source: XIOS/dev/XIOS_DEV_CMIP6/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1249

Last change on this file since 1249 was 1249, checked in by mhnguyen, 4 years ago

Various bug fixes on mask and zoom

+) Rearrange local index on the receiving side to be coherent global index
+) Include masking information in compress data (data_index) on the receiving side
+) Correct zoom to work in case there are several (not all) processes participating to write data

Test
+) On Curie
+) Simple test

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 125.5 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13#include "timer.hpp"
14#include "uuid.hpp"
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
24      {
25        SuperClass::type = MULTI_FILE;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39      }
40
41      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
42    { /* Ne rien faire de plus */ }
43
44      ///--------------------------------------------------------------
45
46      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
47      {
48         return (this->filename);
49      }
50
51      //---------------------------------------------------------------
52
53      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
54      {
55        domain->computeWrittenIndex();
56        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
57
58        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
59        {
60          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
61            writeUnstructuredDomain(domain) ;
62          else
63            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
64          return ;
65        }
66
67         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
68         CContextServer* server=context->server ;
69
70         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
71         domain->checkAttributes();
72
73         if (domain->isEmpty())
74           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
75
76         std::vector<StdString> dim0, dim1;
77         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
78         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
79         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
80         else setWrittenDomain(domid);
81       
82         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
83
84
85        StdString dimXid, dimYid ;
86
87        nc_type typePrec ;
88        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
89        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
90        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
91         
92         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
93         switch (domain->type)
94         {
95           case CDomain::type_attr::curvilinear :
96             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
97             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
98             break ;
99           case CDomain::type_attr::rectilinear :
100             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
101             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
102             break;
103         }
104
105         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
106
107         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
108         string areaId = "area" + appendDomid;
109/*
110         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
111                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
112                             : lonid;
113         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
114                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
115                             : latid;
116*/
117
118         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
119         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
120         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
121         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
122         CArray<double,1> writtenArea;
123
124         if (domain->hasLonLat)
125         {
126           writtenLat.resize(nbWritten);
127           writtenLon.resize(nbWritten);
128           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
129           {
130              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
131              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
132           }
133         
134
135           if (domain->hasBounds)
136           {         
137             int nvertex = domain->nvertex, idx;
138             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
139             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
140             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
141             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
142             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
143               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
144               {
145                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
146                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
147               }
148           }
149         }
150
151         if (domain->hasArea)
152         {
153           writtenArea.resize(nbWritten);           
154           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
155           {
156              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
157           }
158         }
159
160         try
161         {
162           switch (SuperClass::type)
163           {
164              case (MULTI_FILE) :
165              {
166  //               if (domain->isEmpty()) return;
167
168                 if (server->intraCommSize > 1)
169                 {
170  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
171  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
172                 }
173
174                 switch (domain->type)
175                 {
176                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
177                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
178                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
179                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
180                     break ;
181                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
182                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
183                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim1.push_back(dimXid);
186                     break;
187                 }
188
189                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
190                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
191
192                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
193                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj);
194
195                 if (domain->hasBounds)
196                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
197
198                 if (server->intraCommSize > 1)
199                 {
200                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin,
201                                              domain->zoom_ni,
202                                              domain->zoom_jbegin,
203                                              domain->zoom_nj,
204                                              appendDomid);
205
206                   if (singleDomain)
207                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
208                                                      domain->zoom_ibegin,
209                                                      domain->zoom_ni,
210                                                      domain->zoom_jbegin,
211                                                      domain->zoom_nj,
212                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
213                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
214                 }
215
216                 if (domain->hasLonLat)
217                 {
218                   switch (domain->type)
219                   {
220                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
221                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
222                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
223                       break ;
224                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
225                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
226                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
227                        break ;
228                   }
229
230                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
231                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
232
233                   if (domain->hasBounds)
234                   {
235                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
236                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
237
238                     dim0.clear();
239                     dim0.push_back(dimYid);
240                     dim0.push_back(dimXid);
241                     dim0.push_back(dimVertId);
242                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
243                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
244                   }
245                 }
246
247                 dim0.clear();
248                 dim0.push_back(dimYid);
249                 dim0.push_back(dimXid);
250
251
252  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
253  // supress mask               {
254  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
255  // supress mask
256  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
257  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
258  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
259  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
260  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
261  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
262  // supress mask               }
263
264                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
265
266                 if (domain->hasArea)
267                 {
268                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
269                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
270                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
271                 }
272
273                 SuperClassWriter::definition_end();
274
275                 if (domain->hasLonLat)
276                 {
277                   switch (domain->type)
278                   {
279                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
280                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
281                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
282                       break;
283                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
284                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni)) ;
285                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
286                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1)) ;
287                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
288                       break;
289                   }
290
291                   if (domain->hasBounds)
292                   {
293                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
294                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
295                   }
296                 }
297
298                 if (domain->hasArea)
299                 {
300                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
301                 }
302
303                 SuperClassWriter::definition_start();
304
305                 break;
306              }
307              case (ONE_FILE) :
308              {
309                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
310                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
311
312                 if (domain->hasBounds)
313                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
314
315                 if (domain->hasLonLat)
316                 {
317                   switch (domain->type)
318                   {
319                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
320                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
321                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
322                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
323                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
324                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
325                       break;
326
327                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
328                       dim0.push_back(dimYid);
329                       dim1.push_back(dimXid);
330                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
331                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
332                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
333                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
334                       break;
335                   }
336
337                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
338                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
339
340                   this->writeAxisAttributes
341                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
342                   this->writeAxisAttributes
343                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
344
345                   if (domain->hasBounds)
346                   {
347                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
348                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
349
350                     dim0.clear();
351                     dim0.push_back(dimYid);
352                     dim0.push_back(dimXid);
353                     dim0.push_back(dimVertId);
354                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
355                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
356                   }
357                 }
358
359                 if (domain->hasArea)
360                 {
361                   dim0.clear();
362                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
363                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
364                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
365                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
366                   dim0.clear();
367                 }
368
369                 SuperClassWriter::definition_end();
370
371                 switch (domain->type)
372                 {
373                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
374                   {
375                     std::vector<StdSize> start(2) ;
376                     std::vector<StdSize> count(2) ;
377                     if (domain->isEmpty())
378                     {
379                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
380                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
381                     }
382                     else
383                     {
384                       start[1]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
385                       start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
386                       count[1]=domain->zoom_ni ; count[0]=domain->zoom_nj ;
387                     }
388
389                     if (domain->hasLonLat)
390                     {
391                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
392                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
