source: XIOS/branchs/xios-2.5/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1624

Last change on this file since 1624 was 1624, checked in by oabramkina, 3 years ago

Bugfix for NEMO-like land processes elimination.

Values describing a domain (latitude, longitude, bounds,...) are set to -1 on land processes.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 133.6 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include "attribute_template.hpp"
4#include "group_template.hpp"
5
6#include "file.hpp"
7#include "calendar.hpp"
8#include "context.hpp"
9#include "context_server.hpp"
10#include "netCdfException.hpp"
11#include "exception.hpp"
12#include "timer.hpp"
13#include "uuid.hpp"
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
23      {
24        SuperClass::type = MULTI_FILE;
25        compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39        if (file==NULL) compressionLevel = 0 ;
40        else compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ;
41      }
42
43      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
44    { /* Ne rien faire de plus */ }
45
46      ///--------------------------------------------------------------
47
48      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
49      {
50         return (this->filename);
51      }
52
53      //---------------------------------------------------------------
54
55      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
56      {
57        StdString lonName,latName ;
58         
59        domain->computeWrittenIndex();
60        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
61
62        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
63        {
64          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
65            writeUnstructuredDomain(domain) ;
66          else
67            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
68          return ;
69        }
70
71         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
72         CContextServer* server=context->server ;
73
74         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
75         domain->checkAttributes();
76
77         if (domain->isEmpty())
78           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
79
80         std::vector<StdString> dim0, dim1;
81         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
82         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
83         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
84         else setWrittenDomain(domid);
85       
86         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
87
88
89        StdString dimXid, dimYid ;
90
91        nc_type typePrec ;
92        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
93        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
94        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
95         
96         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
97         switch (domain->type)
98         {
99           case CDomain::type_attr::curvilinear :
100
101             if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "nav_lon";
102             else lonName = domain->lon_name;
103
104             if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "nav_lat";
105             else latName = domain->lat_name;
106
107             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid=StdString("x").append(appendDomid);
108             else dimXid=domain->dim_i_name.getValue() + appendDomid;
109
110             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid=StdString("y").append(appendDomid);
111             else dimYid=domain->dim_j_name.getValue() + appendDomid;
112
113             break ;
114
115           case CDomain::type_attr::rectilinear :
116
117             if (domain->lon_name.isEmpty())
118             {
119               if (domain->dim_i_name.isEmpty())
120                   lonName = "lon";
121               else
122                 lonName = domain->dim_i_name.getValue();
123             }
124             else lonName = domain->lon_name;
125
126             if (domain->lat_name.isEmpty())
127             {
128               if (domain->dim_j_name.isEmpty())
129                 latName = "lat";
130               else
131                 latName = domain->dim_j_name.getValue();
132             }
133             else latName = domain->lat_name;
134             
135             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid = lonName+appendDomid;
136             else dimXid = domain->dim_i_name.getValue()+appendDomid;
137
138             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid = latName+appendDomid;
139             else dimYid = domain->dim_j_name.getValue()+appendDomid;
140             break;
141         }
142
143         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
144
145         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
146         string areaId = "area" + appendDomid;
147/*
148         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
149                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
150                             : lonid;
151         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
152                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
153                             : latid;
154*/
155
156         CArray<int, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
157         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
158         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
159         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
160         CArray<double,1> writtenArea;
161
162         if (domain->hasLonLat)
163         {
164           writtenLat.resize(nbWritten);
165           writtenLon.resize(nbWritten);
166           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
167           {
168             if (indexToWrite(idx) < 0)
169             {
170               writtenLat(idx) = -1.;   // hole
171               writtenLon(idx) = -1.;
172             }
173             else
174             {
175               writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
176               writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
177             }
178           }
179
180           if (domain->hasBounds)
181           {         
182             int nvertex = domain->nvertex, idx;
183             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
184             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
185             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
186             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
187             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
188               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
189               {
190                 if (indexToWrite(idx) < 0)
191                 {
192                   writtenBndsLat(nv, idx) = -1.;  // hole
193                   writtenBndsLon(nv, idx) = -1.;
194                 }
195                 else
196                 {
197                   writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
198                   writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
199                 }
200               }
201           }
202         }
203
204         if (domain->hasArea)
205         {
206           writtenArea.resize(nbWritten);           
207           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
208           {
209                  if (indexToWrite(idx) < 0)
210              writtenArea(idx) = -1.;
211                  else
212              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));
213           }
214         }
215
216         try
217         {
218           switch (SuperClass::type)
219           {
220              case (MULTI_FILE) :
221              {
222                 switch (domain->type)
223                 {
224                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
225                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
226                     lonid = lonName+appendDomid;
227                     latid = latName+appendDomid;
228                     break ;
229                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
230                     lonid = lonName+appendDomid;
231                     latid = latName+appendDomid;
232                     dim0.push_back(dimYid);
233                     dim1.push_back(dimXid);
234                     break;
235                 }
236                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
237                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
238                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
239                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
240
241                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
242                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj);
243
244                 if (domain->hasBounds)
245                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
246
247                 if (server->intraCommSize > 1)
248                 {
249                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin,
250                                              domain->zoom_ni,
251                                              domain->zoom_jbegin,
252                                              domain->zoom_nj,
253                                              appendDomid);
254
255                   if (singleDomain)
256                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
257                                                      domain->zoom_ibegin,
258                                                      domain->zoom_ni,
259                                                      domain->zoom_jbegin,
260                                                      domain->zoom_nj,
261                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
262                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
263                 }
264
265                 if (domain->hasLonLat)
266                 {
267                   switch (domain->type)
268                   {
269                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
270                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
271                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
272                       break ;
273                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
274                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
275                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1, compressionLevel);
276                        break ;
277                   }
278
279                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
280                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
281
282                   if (domain->hasBounds)
283                   {
284                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
285                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
286
287                     dim0.clear();
288                     dim0.push_back(dimYid);
289                     dim0.push_back(dimXid);
290                     dim0.push_back(dimVertId);
291                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
292                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
293                   }
294                 }
295
296                 dim0.clear();
297                 dim0.push_back(dimYid);
298                 dim0.push_back(dimXid);
299
300
301  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
302  // supress mask               {
303  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
304  // supress mask
305  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
306  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
307  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
308  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
309  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
310  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
311  // supress mask               }
312
313                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
314
315                 if (domain->hasArea)
316                 {
317                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
318                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
319                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
320                 }
321
322                 SuperClassWriter::definition_end();
323
324                 if (domain->hasLonLat)
325                 {
326                   switch (domain->type)
327                   {
328                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
329                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
330                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
331                       break;
332                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
333                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni)) ;
334                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
335                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1)) ;
336                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
337                       break;
338                   }
339
340                   if (domain->hasBounds)
341                   {
342                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
343                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
344                   }
345                 }
346
347                 if (domain->hasArea)
348                 {
349                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
350                 }
351
352                 SuperClassWriter::definition_start();
353
354                 break;
355              }
356              case (ONE_FILE) :
357              {
358                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
359                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
360
361                 if (domain->hasBounds)
362                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
363
364                 if (domain->hasLonLat)
365                 {
366                   switch (domain->type)
367                   {
368                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
369                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
370                       lonid = lonName+appendDomid;
371                       latid = latName+appendDomid;
372                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
373                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
374                       break;
375
376                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
377                       dim0.push_back(dimYid);
378                       dim1.push_back(dimXid);
379                       lonid = lonName+appendDomid;
380                       latid = latName+appendDomid;
381                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
382                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1, compressionLevel);
383                       break;
384                   }
385                   if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
386                   else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
387                   if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
388                   else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
389
390                   this->writeAxisAttributes
391                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
392                   this->writeAxisAttributes
393                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
394
395                   if (domain->hasBounds)
396                   {
397                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
398                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
399
400                     dim0.clear();
401                     dim0.push_back(dimYid);
402                     dim0.push_back(dimXid);
403                     dim0.push_back(dimVertId);
404                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
405                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
406                   }
407                 }
408
409                 if (domain->hasArea)
410                 {
411                   dim0.clear();
412                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
413                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
414                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
415                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
416                   dim0.clear();
417                 }
418
419                 SuperClassWriter::definition_end();
420
421                 switch (domain->type)
422                 {
423                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
424                   {
