source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1012

Last change on this file since 1012 was 1012, checked in by mhnguyen, 4 years ago

Modifying behavior of file append: If ALL fields in file have operation="once", append mode will be ignored

+) Only read timestep for field whose operation is different from once.

Test
+) On Curie
+) OK

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 114.5 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22      {
23        SuperClass::type = MULTI_FILE;
24      }
25
26      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
27         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
28          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
29            : SuperClass()
30            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
31            , comm_file(comm_file)
32            , filename(filename)
33            , isCollective(isCollective)
34      {
35        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
36      }
37
38      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
39    { /* Ne rien faire de plus */ }
40
41      ///--------------------------------------------------------------
42
43      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
44      {
45         return (this->filename);
46      }
47
48      //---------------------------------------------------------------
49
50      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
51      {
52        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
53        {
54          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
55            writeUnstructuredDomain(domain) ;
56          else
57            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
58          return ;
59        }
60
61         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
62         CContextServer* server=context->server ;
63
64         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
65         domain->checkAttributes();
66
67         if (domain->isEmpty())
68           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
69
70         std::vector<StdString> dim0, dim1;
71         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
72         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
73         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
74         else setWrittenDomain(domid);
75
76
77         StdString dimXid, dimYid ;
78
79         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
80         switch (domain->type)
81         {
82           case CDomain::type_attr::curvilinear :
83             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
84             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
85             break ;
86           case CDomain::type_attr::rectilinear :
87             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
89             break;
90         }
91
92         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
93
94         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
95         string areaId = "area" + appendDomid;
96/*
97         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
98                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
99                             : lonid;
100         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
101                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
102                             : latid;
103*/
104
105         try
106         {
107           switch (SuperClass::type)
108           {
109              case (MULTI_FILE) :
110              {
111  //               if (domain->isEmpty()) return;
112
113                 if (server->intraCommSize > 1)
114                 {
115  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117                 }
118
119                 switch (domain->type)
120                 {
121                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                     break ;
126                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
127                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                     dim0.push_back(dimYid);
130                     dim1.push_back(dimXid);
131                     break;
132                 }
133
134                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
135                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
136
137                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
138                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
139
140                 if (domain->hasBounds)
141                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
142
143                 if (server->intraCommSize > 1)
144                 {
145                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
146                                              domain->zoom_ni_srv,
147                                              domain->zoom_jbegin_srv,
148                                              domain->zoom_nj_srv,
149                                              appendDomid);
150
151                   if (singleDomain)
152                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
153                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
154                                                      domain->zoom_ni_srv,
155                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
156                                                      domain->zoom_nj_srv,
157                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
158                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
159                 }
160
161                 if (domain->hasLonLat)
162                 {
163                   switch (domain->type)
164                   {
165                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
166                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
167                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
168                       break ;
169                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
170                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
172                        break ;
173                   }
174
175                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
176                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
177
178                   if (domain->hasBounds)
179                   {
180                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
181                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
182
183                     dim0.clear();
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim0.push_back(dimXid);
186                     dim0.push_back(dimVertId);
187                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
188                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
189                   }
190                 }
191
192                 dim0.clear();
193                 dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 if (domain->hasArea)
212                 {
213                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
214                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
215                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
216                 }
217
218                 SuperClassWriter::definition_end();
219
220                 if (domain->hasLonLat)
221                 {
222                   switch (domain->type)
223                   {
224                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
225                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
226                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
227                       break;
228                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
229                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
230                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
231                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
232                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
233                       break;
234                   }
235
236                   if (domain->hasBounds)
237                   {
238                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
239                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
240                   }
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 if (domain->hasLonLat)
259                 {
260                   switch (domain->type)
261                   {
262                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
263                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
264                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
265                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
266                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
267                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
268                       break;
269
270                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid);
272                       dim1.push_back(dimXid);
273                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
274                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
275                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
276                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
277                       break;
278                   }
279
280                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
281                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
282
283                   this->writeAxisAttributes
284                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
285                   this->writeAxisAttributes
286                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
287
288                   if (domain->hasBounds)
289                   {
290                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
291                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
292
293                     dim0.clear();
294                     dim0.push_back(dimYid);
295                     dim0.push_back(dimXid);
296                     dim0.push_back(dimVertId);
297                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
298                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
299                   }
300                 }
301
302                 if (domain->hasArea)
303                 {
304                   dim0.clear();
305                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
306                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
307                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
308                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
309                   dim0.clear();
310                 }
311
312                 SuperClassWriter::definition_end();
313
314                 switch (domain->type)
315                 {
316                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
317                   {
318                     std::vector<StdSize> start(2) ;
319                     std::vector<StdSize> count(2) ;
320                     if (domain->isEmpty())
321                     {
322                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
323                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
324                     }
325                     else
326                     {
327                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
328                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
329                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
330                     }
331
332                     if (domain->hasLonLat)
333                     {
334                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
335                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
336                     }
337                     break;
338                   }
339                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
340                   {
341                     if (domain->hasLonLat)
342                     {
343                       std::vector<StdSize> start(1) ;
344                       std::vector<StdSize> count(1) ;
345                       if (domain->isEmpty())
346                       {
347                         start[0]=0 ;
348                         count[0]=0 ;
349                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
350                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
351
352                       }
353                       else
354                       {
355                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
356                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
357                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
358                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
361                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
362                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
363                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
364                       }
365                     }
366                     break;
367                   }
368                 }
369
370                 if (domain->hasBounds)
371                 {
372                   std::vector<StdSize> start(3);
373                   std::vector<StdSize> count(3);
374                   if (domain->isEmpty())
375                   {
376                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
377                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
378                   }
379                   else
380                   {
381                     start[2] = 0;
382                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
383                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
384                     count[2] = domain->nvertex;
