source: XIOS/dev/branch_yushan_merged/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1134

Last change on this file since 1134 was 1134, checked in by yushan, 4 years ago

branch merged with trunk r1130

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 119.6 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13#include "uuid.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
24      {
25        SuperClass::type = MULTI_FILE;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          ep_lib::MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39      }
40
41      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
42    { /* Ne rien faire de plus */ }
43
44      ///--------------------------------------------------------------
45
46      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
47      {
48         return (this->filename);
49      }
50
51      //---------------------------------------------------------------
52
53      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
54      {
55        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
56        {
57          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
58            writeUnstructuredDomain(domain) ;
59          else
60            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
61          return ;
62        }
63
64         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
65         CContextServer* server=context->server ;
66
67         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
68         domain->checkAttributes();
69
70         if (domain->isEmpty())
71           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
72
73         std::vector<StdString> dim0, dim1;
74         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
75         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
76         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
77         else setWrittenDomain(domid);
78
79
80         StdString dimXid, dimYid ;
81
82        nc_type typePrec ;
83        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
84        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
85        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
86         
87         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
88         switch (domain->type)
89         {
90           case CDomain::type_attr::curvilinear :
91             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
92             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
93             break ;
94           case CDomain::type_attr::rectilinear :
95             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
96             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
97             break;
98         }
99
100         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
101
102         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
103         string areaId = "area" + appendDomid;
104/*
105         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
106                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
107                             : lonid;
108         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
109                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
110                             : latid;
111*/
112
113         try
114         {
115           switch (SuperClass::type)
116           {
117              case (MULTI_FILE) :
118              {
119  //               if (domain->isEmpty()) return;
120
121                 if (server->intraCommSize > 1)
122                 {
123  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
124  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
125                 }
126
127                 switch (domain->type)
128                 {
129                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
130                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
131                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
132                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
133                     break ;
134                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
135                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
136                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
137                     dim0.push_back(dimYid);
138                     dim1.push_back(dimXid);
139                     break;
140                 }
141
142                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
143                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
144
145                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
146                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
147
148                 if (domain->hasBounds)
149                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
150
151                 if (server->intraCommSize > 1)
152                 {
153                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
154                                              domain->zoom_ni_srv,
155                                              domain->zoom_jbegin_srv,
156                                              domain->zoom_nj_srv,
157                                              appendDomid);
158
159                   if (singleDomain)
160                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
161                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
162                                                      domain->zoom_ni_srv,
163                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
164                                                      domain->zoom_nj_srv,
165                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
166                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
167                 }
168
169                 if (domain->hasLonLat)
170                 {
171                   switch (domain->type)
172                   {
173                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
174                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
175                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
176                       break ;
177                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
178                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
179                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
180                        break ;
181                   }
182
183                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
184                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
185
186                   if (domain->hasBounds)
187                   {
188                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
189                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
190
191                     dim0.clear();
192                     dim0.push_back(dimYid);
193                     dim0.push_back(dimXid);
194                     dim0.push_back(dimVertId);
195                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
196                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
197                   }
198                 }
199
200                 dim0.clear();
201                 dim0.push_back(dimYid);
202                 dim0.push_back(dimXid);
203
204
205  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
206  // supress mask               {
207  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
208  // supress mask
209  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
210  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
211  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
212  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
213  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
214  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
215  // supress mask               }
216
217                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
218
219                 if (domain->hasArea)
220                 {
221                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
222                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
223                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
224                 }
225
226                 SuperClassWriter::definition_end();
227
228                 if (domain->hasLonLat)
229                 {
230                   switch (domain->type)
231                   {
232                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
233                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
234                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
235                       break;
236                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
237                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
238                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
239                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
240                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
241                       break;
242                   }
243
244                   if (domain->hasBounds)
245                   {
246                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
247                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
248                   }
249                 }
250
251                 if (domain->hasArea)
252                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
253
254                 SuperClassWriter::definition_start();
255
256                 break;
257              }
258              case (ONE_FILE) :
259              {
260                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
261                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
262
263                 if (domain->hasBounds)
264                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
265
266                 if (domain->hasLonLat)
267                 {
268                   switch (domain->type)
269                   {
270                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
272                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
273                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
274                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
275                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
276                       break;
277
278                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
279                       dim0.push_back(dimYid);
280                       dim1.push_back(dimXid);
281                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
282                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
283                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
284                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
285                       break;
286                   }
287
288                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
289                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
290
291                   this->writeAxisAttributes
292                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
293                   this->writeAxisAttributes
294                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
295
296                   if (domain->hasBounds)
297                   {
298                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
299                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
300
301                     dim0.clear();
302                     dim0.push_back(dimYid);
303                     dim0.push_back(dimXid);
304                     dim0.push_back(dimVertId);
305                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
306                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
307                   }
308                 }
309
310                 if (domain->hasArea)
311                 {
312                   dim0.clear();
313                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
314                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
315                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
316                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
317                   dim0.clear();
318                 }
319
320                 SuperClassWriter::definition_end();
321
322                 switch (domain->type)
323                 {
324                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
325                   {
326                     std::vector<StdSize> start(2) ;
327                     std::vector<StdSize> count(2) ;
328                     if (domain->isEmpty())
329                     {
330                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
331                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
332                     }
333                     else
334                     {
335                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
336                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
337                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
338                     }
339
340                     if (domain->hasLonLat)
341                     {
342                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
343                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
344                     }
345                     break;
346                   }
347                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
348                   {
349                     if (domain->hasLonLat)
350                     {
351                       std::vector<StdSize> start(1) ;
352                       std::vector<StdSize> count(1) ;
353                       if (domain->isEmpty())
354                       {
355                         start[0]=0 ;
356                         count[0]=0 ;
357                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
358                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                       }
361                       else
362                       {
363                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
364                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
365                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
366                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
367
368                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
369                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
370                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
371                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
372                       }
373                     }
374                     break;
375                   }
376                 }
377
