source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1059

Last change on this file since 1059 was 1059, checked in by ymipsl, 4 years ago

Solve issue in append mode : the time_counter and time_counter_bounds was not set properly when time data was appended in an existing file in case of instantaneous output.

YM

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 117.9 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13#include "uuid.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23            , file(file)
24      {
25        SuperClass::type = MULTI_FILE;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39      }
40
41      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
42    { /* Ne rien faire de plus */ }
43
44      ///--------------------------------------------------------------
45
46      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
47      {
48         return (this->filename);
49      }
50
51      //---------------------------------------------------------------
52
53      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
54      {
55        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
56        {
57          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
58            writeUnstructuredDomain(domain) ;
59          else
60            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
61          return ;
62        }
63
64         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
65         CContextServer* server=context->server ;
66
67         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
68         domain->checkAttributes();
69
70         if (domain->isEmpty())
71           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
72
73         std::vector<StdString> dim0, dim1;
74         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
75         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
76         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
77         else setWrittenDomain(domid);
78
79
80        StdString dimXid, dimYid ;
81
82        nc_type typePrec ;
83        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
84        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
85        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
86         
87         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
88         switch (domain->type)
89         {
90           case CDomain::type_attr::curvilinear :
91             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
92             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
93             break ;
94           case CDomain::type_attr::rectilinear :
95             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
96             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
97             break;
98         }
99
100         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
101
102         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
103         string areaId = "area" + appendDomid;
104/*
105         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
106                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
107                             : lonid;
108         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
109                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
110                             : latid;
111*/
112
113         try
114         {
115           switch (SuperClass::type)
116           {
117              case (MULTI_FILE) :
118              {
119  //               if (domain->isEmpty()) return;
120
121                 if (server->intraCommSize > 1)
122                 {
123  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
124  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
125                 }
126
127                 switch (domain->type)
128                 {
129                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
130                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
131                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
132                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
133                     break ;
134                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
135                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
136                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
137                     dim0.push_back(dimYid);
138                     dim1.push_back(dimXid);
139                     break;
140                 }
141
142                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
143                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
144
145                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
146                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
147
148                 if (domain->hasBounds)
149                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
150
151                 if (server->intraCommSize > 1)
152                 {
153                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
154                                              domain->zoom_ni_srv,
155                                              domain->zoom_jbegin_srv,
156                                              domain->zoom_nj_srv,
157                                              appendDomid);
158
159                   if (singleDomain)
160                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
161                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
162                                                      domain->zoom_ni_srv,
163                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
164                                                      domain->zoom_nj_srv,
165                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
166                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
167                 }
168
169                 if (domain->hasLonLat)
170                 {
171                   switch (domain->type)
172                   {
173                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
174                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
175                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
176                       break ;
177                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
178                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
179                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
180                        break ;
181                   }
182
183                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
184                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
185
186                   if (domain->hasBounds)
187                   {
188                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
189                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
190
191                     dim0.clear();
192                     dim0.push_back(dimYid);
193                     dim0.push_back(dimXid);
194                     dim0.push_back(dimVertId);
195                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
196                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
197                   }
198                 }
199
200                 dim0.clear();
201                 dim0.push_back(dimYid);
202                 dim0.push_back(dimXid);
203
204
205  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
206  // supress mask               {
207  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
208  // supress mask
209  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
210  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
211  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
212  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
213  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
214  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
215  // supress mask               }
216
217                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
218
219                 if (domain->hasArea)
220                 {
221                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
222                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
223                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
224                 }
225
226                 SuperClassWriter::definition_end();
227
228                 if (domain->hasLonLat)
229                 {
230                   switch (domain->type)
231                   {
232                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
233                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
234                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
235                       break;
236                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
237                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
238                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
239                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
240                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
241                       break;
242                   }
243
244                   if (domain->hasBounds)
245                   {
246                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
247                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
248                   }
249                 }
250
251                 if (domain->hasArea)
252                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
253
254                 SuperClassWriter::definition_start();
255
256                 break;
257              }
258              case (ONE_FILE) :
259              {
260                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
261                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
262
263                 if (domain->hasBounds)
264                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
265
266                 if (domain->hasLonLat)
267                 {
268                   switch (domain->type)
269                   {
270                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
272                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
273                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
274                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
275                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
276                       break;
277
278                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
279                       dim0.push_back(dimYid);
280                       dim1.push_back(dimXid);
281                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
282                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
283                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
284                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1);
285                       break;
286                   }
287
288                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
289                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
290
291                   this->writeAxisAttributes
292                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
293                   this->writeAxisAttributes
294                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
295
296                   if (domain->hasBounds)
297                   {
298                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
299                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
300
301                     dim0.clear();
302                     dim0.push_back(dimYid);
303                     dim0.push_back(dimXid);
304                     dim0.push_back(dimVertId);
305                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
306                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
307                   }
308                 }
309
310                 if (domain->hasArea)
311                 {
312                   dim0.clear();
313                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
314                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
315                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
316                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
317                   dim0.clear();
318                 }
319
320                 SuperClassWriter::definition_end();
321
322                 switch (domain->type)
323                 {
324                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
325                   {
326                     std::vector<StdSize> start(2) ;
327                     std::vector<StdSize> count(2) ;
328                     if (domain->isEmpty())
329                     {
330                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
331                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
332                     }
333                     else
334                     {
335                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
336                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
337                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
338                     }
339
340                     if (domain->hasLonLat)
341                     {
342                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
343                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
344                     }
345                     break;
346                   }
347                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
348                   {
349                     if (domain->hasLonLat)
350                     {
351                       std::vector<StdSize> start(1) ;
352                       std::vector<StdSize> count(1) ;
353                       if (domain->isEmpty())
354                       {
355                         start[0]=0 ;
356                         count[0]=0 ;
357                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
358                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                       }
361                       else
362                       {
363                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
364                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
365                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
366                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
367
368                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
