source: XIOS/dev/XIOS_DEV_CMIP6/src/io/inetcdf4.cpp @ 1432

Last change on this file since 1432 was 1432, checked in by oabramkina, 3 years ago

Bugfix for reading related to introduction of new attributes in r1430.

Still to be corrected: reading of fields on rectilinear domains with empty coordinate list.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 26.0 KB
Line 
1#include "inetcdf4.hpp"
2#include "netCdfInterface.hpp"
3#include "netCdf_cf_constant.hpp"
4
5#include <boost/algorithm/string.hpp>
6
7namespace xios
8{
9  CINetCDF4::CINetCDF4(const StdString& filename, const MPI_Comm* comm /*= NULL*/, bool multifile /*= true*/, const StdString& timeCounterName /*= "time_counter"*/)
10  {
11    // Don't use parallel mode if there is only one process
12    if (comm)
13    {
14      int commSize = 0;
15      MPI_Comm_size(*comm, &commSize);
16      if (commSize <= 1)
17        comm = NULL;
18    }
19    mpi = comm && !multifile;
20
21    // The file format will be detected automatically by NetCDF, it is safe to always set NC_MPIIO
22    // even if Parallel NetCDF ends up being used.
23    if (mpi)
24      CNetCdfInterface::openPar(filename, NC_NOWRITE | NC_MPIIO, *comm, MPI_INFO_NULL, this->ncidp);
25    else
26      CNetCdfInterface::open(filename, NC_NOWRITE, this->ncidp);
27
28    this->timeCounterName = timeCounterName;
29    if (!CNetCdfInterface::isDimExisted(this->ncidp, this->timeCounterName)) this->timeCounterName=this->getUnlimitedDimensionName() ;
30
31  }
32
33  CINetCDF4::~CINetCDF4(void)
34  { /* Nothing to do */ }
35
36  //---------------------------------------------------------------
37
38  void CINetCDF4::close(void)
39  {
40    CNetCdfInterface::close(this->ncidp);
41  }
42
43  //---------------------------------------------------------------
44
45  int CINetCDF4::getGroup(const CVarPath* const path)
46  {
47    int retvalue = this->ncidp;
48    if (path == NULL) return retvalue;
49    CVarPath::const_iterator it = path->begin(), end = path->end();
50
51    for (; it != end; it++)
52    {
53      const StdString& groupid = *it;
54      CNetCdfInterface::inqNcId(retvalue, groupid, retvalue);
55    }
56
57    return retvalue;
58  }
59
60  int CINetCDF4::getVariable(const StdString& varname,
61                             const CVarPath* const path)
62  {
63    int varid = 0;
64    int grpid = this->getGroup(path);
65    if (this->hasVariable(varname, path))
66      CNetCdfInterface::inqVarId(grpid, varname, varid);
67    return varid;
68  }
69
70  int CINetCDF4::getDimension(const StdString& dimname,
71                              const CVarPath* const path)
72  {
73    int dimid = 0;
74    int grpid = this->getGroup(path);
75    CNetCdfInterface::inqDimId(grpid, dimname, dimid);
76    return dimid;
77  }
78
79  std::pair<nc_type, StdSize> CINetCDF4::getAttribute(const StdString& attname,
80                                                      const StdString* const var,
81                                                      const CVarPath* const path)
82  {
83    std::pair<nc_type, StdSize> retvalue;
84    int grpid = this->getGroup(path);
85    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
86    CNetCdfInterface::inqAtt(grpid, varid, attname, retvalue.first, retvalue.second);
87    return retvalue;
88  }
89
90  int CINetCDF4::getUnlimitedDimension(const CVarPath* const path)
91  {
92    int dimid = 0;
93    int grpid = this->getGroup(path);
94    CNetCdfInterface::inqUnLimDim(grpid, dimid);
95    return dimid;
96  }
97
98  StdString CINetCDF4::getUnlimitedDimensionName(const CVarPath* const path)
99  {
100    int grpid = this->getGroup(path);
101    int dimid = this->getUnlimitedDimension(path);
102
103    StdString dimname;
104    if (dimid != -1)
105      CNetCdfInterface::inqDimName(grpid, dimid, dimname);
106    return dimname;
107  }
108
109  //---------------------------------------------------------------
110
111  StdSize CINetCDF4::getNbVertex(const StdString& name,
112                                 const CVarPath* const path)
113  {
114
115    if (this->isRectilinear(name, path) ||
116       this->isCurvilinear(name, path))
117    {
118      if (this->is3Dim(name, path)) return 8;
119      else return 4;
120    }
121    if (this->isUnstructured(name, path))
122    {
123      StdString bound = this->getBoundsId
124            (this->getCoordinatesIdList(name, path).back(), path);
125      StdString dim = this->getDimensionsList(&bound, path).back();
126      return this->getDimensions(&bound, path)[dim];
127    }
128    return size_t(-1);
129  }
130
131  //---------------------------------------------------------------
132
133  std::list<StdString> CINetCDF4::getGroups(const CVarPath* const path)
134  {
135    int nbgroup = 0, *groupid = NULL;
136    int grpid = this->getGroup(path);
