source: XIOS/dev/XIOS_DEV_CMIP6/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1288

Last change on this file since 1288 was 1288, checked in by ymipsl, 5 years ago

Fix and enhancement when writing axis bounds in output file.

YM

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 126.4 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13#include "timer.hpp"
14#include "uuid.hpp"
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
24      {
25        SuperClass::type = MULTI_FILE;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39      }
40
41      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
42    { /* Ne rien faire de plus */ }
43
44      ///--------------------------------------------------------------
45
46      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
47      {
48         return (this->filename);
49      }
50
51      //---------------------------------------------------------------
52
53      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
54      {
55        domain->computeWrittenIndex();
56        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
57
58        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
59        {
60          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
61            writeUnstructuredDomain(domain) ;
62          else
63            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
64          return ;
65        }
66
67         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
68         CContextServer* server=context->server ;
69
70         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
71         domain->checkAttributes();
72
73         if (domain->isEmpty())
74           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
75
76         std::vector<StdString> dim0, dim1;
77         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
78         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
79         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
80         else setWrittenDomain(domid);
81       
82         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
83
84
85        StdString dimXid, dimYid ;
86
87        nc_type typePrec ;
88        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
89        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
90        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
91         
92         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
93         switch (domain->type)
94         {
95           case CDomain::type_attr::curvilinear :
96             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
97             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
98             break ;
99           case CDomain::type_attr::rectilinear :
100             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
101             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
102             break;
103         }
104
105         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
106
107         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
108         string areaId = "area" + appendDomid;
109/*
110         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
111                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
112                             : lonid;
113         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
114                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
115                             : latid;
116*/
117
118         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
119         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
120         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
121         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
122         CArray<double,1> writtenArea;
123
124         if (domain->hasLonLat)
125         {
126           writtenLat.resize(nbWritten);
127           writtenLon.resize(nbWritten);
128           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
129           {
130              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
131              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
132           }
133         
134
135           if (domain->hasBounds)
136           {         
137             int nvertex = domain->nvertex, idx;
138             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
139             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
140             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
141             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
142             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
143               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
144               {
145                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
146                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
147               }
148           }
149         }
150
151         if (domain->hasArea)
152         {
153           writtenArea.resize(nbWritten);           
154           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
155           {
156              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
157           }
158         }
159
160         try
161         {
162           switch (SuperClass::type)
163           {
164              case (MULTI_FILE) :
165              {
166  //               if (domain->isEmpty()) return;
167
168                 if (server->intraCommSize > 1)
169                 {
170  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
171  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
172                 }
173
174                 switch (domain->type)
175                 {
176                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
177                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
178                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
179                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
180                     break ;
181                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
182                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
183                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim1.push_back(dimXid);
186                     break;
187                 }
188
189                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
190                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
191
192                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
193                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj);
194
195                 if (domain->hasBounds)
196                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
197
198                 if (server->intraCommSize > 1)
199                 {
200                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin,
201                                              domain->zoom_ni,
202                                              domain->zoom_jbegin,
203                                              domain->zoom_nj,
204                                              appendDomid);
205
206                   if (singleDomain)
207                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
208                                                      domain->zoom_ibegin,
209                                                      domain->zoom_ni,
210                                                      domain->zoom_jbegin,
211                                                      domain->zoom_nj,
212                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
213                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
214                 }
215
216                 if (domain->hasLonLat)
217                 {
218                   switch (domain->type)
219                   {
220                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
221                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
222                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
223                       break ;
224                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
225                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
226                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
227                        break ;
228                   }
229
230                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
231                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
232
233                   if (domain->hasBounds)
234                   {
235                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
236                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
237
238                     dim0.clear();
239                     dim0.push_back(dimYid);
240                     dim0.push_back(dimXid);
241                     dim0.push_back(dimVertId);
242                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
243                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
244                   }
245                 }
246
247                 dim0.clear();
248                 dim0.push_back(dimYid);
249                 dim0.push_back(dimXid);
250
251
252  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
253  // supress mask               {
254  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
255  // supress mask
256  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
257  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
258  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
259  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
260  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
261  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
262  // supress mask               }
263
264                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
265
266                 if (domain->hasArea)
267                 {
268                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
269                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
270                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
271                 }
272
273                 SuperClassWriter::definition_end();
274
275                 if (domain->hasLonLat)
276                 {
277                   switch (domain->type)
278                   {
279                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
280                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
281                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
282                       break;
283                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
284                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni)) ;
285                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
286                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1)) ;
287                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
288                       break;
289                   }
290
291                   if (domain->hasBounds)
292                   {
293                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
294                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
295                   }
296                 }
297
298                 if (domain->hasArea)
299                 {
300                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
301                 }
302
303                 SuperClassWriter::definition_start();
304
305                 break;
306              }
307              case (ONE_FILE) :
308              {
309                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
310                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
311
312                 if (domain->hasBounds)
313                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
314
315                 if (domain->hasLonLat)
316                 {
317                   switch (domain->type)
318                   {
319                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
320                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
321                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
322                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
323                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
324                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
325                       break;
326
327                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
328                       dim0.push_back(dimYid);
329                       dim1.push_back(dimXid);
330                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
331                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
332                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
333                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
334                       break;
335                   }
336
337                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
338                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
339
340                   this->writeAxisAttributes
341                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
342                   this->writeAxisAttributes
343                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
344
345                   if (domain->hasBounds)
346                   {
347                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
348                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
349
350                     dim0.clear();
351                     dim0.push_back(dimYid);
352                     dim0.push_back(dimXid);
353                     dim0.push_back(dimVertId);
354                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
355                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
356                   }
357                 }
358
359                 if (domain->hasArea)
360                 {
361                   dim0.clear();
362                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
363                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
364                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
365                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
366                   dim0.clear();
367                 }
368
369                 SuperClassWriter::definition_end();
370
371                 switch (domain->type)
372                 {
373                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
374                   {
375                     std::vector<StdSize> start(2) ;
376                     std::vector<StdSize> count(2) ;
377                     if (domain->isEmpty())
378                     {
379                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
380                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
381                     }
382                     else
383                     {
384                       start[1]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
385                       start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
386                       count[1]=domain->zoom_ni ; count[0]=domain->zoom_nj ;
387                     }
388
389                     if (domain->hasLonLat)
390                     {
391                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
392                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
393                     }
394                     break;
395                   }
396                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
397                   {
398                     if (domain->hasLonLat)
399                     {
400                       std::vector<StdSize> start(1) ;
401                       std::vector<StdSize> count(1) ;