369                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
370                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
371                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
372                       }
373                     }
374                     break;
375                   }
376                 }
377
378                 if (domain->hasBounds)
379                 {
380                   std::vector<StdSize> start(3);
381                   std::vector<StdSize> count(3);
382                   if (domain->isEmpty())
383                   {
384                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
385                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
386                   }
387                   else
388                   {
389                     start[2] = 0;
390                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
391                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
392                     count[2] = domain->nvertex;
393                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
394                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
395                   }
396
397                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
398                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
399                 }
400
401                 if (domain->hasArea)
402                 {
403                   std::vector<StdSize> start(2);
404                   std::vector<StdSize> count(2);
405
406                   if (domain->isEmpty())
407                   {
408                     start[0] = 0; start[1] = 0;
409                     count[0] = 0; count[1] = 0;
410                   }
411                   else
412                   {
413                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
414                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
415                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
416                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
417                   }
418
419                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
420                 }
421
422                 SuperClassWriter::definition_start();
423                 break;
424              }
425              default :
426                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
427                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
428                       << " not implemented yet !");
429           }
430         }
431         catch (CNetCdfException& e)
432         {
433           StdString msg("On writing the domain : ");
434           msg.append(domid); msg.append("\n");
435           msg.append("In the context : ");
436           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
437           msg.append(e.what());
438           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
439         }
440
441         domain->addRelFile(this->filename);
442      }
443
444    //--------------------------------------------------------------
445
446    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
447    {
448      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
449      CContextServer* server=context->server ;
450
451      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
452      domain->checkAttributes();
453      if (domain->isEmpty())
454        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
455
456     nc_type typePrec ;
457     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
458     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
459     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
460
461      std::vector<StdString> dim0;
462      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
463      StdString domainName = domain->name;
464      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
465      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
466
467      StdString node_x = domainName + "_node_x";
468      StdString node_y = domainName + "_node_y";
469
470      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
471      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
472      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
473
474      StdString face_x = domainName + "_face_x";
475      StdString face_y = domainName + "_face_y";
476      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
477      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
478      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
479      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
480
481      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
482      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
483      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
484      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
485      StdString dimTwo = "Two";
486
487      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
488      if (!isWrittenDomain(domid))
489      {
490        dim0.clear();
491        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
492        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
493        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
494        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
495        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
496      }
497
498      try
499      {
500        switch (SuperClass::type)
501        {
502          case (ONE_FILE) :
503          {
504            // Adding nodes
505            if (domain->nvertex == 1)
506            {
507              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
508              {
509                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
510                dim0.clear();
511                dim0.push_back(dimNode);
512                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
513                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
514                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
515                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
516                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
517                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
518                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
519                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
520              }
521            } // domain->nvertex == 1
522
523            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
524            if (domain->nvertex == 2)
525            {
526              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
527              {
528                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
529                dim0.clear();
530                dim0.push_back(dimNode);
531                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
532                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
533                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
534                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
535                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
536                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
537                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
538                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
539              }
540              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
541              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
542              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
543              dim0.clear();
544              dim0.push_back(dimEdge);
545              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
546              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
547              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
548              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
549              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
550              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
551              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
552              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
553              dim0.clear();
554              dim0.push_back(dimEdge);
555              dim0.push_back(dimTwo);
556              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
557              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
558              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
559              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
560            } // domain->nvertex == 2
561
562            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
563            if (domain->nvertex > 2)
564            {
565              // Nodes
566              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
567              {
568                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
569                dim0.clear();
570                dim0.push_back(dimNode);
571                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0);
572                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
573                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
574                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
575                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0);
576                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
577                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
578                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
579              }
580              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
581              {
582                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
583                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
584                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
585                dim0.clear();
586                dim0.push_back(dimEdge);
587                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0);
588                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
589                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
590                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
591                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0);
592                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
593                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
594                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
595                dim0.clear();
596                dim0.push_back(dimEdge);
597                dim0.push_back(dimTwo);
598                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
599                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
600                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
601                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
602              }
603              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
604              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
605              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
606              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
607              dim0.clear();
608              dim0.push_back(dimFace);
609              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0);
610              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
611              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
612              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
613              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0);
614              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
615              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
616              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
617              dim0.clear();
618              dim0.push_back(dimFace);
619              dim0.push_back(dimVertex);
620              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
621              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
622              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
623              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
624              dim0.clear();
625              dim0.push_back(dimFace);
626              dim0.push_back(dimVertex);
627              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
628              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
629              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
630              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
631              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
632              dim0.clear();
633              dim0.push_back(dimEdge);
634              dim0.push_back(dimTwo);
635              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
636              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
637              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
638              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
639              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
640              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
641              dim0.clear();
642              dim0.push_back(dimFace);
643              dim0.push_back(dimVertex);
644              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
645              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
646              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
647              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
648              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
649              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
650              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
651            } // domain->nvertex > 2
652
653            SuperClassWriter::definition_end();
654
655            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
656            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
657            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
658            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
659            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
660            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
661            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
662            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
663            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
664            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