425                     std::vector<StdSize> start(2) ;
426                     std::vector<StdSize> count(2) ;
427// Comment out because it is not working for a hole
428//                     if (domain->isEmpty())
429//                     {
430//                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
431//                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
432//                     }
433//                     else
434                     {
435                       start[1]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
436                       start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
437                       count[1]=domain->zoom_ni ; count[0]=domain->zoom_nj ;
438                     }
439
440                     if (domain->hasLonLat)
441                     {
442                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
443                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
444                     }
445                     break;
446                   }
447                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
448                   {
449                     if (domain->hasLonLat)
450                     {
451                       std::vector<StdSize> start(1) ;
452                       std::vector<StdSize> count(1) ;
453                       if (domain->isEmpty())
454                       {
455                         start[0]=0 ;
456                         count[0]=0 ;
457                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
458                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
459                       }
460                       else
461                       { 
462                         start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
463                         count[0]=domain->zoom_nj;                         
464                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
465                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
466
467                         start[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
468                         count[0]=domain->zoom_ni;                         
469                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1));
470                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
471                       }
472                     }
473                     break;
474                   }
475                 }
476
477                 if (domain->hasBounds)
478                 {
479                   std::vector<StdSize> start(3);
480                   std::vector<StdSize> count(3);
481                   if (domain->isEmpty())
482                   {
483                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
484                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
485                   }
486                   else
487                   {
488                     start[2] = 0;
489                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
490                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
491                     count[2] = domain->nvertex;
492                     count[1] = domain->zoom_ni;
493                     count[0] = domain->zoom_nj;
494                   }
495                 
496                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
497                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
498                 }
499
500                 if (domain->hasArea)
501                 {
502                   std::vector<StdSize> start(2);
503                   std::vector<StdSize> count(2);
504
505                   if (domain->isEmpty())
506                   {
507                     start[0] = 0; start[1] = 0;
508                     count[0] = 0; count[1] = 0;
509                   }
510                   else
511                   {
512                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
513                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
514                     count[1] = domain->zoom_ni;
515                     count[0] = domain->zoom_nj;
516                   }
517                   
518                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
519                 }
520
521                 SuperClassWriter::definition_start();
522                 break;
523              }
524              default :
525                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
526                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
527                       << " not implemented yet !");
528           }
529         }
530         catch (CNetCdfException& e)
531         {
532           StdString msg("On writing the domain : ");
533           msg.append(domid); msg.append("\n");
534           msg.append("In the context : ");
535           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
536           msg.append(e.what());
537           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
538         }
539
540         domain->addRelFile(this->filename);
541      }
542
543    //--------------------------------------------------------------
544
545    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
546    {
547      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
548      CContextServer* server=context->server ;
549
550      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
551
552      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
553
554      // The first domain for the same mesh that will be written is that with the highest value of nvertex.
555      // Thus the entire mesh connectivity will be generated at once.
556      if (isWrittenDomain(domid)) return ;
557      else setWrittenDomain(domid);
558
559      domain->checkAttributes();
560      if (domain->isEmpty())
561        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
562
563     nc_type typePrec ;
564     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
565     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
566     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
567
568      std::vector<StdString> dim0;
569      StdString domainName = domain->name;
570      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
571      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
572
573      StdString node_x = domainName + "_node_x";
574      StdString node_y = domainName + "_node_y";
575
576      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
577      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
578      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
579
580      StdString face_x = domainName + "_face_x";
581      StdString face_y = domainName + "_face_y";
582      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
583      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
584      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
585      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
586
587      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
588      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
589      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
590      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
591      StdString dimTwo = "Two";
592
593      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
594      dim0.clear();
595      SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0, compressionLevel);
596      SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
597      SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
598      SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
599      SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
600
601      try
602      {
603        switch (SuperClass::type)
604        {
605          case (ONE_FILE) :
606          {
607            // Adding nodes
608            if (domain->nvertex == 1)
609            {
610              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
611              {
612                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
613                dim0.clear();
614                dim0.push_back(dimNode);
615                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
616                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
617                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
618                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
619                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
620                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
621                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
622                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
623              }
624            } // domain->nvertex == 1
625
626            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
627            if (domain->nvertex == 2)
628            {
629              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
630              {
631                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
632                dim0.clear();
633                dim0.push_back(dimNode);
634                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
635                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
636                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
637                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
638                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
639                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
640                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
641                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
642              }
643              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
644              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
645              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
646              dim0.clear();
647              dim0.push_back(dimEdge);
648              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
649              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
650              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
651              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
652              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
653              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
654              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
655              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
656              dim0.clear();
657              dim0.push_back(dimEdge);
658              dim0.push_back(dimTwo);
659              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
660              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
661              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
662              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
663            } // domain->nvertex == 2
664
665            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
666            if (domain->nvertex > 2)
667            {
668              // Nodes
669              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
670              {
671                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
672                dim0.clear();
673                dim0.push_back(dimNode);
674                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
675                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
676                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
677                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
678                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
679                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
680                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
681                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
682              }
683              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
684              {
685                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
686                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
687                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
688                dim0.clear();
689                dim0.push_back(dimEdge);
690                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
691                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
692                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
693                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
694                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
695                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
696                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
697                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
698                dim0.clear();
699                dim0.push_back(dimEdge);
700                dim0.push_back(dimTwo);
701                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
702                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
703                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
704                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
705              }
706              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
707              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
708              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
709              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
710              dim0.clear();
711              dim0.push_back(dimFace);
712              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
713              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
714              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
715              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
716              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
717              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
718              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
719              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
720              dim0.clear();
721              dim0.push_back(dimFace);
722              dim0.push_back(dimVertex);
723              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
724              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
725              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
726              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
727              dim0.clear();
728              dim0.push_back(dimFace);
729              dim0.push_back(dimVertex);
730              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0, compressionLevel);
731              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
732              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
733              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
734              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
735              dim0.clear();
736              dim0.push_back(dimEdge);
737              dim0.push_back(dimTwo);
738              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0, compressionLevel);
739              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
740              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
741              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
742              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
743              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
744              dim0.clear();
745              dim0.push_back(dimFace);
746              dim0.push_back(dimVertex);
747              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0, compressionLevel);
748              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
749              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
750              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
751              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
752              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
753              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
754            } // domain->nvertex > 2
755
756            SuperClassWriter::definition_end();
757
758            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
759            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
760            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
761            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
762            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
763            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
764            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
765            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
766            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
767            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
