source: XIOS/dev/XIOS_DEV_CMIP6/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1266

Last change on this file since 1266 was 1266, checked in by ymipsl, 4 years ago

Add new axis attribute : formula, formula_term, formula_bounds, formula_term_bounds (string). It will be written as metadata in netcdf file.

YM

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 126.1 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13#include "timer.hpp"
14#include "uuid.hpp"
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
24      {
25        SuperClass::type = MULTI_FILE;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39      }
40
41      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
42    { /* Ne rien faire de plus */ }
43
44      ///--------------------------------------------------------------
45
46      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
47      {
48         return (this->filename);
49      }
50
51      //---------------------------------------------------------------
52
53      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
54      {
55        domain->computeWrittenIndex();
56        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
57
58        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
59        {
60          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
61            writeUnstructuredDomain(domain) ;
62          else
63            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
64          return ;
65        }
66
67         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
68         CContextServer* server=context->server ;
69
70         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
71         domain->checkAttributes();
72
73         if (domain->isEmpty())
74           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
75
76         std::vector<StdString> dim0, dim1;
77         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
78         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
79         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
80         else setWrittenDomain(domid);
81       
82         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
83
84
85        StdString dimXid, dimYid ;
86
87        nc_type typePrec ;
88        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
89        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
90        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
91         
92         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
93         switch (domain->type)
94         {
95           case CDomain::type_attr::curvilinear :
96             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
97             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
98             break ;
99           case CDomain::type_attr::rectilinear :
100             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
101             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
102             break;
103         }
104
105         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
106
107         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
108         string areaId = "area" + appendDomid;
109/*
110         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
111                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
112                             : lonid;
113         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
114                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
115                             : latid;
116*/
117
118         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
119         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
120         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
121         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
122         CArray<double,1> writtenArea;
123
124         if (domain->hasLonLat)
125         {
126           writtenLat.resize(nbWritten);
127           writtenLon.resize(nbWritten);
128           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
129           {
130              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
131              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
132           }
133         
134
135           if (domain->hasBounds)
136           {         
137             int nvertex = domain->nvertex, idx;
138             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
139             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
140             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
141             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
142             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
143               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
144               {
145                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
146                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
147               }
148           }
149         }
150
151         if (domain->hasArea)
152         {
153           writtenArea.resize(nbWritten);           
154           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
155           {
156              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
157           }
158         }
159
160         try
161         {
162           switch (SuperClass::type)
163           {
164              case (MULTI_FILE) :
165              {
166  //               if (domain->isEmpty()) return;
167
168                 if (server->intraCommSize > 1)
169                 {
170  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
171  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
172                 }
173
174                 switch (domain->type)
175                 {
176                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
177                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
178                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
179                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
180                     break ;
181                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
182                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
183                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim1.push_back(dimXid);
186                     break;
187                 }
188
189                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
190                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
191
192                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
193                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj);
194
195                 if (domain->hasBounds)
196                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
197
198                 if (server->intraCommSize > 1)
199                 {
200                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin,
201                                              domain->zoom_ni,
202                                              domain->zoom_jbegin,
203                                              domain->zoom_nj,
204                                              appendDomid);
205
206                   if (singleDomain)
207                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
208                                                      domain->zoom_ibegin,
209                                                      domain->zoom_ni,
210                                                      domain->zoom_jbegin,
211                                                      domain->zoom_nj,
212                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
213                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
214                 }
215
216                 if (domain->hasLonLat)
217                 {
218                   switch (domain->type)
219                   {
220                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
221                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
222                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
223                       break ;
224                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
225                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
226                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
227                        break ;
228                   }
229
230                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
231                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
232
233                   if (domain->hasBounds)
234                   {
235                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
236                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
237
238                     dim0.clear();
239                     dim0.push_back(dimYid);
240                     dim0.push_back(dimXid);
241                     dim0.push_back(dimVertId);
242                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
243                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
244                   }
245                 }
246
247                 dim0.clear();
248                 dim0.push_back(dimYid);
249                 dim0.push_back(dimXid);
250
251
252  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
253  // supress mask               {
254  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
255  // supress mask
256  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
257  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
258  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
259  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
260  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
261  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
262  // supress mask               }
263
264                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
265
266                 if (domain->hasArea)
267                 {
268                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
269                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
270                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
271                 }
272
273                 SuperClassWriter::definition_end();
274
275                 if (domain->hasLonLat)
276                 {
277                   switch (domain->type)
278                   {
279                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
280                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
281                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
282                       break;
283                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
284                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni)) ;
285                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
286                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1)) ;
287                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
288                       break;
289                   }
290
291                   if (domain->hasBounds)
292                   {
293                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
294                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
295                   }
296                 }
297
298                 if (domain->hasArea)
299                 {
300                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
301                 }
302
303                 SuperClassWriter::definition_start();
304
305                 break;
306              }
307              case (ONE_FILE) :
308              {
309                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
310                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
311
312                 if (domain->hasBounds)
313                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
314
315                 if (domain->hasLonLat)
316                 {
317                   switch (domain->type)
318                   {
319                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
320                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
321                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
322                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
323                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
324                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
325                       break;
326
327                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
328                       dim0.push_back(dimYid);
329                       dim1.push_back(dimXid);
330                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
331                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
332                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
333                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
334                       break;
335                   }
336
337                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
338                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
339
340                   this->writeAxisAttributes
341                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
342                   this->writeAxisAttributes
343                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
344
345                   if (domain->hasBounds)
346                   {
347                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
348                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
349
350                     dim0.clear();
351                     dim0.push_back(dimYid);
352                     dim0.push_back(dimXid);
353                     dim0.push_back(dimVertId);
354                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
355                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
356                   }
357                 }
358
359                 if (domain->hasArea)
360                 {
361                   dim0.clear();
362                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
363                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
364                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
365                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
366                   dim0.clear();
367                 }
368
369                 SuperClassWriter::definition_end();
370
371                 switch (domain->type)
372                 {
373                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
374                   {
375                     std::vector<StdSize> start(2) ;
376                     std::vector<StdSize> count(2) ;
377                     if (domain->isEmpty())
378                     {
379                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
380                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
381                     }
382                     else
383                     {
384                       start[1]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
385                       start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
386                       count[1]=domain->zoom_ni ; count[0]=domain->zoom_nj ;
387                     }
388
389                     if (domain->hasLonLat)
390                     {
391                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
392                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
393                     }
394                     break;
395                   }
396                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
397                   {
398                     if (domain->hasLonLat)
