source: XIOS/dev/dev_olga/src/node/domain.hpp @ 1571

Last change on this file since 1571 was 1571, checked in by oabramkina, 3 years ago

Taking care of cases when a process doesn't possess a grid (its domain or axe size is zero).

Tested with CMIP6 toy models and IPSL model.

To do: remove grid mask from transformations.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 8.9 KB
Line 
1#ifndef __XIOS_CDomain__
2#define __XIOS_CDomain__
3
4/// XIOS headers ///
5#include "xios_spl.hpp"
6#include "group_factory.hpp"
7
8#include "declare_group.hpp"
9#include "declare_ref_func.hpp"
10#include "event_client.hpp"
11#include "event_server.hpp"
12#include "buffer_in.hpp"
13#include "array_new.hpp"
14#include "attribute_array.hpp"
15#include "attribute_enum.hpp"
16#include "transformation.hpp"
17#include "transformation_enum.hpp"
18#include "server_distribution_description.hpp"
19#include "mesh.hpp"
20
21namespace xios {
22
23   /// ////////////////////// Déclarations ////////////////////// ///
24
25   class CDomainGroup;
26   class CDomainAttributes;
27   class CDomain;
28   class CFile;
29
30   ///--------------------------------------------------------------
31
32   // Declare/Define CDomainAttribute
33   BEGIN_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CDomain)
34#  include "domain_attribute.conf"
35#  include "domain_attribute_private.conf"
36   END_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CDomain)
37
38   ///--------------------------------------------------------------
39
40   class CDomain
41      : public CObjectTemplate<CDomain>
42      , public CDomainAttributes
43   {
44     /// typedef ///
45     typedef CObjectTemplate<CDomain>   SuperClass;
46     typedef CDomainAttributes SuperClassAttribute;
47     public:
48         enum EEventId
49         {
50           EVENT_ID_INDEX, EVENT_ID_LON, EVENT_ID_LAT, 
51           EVENT_ID_AREA, EVENT_ID_MASK,
52           EVENT_ID_DATA_INDEX, EVENT_ID_SERVER_ATTRIBUT
53         } ;
54
55      public:
56
57         typedef CDomainAttributes RelAttributes;
58         typedef CDomainGroup      RelGroup;
59         typedef CTransformation<CDomain>::TransformationMapTypes TransMapTypes;
60
61         /// Constructeurs ///
62         CDomain(void);
63         explicit CDomain(const StdString & id);
64         CDomain(const CDomain & domain);       // Not implemented yet.
65         CDomain(const CDomain * const domain); // Not implemented yet.
66
67         static CDomain* createDomain();
68         
69         CMesh* mesh;
70         void assignMesh(const StdString, const int);
71       
72         virtual void parse(xml::CXMLNode & node);
73
74         void setContextClient(CContextClient* contextClient);
75
76         /// Vérifications ///
77         void checkAttributes(void);
78         void checkAttributesOnClient();
79         void checkAttributesOnClientAfterTransformation();
80         void checkEligibilityForCompressedOutput(void);
81
82         void sendCheckedAttributes();
83
84         bool hasTransformation();
85         void solveInheritanceTransformation();
86         TransMapTypes getAllTransformations();
87         void redistribute(int nbLocalDomain);
88         void duplicateTransformation(CDomain*);
89         CTransformation<CDomain>* addTransformation(ETranformationType transType, const StdString& id="");
90
91      public:
92         const std::set<StdString> & getRelFiles(void) const;
93         bool IsWritten(const StdString & filename) const;
94         bool isWrittenCompressed(const StdString& filename) const;
95         
96         int getNumberWrittenIndexes(MPI_Comm writtenCom);
97         int getTotalNumberWrittenIndexes(MPI_Comm writtenCom);
98         int getOffsetWrittenIndexes(MPI_Comm writtenCom);
99         CArray<int,1>& getCompressedIndexToWriteOnServer(MPI_Comm writtenCom);
100
101         std::map<int, StdSize> getAttributesBufferSize(CContextClient* client, bool bufferForWriting = false);
102
103         bool isEmpty(void) const;
104         bool isDistributed(void) const;
105         bool isCompressible(void) const; 
106 
107         std::vector<int> getNbGlob();
108         bool isEqual(CDomain* domain);
109
110         static bool dispatchEvent(CEventServer& event);
111
112      public:
113         /// Mutateur ///
114         void addRelFile(const StdString & filename);
115         void addRelFileCompressed(const StdString& filename);           
116         
117         void computeWrittenIndex();
118         void computeWrittenCompressedIndex(MPI_Comm);
119
120         void AllgatherRectilinearLonLat(CArray<double,1>& lon, CArray<double,1>& lat,
121                                         CArray<double,1>& lon_g, CArray<double,1>& lat_g);
122
123         void fillInRectilinearBoundLonLat(CArray<double,1>& lon, CArray<double,1>& lat,
124                                           CArray<double,2>& boundsLon, CArray<double,2>& boundsLat);
125         
126         void fillInLonLat();
127         bool distributionAttributesHaveValue() const;
128
129         size_t getGlobalWrittenSize() ;
130         /// Destructeur ///
131         virtual ~CDomain(void);
132
133         /// Accesseurs statiques ///
