source: XIOS/branchs/xios-1.0/src/output/nc4_data_output.cpp @ 607

Last change on this file since 607 was 607, checked in by rlacroix, 7 years ago

Improve the error message when compression cannot be used.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 59.4 KB
Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12#include "netCdfException.hpp"
13#include "exception.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23      {
24         StdString timeid = StdString("time_counter");
25         SuperClass::type = MULTI_FILE;
26//         if (!exist)
27//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
28      }
29
30      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
31         (const StdString & filename, bool exist, MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
32            : SuperClass()
33            , SuperClassWriter(filename, exist, &comm_file,multifile)
34            , comm_file(comm_file)
35            , filename(filename)
36            , isCollective(isCollective)
37      {
38         StdString timeid = StdString("time_counter");
39
40         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
41
42 //        if (!exist)
43//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
44      }
45
46
47      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
48      { /* Ne rien faire de plus */ }
49
50      ///--------------------------------------------------------------
51
52      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
53      {
54         return (this->filename);
55      }
56
57      //---------------------------------------------------------------
58
59      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
60      {
61         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
62         {
63           writeUnstructuredDomain(domain) ;
64           return ;
65         }
66
67         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
68         CContextServer* server=context->server ;
69
70         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
71         domain->checkAttributes();
72
73         if (domain->isEmpty())
74           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
75
76         std::vector<StdString> dim0, dim1;
77         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
78                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
79         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
80
81
82         StdString dimXid, dimYid ;
83
84         switch (domain->type)
85         {
86           case CDomain::type_attr::curvilinear :
87             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
89             break ;
90           case CDomain::type_attr::regular :
91             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
92             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
93             break;
94           case CDomain::type_attr::unstructured :
95             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
96             break;
97         }
98
99         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
100/*
101         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
102                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
103                             : lonid;
104         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
105                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
106                             : latid;
107*/
108
109         try
110         {
111           switch (SuperClass::type)
112           {
113              case (MULTI_FILE) :
114              {
115  //               if (domain->isEmpty()) return;
116
117                 if (server->intraCommSize > 1)
118                 {
119  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
120  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
121                 }
122
123                 switch (domain->type)
124                 {
125                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
126                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
127                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
129                     break ;
130                   case CDomain::type_attr::regular :
131                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
132                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
133                     dim0.push_back(dimYid);
134                     dim1.push_back(dimXid);
135                     break;
136                   case CDomain::type_attr::unstructured :
137                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
138                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
139                     bounds_lonid=string("bounds_lon").append(appendDomid);
140                     bounds_latid=string("bounds_lat").append(appendDomid);
141                     dim0.push_back(dimXid);
142                     break;
143                 }
144
145                 if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
146                 {
147                   SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
148                 }
149                 else
150                 {
151                   SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
152                   SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
153                 }
154
155                 if (server->intraCommSize > 1)
156                 {
157                    if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
158                    {
159                      this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
160                                                 domain->zoom_ni_srv,
161                                                 domain->zoom_jbegin_srv,
162                                                 domain->zoom_nj_srv,
163                                                 appendDomid);
164
165                      if (singleDomain) this->writeLocalAttributes_IOIPSL(domain->zoom_ibegin_srv,
166                                                 domain->zoom_ni_srv,
167                                                 domain->zoom_jbegin_srv,
168                                                 domain->zoom_nj_srv,
169                                                 domain->ni_glo,domain->nj_glo,
170                                                 server->intraCommRank,server->intraCommSize);
171                   }
172                 }
173
174                 switch (domain->type)
175                 {
176                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
177                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
178                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
179                     break ;
180                    case CDomain::type_attr::regular :
181                      SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
182                      SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
183                      break ;
184                    case CDomain::type_attr::unstructured :
185                      SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
186                      SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
187                 }
188
189                 this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
190                 this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
191
192                 dim0.clear();
193                 if (domain->type != CDomain::type_attr::unstructured) dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 SuperClassWriter::definition_end();
212
213                 switch (domain->type)
214                 {
215                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
216                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
217                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
218                     break;
219                   case CDomain::type_attr::regular :
220                     CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
221                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
222                     CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
223                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
224                     break;
225                 }
226                 SuperClassWriter::definition_start();
227
228                 break;
229              }
230              case (ONE_FILE) :
231              {