393                     }
394                     break;
395                   }
396                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
397                   {
398                     if (domain->hasLonLat)
399                     {
400                       std::vector<StdSize> start(1) ;
401                       std::vector<StdSize> count(1) ;
402                       if (domain->isEmpty())
403                       {
404                         start[0]=0 ;
405                         count[0]=0 ;
406                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
407                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
408                       }
409                       else
410                       { 
411                         start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
412                         count[0]=domain->zoom_nj;                         
413                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
414                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
415
416                         start[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
417                         count[0]=domain->zoom_ni;                         
418                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1));
419                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
420                       }
421                     }
422                     break;
423                   }
424                 }
425
426                 if (domain->hasBounds)
427                 {
428                   std::vector<StdSize> start(3);
429                   std::vector<StdSize> count(3);
430                   if (domain->isEmpty())
431                   {
432                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
433                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
434                   }
435                   else
436                   {
437                     start[2] = 0;
438                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
439                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
440                     count[2] = domain->nvertex;
441                     count[1] = domain->zoom_ni;
442                     count[0] = domain->zoom_nj;
443                   }
444                 
445                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
446                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
447                 }
448
449                 if (domain->hasArea)
450                 {
451                   std::vector<StdSize> start(2);
452                   std::vector<StdSize> count(2);
453
454                   if (domain->isEmpty())
455                   {
456                     start[0] = 0; start[1] = 0;
457                     count[0] = 0; count[1] = 0;
458                   }
459                   else
460                   {
461                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
462                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
463                     count[1] = domain->zoom_ni;
464                     count[0] = domain->zoom_nj;
465                   }
466                   
467                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
468                 }
469
470                 SuperClassWriter::definition_start();
471                 break;
472              }
473              default :
474                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
475                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
476                       << " not implemented yet !");
477           }
478         }
479         catch (CNetCdfException& e)
480         {
481           StdString msg("On writing the domain : ");
482           msg.append(domid); msg.append("\n");
483           msg.append("In the context : ");
484           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
485           msg.append(e.what());
486           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
487         }
488
489         domain->addRelFile(this->filename);
490      }
491
492    //--------------------------------------------------------------
493
494    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
495    {
496      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
497      CContextServer* server=context->server ;
498
499      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
500      domain->checkAttributes();
501      if (domain->isEmpty())
502        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
503
504     nc_type typePrec ;
505     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
506     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
507     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
508
509      std::vector<StdString> dim0;
510      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
511      StdString domainName = domain->name;
512      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
513      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
514
515      StdString node_x = domainName + "_node_x";
516      StdString node_y = domainName + "_node_y";
517
518      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
519      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
520      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
521
522      StdString face_x = domainName + "_face_x";
523      StdString face_y = domainName + "_face_y";
524      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
525      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
526      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
527      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
528
529      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
530      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
531      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
532      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
533      StdString dimTwo = "Two";
534
535      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
536      if (!isWrittenDomain(domid))
537      {
538        dim0.clear();
539        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
540        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
541        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
542        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
543        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
544      }
545
546      try
547      {
548        switch (SuperClass::type)
549        {
550          case (ONE_FILE) :
551          {
552            // Adding nodes
553            if (domain->nvertex == 1)
554            {
555              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
556              {
557                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
558                dim0.clear();
559                dim0.push_back(dimNode);
560                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
561                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
562                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
563                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
564                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
565                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
566                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
567                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
568              }
569            } // domain->nvertex == 1
570
571            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
572            if (domain->nvertex == 2)
573            {
574              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
575              {
576                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
577                dim0.clear();
578                dim0.push_back(dimNode);
579                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
580                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
581                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
582                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
583                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
584                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
585                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
586                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
587              }
588              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
589              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
590              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
591              dim0.clear();
592              dim0.push_back(dimEdge);
593              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
594              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
595              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
596              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
597              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
598              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
599              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
600              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
601              dim0.clear();
602              dim0.push_back(dimEdge);
603              dim0.push_back(dimTwo);
604              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
605              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
606              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
607              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
608            } // domain->nvertex == 2
609
610            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
611            if (domain->nvertex > 2)
612            {
613              // Nodes
614              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
615              {
616                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
617                dim0.clear();
618                dim0.push_back(dimNode);
619                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
620                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
621                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
622                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
623                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
624                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
625                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
626                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
627              }
628              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
629              {
630                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
631                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
632                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
633                dim0.clear();
634                dim0.push_back(dimEdge);
635                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
636                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
637                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
638                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
639                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
640                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
641                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
642                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
643                dim0.clear();
644                dim0.push_back(dimEdge);
645                dim0.push_back(dimTwo);
646                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
647                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
648                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
649                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
650              }
651              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
652              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
653              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
654              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
655              dim0.clear();
656              dim0.push_back(dimFace);
657              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0);
658              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
659              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
660              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
661              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0);
662              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
663              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
664              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
665              dim0.clear();
666              dim0.push_back(dimFace);
667              dim0.push_back(dimVertex);
668              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
669              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
670              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
671              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
672              dim0.clear();
673              dim0.push_back(dimFace);
674              dim0.push_back(dimVertex);
675              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
676              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
677              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
678              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
679              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
680              dim0.clear();
681              dim0.push_back(dimEdge);
682              dim0.push_back(dimTwo);
683              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
684              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
685              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
686              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
687              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
688              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
689              dim0.clear();
690              dim0.push_back(dimFace);
691              dim0.push_back(dimVertex);
692              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
693              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
694              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
695              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
696              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
697              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
698              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
699            } // domain->nvertex > 2
700
701            SuperClassWriter::definition_end();
702
703            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
704            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
705            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
706            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
707            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
708            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
709            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
710            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
711            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