385                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
386                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
387                   }
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
391                 }
392
393                 if (domain->hasArea)
394                 {
395                   std::vector<StdSize> start(2);
396                   std::vector<StdSize> count(2);
397
398                   if (domain->isEmpty())
399                   {
400                     start[0] = 0; start[1] = 0;
401                     count[0] = 0; count[1] = 0;
402                   }
403                   else
404                   {
405                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
406                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
407                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
408                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
409                   }
410
411                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
412                 }
413
414                 SuperClassWriter::definition_start();
415                 break;
416              }
417              default :
418                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
419                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
420                       << " not implemented yet !");
421           }
422         }
423         catch (CNetCdfException& e)
424         {
425           StdString msg("On writing the domain : ");
426           msg.append(domid); msg.append("\n");
427           msg.append("In the context : ");
428           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
429           msg.append(e.what());
430           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
431         }
432
433         domain->addRelFile(this->filename);
434      }
435
436    //--------------------------------------------------------------
437
438    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
439    {
440      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
441      CContextServer* server=context->server ;
442
443      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
444      domain->checkAttributes();
445      if (domain->isEmpty())
446        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
447
448      std::vector<StdString> dim0;
449      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
450      StdString domainName = domain->name;
451      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
452      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
453
454      StdString node_x = domainName + "_node_x";
455      StdString node_y = domainName + "_node_y";
456
457      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
458      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
459      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
460
461      StdString face_x = domainName + "_face_x";
462      StdString face_y = domainName + "_face_y";
463      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
464      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
465      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
466      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
467
468      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
469      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
470      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
471      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
472      StdString dimTwo = "Two";
473
474      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
475      if (!isWrittenDomain(domid))
476      {
477        dim0.clear();
478        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
479        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
480        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
481        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
482        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
483      }
484
485      try
486      {
487        switch (SuperClass::type)
488        {
489          case (ONE_FILE) :
490          {
491            // Adding nodes
492            if (domain->nvertex == 1)
493            {
494              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
495              {
496                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
497                dim0.clear();
498                dim0.push_back(dimNode);
499                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
500                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
501                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
502                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
503                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
504                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
505                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
506                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
507              }
508            } // domain->nvertex == 1
509
510            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
511            if (domain->nvertex == 2)
512            {
513              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
514              {
515                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
516                dim0.clear();
517                dim0.push_back(dimNode);
518                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
519                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
520                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
521                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
522                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
523                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
524                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
525                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
526              }
527              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
528              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
529              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
530              dim0.clear();
531              dim0.push_back(dimEdge);
532              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
533              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
534              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
535              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
536              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
537              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
538              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
539              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
540              dim0.clear();
541              dim0.push_back(dimEdge);
542              dim0.push_back(dimTwo);
543              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
544              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
545              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
546              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
547            } // domain->nvertex == 2
548
549            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
550            if (domain->nvertex > 2)
551            {
552              // Nodes
553              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
554              {
555                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
556                dim0.clear();
557                dim0.push_back(dimNode);
558                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
559                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
560                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
561                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
562                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
563                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
564                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
565                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
566              }
567              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
568              {
569                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
570                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
571                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
572                dim0.clear();
573                dim0.push_back(dimEdge);
574                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
575                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
576                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
577                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
578                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
579                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
580                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
581                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
582                dim0.clear();
583                dim0.push_back(dimEdge);
584                dim0.push_back(dimTwo);
585                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
586                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
587                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
588                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
589              }
590              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
591              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
592              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
593              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
594              dim0.clear();
595              dim0.push_back(dimFace);
596              SuperClassWriter::addVariable(face_x, NC_FLOAT, dim0);
597              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
598              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
599              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
600              SuperClassWriter::addVariable(face_y, NC_FLOAT, dim0);
601              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
602              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
603              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
604              dim0.clear();
605              dim0.push_back(dimFace);
606              dim0.push_back(dimVertex);
607              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
608              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
609              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
610              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
611              dim0.clear();
612              dim0.push_back(dimFace);
613              dim0.push_back(dimVertex);
614              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
615              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
616              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
617              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
618              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
619              dim0.clear();
620              dim0.push_back(dimEdge);
621              dim0.push_back(dimTwo);
622              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
623              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
624              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
625              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
626              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
627              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
628              dim0.clear();
629              dim0.push_back(dimFace);
630              dim0.push_back(dimVertex);
631              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
632              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
633              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
634              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
635              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
636              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
637              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
638            } // domain->nvertex > 2
639
640            SuperClassWriter::definition_end();
641
642            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
643            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
644            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
645            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
646            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
647            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
648            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
649            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
650            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
651            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
652            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
653            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
654
655            if (!isWrittenDomain(domid))
656            {
657              if (domain->nvertex == 1)
658              {
659                if (domain->isEmpty())
660                 {
661                   startNodes[0]=0 ;
662                   countNodes[0]=0 ;
663                 }
664                 else
665                 {
666                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
667                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
668                 }
669
670                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
671                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