402                       if (domain->isEmpty())
403                       {
404                         start[0]=0 ;
405                         count[0]=0 ;
406                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
407                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
408                       }
409                       else
410                       { 
411                         start[0]=domain->zoom_jbegin-domain->global_zoom_jbegin;
412                         count[0]=domain->zoom_nj;                         
413                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni));
414                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
415
416                         start[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
417                         count[0]=domain->zoom_ni;                         
418                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->zoom_ni-1));
419                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
420                       }
421                     }
422                     break;
423                   }
424                 }
425
426                 if (domain->hasBounds)
427                 {
428                   std::vector<StdSize> start(3);
429                   std::vector<StdSize> count(3);
430                   if (domain->isEmpty())
431                   {
432                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
433                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
434                   }
435                   else
436                   {
437                     start[2] = 0;
438                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
439                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
440                     count[2] = domain->nvertex;
441                     count[1] = domain->zoom_ni;
442                     count[0] = domain->zoom_nj;
443                   }
444                 
445                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
446                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
447                 }
448
449                 if (domain->hasArea)
450                 {
451                   std::vector<StdSize> start(2);
452                   std::vector<StdSize> count(2);
453
454                   if (domain->isEmpty())
455                   {
456                     start[0] = 0; start[1] = 0;
457                     count[0] = 0; count[1] = 0;
458                   }
459                   else
460                   {
461                     start[1] = domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
462                     start[0] = domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin;
463                     count[1] = domain->zoom_ni;
464                     count[0] = domain->zoom_nj;
465                   }
466                   
467                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
468                 }
469
470                 SuperClassWriter::definition_start();
471                 break;
472              }
473              default :
474                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
475                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
476                       << " not implemented yet !");
477           }
478         }
479         catch (CNetCdfException& e)
480         {
481           StdString msg("On writing the domain : ");
482           msg.append(domid); msg.append("\n");
483           msg.append("In the context : ");
484           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
485           msg.append(e.what());
486           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
487         }
488
489         domain->addRelFile(this->filename);
490      }
491
492    //--------------------------------------------------------------
493
494    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
495    {
496      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
497      CContextServer* server=context->server ;
498
499      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
500      domain->checkAttributes();
501      if (domain->isEmpty())
502        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
503
504     nc_type typePrec ;
505     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
506     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
507     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
508
509      std::vector<StdString> dim0;
510      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
511      StdString domainName = domain->name;
512      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
513      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
514
515      StdString node_x = domainName + "_node_x";
516      StdString node_y = domainName + "_node_y";
517
518      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
519      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
520      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
521
522      StdString face_x = domainName + "_face_x";
523      StdString face_y = domainName + "_face_y";
524      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
525      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
526      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
527      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
528
529      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
530      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
531      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
532      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
533      StdString dimTwo = "Two";
534
535      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
536      if (!isWrittenDomain(domid))
537      {
538        dim0.clear();
539        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
540        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
541        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
542        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
543        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
544      }
545
546      try
547      {
548        switch (SuperClass::type)
549        {
550          case (ONE_FILE) :
551          {
552            // Adding nodes
553            if (domain->nvertex == 1)
554            {
555              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
556              {
557                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
558                dim0.clear();
559                dim0.push_back(dimNode);
560                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
561                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
562                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
563                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
564                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
565                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
566                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
567                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
568              }
569            } // domain->nvertex == 1
570
571            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
572            if (domain->nvertex == 2)
573            {
574              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
575              {
576                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
577                dim0.clear();
578                dim0.push_back(dimNode);
579                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
580                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
581                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
582                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
583                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
584                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
585                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
586                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
587              }
588              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
589              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
590              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
591              dim0.clear();
592              dim0.push_back(dimEdge);
593              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
594              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
595              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
596              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
597              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
598              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
599              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
600              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
601              dim0.clear();
602              dim0.push_back(dimEdge);
603              dim0.push_back(dimTwo);
604              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
605              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
606              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
607              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
608            } // domain->nvertex == 2
609
610            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
611            if (domain->nvertex > 2)
612            {
613              // Nodes
614              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
615              {
616                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
617                dim0.clear();
618                dim0.push_back(dimNode);
619                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
620                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
621                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
622                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
623                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
624                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
625                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
626                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
627              }
628              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
629              {
630                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
631                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
632                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
633                dim0.clear();
634                dim0.push_back(dimEdge);
635                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
636                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
637                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
638                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
639                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
640                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
641                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
642                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
643                dim0.clear();
644                dim0.push_back(dimEdge);
645                dim0.push_back(dimTwo);
646                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
647                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
648                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
649                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
650              }
651              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
652              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
653              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
654              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
655              dim0.clear();
656              dim0.push_back(dimFace);
657              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0);
658              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
659              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
660              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
661              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0);
662              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
663              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
664              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
665              dim0.clear();
666              dim0.push_back(dimFace);
667              dim0.push_back(dimVertex);
668              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
669              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
670              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
671              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
672              dim0.clear();
673              dim0.push_back(dimFace);
674              dim0.push_back(dimVertex);
675              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
676              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
677              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
678              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
679              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
680              dim0.clear();
681              dim0.push_back(dimEdge);
682              dim0.push_back(dimTwo);
683              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
684              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
685              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
686              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
687              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
688              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
689              dim0.clear();
690              dim0.push_back(dimFace);
691              dim0.push_back(dimVertex);
692              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
693              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
694              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
695              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
696              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
697              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
698              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
699            } // domain->nvertex > 2
700
701            SuperClassWriter::definition_end();
702
703            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
704            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
705            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
706            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
707            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
708            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
709            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
710            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
711            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
712            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
713            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
714            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
715
716            if (!isWrittenDomain(domid))
717            {
718              if (domain->nvertex == 1)
719              {
720                if (domain->isEmpty())
721                 {
