source: XIOS/trunk/src/io/inetcdf4.cpp @ 825

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Relaxing constraints on reading attributes from a file.

+) If there is no coordinate (lon, lat) in file, there wont be error anymore.
It's user who will provide these info.

Test
+) On Curie
+) Correct on test_remap

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 25.8 KB
Line 
1#include "inetcdf4.hpp"
2#include "netCdfInterface.hpp"
3#include "netCdf_cf_constant.hpp"
4
5#include <boost/algorithm/string.hpp>
6
7namespace xios
8{
9  CINetCDF4::CINetCDF4(const StdString& filename, const MPI_Comm* comm /*= NULL*/, bool multifile /*= true*/, const StdString& timeCounterName /*= "time_counter"*/)
10  {
11    // Don't use parallel mode if there is only one process
12    if (comm)
13    {
14      int commSize = 0;
15      MPI_Comm_size(*comm, &commSize);
16      if (commSize <= 1)
17        comm = NULL;
18    }
19    mpi = comm && !multifile;
20
21    // The file format will be detected automatically by NetCDF, it is safe to always set NC_MPIIO
22    // even if Parallel NetCDF ends up being used.
23    if (mpi)
24      CNetCdfInterface::openPar(filename, NC_NOWRITE | NC_MPIIO, *comm, MPI_INFO_NULL, this->ncidp);
25    else
26      CNetCdfInterface::open(filename, NC_NOWRITE, this->ncidp);
27
28    this->timeCounterName = timeCounterName;
29    if (!CNetCdfInterface::isDimExisted(this->ncidp, this->timeCounterName)) this->timeCounterName=this->getUnlimitedDimensionName() ;
30
31  }
32
33  CINetCDF4::~CINetCDF4(void)
34  { /* Nothing to do */ }
35
36  //---------------------------------------------------------------
37
38  void CINetCDF4::close(void)
39  {
40    CNetCdfInterface::close(this->ncidp);
41  }
42
43  //---------------------------------------------------------------
44
45  int CINetCDF4::getGroup(const CVarPath* const path)
46  {
47    int retvalue = this->ncidp;
48    if (path == NULL) return retvalue;
49    CVarPath::const_iterator it = path->begin(), end = path->end();
50
51    for (; it != end; it++)
52    {
53      const StdString& groupid = *it;
54      CNetCdfInterface::inqNcId(retvalue, groupid, retvalue);
55    }
56
57    return retvalue;
58  }
59
60  int CINetCDF4::getVariable(const StdString& varname,
61                             const CVarPath* const path)
62  {
63    int varid = 0;
64    int grpid = this->getGroup(path);
65    if (this->hasVariable(varname, path))
66      CNetCdfInterface::inqVarId(grpid, varname, varid);
67    return varid;
68  }
69
70  int CINetCDF4::getDimension(const StdString& dimname,
71                              const CVarPath* const path)
72  {
73    int dimid = 0;
74    int grpid = this->getGroup(path);
75    CNetCdfInterface::inqDimId(grpid, dimname, dimid);
76    return dimid;
77  }
78
79  std::pair<nc_type, StdSize> CINetCDF4::getAttribute(const StdString& attname,
80                                                      const StdString* const var,
81                                                      const CVarPath* const path)
82  {
83    std::pair<nc_type, StdSize> retvalue;
84    int grpid = this->getGroup(path);
85    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
86    CNetCdfInterface::inqAtt(grpid, varid, attname, retvalue.first, retvalue.second);
87    return retvalue;
88  }
89
90  int CINetCDF4::getUnlimitedDimension(const CVarPath* const path)
91  {
92    int dimid = 0;
93    int grpid = this->getGroup(path);
94    CNetCdfInterface::inqUnLimDim(grpid, dimid);
95    return dimid;
96  }
97
98  StdString CINetCDF4::getUnlimitedDimensionName(const CVarPath* const path)
99  {
100    int grpid = this->getGroup(path);
101    int dimid = this->getUnlimitedDimension(path);
102
103    StdString dimname;
104    if (dimid != -1)
105      CNetCdfInterface::inqDimName(grpid, dimid, dimname);
106    return dimname;
107  }
108
109  //---------------------------------------------------------------
110
111  StdSize CINetCDF4::getNbVertex(const StdString& name,
112                                 const CVarPath* const path)
113  {
114
115    if (this->isRectilinear(name, path) ||
116       this->isCurvilinear(name, path))
117    {
118      if (this->is3Dim(name, path)) return 8;
119      else return 4;
120    }
121    if (this->isUnstructured(name, path))
122    {
123      StdString bound = this->getBoundsId
124            (this->getCoordinatesIdList(name, path).back(), path);
125      StdString dim = this->getDimensionsList(&bound, path).back();
126      return this->getDimensions(&bound, path)[dim];
127    }
128    return size_t(-1);
129  }
130
131  //---------------------------------------------------------------
132
133  std::list<StdString> CINetCDF4::getGroups(const CVarPath* const path)
134  {
135    int nbgroup = 0, *groupid = NULL;