137    std::list<StdString> retvalue;
138
139    CNetCdfInterface::inqGrpIds(grpid, nbgroup, NULL);
140    groupid = new int[nbgroup]();
141    CNetCdfInterface::inqGrpIds(grpid, nbgroup, groupid);
142
143    for (int i = 0; i < nbgroup; i++)
144    {
145      StdString fullGrpName;
146      CNetCdfInterface::inqGrpFullName(groupid[i], fullGrpName);
147      retvalue.push_back(fullGrpName);
148    }
149
150    delete [] groupid;
151    return retvalue;
152  }
153
154  std::list<StdString> CINetCDF4::getVariables(const CVarPath* const path)
155  {
156    int nbvar = 0, *varid = NULL;
157    int grpid = this->getGroup(path);
158    std::list<StdString> retvalue;
159
160    CNetCdfInterface::inqVarIds(grpid, nbvar, NULL);
161    varid = new int[nbvar]();
162    CNetCdfInterface::inqVarIds(grpid, nbvar, varid);
163
164    for (int i = 0; i < nbvar; i++)
165    {
166      StdString varName;
167      CNetCdfInterface::inqVarName(grpid, varid[i], varName);
168      retvalue.push_back(varName);
169    }
170
171    delete [] varid;
172    return retvalue;
173  }
174
175  StdSize CINetCDF4::getNbOfTimestep(const CVarPath* const path)
176  {
177    return this->getDimensions(NULL, path)[this->getUnlimitedDimensionName(path)];
178  }
179
180  std::set<StdString> CINetCDF4::getBoundVariables(const CVarPath* const path)
181  {
182    std::set<StdString> retvalue;
183    std::list<StdString> variables = this->getVariables(path);
184    std::list<StdString>::const_iterator it = variables.begin(), end = variables.end();
185    for (; it != end; it++)
186    {
187      const StdString& var = *it;
188      if (this->hasBounds(var, path))
189        retvalue.insert(retvalue.end(), this->getBoundsId(var, path));
190    }
191    return retvalue;
192  }
193
194  std::set<StdString> CINetCDF4::getCoordVariables(const CVarPath* const path)
195  {
196    std::set<StdString> retvalue;
197    std::list<StdString> variables = this->getVariables(path);
198    std::list<StdString>::const_iterator it = variables.begin(), end = variables.end();
199    for (; it != end; it++)
200    {
201      const StdString& var = *it;
202      std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(var, path);
203      std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
204      for (; it != end; it++)
205      {
206        const StdString& coord = *it;
207        if (this->hasVariable(coord, path))
208          retvalue.insert(retvalue.end(), coord);
209      }
210    }
211    return retvalue;
212  }
213
214  std::list<StdString> CINetCDF4::getDimensionsList(const StdString* const var, const CVarPath* const path)
215  {
216    int nbdim = 0, *dimid = NULL;
217    int grpid = this->getGroup(path);
218    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
219    std::list<StdString> retvalue;
220
221    if (var != NULL)
222    {
223      CNetCdfInterface::inqVarNDims(grpid, varid, nbdim);
224      dimid = new int[nbdim]();
225      CNetCdfInterface::inqVarDimId(grpid, varid, dimid);
226    }
227    else
228    {
229      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, NULL, 1);
230      dimid = new int[nbdim]();
231      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, dimid, 1);
232    }
233
234    for (int i = 0; i < nbdim; i++)
235    {
236      std::string dimname;
237      CNetCdfInterface::inqDimName(grpid, dimid[i], dimname);
238      retvalue.push_back(dimname);
239    }
240    delete [] dimid;
241
242    return retvalue;
243  }
244
245  std::map<StdString, StdSize> CINetCDF4::getDimensions(const StdString* const var, const CVarPath* const path)
246  {
247    int nbdim = 0, *dimid = NULL;
248    int grpid = this->getGroup(path);
249    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
250    std::map<StdString, StdSize> retvalue;
251
252    if (var != NULL)
253    {
254      CNetCdfInterface::inqVarNDims(grpid, varid, nbdim);
255      dimid = new int[nbdim]();
256      CNetCdfInterface::inqVarDimId(grpid, varid, dimid);
257    }
258    else
259    {
260      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, NULL, 1);
261      dimid = new int[nbdim]();
262      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, dimid, 1);
263    }
264
265    for (int i = 0; i < nbdim; i++)
266    {
267      std::string dimname;
268      CNetCdfInterface::inqDimName(grpid, dimid[i], dimname);
269      StdSize size = 0;
270      CNetCdfInterface::inqDimLen(grpid, dimid[i], size);
271
272      retvalue.insert(retvalue.end(), std::make_pair(dimname, size));
273    }
274    delete [] dimid;
275
276    return retvalue;
277  }
278
279  std::list<StdString> CINetCDF4::getAttributes(const StdString* const var, const CVarPath* const path)
280  {
281    int nbatt = 0;
282    std::list<StdString> retvalue;
283    int grpid = this->getGroup(path);