665            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
666            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
667
668            if (!isWrittenDomain(domid))
669            {
670              if (domain->nvertex == 1)
671              {
672                if (domain->isEmpty())
673                 {
674                   startNodes[0]=0 ;
675                   countNodes[0]=0 ;
676                 }
677                 else
678                 {
679                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
680                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
681                 }
682
683                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
684                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
685              }
686              else if (domain->nvertex == 2)
687              {
688                if (domain->isEmpty())
689                 {
690                  startEdges[0]=0 ;
691                  countEdges[0]=0 ;
692                  startNodes[0]=0 ;
693                  countNodes[0]=0 ;
694                  startEdgeNodes[0]=0;
695                  startEdgeNodes[1]=0;
696                  countEdgeNodes[0]=0;
697                  countEdgeNodes[1]=0;
698
699                 }
700                 else
701                 {
702                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
703                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
704                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
705                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
706                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
707                   startEdgeNodes[1] = 0;
708                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
709                   countEdgeNodes[1]= 2;
710                 }
711                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
712                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
713                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
714                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
715                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
716              }
717              else
718              {
719                if (domain->isEmpty())
720                 {
721                   startFaces[0] = 0 ;
722                   countFaces[0] = 0 ;
723                   startNodes[0] = 0;
724                   countNodes[0] = 0;
725                   startEdges[0] = 0;
726                   countEdges[0] = 0;
727                   startEdgeFaces[0] = 0;
728                   startEdgeFaces[1] = 0;
729                   countEdgeFaces[0] = 0;
730                   countEdgeFaces[1] = 0;
731                   startFaceConctv[0] = 0;
732                   startFaceConctv[1] = 0;
733                   countFaceConctv[0] = 0;
734                   countFaceConctv[1] = 0;
735                 }
736                 else
737                 {
738                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
739                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
740                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
741                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
742                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
743                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
744                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
745                   startEdgeNodes[1] = 0;
746                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
747                   countEdgeNodes[1]= 2;
748                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
749                   startEdgeFaces[1]= 0;
750                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
751                   countEdgeFaces[1]= 2;
752                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
753                   startFaceConctv[1] = 0;
754                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
755                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
756                 }
757                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
758                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
759                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
760                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
761                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
762                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
763                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
764                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
765                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
766                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
767                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
768              }
769              setWrittenDomain(domid);
770            } // !isWrittenDomain
771            else
772            {
773              if (domain->nvertex == 2)
774              {
775                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
776                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
777                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
778                startEdgeNodes[1] = 0;
779                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
780                countEdgeNodes[1]= 2;
781                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
782                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
783                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
784              } 
785              if (domain->nvertex > 2)
786              {
787
788                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
789                {
790                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
791                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
792                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
793                  startEdgeNodes[1] = 0;
794                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
795                  countEdgeNodes[1]= 2;
796                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
797                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
798                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
799                }
800                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
801                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
802                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
803                startEdgeFaces[1]= 0;
804                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
805                countEdgeFaces[1]= 2;
806                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
807                startFaceConctv[1] = 0;
808                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
809                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
810                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
811                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
812                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
813                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
814                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
815                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
816              }
817            }// isWrittenDomain
818
819            SuperClassWriter::definition_start();
820
821            break;
822          } // ONE_FILE
823
824          case (MULTI_FILE) :
825          {
826            break;
827          }
828
829          default :
830          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
831          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
832          << " not implemented yet !");
833          } // switch
834        } // try
835
836        catch (CNetCdfException& e)
837        {
838          StdString msg("On writing the domain : ");
839          msg.append(domid); msg.append("\n");
840          msg.append("In the context : ");
841          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
842          msg.append(e.what());
843          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
844        }
845
846  domain->addRelFile(this->filename);
847  }
848
849    //--------------------------------------------------------------
850
851    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
852      {
853         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
854         CContextServer* server=context->server ;
855
856         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
857         domain->checkAttributes();
858
859         if (domain->isEmpty())
860           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
861
862         std::vector<StdString> dim0, dim1;
863         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
864         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
865         else setWrittenDomain(domid);
866
867         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
868
869         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
870         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
871
872         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
873         string areaId = "area" + appendDomid;
874
875         nc_type typePrec ;
876         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
877         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
878         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
879
880         try
881         {
882           switch (SuperClass::type)
883           {
884              case (MULTI_FILE) :
885              {
886                 dim0.push_back(dimXid);
887                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
888
889                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
890                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
891                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
892                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
893                 if (domain->hasLonLat)
894                 {
895                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
896                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
897                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
898                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
899                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
900                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
901                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
902                 }
903                 dim0.clear();
904                 if (domain->hasBounds)
905                 {
906                   dim0.push_back(dimXid);
907                   dim0.push_back(dimVertId);
908                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
909                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
910                 }
911
912                 dim0.clear();
913                 dim0.push_back(dimXid);
914                 if (domain->hasArea)
915                 {
916                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
917                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
918                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
919                 }
920
921                 SuperClassWriter::definition_end();
922
923                 if (domain->hasLonLat)
924                 {
925                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
926                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
927                   if (domain->hasBounds)
928                   {
929                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
930                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
931                   }
932                 }
933
934                 if (domain->hasArea)
935                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
936
937                 SuperClassWriter::definition_start();
938                 break ;
939              }
940
941              case (ONE_FILE) :
942              {
943                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
944                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
945                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
946                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
947                 dim0.push_back(dimXid);
948                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
949                 if (domain->hasLonLat)
950                 {
951                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0);
952                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0);
953
954                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
955                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
956                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
957                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
958                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
959                 }
960                 dim0.clear();
961
962                 if (domain->hasBounds)
963                 {
964                   dim0.push_back(dimXid);
965                   dim0.push_back(dimVertId);
966                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0);
967                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0);
968                 }
969
970                 if (domain->hasArea)
971                 {
972                   dim0.clear();
973                   dim0.push_back(dimXid);
974                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0);
975                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
976                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
977                 }
978
979                 SuperClassWriter::definition_end();
980
981                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
982                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
983                 if (domain->isEmpty())
984                 {
985                   start[0]=0 ;
986                   count[0]=0 ;
987                   startBounds[1]=0 ;
988                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
989                   startBounds[0]=0 ;
990                   countBounds[0]=0 ;