232                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni.getValue());
233                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj.getValue());
234
235
236                 switch (domain->type)
237                 {
238                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
239                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
240                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
241                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
242                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
243                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
244                     break;
245
246                   case CDomain::type_attr::regular :
247                     dim0.push_back(dimYid);
248                     dim1.push_back(dimXid);
249                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
250                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
251                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
252                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
253                     break;
254                 }
255                 this->writeAxisAttributes
256                    (lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
257                 this->writeAxisAttributes
258                    (latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
259
260
261                 SuperClassWriter::definition_end();
262                 switch (domain->type)
263                 {
264                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
265                   {
266                     std::vector<StdSize> start(2) ;
267                     std::vector<StdSize> count(2) ;
268                     if (domain->isEmpty())
269                     {
270                       start[0]=0 ; start [1]=0 ;
271                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
272                     }
273                     else
274                     {
275                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
276                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
277                     }
278
279                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
280                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
281                     break;
282                   }
283                   case CDomain::type_attr::regular :
284                   {
285                     std::vector<StdSize> start(1) ;
286                     std::vector<StdSize> count(1) ;
287                     if (domain->isEmpty())
288                     {
289                       start[0]=0 ;
290                       count[0]=0 ;
291                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
292                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);                 }
293                     else
294                     {
295                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
296                       count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
297                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
298                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
299
300                       start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ;
301                       count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
302                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
303                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
304                     }
305                     break;
306                   }
307                 }
308                 SuperClassWriter::definition_start();
309                 break;
310              }
311              default :
312                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
313                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
314                       << " not implemented yet !");
315           }
316         }
317         catch (CNetCdfException& e)
318         {
319           StdString msg("On writing the domain : ");
320           msg.append(domid); msg.append("\n");
321           msg.append("In the context : ");
322           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
323           msg.append(e.what());
324           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
325         }
326
327         domain->addRelFile(this->filename);
328      }
329
330      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
331      {
332         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
333         CContextServer* server=context->server ;
334
335         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
336         domain->checkAttributes();
337
338         if (domain->isEmpty())
339           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
340
341         std::vector<StdString> dim0, dim1;
342         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
343                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
344         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
345
346
347         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
348         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
349
350         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
351
352         try
353         {
354           switch (SuperClass::type)
355           {
356              case (MULTI_FILE) :
357              {
358                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
359                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
360                 dim0.push_back(dimXid);
361
362                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_nj_srv);
363                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
364                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
365
366                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
367                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
368
369
370                 this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
371                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
372                 this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
373                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
374                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
375                 dim0.clear();
376                 if (domain->hasBounds)
377                 {
378                   dim0.push_back(dimXid);
379                   dim0.push_back(dimVertId);
380                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
381                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
382                 }
383
384                 dim0.clear();
385                 dim0.push_back(dimXid);
386
387                 SuperClassWriter::definition_end();
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
391
392                 if (domain->hasBounds)
393                 {
394                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
395                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
396                 }
397                 SuperClassWriter::definition_start();
398                 break ;
399              }
400
401              case (ONE_FILE) :
402              {
403                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
404                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
405                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
406                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
407                 dim0.push_back(dimXid);
408                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
409                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
410                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
411                 this->writeAxisAttributes(lonid, "X", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
412                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
413                 this->writeAxisAttributes(latid, "Y", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
414                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
415                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
416                 dim0.clear();
417
418                 if (domain->hasBounds)
419                 {