284    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
285
286    if (var != NULL)
287      CNetCdfInterface::inqVarNAtts(grpid, varid, nbatt);
288    else
289      CNetCdfInterface::inqNAtts(grpid, nbatt);
290
291    for (int i = 0; i < nbatt; i++)
292    {
293      StdString attname;
294      CNetCdfInterface::inqAttName(grpid, varid, i, attname);
295      retvalue.push_back(attname);
296    }
297    return retvalue;
298  }
299
300  int CINetCDF4::getAttributeId(const StdString& name,
301                                const StdString* const var,
302                                const CVarPath* const path)
303  {
304    int retvalue = 0;
305    std::list<StdString> atts = this->getAttributes(var, path);
306    std::list<StdString>::const_iterator it = atts.begin(), end = atts.end();
307    for (; it != end; it++)
308    {
309      const StdString& attname = *it;
310      if (attname.compare(0, name.size(), name) == 0)
311        return retvalue;
312      retvalue++;
313    }
314    return -1;
315  }
316
317  //---------------------------------------------------------------
318
319  bool CINetCDF4::hasMissingValue(const StdString& name,
320                                  const CVarPath* const path)
321  {
322    return (this->hasAttribute("missing_value", &name, path) || this->hasAttribute("_FillValue", &name, path));
323  }
324
325  bool CINetCDF4::hasAttribute(const StdString& name,
326                               const StdString* const var ,
327                               const CVarPath* const path)
328  {
329    std::list<StdString> atts = this->getAttributes(var, path);
330    std::list<StdString>::const_iterator it = atts.begin(), end = atts.end();
331    for (; it != end; it++)
332    {
333      const StdString& attname = *it;
334      if (attname.compare(0, name.size(), name) == 0) return true;
335    }
336    return false;
337  }
338
339  bool CINetCDF4::hasVariable(const StdString& name,
340                              const CVarPath* const path)
341  {
342    std::list<StdString> variables = this->getVariables(path);
343    std::list<StdString>::const_iterator it = variables.begin(), end = variables.end();
344    for (; it != end; it++)
345    {
346      const StdString& varname = *it;
347      if ((varname.compare(0, name.size(), name) == 0) && (0 != name.size()))  return true;
348    }
349    return false;
350  }
351
352  bool CINetCDF4::hasCoordinates(const StdString& name,
353                                 const CVarPath* const path)
354  {
355    return this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_coordinates, &name, path);
356  }
357
358  bool CINetCDF4::hasBounds(const StdString& name,
359                            const CVarPath* const path)
360  {
361    return this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_bounds, &name, path);
362  }
363
364  bool CINetCDF4::hasTemporalDim(const CVarPath* const path)
365  {
366    std::list<StdString> dims = this->getDimensionsList(NULL, path);
367    return (std::find(dims.begin(), dims.end(), timeCounterName) != dims.end());
368  }
369
370  //---------------------------------------------------------------
371
372  template <class T>
373  std::vector<T> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
374                                              const StdString* const var,
375                                              const CVarPath* const path)
376  {
377    int grpid = this->getGroup(path);
378    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
379    std::pair<nc_type , StdSize> attinfos = this->getAttribute(name, var, path);
380    std::vector<T> retvalue(attinfos.second);
381    nc_type type = CNetCdfInterface::getNcType<T>();
382    if (attinfos.first != type)
383      ERROR("CINetCDF4::getAttributeValue<T>(name, var, path)",
384            << "[ name : " << name
385            << ", type requested :" << attinfos.first
386            << ", type stored : " << type << "]"
387            << " Invalid type !");
388    CNetCdfInterface::getAttType(grpid, varid, name.c_str(), &retvalue[0]);
389    return retvalue;
390  }
391
392  template std::vector<double> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
393                                                            const StdString* const var,
394                                                            const CVarPath* const path);
395  template std::vector<float> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
396                                                           const StdString* const var,
397                                                           const CVarPath* const path);
398  template std::vector<int> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
399                                                         const StdString* const var,