768            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
769            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
770
771            if (domain->nvertex == 1)
772            {
773              if (domain->isEmpty())
774               {
775                 startNodes[0]=0 ;
776                 countNodes[0]=0 ;
777               }
778               else
779               {
780                 startNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
781                 countNodes[0] = domain->zoom_ni ;
782               }
783
784              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
785              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
786            }
787            else if (domain->nvertex == 2)
788            {
789              if (domain->isEmpty())
790               {
791                startEdges[0]=0 ;
792                countEdges[0]=0 ;
793                startNodes[0]=0 ;
794                countNodes[0]=0 ;
795                startEdgeNodes[0]=0;
796                startEdgeNodes[1]=0;
797                countEdgeNodes[0]=0;
798                countEdgeNodes[1]=0;
799
800               }
801               else
802               {
803                 startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
804                 countEdges[0] = domain->zoom_ni;
805                 startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
806                 countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
807                 startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
808                 startEdgeNodes[1] = 0;
809                 countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
810                 countEdgeNodes[1] = 2;
811               }
812              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
813              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
814              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
815              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
816              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
817            }
818            else
819            {
820              if (domain->isEmpty())
821               {
822                 startFaces[0] = 0 ;
823                 countFaces[0] = 0 ;
824                 startNodes[0] = 0;
825                 countNodes[0] = 0;
826                 startEdges[0] = 0;
827                 countEdges[0] = 0;
828                 startEdgeFaces[0] = 0;
829                 startEdgeFaces[1] = 0;
830                 countEdgeFaces[0] = 0;
831                 countEdgeFaces[1] = 0;
832                 startFaceConctv[0] = 0;
833                 startFaceConctv[1] = 0;
834                 countFaceConctv[0] = 0;
835                 countFaceConctv[1] = 0;
836               }
837               else
838               {
839                 startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
840                 countFaces[0] = domain->zoom_ni ;
841                 startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
842                 countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
843                 startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
844                 countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
845                 startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
846                 startEdgeNodes[1] = 0;
847                 countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
848                 countEdgeNodes[1]= 2;
849                 startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
850                 startEdgeFaces[1]= 0;
851                 countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
852                 countEdgeFaces[1]= 2;
853                 startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
854                 startFaceConctv[1] = 0;
855                 countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
856                 countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
857               }
858              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
859              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
860              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
861              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
862              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
863              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
864              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
865              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
866              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
867              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
868              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
869            }
870            SuperClassWriter::definition_start();
871
872            break;
873          } // ONE_FILE
874
875          case (MULTI_FILE) :
876          {
877            ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
878            << "[ type = multiple_file ]"
879            << " is not yet implemented for UGRID files !");
880            break;
881          }
882
883          default :
884          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
885          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
886          << " not implemented yet !");
887          } // switch
888        } // try
889
890        catch (CNetCdfException& e)
891        {
892          StdString msg("On writing the domain : ");
893          msg.append(domid); msg.append("\n");
894          msg.append("In the context : ");
895          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
896          msg.append(e.what());
897          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
898        }
899
900  domain->addRelFile(this->filename);
901  }
902
903    //--------------------------------------------------------------
904
905    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
906      {
907         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
908         CContextServer* server=context->server ;
909
910         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
911         domain->checkAttributes();
912
913         if (domain->isEmpty())
914           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
915
916         std::vector<StdString> dim0, dim1;
917         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
918         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
919         else setWrittenDomain(domid);
920
921         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
922
923         StdString lonName,latName, cellName ;
924         if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "lon";
925         else lonName = domain->lon_name;
926
927         if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "lat";
928         else latName = domain->lat_name;
929
930         if (!domain->dim_i_name.isEmpty()) cellName=domain->dim_i_name;
931         else cellName="cell";
932         StdString dimXid = cellName+appendDomid;
933         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
934
935         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
936         string areaId = "area" + appendDomid;
937
938         nc_type typePrec ;
939         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
940         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
941         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
942
943         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
944
945         CArray<int, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
946         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
947         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
948         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
949         CArray<double,1> writtenArea;
950
951         if (domain->hasLonLat)
952         {
953           writtenLat.resize(nbWritten);
954           writtenLon.resize(nbWritten);
955           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
956           {
957             if (indexToWrite(idx) < 0)
958             {
959               writtenLat(idx) = -1.;
960               writtenLon(idx) = -1.;
961             }
962             else
963             {
964               writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
965               writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
966             }
967           }
968         }
969         
970         if (domain->hasBounds)
971         {
972           int nvertex = domain->nvertex, idx;
973           writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
974           writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
975           CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
976           CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;
977           for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
978           {
979             for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
980             {
981               if (indexToWrite(idx) < 0)
982               {
983                 writtenBndsLat(nv, idx) = -1.;
984                 writtenBndsLon(nv, idx) = -1.;
985               }
986               else
987               {
988                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
989                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
990                }
991             }
992           }
993         }
994
995         if (domain->hasArea)
996         {
997           writtenArea.resize(nbWritten);           
998           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
999           {
1000             if (indexToWrite(idx) < 0)
1001               writtenArea(idx) = -1.;
1002             else
1003               writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));
1004           }
1005         }
1006
1007         try
1008         {
1009           switch (SuperClass::type)
1010           {
1011              case (MULTI_FILE) :
1012              {
1013                 dim0.push_back(dimXid);
1014                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
1015
1016                 lonid = lonName+appendDomid;
1017                 latid = latName+appendDomid;
1018                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
1019                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
1020                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
1021                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
1022
1023                 if (domain->hasLonLat)
1024                 {
1025                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1026                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1027                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1028                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1029                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1030                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1031                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
1032                 }
1033                 dim0.clear();
1034                 if (domain->hasBounds)
1035                 {
1036                   dim0.push_back(dimXid);
1037                   dim0.push_back(dimVertId);
1038                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1039                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1040                 }
1041
1042                 dim0.clear();
1043                 dim0.push_back(dimXid);
1044                 if (domain->hasArea)
1045                 {
1046                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
1047                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1048                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1049                 }
1050
1051                 SuperClassWriter::definition_end();
1052
1053                 if (domain->hasLonLat)
1054                 {
1055                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1056                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1057                   if (domain->hasBounds)
1058                   {
1059                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1060                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1061                   }
1062                 }
1063
1064                 if (domain->hasArea)
1065                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1066
1067                 SuperClassWriter::definition_start();
1068                 break ;
1069              }
1070
1071              case (ONE_FILE) :
1072              {
1073                 lonid = lonName+appendDomid;
1074                 latid = latName+appendDomid;
1075                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
1076                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
1077                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
1078                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
1079
1080                 dim0.push_back(dimXid);
1081                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1082                 if (domain->hasLonLat)
1083                 {
1084                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1085                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1086
1087                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1088                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1089                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1090                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1091                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1092                 }
1093                 dim0.clear();
1094
1095                 if (domain->hasBounds)
1096                 {
1097                   dim0.push_back(dimXid);
1098                   dim0.push_back(dimVertId);
1099                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1100                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1101                 }
1102
1103                 if (domain->hasArea)
1104                 {
1105                   dim0.clear();
1106                   dim0.push_back(dimXid);
1107                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
1108                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1109                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1110                 }
1111
1112                 SuperClassWriter::definition_end();
1113
1114                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1115                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1116                 if (domain->isEmpty())
1117                 {
1118                   start[0]=0 ;
1119                   count[0]=0 ;
1120                   startBounds[1]=0 ;
1121                   countBounds[1]=nvertex ;
1122                   startBounds[0]=0 ;
1123                   countBounds[0]=0 ;
1124                 }
1125                 else
1126                 {
1127                   start[0]=domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
1128                   count[0]=domain->zoom_ni;
1129                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
1130                   startBounds[1]=0 ;
1131                   countBounds[0]=domain->zoom_ni;
1132                   countBounds[1]=nvertex ;
1133                 }
1134
1135                 if (domain->hasLonLat)
1136                 {
1137                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1138                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1139                   if (domain->hasBounds)
1140                   {
1141                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1142                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1143                   }
1144                 }
1145
1146                 if (domain->hasArea)
1147                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1148
1149                 SuperClassWriter::definition_start();
1150
1151                 break;
1152              }
1153              default :
1154                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1155                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1156                       << " not implemented yet !");
1157           }
1158         }
1159         catch (CNetCdfException& e)
1160         {
1161           StdString msg("On writing the domain : ");
1162           msg.append(domid); msg.append("\n");
1163           msg.append("In the context : ");
1164           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1165           msg.append(e.what());
1166           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1167         }
1168         domain->addRelFile(this->filename);
1169      }