378                 if (domain->hasBounds)
379                 {
380                   std::vector<StdSize> start(3);
381                   std::vector<StdSize> count(3);
382                   if (domain->isEmpty())
383                   {
384                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
385                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
386                   }
387                   else
388                   {
389                     start[2] = 0;
390                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
391                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
392                     count[2] = domain->nvertex;
393                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
394                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
395                   }
396
397                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
398                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
399                 }
400
401                 if (domain->hasArea)
402                 {
403                   std::vector<StdSize> start(2);
404                   std::vector<StdSize> count(2);
405
406                   if (domain->isEmpty())
407                   {
408                     start[0] = 0; start[1] = 0;
409                     count[0] = 0; count[1] = 0;
410                   }
411                   else
412                   {
413                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
414                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
415                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
416                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
417                   }
418
419                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
420                 }
421
422                 SuperClassWriter::definition_start();
423                 break;
424              }
425              default :
426                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
427                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
428                       << " not implemented yet !");
429           }
430         }
431         catch (CNetCdfException& e)
432         {
433           StdString msg("On writing the domain : ");
434           msg.append(domid); msg.append("\n");
435           msg.append("In the context : ");
436           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
437           msg.append(e.what());
438           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
439         }
440
441         domain->addRelFile(this->filename);
442      }
443
444    //--------------------------------------------------------------
445
446    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
447    {
448      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
449      CContextServer* server=context->server ;
450
451      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
452      domain->checkAttributes();
453      if (domain->isEmpty())
454        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
455
456     nc_type typePrec ;
457     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
458     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
459     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
460
461      std::vector<StdString> dim0;
462      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
463      StdString domainName = domain->name;
464      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
465      domain->mesh->createMeshEpsilon(static_cast<MPI_Comm>(server->intraComm.mpi_comm), domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
466
467      StdString node_x = domainName + "_node_x";
468      StdString node_y = domainName + "_node_y";
469
470      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
471      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
472      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
473
474      StdString face_x = domainName + "_face_x";
475      StdString face_y = domainName + "_face_y";
476      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
477      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
478      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
479      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
480
481      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
482      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
483      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
484      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
485      StdString dimTwo = "Two";
486
487      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
488      if (!isWrittenDomain(domid))
489      {
490        dim0.clear();
491        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
492        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
493        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
494        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
495        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
496      }
497
498      try
499      {
500        switch (SuperClass::type)
501        {
502          case (ONE_FILE) :
503          {
504            // Adding nodes
505            if (domain->nvertex == 1)
506            {
507              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
508              {
509                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
510                dim0.clear();
511                dim0.push_back(dimNode);
512                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
513                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
514                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
515                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
516                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
517                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
518                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
519                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
520              }
521            } // domain->nvertex == 1
522
523            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
524            if (domain->nvertex == 2)
525            {
526              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
527              {
528                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
529                dim0.clear();
530                dim0.push_back(dimNode);
531                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
532                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
533                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
534                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
535                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
536                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
537                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
538                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
539              }
540              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
541              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
542              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
543              dim0.clear();
544              dim0.push_back(dimEdge);
545              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
546              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
547              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
548              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
549              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
550              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
551              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
552              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
553              dim0.clear();
554              dim0.push_back(dimEdge);
555              dim0.push_back(dimTwo);
556              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
557              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
558              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
559              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
560            } // domain->nvertex == 2
561
562            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
563            if (domain->nvertex > 2)
564            {
565              // Nodes
566              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
567              {
568                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
569                dim0.clear();
570                dim0.push_back(dimNode);
571                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
572                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
573                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
574                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
575                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
576                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
577                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
578                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
579              }
580              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
581              {
582                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
583                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
584                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
585                dim0.clear();
586                dim0.push_back(dimEdge);
587                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
588                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
589                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
590                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
591                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
592                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
593                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
594                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
595                dim0.clear();
596                dim0.push_back(dimEdge);
597                dim0.push_back(dimTwo);
598                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
599                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
600                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
601                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
602              }
603              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
604              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
605              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
606              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
607              dim0.clear();
608              dim0.push_back(dimFace);
609              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0);
610              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
611              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
612              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
613              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0);
614              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
615              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
616              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
617              dim0.clear();
618              dim0.push_back(dimFace);
619              dim0.push_back(dimVertex);
620              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
621              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
622              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
623              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
624              dim0.clear();
625              dim0.push_back(dimFace);
626              dim0.push_back(dimVertex);
627              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
628              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
629              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
630              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
631              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
632              dim0.clear();
633              dim0.push_back(dimEdge);
634              dim0.push_back(dimTwo);
635              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
636              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
637              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
638              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
639              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
640              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
641              dim0.clear();
642              dim0.push_back(dimFace);
643              dim0.push_back(dimVertex);
644              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
645              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
646              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
647              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
648              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
649              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
650              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
651            } // domain->nvertex > 2
652
653            SuperClassWriter::definition_end();
654
655            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
656            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
657            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
658            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
659            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
660            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
661            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
662            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
663            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
664            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
665            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
666            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
667
668            if (!isWrittenDomain(domid))
669            {
670              if (domain->nvertex == 1)
671              {
672                if (domain->isEmpty())
673                 {
674                   startNodes[0]=0 ;
675                   countNodes[0]=0 ;
676                 }
677                 else
678                 {
679                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