991                 }
992                 else
993                 {
994                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
995                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
996                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
997                   startBounds[1]=0 ;
998                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
999                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
1000                 }
1001
1002                 if (domain->hasLonLat)
1003                 {
1004                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1005                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1006                   if (domain->hasBounds)
1007                   {
1008                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1009                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1010                   }
1011                 }
1012
1013                 if (domain->hasArea)
1014                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1015
1016                 SuperClassWriter::definition_start();
1017
1018                 break;
1019              }
1020              default :
1021                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1022                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1023                       << " not implemented yet !");
1024           }
1025         }
1026         catch (CNetCdfException& e)
1027         {
1028           StdString msg("On writing the domain : ");
1029           msg.append(domid); msg.append("\n");
1030           msg.append("In the context : ");
1031           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1032           msg.append(e.what());
1033           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1034         }
1035         domain->addRelFile(this->filename);
1036      }
1037      //--------------------------------------------------------------
1038
1039      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1040      {
1041        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1042        axis->checkAttributes();
1043        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1044        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1045        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1046                                                              : axis->global_zoom_n;
1047        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
1048                                                              : axis->global_zoom_begin;
1049
1050        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1051
1052        std::vector<StdString> dims;
1053        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1054        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1055        else setWrittenAxis(axisid);
1056
1057        nc_type typePrec ;
1058        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1059        else if (axis->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1060        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1061         
1062        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1063        string strId="str_len" ;
1064        try
1065        {
1066          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1067          if (!axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1068          if (axis->hasValue)
1069          {
1070            dims.push_back(axisid);
1071            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1072            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims);
1073
1074            if (!axis->name.isEmpty())
1075              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1076
1077            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1078              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1079
1080            if (!axis->long_name.isEmpty())
1081              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1082
1083            if (!axis->unit.isEmpty())
1084              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1085
1086            if (!axis->positive.isEmpty())
1087            {
1088              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1089              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1090                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1091                                             &axisid);
1092            }
1093
1094            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1095            if (!axis->bounds.isEmpty())
1096            {
1097              dims.push_back("axis_nbounds");
1098              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims);
1099              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1100            }
1101
1102            SuperClassWriter::definition_end();
1103
1104            switch (SuperClass::type)
1105            {
1106              case MULTI_FILE:
1107              {
1108                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1109                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1110                if (axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1111
1112                if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1113                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1114
1115                if (! axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis->label_srv, axisid, isCollective, 0);
1116 
1117                SuperClassWriter::definition_start();
1118                break;
1119              }
1120              case ONE_FILE:
1121              {
1122                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1123                axis_value = axis->value_srv;
1124
1125                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1126                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1127                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
1128                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1129                startBounds[1] = 0;
1130                countBounds[1] = 2;
1131                if (axis->label.isEmpty()) SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1132
1133                if (!axis->bounds.isEmpty()&& axis->label.isEmpty())
1134                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1135
1136                if (! axis->label.isEmpty())  SuperClassWriter::writeData(axis->label_srv, axisid, isCollective, 0);
1137
1138                SuperClassWriter::definition_start();
1139
1140                break;
1141              }
1142              default :
1143                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1144                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1145                      << " not implemented yet !");
1146            }
1147          }
1148        }
1149        catch (CNetCdfException& e)
1150        {
1151          StdString msg("On writing the axis : ");
1152          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1153          msg.append("In the context : ");
1154          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1155          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1156          msg.append(e.what());
1157          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1158        }
1159        axis->addRelFile(this->filename);
1160     }
1161
1162      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1163      {
1164        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1165        scalar->checkAttributes();
1166        int scalarSize = 1;
1167
1168        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1169        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1170        else setWrittenAxis(scalaId);
1171
1172        nc_type typePrec ;
1173        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1174        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1175        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1176
1177       
1178        try
1179        {
1180          if (!scalar->value.isEmpty())
1181          {
1182//            dims.push_back(scalaId);
1183            std::vector<StdString> dims;
1184            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1185
1186            if (!scalar->name.isEmpty())
1187              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1188
1189            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1190              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1191
1192            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1193              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1194
1195            if (!scalar->unit.isEmpty())
1196              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1197
1198            SuperClassWriter::definition_end();
1199
1200            switch (SuperClass::type)
1201            {
1202              case MULTI_FILE:
1203              {
1204                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1205                scalarValue(0) = scalar->value;
1206                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1207                SuperClassWriter::definition_start();
1208
1209                break;
1210              }
1211              case ONE_FILE:
1212              {
1213                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1214                scalarValue(0) = scalar->value;
1215
1216                std::vector<StdSize> start(1);
1217                std::vector<StdSize> count(1);
1218                start[0] = 0;
1219                count[0] = 1;
1220                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1221                SuperClassWriter::definition_start();
1222
1223                break;
1224              }
1225              default :
1226                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1227                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1228                      << " not implemented yet !");
1229            }
1230          }
1231        }
1232        catch (CNetCdfException& e)
1233        {
1234          StdString msg("On writing the scalar : ");
1235          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1236          msg.append("In the context : ");
1237          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1238          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1239          msg.append(e.what());
1240          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1241        }
1242        scalar->addRelFile(this->filename);
1243     }
1244
1245     //--------------------------------------------------------------
1246
1247     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1248     {
1249       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1250
1251       try
1252       {
1253         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1254         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1255         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1256         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1257         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1258
1259         std::vector<StdString> dims;
1260
1261         if (grid->isCompressible())
1262         {
1263           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1264
1265           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1266           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1267
1268           dims.push_back(varId);
1269           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1270
1271           StdOStringStream compress;
1272           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1273           {
1274             if (2 == axisDomainOrder(i))
1275             {
1276               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1277               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1278               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1279
1280               switch (domain->type)
1281               {
1282                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1283                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1284                   break;
1285                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1286                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1287                   break;
1288                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1289                   compress << "cell" << appendDomId;
1290                   break;
1291               }
1292               ++idxDomain;
1293             }
1294             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1295             {
1296               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1297               compress << axis->getAxisOutputName();
1298               ++idxAxis;
1299             }
1300             else
1301             {
1302               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1303               compress << scalar->getScalarOutputName();
1304               ++idxScalar;
1305             }
1306
1307             if (i != 0) compress << ' ';
1308           }
1309           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1310
1311           grid->computeCompressedIndex();
1312
1313           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1314           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1315           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1316           {
1317             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1318             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1319               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1320           }
1321
1322           switch (SuperClass::type)
1323           {
1324             case (MULTI_FILE):
1325             {
1326               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1327               break;
1328             }
1329             case (ONE_FILE):
1330             {
1331               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1332                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1333
1334               std::vector<StdSize> start, count;
1335               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1336               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1337
1338               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1339               break;
1340             }
1341           }
1342         }
1343         else
1344         {
1345           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1346           {
1347             StdString varId, compress;