400                                                         const CVarPath* const path);
401  template std::vector<char> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
402                                                          const StdString* const var,
403                                                          const CVarPath* const path);
404
405  StdString CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
406                                         const StdString* const var,
407                                         const CVarPath* const path)
408  {
409    std::vector<char> data = this->getAttributeValue<char>(name, var, path);
410
411    return StdString(data.begin(), data.end());
412  }
413
414  template <class T>
415  T CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path)
416  {
417    if (this->hasAttribute("missing_value", &name, path))
418      return this->getAttributeValue<T>("missing_value", &name, path)[0];
419    if (this->hasAttribute("_FillValue", &name, path))
420      return this->getAttributeValue<T>("_FillValue", &name, path)[0];
421    return 0;
422  }
423
424  template double CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
425  template float CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
426  template int CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
427  template char CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
428
429  //---------------------------------------------------------------
430
431  std::list<StdString> CINetCDF4::getCoordinatesIdList(const StdString& name, const CVarPath* const path)
432  {
433    std::list<StdString> retvalue;
434    StdString value = this->getCoordinatesId(name, path);
435
436    boost::split(retvalue, value, boost::is_any_of(" "));
437
438    std::list<StdString>::iterator it = retvalue.begin(), end = retvalue.end();
439    for (; it != end; it++)
440    {
441      StdString& coord = *it;
442      coord.assign(coord.data());
443    }
444    return retvalue;
445  }
446
447  StdString CINetCDF4::getCoordinatesId(const StdString& name, const CVarPath* const path)
448  {
449    StdString retvalue;
450    if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_coordinates, &name, path))
451    {
452      return this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_coordinates, &name, path);
453    }
454    else
455    {
456      std::list<StdString> dims = this->getDimensionsList(&name, path);
457      std::list<StdString>::const_iterator it = dims.begin(), end = dims.end();
458      for (; it != end; it++)
459      {
460        const StdString& value = *it;
461        retvalue.append(value).push_back(' ');
462      }
463      retvalue.erase(retvalue.end() - 1) ;
464    }
465
466    return retvalue;
467  }
468
469  StdString CINetCDF4::getBoundsId(const StdString& name,
470                                   const CVarPath* const path)
471  {
472    StdString retvalue;
473    if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_bounds, &name, path))
474      retvalue = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_bounds, &name, path);
475    return retvalue;
476  }
477
478  //---------------------------------------------------------------
479
480  bool CINetCDF4::isBound(const StdString& name,
481                          const CVarPath* const path)
482  {
483    std::set<StdString> bounds = this->getBoundVariables(path);
484    return (bounds.find(name) != bounds.end());
485  }
486
487  bool CINetCDF4::isCoordinate(const StdString& name,
488                               const CVarPath* const path)
489  {
490    std::set<StdString> coords = this->getCoordVariables(path);
491    return (coords.find(name) != coords.end());
492  }
493
494  bool CINetCDF4::isRectilinear(const StdString& name, const CVarPath* const path)
495  {
496    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
497    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
498    std::set<StdString> dimVarList;
499
500    for (; it != end; it++)
501    {
502      const StdString& coord = *it;
503      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path))
504      {
505        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path);
506//        if ((dimvar.size() == 1) && (dimvar.find(coord) != dimvar.end()))
507        if ((dimvar.size() == 1))
508        {
509          dimVarList.insert(dimvar.begin()->first);
510          continue;
511        }
512        else
513          return false;
514      }
515    }
516
517    return (dimVarList.size() != 1);
518  }
519
520  bool CINetCDF4::isCurvilinear(const StdString& name, const CVarPath* const path)
521  {
522    if (this->isRectilinear(name, path) || !this->hasCoordinates(name, path))
523      return false;
524
525    bool isCurVi = true;
526    unsigned int nbLonLat = 0;
