libopa.a(in_out_manager.o) 
    109 ... 
    110 opa.F90:(.text+0xa4d): additional relocation overflows omitted from the output 
    111 gmake[2]: *** [../../../bin/opa] Error 1 
    112 }}} 
    113 La correction à faire est la suivante :  
    114 {{{ 
    115 dans modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90 (lignes 29-31) 
    116       jpni   = 1,                   &  !: number of processors following i 
    117       jpnj   = 5,                   &  !: number of processors following j 
    118       jpnij  = 5                       !: nb of local domain = nb of 
    119 processors 
    120 }}} 
     104 Depuis décembre 2011, le couplé IPSLCM5A compile sans aucune modification sur titane. 
    121105 
    122106 
    123107[[BR]][[BR]] 
    124108== Faire une simulation avec le modèle IPSLCM5A  == 
    125  * Si vous travaillez sur 32 processus ('''!JobNumProcTot=32''') cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 30 CPUs alors que la composante océanique et le coupleur utiliseront chacun 1 CPU. 
    126109 
    127  * Pour améliorer légerement les performances : 
    128  
    129 La configuration par défaut du modèle couplé à la résolution 96x95x39 est quasiment équilibrée, cad que le modèle d'atmosphère sur 30 CPUs est très légerement plus rapide que le modèle d'ocean sur 1 CPU. 
    130 [[BR]] 
    131 1 jour simulé par LMDZ sur 30 CPUs : 25s 
    132 [[BR]] 
    133 1 jour simulé par NEMO sur 1 CPU : 27s 
    134 [[BR]] 
    135 ce qui donne 1 mois simulé en 900s (par comparaison on a 1 mois simulé en 600s sur 4 CPUs SX9). 
    136  
    137  
    138 On voit donc que c'est le modèle d'océan qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. En utilisant 2 process MPI pour l'océan on obtient : 
    139 [[BR]] 
    140 1 jour simulé par LMDZ sur 29 CPUs : 25s 
    141 [[BR]] 
    142 1 jour simulé par NEMO sur 2 CPU : 15s 
    143 [[BR]] 
    144 ce qui va donner 1 mois simulé en 840s. 
    145  
    146 On voit donc que désormais, c'est le modèle d'atmosphère qui va "guider" le temps de restitution du modèle couplé complet. Mais à cette résolution là, il n'est pas possible d'utiliser plus de process pour LMDZ en parallélisation MPI seule (limite à 3 bandes de latitudes par process MPI). 
    147  
    148 La configuration idéale est donc : 29 CPUs ATM, 2 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis (lorsque PISCES n'est pas activé). 
    149 Si PISCES est activé (c'est le cas avec IPSLCM5A CMIP5) la configuration ideale est : 26 CPUs ATM, 5 CPUs OCE et 1 CPU pour Oasis 
    150 Pour activer cette configuration-là, deux étapes sont nécessaires : 
     110 * Si vous travaillez sur 32 processus ('''!JobNumProcTot=32''') cela signifie que la composante atmosphérique tournera sur 26 CPUs alors que la composante océanique sur 5 CPUs et le coupleur oasis une seule. C'est ce qui se passe par défaut.  
    151111 
    152112 * Execution Cas particulier : si vous souhaitez faire utiliser à votre NEMO parallèle un restart généré par un NEMO mono-processeur, alors il faut forcer une resoumission (ccc_msub) apres le 1er run de la simulation. Pour cela :