712            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
713            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
714            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
715
716            if (!isWrittenDomain(domid))
717            {
718              if (domain->nvertex == 1)
719              {
720                if (domain->isEmpty())
721                 {
722                   startNodes[0]=0 ;
723                   countNodes[0]=0 ;
724                 }
725                 else
726                 {
727                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
728                   countNodes[0] = domain->zoom_ni ;
729                 }
730
731                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
732                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
733              }
734              else if (domain->nvertex == 2)
735              {
736                if (domain->isEmpty())
737                 {
738                  startEdges[0]=0 ;
739                  countEdges[0]=0 ;
740                  startNodes[0]=0 ;
741                  countNodes[0]=0 ;
742                  startEdgeNodes[0]=0;
743                  startEdgeNodes[1]=0;
744                  countEdgeNodes[0]=0;
745                  countEdgeNodes[1]=0;
746
747                 }
748                 else
749                 {
750                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
751                   countEdges[0] = domain->zoom_ni;
752                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
753                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
754                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
755                   startEdgeNodes[1] = 0;
756                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
757                   countEdgeNodes[1] = 2;
758                 }
759                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
760                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
761                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
762                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
763                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
764              }
765              else
766              {
767                if (domain->isEmpty())
768                 {
769                   startFaces[0] = 0 ;
770                   countFaces[0] = 0 ;
771                   startNodes[0] = 0;
772                   countNodes[0] = 0;
773                   startEdges[0] = 0;
774                   countEdges[0] = 0;
775                   startEdgeFaces[0] = 0;
776                   startEdgeFaces[1] = 0;
777                   countEdgeFaces[0] = 0;
778                   countEdgeFaces[1] = 0;
779                   startFaceConctv[0] = 0;
780                   startFaceConctv[1] = 0;
781                   countFaceConctv[0] = 0;
782                   countFaceConctv[1] = 0;
783                 }
784                 else
785                 {
786                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
787                   countFaces[0] = domain->zoom_ni ;
788                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
789                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
790                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
791                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
792                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
793                   startEdgeNodes[1] = 0;
794                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
795                   countEdgeNodes[1]= 2;
796                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
797                   startEdgeFaces[1]= 0;
798                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
799                   countEdgeFaces[1]= 2;
800                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
801                   startFaceConctv[1] = 0; 
802                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
803                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
804                 }
805                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
806                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
807                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
808                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
809                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
810                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
811                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
812                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
813                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
814                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
815                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
816              }
817              setWrittenDomain(domid);
818            } // !isWrittenDomain
819            else
820            {
821              if (domain->nvertex == 2)
822              {
823                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
824                countEdges[0] = domain->zoom_ni;
825                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
826                startEdgeNodes[1] = 0;
827                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
828                countEdgeNodes[1]= 2;
829                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
830                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
831                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
832              } 
833              if (domain->nvertex > 2)
834              {
835
836                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
837                {
838                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
839                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
840                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
841                  startEdgeNodes[1] = 0;
842                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
843                  countEdgeNodes[1]= 2;
844                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
845                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
846                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
847                }
848                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
849                countFaces[0] = domain->zoom_ni;
850                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
851                startEdgeFaces[1]= 0;
852                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
853                countEdgeFaces[1]= 2;
854                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
855                startFaceConctv[1] = 0;
856                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
857                countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
858                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
859                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
860                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
861                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
862                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
863                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
864              }
865            }// isWrittenDomain
866
867            SuperClassWriter::definition_start();
868
869            break;
870          } // ONE_FILE
871
872          case (MULTI_FILE) :
873          {
874            break;
875          }
876
877          default :
878          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
879          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
880          << " not implemented yet !");
881          } // switch
882        } // try
883
884        catch (CNetCdfException& e)
885        {
886          StdString msg("On writing the domain : ");
887          msg.append(domid); msg.append("\n");
888          msg.append("In the context : ");
889          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
890          msg.append(e.what());
891          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
892        }
893
894  domain->addRelFile(this->filename);
895  }
896
897    //--------------------------------------------------------------
898
899    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
900      {
901         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
902         CContextServer* server=context->server ;
903
904         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
905         domain->checkAttributes();
906
907         if (domain->isEmpty())
908           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
909
910         std::vector<StdString> dim0, dim1;
911         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
912         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
913         else setWrittenDomain(domid);
914
915         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
916
917         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
918         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
919
920         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
921         string areaId = "area" + appendDomid;
922
923         nc_type typePrec ;
924         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
925         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
926         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
927
928         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
929
930         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
931         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
932         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
933         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
934         CArray<double,1> writtenArea;
935
936         if (domain->hasLonLat)
937         {
938           writtenLat.resize(nbWritten);
939           writtenLon.resize(nbWritten);
940           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
941           {
942              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
943              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
944           }
945         
946
947           if (domain->hasBounds)
948           {         
949             int nvertex = domain->nvertex, idx;
950             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
951             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
952             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
953             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
954             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
955               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
956               {
957                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
958                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
959               }
960           }
961         }
962
963         if (domain->hasArea)
964         {
965           writtenArea.resize(nbWritten);           
966           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
967           {
968              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
969           }
970         }
971
972         try
973         {
974           switch (SuperClass::type)
975           {
976              case (MULTI_FILE) :
977              {
978                 dim0.push_back(dimXid);
979                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
980
981                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
982                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
983                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
984                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
985                 if (domain->hasLonLat)
986                 {
987                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
988                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
989                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
990                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
991                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
992                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
993                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
994                 }
995                 dim0.clear();
996                 if (domain->hasBounds)
997                 {
998                   dim0.push_back(dimXid);
999                   dim0.push_back(dimVertId);
1000                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
1001                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
1002                 }
1003
1004                 dim0.clear();
1005                 dim0.push_back(dimXid);
1006                 if (domain->hasArea)
1007                 {
1008                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
1009                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1010                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1011                 }
1012
1013                 SuperClassWriter::definition_end();
1014
1015                 if (domain->hasLonLat)
1016                 {
1017                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1018                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1019                   if (domain->hasBounds)
1020                   {
1021                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1022                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1023                   }
1024                 }
1025
1026                 if (domain->hasArea)
1027                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1028
1029                 SuperClassWriter::definition_start();
1030                 break ;
1031              }
1032
1033              case (ONE_FILE) :
1034              {
1035                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
1036                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
1037                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
1038                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
1039                 dim0.push_back(dimXid);
1040                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1041                 if (domain->hasLonLat)
1042                 {
1043                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
1044                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
1045
1046                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1047                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1048                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1049                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1050                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1051                 }
1052                 dim0.clear();
1053
1054                 if (domain->hasBounds)
1055                 {
1056                   dim0.push_back(dimXid);
1057                   dim0.push_back(dimVertId);
1058                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
1059                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
1060                 }
1061
1062                 if (domain->hasArea)
1063                 {
1064                   dim0.clear();
1065                   dim0.push_back(dimXid);