527    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
528    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
529    for (; it != end; it++)
530    {
531      const StdString& coord = *it;
532      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path))
533      {
534        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path);
535        if (2 == dimvar.size()) ++nbLonLat;
536      }
537    }
538    if (2 != nbLonLat) isCurVi = false;
539
540    return isCurVi;
541  }
542
543  bool CINetCDF4::isUnstructured(const StdString& name, const CVarPath* const path)
544  {
545    if (this->isRectilinear(name, path) ||
546        this->isCurvilinear(name, path) ||
547        !this->hasCoordinates(name, path))
548       return false;
549    else return true ;
550   
551// check this part above   
552    StdString dimname = this->getDimensionsList(&name, path).back();
553
554    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
555    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
556    for (; it != end; it++)
557    {
558      const StdString& coord = *it;
559      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path))
560      {
561        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path);
562        if ((dimvar.size() == 1) &&
563            (dimvar.find(dimname) != dimvar.end()))
564          continue;
565        else
566          return false;
567      }
568    }
569
570    return true;
571  }
572
573  bool CINetCDF4::isUnknown(const StdString& name, const CVarPath* const path)
574  {
575    return !(this->isRectilinear(name, path) || this->isCurvilinear(name, path) || this->isUnstructured(name, path));
576  }
577
578  bool CINetCDF4::isTemporal(const StdString& name, const CVarPath* const path)
579  {
580    std::list<StdString> dims = this->getDimensionsList(&name, path);
581    return (std::find(dims.begin(), dims.end(), timeCounterName) != dims.end());
582  }
583
584  bool CINetCDF4::is3Dim(const StdString& name, const CVarPath* const path)
585  {
586    int i = 0;
587    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
588    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
589    for (; it != end; it++)
590    {
591      const StdString& coord = *it;
592      if (this->hasVariable(coord, path))
593      {
594        if (this->isTemporal(coord, path))
595          continue;
596        i++;
597      }
598      else
599      {
600        StdString unlimitedDimName = this->getUnlimitedDimensionName();
601        if (coord.compare(0, unlimitedDimName.size(), unlimitedDimName) == 0)
602          continue;
603        i++;
604      }
605    }
606    return (i == 3);
607  }
608
609  bool CINetCDF4::isCellGrid(const StdString& name, const CVarPath* const path)
610  {
611    if (this->isCoordinate(name, path))
612    {
613      return this->hasBounds(name, path);
614    }
615    else
616    {
617      std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
618      std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
619      for (; it != end; it++)
620      {
621        const StdString& coord = *it;
622        if (this->hasVariable(coord, path))
623        {
624          if (this->isTemporal(coord, path))
625            continue;
626          if (this->isCellGrid(coord, path))
627            continue;
628          return false;
629        }
630        else
631        {
632          StdString unlimitedDimName = this->getUnlimitedDimensionName();
633          if (coord.compare(0, unlimitedDimName.size(), unlimitedDimName) == 0)
634            continue;
635          return false;
636        }
637      }
638    }
639
640    return true;
641  }
642
643  //---------------------------------------------------------------
644
645  std::list<StdString> CINetCDF4::getDataVariables(bool _is3D,       bool _isRecti,
646                                                   bool _isCurvi,    bool _isUnstr,
647                                                   bool _isCellData, bool _isTemporal,
648                                                   const CVarPath* const path)
649  {
650    std::list<StdString> retvalue;
651    std::list<StdString> allvars  = this->getVariables(path);
652    std::set<StdString> allcoords = this->getCoordVariables(path);
653
654    std::list<StdString>::const_iterator it = allvars.begin(), end = allvars.end();
655    for (; it != end; it++)
656    {
657      const StdString& var = *it;
658      if (this->isCoordinate(var, path)) continue;
659
660      if (!_isRecti && this->isRectilinear(var, path))  continue;
661      if (!_isCurvi && this->isCurvilinear(var, path))  continue;
662      if (!_isUnstr && this->isUnstructured(var, path)) continue;
663
664      if (!_isTemporal && this->isTemporal(var, path)) continue;
665      if (!_is3D       && this->is3Dim(var, path))     continue;