680                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
681                 }
682
683                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
684                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
685              }
686              else if (domain->nvertex == 2)
687              {
688                if (domain->isEmpty())
689                 {
690                  startEdges[0]=0 ;
691                  countEdges[0]=0 ;
692                  startNodes[0]=0 ;
693                  countNodes[0]=0 ;
694                  startEdgeNodes[0]=0;
695                  startEdgeNodes[1]=0;
696                  countEdgeNodes[0]=0;
697                  countEdgeNodes[1]=0;
698
699                 }
700                 else
701                 {
702                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
703                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
704                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
705                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
706                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
707                   startEdgeNodes[1] = 0;
708                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
709                   countEdgeNodes[1]= 2;
710                 }
711                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
712                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
713                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
714                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
715                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
716              }
717              else
718              {
719                if (domain->isEmpty())
720                 {
721                   startFaces[0] = 0 ;
722                   countFaces[0] = 0 ;
723                   startNodes[0] = 0;
724                   countNodes[0] = 0;
725                   startEdges[0] = 0;
726                   countEdges[0] = 0;
727                   startEdgeFaces[0] = 0;
728                   startEdgeFaces[1] = 0;
729                   countEdgeFaces[0] = 0;
730                   countEdgeFaces[1] = 0;
731                   startFaceConctv[0] = 0;
732                   startFaceConctv[1] = 0;
733                   countFaceConctv[0] = 0;
734                   countFaceConctv[1] = 0;
735                 }
736                 else
737                 {
738                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
739                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
740                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
741                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
742                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
743                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
744                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
745                   startEdgeNodes[1] = 0;
746                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
747                   countEdgeNodes[1]= 2;
748                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
749                   startEdgeFaces[1]= 0;
750                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
751                   countEdgeFaces[1]= 2;
752                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
753                   startFaceConctv[1] = 0;
754                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
755                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
756                 }
757                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
758                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
759                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
760                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
761                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
762                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
763                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
764                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
765                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
766                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
767                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
768              }
769              setWrittenDomain(domid);
770            } // !isWrittenDomain
771            else
772            {
773              if (domain->nvertex == 2)
774              {
775                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
776                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
777                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
778                startEdgeNodes[1] = 0;
779                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
780                countEdgeNodes[1]= 2;
781                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
782                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
783                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
784              } 
785              if (domain->nvertex > 2)
786              {
787
788                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
789                {
790                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
791                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
792                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
793                  startEdgeNodes[1] = 0;
794                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
795                  countEdgeNodes[1]= 2;
796                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
797                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
798                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
799                }
800                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
801                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
802                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
803                startEdgeFaces[1]= 0;
804                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
805                countEdgeFaces[1]= 2;
806                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
807                startFaceConctv[1] = 0;
808                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
809                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
810                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
811                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
812                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
813                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
814                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
815                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
816              }
817            }// isWrittenDomain
818
819            SuperClassWriter::definition_start();
820
821            break;
822          } // ONE_FILE
823
824          case (MULTI_FILE) :
825          {
826            break;
827          }
828
829          default :
830          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
831          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
832          << " not implemented yet !");
833          } // switch
834        } // try
835
836        catch (CNetCdfException& e)
837        {
838          StdString msg("On writing the domain : ");
839          msg.append(domid); msg.append("\n");
840          msg.append("In the context : ");
841          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
842          msg.append(e.what());
843          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
844        }
845
846  domain->addRelFile(this->filename);
847  }
848
849    //--------------------------------------------------------------
850
851    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
852      {
853         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
854         CContextServer* server=context->server ;
855
856         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
857         domain->checkAttributes();
858
859         if (domain->isEmpty())
860           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
861
862         std::vector<StdString> dim0, dim1;
863         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
864         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
865         else setWrittenDomain(domid);
866
867         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
868
869         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
870         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
871
872         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
873         string areaId = "area" + appendDomid;
874
875         nc_type typePrec ;
876         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
877         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
878         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
879
880         try
881         {
882           switch (SuperClass::type)
883           {
884              case (MULTI_FILE) :
885              {
886                 dim0.push_back(dimXid);
887                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
888
889                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
890                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
891                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
892                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
893                 if (domain->hasLonLat)
894                 {
895                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
896                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
897                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
898                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
899                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
900                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
901                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
902                 }
903                 dim0.clear();
904                 if (domain->hasBounds)
905                 {
906                   dim0.push_back(dimXid);
907                   dim0.push_back(dimVertId);
908                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
909                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
910                 }
911
912                 dim0.clear();
913                 dim0.push_back(dimXid);
914                 if (domain->hasArea)
915                 {
916                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
917                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
918                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
919                 }
920
921                 SuperClassWriter::definition_end();
922
923                 if (domain->hasLonLat)
924                 {
925                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
926                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
927                   if (domain->hasBounds)
928                   {
929                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
930                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
931                   }
932                 }
933
934                 if (domain->hasArea)
935                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
936
937                 SuperClassWriter::definition_start();
938                 break ;
939              }
940
941              case (ONE_FILE) :
942              {
943                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
944                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
945                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
946                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
947                 dim0.push_back(dimXid);
948                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
949                 if (domain->hasLonLat)
950                 {
951                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
952                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
953
954                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
955                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
956                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
957                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
958                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
959                 }
960                 dim0.clear();
961
962                 if (domain->hasBounds)
963                 {
964                   dim0.push_back(dimXid);
965                   dim0.push_back(dimVertId);
966                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
967                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
968                 }
969
970                 if (domain->hasArea)
971                 {
972                   dim0.clear();
973                   dim0.push_back(dimXid);
974                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
975                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
976                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
977                 }
978
979                 SuperClassWriter::definition_end();
980
981                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
982                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
983                 if (domain->isEmpty())
984                 {
985                   start[0]=0 ;
986                   count[0]=0 ;
987                   startBounds[1]=0 ;
988                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
989                   startBounds[0]=0 ;
990                   countBounds[0]=0 ;
991                 }
992                 else
993                 {
994                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
995                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
996                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
997                   startBounds[1]=0 ;
998                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
999                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
1000                 }
1001
1002                 if (domain->hasLonLat)
1003                 {
1004                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1005                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1006                   if (domain->hasBounds)
1007                   {