1066                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
1067                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1068                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1069                 }
1070
1071                 SuperClassWriter::definition_end();
1072
1073                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1074                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1075                 if (domain->isEmpty())
1076                 {
1077                   start[0]=0 ;
1078                   count[0]=0 ;
1079                   startBounds[1]=0 ;
1080                   countBounds[1]=nvertex ;
1081                   startBounds[0]=0 ;
1082                   countBounds[0]=0 ;
1083                 }
1084                 else
1085                 {
1086                   start[0]=domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
1087                   count[0]=domain->zoom_ni;
1088                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
1089                   startBounds[1]=0 ;
1090                   countBounds[0]=domain->zoom_ni;
1091                   countBounds[1]=nvertex ;
1092                 }
1093
1094                 if (domain->hasLonLat)
1095                 {
1096                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1097                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1098                   if (domain->hasBounds)
1099                   {
1100                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1101                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1102                   }
1103                 }
1104
1105                 if (domain->hasArea)
1106                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1107
1108                 SuperClassWriter::definition_start();
1109
1110                 break;
1111              }
1112              default :
1113                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1114                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1115                       << " not implemented yet !");
1116           }
1117         }
1118         catch (CNetCdfException& e)
1119         {
1120           StdString msg("On writing the domain : ");
1121           msg.append(domid); msg.append("\n");
1122           msg.append("In the context : ");
1123           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1124           msg.append(e.what());
1125           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1126         }
1127         domain->addRelFile(this->filename);
1128      }
1129      //--------------------------------------------------------------
1130
1131      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1132      {
1133        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1134        axis->checkAttributes();
1135
1136        axis->computeWrittenIndex();
1137        axis->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
1138       
1139        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n
1140                                                          : axis->global_zoom_n;
1141
1142        int zoom_count = axis->zoom_n;                                                 
1143        int zoom_begin = axis->zoom_begin;
1144        // int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->global_zoom_begin
1145        //                                                   : axis->zoom_begin;
1146
1147        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1148
1149        std::vector<StdString> dims;
1150        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1151        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1152        else setWrittenAxis(axisid);
1153
1154        nc_type typePrec ;
1155        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1156        else if (axis->prec==4)   typePrec =  NC_FLOAT ;
1157        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1158         
1159        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1160        string strId="str_len" ;
1161        try
1162        {
1163          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1164          if (!axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1165          if (axis->hasValue)
1166          {
1167            dims.push_back(axisid);
1168            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1169            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims);
1170
1171            if (!axis->name.isEmpty())
1172              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1173
1174            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1175              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1176
1177            if (!axis->long_name.isEmpty())
1178              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1179
1180            if (!axis->unit.isEmpty())
1181              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1182
1183            if (!axis->positive.isEmpty())
1184            {
1185              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1186              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1187                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1188                                             &axisid);
1189            }
1190
1191            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1192            if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1193            {
1194              dims.push_back("axis_nbounds");
1195              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims);
1196              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1197            }
1198
1199            SuperClassWriter::definition_end();
1200
1201            CArray<size_t, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1202            int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1203            CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1204            for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1205            CArray<double,2> axis_bounds;
1206            CArray<string,1> axis_label;
1207            if (!axis->label.isEmpty())
1208            {
1209              axis_label.resize(indexToWrite.numElements());
1210              for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_label(i) = axis->label(indexToWrite(i));
1211            }
1212
1213            switch (SuperClass::type)
1214            {
1215              case MULTI_FILE:
1216              {
1217                if (axis->label.isEmpty())
1218                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1219
1220                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1221                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1222
1223                // Need to check after
1224                if (!axis->label.isEmpty()) 
1225                  SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0);
1226 
1227                SuperClassWriter::definition_start();
1228                break;
1229              }
1230              case ONE_FILE:
1231              {
1232                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1233                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1234                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1235                count[0] = countBounds[0] = zoom_count; // zoom_size
1236                startBounds[1] = 0;
1237                countBounds[1] = 2;
1238
1239                if (axis->label.isEmpty())
1240                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1241
1242                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1243                {
1244                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1245                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1246                  {
1247                    axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1248                    axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1249                  }
1250                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1251                }
1252
1253                // Need to check after
1254                if (!axis->label.isEmpty())
1255                {
1256                  std::vector<StdSize> startLabel(2), countLabel(2);
1257                  startLabel[0] = start[0]; startLabel[1] = 0;
1258                  countLabel[0] = count[0]; countLabel[1] = stringArrayLen;
1259                  SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0, &startLabel, &countLabel);
1260                }
1261
1262                SuperClassWriter::definition_start();
1263
1264                break;
1265              }
1266              default :
1267                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1268                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1269                      << " not implemented yet !");
1270            }
1271          }
1272        }
1273        catch (CNetCdfException& e)
1274        {
1275          StdString msg("On writing the axis : ");
1276          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1277          msg.append("In the context : ");
1278          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1279          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1280          msg.append(e.what());
1281          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1282        }
1283        axis->addRelFile(this->filename);
1284     }
1285
1286      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1287      {
1288        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1289        scalar->checkAttributes();
1290        int scalarSize = 1;
1291
1292        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1293        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1294        else setWrittenAxis(scalaId);
1295
1296        nc_type typePrec ;
1297        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1298        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1299        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1300
1301       
1302        try
1303        {
1304          if (!scalar->value.isEmpty())
1305          {
1306//            dims.push_back(scalaId);
1307            std::vector<StdString> dims;
1308            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1309
1310            if (!scalar->name.isEmpty())
1311              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1312
1313            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1314              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1315
1316            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1317              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1318
1319            if (!scalar->unit.isEmpty())
1320              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1321
1322            SuperClassWriter::definition_end();
1323
1324            switch (SuperClass::type)
1325            {
1326              case MULTI_FILE:
1327              {
1328                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1329                scalarValue(0) = scalar->value;
1330                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1331                SuperClassWriter::definition_start();
1332
1333                break;
1334              }
1335              case ONE_FILE:
1336              {
1337                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1338                scalarValue(0) = scalar->value;
1339
1340                std::vector<StdSize> start(1);
1341                std::vector<StdSize> count(1);
1342                start[0] = 0;
1343                count[0] = 1;
1344                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1345                SuperClassWriter::definition_start();
1346
1347                break;
1348              }
1349              default :
1350                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1351                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1352                      << " not implemented yet !");
1353            }
1354          }
1355        }
1356        catch (CNetCdfException& e)
1357        {
1358          StdString msg("On writing the scalar : ");
1359          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1360          msg.append("In the context : ");
1361          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1362          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1363          msg.append(e.what());
1364          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1365        }
1366        scalar->addRelFile(this->filename);
1367     }
1368
1369     //--------------------------------------------------------------
1370
1371     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1372     {
1373       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1374
1375       try
1376       {
1377         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1378         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1379         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1380         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1381         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1382
1383         std::vector<StdString> dims;
1384
1385         if (grid->isCompressible())
1386         {
1387           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1388
1389           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1390           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1391
1392           dims.push_back(varId);
1393           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1394
1395           StdOStringStream compress;
1396           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1397           {
1398             if (2 == axisDomainOrder(i))
1399             {
1400               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1401               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1402               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1403
1404               switch (domain->type)
1405               {
1406                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1407                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1408                   break;
1409                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1410                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1411                   break;
1412                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1413                   compress << "cell" << appendDomId;
1414                   break;
1415               }
1416               ++idxDomain;
1417             }
1418             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1419             {
1420               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1421               compress << axis->getAxisOutputName();
1422               ++idxAxis;
1423             }
1424             else
1425             {
1426               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1427               compress << scalar->getScalarOutputName();
1428               ++idxScalar;
1429             }
1430
1431             if (i != 0) compress << ' ';
1432           }
1433           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);         
1434
1435           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1436           indexes = grid->localIndexToWriteOnServer;
1437
1438           switch (SuperClass::type)
1439           {
1440             case (MULTI_FILE):
1441             {
1442               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1443               break;