1348             CArray<int, 1> indexes;
1349             bool isDistributed;
1350             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1351             int firstGlobalIndex;
1352
1353             if (2 == axisDomainOrder(i))
1354             {
1355               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1356               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1357
1358               if (!domain->isCompressible()
1359                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1360                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1361                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1362                 continue;
1363
1364               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1365
1366               varId = domId + "_points";
1367               switch (domain->type)
1368               {
1369                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1370                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1371                   break;
1372                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1373                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1374                   break;
1375               }
1376
1377               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1378               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1379               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1380                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1381
1382               isDistributed = domain->isDistributed();
1383               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1384               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1385               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1386               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1387
1388               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1389               setWrittenCompressedDomain(domId);
1390               ++idxDomain;
1391             }
1392             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1393             {
1394               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1395               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1396
1397               if (!axis->isCompressible()
1398                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1399                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1400                 continue;
1401
1402               varId = axisId + "_points";
1403               compress = axisId;
1404
1405               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1406               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1407               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1408                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1409
1410               isDistributed = axis->isDistributed();
1411               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1412               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1413               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1414               firstGlobalIndex = axis->begin;
1415
1416               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1417               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1418               ++idxAxis;
1419             }
1420             else
1421             {
1422             }
1423
1424             if (!varId.empty())
1425             {
1426               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1427
1428               dims.clear();
1429               dims.push_back(varId);
1430               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1431
1432               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1433
1434               switch (SuperClass::type)
1435               {
1436                 case (MULTI_FILE):
1437                 {
1438                   indexes -= firstGlobalIndex;
1439                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1440                   break;
1441                 }
1442                 case (ONE_FILE):
1443                 {
1444                   std::vector<StdSize> start, count;
1445                   start.push_back(offset);
1446                   count.push_back(nbIndexes);
1447
1448                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1449                   break;
1450                 }
1451               }
1452             }
1453           }
1454
1455           if (!dims.empty())
1456             grid->computeCompressedIndex();
1457         }
1458
1459         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1460       }
1461       catch (CNetCdfException& e)
1462       {
1463         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1464         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1465         msg.append("In the context : ");
1466         CContext* context = CContext::getCurrent();
1467         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1468         msg.append(e.what());
1469         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1470       }
1471     }
1472
1473     //--------------------------------------------------------------
1474
1475     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1476     {
1477       try
1478       {
1479        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1480       }
1481       catch (CNetCdfException& e)
1482       {
1483         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1484         msg.append("In the context : ");
1485         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1486         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1487         msg.append(e.what());
1488         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1489       }
1490     }
1491
1492      //--------------------------------------------------------------
1493
1494      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1495      {
1496        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1497        CContextServer* server=context->server ;
1498
1499        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1500        CGrid* grid = field->grid;
1501        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1502          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1503
1504        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1505        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1506        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1507        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1508        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1509
1510        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1511        StdString dimXid,dimYid;
1512        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1513        bool hasArea = false;
1514        StdString cellMeasures = "area:";
1515        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1516
1517        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1518        {
1519          if (2 == axisDomainOrder(i))
1520          {
1521            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1522            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1523            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1524
1525            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1526            {
1527              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1528              field->setUseCompressedOutput();
1529            }
1530
1531            switch (domain->type)
1532            {
1533              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1534                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1535                {
1536                  dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1537                  dimIdList.push_back(dimXid);
1538                  dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1539                  dimIdList.push_back(dimYid);
1540                }
1541                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1542                dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1543              break ;
1544              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1545                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1546                {
1547                  dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1548                  dimIdList.push_back(dimXid);
1549                  dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1550                  dimIdList.push_back(dimYid);
1551                }
1552              break ;
1553              case CDomain::type_attr::unstructured:
1554              {
1555                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1556                {
1557                  dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1558                  dimIdList.push_back(dimXid);
1559                  dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1560                  dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1561                }
1562                else
1563                {
1564                  StdString domainName = domain->name;
1565                  if (domain->nvertex == 1)
1566                  {
1567                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1568                    dimIdList.push_back(dimXid);
1569                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1570                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1571                  }
1572                  else if (domain->nvertex == 2)
1573                  {
1574                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1575                    dimIdList.push_back(dimXid);
1576                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1577                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1578                  }
1579                  else
1580                  {
1581                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1582                    dimIdList.push_back(dimXid);
1583                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1584                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1585                  }
1586                }  // ugrid convention
1587              }  // case unstructured domain
1588            }
1589
1590            if (domain->hasArea)
1591            {
1592              hasArea = true;
1593              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1594            }
1595            ++idxDomain;
1596          }
1597          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1598          {
1599            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1600            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1601
1602            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1603            {
1604              dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1605              field->setUseCompressedOutput();
1606            }
1607            else
1608              dimIdList.push_back(axisId);
1609
1610            dimCoordList.push_back(axisId);
1611            ++idxAxis;
1612          }
1613          else // scalar
1614          {
1615             /* Do nothing here */
1616          }
1617        }
1618
1619/*
1620         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1621                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1622                             : lonid;
1623         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1624                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1625                             : latid;
1626*/
1627        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1628
1629        nc_type type ;
1630        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1631        else
1632        {
1633          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1634          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1635          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1636        }
1637
1638        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1639
1640        if (wtime)
1641        {
1642
1643          //StdOStringStream oss;
1644          // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1645          //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1646          //oss
1647          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1648          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1649          dims.push_back(timeid);
1650        }
1651
1652        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1653        {
1654          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1655          field->setUseCompressedOutput();
1656        }
1657        else
1658        {
1659          while (!dimIdList.empty())
1660          {
1661            dims.push_back(dimIdList.back());
1662            dimIdList.pop_back();
1663          }
1664        }
1665
1666        while (!dimCoordList.empty())
1667        {
1668          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1669          dimCoordList.pop_back();
1670        }
1671
1672        try
1673        {
1674           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1675
1676           if (!field->standard_name.isEmpty())
1677              SuperClassWriter::addAttribute
1678                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1679
1680           if (!field->long_name.isEmpty())
1681              SuperClassWriter::addAttribute
1682                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1683
1684           if (!field->unit.isEmpty())
1685              SuperClassWriter::addAttribute
1686                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1687
1688           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
1689           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
1690           {
1691            if (!domainList.empty())
1692            {
1693              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
1694              StdString mesh = domain->name;
1695              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
1696              StdString location;
1697              if (domain->nvertex == 1)
1698                location = "node";
1699              else if (domain->nvertex == 2)
1700                location = "edge";
1701              else if (domain->nvertex > 2)
1702                location = "face";
1703              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
1704            }
1705
1706           }
1707
1708           if (!field->valid_min.isEmpty())