1008                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1009                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1010                   }
1011                 }
1012
1013                 if (domain->hasArea)
1014                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1015
1016                 SuperClassWriter::definition_start();
1017
1018                 break;
1019              }
1020              default :
1021                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1022                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1023                       << " not implemented yet !");
1024           }
1025         }
1026         catch (CNetCdfException& e)
1027         {
1028           StdString msg("On writing the domain : ");
1029           msg.append(domid); msg.append("\n");
1030           msg.append("In the context : ");
1031           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1032           msg.append(e.what());
1033           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1034         }
1035         domain->addRelFile(this->filename);
1036      }
1037      //--------------------------------------------------------------
1038
1039      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1040      {
1041        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1042        axis->checkAttributes();
1043        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1044        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1045        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1046                                                              : axis->global_zoom_n;
1047        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
1048                                                              : axis->global_zoom_begin;
1049
1050        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1051
1052        std::vector<StdString> dims;
1053        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1054        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1055        else setWrittenAxis(axisid);
1056
1057        nc_type typePrec ;
1058        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1059        else if (axis->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1060        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1061         
1062        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1063        string strId="str_len" ;
1064        try
1065        {
1066          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1067          if (!axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1068          if (axis->hasValue)
1069          {
1070            dims.push_back(axisid);
1071            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1072            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims);
1073
1074            if (!axis->name.isEmpty())
1075              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1076
1077            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1078              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1079
1080            if (!axis->long_name.isEmpty())
1081              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1082
1083            if (!axis->unit.isEmpty())
1084              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1085
1086            if (!axis->positive.isEmpty())
1087            {
1088              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1089              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1090                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1091                                             &axisid);
1092            }
1093
1094            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1095            if (!axis->bounds.isEmpty())
1096            {
1097              dims.push_back("axis_nbounds");
1098              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims);
1099              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1100            }
1101
1102            SuperClassWriter::definition_end();
1103
1104            switch (SuperClass::type)
1105            {
1106              case MULTI_FILE:
1107              {
1108                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1109                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1110                if (axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1111
1112                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1113                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1114
1115                if (! axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis->label_srv, axisid, isCollective, 0);
1116 
1117                SuperClassWriter::definition_start();
1118                break;
1119              }
1120              case ONE_FILE:
1121              {
1122                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1123                axis_value = axis->value_srv;
1124
1125                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1126                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1127                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
1128                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1129                startBounds[1] = 0;
1130                countBounds[1] = 2;
1131                if (axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1132
1133                if (!axis->bounds.isEmpty()&& axis->label.isEmpty())
1134                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1135
1136                if (! axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis->label_srv, axisid, isCollective, 0);
1137
1138                SuperClassWriter::definition_start();
1139
1140                break;
1141              }
1142              default :
1143                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1144                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1145                      << " not implemented yet !");
1146            }
1147          }
1148        }
1149        catch (CNetCdfException& e)
1150        {
1151          StdString msg("On writing the axis : ");
1152          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1153          msg.append("In the context : ");
1154          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1155          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1156          msg.append(e.what());
1157          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1158        }
1159        axis->addRelFile(this->filename);
1160     }
1161
1162      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1163      {
1164        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1165        scalar->checkAttributes();
1166        int scalarSize = 1;
1167
1168        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1169        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1170        else setWrittenAxis(scalaId);
1171
1172        nc_type typePrec ;
1173        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1174        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1175        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1176
1177       
1178        try
1179        {
1180          if (!scalar->value.isEmpty())
1181          {
1182//            dims.push_back(scalaId);
1183            std::vector<StdString> dims;
1184            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1185
1186            if (!scalar->name.isEmpty())
1187              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1188
1189            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1190              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1191
1192            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1193              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1194
1195            if (!scalar->unit.isEmpty())
1196              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1197
1198            SuperClassWriter::definition_end();
1199
1200            switch (SuperClass::type)
1201            {
1202              case MULTI_FILE:
1203              {
1204                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1205                scalarValue(0) = scalar->value;
1206                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1207                SuperClassWriter::definition_start();
1208
1209                break;
1210              }
1211              case ONE_FILE:
1212              {
1213                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1214                scalarValue(0) = scalar->value;
1215
1216                std::vector<StdSize> start(1);
1217                std::vector<StdSize> count(1);
1218                start[0] = 0;
1219                count[0] = 1;
1220                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1221                SuperClassWriter::definition_start();
1222
1223                break;
1224              }
1225              default :
1226                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1227                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1228                      << " not implemented yet !");
1229            }
1230          }
1231        }
1232        catch (CNetCdfException& e)
1233        {
1234          StdString msg("On writing the scalar : ");
1235          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1236          msg.append("In the context : ");
1237          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1238          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1239          msg.append(e.what());
1240          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1241        }
1242        scalar->addRelFile(this->filename);
1243     }
1244
1245     //--------------------------------------------------------------
1246
1247     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1248     {
1249       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1250
1251       try
1252       {
1253         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1254         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1255         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1256         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1257         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1258
1259         std::vector<StdString> dims;
1260
1261         if (grid->isCompressible())
1262         {
1263           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1264
1265           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1266           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1267
1268           dims.push_back(varId);
1269           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1270
1271           StdOStringStream compress;
1272           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1273           {
1274             if (2 == axisDomainOrder(i))
1275             {
1276               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1277               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1278               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1279
1280               switch (domain->type)
1281               {
1282                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1283                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1284                   break;
1285                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1286                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1287                   break;
1288                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1289                   compress << "cell" << appendDomId;
1290                   break;
1291               }
1292               ++idxDomain;
1293             }
1294             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1295             {
1296               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1297               compress << axis->getAxisOutputName();
1298               ++idxAxis;
1299             }
1300             else
1301             {
1302               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1303               compress << scalar->getScalarOutputName();
1304               ++idxScalar;
1305             }
1306
1307             if (i != 0) compress << ' ';
1308           }
1309           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1310
1311           grid->computeCompressedIndex();
1312
1313           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1314           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1315           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1316           {
1317             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1318             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1319               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1320           }
1321
1322           switch (SuperClass::type)
1323           {
1324             case (MULTI_FILE):
1325             {
1326               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1327               break;
1328             }
1329             case (ONE_FILE):
1330             {
1331               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1332                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1333
1334               std::vector<StdSize> start, count;
1335               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1336               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1337
1338               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1339               break;
1340             }
1341           }
1342         }
1343         else
1344         {
1345           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1346           {
1347             StdString varId, compress;
1348             CArray<int, 1> indexes;
1349             bool isDistributed;
1350             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1351             int firstGlobalIndex;
1352
1353             if (2 == axisDomainOrder(i))
1354             {
1355               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1356               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1357
1358               if (!domain->isCompressible()
1359                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1360                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1361                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1362                 continue;
1363
1364               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1365
1366               varId = domId + "_points";
1367               switch (domain->type)
1368               {
1369                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1370                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1371                   break;