136    int grpid = this->getGroup(path);
137    std::list<StdString> retvalue;
138
139    CNetCdfInterface::inqGrpIds(grpid, nbgroup, NULL);
140    groupid = new int[nbgroup]();
141    CNetCdfInterface::inqGrpIds(grpid, nbgroup, groupid);
142
143    for (int i = 0; i < nbgroup; i++)
144    {
145      StdString fullGrpName;
146      CNetCdfInterface::inqGrpFullName(groupid[i], fullGrpName);
147      retvalue.push_back(fullGrpName);
148    }
149
150    delete [] groupid;
151    return retvalue;
152  }
153
154  std::list<StdString> CINetCDF4::getVariables(const CVarPath* const path)
155  {
156    int nbvar = 0, *varid = NULL;
157    int grpid = this->getGroup(path);
158    std::list<StdString> retvalue;
159
160    CNetCdfInterface::inqVarIds(grpid, nbvar, NULL);
161    varid = new int[nbvar]();
162    CNetCdfInterface::inqVarIds(grpid, nbvar, varid);
163
164    for (int i = 0; i < nbvar; i++)
165    {
166      StdString varName;
167      CNetCdfInterface::inqVarName(grpid, varid[i], varName);
168      retvalue.push_back(varName);
169    }
170
171    delete [] varid;
172    return retvalue;
173  }
174
175  StdSize CINetCDF4::getNbOfTimestep(const CVarPath* const path)
176  {
177    return this->getDimensions(NULL, path)[this->getUnlimitedDimensionName(path)];
178  }
179
180  std::set<StdString> CINetCDF4::getBoundVariables(const CVarPath* const path)
181  {
182    std::set<StdString> retvalue;
183    std::list<StdString> variables = this->getVariables(path);
184    std::list<StdString>::const_iterator it = variables.begin(), end = variables.end();
185    for (; it != end; it++)
186    {
187      const StdString& var = *it;
188      if (this->hasBounds(var, path))
189        retvalue.insert(retvalue.end(), this->getBoundsId(var, path));
190    }
191    return retvalue;
192  }
193
194  std::set<StdString> CINetCDF4::getCoordVariables(const CVarPath* const path)
195  {
196    std::set<StdString> retvalue;
197    std::list<StdString> variables = this->getVariables(path);
198    std::list<StdString>::const_iterator it = variables.begin(), end = variables.end();
199    for (; it != end; it++)
200    {
201      const StdString& var = *it;
202      std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(var, path);
203      std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
204      for (; it != end; it++)
205      {
206        const StdString& coord = *it;
207        if (this->hasVariable(coord, path))
208          retvalue.insert(retvalue.end(), coord);
209      }
210    }
211    return retvalue;
212  }
213
214  std::list<StdString> CINetCDF4::getDimensionsList(const StdString* const var, const CVarPath* const path)
215  {
216    int nbdim = 0, *dimid = NULL;
217    int grpid = this->getGroup(path);
218    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
219    std::list<StdString> retvalue;
220
221    if (var != NULL)
222    {
223      CNetCdfInterface::inqVarNDims(grpid, varid, nbdim);
224      dimid = new int[nbdim]();
225      CNetCdfInterface::inqVarDimId(grpid, varid, dimid);
226    }
227    else
228    {
229      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, NULL, 1);
230      dimid = new int[nbdim]();
231      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, dimid, 1);
232    }
233
234    for (int i = 0; i < nbdim; i++)
235    {
236      std::string dimname;
237      CNetCdfInterface::inqDimName(grpid, dimid[i], dimname);
238      retvalue.push_back(dimname);
239    }
240    delete [] dimid;
241
242    return retvalue;
243  }
244
245  std::map<StdString, StdSize> CINetCDF4::getDimensions(const StdString* const var, const CVarPath* const path)
246  {
247    int nbdim = 0, *dimid = NULL;
248    int grpid = this->getGroup(path);
249    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
250    std::map<StdString, StdSize> retvalue;
251
252    if (var != NULL)
253    {
254      CNetCdfInterface::inqVarNDims(grpid, varid, nbdim);
255      dimid = new int[nbdim]();
256      CNetCdfInterface::inqVarDimId(grpid, varid, dimid);
257    }
258    else
259    {
260      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, NULL, 1);
261      dimid = new int[nbdim]();
262      CNetCdfInterface::inqDimIds(grpid, nbdim, dimid, 1);
263    }
264
265    for (int i = 0; i < nbdim; i++)
266    {
267      std::string dimname;
268      CNetCdfInterface::inqDimName(grpid, dimid[i], dimname);
269      StdSize size = 0;
270      CNetCdfInterface::inqDimLen(grpid, dimid[i], size);
271
272      retvalue.insert(retvalue.end(), std::make_pair(dimname, size));
273    }
274    delete [] dimid;
275
276    return retvalue;
277  }
278
279  std::list<StdString> CINetCDF4::getAttributes(const StdString* const var, const CVarPath* const path)
280  {
281    int nbatt = 0;
282    std::list<StdString> retvalue;
283    int grpid = this->getGroup(path);