1170      //--------------------------------------------------------------
1171
1172      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1173      {
1174        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1175        axis->checkAttributes();
1176
1177        axis->computeWrittenIndex();
1178        axis->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
1179       
1180        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n.getValue()
1181                                                          : axis->global_zoom_n.getValue();
1182
1183        int zoom_count = axis->zoom_n;                                                 
1184        int zoom_begin = axis->zoom_begin;
1185        // int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->global_zoom_begin
1186        //                                                   : axis->zoom_begin;
1187
1188        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1189
1190        std::vector<StdString> dims;
1191        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1192        StdString axisDim, axisBoundsId;
1193        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1194        else setWrittenAxis(axisid);
1195
1196        nc_type typePrec ;
1197        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1198        else if (axis->prec==4)   typePrec =  NC_FLOAT ;
1199        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1200         
1201        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1202        string strId="str_len" ;
1203        try
1204        {
1205          if (axis->dim_name.isEmpty()) axisDim = axisid;
1206          else axisDim=axis->dim_name.getValue();
1207          SuperClassWriter::addDimension(axisDim, zoom_size);
1208          dims.push_back(axisDim);
1209
1210          if (!axis->label.isEmpty() && !SuperClassWriter::dimExist(strId)) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1211
1212          if (axis->hasValue || !axis->label.isEmpty())
1213          {
1214            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1215
1216            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims, compressionLevel);
1217
1218            if (!axis->name.isEmpty())
1219              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1220
1221            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1222              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1223
1224            if (!axis->long_name.isEmpty())
1225              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1226
1227            if (!axis->unit.isEmpty())
1228              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1229
1230            if (!axis->axis_type.isEmpty())
1231            {
1232              switch(axis->axis_type)
1233              {
1234              case CAxis::axis_type_attr::X :
1235                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("X"), &axisid);
1236                break;
1237              case CAxis::axis_type_attr::Y :
1238                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Y"), &axisid);
1239                break;
1240              case CAxis::axis_type_attr::Z :
1241                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1242                break;
1243              case CAxis::axis_type_attr::T :
1244                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1245                break;
1246              }
1247            }
1248
1249            if (!axis->positive.isEmpty())
1250            {
1251              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1252                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1253                                             &axisid);
1254            }
1255
1256            if (!axis->formula.isEmpty())
1257              SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula.getValue(), &axisid);
1258
1259            if (!axis->formula_term.isEmpty())
1260              SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term.getValue(), &axisid);
1261             
1262            axisBoundsId = (axis->bounds_name.isEmpty()) ? axisid + "_bounds" : axis->bounds_name;
1263            if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1264            {
1265              dims.push_back("axis_nbounds");
1266              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims, compressionLevel);
1267              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1268
1269              if (!axis->standard_name.isEmpty())
1270                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisBoundsId);
1271
1272              if (!axis->unit.isEmpty())
1273                SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisBoundsId);
1274
1275              if (!axis->formula_bounds.isEmpty())
1276                SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1277
1278              if (!axis->formula_term_bounds.isEmpty())
1279                SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1280            }
1281          }
1282
1283          SuperClassWriter::definition_end();
1284
1285          CArray<int, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1286          int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1287          CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1288          if (!axis->value.isEmpty())
1289          {
1290            for (int i = 0; i < nbWritten; i++)
1291            {
1292              if (indexToWrite(i) < 0)
1293                axis_value(i) = -1;   // Some value in case of a hole
1294              else
1295                axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1296            }
1297          }
1298          CArray<double,2> axis_bounds;
1299          CArray<string,1> axis_label;
1300          if (!axis->label.isEmpty())
1301          {
1302            axis_label.resize(indexToWrite.numElements());
1303            for (int i = 0; i < nbWritten; i++)
1304            {
1305              if (indexToWrite(i) < 0)
1306                axis_label(i) = boost::lexical_cast<string>(-1);  // Some value in case of a hole
1307              else
1308                axis_label(i) = axis->label(indexToWrite(i));
1309            }
1310          }
1311
1312          switch (SuperClass::type)
1313          {
1314            case MULTI_FILE:
1315            {
1316              if (axis->label.isEmpty())
1317              {
1318                if (!axis->value.isEmpty())
1319                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1320
1321                if (!axis->bounds.isEmpty())
1322                {
1323                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1324                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1325                  {
1326                    if (indexToWrite(i) < 0)
1327                    {
1328                      axis_bounds(0, i) = -1.; // Some value in case of a hole
1329                      axis_bounds(1, i) = -1.;
1330                    }
1331                    else
1332                    {
1333                      axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1334                      axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1335                    }
1336                  }
1337                  SuperClassWriter::writeData(axis_bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1338                }
1339              }
1340              else
1341                SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0);
1342
1343              SuperClassWriter::definition_start();
1344              break;
1345            }
1346            case ONE_FILE:
1347            {
1348              std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1349              std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1350              start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1351              count[0] = countBounds[0] = zoom_count; // zoom_size
1352              startBounds[1] = 0;
1353              countBounds[1] = 2;
1354
1355              if (axis->label.isEmpty())
1356              {
1357                if (!axis->value.isEmpty())
1358                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1359
1360                if (!axis->bounds.isEmpty())
1361                {
1362                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1363                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1364                  {
1365                    if (indexToWrite(i) < 0)
1366                    {
1367                      axis_bounds(0, i) = -1.;
1368                      axis_bounds(1, i) = -1.;
1369                    }
1370                    else
1371                    {
1372                      axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1373                      axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1374                    }
1375                  }
1376                  SuperClassWriter::writeData(axis_bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1377                }
1378              }
1379              else
1380              {
1381                std::vector<StdSize> startLabel(2), countLabel(2);
1382                startLabel[0] = start[0]; startLabel[1] = 0;
1383                countLabel[0] = count[0]; countLabel[1] = stringArrayLen;
1384                SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0, &startLabel, &countLabel);
1385              }
1386
1387              SuperClassWriter::definition_start();
1388
1389              break;
1390            }
1391            default :
1392              ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1393                    << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1394                    << " not implemented yet !");
1395          }
1396        }
1397        catch (CNetCdfException& e)
1398        {
1399          StdString msg("On writing the axis : ");
1400          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1401          msg.append("In the context : ");
1402          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1403          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1404          msg.append(e.what());
1405          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1406        }
1407        axis->addRelFile(this->filename);
1408     }
1409
1410      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1411      {
1412        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1413        scalar->checkAttributes();
1414        int scalarSize = 1;
1415
1416        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1417        StdString boundsId;
1418        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1419        else setWrittenAxis(scalaId);
1420
1421        nc_type typePrec ;
1422        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1423        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1424        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1425
1426        if (!scalar->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1427        string strId="str_len" ;
1428
1429        try
1430        {
1431          if (!scalar->label.isEmpty() && !SuperClassWriter::dimExist(strId)) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1432
1433          if (!scalar->value.isEmpty() || !scalar->label.isEmpty())
1434          {
1435            std::vector<StdString> dims;
1436            StdString scalarDim = scalaId;
1437
1438            if (!scalar->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1439
1440            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1441
1442            if (!scalar->name.isEmpty())
1443              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1444
1445            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1446              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1447
1448            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1449              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1450
1451            if (!scalar->unit.isEmpty())
1452              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1453
1454            if (!scalar->axis_type.isEmpty())
1455            {
1456              switch(scalar->axis_type)
1457              {
1458              case CScalar::axis_type_attr::X :
1459                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("X"), &scalaId);
1460                break;
1461              case CScalar::axis_type_attr::Y :
1462                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Y"), &scalaId);
1463                break;
1464              case CScalar::axis_type_attr::Z :
1465                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &scalaId);
1466                break;
1467              case CScalar::axis_type_attr::T :
1468                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &scalaId);
1469                break;
1470              }
1471            }
1472
1473            if (!scalar->positive.isEmpty())
1474            {
1475              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1476                                             (scalar->positive == CScalar::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1477                                             &scalaId);
1478            }
1479
1480            if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1481            {
1482              dims.clear();
1483              dims.push_back("axis_nbounds");
1484              boundsId = (scalar->bounds_name.isEmpty()) ? (scalaId + "_bounds") : scalar->bounds_name.getValue();
1485              SuperClassWriter::addVariable(boundsId, typePrec, dims);
1486              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", boundsId, &scalaId);
1487            }
1488
1489            SuperClassWriter::definition_end();
1490
1491            switch (SuperClass::type)
1492            {
1493              case MULTI_FILE:
1494              {
1495                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1496                CArray<string,1> scalarLabel(scalarSize);
1497                CArray<double,1> scalarBounds(scalarSize*2);
1498
1499                if (!scalar->value.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1500                {
1501                  scalarValue(0) = scalar->value;
1502                  SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1503                }
1504
1505                if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1506                {
1507                  scalarBounds(0) = scalar->bounds(0);
1508                  scalarBounds(1) = scalar->bounds(1);
1509                  SuperClassWriter::writeData(scalarBounds, boundsId, isCollective, 0);
1510                }
1511
1512                if (!scalar->label.isEmpty())
1513                {
1514                  scalarLabel(0) = scalar->label;
1515                  SuperClassWriter::writeData(scalarLabel, scalaId, isCollective, 0);
1516                }
1517
1518                SuperClassWriter::definition_start();
1519
1520                break;
1521              }
1522              case ONE_FILE:
1523              {
1524                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1525                CArray<string,1> scalarLabel(scalarSize);
1526                CArray<double,1> scalarBounds(scalarSize*2);
1527
1528                std::vector<StdSize> start(1);
1529                std::vector<StdSize> count(1);
1530                start[0] = 0;
1531                count[0] = 1;
1532                if (!scalar->value.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1533                {
1534                  scalarValue(0) = scalar->value;
1535                  SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1536                }
1537                if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1538                {
1539                  scalarBounds(0) = scalar->bounds(0);
1540                  scalarBounds(1) = scalar->bounds(1);
1541                  count[0] = 2;
1542                  SuperClassWriter::writeData(scalarBounds, boundsId, isCollective, 0, &start, &count);
1543                }
1544                if (!scalar->label.isEmpty())
1545                {
1546                  scalarLabel(0) = scalar->label;
1547                  count[0] = stringArrayLen;
1548                  SuperClassWriter::writeData(scalarLabel, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1549                }
1550
1551                SuperClassWriter::definition_start();
1552
1553                break;
1554              }
1555              default :
1556                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1557                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1558                      << " not implemented yet !");
1559            }
1560          }
1561        }
1562        catch (CNetCdfException& e)
1563        {
1564          StdString msg("On writing the scalar : ");
1565          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1566          msg.append("In the context : ");