1372                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1373                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1374                   break;
1375               }
1376
1377               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1378               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1379               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1380                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1381
1382               isDistributed = domain->isDistributed();
1383               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1384               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1385               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1386               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1387
1388               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1389               setWrittenCompressedDomain(domId);
1390               ++idxDomain;
1391             }
1392             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1393             {
1394               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1395               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1396
1397               if (!axis->isCompressible()
1398                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1399                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1400                 continue;
1401
1402               varId = axisId + "_points";
1403               compress = axisId;
1404
1405               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1406               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1407               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1408                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1409
1410               isDistributed = axis->isDistributed();
1411               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1412               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1413               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1414               firstGlobalIndex = axis->begin;
1415
1416               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1417               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1418               ++idxAxis;
1419             }
1420             else
1421             {
1422             }
1423
1424             if (!varId.empty())
1425             {
1426               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1427
1428               dims.clear();
1429               dims.push_back(varId);
1430               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1431
1432               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1433
1434               switch (SuperClass::type)
1435               {
1436                 case (MULTI_FILE):
1437                 {
1438                   indexes -= firstGlobalIndex;
1439                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1440                   break;
1441                 }
1442                 case (ONE_FILE):
1443                 {
1444                   std::vector<StdSize> start, count;
1445                   start.push_back(offset);
1446                   count.push_back(nbIndexes);
1447
1448                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1449                   break;
1450                 }
1451               }
1452             }
1453           }
1454
1455           if (!dims.empty())
1456             grid->computeCompressedIndex();
1457         }
1458
1459         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1460       }
1461       catch (CNetCdfException& e)
1462       {
1463         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1464         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1465         msg.append("In the context : ");
1466         CContext* context = CContext::getCurrent();
1467         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1468         msg.append(e.what());
1469         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1470       }
1471     }
1472
1473     //--------------------------------------------------------------
1474
1475     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1476     {
1477       try
1478       {
1479        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1480       }
1481       catch (CNetCdfException& e)
1482       {
1483         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1484         msg.append("In the context : ");
1485         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1486         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1487         msg.append(e.what());
1488         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1489       }
1490     }
1491
1492      //--------------------------------------------------------------
1493
1494      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1495      {
1496        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1497        CContextServer* server=context->server ;
1498
1499        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1500        CGrid* grid = field->grid;
1501        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1502          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1503
1504        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1505        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1506        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1507        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1508        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1509
1510        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1511        StdString dimXid,dimYid;
1512        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1513        bool hasArea = false;
1514        StdString cellMeasures = "area:";
1515        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1516
1517        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1518        {
1519          if (2 == axisDomainOrder(i))
1520          {
1521            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1522            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1523            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1524
1525            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1526            {
1527              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1528              field->setUseCompressedOutput();
1529            }
1530
1531            switch (domain->type)
1532            {
1533              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1534                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1535                {
1536                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1537                  dimIdList.push_back(dimXid);
1538                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1539                  dimIdList.push_back(dimYid);
1540                }
1541                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1542                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1543              break ;
1544              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1545                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1546                {
1547                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1548                  dimIdList.push_back(dimXid);
1549                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1550                  dimIdList.push_back(dimYid);
1551                }
1552              break ;
1553              case CDomain::type_attr::unstructured:
1554              {
1555                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1556                {
1557                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1558                  dimIdList.push_back(dimXid);
1559                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1560                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1561                }
1562                else
1563                {
1564                  StdString domainName = domain->name;
1565                  if (domain->nvertex == 1)
1566                  {
1567                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1568                    dimIdList.push_back(dimXid);
1569                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1570                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1571                  }
1572                  else if (domain->nvertex == 2)
1573                  {
1574                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1575                    dimIdList.push_back(dimXid);
1576                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1577                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1578                  }
1579                  else
1580                  {
1581                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1582                    dimIdList.push_back(dimXid);
1583                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1584                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1585                  }
1586                }  // ugrid convention
1587              }  // case unstructured domain
1588            }
1589
1590            if (domain->hasArea)
1591            {
1592              hasArea = true;
1593              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1594            }
1595            ++idxDomain;
1596          }
1597          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1598          {
1599            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1600            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1601
1602            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1603            {
1604              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1605              field->setUseCompressedOutput();
1606            }
1607            else
1608              dimIdList.push_back(axisId);
1609
1610            dimCoordList.push_back(axisId);
1611            ++idxAxis;
1612          }
1613          else // scalar
1614          {
1615             /* Do nothing here */
1616          }
1617        }
1618
1619        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1620
1621        nc_type type ;
1622        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1623        else
1624        {
1625          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1626          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1627          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1628        }
1629
1630        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1631
1632        if (wtime)
1633        {
1634          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1635          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
1636          dims.push_back(timeid);
1637        }
1638
1639        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1640        {
1641          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1642          field->setUseCompressedOutput();
1643        }
1644        else
1645        {
1646          while (!dimIdList.empty())
1647          {
1648            dims.push_back(dimIdList.back());
1649            dimIdList.pop_back();
1650          }
1651        }
1652
1653        while (!dimCoordList.empty())
1654        {
1655          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1656          dimCoordList.pop_back();
1657        }
1658
1659        try
1660        {
1661           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1662
1663           if (!field->standard_name.isEmpty())
1664              SuperClassWriter::addAttribute
1665                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1666
1667           if (!field->long_name.isEmpty())
1668              SuperClassWriter::addAttribute
1669                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1670
1671           if (!field->unit.isEmpty())
1672              SuperClassWriter::addAttribute
1673                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1674
1675           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1676           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1677           {
1678            if (!domainList.empty())
1679            {
1680              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1681              StdString mesh = domain->name;
1682              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1683              StdString location;
1684              if (domain->nvertex == 1)
1685                location = "node";
1686              else if (domain->nvertex == 2)
1687                location = "edge";
1688              else if (domain->nvertex > 2)
1689                location = "face";
1690              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1691            }
1692
1693           }
1694
1695           if (!field->valid_min.isEmpty())
1696              SuperClassWriter::addAttribute
1697                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1698
1699           if (!field->valid_max.isEmpty())
1700              SuperClassWriter::addAttribute
1701                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1702
1703            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1704              SuperClassWriter::addAttribute
1705                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1706
1707             if (!field->add_offset.isEmpty())
1708              SuperClassWriter::addAttribute
1709                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1710
1711           SuperClassWriter::addAttribute
1712                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1713
1714          // write child variables as attributes
1715
1716
1717           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1718           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1719
1720           bool alreadyAddCellMethod = false;
1721           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1722           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1723           {
1724              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1725              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1726                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1727              {
1728                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1729                alreadyAddCellMethod = true;
1730              }
1731              else
1732              {
1733                switch (field->cell_methods_mode)
1734                {
1735                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1736                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1737                    cellMethodsPrefix += " ";
1738                    break;
