source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 1553

Last change on this file since 1553 was 1553, checked in by oabramkina, 3 years ago

The zoom is dead, long live the zoom.

Replacing domain_zoom transformation by copying it from domain_extract. From now on, only the zoomed part of a domain is sent to servers. On the user's side all definitions stay the same.

To do soon: axis_zoom.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 131.9 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include "attribute_template.hpp"
4#include "group_template.hpp"
5
6#include "file.hpp"
7#include "calendar.hpp"
8#include "context.hpp"
9#include "context_server.hpp"
10#include "netCdfException.hpp"
11#include "exception.hpp"
12#include "timer.hpp"
13#include "uuid.hpp"
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
23      {
24        SuperClass::type = MULTI_FILE;
25        compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (CFile* file, const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
30          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36            , file(file),hasTimeInstant(false),hasTimeCentered(false), timeCounterType(none)
37      {
38        SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
39        if (file==NULL) compressionLevel = 0 ;
40        else compressionLevel= file->compression_level.isEmpty() ? 0 :file->compression_level ;
41      }
42
43      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
44    { /* Ne rien faire de plus */ }
45
46      ///--------------------------------------------------------------
47
48      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
49      {
50         return (this->filename);
51      }
52
53      //---------------------------------------------------------------
54
55      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
56      {
57        StdString lonName,latName ;
58         
59        domain->computeWrittenIndex();
60        domain->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
61
62        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
63        {
64          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
65            writeUnstructuredDomain(domain) ;
66          else
67            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
68          return ;
69        }
70
71         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
72         CContextServer* server=context->server ;
73
74         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
75         domain->checkAttributes();
76
77         if (domain->isEmpty())
78           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
79
80         std::vector<StdString> dim0, dim1;
81         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
82         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
83         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
84         else setWrittenDomain(domid);
85       
86         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
87
88
89        StdString dimXid, dimYid ;
90
91        nc_type typePrec ;
92        if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
93        else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
94        else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
95         
96         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
97         switch (domain->type)
98         {
99           case CDomain::type_attr::curvilinear :
100
101             if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "nav_lon";
102             else lonName = domain->lon_name;
103
104             if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "nav_lat";
105             else latName = domain->lat_name;
106
107             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid=StdString("x").append(appendDomid);
108             else dimXid=domain->dim_i_name.getValue() + appendDomid;
109
110             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid=StdString("y").append(appendDomid);
111             else dimYid=domain->dim_j_name.getValue() + appendDomid;
112
113             break ;
114
115           case CDomain::type_attr::rectilinear :
116
117             if (domain->lon_name.isEmpty())
118             {
119               if (domain->dim_i_name.isEmpty())
120                   lonName = "lon";
121               else
122                 lonName = domain->dim_i_name.getValue();
123             }
124             else lonName = domain->lon_name;
125
126             if (domain->lat_name.isEmpty())
127             {
128               if (domain->dim_j_name.isEmpty())
129                 latName = "lat";
130               else
131                 latName = domain->dim_j_name.getValue();
132             }
133             else latName = domain->lat_name;
134             
135             if (domain->dim_i_name.isEmpty()) dimXid = lonName+appendDomid;
136             else dimXid = domain->dim_i_name.getValue()+appendDomid;
137
138             if (domain->dim_j_name.isEmpty()) dimYid = latName+appendDomid;
139             else dimYid = domain->dim_j_name.getValue()+appendDomid;
140             break;
141         }
142
143         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
144
145         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
146         string areaId = "area" + appendDomid;
147/*
148         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
149                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
150                             : lonid;
151         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
152                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
153                             : latid;
154*/
155
156         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
157         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
158         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
159         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
160         CArray<double,1> writtenArea;
161
162         if (domain->hasLonLat)
163         {
164           writtenLat.resize(nbWritten);
165           writtenLon.resize(nbWritten);
166           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
167           {
168                  if (idx < domain->latvalue.numElements())
169                  {
170                writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
171                writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
172                  }
173                  else
174                  {
175                writtenLat(idx) = 0.;
176                writtenLon(idx) = 0.;
177                  }
178           }
179         
180
181           if (domain->hasBounds)
182           {         
183             int nvertex = domain->nvertex, idx;
184             writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
185             writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
186             CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
187             CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;   
188             for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
189               for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
190               {
191                 if (idx < boundslat.columns())
192                 {
193                   writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
194                   writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
195                 }
196                 else
197                 {
198                   writtenBndsLat(nv, idx) = 0.;
199                   writtenBndsLon(nv, idx) = 0.;
200                 }
201               }
202           }
203         }
204
205         if (domain->hasArea)
206         {
207           writtenArea.resize(nbWritten);           
208           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
209           {
210                  if (idx < domain->areavalue.numElements())
211                writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));
212                  else
213                writtenArea(idx) = 0.;
214           }
215         }
216
217         try
218         {
219           switch (SuperClass::type)
220           {
221              case (MULTI_FILE) :
222              {
223                 switch (domain->type)
224                 {
225                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
226                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
227                     lonid = lonName+appendDomid;
228                     latid = latName+appendDomid;
229                     break ;
230                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
231                     lonid = lonName+appendDomid;
232                     latid = latName+appendDomid;
233                     dim0.push_back(dimYid);
234                     dim1.push_back(dimXid);
235                     break;
236                 }
237                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
238                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
239                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
240                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
241
242                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni);
243                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->nj);
244
245                 if (domain->hasBounds)
246                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
247
248                 if (server->intraCommSize > 1)
249                 {