672              }
673              else if (domain->nvertex == 2)
674              {
675                if (domain->isEmpty())
676                 {
677                  startEdges[0]=0 ;
678                  countEdges[0]=0 ;
679                  startNodes[0]=0 ;
680                  countNodes[0]=0 ;
681                  startEdgeNodes[0]=0;
682                  startEdgeNodes[1]=0;
683                  countEdgeNodes[0]=0;
684                  countEdgeNodes[1]=0;
685
686                 }
687                 else
688                 {
689                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
690                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
691                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
692                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
693                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
694                   startEdgeNodes[1] = 0;
695                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
696                   countEdgeNodes[1]= 2;
697                 }
698                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
699                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
700                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
701                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
702                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
703              }
704              else
705              {
706                if (domain->isEmpty())
707                 {
708                   startFaces[0] = 0 ;
709                   countFaces[0] = 0 ;
710                   startNodes[0] = 0;
711                   countNodes[0] = 0;
712                   startEdges[0] = 0;
713                   countEdges[0] = 0;
714                   startEdgeFaces[0] = 0;
715                   startEdgeFaces[1] = 0;
716                   countEdgeFaces[0] = 0;
717                   countEdgeFaces[1] = 0;
718                   startFaceConctv[0] = 0;
719                   startFaceConctv[1] = 0;
720                   countFaceConctv[0] = 0;
721                   countFaceConctv[1] = 0;
722                 }
723                 else
724                 {
725                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
726                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
727                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
728                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
729                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
730                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
731                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
732                   startEdgeNodes[1] = 0;
733                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
734                   countEdgeNodes[1]= 2;
735                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
736                   startEdgeFaces[1]= 0;
737                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
738                   countEdgeFaces[1]= 2;
739                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
740                   startFaceConctv[1] = 0;
741                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
742                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
743                 }
744                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
745                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
746                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
747                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
748                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
749                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
750                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
751                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
752                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
753                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
754                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
755              }
756              setWrittenDomain(domid);
757            } // !isWrittenDomain
758            else
759            {
760              if (domain->nvertex == 2)
761              {
762                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
763                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
764                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
765                startEdgeNodes[1] = 0;
766                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
767                countEdgeNodes[1]= 2;
768                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
769                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
770                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
771              } 
772              if (domain->nvertex > 2)
773              {
774
775                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
776                {
777                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
778                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
779                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
780                  startEdgeNodes[1] = 0;
781                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
782                  countEdgeNodes[1]= 2;
783                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
784                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
785                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
786                }
787                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
788                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
789                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
790                startEdgeFaces[1]= 0;
791                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
792                countEdgeFaces[1]= 2;
793                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
794                startFaceConctv[1] = 0;
795                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
796                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
797                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
798                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
799                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
800                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
801                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
802                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
803              }
804            }// isWrittenDomain
805
806            SuperClassWriter::definition_start();
807
808            break;
809          } // ONE_FILE
810
811          case (MULTI_FILE) :
812          {
813            break;
814          }
815
816          default :
817          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
818          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
819          << " not implemented yet !");
820          } // switch
821        } // try
822
823        catch (CNetCdfException& e)
824        {
825          StdString msg("On writing the domain : ");
826          msg.append(domid); msg.append("\n");
827          msg.append("In the context : ");
828          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
829          msg.append(e.what());
830          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
831        }
832
833  domain->addRelFile(this->filename);
834  }
835
836    //--------------------------------------------------------------
837
838    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
839      {
840         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
841         CContextServer* server=context->server ;
842
843         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
844         domain->checkAttributes();
845
846         if (domain->isEmpty())
847           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
848
849         std::vector<StdString> dim0, dim1;
850         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
851         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
852         else setWrittenDomain(domid);
853
854         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
855
856         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
857         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
858
859         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
860         string areaId = "area" + appendDomid;
861
862         try
863         {
864           switch (SuperClass::type)
865           {
866              case (MULTI_FILE) :
867              {
868                 dim0.push_back(dimXid);
869                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
870
871                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
872                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
873                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
874                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
875                 if (domain->hasLonLat)
876                 {
877                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
878                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
879                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
880                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
881                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
882                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
883                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
884                 }
885                 dim0.clear();
886                 if (domain->hasBounds)
887                 {
888                   dim0.push_back(dimXid);
889                   dim0.push_back(dimVertId);
890                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
891                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
892                 }
893
894                 dim0.clear();
895                 dim0.push_back(dimXid);
896                 if (domain->hasArea)
897                 {
898                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
899                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
900                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
901                 }
902
903                 SuperClassWriter::definition_end();
904
905                 if (domain->hasLonLat)
906                 {
907                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
908                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
909                   if (domain->hasBounds)
910                   {
911                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
912                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
913                   }
914                 }
915
916                 if (domain->hasArea)
917                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
918
919                 SuperClassWriter::definition_start();
920                 break ;
921              }
922
923              case (ONE_FILE) :
924              {
925                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
926                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
927                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
928                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
929                 dim0.push_back(dimXid);
930                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
931                 if (domain->hasLonLat)
932                 {
933                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
934                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
935
936                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
937                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
938                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
939                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
940                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
941                 }
942                 dim0.clear();
943
944                 if (domain->hasBounds)
945                 {
946                   dim0.push_back(dimXid);
947                   dim0.push_back(dimVertId);
948                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
949                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
950                 }
951
952                 if (domain->hasArea)
953                 {
954                   dim0.clear();
955                   dim0.push_back(dimXid);
956                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
957                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
958                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
959                 }
960
961                 SuperClassWriter::definition_end();
962
963                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
964                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
965                 if (domain->isEmpty())
966                 {
967                   start[0]=0 ;
968                   count[0]=0 ;
969                   startBounds[1]=0 ;
970                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
971                   startBounds[0]=0 ;
972                   countBounds[0]=0 ;
973                 }
974                 else
975                 {
976                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
977                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
978                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
979                   startBounds[1]=0 ;
980                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