399                     {
400                       std::vector<StdSize> start(1) ;
401                       std::vector<StdSize> count(1) ;
402                       if (domain->isEmpty())
403                       {
404                         start[0]=0 ;
405                         count[0]=0 ;
406                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
407                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
408                       }
409                       else
410                       { 
411                         start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
412                         count[0]=domain->zoom_nj;                         
413                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
414                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
415
416                         start[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
417                         count[0]=domain->zoom_ni;                         
418                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1));
419                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
420                       }
421                     }
422                     break;
423                   }
424                 }
425
426                 if (domain->hasBounds)
427                 {
428                   std::vector<StdSize> start(3);
429                   std::vector<StdSize> count(3);
430                   if (domain->isEmpty())
431                   {
432                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
433                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
434                   }
435                   else
436                   {
437                     start[2] = 0;
438                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
439                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
440                     count[2] = domain->nvertex;
441                     count[1] = domain->zoom_ni;
442                     count[0] = domain->zoom_nj;
443                   }
444                 
445                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
446                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
447                 }
448
449                 if (domain->hasArea)
450                 {
451                   std::vector<StdSize> start(2);
452                   std::vector<StdSize> count(2);
453
454                   if (domain->isEmpty())
455                   {
456                     start[0] = 0; start[1] = 0;
457                     count[0] = 0; count[1] = 0;
458                   }
459                   else
460                   {
461                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
462                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
463                     count[1] = domain->zoom_ni;
464                     count[0] = domain->zoom_nj;
465                   }
466                   
467                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
468                 }
469
470                 SuperClassWriter::definition_start();
471                 break;
472              }
473              default :
474                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
475                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
476                       << " not implemented yet !");
477           }
478         }
479         catch (CNetCdfException& e)
480         {
481           StdString msg("On writing the domain : ");
482           msg.append(domid); msg.append("\n");
483           msg.append("In the context : ");
484           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
485           msg.append(e.what());
486           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
487         }
488
489         domain->addRelFile(this->filename);
490      }
491
492    //--------------------------------------------------------------
493
494    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
495    {
496      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
497      CContextServer* server=context->server ;
498
499      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
500      domain->checkAttributes();
501      if (domain->isEmpty())
502        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
503
504     nc_type typePrec ;
505     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
506     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
507     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
508
509      std::vector<StdString> dim0;
510      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
511      StdString domainName = domain->name;
512      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
513      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
514
515      StdString node_x = domainName + "_node_x";
516      StdString node_y = domainName + "_node_y";
517
518      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
519      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
520      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
521
522      StdString face_x = domainName + "_face_x";
523      StdString face_y = domainName + "_face_y";
524      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
525      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
526      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
527      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
528
529      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
530      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
531      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
532      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
533      StdString dimTwo = "Two";
534
535      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
536      if (!isWrittenDomain(domid))
537      {
538        dim0.clear();
539        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
540        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
541        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
542        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
543        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
544      }
545
546      try
547      {
548        switch (SuperClass::type)
549        {
550          case (ONE_FILE) :
551          {
552            // Adding nodes
553            if (domain->nvertex == 1)
554            {
555              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
556              {
557                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
558                dim0.clear();
559                dim0.push_back(dimNode);
560                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
561                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
562                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
563                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
564                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
565                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
566                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
567                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
568              }
569            } // domain->nvertex == 1
570
571            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
572            if (domain->nvertex == 2)
573            {
574              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
575              {
576                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
577                dim0.clear();
578                dim0.push_back(dimNode);
579                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
580                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
581                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
582                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
583                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
584                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
585                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
586                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
587              }
588              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
589              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
590              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
591              dim0.clear();
592              dim0.push_back(dimEdge);
593              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
594              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
595              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
596              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
597              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
598              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
599              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
600              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
601              dim0.clear();
602              dim0.push_back(dimEdge);
603              dim0.push_back(dimTwo);
604              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
605              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
606              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
607              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
608            } // domain->nvertex == 2
609
610            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
611            if (domain->nvertex > 2)
612            {
613              // Nodes
614              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
615              {
616                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
617                dim0.clear();
618                dim0.push_back(dimNode);
619                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
620                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
621                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
622                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
623                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
624                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
625                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
626                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
627              }
628              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
629              {
630                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
631                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
632                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
633                dim0.clear();
634                dim0.push_back(dimEdge);
635                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
636                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
637                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
638                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
639                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
640                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
641                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
642                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
643                dim0.clear();
644                dim0.push_back(dimEdge);
645                dim0.push_back(dimTwo);
646                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
647                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
648                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
649                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
650              }
651              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
652              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
653              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
654              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
655              dim0.clear();
656              dim0.push_back(dimFace);
657              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0);
658              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
659              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
660              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
661              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0);
662              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
663              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
664              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
665              dim0.clear();
666              dim0.push_back(dimFace);
667              dim0.push_back(dimVertex);
668              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
669              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
670              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
671              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
672              dim0.clear();
673              dim0.push_back(dimFace);
674              dim0.push_back(dimVertex);
675              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
676              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
677              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
678              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
679              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
680              dim0.clear();
681              dim0.push_back(dimEdge);
682              dim0.push_back(dimTwo);
683              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
684              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
685              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
686              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
687              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
688              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
689              dim0.clear();
690              dim0.push_back(dimFace);
691              dim0.push_back(dimVertex);
692              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
693              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
694              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
695              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
696              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
697              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
698              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
699            } // domain->nvertex > 2
700
701            SuperClassWriter::definition_end();
702
703            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
704            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
705            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
706            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
707            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
708            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
709            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
710            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
711            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
712            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
713            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
714            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
715
716            if (!isWrittenDomain(domid))
717            {
718              if (domain->nvertex == 1)