1709              SuperClassWriter::addAttribute
1710                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1711
1712           if (!field->valid_max.isEmpty())
1713              SuperClassWriter::addAttribute
1714                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1715
1716            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1717              SuperClassWriter::addAttribute
1718                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1719
1720             if (!field->add_offset.isEmpty())
1721              SuperClassWriter::addAttribute
1722                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1723
1724           SuperClassWriter::addAttribute
1725                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1726
1727          // write child variables as attributes
1728
1729
1730           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1731           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1732
1733           bool alreadyAddCellMethod = false;
1734           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
1735           if (!field->cell_methods.isEmpty())
1736           {
1737              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
1738              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
1739                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
1740              {
1741                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
1742                alreadyAddCellMethod = true;
1743              }
1744              else
1745              {
1746                switch (field->cell_methods_mode)
1747                {
1748                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
1749                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
1750                    cellMethodsPrefix += " ";
1751                    break;
1752                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
1753                    cellMethodsSuffix = " ";
1754                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
1755                    break;
1756                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
1757                    break;
1758                  default:
1759                    break;
1760                }
1761              }
1762           }
1763
1764
1765           if (wtime)
1766           {
1767              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1768              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1769              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1770              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1771
1772              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1773              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1774              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1775
1776              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
1777              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1778              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1779              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1780              else cellMethods += field->operation;
1781              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1782                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1783              cellMethods += cellMethodsSuffix;
1784              if (!alreadyAddCellMethod)
1785                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1786           }
1787
1788           if (hasArea)
1789             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1790
1791           if (!field->default_value.isEmpty())
1792           {
1793              double default_value = field->default_value.getValue();
1794              float fdefault_value = (float)default_value;
1795              if (type == NC_DOUBLE)
1796                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1797              else
1798                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1799           }
1800           else
1801              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1802
1803            if (field->compression_level.isEmpty())
1804              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1805            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1806
1807           {  // Ecriture des coordonnes
1808
1809              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1810              std::vector<StdString>::iterator
1811                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1812
1813              for (; itc!= endc; itc++)
1814              {
1815                 StdString & coord = *itc;
1816                 if (itc+1 != endc)
1817                       coordstr.append(coord).append(" ");
1818                 else  coordstr.append(coord);
1819              }
1820
1821              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1822
1823           }
1824         }
1825         catch (CNetCdfException& e)
1826         {
1827           StdString msg("On writing field : ");
1828           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1829           msg.append("In the context : ");
1830           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1831           msg.append(e.what());
1832           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1833         }
1834      } // writeField_()
1835
1836      //--------------------------------------------------------------
1837
1838      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1839      {
1840         StdString filename = file->getFileOutputName();
1841         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1842                               ? file->description.getValue()
1843                               : StdString("Created by xios");
1844
1845         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1846
1847         try
1848         {
1849       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1850             this->writeFileAttributes(filename, description,
1851                                       StdString("CF-1.6"),
1852                                       StdString("An IPSL model"),
1853                                       this->getTimeStamp());
1854           else
1855             this->writeFileAttributes(filename, description,
1856                                       StdString("UGRID"),
1857                                       StdString("An IPSL model"),
1858                                       this->getTimeStamp());
1859
1860
1861           if (!appendMode)
1862             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1863         }
1864         catch (CNetCdfException& e)
1865         {
1866           StdString msg("On writing file : ");
1867           msg.append(filename); msg.append("\n");
1868           msg.append("In the context : ");
1869           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1870           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1871           msg.append(e.what());
1872           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1873         }
1874      }
1875
1876      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1877      {
1878        StdString name = var->getVariableOutputName();
1879
1880        try
1881        {
1882          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1883            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1884          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1885            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1886          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1887            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1888          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1889            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1890          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1891            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1892          else
1893            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1894                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1895        }
1896       catch (CNetCdfException& e)
1897       {
1898         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1899         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1900         msg.append("In the context : ");
1901         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1902         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1903         msg.append(e.what());
1904         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1905       }
1906     }
1907
1908     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1909     {
1910        StdString name = var->getVariableOutputName();
1911
1912        try
1913        {
1914          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1915            addAttribute(name, var->getData<int>());
1916          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1917            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1918          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1919            addAttribute(name, var->getData<float>());
1920          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1921            addAttribute(name, var->getData<double>());
1922          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1923            addAttribute(name, var->getData<string>());
1924          else
1925            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1926                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1927        }
1928       catch (CNetCdfException& e)
1929       {
1930         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1931         msg.append(name); msg.append("\n");
1932         msg.append("In the context : ");
1933         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1934         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1935         msg.append(e.what());
1936         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1937       }
1938     }
1939
1940      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1941      {
1942        try
1943        {
1944          SuperClassWriter::sync() ;
1945        }
1946        catch (CNetCdfException& e)
1947        {
1948         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1949         msg.append("In the context : ");
1950         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1951         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1952         msg.append(e.what());
1953         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1954        }
1955      }
1956
1957      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1958      {
1959        try
1960        {
1961          SuperClassWriter::close() ;
1962        }
1963        catch (CNetCdfException& e)
1964        {
1965         StdString msg("On closing file");
1966         msg.append("In the context : ");
1967         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1968         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1969         msg.append(e.what());
1970         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1971        }
1972
1973      }
1974
1975      //---------------------------------------------------------------
1976
1977      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1978      {
1979         const int buffer_size = 100;
1980         time_t rawtime;
1981         struct tm * timeinfo = NULL;
1982         char buffer [buffer_size];
1983         StdString formatStr;
1984         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
1985         else formatStr=file->time_stamp_format;
1986
1987//         time ( &rawtime );
1988//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1989         time ( &rawtime );
1990         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
1991         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
1992
1993         return (StdString(buffer));
1994      }
1995
1996      //---------------------------------------------------------------
1997
1998      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1999      {
2000        CContext* context = CContext::getCurrent();
2001        CContextServer* server = context->server;
2002        CGrid* grid = field->grid;
2003
2004        if (field->getNStep()<1) return ;
2005       
2006        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2007          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
2008
2009        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2010
2011        StdOStringStream oss;
2012        string timeAxisId;
2013        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
2014        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
2015
2016        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2017
2018        StdString timeAxisBoundId;
2019        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2020        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2021
2022        if (!field->wasWritten())
2023        {
2024          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2025              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2026          {
2027            double factorUnit;
2028            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2029            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2030            else factorUnit=1 ;
2031            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2032          }
2033
2034          field->setWritten();
2035        }
2036
2037
2038        CArray<double,1> time_data(1);
2039        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2040        CArray<double,1> time_counter(1);
2041        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2042
2043        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2044
2045        if (wtime)
2046        {
2047         
2048          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;                   
2049          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;           
2050
2051          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2052          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2053
2054          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2055            time_data(0) = lastWrite;
2056          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2057            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2058
2059          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2060            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2061          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2062          {
