source: XIOS/dev/branch_yushan/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1037

Last change on this file since 1037 was 1037, checked in by yushan, 4 years ago

initialize the branch

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 111.0 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22      {
23    SuperClass::type = MULTI_FILE;
24      }
25
26      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
27         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
28          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
29            : SuperClass()
30            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
31            , comm_file(comm_file)
32            , filename(filename)
33            , isCollective(isCollective)
34      {
35    SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
36      }
37
38      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
39    { /* Ne rien faire de plus */ }
40
41      ///--------------------------------------------------------------
42
43      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
44      {
45         return (this->filename);
46      }
47
48      //---------------------------------------------------------------
49
50      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
51      {
52        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
53        {
54          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
55            writeUnstructuredDomain(domain) ;
56          else
57            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
58          return ;
59        }
60
61         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
62         CContextServer* server=context->server ;
63
64         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
65         domain->checkAttributes();
66
67         if (domain->isEmpty())
68           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
69
70         std::vector<StdString> dim0, dim1;
71         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
72         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
73         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
74         else setWrittenDomain(domid);
75
76
77         StdString dimXid, dimYid ;
78
79         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
80         switch (domain->type)
81         {
82           case CDomain::type_attr::curvilinear :
83             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
84             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
85             break ;
86           case CDomain::type_attr::rectilinear :
87             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
89             break;
90         }
91
92         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
93
94         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
95         string areaId = "area" + appendDomid;
96/*
97         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
98                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
99                             : lonid;
100         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
101                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
102                             : latid;
103*/
104
105         try
106         {
107           switch (SuperClass::type)
108           {
109              case (MULTI_FILE) :
110              {
111  //               if (domain->isEmpty()) return;
112
113                 if (server->intraCommSize > 1)
114                 {
115  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117                 }
118
119                 switch (domain->type)
120                 {
121                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                     break ;
126                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
127                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                     dim0.push_back(dimYid);
130                     dim1.push_back(dimXid);
131                     break;
132                 }
133
134                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
135                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
136
137                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
138                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
139
140                 if (domain->hasBounds)
141                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
142
143                 if (server->intraCommSize > 1)
144                 {
145                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
146                                              domain->zoom_ni_srv,
147                                              domain->zoom_jbegin_srv,
148                                              domain->zoom_nj_srv,
149                                              appendDomid);
150
151                   if (singleDomain)
152                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
153                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
154                                                      domain->zoom_ni_srv,
155                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
156                                                      domain->zoom_nj_srv,
157                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
158                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
159                 }
160
161                 if (domain->hasLonLat)
162                 {
163                   switch (domain->type)
164                   {
165                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
166                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
167                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
168                       break ;
169                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
170                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
172                        break ;
173                   }
174
175                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
176                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
177
178                   if (domain->hasBounds)
179                   {
180                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
181                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
182
183                     dim0.clear();
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim0.push_back(dimXid);
186                     dim0.push_back(dimVertId);
187                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
188                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
189                   }
190                 }
191
192                 dim0.clear();
193                 dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 if (domain->hasArea)
212                 {
213                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
214                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
215                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
216                 }
217
218                 SuperClassWriter::definition_end();
219
220                 if (domain->hasLonLat)
221                 {
222                   switch (domain->type)
223                   {
224                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
225                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
226                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
227                       break;
228                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
229                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
230                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
231                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
232                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
233                       break;
234                   }
235
236                   if (domain->hasBounds)
237                   {
238                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
239                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
240                   }
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 if (domain->hasLonLat)
259                 {
260                   switch (domain->type)
261                   {
262                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
263                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
264                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
265                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
266                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
267                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
268                       break;
269
270                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid);
272                       dim1.push_back(dimXid);
273                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
274                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
275                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
276                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
277                       break;
278                   }
279
280                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
281                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
282
283                   this->writeAxisAttributes
284                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
285                   this->writeAxisAttributes
286                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
287
288                   if (domain->hasBounds)
289                   {
290                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
291                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
292
293                     dim0.clear();
294                     dim0.push_back(dimYid);
295                     dim0.push_back(dimXid);
296                     dim0.push_back(dimVertId);
297                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
298                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
299                   }
300                 }
301
302                 if (domain->hasArea)
303                 {
304                   dim0.clear();
305                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
306                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
307                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
308                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
309                   dim0.clear();
310                 }
311
312                 SuperClassWriter::definition_end();
313
314                 switch (domain->type)
315                 {
316                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
317                   {
318                     std::vector<StdSize> start(2) ;
319                     std::vector<StdSize> count(2) ;
320                     if (domain->isEmpty())
321                     {
322                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
323                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
324                     }
325                     else
326                     {
327                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
328                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
329                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
330                     }
331
332                     if (domain->hasLonLat)
333                     {
334                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
335                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
336                     }
337                     break;
338                   }
339                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
340                   {
341                     if (domain->hasLonLat)
342                     {
343                       std::vector<StdSize> start(1) ;
344                       std::vector<StdSize> count(1) ;
345                       if (domain->isEmpty())
346                       {
347                         start[0]=0 ;
348                         count[0]=0 ;
349                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
350                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
351
352                       }
353                       else
354                       {
355                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
356                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
357                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
358                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
361                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
362                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
363                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
364                       }
365                     }
366                     break;
367                   }
368                 }
369
370                 if (domain->hasBounds)
371                 {
372                   std::vector<StdSize> start(3);
373                   std::vector<StdSize> count(3);
374                   if (domain->isEmpty())
375                   {
376                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
377                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