981                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
982                 }
983
984                 if (domain->hasLonLat)
985                 {
986                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
987                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
988                   if (domain->hasBounds)
989                   {
990                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
991                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
992                   }
993                 }
994
995                 if (domain->hasArea)
996                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
997
998                 SuperClassWriter::definition_start();
999
1000                 break;
1001              }
1002              default :
1003                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1004                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1005                       << " not implemented yet !");
1006           }
1007         }
1008         catch (CNetCdfException& e)
1009         {
1010           StdString msg("On writing the domain : ");
1011           msg.append(domid); msg.append("\n");
1012           msg.append("In the context : ");
1013           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1014           msg.append(e.what());
1015           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1016         }
1017         domain->addRelFile(this->filename);
1018      }
1019      //--------------------------------------------------------------
1020
1021      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1022      {
1023        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1024        axis->checkAttributes();
1025        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1026        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1027        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1028                                                              : axis->global_zoom_n;
1029        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
1030                                                              : axis->global_zoom_begin;
1031
1032        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1033
1034        std::vector<StdString> dims;
1035        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1036        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1037        else setWrittenAxis(axisid);
1038
1039        try
1040        {
1041          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1042          if (axis->hasValue)
1043          {
1044            dims.push_back(axisid);
1045            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
1046
1047            if (!axis->name.isEmpty())
1048              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1049
1050            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1051              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1052
1053            if (!axis->long_name.isEmpty())
1054              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1055
1056            if (!axis->unit.isEmpty())
1057              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1058
1059            if (!axis->positive.isEmpty())
1060            {
1061              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1062              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1063                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1064                                             &axisid);
1065            }
1066
1067            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1068            if (!axis->bounds.isEmpty())
1069            {
1070              dims.push_back("axis_nbounds");
1071              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
1072              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1073            }
1074
1075            SuperClassWriter::definition_end();
1076
1077            switch (SuperClass::type)
1078            {
1079              case MULTI_FILE:
1080              {
1081                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1082                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1083                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1084
1085                if (!axis->bounds.isEmpty())
1086                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1087
1088                SuperClassWriter::definition_start();
1089
1090                break;
1091              }
1092              case ONE_FILE:
1093              {
1094                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1095                axis_value = axis->value_srv;
1096
1097                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1098                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1099                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
1100                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1101                startBounds[1] = 0;
1102                countBounds[1] = 2;
1103                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1104
1105                if (!axis->bounds.isEmpty())
1106                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1107
1108                SuperClassWriter::definition_start();
1109
1110                break;
1111              }
1112              default :
1113                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1114                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1115                      << " not implemented yet !");
1116            }
1117          }
1118        }
1119        catch (CNetCdfException& e)
1120        {
1121          StdString msg("On writing the axis : ");
1122          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1123          msg.append("In the context : ");
1124          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1125          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1126          msg.append(e.what());
1127          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1128        }
1129        axis->addRelFile(this->filename);
1130     }
1131
1132      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1133      {
1134        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1135        scalar->checkAttributes();
1136        int scalarSize = 1;
1137
1138        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1139        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1140        else setWrittenAxis(scalaId);
1141
1142        try
1143        {
1144          if (!scalar->value.isEmpty())
1145          {
1146//            dims.push_back(scalaId);
1147            std::vector<StdString> dims;
1148            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, NC_FLOAT, dims);
1149
1150            if (!scalar->name.isEmpty())
1151              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1152
1153            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1154              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1155
1156            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1157              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1158
1159            if (!scalar->unit.isEmpty())
1160              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1161
1162            SuperClassWriter::definition_end();
1163
1164            switch (SuperClass::type)
1165            {
1166              case MULTI_FILE:
1167              {
1168                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1169                scalarValue(0) = scalar->value;
1170                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1171                SuperClassWriter::definition_start();
1172
1173                break;
1174              }
1175              case ONE_FILE:
1176              {
1177                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1178                scalarValue(0) = scalar->value;
1179
1180                std::vector<StdSize> start(1);
1181                std::vector<StdSize> count(1);
1182                start[0] = 0;
1183                count[0] = 1;
1184                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1185                SuperClassWriter::definition_start();
1186
1187                break;
1188              }
1189              default :
1190                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1191                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1192                      << " not implemented yet !");
1193            }
1194          }
1195        }
1196        catch (CNetCdfException& e)
1197        {
1198          StdString msg("On writing the scalar : ");
1199          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1200          msg.append("In the context : ");
1201          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1202          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1203          msg.append(e.what());
1204          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1205        }
1206        scalar->addRelFile(this->filename);
1207     }
1208
1209     //--------------------------------------------------------------
1210
1211     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1212     {
1213       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1214
1215       try
1216       {
1217         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1218         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1219         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1220         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1221         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1222
1223         std::vector<StdString> dims;
1224
1225         if (grid->isCompressible())
1226         {
1227           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1228
1229           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1230           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1231
1232           dims.push_back(varId);
1233           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1234
1235           StdOStringStream compress;
1236           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1237           {
1238             if (2 == axisDomainOrder(i))
1239             {
1240               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1241               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1242               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1243
1244               switch (domain->type)
1245               {
1246                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1247                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1248                   break;
1249                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1250                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1251                   break;
1252                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1253                   compress << "cell" << appendDomId;
1254                   break;
1255               }
1256               ++idxDomain;
1257             }
1258             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1259             {
1260               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1261               compress << axis->getAxisOutputName();
1262               ++idxAxis;
1263             }
1264             else
1265             {
1266               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1267               compress << scalar->getScalarOutputName();
1268               ++idxScalar;
1269             }
1270
1271             if (i != 0) compress << ' ';
1272           }
1273           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1274
1275           grid->computeCompressedIndex();
1276
1277           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1278           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1279           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1280           {
1281             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1282             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1283               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1284           }
1285
1286           switch (SuperClass::type)
1287           {
1288             case (MULTI_FILE):
1289             {
1290               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1291               break;
1292             }
1293             case (ONE_FILE):
1294             {
1295               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1296                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1297
1298               std::vector<StdSize> start, count;
1299               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1300               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1301
1302               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1303               break;
1304             }
1305           }
1306         }
1307         else
1308         {
1309           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1310           {
1311             StdString varId, compress;
1312             CArray<int, 1> indexes;
1313             bool isDistributed;
1314             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1315             int firstGlobalIndex;
1316
1317             if (2 == axisDomainOrder(i))
1318             {
1319               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1320               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1321
1322               if (!domain->isCompressible()
1323                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1324                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1325                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1326                 continue;
1327
1328               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1329
1330               varId = domId + "_points";