719              {
720                if (domain->isEmpty())
721                 {
722                   startNodes[0]=0 ;
723                   countNodes[0]=0 ;
724                 }
725                 else
726                 {
727                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
728                   countNodes[0] = domain->zoom_ni ;
729                 }
730
731                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
732                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
733              }
734              else if (domain->nvertex == 2)
735              {
736                if (domain->isEmpty())
737                 {
738                  startEdges[0]=0 ;
739                  countEdges[0]=0 ;
740                  startNodes[0]=0 ;
741                  countNodes[0]=0 ;
742                  startEdgeNodes[0]=0;
743                  startEdgeNodes[1]=0;
744                  countEdgeNodes[0]=0;
745                  countEdgeNodes[1]=0;
746
747                 }
748                 else
749                 {
750                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
751                   countEdges[0] = domain->zoom_ni;
752                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
753                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
754                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
755                   startEdgeNodes[1] = 0;
756                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
757                   countEdgeNodes[1] = 2;
758                 }
759                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
760                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
761                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
762                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
763                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
764              }
765              else
766              {
767                if (domain->isEmpty())
768                 {
769                   startFaces[0] = 0 ;
770                   countFaces[0] = 0 ;
771                   startNodes[0] = 0;
772                   countNodes[0] = 0;
773                   startEdges[0] = 0;
774                   countEdges[0] = 0;
775                   startEdgeFaces[0] = 0;
776                   startEdgeFaces[1] = 0;
777                   countEdgeFaces[0] = 0;
778                   countEdgeFaces[1] = 0;
779                   startFaceConctv[0] = 0;
780                   startFaceConctv[1] = 0;
781                   countFaceConctv[0] = 0;
782                   countFaceConctv[1] = 0;
783                 }
784                 else
785                 {
786                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
787                   countFaces[0] = domain->zoom_ni ;
788                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
789                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
790                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
791                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
792                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
793                   startEdgeNodes[1] = 0;
794                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
795                   countEdgeNodes[1]= 2;
796                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
797                   startEdgeFaces[1]= 0;
798                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
799                   countEdgeFaces[1]= 2;
800                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
801                   startFaceConctv[1] = 0; 
802                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
803                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
804                 }
805                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
806                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
807                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
808                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
809                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
810                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
811                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
812                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
813                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
814                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
815                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
816              }
817              setWrittenDomain(domid);
818            } // !isWrittenDomain
819            else
820            {
821              if (domain->nvertex == 2)
822              {
823                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
824                countEdges[0] = domain->zoom_ni;
825                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
826                startEdgeNodes[1] = 0;
827                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
828                countEdgeNodes[1]= 2;
829                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
830                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
831                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
832              } 
833              if (domain->nvertex > 2)
834              {
835
836                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
837                {
838                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
839                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
840                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
841                  startEdgeNodes[1] = 0;
842                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
843                  countEdgeNodes[1]= 2;
844                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
845                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
846                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
847                }
848                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
849                countFaces[0] = domain->zoom_ni;
850                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
851                startEdgeFaces[1]= 0;
852                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
853                countEdgeFaces[1]= 2;
854                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
855                startFaceConctv[1] = 0;
856                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
857                countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
858                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
859                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
860                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
861                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
862                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
863                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
864              }
865            }// isWrittenDomain
866
867            SuperClassWriter::definition_start();
868
869            break;
870          } // ONE_FILE
871
872          case (MULTI_FILE) :
873          {
874            break;
875          }
876
877          default :
878          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
879          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
880          << " not implemented yet !");
881          } // switch
882        } // try
883
884        catch (CNetCdfException& e)
885        {
886          StdString msg("On writing the domain : ");
887          msg.append(domid); msg.append("\n");
888          msg.append("In the context : ");
889          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
890          msg.append(e.what());
891          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
892        }
893
894  domain->addRelFile(this->filename);
895  }
896
897    //--------------------------------------------------------------
898
899    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
900      {
901         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
902         CContextServer* server=context->server ;
903
904         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
905         domain->checkAttributes();
906
907         if (domain->isEmpty())
908           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
909
910         std::vector<StdString> dim0, dim1;
911         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
912         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
913         else setWrittenDomain(domid);
914
915         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
916
917         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
918         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
919
920         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
921         string areaId = "area" + appendDomid;
922
923         nc_type typePrec ;
924         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
925         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
926         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
927
928         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
929
930         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
931         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
932         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
933         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
934         CArray<double,1> writtenArea;
935
936         if (domain->hasLonLat)
937         {
938           writtenLat.resize(nbWritten);
939           writtenLon.resize(nbWritten);
940           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
941           {
942              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
943              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
944           }
945         
946
947           if (domain->hasBounds)
948           {         
949             int nvertex = domain->nvertex, idx;
950             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
951             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
952             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
953             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
954             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
955               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
956               {
957                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
958                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
959               }
960           }
961         }
962
963         if (domain->hasArea)
964         {
965           writtenArea.resize(nbWritten);           
966           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
967           {
968              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
969           }
970         }
971
972         try
973         {
974           switch (SuperClass::type)
975           {
976              case (MULTI_FILE) :
977              {
978                 dim0.push_back(dimXid);
979                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
980
981                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
982                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
983                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
984                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
985                 if (domain->hasLonLat)
986                 {
987                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
988                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
989                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
990                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
991                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
992                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
993                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
994                 }
995                 dim0.clear();
996                 if (domain->hasBounds)
997                 {
998                   dim0.push_back(dimXid);
999                   dim0.push_back(dimVertId);
1000                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
1001                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
1002                 }
1003
1004                 dim0.clear();
1005                 dim0.push_back(dimXid);
1006                 if (domain->hasArea)
1007                 {
1008                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
1009                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1010                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1011                 }
1012
1013                 SuperClassWriter::definition_end();
1014
1015                 if (domain->hasLonLat)
1016                 {
1017                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1018                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1019                   if (domain->hasBounds)
1020                   {
1021                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1022                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1023                   }
1024                 }
1025
1026                 if (domain->hasArea)
1027                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1028
1029                 SuperClassWriter::definition_start();
1030                 break ;
1031              }
1032
1033              case (ONE_FILE) :
1034              {
1035                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
1036                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
1037                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
1038                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
1039                 dim0.push_back(dimXid);
1040                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1041                 if (domain->hasLonLat)
1042                 {
1043                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
1044                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
1045
1046                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1047                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1048                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1049                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1050                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1051                 }
1052                 dim0.clear();
1053
1054                 if (domain->hasBounds)
1055                 {
1056                   dim0.push_back(dimXid);
1057                   dim0.push_back(dimVertId);
1058                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
1059                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
1060                 }
1061
1062                 if (domain->hasArea)
1063                 {
1064                   dim0.clear();
1065                   dim0.push_back(dimXid);
1066                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
1067                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1068                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1069                 }
1070
1071                 SuperClassWriter::definition_end();
1072