722                   startNodes[0]=0 ;
723                   countNodes[0]=0 ;
724                 }
725                 else
726                 {
727                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
728                   countNodes[0] = domain->zoom_ni ;
729                 }
730
731                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
732                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
733              }
734              else if (domain->nvertex == 2)
735              {
736                if (domain->isEmpty())
737                 {
738                  startEdges[0]=0 ;
739                  countEdges[0]=0 ;
740                  startNodes[0]=0 ;
741                  countNodes[0]=0 ;
742                  startEdgeNodes[0]=0;
743                  startEdgeNodes[1]=0;
744                  countEdgeNodes[0]=0;
745                  countEdgeNodes[1]=0;
746
747                 }
748                 else
749                 {
750                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
751                   countEdges[0] = domain->zoom_ni;
752                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
753                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
754                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
755                   startEdgeNodes[1] = 0;
756                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
757                   countEdgeNodes[1] = 2;
758                 }
759                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
760                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
761                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
762                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
763                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
764              }
765              else
766              {
767                if (domain->isEmpty())
768                 {
769                   startFaces[0] = 0 ;
770                   countFaces[0] = 0 ;
771                   startNodes[0] = 0;
772                   countNodes[0] = 0;
773                   startEdges[0] = 0;
774                   countEdges[0] = 0;
775                   startEdgeFaces[0] = 0;
776                   startEdgeFaces[1] = 0;
777                   countEdgeFaces[0] = 0;
778                   countEdgeFaces[1] = 0;
779                   startFaceConctv[0] = 0;
780                   startFaceConctv[1] = 0;
781                   countFaceConctv[0] = 0;
782                   countFaceConctv[1] = 0;
783                 }
784                 else
785                 {
786                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
787                   countFaces[0] = domain->zoom_ni ;
788                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
789                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
790                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
791                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
792                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
793                   startEdgeNodes[1] = 0;
794                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
795                   countEdgeNodes[1]= 2;
796                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
797                   startEdgeFaces[1]= 0;
798                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
799                   countEdgeFaces[1]= 2;
800                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
801                   startFaceConctv[1] = 0; 
802                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
803                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
804                 }
805                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
806                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
807                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
808                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
809                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
810                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
811                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
812                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
813                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
814                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
815                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
816              }
817              setWrittenDomain(domid);
818            } // !isWrittenDomain
819            else
820            {
821              if (domain->nvertex == 2)
822              {
823                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
824                countEdges[0] = domain->zoom_ni;
825                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
826                startEdgeNodes[1] = 0;
827                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni;
828                countEdgeNodes[1]= 2;
829                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
830                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
831                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
832              } 
833              if (domain->nvertex > 2)
834              {
835
836                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
837                {
838                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
839                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
840                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
841                  startEdgeNodes[1] = 0;
842                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
843                  countEdgeNodes[1]= 2;
844                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
845                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
846                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
847                }
848                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
849                countFaces[0] = domain->zoom_ni;
850                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
851                startEdgeFaces[1]= 0;
852                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
853                countEdgeFaces[1]= 2;
854                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
855                startFaceConctv[1] = 0;
856                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni;
857                countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
858                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
859                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
860                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
861                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
862                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
863                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
864              }
865            }// isWrittenDomain
866
867            SuperClassWriter::definition_start();
868
869            break;
870          } // ONE_FILE
871
872          case (MULTI_FILE) :
873          {
874            break;
875          }
876
877          default :
878          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
879          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
880          << " not implemented yet !");
881          } // switch
882        } // try
883
884        catch (CNetCdfException& e)
885        {
886          StdString msg("On writing the domain : ");
887          msg.append(domid); msg.append("\n");
888          msg.append("In the context : ");
889          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
890          msg.append(e.what());
891          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
892        }
893
894  domain->addRelFile(this->filename);
895  }
896
897    //--------------------------------------------------------------
898
899    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
900      {
901         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
902         CContextServer* server=context->server ;
903
904         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
905         domain->checkAttributes();
906
907         if (domain->isEmpty())
908           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
909
910         std::vector<StdString> dim0, dim1;
911         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
912         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
913         else setWrittenDomain(domid);
914
915         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
916
917         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
918         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
919
920         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
921         string areaId = "area" + appendDomid;
922
923         nc_type typePrec ;
924         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
925         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
926         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
927
928         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
929
930         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
931         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
932         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
933         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
934         CArray<double,1> writtenArea;
935
936         if (domain->hasLonLat)
937         {
938           writtenLat.resize(nbWritten);
939           writtenLon.resize(nbWritten);
940           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
941           {
942              writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
943              writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
944           }
945         
946
947           if (domain->hasBounds)
948           {         
949             int nvertex = domain->nvertex, idx;
950             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
951             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
952             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
953             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
954             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
955               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
956               {
957                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
958                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
959               }
960           }
961         }
962
963         if (domain->hasArea)
964         {
965           writtenArea.resize(nbWritten);           
966           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
967           {
968              writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));                     
969           }
970         }
971
972         try
973         {
974           switch (SuperClass::type)
975           {
976              case (MULTI_FILE) :
977              {
978                 dim0.push_back(dimXid);
979                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni);
980
981                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
982                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
983                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
984                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
985                 if (domain->hasLonLat)
986                 {
987                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
988                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
989                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
990                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
991                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
992                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
993                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
994                 }
995                 dim0.clear();
996                 if (domain->hasBounds)
997                 {
998                   dim0.push_back(dimXid);
999                   dim0.push_back(dimVertId);
1000                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
1001                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
1002                 }
1003
1004                 dim0.clear();
1005                 dim0.push_back(dimXid);
1006                 if (domain->hasArea)
1007                 {
1008                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
1009                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1010                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1011                 }
1012
1013                 SuperClassWriter::definition_end();
1014
1015                 if (domain->hasLonLat)
1016                 {
1017                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1018                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1019                   if (domain->hasBounds)
1020                   {
1021                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1022                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1023                   }
1024                 }
1025
1026                 if (domain->hasArea)
1027                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1028
1029                 SuperClassWriter::definition_start();
1030                 break ;
1031              }
1032
1033              case (ONE_FILE) :
1034              {
1035                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
1036                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
1037                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
1038                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
1039                 dim0.push_back(dimXid);
1040                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1041                 if (domain->hasLonLat)
1042                 {
1043                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
1044                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
1045
1046                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1047                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1048                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1049                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1050                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1051                 }
1052                 dim0.clear();
1053
1054                 if (domain->hasBounds)
1055                 {
1056                   dim0.push_back(dimXid);
1057                   dim0.push_back(dimVertId);
1058                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
1059                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
1060                 }
1061
1062                 if (domain->hasArea)
1063                 {
1064                   dim0.clear();
1065                   dim0.push_back(dimXid);
1066                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
1067                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1068                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1069                 }
1070
1071                 SuperClassWriter::definition_end();
1072
1073                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1074                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1075                 if (domain->isEmpty())