1331               switch (domain->type)
1332               {
1333                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1334                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1335                   break;
1336                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1337                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1338                   break;
1339               }
1340
1341               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1342               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1343               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1344                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1345
1346               isDistributed = domain->isDistributed();
1347               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1348               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1349               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1350               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1351
1352               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1353               setWrittenCompressedDomain(domId);
1354               ++idxDomain;
1355             }
1356             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1357             {
1358               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1359               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1360
1361               if (!axis->isCompressible()
1362                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1363                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1364                 continue;
1365
1366               varId = axisId + "_points";
1367               compress = axisId;
1368
1369               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1370               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1371               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1372                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1373
1374               isDistributed = axis->isDistributed();
1375               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1376               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1377               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1378               firstGlobalIndex = axis->begin;
1379
1380               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1381               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1382               ++idxAxis;
1383             }
1384             else
1385             {
1386             }
1387
1388             if (!varId.empty())
1389             {
1390               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1391
1392               dims.clear();
1393               dims.push_back(varId);
1394               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1395
1396               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1397
1398               switch (SuperClass::type)
1399               {
1400                 case (MULTI_FILE):
1401                 {
1402                   indexes -= firstGlobalIndex;
1403                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1404                   break;
1405                 }
1406                 case (ONE_FILE):
1407                 {
1408                   std::vector<StdSize> start, count;
1409                   start.push_back(offset);
1410                   count.push_back(nbIndexes);
1411
1412                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1413                   break;
1414                 }
1415               }
1416             }
1417           }
1418
1419           if (!dims.empty())
1420             grid->computeCompressedIndex();
1421         }
1422
1423         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1424       }
1425       catch (CNetCdfException& e)
1426       {
1427         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1428         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1429         msg.append("In the context : ");
1430         CContext* context = CContext::getCurrent();
1431         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1432         msg.append(e.what());
1433         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1434       }
1435     }
1436
1437     //--------------------------------------------------------------
1438
1439     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1440     {
1441       try
1442       {
1443        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1444       }
1445       catch (CNetCdfException& e)
1446       {
1447         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1448         msg.append("In the context : ");
1449         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1450         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1451         msg.append(e.what());
1452         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1453       }
1454     }
1455
1456      //--------------------------------------------------------------
1457
1458      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1459      {
1460        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1461        CContextServer* server=context->server ;
1462
1463        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1464        CGrid* grid = field->grid;
1465        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1466          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1467
1468        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1469        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1470        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1471        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1472        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1473
1474        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1475        StdString dimXid,dimYid;
1476        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1477        bool hasArea = false;
1478        StdString cellMeasures = "area:";
1479        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1480
1481        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1482        {
1483          if (2 == axisDomainOrder(i))
1484          {
1485            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1486            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1487            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1488
1489            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1490            {
1491              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1492              field->setUseCompressedOutput();
1493            }
1494
1495            switch (domain->type)
1496            {
1497              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1498                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1499                {
1500                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1501                  dimIdList.push_back(dimXid);
1502                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1503                  dimIdList.push_back(dimYid);
1504                }
1505                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1506                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1507              break ;
1508              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1509                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1510                {
1511                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1512                  dimIdList.push_back(dimXid);
1513                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1514                  dimIdList.push_back(dimYid);
1515                }
1516              break ;
1517              case CDomain::type_attr::unstructured:
1518              {
1519                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1520                {
1521                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1522                  dimIdList.push_back(dimXid);
1523                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1524                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1525                }
1526                else
1527                {
1528                  StdString domainName = domain->name;
1529                  if (domain->nvertex == 1)
1530                  {
1531                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1532                    dimIdList.push_back(dimXid);
1533                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1534                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1535                  }
1536                  else if (domain->nvertex == 2)
1537                  {
1538                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1539                    dimIdList.push_back(dimXid);
1540                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1541                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1542                  }
1543                  else
1544                  {
1545                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1546                    dimIdList.push_back(dimXid);
1547                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1548                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1549                  }
1550                }  // ugrid convention
1551              }  // case unstructured domain
1552            }
1553
1554            if (domain->hasArea)
1555            {
1556              hasArea = true;
1557              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1558            }
1559            ++idxDomain;
1560          }
1561          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1562          {
1563            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1564            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1565
1566            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1567            {
1568              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1569              field->setUseCompressedOutput();
1570            }
1571            else
1572              dimIdList.push_back(axisId);
1573
1574            dimCoordList.push_back(axisId);
1575            ++idxAxis;
1576          }
1577          else // scalar
1578          {
1579             /* Do nothing here */
1580          }
1581        }
1582
1583/*
1584         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1585                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1586                             : lonid;
1587         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1588                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1589                             : latid;
1590*/
1591        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1592
1593        nc_type type ;
1594        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1595        else
1596        {
1597          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1598          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1599          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1600        }
1601
1602        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1603
1604        if (wtime)
1605        {
1606
1607          //StdOStringStream oss;
1608          // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1609          //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1610          //oss
1611          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1612          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1613          dims.push_back(timeid);
1614        }
1615
1616        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1617        {
1618          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1619          field->setUseCompressedOutput();
1620        }
1621        else
1622        {
1623          while (!dimIdList.empty())
1624          {
1625            dims.push_back(dimIdList.back());
1626            dimIdList.pop_back();
1627          }
1628        }
1629
1630        while (!dimCoordList.empty())
1631        {
1632          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1633          dimCoordList.pop_back();
1634        }
1635
1636        try
1637        {
1638           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1639
1640           if (!field->standard_name.isEmpty())
1641              SuperClassWriter::addAttribute
1642                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1643
1644           if (!field->long_name.isEmpty())
1645              SuperClassWriter::addAttribute
1646                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1647
1648           if (!field->unit.isEmpty())
1649              SuperClassWriter::addAttribute
1650                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1651
1652           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1653           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1654           {
1655            if (!domainList.empty())
1656            {
1657              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1658              StdString mesh = domain->name;
1659              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1660              StdString location;
1661              if (domain->nvertex == 1)
1662                location = "node";
1663              else if (domain->nvertex == 2)
1664                location = "edge";
1665              else if (domain->nvertex > 2)
1666                location = "face";
1667              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1668            }
1669
1670           }
1671
1672           if (!field->valid_min.isEmpty())
1673              SuperClassWriter::addAttribute
1674                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1675
1676           if (!field->valid_max.isEmpty())
1677              SuperClassWriter::addAttribute