1073                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1074                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1075                 if (domain->isEmpty())
1076                 {
1077                   start[0]=0 ;
1078                   count[0]=0 ;
1079                   startBounds[1]=0 ;
1080                   countBounds[1]=nvertex ;
1081                   startBounds[0]=0 ;
1082                   countBounds[0]=0 ;
1083                 }
1084                 else
1085                 {
1086                   start[0]=domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
1087                   count[0]=domain->zoom_ni;
1088                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
1089                   startBounds[1]=0 ;
1090                   countBounds[0]=domain->zoom_ni;
1091                   countBounds[1]=nvertex ;
1092                 }
1093
1094                 if (domain->hasLonLat)
1095                 {
1096                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1097                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1098                   if (domain->hasBounds)
1099                   {
1100                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1101                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1102                   }
1103                 }
1104
1105                 if (domain->hasArea)
1106                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1107
1108                 SuperClassWriter::definition_start();
1109
1110                 break;
1111              }
1112              default :
1113                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1114                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1115                       << " not implemented yet !");
1116           }
1117         }
1118         catch (CNetCdfException& e)
1119         {
1120           StdString msg("On writing the domain : ");
1121           msg.append(domid); msg.append("\n");
1122           msg.append("In the context : ");
1123           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1124           msg.append(e.what());
1125           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1126         }
1127         domain->addRelFile(this->filename);
1128      }
1129      //--------------------------------------------------------------
1130
1131      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1132      {
1133        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1134        axis->checkAttributes();
1135
1136        axis->computeWrittenIndex();
1137        axis->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
1138       
1139        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n
1140                                                          : axis->global_zoom_n;
1141
1142        int zoom_count = axis->zoom_n;                                                 
1143        int zoom_begin = axis->zoom_begin;
1144        // int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->global_zoom_begin
1145        //                                                   : axis->zoom_begin;
1146
1147        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1148
1149        std::vector<StdString> dims;
1150        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1151        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1152        else setWrittenAxis(axisid);
1153
1154        nc_type typePrec ;
1155        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1156        else if (axis->prec==4)   typePrec =  NC_FLOAT ;
1157        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1158         
1159        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1160        string strId="str_len" ;
1161        try
1162        {
1163          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1164          if (!axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1165          if (axis->hasValue)
1166          {
1167            dims.push_back(axisid);
1168            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1169            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims);
1170
1171            if (!axis->name.isEmpty())
1172              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1173
1174            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1175              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1176
1177            if (!axis->long_name.isEmpty())
1178              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1179
1180            if (!axis->unit.isEmpty())
1181              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1182
1183            if (!axis->positive.isEmpty())
1184            {
1185              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1186              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1187                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1188                                             &axisid);
1189            }
1190
1191            if (!axis->formula.isEmpty())
1192              SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula.getValue(), &axisid);
1193
1194            if (!axis->formula_term.isEmpty())
1195              SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term.getValue(), &axisid);
1196             
1197            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1198            if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1199            {
1200              dims.push_back("axis_nbounds");
1201              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims);
1202              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1203              if (!axis->formula_bounds.isEmpty())
1204                SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula_bounds.getValue(), &axisid);
1205
1206              if (!axis->formula_term_bounds.isEmpty())
1207                SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_bounds.getValue(), &axisid);
1208            }
1209
1210             
1211            SuperClassWriter::definition_end();
1212
1213            CArray<size_t, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1214            int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1215            CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1216            for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1217            CArray<double,2> axis_bounds;
1218            CArray<string,1> axis_label;
1219            if (!axis->label.isEmpty())
1220            {
1221              axis_label.resize(indexToWrite.numElements());
1222              for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_label(i) = axis->label(indexToWrite(i));
1223            }
1224
1225            switch (SuperClass::type)
1226            {
1227              case MULTI_FILE:
1228              {
1229                if (axis->label.isEmpty())
1230                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1231
1232                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1233                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1234
1235                // Need to check after
1236                if (!axis->label.isEmpty()) 
1237                  SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0);
1238 
1239                SuperClassWriter::definition_start();
1240                break;
1241              }
1242              case ONE_FILE:
1243              {
1244                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1245                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1246                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1247                count[0] = countBounds[0] = zoom_count; // zoom_size
1248                startBounds[1] = 0;
1249                countBounds[1] = 2;
1250
1251                if (axis->label.isEmpty())
1252                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1253
1254                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1255                {
1256                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1257                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1258                  {
1259                    axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1260                    axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1261                  }
1262                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1263                }
1264
1265                // Need to check after
1266                if (!axis->label.isEmpty())
1267                {
1268                  std::vector<StdSize> startLabel(2), countLabel(2);
1269                  startLabel[0] = start[0]; startLabel[1] = 0;
1270                  countLabel[0] = count[0]; countLabel[1] = stringArrayLen;
1271                  SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0, &startLabel, &countLabel);
1272                }
1273
1274                SuperClassWriter::definition_start();
1275
1276                break;
1277              }
1278              default :
1279                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1280                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1281                      << " not implemented yet !");
1282            }
1283          }
1284        }
1285        catch (CNetCdfException& e)
1286        {
1287          StdString msg("On writing the axis : ");
1288          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1289          msg.append("In the context : ");
1290          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1291          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1292          msg.append(e.what());
1293          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1294        }
1295        axis->addRelFile(this->filename);
1296     }
1297
1298      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1299      {
1300        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1301        scalar->checkAttributes();
1302        int scalarSize = 1;
1303
1304        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1305        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1306        else setWrittenAxis(scalaId);
1307
1308        nc_type typePrec ;
1309        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1310        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1311        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1312
1313       
1314        try
1315        {
1316          if (!scalar->value.isEmpty())
1317          {
1318//            dims.push_back(scalaId);
1319            std::vector<StdString> dims;
1320            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1321
1322            if (!scalar->name.isEmpty())
1323              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1324
1325            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1326              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1327
1328            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1329              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1330
1331            if (!scalar->unit.isEmpty())
1332              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1333
1334            SuperClassWriter::definition_end();
1335
1336            switch (SuperClass::type)
1337            {
1338              case MULTI_FILE:
1339              {
1340                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1341                scalarValue(0) = scalar->value;
1342                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1343                SuperClassWriter::definition_start();
1344
1345                break;
1346              }
1347              case ONE_FILE:
1348              {
1349                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1350                scalarValue(0) = scalar->value;
1351
1352                std::vector<StdSize> start(1);
1353                std::vector<StdSize> count(1);
1354                start[0] = 0;
1355                count[0] = 1;
1356                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1357                SuperClassWriter::definition_start();
1358
1359                break;
1360              }
1361              default :
1362                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1363                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1364                      << " not implemented yet !");
1365            }
1366          }
1367        }
1368        catch (CNetCdfException& e)
1369        {
1370          StdString msg("On writing the scalar : ");
1371          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1372          msg.append("In the context : ");
1373          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1374          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1375          msg.append(e.what());
1376          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1377        }
1378        scalar->addRelFile(this->filename);
1379     }
1380
1381     //--------------------------------------------------------------
1382
1383     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1384     {
1385       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1386
1387       try
1388       {
1389         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1390         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1391         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1392         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1393         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1394
1395         std::vector<StdString> dims;
1396
1397         if (grid->isCompressible())
1398         {
1399           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1400
1401           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1402           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1403
1404           dims.push_back(varId);
1405           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1406
1407           StdOStringStream compress;
1408           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1409           {
1410             if (2 == axisDomainOrder(i))
1411             {
1412               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1413               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1414               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1415
1416               switch (domain->type)
1417               {
1418                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1419                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1420                   break;
1421                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1422                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1423                   break;
1424                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1425                   compress << "cell" << appendDomId;
1426                   break;
1427               }
1428               ++idxDomain;
1429             }
1430             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1431             {
1432               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1433               compress << axis->getAxisOutputName();
1434               ++idxAxis;
1435             }
1436             else
1437             {
1438               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1439               compress << scalar->getScalarOutputName();
1440               ++idxScalar;
1441             }
1442
1443             if (i != 0) compress << ' ';
1444           }
1445           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);         
1446
1447           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1448           indexes = grid->localIndexToWriteOnServer;