1567          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1568          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1569          msg.append(e.what());
1570          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1571        }
1572        scalar->addRelFile(this->filename);
1573     }
1574
1575     //--------------------------------------------------------------
1576
1577     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1578     {
1579       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1580
1581       try
1582       {
1583         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1584         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1585         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1586         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1587         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1588
1589         std::vector<StdString> dims;
1590
1591         if (grid->isCompressible())
1592         {
1593           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1594
1595           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1596           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1597
1598           dims.push_back(varId);
1599           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1600
1601           StdOStringStream compress;
1602           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1603           {
1604             if (2 == axisDomainOrder(i))
1605             {
1606               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1607               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1608               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1609
1610               switch (domain->type)
1611               {
1612                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1613                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1614                   break;
1615                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1616                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1617                   break;
1618                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1619                   StdString cellName = (!domain->dim_i_name.isEmpty()) ? cellName=domain->dim_i_name : "cell";
1620                   compress << cellName << appendDomId;
1621//                   compress << "cell" << appendDomId;
1622                   break;
1623               }
1624               ++idxDomain;
1625             }
1626             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1627             {
1628               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1629               compress << axis->getAxisOutputName();
1630               ++idxAxis;
1631             }
1632             else
1633             {
1634               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1635               compress << scalar->getScalarOutputName();
1636               ++idxScalar;
1637             }
1638
1639             if (i != 0) compress << ' ';
1640           }
1641           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);         
1642
1643           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1644           indexes = grid->localIndexToWriteOnServer;
1645
1646           switch (SuperClass::type)
1647           {
1648             case (MULTI_FILE):
1649             {
1650               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1651               break;
1652             }
1653             case (ONE_FILE):
1654             {
1655               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1656                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1657
1658               std::vector<StdSize> start, count;
1659               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1660               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1661
1662               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1663               break;
1664             }
1665           }
1666         }
1667         else
1668         {
1669           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1670           {
1671             StdString varId, compress;
1672             CArray<int, 1> indexes;
1673             bool isDistributed;
1674             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1675             int firstGlobalIndex;
1676
1677             if (2 == axisDomainOrder(i))
1678             {
1679               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1680               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1681
1682               if (!domain->isCompressible()
1683                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1684                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1685                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1686                 continue;
1687
1688               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1689
1690               varId = domId + "_points";
1691               switch (domain->type)
1692               {
1693                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1694                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1695                   break;
1696                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1697                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1698                   break;
1699               }
1700
1701               // indexes.resize(domain->compressedIndexToWriteOnServer[comm_file].numElements());
1702               // indexes = domain->compressedIndexToWriteOnServer[com_file];
1703               indexes.resize(domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1704               indexes = domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1705
1706               isDistributed = domain->isDistributed();
1707               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1708               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1709               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1710               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1711
1712               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1713               setWrittenCompressedDomain(domId);
1714               ++idxDomain;
1715             }
1716             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1717             {
1718               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1719               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1720
1721               if (!axis->isCompressible()
1722                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1723                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1724                 continue;
1725
1726               varId = axisId + "_points";
1727               compress = axisId;
1728
1729               // indexes.resize(axis->compressedIndexToWriteOnServer.numElements());
1730               // indexes = axis->compressedIndexToWriteOnServer;
1731
1732               indexes.resize(axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1733               indexes = axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1734
1735               isDistributed = axis->isDistributed();
1736               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1737               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1738               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1739               firstGlobalIndex = axis->begin;
1740
1741               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1742               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1743               ++idxAxis;
1744             }
1745             else
1746             {
1747             }
1748
1749             if (!varId.empty())
1750             {
1751               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1752
1753               dims.clear();
1754               dims.push_back(varId);
1755               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1756
1757               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1758
1759               switch (SuperClass::type)
1760               {
1761                 case (MULTI_FILE):
1762                 {
1763                   indexes -= firstGlobalIndex;
1764                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1765                   break;
1766                 }
1767                 case (ONE_FILE):
1768                 {
1769                   std::vector<StdSize> start, count;
1770                   start.push_back(offset);
1771                   count.push_back(nbIndexes);
1772
1773                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1774                   break;
1775                 }
1776               }
1777             }
1778            }
1779         }
1780
1781         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1782       }
1783       catch (CNetCdfException& e)
1784       {
1785         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1786         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1787         msg.append("In the context : ");
1788         CContext* context = CContext::getCurrent();
1789         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1790         msg.append(e.what());
1791         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1792       }
1793     }
1794
1795     //--------------------------------------------------------------
1796
1797     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1798     {
1799       try
1800       {
1801        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1802       }
1803       catch (CNetCdfException& e)
1804       {
1805         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1806         msg.append("In the context : ");
1807         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1808         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1809         msg.append(e.what());
1810         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1811       }
1812     }
1813
1814      //--------------------------------------------------------------
1815
1816      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1817      {
1818        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1819        CContextServer* server=context->server ;
1820
1821        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1822        CGrid* grid = field->grid;
1823        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1824          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1825
1826        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1827        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1828        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1829        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1830        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1831
1832        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1833        StdString dimXid,dimYid;
1834        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1835        bool hasArea = false;
1836        StdString cellMeasures = "area:";
1837        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1838
1839        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1840        {
1841          if (2 == axisDomainOrder(i))
1842          {
1843            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1844            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1845            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1846            StdString lonName,latName ;
1847            StdString dimIname,dimJname ;
1848
1849            if (domain->lon_name.isEmpty())
1850            { 
1851              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) lonName = "nav_lon";
1852              else lonName = "lon";
1853            }
1854            else lonName = domain->lon_name;
1855
1856            if (domain->lat_name.isEmpty())
1857            {
1858              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) latName = "nav_lat";
1859              else latName = "lat";
1860            }
1861            else latName = domain->lat_name;
1862
1863            if (domain->dim_i_name.isEmpty())
1864            {
1865              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) dimIname = "x";
1866              else if (domain->type==CDomain::type_attr::unstructured) dimIname = "cell";
1867              else dimIname = lonName;
1868            }
1869            else dimIname = domain->dim_i_name;
1870
1871            if (domain->dim_j_name.isEmpty())
1872            {
1873              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) dimJname = "y";
1874              else dimJname = latName;
1875            }
1876            else dimJname = domain->dim_j_name;
1877       
1878            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1879            {
1880              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1881              field->setUseCompressedOutput();
1882            }
1883
1884            switch (domain->type)
1885            {
1886              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1887                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1888                {
1889                  dimXid=dimIname+appendDomId;
1890                  dimYid=dimJname+appendDomId;
1891                  dimIdList.push_back(dimXid);
1892                  dimIdList.push_back(dimYid);
1893                }
1894                dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1895                dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1896              break ;
1897              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1898                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1899                {
1900                  dimXid     = dimIname+appendDomId;
1901                  dimYid     = dimJname+appendDomId;
1902                  dimIdList.push_back(dimXid);
1903                  dimIdList.push_back(dimYid);
1904                }
1905                if (lonName != dimIname)  dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1906                if (latName != dimJname)  dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1907
1908              break ;
1909              case CDomain::type_attr::unstructured:
1910              {
1911                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1912                {
1913                  dimXid     = dimIname + appendDomId;
1914                  dimIdList.push_back(dimXid);
1915                  dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1916                  dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1917                }
1918                else
1919                {
1920                  StdString domainName = domain->name;
1921                  if (domain->nvertex == 1)
1922                  {
1923                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1924                    dimIdList.push_back(dimXid);
1925                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1926                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1927                  }
1928                  else if (domain->nvertex == 2)
1929                  {
1930                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1931                    dimIdList.push_back(dimXid);
1932                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1933                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1934                  }
1935                  else
1936                  {
1937                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1938                    dimIdList.push_back(dimXid);
1939                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1940                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1941                  }
1942                }  // ugrid convention
1943              }  // case unstructured domain
1944            }
1945
1946            if (domain->hasArea)
1947            {
1948              hasArea = true;
1949              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1950            }
1951            ++idxDomain;
1952          }
1953          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1954          {
1955            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1956            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1957            StdString axisDim;
1958
1959            if (axis->dim_name.isEmpty()) axisDim = axisId;
1960            else axisDim=axis->dim_name.getValue();
1961
1962            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1963            {
1964              dimIdList.push_back(axisDim + "_points");
1965              field->setUseCompressedOutput();
1966            }
1967            else
1968              dimIdList.push_back(axisDim);
1969
1970            if (axisDim != axisId) dimCoordList.push_back(axisId);
1971            ++idxAxis;
1972          }