1678                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1679
1680            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1681              SuperClassWriter::addAttribute
1682                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1683
1684             if (!field->add_offset.isEmpty())
1685              SuperClassWriter::addAttribute
1686                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1687
1688           SuperClassWriter::addAttribute
1689                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1690
1691          // write child variables as attributes
1692
1693
1694           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1695           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1696
1697           bool alreadyAddCellMethod = false;
1698           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1699           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1700           {
1701              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1702              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1703                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1704              {
1705                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1706                alreadyAddCellMethod = true;
1707              }
1708              else
1709              {
1710                switch (field->cell_methods_mode)
1711                {
1712                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1713                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1714                    cellMethodsPrefix += " ";
1715                    break;
1716                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1717                    cellMethodsSuffix = " ";
1718                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1719                    break;
1720                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1721                    break;
1722                  default:
1723                    break;
1724                }
1725              }
1726           }
1727
1728
1729           if (wtime)
1730           {
1731              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1732              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1733              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1734              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1735
1736              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1737              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1738              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1739
1740              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1741              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1742              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1743              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1744              else cellMethods += field->operation;
1745              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1746                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1747              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1748              if (!alreadyAddCellMethod)
1749                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1750           }
1751
1752           if (hasArea)
1753             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1754
1755           if (!field->default_value.isEmpty())
1756           {
1757              double default_value = field->default_value.getValue();
1758              float fdefault_value = (float)default_value;
1759              if (type == NC_DOUBLE)
1760                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1761              else
1762                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1763           }
1764           else
1765              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1766
1767            if (field->compression_level.isEmpty())
1768              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1769            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1770
1771           {  // Ecriture des coordonnes
1772
1773              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1774              std::vector<StdString>::iterator
1775                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1776
1777              for (; itc!= endc; itc++)
1778              {
1779                 StdString & coord = *itc;
1780                 if (itc+1 != endc)
1781                       coordstr.append(coord).append(" ");
1782                 else  coordstr.append(coord);
1783              }
1784
1785              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1786
1787           }
1788         }
1789         catch (CNetCdfException& e)
1790         {
1791           StdString msg("On writing field : ");
1792           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1793           msg.append("In the context : ");
1794           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1795           msg.append(e.what());
1796           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1797         }
1798      } // writeField_()
1799
1800      //--------------------------------------------------------------
1801
1802      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1803      {
1804         StdString filename = file->getFileOutputName();
1805         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1806                               ? file->description.getValue()
1807                               : StdString("Created by xios");
1808
1809         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1810
1811         try
1812         {
1813       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1814             this->writeFileAttributes(filename, description,
1815                                       StdString("CF-1.6"),
1816                                       StdString("An IPSL model"),
1817                                       this->getTimeStamp());
1818           else
1819             this->writeFileAttributes(filename, description,
1820                                       StdString("UGRID"),
1821                                       StdString("An IPSL model"),
1822                                       this->getTimeStamp());
1823
1824
1825           if (!appendMode)
1826             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1827         }
1828         catch (CNetCdfException& e)
1829         {
1830           StdString msg("On writing file : ");
1831           msg.append(filename); msg.append("\n");
1832           msg.append("In the context : ");
1833           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1834           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1835           msg.append(e.what());
1836           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1837         }
1838      }
1839
1840      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1841      {
1842        StdString name = var->getVariableOutputName();
1843
1844        try
1845        {
1846          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1847            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1848          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1849            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1850          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1851            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1852          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1853            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1854          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1855            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1856          else
1857            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1858                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1859        }
1860       catch (CNetCdfException& e)
1861       {
1862         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1863         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1864         msg.append("In the context : ");
1865         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1866         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1867         msg.append(e.what());
1868         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1869       }
1870     }
1871
1872     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1873     {
1874        StdString name = var->getVariableOutputName();
1875
1876        try
1877        {
1878          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1879            addAttribute(name, var->getData<int>());
1880          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1881            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1882          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1883            addAttribute(name, var->getData<float>());
1884          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1885            addAttribute(name, var->getData<double>());
1886          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1887            addAttribute(name, var->getData<string>());
1888          else
1889            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1890                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1891        }
1892       catch (CNetCdfException& e)
1893       {
1894         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1895         msg.append(name); msg.append("\n");
1896         msg.append("In the context : ");
1897         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1898         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1899         msg.append(e.what());
1900         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1901       }
1902     }
1903
1904      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1905      {
1906        try
1907        {
1908          SuperClassWriter::sync() ;
1909        }
1910        catch (CNetCdfException& e)
1911        {
1912         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1913         msg.append("In the context : ");
1914         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1915         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1916         msg.append(e.what());
1917         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1918        }
1919      }
1920
1921      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1922      {
1923        try
1924        {
1925          SuperClassWriter::close() ;
1926        }
1927        catch (CNetCdfException& e)
1928        {
1929         StdString msg("On closing file");
1930         msg.append("In the context : ");
1931         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1932         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1933         msg.append(e.what());
1934         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1935        }
1936
1937      }
1938
1939      //---------------------------------------------------------------
1940
1941      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1942      {
1943         const int buffer_size = 100;
1944         time_t rawtime;
1945         struct tm * timeinfo = NULL;
1946         char buffer [buffer_size];
1947
1948         time ( &rawtime );
1949         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1950         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1951
1952         return (StdString(buffer));
1953      }
1954
1955      //---------------------------------------------------------------
1956
1957      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1958      {
1959        CContext* context = CContext::getCurrent();
1960        CContextServer* server = context->server;
1961        CGrid* grid = field->grid;
1962
1963        if (field->getNStep()<1) return ;
1964       
1965        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1966          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
1967
1968        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1969
1970        StdOStringStream oss;
1971        string timeAxisId;
1972        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
1973        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
1974
1975        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
1976
1977        StdString timeAxisBoundId;
1978        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
1979        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
1980
1981        if (!field->wasWritten())
1982        {
1983          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
1984              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
1985          {
1986            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv) + 1);
1987          }
1988
1989          field->setWritten();
1990        }
1991
1992
1993        CArray<double,1> time_data(1);
1994        CArray<double,1> time_data_bound(2);
1995        CArray<double,1> time_counter(1);
1996        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1997
1998        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
1999
2000        if (wtime)
2001        {
2002          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2003          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2004
2005          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2006            time_data(0) = lastWrite;
2007          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2008            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2009
2010          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2011            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2012          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2013          {
2014            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2015            time_data_bound(1) = lastWrite;
2016          }
2017         
2018          if (field->file->time_counter.isEmpty())
2019            if (field->hasTimeInstant && !field->hasTimeCentered)