1449
1450           switch (SuperClass::type)
1451           {
1452             case (MULTI_FILE):
1453             {
1454               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1455               break;
1456             }
1457             case (ONE_FILE):
1458             {
1459               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1460                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1461
1462               std::vector<StdSize> start, count;
1463               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1464               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1465
1466               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1467               break;
1468             }
1469           }
1470         }
1471         else
1472         {
1473           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1474           {
1475             StdString varId, compress;
1476             CArray<int, 1> indexes;
1477             bool isDistributed;
1478             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1479             int firstGlobalIndex;
1480
1481             if (2 == axisDomainOrder(i))
1482             {
1483               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1484               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1485
1486               if (!domain->isCompressible()
1487                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1488                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1489                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1490                 continue;
1491
1492               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1493
1494               varId = domId + "_points";
1495               switch (domain->type)
1496               {
1497                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1498                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1499                   break;
1500                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1501                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1502                   break;
1503               }
1504
1505               // indexes.resize(domain->compressedIndexToWriteOnServer[comm_file].numElements());
1506               // indexes = domain->compressedIndexToWriteOnServer[com_file];
1507               indexes.resize(domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1508               indexes = domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1509
1510               isDistributed = domain->isDistributed();
1511               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1512               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1513               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1514               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1515
1516               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1517               setWrittenCompressedDomain(domId);
1518               ++idxDomain;
1519             }
1520             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1521             {
1522               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1523               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1524
1525               if (!axis->isCompressible()
1526                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1527                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1528                 continue;
1529
1530               varId = axisId + "_points";
1531               compress = axisId;
1532
1533               // indexes.resize(axis->compressedIndexToWriteOnServer.numElements());
1534               // indexes = axis->compressedIndexToWriteOnServer;
1535
1536               indexes.resize(axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1537               indexes = axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1538
1539               isDistributed = axis->isDistributed();
1540               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1541               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1542               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1543               firstGlobalIndex = axis->begin;
1544
1545               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1546               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1547               ++idxAxis;
1548             }
1549             else
1550             {
1551             }
1552
1553             if (!varId.empty())
1554             {
1555               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1556
1557               dims.clear();
1558               dims.push_back(varId);
1559               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1560
1561               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1562
1563               switch (SuperClass::type)
1564               {
1565                 case (MULTI_FILE):
1566                 {
1567                   indexes -= firstGlobalIndex;
1568                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1569                   break;
1570                 }
1571                 case (ONE_FILE):
1572                 {
1573                   std::vector<StdSize> start, count;
1574                   start.push_back(offset);
1575                   count.push_back(nbIndexes);
1576
1577                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1578                   break;
1579                 }
1580               }
1581             }
1582            }
1583         }
1584
1585         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1586       }
1587       catch (CNetCdfException& e)
1588       {
1589         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1590         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1591         msg.append("In the context : ");
1592         CContext* context = CContext::getCurrent();
1593         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1594         msg.append(e.what());
1595         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1596       }
1597     }
1598
1599     //--------------------------------------------------------------
1600
1601     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1602     {
1603       try
1604       {
1605        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1606       }
1607       catch (CNetCdfException& e)
1608       {
1609         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1610         msg.append("In the context : ");
1611         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1612         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1613         msg.append(e.what());
1614         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1615       }
1616     }
1617
1618      //--------------------------------------------------------------
1619
1620      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1621      {
1622        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1623        CContextServer* server=context->server ;
1624
1625        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1626        CGrid* grid = field->grid;
1627        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1628          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1629
1630        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1631        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1632        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1633        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1634        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1635
1636        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1637        StdString dimXid,dimYid;
1638        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1639        bool hasArea = false;
1640        StdString cellMeasures = "area:";
1641        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1642
1643        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1644        {
1645          if (2 == axisDomainOrder(i))
1646          {
1647            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1648            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1649            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1650
1651            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1652            {
1653              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1654              field->setUseCompressedOutput();
1655            }
1656
1657            switch (domain->type)
1658            {
1659              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1660                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1661                {
1662                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1663                  dimIdList.push_back(dimXid);
1664                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1665                  dimIdList.push_back(dimYid);
1666                }
1667                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1668                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1669              break ;
1670              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1671                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1672                {
1673                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1674                  dimIdList.push_back(dimXid);
1675                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1676                  dimIdList.push_back(dimYid);
1677                }
1678              break ;
1679              case CDomain::type_attr::unstructured:
1680              {
1681                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1682                {
1683                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1684                  dimIdList.push_back(dimXid);
1685                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1686                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1687                }
1688                else
1689                {
1690                  StdString domainName = domain->name;
1691                  if (domain->nvertex == 1)
1692                  {
1693                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1694                    dimIdList.push_back(dimXid);
1695                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1696                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1697                  }
1698                  else if (domain->nvertex == 2)
1699                  {
1700                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1701                    dimIdList.push_back(dimXid);
1702                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1703                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1704                  }
1705                  else
1706                  {
1707                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1708                    dimIdList.push_back(dimXid);
1709                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1710                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1711                  }
1712                }  // ugrid convention
1713              }  // case unstructured domain
1714            }
1715
1716            if (domain->hasArea)
1717            {
1718              hasArea = true;
1719              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1720            }
1721            ++idxDomain;
1722          }
1723          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1724          {
1725            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1726            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1727
1728            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1729            {
1730              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1731              field->setUseCompressedOutput();
1732            }
1733            else
1734              dimIdList.push_back(axisId);
1735
1736            dimCoordList.push_back(axisId);
1737            ++idxAxis;
1738          }
1739          else // scalar
1740          {
1741             /* Do nothing here */
1742          }
1743        }
1744
1745        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1746
1747        nc_type type ;
1748        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1749        else
1750        {
1751          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1752          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1753          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1754        }
1755
1756        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1757
1758        if (wtime)
1759        {
1760          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1761          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
1762          dims.push_back(timeid);
1763        }
1764
1765        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1766        {
1767          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1768          field->setUseCompressedOutput();
1769        }
1770        else
1771        {
1772          while (!dimIdList.empty())
1773          {
1774            dims.push_back(dimIdList.back());
1775            dimIdList.pop_back();
1776          }
1777        }
1778
1779        while (!dimCoordList.empty())
1780        {
1781          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1782          dimCoordList.pop_back();
1783        }
1784
1785        try
1786        {
1787           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1788
1789           if (!field->standard_name.isEmpty())
1790              SuperClassWriter::addAttribute
1791                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1792
1793           if (!field->long_name.isEmpty())
1794              SuperClassWriter::addAttribute
1795                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1796
1797           if (!field->unit.isEmpty())
1798              SuperClassWriter::addAttribute
1799                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1800
1801           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1802           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1803           {
1804            if (!domainList.empty())
1805            {
1806              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1807              StdString mesh = domain->name;
1808              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1809              StdString location;
1810              if (domain->nvertex == 1)
1811                location = "node";
1812              else if (domain->nvertex == 2)
1813                location = "edge";
1814              else if (domain->nvertex > 2)
1815                location = "face";
1816              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1817            }
1818
1819           }
1820
1821           if (!field->valid_min.isEmpty())
1822              SuperClassWriter::addAttribute
1823                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1824
1825           if (!field->valid_max.isEmpty())
1826              SuperClassWriter::addAttribute
1827                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1828
1829            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1830              SuperClassWriter::addAttribute
1831                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1832
1833             if (!field->add_offset.isEmpty())
1834              SuperClassWriter::addAttribute
1835                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1836