666      if (!_isCellData && this->isCellGrid(var, path)) continue;
667
668      if (this->isUnknown(var, path)) continue;
669
670      retvalue.push_back(var);
671    }
672    return retvalue;
673  }
674
675  //---------------------------------------------------------------
676
677  void CINetCDF4::getDataInfo(const StdString& var, const CVarPath* const path, StdSize record,
678                              std::vector<StdSize>& sstart, std::vector<StdSize>& scount, StdSize& array_size,
679                              const std::vector<StdSize>* start /*= NULL*/, const std::vector<StdSize>* count /*= NULL*/)
680  {
681    std::list<StdString> dimlist = this->getDimensionsList(&var, path);
682    std::map<StdString, StdSize> dimmap = this->getDimensions(&var, path);
683    std::list<StdString>::iterator it = dimlist.begin();
684    if (this->isTemporal(var, path))
685    {
686      if (record != UNLIMITED_DIM)
687        sstart.push_back(record);
688      else
689        sstart.push_back(0);
690      scount.push_back(1);
691      it++;
692    }
693    for (int i = 0; it != dimlist.end(); it++, i++)
694    {
695      if (start && count)
696      {
697        sstart.push_back((*start)[i]);
698        scount.push_back((*count)[i]);
699        array_size *= (*count)[i];
700      }
701      else
702      {
703        sstart.push_back(0);
704        scount.push_back(dimmap[*it]);
705        array_size *= dimmap[*it];
706      }
707    }
708  }
709
710  template <class T>
711  void CINetCDF4::getData(CArray<T, 1>& data, const StdString& var,
712                          const CVarPath* const path, StdSize record)
713  {
714    std::vector<StdSize> start, count;
715    int grpid = this->getGroup(path);
716    int varid = this->getVariable(var, path);
717    StdSize array_size = 1;
718    this->getDataInfo(var, path, record, start, count, array_size);
719    data.resize(array_size);
720    CNetCdfInterface::getVaraType(grpid, varid, &start[0], &count[0], data.dataFirst());
721  }
722
723  template <>
724  void CINetCDF4::getData(CArray<int, 1>& data, const StdString& var,
725                          const CVarPath* const path, StdSize record);
726  template <>
727  void CINetCDF4::getData(CArray<double, 1>& data, const StdString& var,
728                          const CVarPath* const path, StdSize record);
729  template <>
730  void CINetCDF4::getData(CArray<float, 1>& data, const StdString& var,
731                          const CVarPath* const path, StdSize record);
732
733  //---------------------------------------------------------------
734
735  StdString CINetCDF4::getLonCoordName(const StdString& varname,
736                                       const CVarPath* const path)
737  {
738    StdString lonName;
739    std::list<StdString>::const_iterator itbList, itList, iteList;
740    std::list<StdString> clist = this->getCoordinatesIdList(varname, path);
741    itbList = clist.begin(); iteList = clist.end();
742    for (itList = itbList; itList != iteList; ++itList)
743    {
744      if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path))
745      {
746        StdString unit = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path);
747        if (CCFConvention::XIOS_CF_Longitude_units.end() != CCFConvention::XIOS_CF_Longitude_units.find(unit))
748        {
749          lonName = *itList;
750          return lonName;
751        }
752      }
753    }
754    return lonName;
755  }
756
757  StdString CINetCDF4::getLatCoordName(const StdString& varname,
758                                       const CVarPath* const path)
759  {
760    StdString latName;
761    std::list<StdString>::const_iterator itbList, itList, iteList;
762    std::list<StdString> clist = this->getCoordinatesIdList(varname, path);
763    itbList = clist.begin(); iteList = clist.end();
764    for (itList = itbList; itList != iteList; ++itList)
765    {
766      if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path))
767      {
768        StdString unit = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path);
769        if (CCFConvention::XIOS_CF_Latitude_units.end() != CCFConvention::XIOS_CF_Latitude_units.find(unit))
770        {
771          latName = *itList;
772          return latName;
773        }
774      }
775    }
776    return latName;
777  }
778
779  StdString CINetCDF4::getVertCoordName(const StdString& varname,
780                                        const CVarPath* const path)
781  {
782    if (!this->is3Dim(varname, path)) return "";
783    std::list<StdString> clist = this->getCoordinatesIdList(varname, path);
784    if (this->hasCoordinates(varname, path))
785      return *(++(++clist.begin()));
786    else
787      return *(++(++clist.rbegin()));
788  }
789} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.