2063            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2064            time_data_bound(1) = lastWrite;
2065          }
2066         
2067          if (field->file->time_counter.isEmpty())
2068            if (field->hasTimeInstant && !field->hasTimeCentered)
2069              time_counter(0) = lastWrite;
2070            else 
2071              time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2072
2073          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
2074            time_counter(0) = lastWrite;
2075          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
2076            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2077          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
2078            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2079
2080
2081          if (field->file->time_counter.isEmpty())
2082            if (field->hasTimeInstant && !field->hasTimeCentered)
2083              time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
2084            else 
2085            {
2086              time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
2087              time_counter_bound(1) = lastWrite;
2088            }         
2089          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
2090            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
2091          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
2092          {
2093            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
2094            time_counter_bound(1) = lastWrite;
2095          }
2096          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
2097            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2098
2099
2100
2101          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2102          {
2103            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2104            time_data/=secByDay;
2105            time_data_bound/=secByDay;
2106            time_counter/=secByDay;
2107            time_counter_bound/=secByDay;
2108          }
2109        }
2110
2111         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2112
2113         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2114         {
2115           double scaleFactor = 1.0;
2116           double addOffset = 0.0;
2117           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2118           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2119           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2120         }
2121
2122         try
2123         {
2124           size_t writtenSize;
2125           if (field->getUseCompressedOutput())
2126             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2127           else
2128             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2129
2130           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2131           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2132
2133           if (field->getUseCompressedOutput())
2134             field->outputCompressedField(fieldData);
2135           else
2136             field->outputField(fieldData);
2137
2138           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2139
2140           switch (SuperClass::type)
2141           {
2142              case (MULTI_FILE) :
2143              {
2144                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2145                 if (wtime)
2146                 {
2147                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2148                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2149                   if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2150                      (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none))
2151                   {
2152                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2153                     if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2154                        (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2155                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2156                   }
2157                 }
2158                 break;
2159              }
2160              case (ONE_FILE) :
2161              {
2162                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2163                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2164                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2165
2166                std::vector<StdSize> start, count;
2167
2168                if (field->getUseCompressedOutput())
2169                {
2170                  if (grid->isCompressible())
2171                  {
2172                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2173                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2174                  }
2175                  else
2176                  {
2177                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2178                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2179                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2180                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2181                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2182                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2183
2184                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2185                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2186
2187
2188                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2189                    {
2190                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2191                      {
2192                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2193
2194                        if (domain->isCompressible())
2195                        {
2196                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2197                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2198                          idx -= 2;
2199                        }
2200                        else
2201                        {
2202                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2203                          {
2204                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2205                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2206                          }
2207                          --idx;
2208                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2209                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2210                          --idx;
2211                        }
2212                        --idxDomain;
2213                      }
2214                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2215                      {
2216                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2217
2218                        if (axis->isCompressible())
2219                        {
2220                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2221                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2222                        }
2223                        else
2224                        {
2225                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2226                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2227                        }
2228
2229                        --idxAxis;
2230                        --idx;
2231                      }
2232                    }
2233                  }
2234                }
2235                else
2236                {
2237
2238                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2239                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2240                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2241                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2242                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2243                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2244
2245                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2246                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2247
2248                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2249                  {
2250                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2251                    {
2252                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2253                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2254                      {
2255                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2256                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2257                      }
2258                      --idx ;
2259                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2260                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2261                      --idx ;
2262                      --idxDomain;
2263                    }
2264                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2265                    {
2266                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2267                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2268                      --idx;
2269                    }
2270                    else
2271                    {
2272                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2273                      {
2274                        start.push_back(0);
2275                        count.push_back(1);
2276                      }
2277                      --idx;
2278                    }
2279                  }
2280                }
2281
2282                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2283                if (wtime)
2284                {
2285                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2286                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2287                   if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2288                      (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none))
2289                   {
2290                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2291                     if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2292                        (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2293                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2294                   }
2295                }
2296
2297                break;
2298              }
2299            }
2300         }
2301         catch (CNetCdfException& e)
2302         {
2303           StdString msg("On writing field data: ");
2304           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2305           msg.append("In the context : ");
2306           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2307           msg.append(e.what());
2308           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2309         }
2310      }
2311
2312      //---------------------------------------------------------------
2313
2314      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2315                  (CField*    field,
2316                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2317      {
2318         StdOStringStream oss;
2319
2320         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2321
2322//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2323//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2324
2325//         StdString axisid = oss.str();
2326//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2327//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2328
2329         StdString axisid("time_centered") ;
2330         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2331         StdString timeid(getTimeCounterName());
2332         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2333
2334         StdString strTimeUnits ;
2335         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2336         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2337 
2338         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2339         {
2340            axisid = "time_instant";
2341            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2342            field->hasTimeInstant = true;                   
2343         }
2344
2345         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
2346         {
2347            field->hasTimeCentered = true;           
2348         }         
2349
2350         try
2351         {
2352          // Adding time_instant or time_centered
2353           std::vector<StdString> dims;
2354           dims.push_back(timeid);
2355           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2356           {
2357              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2358
2359              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2360              StdOStringStream oss2;
2361  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2362  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2363              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2364              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2365              this->writeTimeAxisAttributes
2366                 (axisid, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2367                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2368           }
2369
2370           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2371           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2372           {
2373              dims.clear() ;
2374              dims.push_back(timeid);
2375              dims.push_back(timeBoundId);
2376              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2377           }
2378
2379           if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2380              (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none))
2381           {
2382             // Adding time_counter
2383             axisid = getTimeCounterName();
2384             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2385             dims.clear();
2386             dims.push_back(timeid);
2387             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2388             {
2389                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2390                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2391
2392                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2393                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2394                {
2395                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2396                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2397