1739                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1740                    cellMethodsSuffix = " ";
1741                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1742                    break;
1743                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1744                    break;
1745                  default:
1746                    break;
1747                }
1748              }
1749           }
1750
1751
1752           if (wtime)
1753           {
1754              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1755              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1756              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1757              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1758
1759              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1760              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1761              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1762
1763              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1764              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1765              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1766              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1767              else cellMethods += field->operation;
1768              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1769                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1770              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1771              if (!alreadyAddCellMethod)
1772                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1773           }
1774
1775           if (hasArea)
1776             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1777
1778           if (!field->default_value.isEmpty())
1779           {
1780              double default_value = field->default_value.getValue();
1781              float fdefault_value = (float)default_value;
1782              if (type == NC_DOUBLE)
1783                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1784              else
1785                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1786           }
1787           else
1788              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1789
1790            if (field->compression_level.isEmpty())
1791              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1792            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1793
1794           {  // Ecriture des coordonnes
1795
1796              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1797              std::vector<StdString>::iterator
1798                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1799
1800              for (; itc!= endc; itc++)
1801              {
1802                 StdString & coord = *itc;
1803                 if (itc+1 != endc)
1804                       coordstr.append(coord).append(" ");
1805                 else  coordstr.append(coord);
1806              }
1807
1808              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1809
1810           }
1811         }
1812         catch (CNetCdfException& e)
1813         {
1814           StdString msg("On writing field : ");
1815           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1816           msg.append("In the context : ");
1817           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1818           msg.append(e.what());
1819           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1820         }
1821      } // writeField_()
1822
1823      //--------------------------------------------------------------
1824
1825      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1826      {
1827         StdString filename = file->getFileOutputName();
1828         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1829                               ? file->description.getValue()
1830                               : StdString("Created by xios");
1831
1832         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1833
1834         try
1835         {
1836       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1837             this->writeFileAttributes(filename, description,
1838                                       StdString("CF-1.6"),
1839                                       StdString("An IPSL model"),
1840                                       this->getTimeStamp());
1841           else
1842             this->writeFileAttributes(filename, description,
1843                                       StdString("UGRID"),
1844                                       StdString("An IPSL model"),
1845                                       this->getTimeStamp());
1846
1847
1848           if (!appendMode)
1849             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1850         }
1851         catch (CNetCdfException& e)
1852         {
1853           StdString msg("On writing file : ");
1854           msg.append(filename); msg.append("\n");
1855           msg.append("In the context : ");
1856           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1857           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1858           msg.append(e.what());
1859           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1860         }
1861      }
1862
1863      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1864      {
1865        StdString name = var->getVariableOutputName();
1866
1867        try
1868        {
1869          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1870            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1871          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1872            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1873          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1874            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1875          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1876            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1877          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1878            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1879          else
1880            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1881                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1882        }
1883       catch (CNetCdfException& e)
1884       {
1885         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1886         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1887         msg.append("In the context : ");
1888         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1889         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1890         msg.append(e.what());
1891         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1892       }
1893     }
1894
1895     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1896     {
1897        StdString name = var->getVariableOutputName();
1898
1899        try
1900        {
1901          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1902            addAttribute(name, var->getData<int>());
1903          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1904            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1905          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1906            addAttribute(name, var->getData<float>());
1907          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1908            addAttribute(name, var->getData<double>());
1909          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1910            addAttribute(name, var->getData<string>());
1911          else
1912            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1913                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1914        }
1915       catch (CNetCdfException& e)
1916       {
1917         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1918         msg.append(name); msg.append("\n");
1919         msg.append("In the context : ");
1920         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1921         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1922         msg.append(e.what());
1923         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1924       }
1925     }
1926
1927      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1928      {
1929        try
1930        {
1931          SuperClassWriter::sync() ;
1932        }
1933        catch (CNetCdfException& e)
1934        {
1935         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1936         msg.append("In the context : ");
1937         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1938         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1939         msg.append(e.what());
1940         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1941        }
1942      }
1943
1944      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1945      {
1946        try
1947        {
1948          SuperClassWriter::close() ;
1949        }
1950        catch (CNetCdfException& e)
1951        {
1952         StdString msg("On closing file");
1953         msg.append("In the context : ");
1954         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1955         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1956         msg.append(e.what());
1957         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1958        }
1959
1960      }
1961
1962      //---------------------------------------------------------------
1963
1964      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1965      {
1966         const int buffer_size = 100;
1967         time_t rawtime;
1968         struct tm * timeinfo = NULL;
1969         char buffer [buffer_size];
1970         StdString formatStr;
1971         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
1972         else formatStr=file->time_stamp_format;
1973
1974//         time ( &rawtime );
1975//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1976         time ( &rawtime );
1977         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
1978         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
1979
1980         return (StdString(buffer));
1981      }
1982
1983      //---------------------------------------------------------------
1984
1985      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1986      {
1987        CContext* context = CContext::getCurrent();
1988        CContextServer* server = context->server;
1989        CGrid* grid = field->grid;
1990
1991        if (field->getNStep()<1) return ;
1992       
1993        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1994          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
1995
1996        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1997
1998        StdOStringStream oss;
1999        string timeAxisId;
2000        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2001        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2002
2003        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2004
2005        StdString timeAxisBoundId;
2006        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2007        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2008
2009        if (!field->wasWritten())
2010        {
2011          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2012              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2013          {
2014            double factorUnit;
2015            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2016            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2017            else factorUnit=1 ;
2018            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2019          }
2020
2021          field->setWritten();
2022        }
2023
2024
2025        CArray<double,1> time_data(1);
2026        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2027        CArray<double,1> time_counter(1);
2028        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2029
2030        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2031        bool wtimeCounter =false ;
2032        bool wtimeData =false ;
2033       
2034
2035        if (wtime)
2036        {
2037
2038          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2039          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2040
2041         
2042          if (field->hasTimeInstant)
2043          {
2044            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2045            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2046            if (timeCounterType==instant)
2047            {
2048              time_counter(0) = time_data(0);
2049              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2050              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2051              wtimeCounter=true ;
2052            }
2053            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2054          }
2055          else if (field->hasTimeCentered)
2056          {
2057            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2058            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2059            time_data_bound(1) = lastWrite;
2060            if (timeCounterType==centered)
2061            {
2062              time_counter(0) = time_data(0) ;
2063              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2064              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2065              wtimeCounter=true ;
2066            }
2067            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2068          }
2069
2070          if (timeCounterType==record)
2071          {
2072            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2073            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2074            wtimeCounter=true ;
2075          }
2076
2077          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2078          {
2079            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2080            time_data/=secByDay;
2081            time_data_bound/=secByDay;
2082            time_counter/=secByDay;
2083            time_counter_bound/=secByDay;
2084          }
2085        }
2086
2087         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2088
2089         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2090         {
2091           double scaleFactor = 1.0;
2092           double addOffset = 0.0;
2093           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2094           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2095           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2096         }
2097
2098         try
2099         {
2100           size_t writtenSize;
2101           if (field->getUseCompressedOutput())
2102             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2103           else
2104             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2105
2106           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2107           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2108
2109           if (field->getUseCompressedOutput())