1444             }
1445             case (ONE_FILE):
1446             {
1447               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1448                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1449
1450               std::vector<StdSize> start, count;
1451               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1452               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1453
1454               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1455               break;
1456             }
1457           }
1458         }
1459         else
1460         {
1461           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1462           {
1463             StdString varId, compress;
1464             CArray<int, 1> indexes;
1465             bool isDistributed;
1466             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1467             int firstGlobalIndex;
1468
1469             if (2 == axisDomainOrder(i))
1470             {
1471               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1472               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1473
1474               if (!domain->isCompressible()
1475                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1476                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1477                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1478                 continue;
1479
1480               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1481
1482               varId = domId + "_points";
1483               switch (domain->type)
1484               {
1485                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1486                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1487                   break;
1488                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1489                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1490                   break;
1491               }
1492
1493               // indexes.resize(domain->compressedIndexToWriteOnServer[comm_file].numElements());
1494               // indexes = domain->compressedIndexToWriteOnServer[com_file];
1495               indexes.resize(domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1496               indexes = domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1497
1498               isDistributed = domain->isDistributed();
1499               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1500               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1501               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1502               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1503
1504               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1505               setWrittenCompressedDomain(domId);
1506               ++idxDomain;
1507             }
1508             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1509             {
1510               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1511               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1512
1513               if (!axis->isCompressible()
1514                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1515                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1516                 continue;
1517
1518               varId = axisId + "_points";
1519               compress = axisId;
1520
1521               // indexes.resize(axis->compressedIndexToWriteOnServer.numElements());
1522               // indexes = axis->compressedIndexToWriteOnServer;
1523
1524               indexes.resize(axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1525               indexes = axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1526
1527               isDistributed = axis->isDistributed();
1528               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1529               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1530               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1531               firstGlobalIndex = axis->begin;
1532
1533               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1534               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1535               ++idxAxis;
1536             }
1537             else
1538             {
1539             }
1540
1541             if (!varId.empty())
1542             {
1543               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1544
1545               dims.clear();
1546               dims.push_back(varId);
1547               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1548
1549               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1550
1551               switch (SuperClass::type)
1552               {
1553                 case (MULTI_FILE):
1554                 {
1555                   indexes -= firstGlobalIndex;
1556                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1557                   break;
1558                 }
1559                 case (ONE_FILE):
1560                 {
1561                   std::vector<StdSize> start, count;
1562                   start.push_back(offset);
1563                   count.push_back(nbIndexes);
1564
1565                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1566                   break;
1567                 }
1568               }
1569             }
1570            }
1571         }
1572
1573         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1574       }
1575       catch (CNetCdfException& e)
1576       {
1577         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1578         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1579         msg.append("In the context : ");
1580         CContext* context = CContext::getCurrent();
1581         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1582         msg.append(e.what());
1583         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1584       }
1585     }
1586
1587     //--------------------------------------------------------------
1588
1589     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1590     {
1591       try
1592       {
1593        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1594       }
1595       catch (CNetCdfException& e)
1596       {
1597         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1598         msg.append("In the context : ");
1599         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1600         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1601         msg.append(e.what());
1602         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1603       }
1604     }
1605
1606      //--------------------------------------------------------------
1607
1608      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1609      {
1610        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1611        CContextServer* server=context->server ;
1612
1613        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1614        CGrid* grid = field->grid;
1615        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1616          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1617
1618        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1619        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1620        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1621        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1622        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1623
1624        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1625        StdString dimXid,dimYid;
1626        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1627        bool hasArea = false;
1628        StdString cellMeasures = "area:";
1629        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1630
1631        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1632        {
1633          if (2 == axisDomainOrder(i))
1634          {
1635            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1636            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1637            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1638
1639            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1640            {
1641              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1642              field->setUseCompressedOutput();
1643            }
1644
1645            switch (domain->type)
1646            {
1647              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1648                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1649                {
1650                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1651                  dimIdList.push_back(dimXid);
1652                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1653                  dimIdList.push_back(dimYid);
1654                }
1655                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1656                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1657              break ;
1658              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1659                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1660                {
1661                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1662                  dimIdList.push_back(dimXid);
1663                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1664                  dimIdList.push_back(dimYid);
1665                }
1666              break ;
1667              case CDomain::type_attr::unstructured:
1668              {
1669                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1670                {
1671                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1672                  dimIdList.push_back(dimXid);
1673                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1674                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1675                }
1676                else
1677                {
1678                  StdString domainName = domain->name;
1679                  if (domain->nvertex == 1)
1680                  {
1681                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1682                    dimIdList.push_back(dimXid);
1683                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1684                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1685                  }
1686                  else if (domain->nvertex == 2)
1687                  {
1688                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1689                    dimIdList.push_back(dimXid);
1690                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1691                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1692                  }
1693                  else
1694                  {
1695                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1696                    dimIdList.push_back(dimXid);
1697                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1698                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1699                  }
1700                }  // ugrid convention
1701              }  // case unstructured domain
1702            }
1703
1704            if (domain->hasArea)
1705            {
1706              hasArea = true;
1707              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1708            }
1709            ++idxDomain;
1710          }
1711          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1712          {
1713            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1714            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1715
1716            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1717            {
1718              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1719              field->setUseCompressedOutput();
1720            }
1721            else
1722              dimIdList.push_back(axisId);
1723
1724            dimCoordList.push_back(axisId);
1725            ++idxAxis;
1726          }
1727          else // scalar
1728          {
1729             /* Do nothing here */
1730          }
1731        }
1732
1733        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1734
1735        nc_type type ;
1736        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1737        else
1738        {
1739          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1740          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1741          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1742        }
1743
1744        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1745
1746        if (wtime)
1747        {
1748          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1749          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
1750          dims.push_back(timeid);
1751        }
1752
1753        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1754        {
1755          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1756          field->setUseCompressedOutput();
1757        }
1758        else
1759        {
1760          while (!dimIdList.empty())
1761          {
1762            dims.push_back(dimIdList.back());
1763            dimIdList.pop_back();
1764          }
1765        }
1766
1767        while (!dimCoordList.empty())
1768        {
1769          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1770          dimCoordList.pop_back();
1771        }
1772
1773        try
1774        {
1775           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1776
1777           if (!field->standard_name.isEmpty())
1778              SuperClassWriter::addAttribute
1779                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1780
1781           if (!field->long_name.isEmpty())
1782              SuperClassWriter::addAttribute
1783                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1784
1785           if (!field->unit.isEmpty())
1786              SuperClassWriter::addAttribute
1787                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1788
1789           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1790           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1791           {
1792            if (!domainList.empty())
1793            {
1794              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1795              StdString mesh = domain->name;
1796              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1797              StdString location;
1798              if (domain->nvertex == 1)
1799                location = "node";
1800              else if (domain->nvertex == 2)
1801                location = "edge";
1802              else if (domain->nvertex > 2)
1803                location = "face";
1804              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1805            }
1806
1807           }
1808
1809           if (!field->valid_min.isEmpty())
1810              SuperClassWriter::addAttribute
1811                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1812
1813           if (!field->valid_max.isEmpty())
1814              SuperClassWriter::addAttribute
1815                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1816
1817            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1818              SuperClassWriter::addAttribute
1819                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1820
1821             if (!field->add_offset.isEmpty())
1822              SuperClassWriter::addAttribute
1823                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1824
1825           SuperClassWriter::addAttribute
1826                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1827
1828          // write child variables as attributes
1829
1830