1973          else
1974          {
1975            CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[idxScalar]);
1976            StdString scalarId = scalar->getScalarOutputName();
1977            if (!scalar->value.isEmpty() || !scalar->label.isEmpty())
1978              dimCoordList.push_back(scalarId);
1979            ++idxScalar;
1980          }
1981        }
1982
1983        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1984
1985        nc_type type ;
1986        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1987        else
1988        {
1989          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1990          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1991          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1992        }
1993
1994        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1995
1996        if (wtime)
1997        {
1998          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1999          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
2000          dims.push_back(timeid);
2001        }
2002
2003        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
2004        {
2005          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
2006          field->setUseCompressedOutput();
2007        }
2008        else
2009        {
2010          while (!dimIdList.empty())
2011          {
2012            dims.push_back(dimIdList.back());
2013            dimIdList.pop_back();
2014          }
2015        }
2016
2017        while (!dimCoordList.empty())
2018        {
2019          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
2020          dimCoordList.pop_back();
2021        }
2022
2023        try
2024        {
2025           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
2026
2027           if (!field->standard_name.isEmpty())
2028              SuperClassWriter::addAttribute
2029                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
2030
2031           if (!field->long_name.isEmpty())
2032              SuperClassWriter::addAttribute
2033                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
2034
2035           if (!field->unit.isEmpty())
2036              SuperClassWriter::addAttribute
2037                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
2038
2039           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
2040           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
2041           {
2042            if (!domainList.empty())
2043            {
2044              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
2045              StdString mesh = domain->name;
2046              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
2047              StdString location;
2048              if (domain->nvertex == 1)
2049                location = "node";
2050              else if (domain->nvertex == 2)
2051                location = "edge";
2052              else if (domain->nvertex > 2)
2053                location = "face";
2054              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
2055            }
2056
2057           }
2058
2059           if (!field->valid_min.isEmpty())
2060              SuperClassWriter::addAttribute
2061                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
2062
2063           if (!field->valid_max.isEmpty())
2064              SuperClassWriter::addAttribute
2065                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
2066
2067            if (!field->scale_factor.isEmpty())
2068              SuperClassWriter::addAttribute
2069                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
2070
2071             if (!field->add_offset.isEmpty())
2072              SuperClassWriter::addAttribute
2073                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
2074
2075           SuperClassWriter::addAttribute
2076                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
2077
2078          // write child variables as attributes
2079
2080
2081           bool alreadyAddCellMethod = false;
2082           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
2083           if (!field->cell_methods.isEmpty())
2084           {
2085              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
2086              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
2087                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
2088              {
2089                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
2090                alreadyAddCellMethod = true;
2091              }
2092              else
2093              {
2094                switch (field->cell_methods_mode)
2095                {
2096                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
2097                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
2098                    cellMethodsPrefix += " ";
2099                    break;
2100                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
2101                    cellMethodsSuffix = " ";
2102                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
2103                    break;
2104                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
2105                    break;
2106                  default:
2107                    break;
2108                }
2109              }
2110           }
2111
2112
2113           if (wtime)
2114           {
2115              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
2116              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
2117              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
2118              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
2119
2120              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2121              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
2122              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
2123
2124              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
2125              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
2126              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
2127              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
2128              else cellMethods += field->operation;
2129              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
2130                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
2131              cellMethods += cellMethodsSuffix;
2132              if (!alreadyAddCellMethod)
2133                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
2134           }
2135
2136           if (hasArea)
2137             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
2138
2139           if (!field->default_value.isEmpty())
2140           {
2141             double default_value = field->default_value.getValue();
2142             if (type == NC_DOUBLE)
2143             {
2144               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
2145             }
2146             else if (type == NC_SHORT)
2147             {
2148               short sdefault_value = (short)default_value;
2149               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &sdefault_value);
2150             }
2151             else
2152             {
2153               float fdefault_value = (float)default_value;
2154               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
2155             }
2156           }
2157           else
2158              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
2159
2160            if (field->compression_level.isEmpty())
2161              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
2162            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
2163
2164           {  // Ecriture des coordonnes
2165
2166              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
2167              std::vector<StdString>::iterator
2168                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
2169
2170              for (; itc!= endc; itc++)
2171              {
2172                 StdString & coord = *itc;
2173                 if (itc+1 != endc)
2174                       coordstr.append(coord).append(" ");
2175                 else  coordstr.append(coord);
2176              }
2177
2178              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
2179
2180           }
2181
2182           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
2183           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
2184
2185         }
2186         catch (CNetCdfException& e)
2187         {
2188           StdString msg("On writing field : ");
2189           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2190           msg.append("In the context : ");
2191           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2192           msg.append(e.what());
2193           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
2194         }
2195      } // writeField_()
2196
2197      //--------------------------------------------------------------
2198
2199      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
2200      {
2201         StdString filename = file->getFileOutputName();
2202         StdString description = (!file->description.isEmpty())
2203                               ? file->description.getValue()
2204                               : StdString("Created by xios");
2205
2206         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
2207
2208         StdString conv_str ;
2209         if (file->convention_str.isEmpty())
2210         {
2211            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
2212            else conv_str="UGRID" ;
2213         }
2214         else conv_str=file->convention_str ;
2215           
2216         try
2217         {
2218           if (!appendMode) this->writeFileAttributes(filename, description,
2219                                                      conv_str,
2220                                                      StdString("An IPSL model"),
2221                                                      this->getTimeStamp());
2222
2223           if (!appendMode)
2224             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
2225         }
2226         catch (CNetCdfException& e)
2227         {
2228           StdString msg("On writing file : ");
2229           msg.append(filename); msg.append("\n");
2230           msg.append("In the context : ");
2231           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2232           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2233           msg.append(e.what());
2234           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
2235         }
2236      }
2237
2238      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
2239      {
2240        StdString name = var->getVariableOutputName();
2241
2242        try
2243        {
2244          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2245            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
2246          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2247            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
2248          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2249            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
2250          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2251            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
2252          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2253            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
2254          else
2255            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
2256                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2257        }
2258       catch (CNetCdfException& e)
2259       {
2260         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2261         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
2262         msg.append("In the context : ");
2263         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2264         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2265         msg.append(e.what());
2266         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
2267       }
2268     }
2269
2270     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
2271     {
2272        StdString name = var->getVariableOutputName();
2273
2274        try
2275        {
2276          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2277            addAttribute(name, var->getData<int>());
2278          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2279            addAttribute(name, var->getData<short int>());
2280          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2281            addAttribute(name, var->getData<float>());
2282          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2283            addAttribute(name, var->getData<double>());
2284          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2285            addAttribute(name, var->getData<string>());
2286          else
2287            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
2288                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2289        }
2290       catch (CNetCdfException& e)
2291       {
2292         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2293         msg.append(name); msg.append("\n");
2294         msg.append("In the context : ");
2295         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2296         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2297         msg.append(e.what());
2298         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
2299       }
2300     }
2301
2302      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2303      {
2304        try
2305        {
2306          SuperClassWriter::sync() ;
2307        }
2308        catch (CNetCdfException& e)
2309        {
2310         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2311         msg.append("In the context : ");
2312         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2313         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2314         msg.append(e.what());
2315         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2316        }
2317      }
2318
2319      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2320      {
2321        try
2322        {
2323          SuperClassWriter::close() ;
2324        }
2325        catch (CNetCdfException& e)
2326        {
2327         StdString msg("On closing file");
2328         msg.append("In the context : ");
2329         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2330         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2331         msg.append(e.what());
2332         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2333        }
2334
2335      }
2336
2337      //---------------------------------------------------------------
2338
2339      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2340      {
2341         const int buffer_size = 100;
2342         time_t rawtime;
2343         struct tm * timeinfo = NULL;
2344         char buffer [buffer_size];
2345         StdString formatStr;
2346         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
2347         else formatStr=file->time_stamp_format;
2348
2349//         time ( &rawtime );
2350//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2351         time ( &rawtime );
2352         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
2353         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
2354
2355         return (StdString(buffer));
2356      }
2357
2358      //---------------------------------------------------------------
2359
2360      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2361      {
2362        CContext* context = CContext::getCurrent();
2363        CContextServer* server = context->server;
2364        CGrid* grid = field->grid;
2365
2366        if (field->getNStep()<1) 
2367        {
2368          return;
2369        }
2370       
2371        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2372          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
2373          {
2374            return;
2375          }
2376
2377        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2378
2379        StdOStringStream oss;
2380        string timeAxisId;
2381        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2382        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2383
2384        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2385
2386        StdString timeAxisBoundId;
2387        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2388        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2389
2390        if (!field->wasWritten())
2391        {
2392          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2393              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2394          {
2395            double factorUnit;
2396            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2397            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2398            else factorUnit=1 ;
2399            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2400          }