284    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
285
286    if (var != NULL)
287      CNetCdfInterface::inqVarNAtts(grpid, varid, nbatt);
288    else
289      CNetCdfInterface::inqNAtts(grpid, nbatt);
290
291    for (int i = 0; i < nbatt; i++)
292    {
293      StdString attname;
294      CNetCdfInterface::inqAttName(grpid, varid, i, attname);
295      retvalue.push_back(attname);
296    }
297    return retvalue;
298  }
299
300  int CINetCDF4::getAttributeId(const StdString& name,
301                                const StdString* const var,
302                                const CVarPath* const path)
303  {
304    int retvalue = 0;
305    std::list<StdString> atts = this->getAttributes(var, path);
306    std::list<StdString>::const_iterator it = atts.begin(), end = atts.end();
307    for (; it != end; it++)
308    {
309      const StdString& attname = *it;
310      if (attname.compare(0, name.size(), name) == 0)
311        return retvalue;
312      retvalue++;
313    }
314    return -1;
315  }
316
317  //---------------------------------------------------------------
318
319  bool CINetCDF4::hasMissingValue(const StdString& name,
320                                  const CVarPath* const path)
321  {
322    return (this->hasAttribute("missing_value", &name, path) || this->hasAttribute("_FillValue", &name, path));
323  }
324
325  bool CINetCDF4::hasAttribute(const StdString& name,
326                               const StdString* const var ,
327                               const CVarPath* const path)
328  {
329    std::list<StdString> atts = this->getAttributes(var, path);
330    std::list<StdString>::const_iterator it = atts.begin(), end = atts.end();
331    for (; it != end; it++)
332    {
333      const StdString& attname = *it;
334      if (attname.compare(0, name.size(), name) == 0) return true;
335    }
336    return false;
337  }
338
339  bool CINetCDF4::hasVariable(const StdString& name,
340                              const CVarPath* const path)
341  {
342    std::list<StdString> variables = this->getVariables(path);
343    std::list<StdString>::const_iterator it = variables.begin(), end = variables.end();
344    for (; it != end; it++)
345    {
346      const StdString& varname = *it;
347      if ((varname.compare(0, name.size(), name) == 0) && (0 != name.size()))  return true;
348    }
349    return false;
350  }
351
352  bool CINetCDF4::hasCoordinates(const StdString& name,
353                                 const CVarPath* const path)
354  {
355    return this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_coordinates, &name, path);
356  }
357
358  bool CINetCDF4::hasBounds(const StdString& name,
359                            const CVarPath* const path)
360  {
361    return this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_bounds, &name, path);
362  }
363
364  bool CINetCDF4::hasTemporalDim(const CVarPath* const path)
365  {
366    std::list<StdString> dims = this->getDimensionsList(NULL, path);
367    return (std::find(dims.begin(), dims.end(), timeCounterName) != dims.end());
368  }
369
370  //---------------------------------------------------------------
371
372  template <class T>
373  std::vector<T> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
374                                              const StdString* const var,
375                                              const CVarPath* const path)
376  {
377    int grpid = this->getGroup(path);
378    int varid = (var != NULL) ? this->getVariable(*var, path) : NC_GLOBAL;
379    std::pair<nc_type , StdSize> attinfos = this->getAttribute(name, var, path);
380    std::vector<T> retvalue(attinfos.second);
381    nc_type type = CNetCdfInterface::getNcType<T>();
382    if (attinfos.first != type)
383      ERROR("CINetCDF4::getAttributeValue<T>(name, var, path)",
384            << "[ name : " << name
385            << ", type requested :" << attinfos.first
386            << ", type stored : " << type << "]"
387            << " Invalid type !");
388    CNetCdfInterface::getAttType(grpid, varid, name.c_str(), &retvalue[0]);
389    return retvalue;
390  }
391
392  template std::vector<double> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
393                                                            const StdString* const var,
394                                                            const CVarPath* const path);
395  template std::vector<float> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
396                                                           const StdString* const var,
397                                                           const CVarPath* const path);
398  template std::vector<int> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