1076                 {
1077                   start[0]=0 ;
1078                   count[0]=0 ;
1079                   startBounds[1]=0 ;
1080                   countBounds[1]=nvertex ;
1081                   startBounds[0]=0 ;
1082                   countBounds[0]=0 ;
1083                 }
1084                 else
1085                 {
1086                   start[0]=domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin;
1087                   count[0]=domain->zoom_ni;
1088                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin-domain->global_zoom_ibegin;
1089                   startBounds[1]=0 ;
1090                   countBounds[0]=domain->zoom_ni;
1091                   countBounds[1]=nvertex ;
1092                 }
1093
1094                 if (domain->hasLonLat)
1095                 {
1096                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1097                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1098                   if (domain->hasBounds)
1099                   {
1100                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1101                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1102                   }
1103                 }
1104
1105                 if (domain->hasArea)
1106                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1107
1108                 SuperClassWriter::definition_start();
1109
1110                 break;
1111              }
1112              default :
1113                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1114                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1115                       << " not implemented yet !");
1116           }
1117         }
1118         catch (CNetCdfException& e)
1119         {
1120           StdString msg("On writing the domain : ");
1121           msg.append(domid); msg.append("\n");
1122           msg.append("In the context : ");
1123           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1124           msg.append(e.what());
1125           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1126         }
1127         domain->addRelFile(this->filename);
1128      }
1129      //--------------------------------------------------------------
1130
1131      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1132      {
1133        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1134        axis->checkAttributes();
1135
1136        axis->computeWrittenIndex();
1137        axis->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
1138       
1139        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n
1140                                                          : axis->global_zoom_n;
1141
1142        int zoom_count = axis->zoom_n;                                                 
1143        int zoom_begin = axis->zoom_begin;
1144        // int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->global_zoom_begin
1145        //                                                   : axis->zoom_begin;
1146
1147        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1148
1149        std::vector<StdString> dims;
1150        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1151        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1152        else setWrittenAxis(axisid);
1153
1154        nc_type typePrec ;
1155        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1156        else if (axis->prec==4)   typePrec =  NC_FLOAT ;
1157        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1158         
1159        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1160        string strId="str_len" ;
1161        try
1162        {
1163          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1164          if (!axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1165          if (axis->hasValue)
1166          {
1167            dims.push_back(axisid);
1168            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1169            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims);
1170
1171            if (!axis->name.isEmpty())
1172              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1173
1174            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1175              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1176
1177            if (!axis->long_name.isEmpty())
1178              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1179
1180            if (!axis->unit.isEmpty())
1181              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1182
1183            if (!axis->positive.isEmpty())
1184            {
1185              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1186              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1187                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1188                                             &axisid);
1189            }
1190
1191            if (!axis->formula.isEmpty())
1192              SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula.getValue(), &axisid);
1193
1194            if (!axis->formula_term.isEmpty())
1195              SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term.getValue(), &axisid);
1196             
1197            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1198            if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1199            {
1200              dims.push_back("axis_nbounds");
1201              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims);
1202              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1203
1204              if (!axis->standard_name.isEmpty())
1205                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisBoundsId);
1206
1207              if (!axis->unit.isEmpty())
1208                SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisBoundsId);
1209
1210              if (!axis->formula_bounds.isEmpty())
1211                SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1212
1213              if (!axis->formula_term_bounds.isEmpty())
1214                SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1215            }
1216
1217             
1218            SuperClassWriter::definition_end();
1219
1220            CArray<size_t, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1221            int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1222            CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1223            for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1224            CArray<double,2> axis_bounds;
1225            CArray<string,1> axis_label;
1226            if (!axis->label.isEmpty())
1227            {
1228              axis_label.resize(indexToWrite.numElements());
1229              for (int i = 0; i < nbWritten; i++) axis_label(i) = axis->label(indexToWrite(i));
1230            }
1231
1232            switch (SuperClass::type)
1233            {
1234              case MULTI_FILE:
1235              {
1236                if (axis->label.isEmpty())
1237                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1238
1239                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1240                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1241
1242                // Need to check after
1243                if (!axis->label.isEmpty()) 
1244                  SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0);
1245 
1246                SuperClassWriter::definition_start();
1247                break;
1248              }
1249              case ONE_FILE:
1250              {
1251                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1252                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1253                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1254                count[0] = countBounds[0] = zoom_count; // zoom_size
1255                startBounds[1] = 0;
1256                countBounds[1] = 2;
1257
1258                if (axis->label.isEmpty())
1259                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1260
1261                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1262                {
1263                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1264                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1265                  {
1266                    axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1267                    axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1268                  }
1269                  SuperClassWriter::writeData(axis->bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1270                }
1271
1272                // Need to check after
1273                if (!axis->label.isEmpty())
1274                {
1275                  std::vector<StdSize> startLabel(2), countLabel(2);
1276                  startLabel[0] = start[0]; startLabel[1] = 0;
1277                  countLabel[0] = count[0]; countLabel[1] = stringArrayLen;
1278                  SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0, &startLabel, &countLabel);
1279                }
1280
1281                SuperClassWriter::definition_start();
1282
1283                break;
1284              }
1285              default :
1286                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1287                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1288                      << " not implemented yet !");
1289            }
1290          }
1291        }
1292        catch (CNetCdfException& e)
1293        {
1294          StdString msg("On writing the axis : ");
1295          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1296          msg.append("In the context : ");
1297          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1298          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1299          msg.append(e.what());
1300          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1301        }
1302        axis->addRelFile(this->filename);
1303     }
1304
1305      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1306      {
1307        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1308        scalar->checkAttributes();
1309        int scalarSize = 1;
1310
1311        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1312        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1313        else setWrittenAxis(scalaId);
1314
1315        nc_type typePrec ;
1316        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1317        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1318        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1319
1320       
1321        try
1322        {
1323          if (!scalar->value.isEmpty())
1324          {
1325//            dims.push_back(scalaId);
1326            std::vector<StdString> dims;
1327            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1328
1329            if (!scalar->name.isEmpty())
1330              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1331
1332            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1333              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1334
1335            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1336              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1337
1338            if (!scalar->unit.isEmpty())
1339              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1340
1341            SuperClassWriter::definition_end();
1342
1343            switch (SuperClass::type)
1344            {
1345              case MULTI_FILE:
1346              {
1347                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1348                scalarValue(0) = scalar->value;
1349                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1350                SuperClassWriter::definition_start();
1351
1352                break;
1353              }
1354              case ONE_FILE:
1355              {
1356                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1357                scalarValue(0) = scalar->value;
1358
1359                std::vector<StdSize> start(1);
1360                std::vector<StdSize> count(1);
1361                start[0] = 0;
1362                count[0] = 1;
1363                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1364                SuperClassWriter::definition_start();
1365
1366                break;
1367              }
1368              default :
1369                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1370                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1371                      << " not implemented yet !");
1372            }
1373          }
1374        }
1375        catch (CNetCdfException& e)
1376        {
1377          StdString msg("On writing the scalar : ");
1378          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1379          msg.append("In the context : ");
1380          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1381          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1382          msg.append(e.what());
1383          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1384        }
1385        scalar->addRelFile(this->filename);
1386     }
1387
1388     //--------------------------------------------------------------
1389
1390     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1391     {
1392       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1393
1394       try
1395       {
1396         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1397         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1398         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1399         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1400         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1401
1402         std::vector<StdString> dims;
1403
1404         if (grid->isCompressible())
1405         {
1406           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1407
1408           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1409           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1410
1411           dims.push_back(varId);
1412           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1413
1414           StdOStringStream compress;
1415           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1416           {
1417             if (2 == axisDomainOrder(i))
1418             {
1419               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1420               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1421               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1422
1423               switch (domain->type)
1424               {
1425                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1426                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1427                   break;
1428                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1429                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1430                   break;
1431                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1432                   compress << "cell" << appendDomId;
1433                   break;
1434               }
1435               ++idxDomain;
1436             }
1437             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1438             {
1439               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1440               compress << axis->getAxisOutputName();
1441               ++idxAxis;
1442             }
1443             else
1444             {
1445               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1446               compress << scalar->getScalarOutputName();
1447               ++idxScalar;
1448             }
1449
1450             if (i != 0) compress << ' ';
1451           }