1831           bool alreadyAddCellMethod = false;
1832           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1833           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1834           {
1835              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1836              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1837                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1838              {
1839                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1840                alreadyAddCellMethod = true;
1841              }
1842              else
1843              {
1844                switch (field->cell_methods_mode)
1845                {
1846                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1847                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1848                    cellMethodsPrefix += " ";
1849                    break;
1850                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1851                    cellMethodsSuffix = " ";
1852                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1853                    break;
1854                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1855                    break;
1856                  default:
1857                    break;
1858                }
1859              }
1860           }
1861
1862
1863           if (wtime)
1864           {
1865              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1866              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1867              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1868              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1869
1870              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1871              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1872              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1873
1874              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1875              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1876              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1877              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1878              else cellMethods += field->operation;
1879              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1880                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1881              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1882              if (!alreadyAddCellMethod)
1883                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1884           }
1885
1886           if (hasArea)
1887             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1888
1889           if (!field->default_value.isEmpty())
1890           {
1891              double default_value = field->default_value.getValue();
1892              float fdefault_value = (float)default_value;
1893              if (type == NC_DOUBLE)
1894                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1895              else
1896                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1897           }
1898           else
1899              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1900
1901            if (field->compression_level.isEmpty())
1902              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1903            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1904
1905           {  // Ecriture des coordonnes
1906
1907              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1908              std::vector<StdString>::iterator
1909                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1910
1911              for (; itc!= endc; itc++)
1912              {
1913                 StdString & coord = *itc;
1914                 if (itc+1 != endc)
1915                       coordstr.append(coord).append(" ");
1916                 else  coordstr.append(coord);
1917              }
1918
1919              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1920
1921           }
1922
1923           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1924           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1925
1926         }
1927         catch (CNetCdfException& e)
1928         {
1929           StdString msg("On writing field : ");
1930           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1931           msg.append("In the context : ");
1932           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1933           msg.append(e.what());
1934           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1935         }
1936      } // writeField_()
1937
1938      //--------------------------------------------------------------
1939
1940      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1941      {
1942         StdString filename = file->getFileOutputName();
1943         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1944                               ? file->description.getValue()
1945                               : StdString("Created by xios");
1946
1947         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1948
1949         StdString conv_str ;
1950         if (file->convention_str.isEmpty())
1951         {
1952            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
1953            else conv_str="UGRID" ;
1954         }
1955         else conv_str=file->convention_str ;
1956           
1957         try
1958         {
1959           this->writeFileAttributes(filename, description,
1960                                      conv_str,
1961                                      StdString("An IPSL model"),
1962                                      this->getTimeStamp());
1963
1964           if (!appendMode)
1965             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1966         }
1967         catch (CNetCdfException& e)
1968         {
1969           StdString msg("On writing file : ");
1970           msg.append(filename); msg.append("\n");
1971           msg.append("In the context : ");
1972           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1973           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1974           msg.append(e.what());
1975           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1976         }
1977      }
1978
1979      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1980      {
1981        StdString name = var->getVariableOutputName();
1982
1983        try
1984        {
1985          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1986            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1987          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1988            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1989          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1990            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1991          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1992            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1993          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1994            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1995          else
1996            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1997                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1998        }
1999       catch (CNetCdfException& e)
2000       {
2001         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2002         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
2003         msg.append("In the context : ");
2004         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2005         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2006         msg.append(e.what());
2007         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
2008       }
2009     }
2010
2011     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
2012     {
2013        StdString name = var->getVariableOutputName();
2014
2015        try
2016        {
2017          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2018            addAttribute(name, var->getData<int>());
2019          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2020            addAttribute(name, var->getData<short int>());
2021          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2022            addAttribute(name, var->getData<float>());
2023          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2024            addAttribute(name, var->getData<double>());
2025          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2026            addAttribute(name, var->getData<string>());
2027          else
2028            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
2029                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2030        }
2031       catch (CNetCdfException& e)
2032       {
2033         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2034         msg.append(name); msg.append("\n");
2035         msg.append("In the context : ");
2036         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2037         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2038         msg.append(e.what());
2039         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
2040       }
2041     }
2042
2043      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2044      {
2045        try
2046        {
2047          SuperClassWriter::sync() ;
2048        }
2049        catch (CNetCdfException& e)
2050        {
2051         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2052         msg.append("In the context : ");
2053         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2054         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2055         msg.append(e.what());
2056         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2057        }
2058      }
2059
2060      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2061      {
2062        try
2063        {
2064          SuperClassWriter::close() ;
2065        }
2066        catch (CNetCdfException& e)
2067        {
2068         StdString msg("On closing file");
2069         msg.append("In the context : ");
2070         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2071         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2072         msg.append(e.what());
2073         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2074        }
2075
2076      }
2077
2078      //---------------------------------------------------------------
2079
2080      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2081      {
2082         const int buffer_size = 100;
2083         time_t rawtime;
2084         struct tm * timeinfo = NULL;
2085         char buffer [buffer_size];
2086         StdString formatStr;
2087         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
2088         else formatStr=file->time_stamp_format;
2089
2090//         time ( &rawtime );
2091//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2092         time ( &rawtime );
2093         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
2094         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
2095
2096         return (StdString(buffer));
2097      }
2098
2099      //---------------------------------------------------------------
2100
2101      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2102      {
2103        CContext* context = CContext::getCurrent();
2104        CContextServer* server = context->server;
2105        CGrid* grid = field->grid;
2106
2107        if (field->getNStep()<1) 
2108        {
2109          return;
2110        }
2111       
2112        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2113          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
2114          {
2115            return;
2116          }
2117
2118        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2119
2120        StdOStringStream oss;
2121        string timeAxisId;
2122        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2123        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2124
2125        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2126
2127        StdString timeAxisBoundId;
2128        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2129        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2130
2131        if (!field->wasWritten())
2132        {
2133          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2134              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2135          {
2136            double factorUnit;
2137            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2138            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2139            else factorUnit=1 ;
2140            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2141          }
2142
2143          field->setWritten();
2144        }
2145
2146
2147        CArray<double,1> time_data(1);
2148        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2149        CArray<double,1> time_counter(1);
2150        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2151
2152        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2153        bool wtimeCounter =false ;
2154        bool wtimeData =false ;
2155       
2156
2157        if (wtime)
2158        {
2159          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2160          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2161
2162         
2163          if (field->hasTimeInstant)
2164          {
2165            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2166            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2167            if (timeCounterType==instant)
2168            {
2169              time_counter(0) = time_data(0);
2170              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2171              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2172              wtimeCounter=true ;
2173            }
2174            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2175          }
2176          else if (field->hasTimeCentered)
2177          {
2178            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2179            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2180            time_data_bound(1) = lastWrite;
2181            if (timeCounterType==centered)
2182            {
2183              time_counter(0) = time_data(0) ;
2184              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2185              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2186              wtimeCounter=true ;
2187            }
2188            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2189          }
2190
2191          if (timeCounterType==record)
2192          {
2193            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2194            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2195            wtimeCounter=true ;
2196          }
2197
2198          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2199          {
2200            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2201            time_data/=secByDay;
2202            time_data_bound/=secByDay;
2203            time_counter/=secByDay;
2204            time_counter_bound/=secByDay;
2205          }
2206        }
2207
2208         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2209
2210         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2211         {
2212           double scaleFactor = 1.0;
2213           double addOffset = 0.0;
2214           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2215           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2216           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2217         }
2218
2219         try
2220         {
2221           size_t writtenSize;
2222           if (field->getUseCompressedOutput())
2223             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2224           else