378                   }
379                   else
380                   {
381                     start[2] = 0;
382                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
383                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
384                     count[2] = domain->nvertex;
385                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
386                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
387                   }
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
391                 }
392
393                 if (domain->hasArea)
394                 {
395                   std::vector<StdSize> start(2);
396                   std::vector<StdSize> count(2);
397
398                   if (domain->isEmpty())
399                   {
400                     start[0] = 0; start[1] = 0;
401                     count[0] = 0; count[1] = 0;
402                   }
403                   else
404                   {
405                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
406                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
407                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
408                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
409                   }
410
411                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
412                 }
413
414                 SuperClassWriter::definition_start();
415                 break;
416              }
417              default :
418                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
419                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
420                       << " not implemented yet !");
421           }
422         }
423         catch (CNetCdfException& e)
424         {
425           StdString msg("On writing the domain : ");
426           msg.append(domid); msg.append("\n");
427           msg.append("In the context : ");
428           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
429           msg.append(e.what());
430           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
431         }
432
433         domain->addRelFile(this->filename);
434      }
435
436    //--------------------------------------------------------------
437
438    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
439    {
440      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
441      CContextServer* server=context->server ;
442
443      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
444      domain->checkAttributes();
445      if (domain->isEmpty())
446        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
447
448      std::vector<StdString> dim0;
449      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
450      StdString domainName = domain->name;
451      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
452      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
453
454      StdString node_x = domainName + "_node_x";
455      StdString node_y = domainName + "_node_y";
456
457      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
458      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
459      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
460
461      StdString face_x = domainName + "_face_x";
462      StdString face_y = domainName + "_face_y";
463      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
464      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
465      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
466      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
467
468      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
469      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
470      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
471      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
472      StdString dimTwo = "Two";
473
474      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
475      if (!isWrittenDomain(domid))
476      {
477        dim0.clear();
478        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
479        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
480        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
481        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
482        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
483      }
484
485      try
486      {
487        switch (SuperClass::type)
488        {
489          case (ONE_FILE) :
490          {
491            // Adding nodes
492            if (domain->nvertex == 1)
493            {
494              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
495              {
496                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
497                dim0.clear();
498                dim0.push_back(dimNode);
499                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
500                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
501                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
502                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
503                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
504                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
505                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
506                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
507              }
508            } // domain->nvertex == 1
509
510            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
511            if (domain->nvertex == 2)
512            {
513              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
514              {
515                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
516                dim0.clear();
517                dim0.push_back(dimNode);
518                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
519                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
520                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
521                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
522                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
523                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
524                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
525                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
526              }
527              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
528              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
529              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
530              dim0.clear();
531              dim0.push_back(dimEdge);
532              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
533              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
534              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
535              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
536              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
537              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
538              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
539              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
540              dim0.clear();
541              dim0.push_back(dimEdge);
542              dim0.push_back(dimTwo);
543              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
544              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
545              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
546              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
547            } // domain->nvertex == 2
548
549            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
550            if (domain->nvertex > 2)
551            {
552              // Nodes
553              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
554              {
555                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
556                dim0.clear();
557                dim0.push_back(dimNode);
558                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
559                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
560                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
561                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
562                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
563                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
564                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
565                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
566              }
567              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
568              {
569                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
570                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
571                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
572                dim0.clear();
573                dim0.push_back(dimEdge);
574                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
575                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
576                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
577                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
578                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
579                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
580                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
581                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
582                dim0.clear();
583                dim0.push_back(dimEdge);
584                dim0.push_back(dimTwo);
585                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
586                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
587                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
588                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
589              }
590              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
591              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
592              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
593              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
594              dim0.clear();
595              dim0.push_back(dimFace);
596              SuperClassWriter::addVariable(face_x, NC_FLOAT, dim0);
597              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
598              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
599              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
600              SuperClassWriter::addVariable(face_y, NC_FLOAT, dim0);
601              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
602              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
603              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
604              dim0.clear();
605              dim0.push_back(dimFace);
606              dim0.push_back(dimVertex);
607              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
608              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
609              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
610              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
611              dim0.clear();
612              dim0.push_back(dimFace);
613              dim0.push_back(dimVertex);
614              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
615              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
616              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
617              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
618              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
619              dim0.clear();
620              dim0.push_back(dimEdge);
621              dim0.push_back(dimTwo);
622              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
623              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
624              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
625              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
626              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
627              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
628              dim0.clear();
629              dim0.push_back(dimFace);
630              dim0.push_back(dimVertex);
631              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
632              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
633              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
634              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
635              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
636              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
637              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
638            } // domain->nvertex > 2
639
640            SuperClassWriter::definition_end();
641
642            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
643            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
644            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
645            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
646            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
647            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
648            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
649            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