1452           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);         
1453
1454           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1455           indexes = grid->localIndexToWriteOnServer;
1456
1457           switch (SuperClass::type)
1458           {
1459             case (MULTI_FILE):
1460             {
1461               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1462               break;
1463             }
1464             case (ONE_FILE):
1465             {
1466               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1467                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1468
1469               std::vector<StdSize> start, count;
1470               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1471               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1472
1473               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1474               break;
1475             }
1476           }
1477         }
1478         else
1479         {
1480           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1481           {
1482             StdString varId, compress;
1483             CArray<int, 1> indexes;
1484             bool isDistributed;
1485             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1486             int firstGlobalIndex;
1487
1488             if (2 == axisDomainOrder(i))
1489             {
1490               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1491               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1492
1493               if (!domain->isCompressible()
1494                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1495                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1496                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1497                 continue;
1498
1499               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1500
1501               varId = domId + "_points";
1502               switch (domain->type)
1503               {
1504                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1505                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1506                   break;
1507                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1508                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1509                   break;
1510               }
1511
1512               // indexes.resize(domain->compressedIndexToWriteOnServer[comm_file].numElements());
1513               // indexes = domain->compressedIndexToWriteOnServer[com_file];
1514               indexes.resize(domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1515               indexes = domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1516
1517               isDistributed = domain->isDistributed();
1518               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1519               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1520               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1521               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1522
1523               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1524               setWrittenCompressedDomain(domId);
1525               ++idxDomain;
1526             }
1527             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1528             {
1529               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1530               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1531
1532               if (!axis->isCompressible()
1533                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1534                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1535                 continue;
1536
1537               varId = axisId + "_points";
1538               compress = axisId;
1539
1540               // indexes.resize(axis->compressedIndexToWriteOnServer.numElements());
1541               // indexes = axis->compressedIndexToWriteOnServer;
1542
1543               indexes.resize(axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1544               indexes = axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1545
1546               isDistributed = axis->isDistributed();
1547               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1548               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1549               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1550               firstGlobalIndex = axis->begin;
1551
1552               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1553               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1554               ++idxAxis;
1555             }
1556             else
1557             {
1558             }
1559
1560             if (!varId.empty())
1561             {
1562               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1563
1564               dims.clear();
1565               dims.push_back(varId);
1566               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1567
1568               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1569
1570               switch (SuperClass::type)
1571               {
1572                 case (MULTI_FILE):
1573                 {
1574                   indexes -= firstGlobalIndex;
1575                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1576                   break;
1577                 }
1578                 case (ONE_FILE):
1579                 {
1580                   std::vector<StdSize> start, count;
1581                   start.push_back(offset);
1582                   count.push_back(nbIndexes);
1583
1584                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1585                   break;
1586                 }
1587               }
1588             }
1589            }
1590         }
1591
1592         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1593       }
1594       catch (CNetCdfException& e)
1595       {
1596         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1597         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1598         msg.append("In the context : ");
1599         CContext* context = CContext::getCurrent();
1600         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1601         msg.append(e.what());
1602         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1603       }
1604     }
1605
1606     //--------------------------------------------------------------
1607
1608     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1609     {
1610       try
1611       {
1612        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1613       }
1614       catch (CNetCdfException& e)
1615       {
1616         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1617         msg.append("In the context : ");
1618         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1619         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1620         msg.append(e.what());
1621         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1622       }
1623     }
1624
1625      //--------------------------------------------------------------
1626
1627      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1628      {
1629        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1630        CContextServer* server=context->server ;
1631
1632        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1633        CGrid* grid = field->grid;
1634        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1635          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1636
1637        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1638        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1639        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1640        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1641        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1642
1643        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1644        StdString dimXid,dimYid;
1645        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1646        bool hasArea = false;
1647        StdString cellMeasures = "area:";
1648        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1649
1650        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1651        {
1652          if (2 == axisDomainOrder(i))
1653          {
1654            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1655            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1656            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1657
1658            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1659            {
1660              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1661              field->setUseCompressedOutput();
1662            }
1663
1664            switch (domain->type)
1665            {
1666              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1667                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1668                {
1669                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1670                  dimIdList.push_back(dimXid);
1671                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1672                  dimIdList.push_back(dimYid);
1673                }
1674                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1675                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1676              break ;
1677              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1678                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1679                {
1680                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1681                  dimIdList.push_back(dimXid);
1682                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1683                  dimIdList.push_back(dimYid);
1684                }
1685              break ;
1686              case CDomain::type_attr::unstructured:
1687              {
1688                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1689                {
1690                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1691                  dimIdList.push_back(dimXid);
1692                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1693                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1694                }
1695                else
1696                {
1697                  StdString domainName = domain->name;
1698                  if (domain->nvertex == 1)
1699                  {
1700                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1701                    dimIdList.push_back(dimXid);
1702                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1703                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1704                  }
1705                  else if (domain->nvertex == 2)
1706                  {
1707                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1708                    dimIdList.push_back(dimXid);
1709                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1710                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1711                  }
1712                  else
1713                  {
1714                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1715                    dimIdList.push_back(dimXid);
1716                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1717                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1718                  }
1719                }  // ugrid convention
1720              }  // case unstructured domain
1721            }
1722
1723            if (domain->hasArea)
1724            {
1725              hasArea = true;
1726              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1727            }
1728            ++idxDomain;
1729          }
1730          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1731          {
1732            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1733            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1734
1735            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1736            {
1737              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1738              field->setUseCompressedOutput();
1739            }
1740            else
1741              dimIdList.push_back(axisId);
1742
1743            dimCoordList.push_back(axisId);
1744            ++idxAxis;
1745          }
1746          else // scalar
1747          {
1748             /* Do nothing here */
1749          }
1750        }
1751
1752        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1753
1754        nc_type type ;
1755        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1756        else
1757        {
1758          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1759          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1760          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1761        }
1762
1763        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1764
1765        if (wtime)
1766        {
1767          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1768          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
1769          dims.push_back(timeid);
1770        }
1771
1772        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1773        {
1774          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1775          field->setUseCompressedOutput();
1776        }
1777        else
1778        {
1779          while (!dimIdList.empty())
1780          {
1781            dims.push_back(dimIdList.back());
1782            dimIdList.pop_back();
1783          }
1784        }
1785
1786        while (!dimCoordList.empty())
1787        {
1788          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1789          dimCoordList.pop_back();
1790        }
1791
1792        try
1793        {
1794           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1795
1796           if (!field->standard_name.isEmpty())
1797              SuperClassWriter::addAttribute
1798                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1799
1800           if (!field->long_name.isEmpty())
1801              SuperClassWriter::addAttribute
1802                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1803
1804           if (!field->unit.isEmpty())
1805              SuperClassWriter::addAttribute
1806                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1807
1808           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1809           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1810           {
1811            if (!domainList.empty())
1812            {
1813              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1814              StdString mesh = domain->name;
1815              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1816              StdString location;
1817              if (domain->nvertex == 1)
1818                location = "node";
1819              else if (domain->nvertex == 2)
1820                location = "edge";
1821              else if (domain->nvertex > 2)
1822                location = "face";
1823              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1824            }
1825
1826           }
1827
1828           if (!field->valid_min.isEmpty())
1829              SuperClassWriter::addAttribute
1830                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1831
1832           if (!field->valid_max.isEmpty())
1833              SuperClassWriter::addAttribute
1834                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1835
1836            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1837              SuperClassWriter::addAttribute
1838                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1839
1840             if (!field->add_offset.isEmpty())
1841              SuperClassWriter::addAttribute