2225             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2226
2227           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2228           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2229
2230           if (field->getUseCompressedOutput())
2231             field->outputCompressedField(fieldData);
2232           else
2233             field->outputField(fieldData);
2234
2235           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2236
2237           switch (SuperClass::type)
2238           {
2239              case (MULTI_FILE) :
2240              {
2241                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2242                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2243                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2244                 if (wtime)
2245                 {
2246                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2247                   if ( wtimeData)
2248                   {
2249//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2250//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2251                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2252                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2253                  }
2254                   if (wtimeCounter)
2255                   {
2256//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2257//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2258                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2259                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2260                   }
2261                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2262                 }
2263                 break;
2264              }
2265              case (ONE_FILE) :
2266              {
2267                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2268                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2269                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2270
2271                std::vector<StdSize> start, count;
2272
2273                if (field->getUseCompressedOutput())
2274                {
2275                  if (grid->isCompressible())
2276                  {
2277                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2278                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2279                  }
2280                  else
2281                  {
2282                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2283                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2284                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2285                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2286                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2287                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2288
2289                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2290                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2291
2292
2293                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2294                    {
2295                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2296                      {
2297                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2298
2299                        if (domain->isCompressible())
2300                        {
2301                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2302                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2303                          idx -= 2;
2304                        }
2305                        else
2306                        {
2307                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2308                          {
2309                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2310                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2311                          }
2312                          --idx;
2313                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2314                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2315                          --idx;
2316                        }
2317                        --idxDomain;
2318                      }
2319                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2320                      {
2321                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2322
2323                        if (axis->isCompressible())
2324                        {
2325                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2326                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2327                        }
2328                        else
2329                        {
2330                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2331                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2332                        }
2333
2334                        --idxAxis;
2335                        --idx;
2336                      }
2337                    }
2338                  }
2339                }
2340                else
2341                {
2342                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2343                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2344                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2345                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2346                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2347                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;// nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2348
2349                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2350                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2351
2352                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2353                  {
2354                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2355                    {
2356                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2357                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2358                      {
2359                        start.push_back(domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin);
2360                        count.push_back(domain->zoom_nj);
2361                      }
2362                      --idx ;
2363
2364                        start.push_back(domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin);
2365                        count.push_back(domain->zoom_ni);
2366                      --idx ;
2367                      --idxDomain;
2368                    }
2369                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2370                    {
2371                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2372                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2373                        count.push_back(axis->zoom_n);
2374                      --idx;
2375                      --idxAxis;
2376                    }
2377                    else
2378                    {
2379                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2380                      {
2381                        start.push_back(0);
2382                        count.push_back(1);
2383                      }
2384                      --idx;
2385                    }
2386                  }
2387                }
2388
2389
2390                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2391                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2392                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2393
2394                 if (wtime)
2395                 {
2396                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2397                   if ( wtimeData)
2398                   {
2399//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2400//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2401                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2402                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2403                   }
2404                   if (wtimeCounter)
2405                   {
2406//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2407//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2408                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2409                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2410
2411                   }
2412                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2413                 }
2414
2415                break;
2416              }
2417            }
2418         }
2419         catch (CNetCdfException& e)
2420         {
2421           StdString msg("On writing field data: ");
2422           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2423           msg.append("In the context : ");
2424           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2425           msg.append(e.what());
2426           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2427         }
2428      }
2429
2430      //---------------------------------------------------------------
2431
2432      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2433                  (CField*    field,
2434                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2435      {
2436         StdOStringStream oss;
2437         bool createInstantAxis=false ;
2438         bool createCenteredAxis=false ;
2439         bool createTimeCounterAxis=false ;
2440         
2441         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2442
2443
2444         StdString axisId ;
2445         StdString axisBoundId;
2446         StdString timeid(getTimeCounterName());
2447         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2448
2449         StdString strTimeUnits ;
2450         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2451         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2452 
2453         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2454         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2455
2456
2457         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2458         {
2459           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2460           if (field->hasTimeCentered)
2461           {
2462             timeCounterType=centered ;
2463             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2464           }
2465           if (field->hasTimeInstant)
2466           {
2467             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2468             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2469           }
2470         }
2471         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2472         {
2473           if (field->hasTimeCentered)
2474           {
2475             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2476           }
2477           if (field->hasTimeInstant)
2478           {
2479             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2480             timeCounterType=instant ;
2481             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2482           }
2483         }
2484         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2485         {
2486           if (field->hasTimeCentered)
2487           {
2488             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2489             timeCounterType=centered ;
2490             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2491           }
2492           if (field->hasTimeInstant)
2493           {
2494             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2495           }
2496         }
2497         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2498         {
2499           if (field->hasTimeCentered)
2500           {
2501             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2502           }
2503           if (field->hasTimeInstant)
2504           {
2505             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2506             timeCounterType=instant ;
2507           }
2508         }
2509         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2510         {
2511           if (field->hasTimeCentered)
2512           {
2513             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2514             timeCounterType=centered ;
2515           }
2516           if (field->hasTimeInstant)
2517           {
2518             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2519           }
2520         }
2521         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2522         {
2523           if (field->hasTimeCentered)
2524           {
2525             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2526             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2527             timeCounterType=centered ;
2528           }
2529           if (field->hasTimeInstant)
2530           {
2531             if (timeCounterType==none)
2532             {
2533               createTimeCounterAxis=true ;
2534               timeCounterType=instant ;
2535             }
2536             if (timeCounterType==centered)
2537             {
2538               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2539             }
2540           }
2541         }
2542         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2543         {
2544           if (field->hasTimeCentered)
2545           {
2546             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2547           }
2548           if (field->hasTimeInstant)
2549           {
2550             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2551           }
2552         }
2553         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2554         {
2555           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2556           timeCounterType=record ;
2557           if (field->hasTimeCentered)
2558           {
2559             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2560           }
2561           if (field->hasTimeInstant)
2562           {
2563             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2564           }
2565         }
2566         
2567         if (createInstantAxis)
2568         {
2569           axisId="time_instant" ;
2570           axisBoundId="time_instant_bounds";
2571           hasTimeInstant=true ;
2572         }
2573
2574         if (createCenteredAxis)
2575         {
2576           axisId="time_centered" ;
2577           axisBoundId="time_centered_bounds";
2578           hasTimeCentered=true ;
2579         }
2580
2581         
2582         try
2583         {
2584            std::vector<StdString> dims;
2585           
2586            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2587            {
2588              // Adding time_instant or time_centered
2589              dims.push_back(timeid);
2590              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2591              {
2592                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2593
2594                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2595                StdOStringStream oss2;
2596                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2597                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2598                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2599                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2600             }
2601
2602             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2603             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2604             {
2605                dims.clear() ;
2606                dims.push_back(timeid);
2607                dims.push_back(timeBoundId);