650            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
651            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
652            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
653            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
654
655            if (!isWrittenDomain(domid))
656            {
657              if (domain->nvertex == 1)
658              {
659                if (domain->isEmpty())
660                 {
661                   startNodes[0]=0 ;
662                   countNodes[0]=0 ;
663                 }
664                 else
665                 {
666                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
667                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
668                 }
669
670                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
671                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
672              }
673              else if (domain->nvertex == 2)
674              {
675                if (domain->isEmpty())
676                 {
677                  startEdges[0]=0 ;
678                  countEdges[0]=0 ;
679                  startNodes[0]=0 ;
680                  countNodes[0]=0 ;
681                  startEdgeNodes[0]=0;
682                  startEdgeNodes[1]=0;
683                  countEdgeNodes[0]=0;
684                  countEdgeNodes[1]=0;
685
686                 }
687                 else
688                 {
689                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
690                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
691                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
692                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
693                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
694                   startEdgeNodes[1] = 0;
695                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
696                   countEdgeNodes[1]= 2;
697                 }
698                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
699                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
700                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
701                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
702                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
703              }
704              else
705              {
706                if (domain->isEmpty())
707                 {
708                   startFaces[0] = 0 ;
709                   countFaces[0] = 0 ;
710                   startNodes[0] = 0;
711                   countNodes[0] = 0;
712                   startEdges[0] = 0;
713                   countEdges[0] = 0;
714                   startEdgeFaces[0] = 0;
715                   startEdgeFaces[1] = 0;
716                   countEdgeFaces[0] = 0;
717                   countEdgeFaces[1] = 0;
718                   startFaceConctv[0] = 0;
719                   startFaceConctv[1] = 0;
720                   countFaceConctv[0] = 0;
721                   countFaceConctv[1] = 0;
722                 }
723                 else
724                 {
725                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
726                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
727                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
728                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
729                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
730                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
731                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
732                   startEdgeNodes[1] = 0;
733                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
734                   countEdgeNodes[1]= 2;
735                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
736                   startEdgeFaces[1]= 0;
737                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
738                   countEdgeFaces[1]= 2;
739                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
740                   startFaceConctv[1] = 0;
741                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
742                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
743                 }
744                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
745                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
746                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
747                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
748                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
749                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
750                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
751                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
752                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
753                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
754                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
755              }
756              setWrittenDomain(domid);
757            } // !isWrittenDomain
758            else
759            {
760              if (domain->nvertex == 2)
761              {
762                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
763                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
764                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
765                startEdgeNodes[1] = 0;
766                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
767                countEdgeNodes[1]= 2;
768                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
769                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
770                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
771              } 
772              if (domain->nvertex > 2)
773              {
774
775                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
776                {
777                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
778                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
779                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
780                  startEdgeNodes[1] = 0;
781                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
782                  countEdgeNodes[1]= 2;
783                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
784                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
785                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
786                }
787                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
788                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
789                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
790                startEdgeFaces[1]= 0;
791                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
792                countEdgeFaces[1]= 2;
793                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
794                startFaceConctv[1] = 0;
795                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
796                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
797                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
798                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
799                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
800                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
801                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
802                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
803              }
804            }// isWrittenDomain
805
806            SuperClassWriter::definition_start();
807
808            break;
809          } // ONE_FILE
810
811          case (MULTI_FILE) :
812          {
813            break;
814          }
815
816          default :
817          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
818          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
819          << " not implemented yet !");
820          } // switch
821        } // try
822
823        catch (CNetCdfException& e)
824        {
825          StdString msg("On writing the domain : ");
826          msg.append(domid); msg.append("\n");
827          msg.append("In the context : ");
828          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
829          msg.append(e.what());
830          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
831        }
832
833  domain->addRelFile(this->filename);
834  }
835
836    //--------------------------------------------------------------
837
838    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
839      {
840         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
841         CContextServer* server=context->server ;
842
843         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
844         domain->checkAttributes();
845
846         if (domain->isEmpty())
847           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
848
849         std::vector<StdString> dim0, dim1;
850         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
851         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
852         else setWrittenDomain(domid);
853
854         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
855
856         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
857         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
858
859         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
860         string areaId = "area" + appendDomid;
861
862         try
863         {
864           switch (SuperClass::type)
865           {
866              case (MULTI_FILE) :
867              {
868                 dim0.push_back(dimXid);
869                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
870
871                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
872                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
873                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
874                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
875                 if (domain->hasLonLat)
876                 {
877                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
878                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
879                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
880                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
881                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
882                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
883                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
884                 }
885                 dim0.clear();
886                 if (domain->hasBounds)
887                 {
888                   dim0.push_back(dimXid);
889                   dim0.push_back(dimVertId);
890                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
891                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
892                 }
893
894                 dim0.clear();
895                 dim0.push_back(dimXid);
896                 if (domain->hasArea)
897                 {
898                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
899                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
900                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
901                 }
902
903                 SuperClassWriter::definition_end();
904
905                 if (domain->hasLonLat)
906                 {
907                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
908                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
909                   if (domain->hasBounds)
910                   {
911                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
912                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
913                   }
914                 }
915
916                 if (domain->hasArea)
917                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
918
919                 SuperClassWriter::definition_start();
920                 break ;
921              }
922
923              case (ONE_FILE) :
924              {
925                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
926                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
927                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
928                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
929                 dim0.push_back(dimXid);
930                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
931                 if (domain->hasLonLat)
932                 {
933                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
934                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
935
936                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
937                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
938                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
939                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
940                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
941                 }
942                 dim0.clear();
943
944                 if (domain->hasBounds)
945                 {
946                   dim0.push_back(dimXid);
947                   dim0.push_back(dimVertId);
948                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