399                                                         const StdString* const var,
400                                                         const CVarPath* const path);
401  template std::vector<char> CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
402                                                          const StdString* const var,
403                                                          const CVarPath* const path);
404
405  StdString CINetCDF4::getAttributeValue(const StdString& name,
406                                         const StdString* const var,
407                                         const CVarPath* const path)
408  {
409    std::vector<char> data = this->getAttributeValue<char>(name, var, path);
410
411    return StdString(data.begin(), data.end());
412  }
413
414  template <class T>
415  T CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path)
416  {
417    if (this->hasAttribute("missing_value", &name, path))
418      return this->getAttributeValue<T>("missing_value", &name, path)[0];
419    if (this->hasAttribute("_FillValue", &name, path))
420      return this->getAttributeValue<T>("_FillValue", &name, path)[0];
421    return 0;
422  }
423
424  template double CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
425  template float CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
426  template int CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
427  template char CINetCDF4::getMissingValue(const StdString& name, const CVarPath* const path);
428
429  //---------------------------------------------------------------
430
431  std::list<StdString> CINetCDF4::getCoordinatesIdList(const StdString& name, const CVarPath* const path)
432  {
433    std::list<StdString> retvalue;
434    StdString value = this->getCoordinatesId(name, path);
435
436    boost::split(retvalue, value, boost::is_any_of(" "));
437
438    std::list<StdString>::iterator it = retvalue.begin(), end = retvalue.end();
439    for (; it != end; it++)
440    {
441      StdString& coord = *it;
442      coord.assign(coord.data());
443    }
444    return retvalue;
445  }
446
447  StdString CINetCDF4::getCoordinatesId(const StdString& name, const CVarPath* const path)
448  {
449    StdString retvalue;
450    if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_coordinates, &name, path))
451    {
452      return this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_coordinates, &name, path);
453    }
454    else
455    {
456      std::list<StdString> dims = this->getDimensionsList(&name, path);
457      std::list<StdString>::const_iterator it = dims.begin(), end = dims.end();
458      for (; it != end; it++)
459      {
460        const StdString& value = *it;
461        retvalue.append(value).push_back(' ');
462      }
463      retvalue.erase(retvalue.end() - 1) ;
464    }
465
466    return retvalue;
467  }
468
469  StdString CINetCDF4::getBoundsId(const StdString& name,
470                                   const CVarPath* const path)
471  {
472    StdString retvalue;
473    if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_bounds, &name, path))
474      retvalue = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_bounds, &name, path);
475    return retvalue;
476  }
477
478  //---------------------------------------------------------------
479
480  bool CINetCDF4::isBound(const StdString& name,
481                          const CVarPath* const path)
482  {
483    std::set<StdString> bounds = this->getBoundVariables(path);
484    return (bounds.find(name) != bounds.end());
485  }
486
487  bool CINetCDF4::isCoordinate(const StdString& name,
488                               const CVarPath* const path)
489  {
490    std::set<StdString> coords = this->getCoordVariables(path);
491    return (coords.find(name) != coords.end());
492  }
493
494  bool CINetCDF4::isRectilinear(const StdString& name, const CVarPath* const path)
495  {
496    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
497    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
498    for (; it != end; it++)
499    {
500      const StdString& coord = *it;
501      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path))
502      {
503        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path);
504        if ((dimvar.size() == 1) && (dimvar.find(coord) != dimvar.end()))
505          continue;
506        else
507          return false;
508      }
509    }
510    return true;
511  }
512
513  bool CINetCDF4::isCurvilinear(const StdString& name, const CVarPath* const path)
514  {
515    if (this->isRectilinear(name, path) || !this->hasCoordinates(name, path))
516      return false;
517
518    bool isCurVi = true;
519    unsigned int nbLonLat = 0;
520    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