250                   this->writeLocalAttributes(domain->ibegin,
251                                              domain->ni,
252                                              domain->jbegin,
253                                              domain->nj,
254                                              appendDomid);
255
256                   if (singleDomain)
257                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
258                                                      domain->ibegin,
259                                                      domain->ni,
260                                                      domain->jbegin,
261                                                      domain->nj,
262                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
263                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
264                 }
265
266                 if (domain->hasLonLat)
267                 {
268                   switch (domain->type)
269                   {
270                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
271                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
272                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
273                       break ;
274                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
275                        SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
276                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1, compressionLevel);
277                        break ;
278                   }
279
280                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
281                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
282
283                   if (domain->hasBounds)
284                   {
285                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
286                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
287
288                     dim0.clear();
289                     dim0.push_back(dimYid);
290                     dim0.push_back(dimXid);
291                     dim0.push_back(dimVertId);
292                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
293                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
294                   }
295                 }
296
297                 dim0.clear();
298                 dim0.push_back(dimYid);
299                 dim0.push_back(dimXid);
300
301
302  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
303  // supress mask               {
304  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
305  // supress mask
306  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
307  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
308  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
309  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
310  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
311  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
312  // supress mask               }
313
314                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
315
316                 if (domain->hasArea)
317                 {
318                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
319                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
320                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
321                 }
322
323                 SuperClassWriter::definition_end();
324
325                 if (domain->hasLonLat)
326                 {
327                   switch (domain->type)
328                   {
329                     case CDomain::type_attr::curvilinear :                       
330                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
331                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
332                       break;
333                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
334                       CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->ni)) ;
335                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
336                       CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->ni-1)) ;
337                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
338                       break;
339                   }
340
341                   if (domain->hasBounds)
342                   {
343                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
344                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
345                   }
346                 }
347
348                 if (domain->hasArea)
349                 {
350                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);                   
351                 }
352
353                 SuperClassWriter::definition_start();
354
355                 break;
356              }
357              case (ONE_FILE) :
358              {
359                SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
360                SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->nj_glo);
361
362                 if (domain->hasBounds)
363                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
364
365                 if (domain->hasLonLat)
366                 {
367                   switch (domain->type)
368                   {
369                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
370                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
371                       lonid = lonName+appendDomid;
372                       latid = latName+appendDomid;
373                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
374                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
375                       break;
376
377                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
378                       dim0.push_back(dimYid);
379                       dim1.push_back(dimXid);
380                       lonid = lonName+appendDomid;
381                       latid = latName+appendDomid;
382                       SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
383                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim1, compressionLevel);
384                       break;
385                   }
386                   if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
387                   else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
388                   if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
389                   else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
390
391                   this->writeAxisAttributes
392                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
393                   this->writeAxisAttributes
394                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
395
396                   if (domain->hasBounds)
397                   {
398                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
399                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
400
401                     dim0.clear();
402                     dim0.push_back(dimYid);
403                     dim0.push_back(dimXid);
404                     dim0.push_back(dimVertId);
405                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
406                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
407                   }
408                 }
409
410                 if (domain->hasArea)
411                 {
412                   dim0.clear();
413                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
414                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
415                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
416                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
417                   dim0.clear();
418                 }
419
420                 SuperClassWriter::definition_end();
421
422                 switch (domain->type)
423                 {
424                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
425                   {
426                     std::vector<StdSize> start(2) ;
427                     std::vector<StdSize> count(2) ;
428                     if (domain->isEmpty())
429                     {
430                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
431                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
432                     }
433                     else
434                     {
435                       start[1]=domain->ibegin;
436                       start[0]=domain->jbegin;
437                       count[1]=domain->ni ; count[0]=domain->nj ;
438                     }
439
440                     if (domain->hasLonLat)
441                     {
442                       SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
443                       SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
444                     }
445                     break;
446                   }
447                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
448                   {
449                     if (domain->hasLonLat)
450                     {
451                       std::vector<StdSize> start(1) ;
452                       std::vector<StdSize> count(1) ;
453                       if (domain->isEmpty())
454                       {
455                         start[0]=0 ;
456                         count[0]=0 ;
457                         SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
458                         SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
459                       }