949                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
950                 }
951
952                 if (domain->hasArea)
953                 {
954                   dim0.clear();
955                   dim0.push_back(dimXid);
956                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
957                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
958                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
959                 }
960
961                 SuperClassWriter::definition_end();
962
963                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
964                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
965                 if (domain->isEmpty())
966                 {
967                   start[0]=0 ;
968                   count[0]=0 ;
969                   startBounds[1]=0 ;
970                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
971                   startBounds[0]=0 ;
972                   countBounds[0]=0 ;
973                 }
974                 else
975                 {
976                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
977                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
978                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
979                   startBounds[1]=0 ;
980                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
981                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
982                 }
983
984                 if (domain->hasLonLat)
985                 {
986                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
987                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
988                   if (domain->hasBounds)
989                   {
990                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
991                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
992                   }
993                 }
994
995                 if (domain->hasArea)
996                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
997
998                 SuperClassWriter::definition_start();
999
1000                 break;
1001              }
1002              default :
1003                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1004                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1005                       << " not implemented yet !");
1006           }
1007         }
1008         catch (CNetCdfException& e)
1009         {
1010           StdString msg("On writing the domain : ");
1011           msg.append(domid); msg.append("\n");
1012           msg.append("In the context : ");
1013           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1014           msg.append(e.what());
1015           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1016         }
1017         domain->addRelFile(this->filename);
1018      }
1019      //--------------------------------------------------------------
1020
1021      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1022      {
1023        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1024        axis->checkAttributes();
1025        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1026        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1027        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1028                                                              : axis->global_zoom_n;
1029        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
1030                                                              : axis->global_zoom_begin;
1031
1032        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1033
1034        std::vector<StdString> dims;
1035        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1036        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1037        else setWrittenAxis(axisid);
1038
1039        try
1040        {
1041          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1042          if (axis->hasValue)
1043          {
1044            dims.push_back(axisid);
1045            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
1046
1047            if (!axis->name.isEmpty())
1048              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1049
1050            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1051              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1052
1053            if (!axis->long_name.isEmpty())
1054              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1055
1056            if (!axis->unit.isEmpty())
1057              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1058
1059            if (!axis->positive.isEmpty())
1060            {
1061              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1062              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1063                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1064                                             &axisid);
1065            }
1066
1067            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1068            if (!axis->bounds.isEmpty())
1069            {
1070              dims.push_back("axis_nbounds");
1071              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
1072              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1073            }
1074
1075            SuperClassWriter::definition_end();
1076
1077            switch (SuperClass::type)
1078            {
1079              case MULTI_FILE:
1080              {
1081                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1082                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1083                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1084
1085                if (!axis->bounds.isEmpty())
1086                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1087
1088                SuperClassWriter::definition_start();
1089
1090                break;
1091              }
1092              case ONE_FILE:
1093              {
1094                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1095                axis_value = axis->value_srv;
1096
1097                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1098                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1099                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
1100                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1101                startBounds[1] = 0;
1102                countBounds[1] = 2;
1103                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1104
1105                if (!axis->bounds.isEmpty())
1106                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1107
1108                SuperClassWriter::definition_start();
1109
1110                break;
1111              }
1112              default :
1113                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1114                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1115                      << " not implemented yet !");
1116            }
1117          }
1118        }
1119        catch (CNetCdfException& e)
1120        {
1121          StdString msg("On writing the axis : ");
1122          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1123          msg.append("In the context : ");
1124          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1125          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1126          msg.append(e.what());
1127          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1128        }
1129        axis->addRelFile(this->filename);
1130     }
1131
1132      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1133      {
1134        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1135        scalar->checkAttributes();
1136        int scalarSize = 1;
1137
1138        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1139        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1140        else setWrittenAxis(scalaId);
1141
1142        try
1143        {
1144          if (!scalar->value.isEmpty())
1145          {
1146//            dims.push_back(scalaId);
1147            std::vector<StdString> dims;
1148            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, NC_FLOAT, dims);
1149
1150            if (!scalar->name.isEmpty())
1151              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1152
1153            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1154              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1155
1156            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1157              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1158
1159            if (!scalar->unit.isEmpty())
1160              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1161
1162            SuperClassWriter::definition_end();
1163
1164            switch (SuperClass::type)
1165            {
1166              case MULTI_FILE:
1167              {
1168                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1169                scalarValue(0) = scalar->value;
1170                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1171                SuperClassWriter::definition_start();
1172
1173                break;
1174              }
1175              case ONE_FILE:
1176              {
1177                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1178                scalarValue(0) = scalar->value;
1179
1180                std::vector<StdSize> start(1);
1181                std::vector<StdSize> count(1);
1182                start[0] = 0;
1183                count[0] = 1;
1184                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1185                SuperClassWriter::definition_start();
1186
1187                break;
1188              }
1189              default :
1190                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1191                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1192                      << " not implemented yet !");
1193            }
1194          }
1195        }
1196        catch (CNetCdfException& e)
1197        {
1198          StdString msg("On writing the scalar : ");
1199          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1200          msg.append("In the context : ");
1201          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1202          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1203          msg.append(e.what());
1204          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1205        }
1206        scalar->addRelFile(this->filename);
1207     }
1208
1209     //--------------------------------------------------------------
1210
1211     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1212     {
1213       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1214
1215       try
1216       {
1217         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1218         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1219         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1220         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1221         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1222
1223         std::vector<StdString> dims;
1224
1225         if (grid->isCompressible())
1226         {
1227           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1228
1229           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1230           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1231
1232           dims.push_back(varId);
1233           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1234
1235           StdOStringStream compress;
1236           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1237           {
1238             if (2 == axisDomainOrder(i))
1239             {
1240               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1241               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1242               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1243
1244               switch (domain->type)
1245               {
1246                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1247                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1248                   break;
1249                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1250                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1251                   break;
1252                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1253                   compress << "cell" << appendDomId;
1254                   break;
1255               }
1256               ++idxDomain;
1257             }
1258             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1259             {
1260               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1261               compress << axis->getAxisOutputName();
1262               ++idxAxis;
1263             }
1264             else
1265             {
1266               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1267               compress << scalar->getScalarOutputName();
1268               ++idxScalar;
1269             }
1270
1271             if (i != 0) compress << ' ';
1272           }
1273           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1274
1275           grid->computeCompressedIndex();
1276
1277           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1278           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1279           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1280           {