521    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
522    for (; it != end; it++)
523    {
524      const StdString& coord = *it;
525      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path))
526      {
527        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path);
528        if (2 == dimvar.size()) ++nbLonLat;
529      }
530    }
531    if (2 != nbLonLat) isCurVi = false;
532
533    return isCurVi;
534  }
535
536  bool CINetCDF4::isUnstructured(const StdString& name, const CVarPath* const path)
537  {
538    if (this->isRectilinear(name, path) ||
539        this->isCurvilinear(name, path) ||
540        !this->hasCoordinates(name, path))
541       return false;
542
543    StdString dimname = this->getDimensionsList(&name, path).back();
544
545    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
546    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
547    for (; it != end; it++)
548    {
549      const StdString& coord = *it;
550      if (this->hasVariable(coord, path) && !this->isTemporal(coord, path))
551      {
552        std::map<StdString, StdSize> dimvar = this->getDimensions(&coord, path);
553        if ((dimvar.size() == 1) &&
554            (dimvar.find(dimname) != dimvar.end()))
555          continue;
556        else
557          return false;
558      }
559    }
560
561    return true;
562  }
563
564  bool CINetCDF4::isUnknown(const StdString& name, const CVarPath* const path)
565  {
566    return !(this->isRectilinear(name, path) || this->isCurvilinear(name, path) || this->isUnstructured(name, path));
567  }
568
569  bool CINetCDF4::isTemporal(const StdString& name, const CVarPath* const path)
570  {
571    std::list<StdString> dims = this->getDimensionsList(&name, path);
572    return (std::find(dims.begin(), dims.end(), timeCounterName) != dims.end());
573  }
574
575  bool CINetCDF4::is3Dim(const StdString& name, const CVarPath* const path)
576  {
577    int i = 0;
578    std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
579    std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
580    for (; it != end; it++)
581    {
582      const StdString& coord = *it;
583      if (this->hasVariable(coord, path))
584      {
585        if (this->isTemporal(coord, path))
586          continue;
587        i++;
588      }
589      else
590      {
591        StdString unlimitedDimName = this->getUnlimitedDimensionName();
592        if (coord.compare(0, unlimitedDimName.size(), unlimitedDimName) == 0)
593          continue;
594        i++;
595      }
596    }
597    return (i == 3);
598  }
599
600  bool CINetCDF4::isCellGrid(const StdString& name, const CVarPath* const path)
601  {
602    if (this->isCoordinate(name, path))
603    {
604      return this->hasBounds(name, path);
605    }
606    else
607    {
608      std::list<StdString> coords = this->getCoordinatesIdList(name, path);
609      std::list<StdString>::const_iterator it = coords.begin(), end = coords.end();
610      for (; it != end; it++)
611      {
612        const StdString& coord = *it;
613        if (this->hasVariable(coord, path))
614        {
615          if (this->isTemporal(coord, path))
616            continue;
617          if (this->isCellGrid(coord, path))
618            continue;
619          return false;
620        }
621        else
622        {
623          StdString unlimitedDimName = this->getUnlimitedDimensionName();
624          if (coord.compare(0, unlimitedDimName.size(), unlimitedDimName) == 0)
625            continue;
626          return false;
627        }
628      }
629    }
630
631    return true;
632  }
633
634  //---------------------------------------------------------------
635
636  std::list<StdString> CINetCDF4::getDataVariables(bool _is3D,       bool _isRecti,
637                                                   bool _isCurvi,    bool _isUnstr,
638                                                   bool _isCellData, bool _isTemporal,
639                                                   const CVarPath* const path)
640  {
641    std::list<StdString> retvalue;
642    std::list<StdString> allvars  = this->getVariables(path);
643    std::set<StdString> allcoords = this->getCoordVariables(path);
644
645    std::list<StdString>::const_iterator it = allvars.begin(), end = allvars.end();
646    for (; it != end; it++)
647    {
648      const StdString& var = *it;
649      if (this->isCoordinate(var, path)) continue;
650
651      if (!_isRecti && this->isRectilinear(var, path))  continue;
652      if (!_isCurvi && this->isCurvilinear(var, path))  continue;
653      if (!_isUnstr && this->isUnstructured(var, path)) continue;
654
655      if (!_isTemporal && this->isTemporal(var, path)) continue;
656      if (!_is3D       && this->is3Dim(var, path))     continue;
657      if (!_isCellData && this->isCellGrid(var, path)) continue;