1842                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1843
1844           SuperClassWriter::addAttribute
1845                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1846
1847          // write child variables as attributes
1848
1849
1850           bool alreadyAddCellMethod = false;
1851           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1852           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1853           {
1854              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1855              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1856                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1857              {
1858                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1859                alreadyAddCellMethod = true;
1860              }
1861              else
1862              {
1863                switch (field->cell_methods_mode)
1864                {
1865                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1866                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1867                    cellMethodsPrefix += " ";
1868                    break;
1869                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1870                    cellMethodsSuffix = " ";
1871                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1872                    break;
1873                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1874                    break;
1875                  default:
1876                    break;
1877                }
1878              }
1879           }
1880
1881
1882           if (wtime)
1883           {
1884              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1885              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1886              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1887              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1888
1889              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1890              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1891              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1892
1893              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1894              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1895              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1896              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1897              else cellMethods += field->operation;
1898              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1899                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1900              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1901              if (!alreadyAddCellMethod)
1902                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1903           }
1904
1905           if (hasArea)
1906             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1907
1908           if (!field->default_value.isEmpty())
1909           {
1910              double default_value = field->default_value.getValue();
1911              float fdefault_value = (float)default_value;
1912              if (type == NC_DOUBLE)
1913                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1914              else
1915                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1916           }
1917           else
1918              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1919
1920            if (field->compression_level.isEmpty())
1921              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1922            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1923
1924           {  // Ecriture des coordonnes
1925
1926              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1927              std::vector<StdString>::iterator
1928                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1929
1930              for (; itc!= endc; itc++)
1931              {
1932                 StdString & coord = *itc;
1933                 if (itc+1 != endc)
1934                       coordstr.append(coord).append(" ");
1935                 else  coordstr.append(coord);
1936              }
1937
1938              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1939
1940           }
1941
1942           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1943           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1944
1945         }
1946         catch (CNetCdfException& e)
1947         {
1948           StdString msg("On writing field : ");
1949           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1950           msg.append("In the context : ");
1951           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1952           msg.append(e.what());
1953           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1954         }
1955      } // writeField_()
1956
1957      //--------------------------------------------------------------
1958
1959      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1960      {
1961         StdString filename = file->getFileOutputName();
1962         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1963                               ? file->description.getValue()
1964                               : StdString("Created by xios");
1965
1966         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1967
1968         StdString conv_str ;
1969         if (file->convention_str.isEmpty())
1970         {
1971            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
1972            else conv_str="UGRID" ;
1973         }
1974         else conv_str=file->convention_str ;
1975           
1976         try
1977         {
1978           this->writeFileAttributes(filename, description,
1979                                      conv_str,
1980                                      StdString("An IPSL model"),
1981                                      this->getTimeStamp());
1982
1983           if (!appendMode)
1984             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1985         }
1986         catch (CNetCdfException& e)
1987         {
1988           StdString msg("On writing file : ");
1989           msg.append(filename); msg.append("\n");
1990           msg.append("In the context : ");
1991           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1992           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1993           msg.append(e.what());
1994           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1995         }
1996      }
1997
1998      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1999      {
2000        StdString name = var->getVariableOutputName();
2001
2002        try
2003        {
2004          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2005            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
2006          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2007            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
2008          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2009            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
2010          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2011            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
2012          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2013            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
2014          else
2015            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
2016                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2017        }
2018       catch (CNetCdfException& e)
2019       {
2020         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2021         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
2022         msg.append("In the context : ");
2023         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2024         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2025         msg.append(e.what());
2026         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
2027       }
2028     }
2029
2030     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
2031     {
2032        StdString name = var->getVariableOutputName();
2033
2034        try
2035        {
2036          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2037            addAttribute(name, var->getData<int>());
2038          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2039            addAttribute(name, var->getData<short int>());
2040          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2041            addAttribute(name, var->getData<float>());
2042          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2043            addAttribute(name, var->getData<double>());
2044          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2045            addAttribute(name, var->getData<string>());
2046          else
2047            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
2048                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2049        }
2050       catch (CNetCdfException& e)
2051       {
2052         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2053         msg.append(name); msg.append("\n");
2054         msg.append("In the context : ");
2055         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2056         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2057         msg.append(e.what());
2058         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
2059       }
2060     }
2061
2062      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2063      {
2064        try
2065        {
2066          SuperClassWriter::sync() ;
2067        }
2068        catch (CNetCdfException& e)
2069        {
2070         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2071         msg.append("In the context : ");
2072         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2073         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2074         msg.append(e.what());
2075         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2076        }
2077      }
2078
2079      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2080      {
2081        try
2082        {
2083          SuperClassWriter::close() ;
2084        }
2085        catch (CNetCdfException& e)
2086        {
2087         StdString msg("On closing file");
2088         msg.append("In the context : ");
2089         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2090         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2091         msg.append(e.what());
2092         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2093        }
2094
2095      }
2096
2097      //---------------------------------------------------------------
2098
2099      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2100      {
2101         const int buffer_size = 100;
2102         time_t rawtime;
2103         struct tm * timeinfo = NULL;
2104         char buffer [buffer_size];
2105         StdString formatStr;
2106         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
2107         else formatStr=file->time_stamp_format;
2108
2109//         time ( &rawtime );
2110//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2111         time ( &rawtime );
2112         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
2113         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
2114
2115         return (StdString(buffer));
2116      }
2117
2118      //---------------------------------------------------------------
2119
2120      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2121      {
2122        CContext* context = CContext::getCurrent();
2123        CContextServer* server = context->server;
2124        CGrid* grid = field->grid;
2125
2126        if (field->getNStep()<1) 
2127        {
2128          return;
2129        }
2130       
2131        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2132          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
2133          {
2134            return;
2135          }
2136
2137        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2138
2139        StdOStringStream oss;
2140        string timeAxisId;
2141        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2142        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2143
2144        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2145
2146        StdString timeAxisBoundId;
2147        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2148        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2149
2150        if (!field->wasWritten())
2151        {
2152          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2153              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2154          {
2155            double factorUnit;
2156            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2157            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2158            else factorUnit=1 ;
2159            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2160          }
2161
2162          field->setWritten();
2163        }
2164
2165
2166        CArray<double,1> time_data(1);
2167        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2168        CArray<double,1> time_counter(1);
2169        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2170
2171        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2172        bool wtimeCounter =false ;
2173        bool wtimeData =false ;
2174       
2175
2176        if (wtime)
2177        {
2178          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2179          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2180
2181         
2182          if (field->hasTimeInstant)
2183          {
2184            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2185            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2186            if (timeCounterType==instant)
2187            {
2188              time_counter(0) = time_data(0);
2189              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2190              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2191              wtimeCounter=true ;
2192            }
2193            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2194          }
2195          else if (field->hasTimeCentered)
2196          {
2197            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2198            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2199            time_data_bound(1) = lastWrite;
2200            if (timeCounterType==centered)
2201            {
2202              time_counter(0) = time_data(0) ;
2203              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2204              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2205              wtimeCounter=true ;
2206            }
2207            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2208          }
2209
2210          if (timeCounterType==record)
2211          {
2212            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2213            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2214            wtimeCounter=true ;
2215          }
2216
2217          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2218          {
2219            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2220            time_data/=secByDay;
2221            time_data_bound/=secByDay;
2222            time_counter/=secByDay;
2223            time_counter_bound/=secByDay;
2224          }
2225        }
2226
2227         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2228
2229         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2230         {
2231           double scaleFactor = 1.0;
2232           double addOffset = 0.0;
2233           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2234           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2235           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2236         }