1281             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1282             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1283               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1284           }
1285
1286           switch (SuperClass::type)
1287           {
1288             case (MULTI_FILE):
1289             {
1290               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1291               break;
1292             }
1293             case (ONE_FILE):
1294             {
1295               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1296                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1297
1298               std::vector<StdSize> start, count;
1299               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1300               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1301
1302               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1303               break;
1304             }
1305           }
1306         }
1307         else
1308         {
1309           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1310           {
1311             StdString varId, compress;
1312             CArray<int, 1> indexes;
1313             bool isDistributed;
1314             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1315             int firstGlobalIndex;
1316
1317             if (2 == axisDomainOrder(i))
1318             {
1319               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1320               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1321
1322               if (!domain->isCompressible()
1323                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1324                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1325                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1326                 continue;
1327
1328               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1329
1330               varId = domId + "_points";
1331               switch (domain->type)
1332               {
1333                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1334                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1335                   break;
1336                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1337                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1338                   break;
1339               }
1340
1341               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1342               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1343               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1344                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1345
1346               isDistributed = domain->isDistributed();
1347               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1348               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1349               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1350               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1351
1352               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1353               setWrittenCompressedDomain(domId);
1354               ++idxDomain;
1355             }
1356             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1357             {
1358               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1359               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1360
1361               if (!axis->isCompressible()
1362                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1363                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1364                 continue;
1365
1366               varId = axisId + "_points";
1367               compress = axisId;
1368
1369               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1370               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1371               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1372                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1373
1374               isDistributed = axis->isDistributed();
1375               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1376               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1377               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1378               firstGlobalIndex = axis->begin;
1379
1380               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1381               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1382               ++idxAxis;
1383             }
1384             else
1385             {
1386             }
1387
1388             if (!varId.empty())
1389             {
1390               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1391
1392               dims.clear();
1393               dims.push_back(varId);
1394               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1395
1396               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1397
1398               switch (SuperClass::type)
1399               {
1400                 case (MULTI_FILE):
1401                 {
1402                   indexes -= firstGlobalIndex;
1403                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1404                   break;
1405                 }
1406                 case (ONE_FILE):
1407                 {
1408                   std::vector<StdSize> start, count;
1409                   start.push_back(offset);
1410                   count.push_back(nbIndexes);
1411
1412                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1413                   break;
1414                 }
1415               }
1416             }
1417           }
1418
1419           if (!dims.empty())
1420             grid->computeCompressedIndex();
1421         }
1422
1423         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1424       }
1425       catch (CNetCdfException& e)
1426       {
1427         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1428         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1429         msg.append("In the context : ");
1430         CContext* context = CContext::getCurrent();
1431         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1432         msg.append(e.what());
1433         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1434       }
1435     }
1436
1437     //--------------------------------------------------------------
1438
1439     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1440     {
1441       try
1442       {
1443        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1444       }
1445       catch (CNetCdfException& e)
1446       {
1447         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1448         msg.append("In the context : ");
1449         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1450         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1451         msg.append(e.what());
1452         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1453       }
1454     }
1455
1456      //--------------------------------------------------------------
1457
1458      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1459      {
1460         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1461         CContextServer* server=context->server ;
1462
1463         std::vector<StdString> dims, coodinates;
1464         CGrid* grid = field->grid;
1465         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1466          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1467
1468         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1469         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1470         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1471         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1472         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1473
1474         StdString timeid  = getTimeCounterName();
1475         StdString dimXid,dimYid;
1476         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1477         bool hasArea = false;
1478         StdString cellMeasures = "area:";
1479         bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1480
1481         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1482         {
1483           if (2 == axisDomainOrder(i))
1484           {
1485             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1486             StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1487             StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1488
1489             if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1490             {
1491               dimIdList.push_back(domId + "_points");
1492               field->setUseCompressedOutput();
1493             }
1494
1495             switch (domain->type)
1496             {
1497               case CDomain::type_attr::curvilinear:
1498                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1499                 {
1500                   dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1501                   dimIdList.push_back(dimXid);
1502                   dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1503                   dimIdList.push_back(dimYid);
1504                 }
1505                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1506                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1507                 break ;
1508               case CDomain::type_attr::rectilinear:
1509                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1510                 {
1511                   dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1512                   dimIdList.push_back(dimXid);
1513                   dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1514                   dimIdList.push_back(dimYid);
1515                 }
1516                 break ;
1517               case CDomain::type_attr::unstructured:
1518               {
1519           if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1520           {
1521            dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1522            dimIdList.push_back(dimXid);
1523            dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1524            dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1525          }
1526           else
1527           {
1528            StdString domainName = domain->name;
1529            if (domain->nvertex == 1)
1530            {
1531              dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1532              dimIdList.push_back(dimXid);
1533              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1534              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1535            }
1536            else if (domain->nvertex == 2)
1537            {
1538              dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1539              dimIdList.push_back(dimXid);
1540              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1541              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1542            }
1543            else
1544            {
1545              dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1546              dimIdList.push_back(dimXid);
1547              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1548              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1549            }
1550          }  // ugrid convention
1551        }  // case unstructured domain
1552             }
1553
1554             if (domain->hasArea)
1555             {
1556               hasArea = true;
1557               cellMeasures += " area" + appendDomId;
1558             }
1559             ++idxDomain;
1560           }
1561           else if (1 == axisDomainOrder(i))
1562           {
1563             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1564             StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1565
1566             if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1567             {
1568               dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1569               field->setUseCompressedOutput();
1570             }
1571             else
1572               dimIdList.push_back(axisId);
1573
1574             dimCoordList.push_back(axisId);
1575             ++idxAxis;
1576           }
1577           else // scalar
1578           {
1579             /* Do nothing here */
1580           }
1581         }
1582
1583/*
1584         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1585                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1586                             : lonid;
1587         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1588                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1589                             : latid;
1590*/
1591         StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1592
1593         nc_type type ;
1594         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1595         else
1596         {
1597           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1598           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1599           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1600         }
1601
1602         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1603
1604         if (wtime)
1605         {
1606
1607            //StdOStringStream oss;
1608           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1609           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1610          //oss
1611            if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1612            else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1613            dims.push_back(timeid);