1837           SuperClassWriter::addAttribute
1838                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1839
1840          // write child variables as attributes
1841
1842
1843           bool alreadyAddCellMethod = false;
1844           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1845           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1846           {
1847              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1848              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1849                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1850              {
1851                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1852                alreadyAddCellMethod = true;
1853              }
1854              else
1855              {
1856                switch (field->cell_methods_mode)
1857                {
1858                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1859                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1860                    cellMethodsPrefix += " ";
1861                    break;
1862                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1863                    cellMethodsSuffix = " ";
1864                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1865                    break;
1866                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1867                    break;
1868                  default:
1869                    break;
1870                }
1871              }
1872           }
1873
1874
1875           if (wtime)
1876           {
1877              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1878              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1879              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1880              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1881
1882              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1883              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1884              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1885
1886              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1887              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1888              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1889              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1890              else cellMethods += field->operation;
1891              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1892                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1893              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1894              if (!alreadyAddCellMethod)
1895                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1896           }
1897
1898           if (hasArea)
1899             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1900
1901           if (!field->default_value.isEmpty())
1902           {
1903              double default_value = field->default_value.getValue();
1904              float fdefault_value = (float)default_value;
1905              if (type == NC_DOUBLE)
1906                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1907              else
1908                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1909           }
1910           else
1911              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1912
1913            if (field->compression_level.isEmpty())
1914              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1915            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1916
1917           {  // Ecriture des coordonnes
1918
1919              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1920              std::vector<StdString>::iterator
1921                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1922
1923              for (; itc!= endc; itc++)
1924              {
1925                 StdString & coord = *itc;
1926                 if (itc+1 != endc)
1927                       coordstr.append(coord).append(" ");
1928                 else  coordstr.append(coord);
1929              }
1930
1931              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1932
1933           }
1934
1935           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1936           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1937
1938         }
1939         catch (CNetCdfException& e)
1940         {
1941           StdString msg("On writing field : ");
1942           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1943           msg.append("In the context : ");
1944           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1945           msg.append(e.what());
1946           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1947         }
1948      } // writeField_()
1949
1950      //--------------------------------------------------------------
1951
1952      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1953      {
1954         StdString filename = file->getFileOutputName();
1955         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1956                               ? file->description.getValue()
1957                               : StdString("Created by xios");
1958
1959         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1960
1961         StdString conv_str ;
1962         if (file->convention_str.isEmpty())
1963         {
1964            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
1965            else conv_str="UGRID" ;
1966         }
1967         else conv_str=file->convention_str ;
1968           
1969         try
1970         {
1971           this->writeFileAttributes(filename, description,
1972                                      conv_str,
1973                                      StdString("An IPSL model"),
1974                                      this->getTimeStamp());
1975
1976           if (!appendMode)
1977             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1978         }
1979         catch (CNetCdfException& e)
1980         {
1981           StdString msg("On writing file : ");
1982           msg.append(filename); msg.append("\n");
1983           msg.append("In the context : ");
1984           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1985           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1986           msg.append(e.what());
1987           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1988         }
1989      }
1990
1991      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1992      {
1993        StdString name = var->getVariableOutputName();
1994
1995        try
1996        {
1997          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1998            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1999          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2000            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
2001          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2002            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
2003          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2004            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
2005          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2006            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
2007          else
2008            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
2009                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2010        }
2011       catch (CNetCdfException& e)
2012       {
2013         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2014         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
2015         msg.append("In the context : ");
2016         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2017         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2018         msg.append(e.what());
2019         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
2020       }
2021     }
2022
2023     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
2024     {
2025        StdString name = var->getVariableOutputName();
2026
2027        try
2028        {
2029          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2030            addAttribute(name, var->getData<int>());
2031          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2032            addAttribute(name, var->getData<short int>());
2033          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2034            addAttribute(name, var->getData<float>());
2035          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2036            addAttribute(name, var->getData<double>());
2037          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2038            addAttribute(name, var->getData<string>());
2039          else
2040            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
2041                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2042        }
2043       catch (CNetCdfException& e)
2044       {
2045         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2046         msg.append(name); msg.append("\n");
2047         msg.append("In the context : ");
2048         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2049         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2050         msg.append(e.what());
2051         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
2052       }
2053     }
2054
2055      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2056      {
2057        try
2058        {
2059          SuperClassWriter::sync() ;
2060        }
2061        catch (CNetCdfException& e)
2062        {
2063         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2064         msg.append("In the context : ");
2065         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2066         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2067         msg.append(e.what());
2068         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2069        }
2070      }
2071
2072      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2073      {
2074        try
2075        {
2076          SuperClassWriter::close() ;
2077        }
2078        catch (CNetCdfException& e)
2079        {
2080         StdString msg("On closing file");
2081         msg.append("In the context : ");
2082         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2083         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2084         msg.append(e.what());
2085         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2086        }
2087
2088      }
2089
2090      //---------------------------------------------------------------
2091
2092      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2093      {
2094         const int buffer_size = 100;
2095         time_t rawtime;
2096         struct tm * timeinfo = NULL;
2097         char buffer [buffer_size];
2098         StdString formatStr;
2099         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
2100         else formatStr=file->time_stamp_format;
2101
2102//         time ( &rawtime );
2103//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2104         time ( &rawtime );
2105         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
2106         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
2107
2108         return (StdString(buffer));
2109      }
2110
2111      //---------------------------------------------------------------
2112
2113      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2114      {
2115        CContext* context = CContext::getCurrent();
2116        CContextServer* server = context->server;
2117        CGrid* grid = field->grid;
2118
2119        if (field->getNStep()<1) 
2120        {
2121          return;
2122        }
2123       
2124        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2125          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
2126          {
2127            return;
2128          }
2129
2130        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2131
2132        StdOStringStream oss;
2133        string timeAxisId;
2134        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2135        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2136
2137        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2138
2139        StdString timeAxisBoundId;
2140        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2141        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2142
2143        if (!field->wasWritten())
2144        {
2145          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2146              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2147          {
2148            double factorUnit;
2149            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2150            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2151            else factorUnit=1 ;
2152            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2153          }
2154
2155          field->setWritten();
2156        }
2157
2158
2159        CArray<double,1> time_data(1);
2160        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2161        CArray<double,1> time_counter(1);
2162        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2163
2164        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2165        bool wtimeCounter =false ;
2166        bool wtimeData =false ;
2167       
2168
2169        if (wtime)
2170        {
2171          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2172          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2173
2174         
2175          if (field->hasTimeInstant)
2176          {
2177            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2178            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2179            if (timeCounterType==instant)
2180            {
2181              time_counter(0) = time_data(0);
2182              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2183              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2184              wtimeCounter=true ;
2185            }
2186            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2187          }
2188          else if (field->hasTimeCentered)
2189          {
2190            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2191            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2192            time_data_bound(1) = lastWrite;
2193            if (timeCounterType==centered)
2194            {
2195              time_counter(0) = time_data(0) ;
2196              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2197              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2198              wtimeCounter=true ;
2199            }
2200            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2201          }
2202
2203          if (timeCounterType==record)
2204          {
2205            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2206            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2207            wtimeCounter=true ;
2208          }
2209
2210          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2211          {
2212            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2213            time_data/=secByDay;
2214            time_data_bound/=secByDay;
2215            time_counter/=secByDay;
2216            time_counter_bound/=secByDay;
2217          }
2218        }
2219
2220         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2221
2222         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2223         {
2224           double scaleFactor = 1.0;
2225           double addOffset = 0.0;
2226           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2227           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2228           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2229         }
2230
2231         try
2232         {