460                       else
461                       { 
462                         start[0]=domain->jbegin;
463                         count[0]=domain->nj;
464                         CArray<double,1> lat = writtenLat(Range(fromStart,toEnd,domain->ni));
465                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
466
467                         start[0]=domain->ibegin;
468                         count[0]=domain->ni;
469                         CArray<double,1> lon = writtenLon(Range(0,domain->ni-1));
470                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
471                       }
472                     }
473                     break;
474                   }
475                 }
476
477                 if (domain->hasBounds)
478                 {
479                   std::vector<StdSize> start(3);
480                   std::vector<StdSize> count(3);
481                   if (domain->isEmpty())
482                   {
483                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
484                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
485                   }
486                   else
487                   {
488                     start[2] = 0;
489                     start[1] = domain->ibegin;
490                     start[0] = domain->jbegin;
491                     count[2] = domain->nvertex;
492                     count[1] = domain->ni;
493                     count[0] = domain->nj;
494                   }
495                 
496                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
497                   SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
498                 }
499
500                 if (domain->hasArea)
501                 {
502                   std::vector<StdSize> start(2);
503                   std::vector<StdSize> count(2);
504
505                   if (domain->isEmpty())
506                   {
507                     start[0] = 0; start[1] = 0;
508                     count[0] = 0; count[1] = 0;
509                   }
510                   else
511                   {
512                     start[1] = domain->ibegin;
513                     start[0] = domain->jbegin;
514                     count[1] = domain->ni;
515                     count[0] = domain->nj;
516                   }
517                   
518                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
519                 }
520
521                 SuperClassWriter::definition_start();
522                 break;
523              }
524              default :
525                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
526                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
527                       << " not implemented yet !");
528           }
529         }
530         catch (CNetCdfException& e)
531         {
532           StdString msg("On writing the domain : ");
533           msg.append(domid); msg.append("\n");
534           msg.append("In the context : ");
535           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
536           msg.append(e.what());
537           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
538         }
539
540         domain->addRelFile(this->filename);
541      }
542
543    //--------------------------------------------------------------
544
545    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
546    {
547      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
548      CContextServer* server=context->server ;
549
550      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
551
552      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
553
554      // The first domain for the same mesh that will be written is that with the highest value of nvertex.
555      // Thus the entire mesh connectivity will be generated at once.
556      if (isWrittenDomain(domid)) return ;
557      else setWrittenDomain(domid);
558
559      domain->checkAttributes();
560      if (domain->isEmpty())
561        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
562
563     nc_type typePrec ;
564     if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
565     else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
566     else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
567
568      std::vector<StdString> dim0;
569      StdString domainName = domain->name;
570      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
571      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue, domain->latvalue, domain->bounds_lonvalue, domain->bounds_latvalue);
572
573      StdString node_x = domainName + "_node_x";
574      StdString node_y = domainName + "_node_y";
575
576      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
577      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
578      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
579
580      StdString face_x = domainName + "_face_x";
581      StdString face_y = domainName + "_face_y";
582      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
583      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
584      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
585      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
586
587      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
588      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
589      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
590      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
591      StdString dimTwo = "Two";
592
593      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
594      dim0.clear();
595      SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0, compressionLevel);
596      SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
597      SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
598      SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
599      SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
600
601      try
602      {
603        switch (SuperClass::type)
604        {
605          case (ONE_FILE) :
606          {
607            // Adding nodes
608            if (domain->nvertex == 1)
609            {
610              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
611              {
612                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
613                dim0.clear();
614                dim0.push_back(dimNode);
615                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
616                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
617                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
618                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
619                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
620                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
621                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
622                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
623              }
624            } // domain->nvertex == 1
625
626            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
627            if (domain->nvertex == 2)
628            {
629              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
630              {
631                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
632                dim0.clear();
633                dim0.push_back(dimNode);
634                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
635                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
636                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
637                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
638                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
639                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
640                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
641                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
642              }
643              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
644              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
645              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
646              dim0.clear();
647              dim0.push_back(dimEdge);
648              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
649              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
650              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
651              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
652              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
653              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
654              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
655              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
656              dim0.clear();
657              dim0.push_back(dimEdge);
658              dim0.push_back(dimTwo);
659              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
660              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
661              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
662              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
663            } // domain->nvertex == 2
664
665            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
666            if (domain->nvertex > 2)
667            {
668              // Nodes
669              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
670              {
671                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
672                dim0.clear();