1614         }
1615
1616         if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1617         {
1618           dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1619           field->setUseCompressedOutput();
1620         }
1621         else
1622         {
1623           while (!dimIdList.empty())
1624           {
1625             dims.push_back(dimIdList.back());
1626             dimIdList.pop_back();
1627           }
1628         }
1629
1630         while (!dimCoordList.empty())
1631         {
1632           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1633           dimCoordList.pop_back();
1634         }
1635
1636         try
1637         {
1638           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1639
1640           if (!field->standard_name.isEmpty())
1641              SuperClassWriter::addAttribute
1642                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1643
1644           if (!field->long_name.isEmpty())
1645              SuperClassWriter::addAttribute
1646                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1647
1648           if (!field->unit.isEmpty())
1649              SuperClassWriter::addAttribute
1650                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1651
1652            if (!field->valid_min.isEmpty())
1653              SuperClassWriter::addAttribute
1654                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1655
1656           if (!field->valid_max.isEmpty())
1657              SuperClassWriter::addAttribute
1658                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1659
1660            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1661              SuperClassWriter::addAttribute
1662                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1663
1664             if (!field->add_offset.isEmpty())
1665              SuperClassWriter::addAttribute
1666                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1667
1668           SuperClassWriter::addAttribute
1669                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1670
1671          // write child variables as attributes
1672
1673
1674           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1675           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1676
1677
1678           if (wtime)
1679           {
1680              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1681              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1682              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1683              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1684
1685              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1686              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1687              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1688
1689              StdString cellMethods = "time: ";
1690              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1691              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1692              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1693              else cellMethods += field->operation;
1694              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1695                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1696              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1697           }
1698
1699           if (hasArea)
1700             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1701
1702           if (!field->default_value.isEmpty())
1703           {
1704              double default_value = field->default_value.getValue();
1705              float fdefault_value = (float)default_value;
1706              if (type == NC_DOUBLE)
1707                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1708              else
1709                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1710           }
1711           else
1712              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1713
1714            if (field->compression_level.isEmpty())
1715              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1716            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1717
1718           {  // Ecriture des coordonnes
1719
1720              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1721              std::vector<StdString>::iterator
1722                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1723
1724              for (; itc!= endc; itc++)
1725              {
1726                 StdString & coord = *itc;
1727                 if (itc+1 != endc)
1728                       coordstr.append(coord).append(" ");
1729                 else  coordstr.append(coord);
1730              }
1731
1732              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1733
1734           }
1735         }
1736         catch (CNetCdfException& e)
1737         {
1738           StdString msg("On writing field : ");
1739           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1740           msg.append("In the context : ");
1741           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1742           msg.append(e.what());
1743           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1744         }
1745      } // writeField_()
1746
1747      //--------------------------------------------------------------
1748
1749      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1750      {
1751         StdString filename = file->getFileOutputName();
1752         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1753                               ? file->description.getValue()
1754                               : StdString("Created by xios");
1755
1756         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1757
1758         try
1759         {
1760       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1761             this->writeFileAttributes(filename, description,
1762                                       StdString("CF-1.5"),
1763                                       StdString("An IPSL model"),
1764                                       this->getTimeStamp());
1765           else
1766             this->writeFileAttributes(filename, description,
1767                                       StdString("UGRID"),
1768                                       StdString("An IPSL model"),
1769                                       this->getTimeStamp());
1770
1771
1772           if (!appendMode)
1773             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1774         }
1775         catch (CNetCdfException& e)
1776         {
1777           StdString msg("On writing file : ");
1778           msg.append(filename); msg.append("\n");
1779           msg.append("In the context : ");
1780           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1781           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1782           msg.append(e.what());
1783           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1784         }
1785      }
1786
1787      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1788      {
1789        StdString name = var->getVariableOutputName();
1790
1791        try
1792        {
1793          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1794            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1795          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1796            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1797          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1798            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1799          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1800            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1801          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1802            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1803          else
1804            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1805                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1806        }
1807       catch (CNetCdfException& e)
1808       {
1809         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1810         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1811         msg.append("In the context : ");
1812         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1813         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1814         msg.append(e.what());
1815         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1816       }
1817     }
1818
1819     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1820     {
1821        StdString name = var->getVariableOutputName();
1822
1823        try
1824        {
1825          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1826            addAttribute(name, var->getData<int>());
1827          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1828            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1829          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1830            addAttribute(name, var->getData<float>());
1831          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1832            addAttribute(name, var->getData<double>());
1833          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1834            addAttribute(name, var->getData<string>());
1835          else
1836            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1837                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1838        }
1839       catch (CNetCdfException& e)
1840       {
1841         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1842         msg.append(name); msg.append("\n");
1843         msg.append("In the context : ");
1844         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1845         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1846         msg.append(e.what());
1847         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1848       }
1849     }
1850
1851      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1852      {
1853        try
1854        {
1855          SuperClassWriter::sync() ;
1856        }
1857        catch (CNetCdfException& e)
1858        {
1859         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1860         msg.append("In the context : ");
1861         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1862         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1863         msg.append(e.what());
1864         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1865        }
1866      }
1867
1868      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1869      {
1870        try
1871        {
1872          SuperClassWriter::close() ;
1873        }
1874        catch (CNetCdfException& e)
1875        {
1876         StdString msg("On closing file");
1877         msg.append("In the context : ");
1878         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1879         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1880         msg.append(e.what());
1881         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1882        }
1883
1884      }
1885
1886      //---------------------------------------------------------------
1887
1888      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1889      {
1890         const int buffer_size = 100;
1891         time_t rawtime;
1892         struct tm * timeinfo = NULL;
1893         char buffer [buffer_size];
1894
1895         time ( &rawtime );
1896         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1897         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1898
1899         return (StdString(buffer));
1900      }
1901
1902      //---------------------------------------------------------------
1903
1904      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1905      {
1906        CContext* context = CContext::getCurrent();
1907        CContextServer* server = context->server;
1908        CGrid* grid = field->grid;
1909
1910        if (field->getNStep()<1) return ;
1911       
1912        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1913          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
1914
1915        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1916
1917        StdOStringStream oss;
1918        string timeAxisId;
1919        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
1920        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
1921
1922        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
1923
1924        StdString timeAxisBoundId;
1925        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
1926        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
1927
1928        if (!field->wasWritten())
1929        {
1930          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty())
1931          {
1932            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv) + 1);
1933          }
1934
1935          field->setWritten();
1936        }
1937
1938
1939        CArray<double,1> time_data(1);
1940        CArray<double,1> time_data_bound(2);
1941        CArray<double,1> time_counter(1);
1942        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1943
1944        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
1945
1946        if (wtime)
1947        {
1948          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
1949          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
1950
1951          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1952            time_data(0) = lastWrite;
1953          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1954            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1955