420                   dim0.push_back(dimXid);
421                   dim0.push_back(dimVertId);
422                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
423                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
424                 }
425
426                 SuperClassWriter::definition_end();
427
428                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
429                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
430                 if (domain->isEmpty())
431                 {
432                   start[0]=0 ;
433                   count[0]=0 ;
434                   startBounds[1]=0 ;
435                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
436                   startBounds[0]=0 ;
437                   countBounds[0]=0 ;
438                 }
439                 else
440                 {
441                   start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ;
442                   count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
443                   startBounds[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin ;
444                   startBounds[1]=0 ;
445                   countBounds[0]=domain->zoom_nj_srv ;
446                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
447                 }
448                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
449                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
450                 if (domain->hasBounds)
451                 {
452                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
453                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
454                 }
455
456
457                 SuperClassWriter::definition_start();
458
459                 break;
460              }
461              default :
462                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
463                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
464                       << " not implemented yet !");
465           }
466         }
467         catch (CNetCdfException& e)
468         {
469           StdString msg("On writing the domain : ");
470           msg.append(domid); msg.append("\n");
471           msg.append("In the context : ");
472           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
473           msg.append(e.what());
474           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
475         }
476         domain->addRelFile(this->filename);
477      }
478      //--------------------------------------------------------------
479
480      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
481      {
482         if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
483         axis->checkAttributes();
484         StdSize zoom_size=axis->zoom_size.getValue() ;
485         StdSize zoom_begin=axis->zoom_begin.getValue()-1 ;
486
487
488         std::vector<StdString> dims;
489         StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
490                           ? axis->name.getValue() : axis->getId();
491         try
492         {
493           SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
494           dims.push_back(axisid);
495
496           switch (SuperClass::type)
497           {
498              case (MULTI_FILE ) :
499              {}
500              case (ONE_FILE) :
501              {
502                 SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
503
504                 SuperClassWriter::addAttribute("axis", StdString("Z"), &axisid);
505
506                 if (!axis->standard_name.isEmpty())
507                    SuperClassWriter::addAttribute
508                       ("standard_name",  axis->standard_name.getValue(), &axisid);
509
510                 if (!axis->long_name.isEmpty())
511                    SuperClassWriter::addAttribute
512                       ("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
513
514                 if (!axis->unit.isEmpty())
515                    SuperClassWriter::addAttribute
516                       ("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
517
518                if (!axis->positive.isEmpty())
519                  if (axis->positive==CAxis::positive_attr::up) SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("up"), &axisid);
520                  else   SuperClassWriter::addAttribute("positive", string("down"), &axisid);
521
522                 SuperClassWriter::definition_end();
523
524                 CArray<double,1> axis_value(zoom_size) ;
525                 for(StdSize i = 0 ; i < zoom_size ; i++) axis_value(i)=axis->value(i+zoom_begin) ;
526                 SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
527
528                 SuperClassWriter::definition_start();
529
530                 break;
531              }
532              default :
533                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
534                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
535                       << " not implemented yet !");
536           }
537         }
538         catch (CNetCdfException& e)
539         {
540           StdString msg("On writing the axis : ");
541           msg.append(axisid); msg.append("\n");
542           msg.append("In the context : ");
543           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
544           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
545           msg.append(e.what());
546           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
547         }
548         axis->addRelFile(this->filename);
549     }
550
551     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
552     {
553       try
554       {
555        SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
556        SuperClassWriter::addDimension("time_bounds", 2);
557       }
558       catch (CNetCdfException& e)
559       {
560         StdString msg("On writing time dimension : time_couter, time_bounds \n");
561         msg.append("In the context : ");
562         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
563         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
564         msg.append(e.what());
565         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
566       }
567     }
568      //--------------------------------------------------------------
569
570      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
571      {
572         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
573         CContextServer* server=context->server ;
574
575         std::vector<StdString> dims, coodinates;
576         CGrid* grid = field->grid;
577         CDomain* domain = grid->domain;
578
579         if (domain->isEmpty())
580           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
581
582         StdString timeid    = StdString("time_counter");
583         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
584                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
585         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
586
587//         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
588//         bool isCurvilinear = (domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear) ;
589
590         StdString dimXid,dimYid ;
591
592         switch (domain->type)
593         {
594           case CDomain::type_attr::curvilinear :
595             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
596             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
597             break ;
598           case CDomain::type_attr::regular :
599             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
600             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
601             break ;
602           case CDomain::type_attr::unstructured :
603             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
604             break ;
605        }
606
607/*
608         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
609                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
610                             : lonid;
611         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
612                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
613                             : latid;
614*/
615         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
616                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
617
618//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
619//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
620//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
621