2233           size_t writtenSize;
2234           if (field->getUseCompressedOutput())
2235             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2236           else
2237             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2238
2239           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2240           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2241
2242           if (field->getUseCompressedOutput())
2243             field->outputCompressedField(fieldData);
2244           else
2245             field->outputField(fieldData);
2246
2247           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2248
2249           switch (SuperClass::type)
2250           {
2251              case (MULTI_FILE) :
2252              {
2253                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2254                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2255                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2256                 if (wtime)
2257                 {
2258                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2259                   if ( wtimeData)
2260                   {
2261//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2262//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2263                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2264                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2265                  }
2266                   if (wtimeCounter)
2267                   {
2268//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2269//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2270                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2271                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2272                   }
2273                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2274                 }
2275                 break;
2276              }
2277              case (ONE_FILE) :
2278              {
2279                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2280                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2281                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2282
2283                std::vector<StdSize> start, count;
2284
2285                if (field->getUseCompressedOutput())
2286                {
2287                  if (grid->isCompressible())
2288                  {
2289                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2290                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2291                  }
2292                  else
2293                  {
2294                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2295                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2296                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2297                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2298                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2299                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2300
2301                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2302                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2303
2304
2305                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2306                    {
2307                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2308                      {
2309                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2310
2311                        if (domain->isCompressible())
2312                        {
2313                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2314                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2315                          idx -= 2;
2316                        }
2317                        else
2318                        {
2319                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2320                          {
2321                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2322                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2323                          }
2324                          --idx;
2325                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2326                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2327                          --idx;
2328                        }
2329                        --idxDomain;
2330                      }
2331                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2332                      {
2333                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2334
2335                        if (axis->isCompressible())
2336                        {
2337                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2338                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2339                        }
2340                        else
2341                        {
2342                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2343                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2344                        }
2345
2346                        --idxAxis;
2347                        --idx;
2348                      }
2349                    }
2350                  }
2351                }
2352                else
2353                {
2354                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2355                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2356                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2357                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2358                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2359                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;// nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2360
2361                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2362                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2363
2364                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2365                  {
2366                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2367                    {
2368                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2369                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2370                      {
2371                        start.push_back(domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin);
2372                        count.push_back(domain->zoom_nj);
2373                      }
2374                      --idx ;
2375
2376                        start.push_back(domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin);
2377                        count.push_back(domain->zoom_ni);
2378                      --idx ;
2379                      --idxDomain;
2380                    }
2381                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2382                    {
2383                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2384                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2385                        count.push_back(axis->zoom_n);
2386                      --idx;
2387                      --idxAxis;
2388                    }
2389                    else
2390                    {
2391                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2392                      {
2393                        start.push_back(0);
2394                        count.push_back(1);
2395                      }
2396                      --idx;
2397                    }
2398                  }
2399                }
2400
2401
2402                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2403                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2404                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2405
2406                 if (wtime)
2407                 {
2408                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2409                   if ( wtimeData)
2410                   {
2411//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2412//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2413                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2414                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2415                   }
2416                   if (wtimeCounter)
2417                   {
2418//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2419//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2420                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2421                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2422
2423                   }
2424                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2425                 }
2426
2427                break;
2428              }
2429            }
2430         }
2431         catch (CNetCdfException& e)
2432         {
2433           StdString msg("On writing field data: ");
2434           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2435           msg.append("In the context : ");
2436           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2437           msg.append(e.what());
2438           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2439         }
2440      }
2441
2442      //---------------------------------------------------------------
2443
2444      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2445                  (CField*    field,
2446                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2447      {
2448         StdOStringStream oss;
2449         bool createInstantAxis=false ;
2450         bool createCenteredAxis=false ;
2451         bool createTimeCounterAxis=false ;
2452         
2453         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2454
2455
2456         StdString axisId ;
2457         StdString axisBoundId;
2458         StdString timeid(getTimeCounterName());
2459         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2460
2461         StdString strTimeUnits ;
2462         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2463         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2464 
2465         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2466         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2467
2468
2469         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2470         {
2471           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2472           if (field->hasTimeCentered)
2473           {
2474             timeCounterType=centered ;
2475             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2476           }
2477           if (field->hasTimeInstant)
2478           {
2479             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2480             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2481           }
2482         }
2483         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2484         {
2485           if (field->hasTimeCentered)
2486           {
2487             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2488           }
2489           if (field->hasTimeInstant)
2490           {
2491             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2492             timeCounterType=instant ;
2493             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2494           }
2495         }
2496         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2497         {
2498           if (field->hasTimeCentered)
2499           {
2500             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2501             timeCounterType=centered ;
2502             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2503           }
2504           if (field->hasTimeInstant)
2505           {
2506             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2507           }
2508         }
2509         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2510         {
2511           if (field->hasTimeCentered)
2512           {
2513             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2514           }
2515           if (field->hasTimeInstant)
2516           {
2517             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2518             timeCounterType=instant ;
2519           }
2520         }
2521         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2522         {
2523           if (field->hasTimeCentered)
2524           {
2525             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2526             timeCounterType=centered ;
2527           }
2528           if (field->hasTimeInstant)
2529           {
2530             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2531           }
2532         }
2533         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2534         {
2535           if (field->hasTimeCentered)
2536           {
2537             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2538             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2539             timeCounterType=centered ;
2540           }
2541           if (field->hasTimeInstant)
2542           {
2543             if (timeCounterType==none)
2544             {
2545               createTimeCounterAxis=true ;
2546               timeCounterType=instant ;
2547             }
2548             if (timeCounterType==centered)
2549             {
2550               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2551             }
2552           }
2553         }
2554         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2555         {
2556           if (field->hasTimeCentered)
2557           {
2558             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2559           }
2560           if (field->hasTimeInstant)
2561           {
2562             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2563           }
2564         }
2565         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2566         {
2567           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2568           timeCounterType=record ;
2569           if (field->hasTimeCentered)
2570           {
2571             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2572           }
2573           if (field->hasTimeInstant)
2574           {
2575             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2576           }
2577         }
2578         
2579         if (createInstantAxis)
2580         {
2581           axisId="time_instant" ;
2582           axisBoundId="time_instant_bounds";
2583           hasTimeInstant=true ;
2584         }
2585
2586         if (createCenteredAxis)
2587         {
2588           axisId="time_centered" ;
2589           axisBoundId="time_centered_bounds";
2590           hasTimeCentered=true ;
2591         }
2592
2593         
2594         try
2595         {
2596            std::vector<StdString> dims;
2597           
2598            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2599            {
2600              // Adding time_instant or time_centered
2601              dims.push_back(timeid);
2602              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2603              {
2604                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2605
2606                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2607                StdOStringStream oss2;
2608                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2609                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2610                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2611                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2612             }
2613
2614             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2615             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2616             {
2617                dims.clear() ;
2618                dims.push_back(timeid);