2110             field->outputCompressedField(fieldData);
2111           else
2112             field->outputField(fieldData);
2113
2114           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2115
2116           switch (SuperClass::type)
2117           {
2118              case (MULTI_FILE) :
2119              {
2120                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2121                 if (wtime)
2122                 {
2123                   if ( wtimeData)
2124                   {
2125                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2126                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2127                   }
2128                   if (wtimeCounter)
2129                   {
2130                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2131                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2132                   }
2133                 }
2134                 break;
2135              }
2136              case (ONE_FILE) :
2137              {
2138                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2139                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2140                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2141
2142                std::vector<StdSize> start, count;
2143
2144                if (field->getUseCompressedOutput())
2145                {
2146                  if (grid->isCompressible())
2147                  {
2148                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2149                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2150                  }
2151                  else
2152                  {
2153                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2154                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2155                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2156                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2157                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2158                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2159
2160                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2161                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2162
2163
2164                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2165                    {
2166                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2167                      {
2168                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2169
2170                        if (domain->isCompressible())
2171                        {
2172                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2173                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2174                          idx -= 2;
2175                        }
2176                        else
2177                        {
2178                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2179                          {
2180                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2181                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2182                          }
2183                          --idx;
2184                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2185                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2186                          --idx;
2187                        }
2188                        --idxDomain;
2189                      }
2190                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2191                      {
2192                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2193
2194                        if (axis->isCompressible())
2195                        {
2196                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2197                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2198                        }
2199                        else
2200                        {
2201                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2202                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2203                        }
2204
2205                        --idxAxis;
2206                        --idx;
2207                      }
2208                    }
2209                  }
2210                }
2211                else
2212                {
2213
2214                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2215                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2216                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2217                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2218                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2219                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2220
2221                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2222                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2223
2224                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2225                  {
2226                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2227                    {
2228                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2229                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2230                      {
2231                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2232                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2233                      }
2234                      --idx ;
2235                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2236                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2237                      --idx ;
2238                      --idxDomain;
2239                    }
2240                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2241                    {
2242                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2243                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2244                      --idx;
2245                    }
2246                    else
2247                    {
2248                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2249                      {
2250                        start.push_back(0);
2251                        count.push_back(1);
2252                      }
2253                      --idx;
2254                    }
2255                  }
2256                }
2257
2258                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2259                 if (wtime)
2260                 {
2261                   if ( wtimeData)
2262                   {
2263                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2264                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2265                   }
2266                   if (wtimeCounter)
2267                   {
2268                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2269                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2270                   }
2271                 }
2272
2273                break;
2274              }
2275            }
2276         }
2277         catch (CNetCdfException& e)
2278         {
2279           StdString msg("On writing field data: ");
2280           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2281           msg.append("In the context : ");
2282           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2283           msg.append(e.what());
2284           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2285         }
2286      }
2287
2288      //---------------------------------------------------------------
2289
2290      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2291                  (CField*    field,
2292                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2293      {
2294         StdOStringStream oss;
2295         bool createInstantAxis=false ;
2296         bool createCenteredAxis=false ;
2297         bool createTimeCounterAxis=false ;
2298         
2299         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2300
2301
2302         StdString axisId ;
2303         StdString axisBoundId;
2304         StdString timeid(getTimeCounterName());
2305         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2306
2307         StdString strTimeUnits ;
2308         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2309         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2310 
2311         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2312         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2313
2314
2315         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2316         {
2317           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2318           if (field->hasTimeCentered)
2319           {
2320             timeCounterType=centered ;
2321             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2322           }
2323           if (field->hasTimeInstant)
2324           {
2325             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2326             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2327           }
2328         }
2329         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2330         {
2331           if (field->hasTimeCentered)
2332           {
2333             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2334           }
2335           if (field->hasTimeInstant)
2336           {
2337             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2338             timeCounterType=instant ;
2339             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2340           }
2341         }
2342         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2343         {
2344           if (field->hasTimeCentered)
2345           {
2346             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2347             timeCounterType=centered ;
2348             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2349           }
2350           if (field->hasTimeInstant)
2351           {
2352             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2353           }
2354         }
2355         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2356         {
2357           if (field->hasTimeCentered)
2358           {
2359             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2360           }
2361           if (field->hasTimeInstant)
2362           {
2363             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2364             timeCounterType=instant ;
2365           }
2366         }
2367         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2368         {
2369           if (field->hasTimeCentered)
2370           {
2371             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2372             timeCounterType=centered ;
2373           }
2374           if (field->hasTimeInstant)
2375           {
2376             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2377           }
2378         }
2379         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2380         {
2381           if (field->hasTimeCentered)
2382           {
2383             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2384             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2385             timeCounterType=centered ;
2386           }
2387           if (field->hasTimeInstant)
2388           {
2389             if (timeCounterType==none)
2390             {
2391               createTimeCounterAxis=true ;
2392               timeCounterType=instant ;
2393             }
2394             if (timeCounterType==centered)
2395             {
2396               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2397             }
2398           }
2399         }
2400         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2401         {
2402           if (field->hasTimeCentered)
2403           {
2404             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2405           }
2406           if (field->hasTimeInstant)
2407           {
2408             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2409           }
2410         }
2411         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2412         {
2413           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2414           timeCounterType=record ;
2415           if (field->hasTimeCentered)
2416           {
2417             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2418           }
2419           if (field->hasTimeInstant)
2420           {
2421             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2422           }
2423         }
2424         
2425         if (createInstantAxis)
2426         {
2427           axisId="time_instant" ;
2428           axisBoundId="time_instant_bounds";
2429           hasTimeInstant=true ;
2430         }
2431
2432         if (createCenteredAxis)
2433         {
2434           axisId="time_centered" ;
2435           axisBoundId="time_centered_bounds";
2436           hasTimeCentered=true ;
2437         }
2438
2439         
2440         try
2441         {
2442            std::vector<StdString> dims;
2443           
2444            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2445            {
2446              // Adding time_instant or time_centered
2447              dims.push_back(timeid);
2448              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2449              {
2450                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2451
2452                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2453                StdOStringStream oss2;
2454                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2455                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2456                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2457                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2458             }
2459
2460             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2461             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2462             {
2463                dims.clear() ;
2464                dims.push_back(timeid);
2465                dims.push_back(timeBoundId);
2466                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2467             }
2468           }
2469
2470           if (createTimeCounterAxis)
2471           {
2472             // Adding time_counter
2473             axisId = getTimeCounterName();
2474             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2475             dims.clear();
2476             dims.push_back(timeid);
2477             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2478             {
2479                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2480                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2481
2482                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2483                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2484                {