1956          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1957            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
1958          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1959          {
1960            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
1961            time_data_bound(1) = lastWrite;
1962          }
1963
1964          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1965            time_counter(0) = lastWrite;
1966          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1967            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1968          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1969            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
1970
1971
1972          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1973            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
1974          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1975          {
1976            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
1977            time_counter_bound(1) = lastWrite;
1978          }
1979          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1980            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
1981        }
1982
1983         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
1984
1985         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1986         {
1987           double scaleFactor = 1.0;
1988           double addOffset = 0.0;
1989           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
1990           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
1991           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
1992         }
1993
1994         try
1995         {
1996           size_t writtenSize;
1997           if (field->getUseCompressedOutput())
1998             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
1999           else
2000             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2001
2002           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2003           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2004
2005           if (field->getUseCompressedOutput())
2006             field->outputCompressedField(fieldData);
2007           else
2008             field->outputField(fieldData);
2009
2010           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2011
2012           switch (SuperClass::type)
2013           {
2014              case (MULTI_FILE) :
2015              {
2016                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2017                 if (wtime)
2018                 {
2019                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2020                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2021                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2022                   {
2023                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2024                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2025                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2026                   }
2027                 }
2028                 break;
2029              }
2030              case (ONE_FILE) :
2031              {
2032                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2033                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2034                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2035
2036                std::vector<StdSize> start, count;
2037
2038                if (field->getUseCompressedOutput())
2039                {
2040                  if (grid->isCompressible())
2041                  {
2042                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2043                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2044                  }
2045                  else
2046                  {
2047                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2048                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2049                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2050                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2051                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2052                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2053
2054                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2055                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2056
2057
2058                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2059                    {
2060                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2061                      {
2062                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2063
2064                        if (domain->isCompressible())
2065                        {
2066                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2067                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2068                          idx -= 2;
2069                        }
2070                        else
2071                        {
2072                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2073                          {
2074                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2075                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2076                          }
2077                          --idx;
2078                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2079                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2080                          --idx;
2081                        }
2082                        --idxDomain;
2083                      }
2084                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2085                      {
2086                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2087
2088                        if (axis->isCompressible())
2089                        {
2090                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2091                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2092                        }
2093                        else
2094                        {
2095                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2096                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2097                        }
2098
2099                        --idxAxis;
2100                        --idx;
2101                      }
2102                    }
2103                  }
2104                }
2105                else
2106                {
2107
2108                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2109                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2110                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2111                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2112                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2113                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2114
2115                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2116                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2117
2118                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2119                  {
2120                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2121                    {
2122                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2123                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2124                      {
2125                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2126                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2127                      }
2128                      --idx ;
2129                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2130                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2131                      --idx ;
2132                      --idxDomain;
2133                    }
2134                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2135                    {
2136                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2137                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2138                      --idx;
2139                    }
2140                    else
2141                    {
2142                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2143                      {
2144                        start.push_back(0);
2145                        count.push_back(1);
2146                      }
2147                      --idx;
2148                    }
2149                  }
2150                }
2151
2152                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2153                if (wtime)
2154                {
2155                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2156                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2157                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2158                   {
2159                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2160                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2161                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2162                   }
2163                }
2164
2165                break;
2166              }
2167            }
2168         }
2169         catch (CNetCdfException& e)
2170         {
2171           StdString msg("On writing field data: ");
2172           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2173           msg.append("In the context : ");
2174           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2175           msg.append(e.what());
2176           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2177         }
2178      }
2179
2180      //---------------------------------------------------------------
2181
2182      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2183                  (CField*    field,
2184                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2185      {
2186         StdOStringStream oss;
2187
2188         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2189
2190//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2191//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2192
2193//         StdString axisid = oss.str();
2194//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2195//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2196
2197         StdString axisid("time_centered") ;
2198         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2199         StdString timeid(getTimeCounterName());
2200         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2201
2202         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2203         {
2204            axisid = "time_instant";
2205            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2206         }
2207
2208         try
2209         {
2210          // Adding time_instant or time_centered
2211           std::vector<StdString> dims;
2212           dims.push_back(timeid);
2213           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2214           {
2215              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2216
2217              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2218              StdOStringStream oss2;
2219  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2220  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2221              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2222              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2223              this->writeTimeAxisAttributes
2224                 (axisid, cal->getType(),
2225                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2226                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2227           }
2228
2229           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2230           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2231           {
2232              dims.clear() ;
2233              dims.push_back(timeid);
2234              dims.push_back(timeBoundId);
2235              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2236           }
2237
2238           if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2239           {
2240             // Adding time_counter
2241             axisid = getTimeCounterName();
2242             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2243             dims.clear();
2244             dims.push_back(timeid);
2245             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2246             {
2247                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2248                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2249
2250                if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2251                {
2252                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2253                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2254
2255                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2256                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2257                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2258                }
2259             }
2260
2261             // Adding time_counter_bound dimension
2262             if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2263             {
2264                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2265                {
2266                  dims.clear();
2267                  dims.push_back(timeid);
2268                  dims.push_back(timeBoundId);