2401
2402          field->setWritten();
2403        }
2404
2405
2406        CArray<double,1> time_data(1);
2407        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2408        CArray<double,1> time_counter(1);
2409        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2410
2411        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2412        bool wtimeCounter =false ;
2413        bool wtimeData =false ;
2414       
2415
2416        if (wtime)
2417        {
2418          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2419          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2420
2421         
2422          if (field->hasTimeInstant)
2423          {
2424            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2425            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2426            if (timeCounterType==instant)
2427            {
2428              time_counter(0) = time_data(0);
2429              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2430              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2431              wtimeCounter=true ;
2432            }
2433            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2434          }
2435          else if (field->hasTimeCentered)
2436          {
2437            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2438            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2439            time_data_bound(1) = lastWrite;
2440            if (timeCounterType==centered)
2441            {
2442              time_counter(0) = time_data(0) ;
2443              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2444              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2445              wtimeCounter=true ;
2446            }
2447            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2448          }
2449
2450          if (timeCounterType==record)
2451          {
2452            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2453            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2454            wtimeCounter=true ;
2455          }
2456
2457          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2458          {
2459            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2460            time_data/=secByDay;
2461            time_data_bound/=secByDay;
2462            time_counter/=secByDay;
2463            time_counter_bound/=secByDay;
2464          }
2465        }
2466
2467         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2468
2469         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2470         {
2471           double scaleFactor = 1.0;
2472           double addOffset = 0.0;
2473           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2474           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2475           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2476         }
2477
2478         try
2479         {
2480           size_t writtenSize;
2481           if (field->getUseCompressedOutput())
2482             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2483           else
2484             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2485
2486           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2487           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2488
2489           if (field->getUseCompressedOutput())
2490             field->outputCompressedField(fieldData);
2491           else
2492             field->outputField(fieldData);
2493
2494           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2495
2496           switch (SuperClass::type)
2497           {
2498              case (MULTI_FILE) :
2499              {
2500                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2501                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2502                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2503                 if (wtime)
2504                 {
2505                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2506                   if ( wtimeData)
2507                   {
2508                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2509                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2510                  }
2511                   if (wtimeCounter)
2512                   {
2513                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2514                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2515                   }
2516                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2517                 }
2518                 break;
2519              }
2520              case (ONE_FILE) :
2521              {
2522                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2523                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2524                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2525
2526                std::vector<StdSize> start, count;
2527
2528                if (field->getUseCompressedOutput())
2529                {
2530                  if (grid->isCompressible())
2531                  {
2532                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2533                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2534                  }
2535                  else
2536                  {
2537                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2538                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2539                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2540                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2541                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2542                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2543
2544                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2545                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2546
2547
2548                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2549                    {
2550                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2551                      {
2552                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2553
2554                        if (domain->isCompressible())
2555                        {
2556                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2557                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2558                          idx -= 2;
2559                        }
2560                        else
2561                        {
2562                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2563                          {
2564                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2565                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2566                          }
2567                          --idx;
2568                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2569                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2570                          --idx;
2571                        }
2572                        --idxDomain;
2573                      }
2574                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2575                      {
2576                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2577
2578                        if (axis->isCompressible())
2579                        {
2580                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2581                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2582                        }
2583                        else
2584                        {
2585                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2586                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2587                        }
2588                        --idxAxis;
2589                        --idx;
2590                      }
2591                    }
2592                  }
2593                }
2594                else
2595                {
2596                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2597                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2598                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2599                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2600                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2601                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;
2602
2603                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2604                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2605
2606                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2607                  {
2608                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2609                    {
2610                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2611                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2612                      {
2613                        start.push_back(domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin);
2614                        count.push_back(domain->zoom_nj);
2615                      }
2616                      --idx ;
2617
2618                        start.push_back(domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin);
2619                        count.push_back(domain->zoom_ni);
2620                      --idx ;
2621                      --idxDomain;
2622                    }
2623                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2624                    {
2625                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2626                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2627                        count.push_back(axis->zoom_n);
2628                      --idx;
2629                      --idxAxis;
2630                    }
2631                    else
2632                    {
2633                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2634                      {
2635                        start.push_back(0);
2636                        count.push_back(1);
2637                      }
2638                      --idx;
2639                    }
2640                  }
2641                }
2642
2643
2644                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2645                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2646                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2647
2648                 if (wtime)
2649                 {
2650                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2651                   if ( wtimeData)
2652                   {
2653                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2654                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2655                   }
2656                   if (wtimeCounter)
2657                   {
2658                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2659                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2660
2661                   }
2662                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2663                 }
2664
2665                break;
2666              }
2667            }
2668         }
2669         catch (CNetCdfException& e)
2670         {
2671           StdString msg("On writing field data: ");
2672           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2673           msg.append("In the context : ");
2674           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2675           msg.append(e.what());
2676           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2677         }
2678      }
2679
2680      //---------------------------------------------------------------
2681
2682      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2683                  (CField*    field,
2684                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2685      {
2686         StdOStringStream oss;
2687         bool createInstantAxis=false ;
2688         bool createCenteredAxis=false ;
2689         bool createTimeCounterAxis=false ;
2690         
2691         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2692
2693
2694         StdString axisId ;
2695         StdString axisBoundId;
2696         StdString timeid(getTimeCounterName());
2697         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2698
2699         StdString strTimeUnits ;
2700         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2701         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2702 
2703         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2704         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2705
2706
2707         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2708         {
2709           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2710           if (field->hasTimeCentered)
2711           {
2712             timeCounterType=centered ;
2713             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2714           }
2715           if (field->hasTimeInstant)
2716           {
2717             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2718             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2719           }
2720         }
2721         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2722         {
2723           if (field->hasTimeCentered)
2724           {
2725             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2726           }
2727           if (field->hasTimeInstant)
2728           {
2729             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2730             timeCounterType=instant ;
2731             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2732           }
2733         }
2734         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2735         {
2736           if (field->hasTimeCentered)
2737           {
2738             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2739             timeCounterType=centered ;
2740             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2741           }
2742           if (field->hasTimeInstant)
2743           {
2744             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2745           }
2746         }
2747         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2748         {
2749           if (field->hasTimeCentered)
2750           {
2751             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2752           }
2753           if (field->hasTimeInstant)
2754           {
2755             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2756             timeCounterType=instant ;
2757           }
2758         }
2759         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2760         {
2761           if (field->hasTimeCentered)
2762           {
2763             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2764             timeCounterType=centered ;
2765           }
2766           if (field->hasTimeInstant)
2767           {
2768             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2769           }
2770         }
2771         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2772         {
2773           if (field->hasTimeCentered)
2774           {
2775             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2776             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2777             timeCounterType=centered ;
2778           }
2779           if (field->hasTimeInstant)
2780           {
2781             if (timeCounterType==none)
2782             {
2783               createTimeCounterAxis=true ;
2784               timeCounterType=instant ;
2785             }
2786             if (timeCounterType==centered)
2787             {
2788               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2789             }
2790           }
2791         }
2792         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2793         {
2794           if (field->hasTimeCentered)
2795           {
2796             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2797           }
2798           if (field->hasTimeInstant)
2799           {
2800             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2801           }
2802         }
2803         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2804         {
2805           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2806           timeCounterType=record ;
2807           if (field->hasTimeCentered)
2808           {
2809             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2810           }
2811           if (field->hasTimeInstant)
2812           {
2813             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2814           }
2815         }
2816         
2817         if (createInstantAxis)
2818         {
2819           axisId="time_instant" ;
2820           axisBoundId="time_instant_bounds";
2821           hasTimeInstant=true ;
2822         }
2823
2824         if (createCenteredAxis)
2825         {
2826           axisId="time_centered" ;