658
659      if (this->isUnknown(var, path)) continue;
660
661      retvalue.push_back(var);
662    }
663    return retvalue;
664  }
665
666  //---------------------------------------------------------------
667
668  void CINetCDF4::getDataInfo(const StdString& var, const CVarPath* const path, StdSize record,
669                              std::vector<StdSize>& sstart, std::vector<StdSize>& scount, StdSize& array_size,
670                              const std::vector<StdSize>* start /*= NULL*/, const std::vector<StdSize>* count /*= NULL*/)
671  {
672    std::list<StdString> dimlist = this->getDimensionsList(&var, path);
673    std::map<StdString, StdSize> dimmap = this->getDimensions(&var, path);
674    std::list<StdString>::iterator it = dimlist.begin();
675    if (this->isTemporal(var, path))
676    {
677      if (record != UNLIMITED_DIM)
678        sstart.push_back(record);
679      else
680        sstart.push_back(0);
681      scount.push_back(1);
682      it++;
683    }
684    for (int i = 0; it != dimlist.end(); it++, i++)
685    {
686      if (start && count)
687      {
688        sstart.push_back((*start)[i]);
689        scount.push_back((*count)[i]);
690        array_size *= (*count)[i];
691      }
692      else
693      {
694        sstart.push_back(0);
695        scount.push_back(dimmap[*it]);
696        array_size *= dimmap[*it];
697      }
698    }
699  }
700
701  template <class T>
702  void CINetCDF4::getData(CArray<T, 1>& data, const StdString& var,
703                          const CVarPath* const path, StdSize record)
704  {
705    std::vector<StdSize> start, count;
706    int grpid = this->getGroup(path);
707    int varid = this->getVariable(var, path);
708    StdSize array_size = 1;
709    this->getDataInfo(var, path, record, start, count, array_size);
710    data.resize(array_size);
711    CNetCdfInterface::getVaraType(grpid, varid, &start[0], &count[0], data.dataFirst());
712  }
713
714  template <>
715  void CINetCDF4::getData(CArray<int, 1>& data, const StdString& var,
716                          const CVarPath* const path, StdSize record);
717  template <>
718  void CINetCDF4::getData(CArray<double, 1>& data, const StdString& var,
719                          const CVarPath* const path, StdSize record);
720  template <>
721  void CINetCDF4::getData(CArray<float, 1>& data, const StdString& var,
722                          const CVarPath* const path, StdSize record);
723
724  //---------------------------------------------------------------
725
726  StdString CINetCDF4::getLonCoordName(const StdString& varname,
727                                       const CVarPath* const path)
728  {
729    StdString lonName;
730    std::list<StdString>::const_iterator itbList, itList, iteList;
731    std::list<StdString> clist = this->getCoordinatesIdList(varname, path);
732    itbList = clist.begin(); iteList = clist.end();
733    for (itList = itbList; itList != iteList; ++itList)
734    {
735      if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path))
736      {
737        StdString unit = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path);
738        if (CCFConvention::XIOS_CF_Longitude_units.end() != CCFConvention::XIOS_CF_Longitude_units.find(unit))
739        {
740          lonName = *itList;
741          return lonName;
742        }
743      }
744    }
745    return lonName;
746  }
747
748  StdString CINetCDF4::getLatCoordName(const StdString& varname,
749                                       const CVarPath* const path)
750  {
751    StdString latName;
752    std::list<StdString>::const_iterator itbList, itList, iteList;
753    std::list<StdString> clist = this->getCoordinatesIdList(varname, path);
754    itbList = clist.begin(); iteList = clist.end();
755    for (itList = itbList; itList != iteList; ++itList)
756    {
757      if (this->hasAttribute(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path))
758      {
759        StdString unit = this->getAttributeValue(CCFKeywords::XIOS_CF_units, &(*itList), path);
760        if (CCFConvention::XIOS_CF_Latitude_units.end() != CCFConvention::XIOS_CF_Latitude_units.find(unit))
761        {
762          latName = *itList;
763          return latName;
764        }
765      }
766    }
767    return latName;
768  }
769
770  StdString CINetCDF4::getVertCoordName(const StdString& varname,
771                                        const CVarPath* const path)
772  {
773    if (!this->is3Dim(varname, path)) return "";
774    std::list<StdString> clist = this->getCoordinatesIdList(varname, path);
775    if (this->hasCoordinates(varname, path))
776      return *(++(++clist.begin()));
777    else
778      return *(++(++clist.rbegin()));
779  }
780} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.