2269                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2270                }
2271             }
2272           }
2273         }
2274         catch (CNetCdfException& e)
2275         {
2276           StdString msg("On writing time axis data: ");
2277           msg.append("In the context : ");
2278           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2279           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2280           msg.append(e.what());
2281           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2282                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2283         }
2284      }
2285
2286      //---------------------------------------------------------------
2287
2288      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2289                                                   const StdString & calendar,
2290                                                   const StdString & units,
2291                                                   const StdString & time_origin,
2292                                                   const StdString & time_bounds,
2293                                                   const StdString & standard_name,
2294                                                   const StdString & long_name)
2295      {
2296         try
2297         {
2298           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2299           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2300           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2301           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2302           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2303           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2304         }
2305         catch (CNetCdfException& e)
2306         {
2307           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2308           msg.append("In the context : ");
2309           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2310           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2311           msg.append(e.what());
2312           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2313                                                          const StdString & calendar,\
2314                                                          const StdString & units, \
2315                                                          const StdString & time_origin, \
2316                                                          const StdString & time_bounds, \
2317                                                          const StdString & standard_name, \
2318                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2319         }
2320      }
2321
2322      //---------------------------------------------------------------
2323
2324      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2325                                               const StdString & axis,
2326                                               const StdString & standard_name,
2327                                               const StdString & long_name,
2328                                               const StdString & units,
2329                                               const StdString & nav_model)
2330      {
2331         try
2332         {
2333          if (!axis.empty())
2334            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2335
2336          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2337          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2338          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2339//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2340         }
2341         catch (CNetCdfException& e)
2342         {
2343           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2344           msg.append("In the context : ");
2345           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2346           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2347           msg.append(e.what());
2348           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2349                                                      const StdString & axis, \
2350                                                      const StdString & standard_name, \
2351                                                      const StdString & long_name, \
2352                                                      const StdString & units, \
2353                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2354         }
2355      }
2356
2357      //---------------------------------------------------------------
2358
2359      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2360         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2361      {
2362        try
2363        {
2364         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2365         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2366         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2367         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2368        }
2369        catch (CNetCdfException& e)
2370        {
2371           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2372           msg.append("In the context : ");
2373           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2374           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2375           msg.append(e.what());
2376           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2377                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2378        }
2379
2380      }
2381
2382      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2383                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2384      {
2385         CArray<int,1> array(2) ;
2386
2387         try
2388         {
2389           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2390           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2391           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2392           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2393           array=ni_glo,nj_glo ;
2394           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2395           array=ni,nj ;
2396           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2397           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2398           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2399           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2400           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2401           array=0,0 ;
2402           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2403           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2404           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2405  /*
2406           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2407           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2408           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2409           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2410  */
2411         }
2412         catch (CNetCdfException& e)
2413         {
2414           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2415           msg.append("In the context : ");
2416           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2417           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2418           msg.append(e.what());
2419           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2420                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2421         }
2422      }
2423      //---------------------------------------------------------------
2424
2425      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2426                                                const StdString & description,
2427                                                const StdString & conventions,
2428                                                const StdString & production,
2429                                                const StdString & timeStamp)
2430      {
2431         try
2432         {
2433           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2434           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2435           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2436           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2437           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2438           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
2439         }
2440         catch (CNetCdfException& e)
2441         {
2442           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2443           msg.append("In the context : ");
2444           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2445           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2446           msg.append(e.what());
2447           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2448                                                const StdString & description, \
2449                                                const StdString & conventions, \
2450                                                const StdString & production, \
2451                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2452         }
2453      }
2454
2455      //---------------------------------------------------------------
2456
2457      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2458                                               int data_dim,
2459                                               int data_ni,
2460                                               int data_nj,
2461                                               int data_ibegin,
2462                                               int data_jbegin)
2463      {
2464         try
2465         {
2466           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2467           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2468           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2469           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2470           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2471         }
2472         catch (CNetCdfException& e)
2473         {
2474           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2475           msg.append("In the context : ");
2476           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2477           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2478           msg.append(e.what());
2479           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2480                                               int data_dim, \
2481                                               int data_ni, \
2482                                               int data_nj, \
2483                                               int data_ibegin, \
2484                                               int data_jbegin)", << msg);
2485         }
2486      }
2487
2488      ///--------------------------------------------------------------
2489
2490      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time)
2491      {
2492        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2493        if (it == timeToRecordCache.end())
2494        {
2495          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2496          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2497            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2498
2499          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2500          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2501
2502          StdSize record = 0;
2503          double dtime(time);
2504          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2505          {
2506            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2507            {
2508              record = n + 1;
2509              break;
2510            }
2511          }
2512          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2513        }
2514        return it->second;
2515      }
2516
2517      ///--------------------------------------------------------------
2518
2519      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2520      {
2521        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2522      }
2523
2524      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2525      {
2526        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2527      }
2528
2529      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2530      {
2531        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2532      }
2533
2534      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2535      {
2536        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2537      }
2538
2539      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2540      {
2541        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2542      }
2543
2544      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2545      {
2546        this->writtenDomains.insert(domainName);
2547      }
2548
2549      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2550      {
2551        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2552      }
2553
2554      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2555      {
2556        this->writtenAxis.insert(axisName);
2557      }
2558
2559      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2560      {
2561        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2562      }
2563
2564      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2565      {
2566        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2567      }
2568} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.