622         nc_type type ;
623         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
624         else
625         {
626           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
627           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
628           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
629         }
630
631         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
632
633         if (wtime)
634         {
635
636            //StdOStringStream oss;
637           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
638           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
639          //oss
640            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
641            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
642            dims.push_back(timeid);
643         }
644
645         if (!grid->axis_ref.isEmpty())
646         {
647            CAxis* axis = grid->axis ;
648            StdString axisid = (!axis->name.isEmpty()) ? axis->name.getValue() : axis->getId();
649            dims.push_back(axisid);
650            coodinates.push_back(axisid);
651         }
652
653         switch (domain->type)
654         {
655           case CDomain::type_attr::curvilinear :
656             coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
657             coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
658             break;
659           case CDomain::type_attr::regular :
660           case CDomain::type_attr::unstructured :
661            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
662            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
663             break;
664         }
665
666         if ( domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear || domain->type == CDomain::type_attr::regular)dims.push_back(dimYid);
667         dims.push_back(dimXid);
668
669         try
670         {
671           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
672
673           if (!field->standard_name.isEmpty())
674              SuperClassWriter::addAttribute
675                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
676
677           if (!field->long_name.isEmpty())
678              SuperClassWriter::addAttribute
679                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
680
681           if (!field->unit.isEmpty())
682              SuperClassWriter::addAttribute
683                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
684
685            if (!field->valid_min.isEmpty())
686              SuperClassWriter::addAttribute
687                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
688
689           if (!field->valid_max.isEmpty())
690              SuperClassWriter::addAttribute
691                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
692
693            if (!field->scale_factor.isEmpty())
694              SuperClassWriter::addAttribute
695                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
696
697             if (!field->add_offset.isEmpty())
698              SuperClassWriter::addAttribute
699                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
700
701           SuperClassWriter::addAttribute
702                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
703
704          // write child variables as attributes
705
706
707           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
708           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
709
710
711           if (wtime)
712           {
713              CDuration duration ;
714
715              duration=CDuration::FromString(field->freq_op) ;
716              duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
717              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", duration.toString(), &fieldid);
718
719              duration=CDuration::FromString(field->getRelFile()->output_freq) ;
720              duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
721              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", duration.toString(), &fieldid);
722           }
723
724           if (!field->default_value.isEmpty())
725           {
726              double default_value = field->default_value.getValue();
727              float fdefault_value = (float)default_value;
728              if (type == NC_DOUBLE)
729                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
730              else
731                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
732           }
733           else
734           {
735              double * default_value = NULL;
736              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, default_value);
737           }
738
739           if (field->compression_level.isEmpty())
740             field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
741           SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
742
743           {  // Ecriture des coordonnées
744
745              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
746              std::vector<StdString>::iterator
747                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
748
749              for (; itc!= endc; itc++)
750              {
751                 StdString & coord = *itc;
752                 if (itc+1 != endc)
753                       coordstr.append(coord).append(" ");
754                 else  coordstr.append(coord);
755              }
756
757              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
758
759           }
760         }
761         catch (CNetCdfException& e)
762         {
763           StdString msg("On writing field : ");
764           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
765           msg.append("In the context : ");
766           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
767           msg.append(e.what());
768           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
769         }
770      }
771
772      //--------------------------------------------------------------
773
774      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
775      {
776         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
777                            ? file->name.getValue() : file->getId();
778         StdString description = (!file->description.isEmpty())
779                               ? file->description.getValue()
780                               : StdString("Created by xios");
781         try
782         {
783           this->writeFileAttributes(filename, description,
784                                     StdString ("CF-1.1"),
785                                     StdString("An IPSL model"),
786                                     this->getTimeStamp());
787         }
788         catch (CNetCdfException& e)
789         {
790           StdString msg("On writing file : ");
791           msg.append(filename); msg.append("\n");
792           msg.append("In the context : ");
793           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
794           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
795           msg.append(e.what());
796           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
797         }
798         if (file->nbDomain==1) singleDomain=true ;
799         else singleDomain=false ;
800      }
801
802      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
803      {
804        string name ;
805        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
806        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
807        else return ;
808
809        try
810        {
811          if (var->getVarType()==CVariable::t_int) addAttribute(name,var->getData<int>(),&fieldId) ;
812          else if (var->getVarType()==CVariable::t_short_int) addAttribute(name,var->getData<short int>(),&fieldId) ;
813          else if (var->getVarType()==CVariable::t_long_int) addAttribute(name,var->getData<long int>(),&fieldId) ;
814          else if (var->getVarType()==CVariable::t_float) addAttribute(name,var->getData<float>(),&fieldId) ;
815          else if (var->getVarType()==CVariable::t_double) addAttribute(name,var->getData<double>(),&fieldId) ;
816          else addAttribute(name,var->getData<string>(),&fieldId) ;
817        }
818       catch (CNetCdfException& e)
819       {
820         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
821         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
822         msg.append("In the context : ");
823         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