2608                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2609             }
2610           }
2611
2612           if (createTimeCounterAxis)
2613           {
2614             // Adding time_counter
2615             axisId = getTimeCounterName();
2616             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2617             dims.clear();
2618             dims.push_back(timeid);
2619             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2620             {
2621                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2622                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2623
2624                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2625                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2626                {
2627                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2628                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2629
2630                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2631                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2632                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2633                }
2634             }
2635
2636             // Adding time_counter_bound dimension
2637             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2638             {
2639                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2640                {
2641                  dims.clear();
2642                  dims.push_back(timeid);
2643                  dims.push_back(timeBoundId);
2644                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2645                }
2646             }
2647           }
2648         }
2649         catch (CNetCdfException& e)
2650         {
2651           StdString msg("On writing time axis data: ");
2652           msg.append("In the context : ");
2653           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2654           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2655           msg.append(e.what());
2656           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2657                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2658         }
2659      }
2660
2661      //---------------------------------------------------------------
2662
2663      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2664                                                   const StdString & calendar,
2665                                                   const StdString & units,
2666                                                   const StdString & time_origin,
2667                                                   const StdString & time_bounds,
2668                                                   const StdString & standard_name,
2669                                                   const StdString & long_name)
2670      {
2671         try
2672         {
2673           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2674           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2675           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2676           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2677           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2678           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2679         }
2680         catch (CNetCdfException& e)
2681         {
2682           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2683           msg.append("In the context : ");
2684           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2685           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2686           msg.append(e.what());
2687           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2688                                                          const StdString & calendar,\
2689                                                          const StdString & units, \
2690                                                          const StdString & time_origin, \
2691                                                          const StdString & time_bounds, \
2692                                                          const StdString & standard_name, \
2693                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2694         }
2695      }
2696
2697      //---------------------------------------------------------------
2698
2699      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2700                                               const StdString & axis,
2701                                               const StdString & standard_name,
2702                                               const StdString & long_name,
2703                                               const StdString & units,
2704                                               const StdString & nav_model)
2705      {
2706         try
2707         {
2708          if (!axis.empty())
2709            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2710
2711          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2712          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2713          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2714//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2715         }
2716         catch (CNetCdfException& e)
2717         {
2718           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2719           msg.append("In the context : ");
2720           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2721           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2722           msg.append(e.what());
2723           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2724                                                      const StdString & axis, \
2725                                                      const StdString & standard_name, \
2726                                                      const StdString & long_name, \
2727                                                      const StdString & units, \
2728                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2729         }
2730      }
2731
2732      //---------------------------------------------------------------
2733
2734      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2735         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2736      {
2737        try
2738        {
2739         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2740         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2741         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2742         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2743        }
2744        catch (CNetCdfException& e)
2745        {
2746           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2747           msg.append("In the context : ");
2748           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2749           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2750           msg.append(e.what());
2751           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2752                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2753        }
2754
2755      }
2756
2757      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2758                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2759      {
2760         CArray<int,1> array(2) ;
2761
2762         try
2763         {
2764           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2765           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2766           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2767           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2768           array=ni_glo,nj_glo ;
2769           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2770           array=ni,nj ;
2771           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2772           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2773           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2774           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2775           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2776           array=0,0 ;
2777           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2778           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2779           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2780  /*
2781           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2782           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2783           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2784           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2785  */
2786         }
2787         catch (CNetCdfException& e)
2788         {
2789           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2790           msg.append("In the context : ");
2791           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2792           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2793           msg.append(e.what());
2794           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2795                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2796         }
2797      }
2798      //---------------------------------------------------------------
2799
2800      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2801                                                const StdString & description,
2802                                                const StdString & conventions,
2803                                                const StdString & production,
2804                                                const StdString & timeStamp)
2805      {
2806         try
2807         {
2808           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2809           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2810           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2811           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2812           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2813
2814           StdString timeStampStr ;
2815           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
2816           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
2817           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
2818
2819           StdString uuidName ;
2820           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
2821           else uuidName=file->uuid_name ;
2822
2823           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
2824           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
2825         
2826         }
2827         catch (CNetCdfException& e)
2828         {
2829           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2830           msg.append("In the context : ");
2831           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2832           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2833           msg.append(e.what());
2834           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2835                                                const StdString & description, \
2836                                                const StdString & conventions, \
2837                                                const StdString & production, \
2838                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2839         }
2840      }
2841
2842      //---------------------------------------------------------------
2843
2844      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2845                                               int data_dim,
2846                                               int data_ni,
2847                                               int data_nj,
2848                                               int data_ibegin,
2849                                               int data_jbegin)
2850      {
2851         try
2852         {
2853           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2854           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2855           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2856           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2857           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2858         }
2859         catch (CNetCdfException& e)
2860         {
2861           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2862           msg.append("In the context : ");
2863           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2864           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2865           msg.append(e.what());
2866           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2867                                               int data_dim, \
2868                                               int data_ni, \
2869                                               int data_nj, \
2870                                               int data_ibegin, \
2871                                               int data_jbegin)", << msg);
2872         }
2873      }
2874
2875      ///--------------------------------------------------------------
2876
2877      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
2878      {
2879        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2880        if (it == timeToRecordCache.end())
2881        {
2882          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2883          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
2884          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2885
2886          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2887          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
2888         
2889          StdSize record = 0;
2890          double dtime(time);
2891          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
2892          {
2893            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
2894            timeAxisBounds*=factorUnit ;
2895            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
2896            {
2897              record = n + 1;
2898              break;
2899            }
2900          }
2901          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2902        }
2903        return it->second;
2904      }
2905
2906      ///--------------------------------------------------------------
2907
2908      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2909      {
2910        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2911      }
2912
2913      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2914      {
2915        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2916      }
2917
2918      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2919      {
2920        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2921      }
2922
2923      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2924      {
2925        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2926      }
2927
2928      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2929      {
2930        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2931      }
2932
2933      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2934      {
2935        this->writtenDomains.insert(domainName);
2936      }
2937
2938      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2939      {
2940        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2941      }
2942
2943      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2944      {
2945        this->writtenAxis.insert(axisName);
2946      }
2947
2948      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2949      {
2950        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2951      }
2952
2953      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2954      {
2955        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2956      }
2957} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.