134         static StdString GetName(void);
135         static StdString GetDefName(void);
136
137         static ENodeType GetType(void);       
138
139      public:
140         CArray<double, 1> lonvalue, latvalue;
141         CArray<double, 2> bounds_lonvalue, bounds_latvalue;
142         CArray<double, 1> areavalue;
143
144         CArray<int,1> localIndexToWriteOnServer;
145
146         CArray<bool, 1> domainMask; // mask_1d, mask_2d -> domainMask
147         CArray<bool, 1> localMask; // domainMask + indexing
148         bool isCurvilinear ;
149         bool hasBounds ;
150         bool hasArea;
151         bool hasLonLat;
152         bool hasPole ;
153
154         void computeLocalMask(void) ;
155      private:
156         void checkDomain(void);
157         void checkLocalIDomain(void);
158         void checkLocalJDomain(void);
159
160         void checkMask(void);
161         void checkDomainData(void);
162         void checkCompression(void);
163
164         void checkBounds(void);
165         void checkArea(void);
166         void checkLonLat();
167
168         void setTransformations(const TransMapTypes&);         
169         void computeNGlobDomain();
170         void sendAttributes();
171         void sendIndex();
172         void sendDistributionAttributes();
173         void sendMask();
174         void sendArea();
175         void sendLonLat();         
176         void sendDataIndex();
177         void convertLonLatValue();
178         void fillInRectilinearLonLat();
179         void fillInCurvilinearLonLat();
180         void fillInUnstructuredLonLat();
181         
182         static void recvDistributionAttributes(CEventServer& event);
183         static void recvIndex(CEventServer& event);
184         static void recvMask(CEventServer& event);         
185         static void recvLon(CEventServer& event);
186         static void recvLat(CEventServer& event);
187         static void recvArea(CEventServer& event);
188         static void recvDataIndex(CEventServer& event);
189         void recvDistributionAttributes(CBufferIn& buffer);                 
190         void recvIndex(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);         
191         void recvMask(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
192         void recvLon(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
193         void recvLat(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
194         void recvArea(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);         
195         void recvDataIndex(std::map<int, CBufferIn*>& rankBuffers);
196
197         void completeLonLatClient(void); 
198         void computeConnectedClients();   
199
200       private:         
201
202/** Clients that have to send a domain. There can be multiple clients in case of secondary server, otherwise only one client. */
203         std::list<CContextClient*> clients;
204         std::set<CContextClient*> clientsSet;
205
206         bool isChecked, computedWrittenIndex_;
207         std::set<StdString> relFiles, relFilesCompressed;
208         bool isClientChecked; // Verify whether all attributes of domain on the client side are good
209         bool isClientAfterTransformationChecked;
210         std::map<int, CArray<int,1> > indGlob_;
211         std::map<int, map<int,int> > nbSenders; // Mapping of number of communicating client to a server
212
213/** Global index of each client sent to server: map<serverSize, map<serverRank, indexes>> */
214         std::map<int, std::unordered_map<int, vector<size_t> > > indSrv_;
215         // std::map<CContextClient*, std::map<int, vector<int> > > indWrittenSrv_; // Global written index of each client sent to server
216         std::vector<int> indexesToWrite;
217         std::vector<int> recvClientRanks_;
218         std::map<int,int> numberWrittenIndexes_, totalNumberWrittenIndexes_, offsetWrittenIndexes_;
219         std::map<int, CArray<int, 1> > compressedIndexToWriteOnServer;     
220         std::map<int, std::map<int,size_t> > connectedDataSize_;
221         std::map<int, std::vector<int> > connectedServerRank_;
222
223         //! True if and only if the data defined on the domain can be outputted in a compressed way
224         bool isCompressible_;
225         bool isRedistributed_;
226         TransMapTypes transformationMap_;         
227         bool isUnstructed_;
228         std::unordered_map<size_t,size_t> globalLocalIndexMap_;
229       
230       private:
231         static bool initializeTransformationMap(std::map<StdString, ETranformationType>& m);
232         static std::map<StdString, ETranformationType> transformationMapList_;
233         static bool _dummyTransformationMapList;
234
235         DECLARE_REF_FUNC(Domain,domain)
236
237   }; // class CDomain
238
239   ///--------------------------------------------------------------
240
241   // Declare/Define CDomainGroup and CDomainDefinition
242   DECLARE_GROUP(CDomain);
243
244   ///--------------------------------------------------------------
245
246} // namespace xios
247
248#endif //__XIOS_CDomain__
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.