824         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
825         msg.append(e.what());
826         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
827       }
828     }
829
830     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
831     {
832        string name ;
833        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
834        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
835        else return ;
836        try
837        {
838          if (var->getVarType()==CVariable::t_int) addAttribute(name,var->getData<int>()) ;
839          else if (var->getVarType()==CVariable::t_short_int) addAttribute(name,var->getData<short int>()) ;
840          else if (var->getVarType()==CVariable::t_long_int) addAttribute(name,var->getData<long int>()) ;
841          else if (var->getVarType()==CVariable::t_float) addAttribute(name,var->getData<float>()) ;
842          else if (var->getVarType()==CVariable::t_double) addAttribute(name,var->getData<double>()) ;
843          else addAttribute(name,var->getData<string>()) ;
844        }
845       catch (CNetCdfException& e)
846       {
847         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
848         msg.append(name); msg.append("\n");
849         msg.append("In the context : ");
850         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
851         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
852         msg.append(e.what());
853         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
854       }
855     }
856
857      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
858      {
859        try
860        {
861          SuperClassWriter::sync() ;
862        }
863        catch (CNetCdfException& e)
864        {
865         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
866         msg.append("In the context : ");
867         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
868         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
869         msg.append(e.what());
870         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
871        }
872      }
873
874      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
875      {
876        try
877        {
878          SuperClassWriter::close() ;
879        }
880        catch (CNetCdfException& e)
881        {
882         StdString msg("On closing file");
883         msg.append("In the context : ");
884         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
885         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
886         msg.append(e.what());
887         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
888        }
889
890      }
891
892      //---------------------------------------------------------------
893
894      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
895      {
896         const int buffer_size = 100;
897         time_t rawtime;
898         struct tm * timeinfo = NULL;
899         char buffer [buffer_size];
900
901         time ( &rawtime );
902         timeinfo = localtime ( &rawtime );
903         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
904
905         return (StdString(buffer));
906      }
907
908      //---------------------------------------------------------------
909
910      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
911      {
912         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
913//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
914         CContextServer* server=context->server ;
915
916         CGrid* grid = field->grid ;
917         CDomain* domain = grid->domain ;
918
919         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
920
921
922         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
923                             ? field->name.getValue()
924                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
925
926         StdOStringStream oss;
927         string timeAxisId ;
928         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
929         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
930
931         StdString timeBoundId("time_counter_bounds");
932
933         StdString timeAxisBoundId;
934         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisBoundId="time_instant_bounds" ;
935         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisBoundId="time_centered_bounds" ;
936
937         CArray<double,1> time_data(1) ;
938         CArray<double,1> time_counter(1) ;
939         CArray<double,1> time_counter_bound(2);
940         CArray<double,1> time_data_bound(2);
941
942        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
943
944        if (wtime)
945        {
946          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv) + Time(*field->lastlast_Write_srv)) / 2;
947          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
948            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv);
949          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
950
951          time_counter_bound(0) = Time(*field->lastlast_Write_srv);
952          time_counter_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
953          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
954            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
955          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)
956          {
957            time_data_bound(0) = time_counter_bound(0);
958            time_data_bound(1) = time_counter_bound(1);
959          }
960         }
961
962         bool isRoot ;
963         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
964         else isRoot=false ;
965
966         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
967         {
968           double scaleFactor=1. ;
969           double addOffset=0. ;
970           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
971           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
972           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
973         }
974
975         try
976         {
977           if (grid->hasAxis()) // 3D
978           {
979              CAxis* axis = grid->axis ;
980              CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
981              if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
982
983              field->outputField(field_data3D);
984
985              if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data3D=round(field_data3D) ;
986
987              switch (SuperClass::type)
988             {
989                case (MULTI_FILE) :
990                {
991                   SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
992                   if (wtime)
993                   {
994                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
995                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
996                     SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
997                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
998                   }
999                   break ;
1000                }
1001                case (ONE_FILE) :
1002                {
1003                   std::vector<StdSize> start(3) ;
1004                   std::vector<StdSize> count(3) ;
1005                   if (domain->isEmpty())
1006                   {
1007                     start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
1008                     count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
1009                   }
1010                   else
1011                   {
1012  //                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
1013                     start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
1014                     count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
1015                   }
1016                   SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
1017                   if (wtime)
1018                   {
1019                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1020                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1021                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot );
1022                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1023                   }
1024                   break;
1025                }
1026              }
1027
1028           }
1029           else // 2D
1030           {
1031              CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
1032              if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
1033              field->outputField(field_data2D);