2398                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2399                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2400                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2401                }
2402             }
2403
2404             // Adding time_counter_bound dimension
2405             if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2406                (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2407             {
2408                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2409                {
2410                  dims.clear();
2411                  dims.push_back(timeid);
2412                  dims.push_back(timeBoundId);
2413                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2414                }
2415             }
2416           }
2417         }
2418         catch (CNetCdfException& e)
2419         {
2420           StdString msg("On writing time axis data: ");
2421           msg.append("In the context : ");
2422           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2423           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2424           msg.append(e.what());
2425           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2426                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2427         }
2428      }
2429
2430      //---------------------------------------------------------------
2431
2432      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2433                                                   const StdString & calendar,
2434                                                   const StdString & units,
2435                                                   const StdString & time_origin,
2436                                                   const StdString & time_bounds,
2437                                                   const StdString & standard_name,
2438                                                   const StdString & long_name)
2439      {
2440         try
2441         {
2442           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2443           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2444           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2445           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2446           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2447           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2448         }
2449         catch (CNetCdfException& e)
2450         {
2451           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2452           msg.append("In the context : ");
2453           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2454           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2455           msg.append(e.what());
2456           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2457                                                          const StdString & calendar,\
2458                                                          const StdString & units, \
2459                                                          const StdString & time_origin, \
2460                                                          const StdString & time_bounds, \
2461                                                          const StdString & standard_name, \
2462                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2463         }
2464      }
2465
2466      //---------------------------------------------------------------
2467
2468      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2469                                               const StdString & axis,
2470                                               const StdString & standard_name,
2471                                               const StdString & long_name,
2472                                               const StdString & units,
2473                                               const StdString & nav_model)
2474      {
2475         try
2476         {
2477          if (!axis.empty())
2478            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2479
2480          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2481          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2482          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2483//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2484         }
2485         catch (CNetCdfException& e)
2486         {
2487           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2488           msg.append("In the context : ");
2489           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2490           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2491           msg.append(e.what());
2492           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2493                                                      const StdString & axis, \
2494                                                      const StdString & standard_name, \
2495                                                      const StdString & long_name, \
2496                                                      const StdString & units, \
2497                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2498         }
2499      }
2500
2501      //---------------------------------------------------------------
2502
2503      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2504         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2505      {
2506        try
2507        {
2508         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2509         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2510         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2511         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2512        }
2513        catch (CNetCdfException& e)
2514        {
2515           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2516           msg.append("In the context : ");
2517           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2518           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2519           msg.append(e.what());
2520           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2521                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2522        }
2523
2524      }
2525
2526      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2527                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2528      {
2529         CArray<int,1> array(2) ;
2530
2531         try
2532         {
2533           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2534           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2535           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2536           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2537           array=ni_glo,nj_glo ;
2538           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2539           array=ni,nj ;
2540           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2541           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2542           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2543           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2544           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2545           array=0,0 ;
2546           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2547           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2548           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2549  /*
2550           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2551           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2552           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2553           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2554  */
2555         }
2556         catch (CNetCdfException& e)
2557         {
2558           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2559           msg.append("In the context : ");
2560           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2561           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2562           msg.append(e.what());
2563           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2564                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2565         }
2566      }
2567      //---------------------------------------------------------------
2568
2569      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2570                                                const StdString & description,
2571                                                const StdString & conventions,
2572                                                const StdString & production,
2573                                                const StdString & timeStamp)
2574      {
2575         try
2576         {
2577           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2578           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2579           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2580           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2581           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2582
2583           StdString timeStampStr ;
2584           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
2585           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
2586           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
2587
2588           StdString uuidName ;
2589           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
2590           else uuidName=file->uuid_name ;
2591
2592           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
2593           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
2594         
2595         }
2596         catch (CNetCdfException& e)
2597         {
2598           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2599           msg.append("In the context : ");
2600           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2601           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2602           msg.append(e.what());
2603           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2604                                                const StdString & description, \
2605                                                const StdString & conventions, \
2606                                                const StdString & production, \
2607                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2608         }
2609      }
2610
2611      //---------------------------------------------------------------
2612
2613      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2614                                               int data_dim,
2615                                               int data_ni,
2616                                               int data_nj,
2617                                               int data_ibegin,
2618                                               int data_jbegin)
2619      {
2620         try
2621         {
2622           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2623           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2624           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2625           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2626           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2627         }
2628         catch (CNetCdfException& e)
2629         {
2630           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2631           msg.append("In the context : ");
2632           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2633           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2634           msg.append(e.what());
2635           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2636                                               int data_dim, \
2637                                               int data_ni, \
2638                                               int data_nj, \
2639                                               int data_ibegin, \
2640                                               int data_jbegin)", << msg);
2641         }
2642      }
2643
2644      ///--------------------------------------------------------------
2645
2646      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
2647      {
2648        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2649        if (it == timeToRecordCache.end())
2650        {
2651          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2652          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2653            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2654
2655          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2656          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2657          timeAxisBounds*=factorUnit ;
2658         
2659          StdSize record = 0;
2660          double dtime(time);
2661          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2662          {
2663            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2664            {
2665              record = n + 1;
2666              break;
2667            }
2668          }
2669          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2670        }
2671        return it->second;
2672      }
2673
2674      ///--------------------------------------------------------------
2675
2676      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2677      {
2678        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2679      }
2680
2681      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2682      {
2683        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2684      }
2685
2686      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2687      {
2688        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2689      }
2690
2691      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2692      {
2693        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2694      }
2695
2696      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2697      {
2698        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2699      }
2700
2701      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2702      {
2703        this->writtenDomains.insert(domainName);
2704      }
2705
2706      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2707      {
2708        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2709      }
2710
2711      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2712      {
2713        this->writtenAxis.insert(axisName);
2714      }
2715
2716      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2717      {
2718        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2719      }
2720
2721      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2722      {
2723        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2724      }
2725} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.