2020              time_counter(0) = lastWrite;
2021            else 
2022              time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2023
2024          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
2025            time_counter(0) = lastWrite;
2026          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
2027            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2028          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
2029            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2030
2031
2032          if (field->file->time_counter.isEmpty())
2033            if (field->hasTimeInstant && !field->hasTimeCentered)
2034              time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
2035            else 
2036            {
2037              time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
2038              time_counter_bound(1) = lastWrite;
2039            }         
2040          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
2041            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
2042          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
2043          {
2044            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
2045            time_counter_bound(1) = lastWrite;
2046          }
2047          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
2048            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2049        }
2050
2051         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2052
2053         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2054         {
2055           double scaleFactor = 1.0;
2056           double addOffset = 0.0;
2057           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2058           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2059           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2060         }
2061
2062         try
2063         {
2064           size_t writtenSize;
2065           if (field->getUseCompressedOutput())
2066             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2067           else
2068             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2069
2070           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2071           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2072
2073           if (field->getUseCompressedOutput())
2074             field->outputCompressedField(fieldData);
2075           else
2076             field->outputField(fieldData);
2077
2078           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2079
2080           switch (SuperClass::type)
2081           {
2082              case (MULTI_FILE) :
2083              {
2084                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2085                 if (wtime)
2086                 {
2087                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2088                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2089                   if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2090                      (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none))
2091                   {
2092                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2093                     if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2094                        (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2095                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2096                   }
2097                 }
2098                 break;
2099              }
2100              case (ONE_FILE) :
2101              {
2102                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2103                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2104                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2105
2106                std::vector<StdSize> start, count;
2107
2108                if (field->getUseCompressedOutput())
2109                {
2110                  if (grid->isCompressible())
2111                  {
2112                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2113                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2114                  }
2115                  else
2116                  {
2117                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2118                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2119                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2120                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2121                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2122                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2123
2124                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2125                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2126
2127
2128                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2129                    {
2130                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2131                      {
2132                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2133
2134                        if (domain->isCompressible())
2135                        {
2136                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2137                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2138                          idx -= 2;
2139                        }
2140                        else
2141                        {
2142                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2143                          {
2144                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2145                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2146                          }
2147                          --idx;
2148                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2149                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2150                          --idx;
2151                        }
2152                        --idxDomain;
2153                      }
2154                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2155                      {
2156                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2157
2158                        if (axis->isCompressible())
2159                        {
2160                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2161                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2162                        }
2163                        else
2164                        {
2165                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2166                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2167                        }
2168
2169                        --idxAxis;
2170                        --idx;
2171                      }
2172                    }
2173                  }
2174                }
2175                else
2176                {
2177
2178                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2179                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2180                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2181                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2182                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2183                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2184
2185                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2186                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2187
2188                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2189                  {
2190                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2191                    {
2192                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2193                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2194                      {
2195                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2196                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2197                      }
2198                      --idx ;
2199                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2200                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2201                      --idx ;
2202                      --idxDomain;
2203                    }
2204                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2205                    {
2206                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2207                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2208                      --idx;
2209                    }
2210                    else
2211                    {
2212                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2213                      {
2214                        start.push_back(0);
2215                        count.push_back(1);
2216                      }
2217                      --idx;
2218                    }
2219                  }
2220                }
2221
2222                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2223                if (wtime)
2224                {
2225                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2226                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2227                   if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2228                      (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none))
2229                   {
2230                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2231                     if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2232                        (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2233                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2234                   }
2235                }
2236
2237                break;
2238              }
2239            }
2240         }
2241         catch (CNetCdfException& e)
2242         {
2243           StdString msg("On writing field data: ");
2244           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2245           msg.append("In the context : ");
2246           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2247           msg.append(e.what());
2248           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2249         }
2250      }
2251
2252      //---------------------------------------------------------------
2253
2254      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2255                  (CField*    field,
2256                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2257      {
2258         StdOStringStream oss;
2259
2260         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2261
2262//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2263//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2264
2265//         StdString axisid = oss.str();
2266//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2267//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2268
2269         StdString axisid("time_centered") ;
2270         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2271         StdString timeid(getTimeCounterName());
2272         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2273 
2274         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2275         {
2276            axisid = "time_instant";
2277            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2278            field->hasTimeInstant = true;                   
2279         }
2280
2281         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2282         {
2283            field->hasTimeCentered = true;           
2284         }         
2285
2286         try
2287         {
2288          // Adding time_instant or time_centered
2289           std::vector<StdString> dims;
2290           dims.push_back(timeid);
2291           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2292           {
2293              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2294
2295              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2296              StdOStringStream oss2;
2297  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2298  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2299              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2300              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2301              this->writeTimeAxisAttributes
2302                 (axisid, cal->getType(),
2303                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2304                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2305           }
2306
2307           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2308           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2309           {
2310              dims.clear() ;
2311              dims.push_back(timeid);
2312              dims.push_back(timeBoundId);
2313              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2314           }
2315
2316           if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2317              (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none))
2318           {
2319             // Adding time_counter
2320             axisid = getTimeCounterName();
2321             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2322             dims.clear();
2323             dims.push_back(timeid);
2324             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2325             {
2326                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2327                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2328
2329                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2330                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2331                {
2332                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2333                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2334
2335                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2336                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2337                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2338                }