1034              if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data2D=round(field_data2D) ;
1035              switch (SuperClass::type)
1036              {
1037                case (MULTI_FILE) :
1038                {
1039                  SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
1040                  if (wtime)
1041                  {
1042                    SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
1043                    SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
1044                    SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1045                    SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1046                  }
1047                  break;
1048                }
1049                case (ONE_FILE) :
1050                {
1051                   std::vector<StdSize> start(2) ;
1052                   std::vector<StdSize> count(2) ;
1053                   if (domain->isEmpty())
1054                   {
1055                     start[0]=0 ; start[1]=0 ;
1056                     count[0]=0 ; count[1]=0 ;
1057                   }
1058                   else
1059                   {
1060                     start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
1061                     count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
1062                   }
1063
1064                   SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
1065                   if (wtime)
1066                   {
1067                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
1068                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
1069                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1070                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1071                   }
1072                   break;
1073
1074                }
1075              }
1076           }
1077         }
1078         catch (CNetCdfException& e)
1079         {
1080           StdString msg("On writing field data: ");
1081           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1082           msg.append("In the context : ");
1083           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1084           msg.append(e.what());
1085           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
1086         }
1087      }
1088
1089      //---------------------------------------------------------------
1090
1091      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
1092                  (CField*    field,
1093                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
1094      {
1095         StdOStringStream oss;
1096
1097//         if (field->operation.getValue().compare("once") == 0) return ;
1098         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once) return ;
1099
1100//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
1101//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1102
1103//         StdString axisid = oss.str();
1104//         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
1105//         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
1106
1107         StdString axisid("time_centered") ;
1108         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
1109         StdString timeid("time_counter");
1110         StdString timeBoundId("time_bounds");
1111
1112         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1113         {
1114            axisid = "time_instant";
1115            axisBoundId = "time_instant_bounds";
1116         }
1117
1118         try
1119         {
1120          // Adding time_instant or time_centered
1121           std::vector<StdString> dims;
1122           dims.push_back(timeid);
1123           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1124           {
1125              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1126
1127              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1128              StdOStringStream oss2;
1129  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
1130  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
1131              StdString strInitdate=oss2.str() ;
1132              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1133              this->writeTimeAxisAttributes
1134                 (axisid, cal->getType(),
1135                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1136                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1137           }
1138
1139           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
1140           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1141           {
1142              dims.clear() ;
1143              dims.push_back(timeid);
1144              dims.push_back(timeBoundId);
1145              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1146           }
1147
1148           // Adding time_counter
1149           axisid = "time_counter" ;
1150           axisBoundId = "time_counter_bounds" ;
1151           dims.clear() ;
1152           dims.push_back(timeid);
1153           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1154           {
1155              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1156              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1157              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1158              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1159
1160              this->writeTimeAxisAttributes
1161                 (axisid, cal->getType(),
1162                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1163                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1164           }
1165
1166           // Adding time_counter_bound dimension
1167           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1168           {
1169              dims.clear();
1170              dims.push_back(timeid);
1171              dims.push_back(timeBoundId);
1172              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1173           }
1174         }
1175         catch (CNetCdfException& e)
1176         {
1177           StdString msg("On writing time axis data: ");
1178           msg.append("In the context : ");
1179           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1180           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1181           msg.append(e.what());
1182           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
1183                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
1184         }
1185      }
1186
1187      //---------------------------------------------------------------
1188
1189      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1190                                                   const StdString & calendar,
1191                                                   const StdString & units,
1192                                                   const StdString & time_origin,
1193                                                   const StdString & time_bounds,
1194                                                   const StdString & standard_name,
1195                                                   const StdString & long_name,
1196                                                   const StdString & title)
1197      {
1198         try
1199         {
1200           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1201           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
1202           SuperClassWriter::addAttribute("title",         title        , &axis_name);
1203           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
1204           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
1205           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
1206           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
1207         }
1208         catch (CNetCdfException& e)
1209         {
1210           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
1211           msg.append("In the context : ");
1212           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1213           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1214           msg.append(e.what());
1215           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1216                                                   const StdString & calendar,\
1217                                                   const StdString & units, \
1218                                                   const StdString & time_origin, \
1219                                                   const StdString & time_bounds, \