2619                dims.push_back(timeBoundId);
2620                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2621             }
2622           }
2623
2624           if (createTimeCounterAxis)
2625           {
2626             // Adding time_counter
2627             axisId = getTimeCounterName();
2628             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2629             dims.clear();
2630             dims.push_back(timeid);
2631             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2632             {
2633                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2634                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2635
2636                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2637                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2638                {
2639                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2640                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2641
2642                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2643                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2644                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2645                }
2646             }
2647
2648             // Adding time_counter_bound dimension
2649             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2650             {
2651                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2652                {
2653                  dims.clear();
2654                  dims.push_back(timeid);
2655                  dims.push_back(timeBoundId);
2656                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2657                }
2658             }
2659           }
2660         }
2661         catch (CNetCdfException& e)
2662         {
2663           StdString msg("On writing time axis data: ");
2664           msg.append("In the context : ");
2665           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2666           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2667           msg.append(e.what());
2668           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2669                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2670         }
2671      }
2672
2673      //---------------------------------------------------------------
2674
2675      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2676                                                   const StdString & calendar,
2677                                                   const StdString & units,
2678                                                   const StdString & time_origin,
2679                                                   const StdString & time_bounds,
2680                                                   const StdString & standard_name,
2681                                                   const StdString & long_name)
2682      {
2683         try
2684         {
2685           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2686           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2687           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2688           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2689           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2690           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2691         }
2692         catch (CNetCdfException& e)
2693         {
2694           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2695           msg.append("In the context : ");
2696           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2697           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2698           msg.append(e.what());
2699           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2700                                                          const StdString & calendar,\
2701                                                          const StdString & units, \
2702                                                          const StdString & time_origin, \
2703                                                          const StdString & time_bounds, \
2704                                                          const StdString & standard_name, \
2705                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2706         }
2707      }
2708
2709      //---------------------------------------------------------------
2710
2711      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2712                                               const StdString & axis,
2713                                               const StdString & standard_name,
2714                                               const StdString & long_name,
2715                                               const StdString & units,
2716                                               const StdString & nav_model)
2717      {
2718         try
2719         {
2720          if (!axis.empty())
2721            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2722
2723          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2724          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2725          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2726//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2727         }
2728         catch (CNetCdfException& e)
2729         {
2730           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2731           msg.append("In the context : ");
2732           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2733           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2734           msg.append(e.what());
2735           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2736                                                      const StdString & axis, \
2737                                                      const StdString & standard_name, \
2738                                                      const StdString & long_name, \
2739                                                      const StdString & units, \
2740                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2741         }
2742      }
2743
2744      //---------------------------------------------------------------
2745
2746      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2747         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2748      {
2749        try
2750        {
2751         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2752         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2753         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2754         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2755        }
2756        catch (CNetCdfException& e)
2757        {
2758           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2759           msg.append("In the context : ");
2760           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2761           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2762           msg.append(e.what());
2763           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2764                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2765        }
2766
2767      }
2768
2769      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2770                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2771      {
2772         CArray<int,1> array(2) ;
2773
2774         try
2775         {
2776           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2777           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2778           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2779           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2780           array=ni_glo,nj_glo ;
2781           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2782           array=ni,nj ;
2783           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2784           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2785           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2786           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2787           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2788           array=0,0 ;
2789           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2790           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2791           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2792  /*
2793           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2794           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2795           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2796           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2797  */
2798         }
2799         catch (CNetCdfException& e)
2800         {
2801           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2802           msg.append("In the context : ");
2803           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2804           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2805           msg.append(e.what());
2806           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2807                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2808         }
2809      }
2810      //---------------------------------------------------------------
2811
2812      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2813                                                const StdString & description,
2814                                                const StdString & conventions,
2815                                                const StdString & production,
2816                                                const StdString & timeStamp)
2817      {
2818         try
2819         {
2820           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2821           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2822           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2823           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2824           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2825
2826           StdString timeStampStr ;
2827           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
2828           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
2829           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
2830
2831           StdString uuidName ;
2832           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
2833           else uuidName=file->uuid_name ;
2834
2835           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
2836           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
2837         
2838         }
2839         catch (CNetCdfException& e)
2840         {
2841           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2842           msg.append("In the context : ");
2843           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2844           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2845           msg.append(e.what());
2846           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2847                                                const StdString & description, \
2848                                                const StdString & conventions, \
2849                                                const StdString & production, \
2850                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2851         }
2852      }
2853
2854      //---------------------------------------------------------------
2855
2856      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2857                                               int data_dim,
2858                                               int data_ni,
2859                                               int data_nj,
2860                                               int data_ibegin,
2861                                               int data_jbegin)
2862      {
2863         try
2864         {
2865           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2866           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2867           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2868           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2869           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2870         }
2871         catch (CNetCdfException& e)
2872         {
2873           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2874           msg.append("In the context : ");
2875           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2876           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2877           msg.append(e.what());
2878           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2879                                               int data_dim, \
2880                                               int data_ni, \
2881                                               int data_nj, \
2882                                               int data_ibegin, \
2883                                               int data_jbegin)", << msg);
2884         }
2885      }
2886
2887      ///--------------------------------------------------------------
2888
2889      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
2890      {
2891        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2892        if (it == timeToRecordCache.end())
2893        {
2894          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2895          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
2896          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2897
2898          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2899          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
2900         
2901          StdSize record = 0;
2902          double dtime(time);
2903          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
2904          {
2905            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
2906            timeAxisBounds*=factorUnit ;
2907            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
2908            {
2909              record = n + 1;
2910              break;
2911            }
2912          }
2913          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2914        }
2915        return it->second;
2916      }
2917
2918      ///--------------------------------------------------------------
2919
2920      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2921      {
2922        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2923      }
2924
2925      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2926      {
2927        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2928      }
2929
2930      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2931      {
2932        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2933      }
2934
2935      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2936      {
2937        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2938      }
2939
2940      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2941      {
2942        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2943      }
2944
2945      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2946      {
2947        this->writtenDomains.insert(domainName);
2948      }
2949
2950      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2951      {
2952        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2953      }
2954
2955      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2956      {
2957        this->writtenAxis.insert(axisName);
2958      }
2959
2960      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2961      {
2962        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2963      }
2964
2965      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2966      {
2967        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2968      }
2969} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.