2339             }
2340
2341             // Adding time_counter_bound dimension
2342             if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2343                (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2344             {
2345                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2346                {
2347                  dims.clear();
2348                  dims.push_back(timeid);
2349                  dims.push_back(timeBoundId);
2350                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2351                }
2352             }
2353           }
2354         }
2355         catch (CNetCdfException& e)
2356         {
2357           StdString msg("On writing time axis data: ");
2358           msg.append("In the context : ");
2359           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2360           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2361           msg.append(e.what());
2362           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2363                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2364         }
2365      }
2366
2367      //---------------------------------------------------------------
2368
2369      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2370                                                   const StdString & calendar,
2371                                                   const StdString & units,
2372                                                   const StdString & time_origin,
2373                                                   const StdString & time_bounds,
2374                                                   const StdString & standard_name,
2375                                                   const StdString & long_name)
2376      {
2377         try
2378         {
2379           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2380           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2381           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2382           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2383           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2384           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2385         }
2386         catch (CNetCdfException& e)
2387         {
2388           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2389           msg.append("In the context : ");
2390           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2391           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2392           msg.append(e.what());
2393           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2394                                                          const StdString & calendar,\
2395                                                          const StdString & units, \
2396                                                          const StdString & time_origin, \
2397                                                          const StdString & time_bounds, \
2398                                                          const StdString & standard_name, \
2399                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2400         }
2401      }
2402
2403      //---------------------------------------------------------------
2404
2405      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2406                                               const StdString & axis,
2407                                               const StdString & standard_name,
2408                                               const StdString & long_name,
2409                                               const StdString & units,
2410                                               const StdString & nav_model)
2411      {
2412         try
2413         {
2414          if (!axis.empty())
2415            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2416
2417          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2418          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2419          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2420//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2421         }
2422         catch (CNetCdfException& e)
2423         {
2424           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2425           msg.append("In the context : ");
2426           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2427           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2428           msg.append(e.what());
2429           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2430                                                      const StdString & axis, \
2431                                                      const StdString & standard_name, \
2432                                                      const StdString & long_name, \
2433                                                      const StdString & units, \
2434                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2435         }
2436      }
2437
2438      //---------------------------------------------------------------
2439
2440      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2441         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2442      {
2443        try
2444        {
2445         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2446         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2447         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2448         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2449        }
2450        catch (CNetCdfException& e)
2451        {
2452           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2453           msg.append("In the context : ");
2454           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2455           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2456           msg.append(e.what());
2457           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2458                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2459        }
2460
2461      }
2462
2463      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2464                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2465      {
2466         CArray<int,1> array(2) ;
2467
2468         try
2469         {
2470           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2471           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2472           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2473           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2474           array=ni_glo,nj_glo ;
2475           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2476           array=ni,nj ;
2477           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2478           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2479           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2480           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2481           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2482           array=0,0 ;
2483           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2484           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2485           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2486  /*
2487           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2488           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2489           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2490           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2491  */
2492         }
2493         catch (CNetCdfException& e)
2494         {
2495           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2496           msg.append("In the context : ");
2497           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2498           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2499           msg.append(e.what());
2500           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2501                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2502         }
2503      }
2504      //---------------------------------------------------------------
2505
2506      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2507                                                const StdString & description,
2508                                                const StdString & conventions,
2509                                                const StdString & production,
2510                                                const StdString & timeStamp)
2511      {
2512         try
2513         {
2514           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2515           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2516           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2517           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2518           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2519           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
2520         }
2521         catch (CNetCdfException& e)
2522         {
2523           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2524           msg.append("In the context : ");
2525           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2526           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2527           msg.append(e.what());
2528           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2529                                                const StdString & description, \
2530                                                const StdString & conventions, \
2531                                                const StdString & production, \
2532                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2533         }
2534      }
2535
2536      //---------------------------------------------------------------
2537
2538      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2539                                               int data_dim,
2540                                               int data_ni,
2541                                               int data_nj,
2542                                               int data_ibegin,
2543                                               int data_jbegin)
2544      {
2545         try
2546         {
2547           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2548           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2549           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2550           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2551           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2552         }
2553         catch (CNetCdfException& e)
2554         {
2555           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2556           msg.append("In the context : ");
2557           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2558           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2559           msg.append(e.what());
2560           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2561                                               int data_dim, \
2562                                               int data_ni, \
2563                                               int data_nj, \
2564                                               int data_ibegin, \
2565                                               int data_jbegin)", << msg);
2566         }
2567      }
2568
2569      ///--------------------------------------------------------------
2570
2571      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time)
2572      {
2573        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2574        if (it == timeToRecordCache.end())
2575        {
2576          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2577          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2578            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2579
2580          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2581          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2582
2583          StdSize record = 0;
2584          double dtime(time);
2585          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2586          {
2587            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2588            {
2589              record = n + 1;
2590              break;
2591            }
2592          }
2593          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2594        }
2595        return it->second;
2596      }
2597
2598      ///--------------------------------------------------------------
2599
2600      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2601      {
2602        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2603      }
2604
2605      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2606      {
2607        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2608      }
2609
2610      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2611      {
2612        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2613      }
2614
2615      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2616      {
2617        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2618      }
2619
2620      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2621      {
2622        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2623      }
2624
2625      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2626      {
2627        this->writtenDomains.insert(domainName);
2628      }
2629
2630      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2631      {
2632        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2633      }
2634
2635      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2636      {
2637        this->writtenAxis.insert(axisName);
2638      }
2639
2640      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2641      {
2642        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2643      }
2644
2645      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2646      {
2647        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2648      }
2649} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.