2827           axisBoundId="time_centered_bounds";
2828           hasTimeCentered=true ;
2829         }
2830
2831         
2832         try
2833         {
2834            std::vector<StdString> dims;
2835           
2836            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2837            {
2838              // Adding time_instant or time_centered
2839              dims.push_back(timeid);
2840              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2841              {
2842                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2843
2844                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2845                StdOStringStream oss2;
2846                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2847                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2848                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2849                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2850             }
2851
2852             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2853             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2854             {
2855                dims.clear() ;
2856                dims.push_back(timeid);
2857                dims.push_back(timeBoundId);
2858                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2859             }
2860           }
2861
2862           if (createTimeCounterAxis)
2863           {
2864             // Adding time_counter
2865             axisId = getTimeCounterName();
2866             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2867             dims.clear();
2868             dims.push_back(timeid);
2869             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2870             {
2871                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2872                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2873
2874                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2875                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2876                {
2877                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2878                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2879
2880                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2881                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2882                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2883                }
2884             }
2885
2886             // Adding time_counter_bound dimension
2887             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2888             {
2889                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2890                {
2891                  dims.clear();
2892                  dims.push_back(timeid);
2893                  dims.push_back(timeBoundId);
2894                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2895                }
2896             }
2897           }
2898         }
2899         catch (CNetCdfException& e)
2900         {
2901           StdString msg("On writing time axis data: ");
2902           msg.append("In the context : ");
2903           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2904           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2905           msg.append(e.what());
2906           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2907                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2908         }
2909      }
2910
2911      //---------------------------------------------------------------
2912
2913      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2914                                                   const StdString & calendar,
2915                                                   const StdString & units,
2916                                                   const StdString & time_origin,
2917                                                   const StdString & time_bounds,
2918                                                   const StdString & standard_name,
2919                                                   const StdString & long_name)
2920      {
2921         try
2922         {
2923           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2924           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2925           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2926           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2927           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2928           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2929         }
2930         catch (CNetCdfException& e)
2931         {
2932           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2933           msg.append("In the context : ");
2934           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2935           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2936           msg.append(e.what());
2937           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2938                                                          const StdString & calendar,\
2939                                                          const StdString & units, \
2940                                                          const StdString & time_origin, \
2941                                                          const StdString & time_bounds, \
2942                                                          const StdString & standard_name, \
2943                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2944         }
2945      }
2946
2947      //---------------------------------------------------------------
2948
2949      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2950                                               const StdString & axis,
2951                                               const StdString & standard_name,
2952                                               const StdString & long_name,
2953                                               const StdString & units,
2954                                               const StdString & nav_model)
2955      {
2956         try
2957         {
2958          if (!axis.empty())
2959            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2960
2961          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2962          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2963          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2964//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2965         }
2966         catch (CNetCdfException& e)
2967         {
2968           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2969           msg.append("In the context : ");
2970           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2971           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2972           msg.append(e.what());
2973           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2974                                                      const StdString & axis, \
2975                                                      const StdString & standard_name, \
2976                                                      const StdString & long_name, \
2977                                                      const StdString & units, \
2978                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2979         }
2980      }
2981
2982      //---------------------------------------------------------------
2983
2984      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2985         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2986      {
2987        try
2988        {
2989         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2990         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2991         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2992         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2993        }
2994        catch (CNetCdfException& e)
2995        {
2996           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2997           msg.append("In the context : ");
2998           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2999           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3000           msg.append(e.what());
3001           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
3002                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
3003        }
3004
3005      }
3006
3007      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
3008                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
3009      {
3010         CArray<int,1> array(2) ;
3011
3012         try
3013         {
3014           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
3015           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
3016           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
3017           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
3018           array=ni_glo,nj_glo ;
3019           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
3020           array=ni,nj ;
3021           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
3022           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
3023           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
3024           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
3025           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
3026           array=0,0 ;
3027           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
3028           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
3029           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
3030  /*
3031           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
3032           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
3033           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
3034           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
3035  */
3036         }
3037         catch (CNetCdfException& e)
3038         {
3039           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
3040           msg.append("In the context : ");
3041           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3042           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3043           msg.append(e.what());
3044           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
3045                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
3046         }
3047      }
3048      //---------------------------------------------------------------
3049
3050      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
3051                                                const StdString & description,
3052                                                const StdString & conventions,
3053                                                const StdString & production,
3054                                                const StdString & timeStamp)
3055      {
3056         try
3057         {
3058           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
3059           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
3060           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
3061           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
3062           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
3063
3064           StdString timeStampStr ;
3065           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
3066           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
3067           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
3068
3069           StdString uuidName ;
3070           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
3071           else uuidName=file->uuid_name ;
3072
3073           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
3074           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
3075         
3076         }
3077         catch (CNetCdfException& e)
3078         {
3079           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
3080           msg.append("In the context : ");
3081           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3082           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3083           msg.append(e.what());
3084           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
3085                                                const StdString & description, \
3086                                                const StdString & conventions, \
3087                                                const StdString & production, \
3088                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
3089         }
3090      }
3091
3092      //---------------------------------------------------------------
3093
3094      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
3095                                               int data_dim,
3096                                               int data_ni,
3097                                               int data_nj,
3098                                               int data_ibegin,
3099                                               int data_jbegin)
3100      {
3101         try
3102         {
3103           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
3104           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
3105           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
3106           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
3107           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
3108         }
3109         catch (CNetCdfException& e)
3110         {
3111           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
3112           msg.append("In the context : ");
3113           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3114           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3115           msg.append(e.what());
3116           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
3117                                               int data_dim, \
3118                                               int data_ni, \
3119                                               int data_nj, \
3120                                               int data_ibegin, \
3121                                               int data_jbegin)", << msg);
3122         }
3123      }
3124
3125      ///--------------------------------------------------------------
3126
3127      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
3128      {
3129        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
3130        if (it == timeToRecordCache.end())
3131        {
3132          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
3133          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
3134          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
3135
3136          CArray<double,2> timeAxisBounds;
3137          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
3138         
3139          StdSize record = 0;
3140          double dtime(time);
3141          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
3142          {
3143            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
3144            timeAxisBounds*=factorUnit ;
3145            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
3146            {
3147              record = n + 1;
3148              break;
3149            }
3150          }
3151          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
3152        }
3153        return it->second;
3154      }
3155
3156      ///--------------------------------------------------------------
3157
3158      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
3159      {
3160        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
3161      }
3162
3163      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
3164      {
3165        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
3166      }
3167
3168      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
3169      {
3170        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
3171      }
3172
3173      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
3174      {
3175        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
3176      }
3177
3178      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
3179      {
3180        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
3181      }
3182
3183      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
3184      {
3185        this->writtenDomains.insert(domainName);
3186      }
3187
3188      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
3189      {
3190        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
3191      }
3192
3193      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
3194      {
3195        this->writtenAxis.insert(axisName);
3196      }
3197
3198      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
3199      {
3200        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
3201      }
3202
3203      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
3204      {
3205        this->writtenScalar.insert(scalarName);
3206      }
3207} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.