1220                                                   const StdString & standard_name, \
1221                                                   const StdString & long_name, \
1222                                                   const StdString & title)", << msg);
1223         }
1224      }
1225
1226      //---------------------------------------------------------------
1227
1228      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1229                                               const StdString & axis,
1230                                               const StdString & standard_name,
1231                                               const StdString & long_name,
1232                                               const StdString & units,
1233                                               const StdString & nav_model)
1234      {
1235         try
1236         {
1237          SuperClassWriter::addAttribute("axis"         , axis         , &axis_name);
1238          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1239          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
1240          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
1241          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
1242         }
1243         catch (CNetCdfException& e)
1244         {
1245           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
1246           msg.append("In the context : ");
1247           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1248           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1249           msg.append(e.what());
1250           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1251                                               const StdString & axis, \
1252                                               const StdString & standard_name, \
1253                                               const StdString & long_name, \
1254                                               const StdString & units, \
1255                                               const StdString & nav_model)", << msg);
1256         }
1257      }
1258
1259      //---------------------------------------------------------------
1260
1261      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
1262         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
1263      {
1264        try
1265        {
1266         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
1267         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
1268         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
1269         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
1270        }
1271        catch (CNetCdfException& e)
1272        {
1273           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
1274           msg.append("In the context : ");
1275           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1276           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1277           msg.append(e.what());
1278           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
1279                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
1280        }
1281
1282      }
1283
1284     void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL
1285         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
1286      {
1287         CArray<int,1> array(2) ;
1288
1289         try
1290         {
1291           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
1292           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
1293           array=1,2 ;
1294           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
1295           array=ni_glo,nj_glo ;
1296           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
1297           array=ni,nj ;
1298           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
1299           array=ibegin,jbegin ;
1300           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
1301           array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
1302           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
1303           array=0,0 ;
1304           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
1305           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
1306           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
1307  /*
1308           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
1309           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
1310           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
1311           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
1312  */
1313         }
1314         catch (CNetCdfException& e)
1315         {
1316           StdString msg("On writing Local Attributes IOI PSL \n");
1317           msg.append("In the context : ");
1318           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1319           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1320           msg.append(e.what());
1321           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
1322                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
1323         }
1324      }
1325      //---------------------------------------------------------------
1326
1327      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
1328                                                const StdString & description,
1329                                                const StdString & conventions,
1330                                                const StdString & production,
1331                                                const StdString & timeStamp)
1332      {
1333         try
1334         {
1335           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
1336           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
1337           SuperClassWriter::addAttribute("conventions", conventions);
1338           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
1339           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
1340         }
1341         catch (CNetCdfException& e)
1342         {
1343           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
1344           msg.append("In the context : ");
1345           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1346           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1347           msg.append(e.what());
1348           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
1349                                                const StdString & description, \
1350                                                const StdString & conventions, \
1351                                                const StdString & production, \
1352                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
1353         }
1354      }
1355
1356      //---------------------------------------------------------------
1357
1358      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1359                                               int data_dim,
1360                                               int data_ni,
1361                                               int data_nj,
1362                                               int data_ibegin,
1363                                               int data_jbegin)
1364      {
1365         try
1366         {
1367           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1368           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1369           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1370           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1371           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1372         }
1373         catch (CNetCdfException& e)
1374         {
1375           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
1376           msg.append("In the context : ");
1377           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1378           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1379           msg.append(e.what());
1380           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
1381                                               int data_dim, \
1382                                               int data_ni, \
1383                                               int data_nj, \
1384                                               int data_ibegin, \
1385                                               int data_jbegin)", << msg);
1386         }
1387      }
1388
1389      ///--------------------------------------------------------------
1390
1391} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.