2237
2238         try
2239         {
2240           size_t writtenSize;
2241           if (field->getUseCompressedOutput())
2242             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2243           else
2244             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2245
2246           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2247           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2248
2249           if (field->getUseCompressedOutput())
2250             field->outputCompressedField(fieldData);
2251           else
2252             field->outputField(fieldData);
2253
2254           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2255
2256           switch (SuperClass::type)
2257           {
2258              case (MULTI_FILE) :
2259              {
2260                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2261                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2262                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2263                 if (wtime)
2264                 {
2265                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2266                   if ( wtimeData)
2267                   {
2268//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2269//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2270                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2271                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2272                  }
2273                   if (wtimeCounter)
2274                   {
2275//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2276//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2277                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2278                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2279                   }
2280                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2281                 }
2282                 break;
2283              }
2284              case (ONE_FILE) :
2285              {
2286                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2287                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2288                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2289
2290                std::vector<StdSize> start, count;
2291
2292                if (field->getUseCompressedOutput())
2293                {
2294                  if (grid->isCompressible())
2295                  {
2296                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2297                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2298                  }
2299                  else
2300                  {
2301                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2302                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2303                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2304                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2305                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2306                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2307
2308                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2309                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2310
2311
2312                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2313                    {
2314                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2315                      {
2316                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2317
2318                        if (domain->isCompressible())
2319                        {
2320                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2321                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2322                          idx -= 2;
2323                        }
2324                        else
2325                        {
2326                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2327                          {
2328                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2329                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2330                          }
2331                          --idx;
2332                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2333                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2334                          --idx;
2335                        }
2336                        --idxDomain;
2337                      }
2338                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2339                      {
2340                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2341
2342                        if (axis->isCompressible())
2343                        {
2344                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2345                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2346                        }
2347                        else
2348                        {
2349                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2350                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2351                        }
2352
2353                        --idxAxis;
2354                        --idx;
2355                      }
2356                    }
2357                  }
2358                }
2359                else
2360                {
2361                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2362                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2363                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2364                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2365                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2366                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;// nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2367
2368                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2369                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2370
2371                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2372                  {
2373                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2374                    {
2375                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2376                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2377                      {
2378                        start.push_back(domain->zoom_jbegin - domain->global_zoom_jbegin);
2379                        count.push_back(domain->zoom_nj);
2380                      }
2381                      --idx ;
2382
2383                        start.push_back(domain->zoom_ibegin - domain->global_zoom_ibegin);
2384                        count.push_back(domain->zoom_ni);
2385                      --idx ;
2386                      --idxDomain;
2387                    }
2388                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2389                    {
2390                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2391                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2392                        count.push_back(axis->zoom_n);
2393                      --idx;
2394                      --idxAxis;
2395                    }
2396                    else
2397                    {
2398                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2399                      {
2400                        start.push_back(0);
2401                        count.push_back(1);
2402                      }
2403                      --idx;
2404                    }
2405                  }
2406                }
2407
2408
2409                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2410                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2411                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2412
2413                 if (wtime)
2414                 {
2415                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2416                   if ( wtimeData)
2417                   {
2418//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2419//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2420                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2421                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2422                   }
2423                   if (wtimeCounter)
2424                   {
2425//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2426//                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2427                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2428                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2429
2430                   }
2431                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2432                 }
2433
2434                break;
2435              }
2436            }
2437         }
2438         catch (CNetCdfException& e)
2439         {
2440           StdString msg("On writing field data: ");
2441           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2442           msg.append("In the context : ");
2443           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2444           msg.append(e.what());
2445           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2446         }
2447      }
2448
2449      //---------------------------------------------------------------
2450
2451      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2452                  (CField*    field,
2453                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2454      {
2455         StdOStringStream oss;
2456         bool createInstantAxis=false ;
2457         bool createCenteredAxis=false ;
2458         bool createTimeCounterAxis=false ;
2459         
2460         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2461
2462
2463         StdString axisId ;
2464         StdString axisBoundId;
2465         StdString timeid(getTimeCounterName());
2466         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2467
2468         StdString strTimeUnits ;
2469         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2470         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2471 
2472         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2473         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2474
2475
2476         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2477         {
2478           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2479           if (field->hasTimeCentered)
2480           {
2481             timeCounterType=centered ;
2482             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2483           }
2484           if (field->hasTimeInstant)
2485           {
2486             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2487             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2488           }
2489         }
2490         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2491         {
2492           if (field->hasTimeCentered)
2493           {
2494             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2495           }
2496           if (field->hasTimeInstant)
2497           {
2498             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2499             timeCounterType=instant ;
2500             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2501           }
2502         }
2503         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2504         {
2505           if (field->hasTimeCentered)
2506           {
2507             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2508             timeCounterType=centered ;
2509             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2510           }
2511           if (field->hasTimeInstant)
2512           {
2513             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2514           }
2515         }
2516         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2517         {
2518           if (field->hasTimeCentered)
2519           {
2520             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2521           }
2522           if (field->hasTimeInstant)
2523           {
2524             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2525             timeCounterType=instant ;
2526           }
2527         }
2528         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2529         {
2530           if (field->hasTimeCentered)
2531           {
2532             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2533             timeCounterType=centered ;
2534           }
2535           if (field->hasTimeInstant)
2536           {
2537             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2538           }
2539         }
2540         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2541         {
2542           if (field->hasTimeCentered)
2543           {
2544             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2545             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2546             timeCounterType=centered ;
2547           }
2548           if (field->hasTimeInstant)
2549           {
2550             if (timeCounterType==none)
2551             {
2552               createTimeCounterAxis=true ;
2553               timeCounterType=instant ;
2554             }
2555             if (timeCounterType==centered)
2556             {
2557               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2558             }
2559           }
2560         }
2561         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2562         {
2563           if (field->hasTimeCentered)
2564           {
2565             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2566           }
2567           if (field->hasTimeInstant)
2568           {
2569             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2570           }
2571         }
2572         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2573         {
2574           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2575           timeCounterType=record ;
2576           if (field->hasTimeCentered)
2577           {
2578             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2579           }
2580           if (field->hasTimeInstant)
2581           {
2582             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2583           }
2584         }
2585         
2586         if (createInstantAxis)
2587         {
2588           axisId="time_instant" ;
2589           axisBoundId="time_instant_bounds";
2590           hasTimeInstant=true ;
2591         }
2592
2593         if (createCenteredAxis)
2594         {
2595           axisId="time_centered" ;
2596           axisBoundId="time_centered_bounds";
2597           hasTimeCentered=true ;
2598         }
2599
2600         
2601         try
2602         {
2603            std::vector<StdString> dims;
2604           
2605            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2606            {
2607              // Adding time_instant or time_centered
2608              dims.push_back(timeid);
2609              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2610              {
2611                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2612
2613                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2614                StdOStringStream oss2;
2615                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2616                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2617                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2618                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2619             }
2620
2621             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2622             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2623             {
2624                dims.clear() ;