2485                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2486                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2487
2488                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2489                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2490                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2491                }
2492             }
2493
2494             // Adding time_counter_bound dimension
2495             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2496             {
2497                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2498                {
2499                  dims.clear();
2500                  dims.push_back(timeid);
2501                  dims.push_back(timeBoundId);
2502                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2503                }
2504             }
2505           }
2506         }
2507         catch (CNetCdfException& e)
2508         {
2509           StdString msg("On writing time axis data: ");
2510           msg.append("In the context : ");
2511           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2512           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2513           msg.append(e.what());
2514           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2515                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2516         }
2517      }
2518
2519      //---------------------------------------------------------------
2520
2521      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2522                                                   const StdString & calendar,
2523                                                   const StdString & units,
2524                                                   const StdString & time_origin,
2525                                                   const StdString & time_bounds,
2526                                                   const StdString & standard_name,
2527                                                   const StdString & long_name)
2528      {
2529         try
2530         {
2531           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2532           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2533           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2534           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2535           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2536           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2537         }
2538         catch (CNetCdfException& e)
2539         {
2540           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2541           msg.append("In the context : ");
2542           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2543           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2544           msg.append(e.what());
2545           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2546                                                          const StdString & calendar,\
2547                                                          const StdString & units, \
2548                                                          const StdString & time_origin, \
2549                                                          const StdString & time_bounds, \
2550                                                          const StdString & standard_name, \
2551                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2552         }
2553      }
2554
2555      //---------------------------------------------------------------
2556
2557      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2558                                               const StdString & axis,
2559                                               const StdString & standard_name,
2560                                               const StdString & long_name,
2561                                               const StdString & units,
2562                                               const StdString & nav_model)
2563      {
2564         try
2565         {
2566          if (!axis.empty())
2567            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2568
2569          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2570          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2571          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2572//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2573         }
2574         catch (CNetCdfException& e)
2575         {
2576           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2577           msg.append("In the context : ");
2578           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2579           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2580           msg.append(e.what());
2581           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2582                                                      const StdString & axis, \
2583                                                      const StdString & standard_name, \
2584                                                      const StdString & long_name, \
2585                                                      const StdString & units, \
2586                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2587         }
2588      }
2589
2590      //---------------------------------------------------------------
2591
2592      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2593         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2594      {
2595        try
2596        {
2597         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2598         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2599         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2600         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2601        }
2602        catch (CNetCdfException& e)
2603        {
2604           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2605           msg.append("In the context : ");
2606           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2607           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2608           msg.append(e.what());
2609           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2610                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2611        }
2612
2613      }
2614
2615      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2616                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2617      {
2618         CArray<int,1> array(2) ;
2619
2620         try
2621         {
2622           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2623           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2624           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2625           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2626           array=ni_glo,nj_glo ;
2627           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2628           array=ni,nj ;
2629           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2630           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2631           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2632           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2633           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2634           array=0,0 ;
2635           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2636           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2637           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2638  /*
2639           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2640           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2641           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2642           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2643  */
2644         }
2645         catch (CNetCdfException& e)
2646         {
2647           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2648           msg.append("In the context : ");
2649           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2650           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2651           msg.append(e.what());
2652           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2653                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2654         }
2655      }
2656      //---------------------------------------------------------------
2657
2658      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2659                                                const StdString & description,
2660                                                const StdString & conventions,
2661                                                const StdString & production,
2662                                                const StdString & timeStamp)
2663      {
2664         try
2665         {
2666           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2667           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2668           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2669           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2670           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2671
2672           StdString timeStampStr ;
2673           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
2674           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
2675           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
2676
2677           StdString uuidName ;
2678           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
2679           else uuidName=file->uuid_name ;
2680
2681           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
2682           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
2683         
2684         }
2685         catch (CNetCdfException& e)
2686         {
2687           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2688           msg.append("In the context : ");
2689           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2690           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2691           msg.append(e.what());
2692           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2693                                                const StdString & description, \
2694                                                const StdString & conventions, \
2695                                                const StdString & production, \
2696                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2697         }
2698      }
2699
2700      //---------------------------------------------------------------
2701
2702      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2703                                               int data_dim,
2704                                               int data_ni,
2705                                               int data_nj,
2706                                               int data_ibegin,
2707                                               int data_jbegin)
2708      {
2709         try
2710         {
2711           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2712           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2713           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2714           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2715           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2716         }
2717         catch (CNetCdfException& e)
2718         {
2719           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2720           msg.append("In the context : ");
2721           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2722           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2723           msg.append(e.what());
2724           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2725                                               int data_dim, \
2726                                               int data_ni, \
2727                                               int data_nj, \
2728                                               int data_ibegin, \
2729                                               int data_jbegin)", << msg);
2730         }
2731      }
2732
2733      ///--------------------------------------------------------------
2734
2735      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
2736      {
2737        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2738        if (it == timeToRecordCache.end())
2739        {
2740          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2741          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
2742          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2743
2744          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2745          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
2746         
2747          StdSize record = 0;
2748          double dtime(time);
2749          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
2750          {
2751            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
2752            timeAxisBounds*=factorUnit ;
2753            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
2754            {
2755              record = n + 1;
2756             break;
2757            }
2758          }
2759          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2760        }
2761         return it->second;
2762      }
2763
2764      ///--------------------------------------------------------------
2765
2766      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2767      {
2768        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2769      }
2770
2771      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2772      {
2773        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2774      }
2775
2776      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2777      {
2778        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2779      }
2780
2781      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2782      {
2783        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2784      }
2785
2786      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2787      {
2788        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2789      }
2790
2791      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2792      {
2793        this->writtenDomains.insert(domainName);
2794      }
2795
2796      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2797      {
2798        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2799      }
2800
2801      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2802      {
2803        this->writtenAxis.insert(axisName);
2804      }
2805
2806      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2807      {
2808        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2809      }
2810
2811      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2812      {
2813        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2814      }
2815} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.