2625                dims.push_back(timeid);
2626                dims.push_back(timeBoundId);
2627                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2628             }
2629           }
2630
2631           if (createTimeCounterAxis)
2632           {
2633             // Adding time_counter
2634             axisId = getTimeCounterName();
2635             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2636             dims.clear();
2637             dims.push_back(timeid);
2638             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2639             {
2640                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2641                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2642
2643                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2644                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2645                {
2646                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2647                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2648
2649                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2650                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2651                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2652                }
2653             }
2654
2655             // Adding time_counter_bound dimension
2656             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2657             {
2658                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2659                {
2660                  dims.clear();
2661                  dims.push_back(timeid);
2662                  dims.push_back(timeBoundId);
2663                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2664                }
2665             }
2666           }
2667         }
2668         catch (CNetCdfException& e)
2669         {
2670           StdString msg("On writing time axis data: ");
2671           msg.append("In the context : ");
2672           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2673           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2674           msg.append(e.what());
2675           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2676                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2677         }
2678      }
2679
2680      //---------------------------------------------------------------
2681
2682      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2683                                                   const StdString & calendar,
2684                                                   const StdString & units,
2685                                                   const StdString & time_origin,
2686                                                   const StdString & time_bounds,
2687                                                   const StdString & standard_name,
2688                                                   const StdString & long_name)
2689      {
2690         try
2691         {
2692           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2693           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2694           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2695           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2696           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2697           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2698         }
2699         catch (CNetCdfException& e)
2700         {
2701           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2702           msg.append("In the context : ");
2703           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2704           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2705           msg.append(e.what());
2706           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2707                                                          const StdString & calendar,\
2708                                                          const StdString & units, \
2709                                                          const StdString & time_origin, \
2710                                                          const StdString & time_bounds, \
2711                                                          const StdString & standard_name, \
2712                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2713         }
2714      }
2715
2716      //---------------------------------------------------------------
2717
2718      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2719                                               const StdString & axis,
2720                                               const StdString & standard_name,
2721                                               const StdString & long_name,
2722                                               const StdString & units,
2723                                               const StdString & nav_model)
2724      {
2725         try
2726         {
2727          if (!axis.empty())
2728            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2729
2730          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2731          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2732          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2733//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2734         }
2735         catch (CNetCdfException& e)
2736         {
2737           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2738           msg.append("In the context : ");
2739           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2740           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2741           msg.append(e.what());
2742           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2743                                                      const StdString & axis, \
2744                                                      const StdString & standard_name, \
2745                                                      const StdString & long_name, \
2746                                                      const StdString & units, \
2747                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2748         }
2749      }
2750
2751      //---------------------------------------------------------------
2752
2753      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2754         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2755      {
2756        try
2757        {
2758         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2759         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2760         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2761         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2762        }
2763        catch (CNetCdfException& e)
2764        {
2765           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2766           msg.append("In the context : ");
2767           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2768           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2769           msg.append(e.what());
2770           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2771                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2772        }
2773
2774      }
2775
2776      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2777                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2778      {
2779         CArray<int,1> array(2) ;
2780
2781         try
2782         {
2783           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2784           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2785           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2786           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2787           array=ni_glo,nj_glo ;
2788           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2789           array=ni,nj ;
2790           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2791           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2792           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2793           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2794           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2795           array=0,0 ;
2796           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2797           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2798           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2799  /*
2800           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2801           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2802           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2803           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2804  */
2805         }
2806         catch (CNetCdfException& e)
2807         {
2808           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2809           msg.append("In the context : ");
2810           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2811           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2812           msg.append(e.what());
2813           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2814                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2815         }
2816      }
2817      //---------------------------------------------------------------
2818
2819      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2820                                                const StdString & description,
2821                                                const StdString & conventions,
2822                                                const StdString & production,
2823                                                const StdString & timeStamp)
2824      {
2825         try
2826         {
2827           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2828           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2829           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2830           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2831           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2832
2833           StdString timeStampStr ;
2834           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
2835           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
2836           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
2837
2838           StdString uuidName ;
2839           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
2840           else uuidName=file->uuid_name ;
2841
2842           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
2843           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
2844         
2845         }
2846         catch (CNetCdfException& e)
2847         {
2848           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2849           msg.append("In the context : ");
2850           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2851           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2852           msg.append(e.what());
2853           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2854                                                const StdString & description, \
2855                                                const StdString & conventions, \
2856                                                const StdString & production, \
2857                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2858         }
2859      }
2860
2861      //---------------------------------------------------------------
2862
2863      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2864                                               int data_dim,
2865                                               int data_ni,
2866                                               int data_nj,
2867                                               int data_ibegin,
2868                                               int data_jbegin)
2869      {
2870         try
2871         {
2872           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2873           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2874           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2875           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2876           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2877         }
2878         catch (CNetCdfException& e)
2879         {
2880           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2881           msg.append("In the context : ");
2882           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2883           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2884           msg.append(e.what());
2885           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2886                                               int data_dim, \
2887                                               int data_ni, \
2888                                               int data_nj, \
2889                                               int data_ibegin, \
2890                                               int data_jbegin)", << msg);
2891         }
2892      }
2893
2894      ///--------------------------------------------------------------
2895
2896      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
2897      {
2898        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2899        if (it == timeToRecordCache.end())
2900        {
2901          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2902          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
2903          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2904
2905          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2906          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
2907         
2908          StdSize record = 0;
2909          double dtime(time);
2910          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
2911          {
2912            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
2913            timeAxisBounds*=factorUnit ;
2914            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
2915            {
2916              record = n + 1;
2917              break;
2918            }
2919          }
2920          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2921        }
2922        return it->second;
2923      }
2924
2925      ///--------------------------------------------------------------
2926
2927      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2928      {
2929        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2930      }
2931
2932      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2933      {
2934        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2935      }
2936
2937      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2938      {
2939        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2940      }
2941
2942      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2943      {
2944        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2945      }
2946
2947      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2948      {
2949        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2950      }
2951
2952      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2953      {
2954        this->writtenDomains.insert(domainName);
2955      }
2956
2957      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2958      {
2959        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2960      }
2961
2962      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2963      {
2964        this->writtenAxis.insert(axisName);
2965      }
2966
2967      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2968      {
2969        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2970      }
2971
2972      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2973      {
2974        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2975      }
2976} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.