673                dim0.push_back(dimNode);
674                SuperClassWriter::addVariable(node_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
675                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
676                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
677                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
678                SuperClassWriter::addVariable(node_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
679                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
680                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
681                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
682              }
683              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
684              {
685                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
686                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
687                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
688                dim0.clear();
689                dim0.push_back(dimEdge);
690                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
691                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
692                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
693                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
694                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
695                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
696                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
697                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
698                dim0.clear();
699                dim0.push_back(dimEdge);
700                dim0.push_back(dimTwo);
701                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
702                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
703                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
704                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
705              }
706              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
707              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
708              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
709              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
710              dim0.clear();
711              dim0.push_back(dimFace);
712              SuperClassWriter::addVariable(face_x, typePrec, dim0, compressionLevel);
713              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
714              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
715              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
716              SuperClassWriter::addVariable(face_y, typePrec, dim0, compressionLevel);
717              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
718              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
719              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
720              dim0.clear();
721              dim0.push_back(dimFace);
722              dim0.push_back(dimVertex);
723              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0, compressionLevel);
724              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
725              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
726              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
727              dim0.clear();
728              dim0.push_back(dimFace);
729              dim0.push_back(dimVertex);
730              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0, compressionLevel);
731              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
732              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
733              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
734              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
735              dim0.clear();
736              dim0.push_back(dimEdge);
737              dim0.push_back(dimTwo);
738              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0, compressionLevel);
739              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
740              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
741              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
742              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
743              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
744              dim0.clear();
745              dim0.push_back(dimFace);
746              dim0.push_back(dimVertex);
747              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0, compressionLevel);
748              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
749              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
750              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
751              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
752              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
753              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
754            } // domain->nvertex > 2
755
756            SuperClassWriter::definition_end();
757
758            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
759            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
760            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
761            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
762            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
763            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
764            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
765            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
766            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
767            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
768            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
769            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
770
771            if (domain->nvertex == 1)
772            {
773              if (domain->isEmpty())
774               {
775                 startNodes[0]=0 ;
776                 countNodes[0]=0 ;
777               }
778               else
779               {
780                 startNodes[0] = domain->ibegin;
781                 countNodes[0] = domain->ni ;
782               }
783
784              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
785              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
786            }
787            else if (domain->nvertex == 2)
788            {
789              if (domain->isEmpty())
790               {
791                startEdges[0]=0 ;
792                countEdges[0]=0 ;
793                startNodes[0]=0 ;
794                countNodes[0]=0 ;
795                startEdgeNodes[0]=0;
796                startEdgeNodes[1]=0;
797                countEdgeNodes[0]=0;
798                countEdgeNodes[1]=0;
799
800               }
801               else
802               {
803                 startEdges[0] = domain->ibegin;
804                 countEdges[0] = domain->ni;
805                 startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
806                 countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
807                 startEdgeNodes[0] = domain->ibegin;
808                 startEdgeNodes[1] = 0;
809                 countEdgeNodes[0] = domain->ni;
810                 countEdgeNodes[1] = 2;
811               }
812              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
813              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
814              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
815              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
816              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
817            }
818            else
819            {
820              if (domain->isEmpty())
821               {
822                 startFaces[0] = 0 ;
823                 countFaces[0] = 0 ;
824                 startNodes[0] = 0;
825                 countNodes[0] = 0;
826                 startEdges[0] = 0;
827                 countEdges[0] = 0;
828                 startEdgeFaces[0] = 0;
829                 startEdgeFaces[1] = 0;
830                 countEdgeFaces[0] = 0;
831                 countEdgeFaces[1] = 0;
832                 startFaceConctv[0] = 0;
833                 startFaceConctv[1] = 0;
834                 countFaceConctv[0] = 0;
835                 countFaceConctv[1] = 0;
836               }
837               else
838               {
839                 startFaces[0] = domain->ibegin;
840                 countFaces[0] = domain->ni ;
841                 startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
842                 countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
843                 startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
844                 countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
845                 startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
846                 startEdgeNodes[1] = 0;
847                 countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
848                 countEdgeNodes[1]= 2;
849                 startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
850                 startEdgeFaces[1]= 0;
851                 countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
852                 countEdgeFaces[1]= 2;
853                 startFaceConctv[0] = domain->ibegin;
854                 startFaceConctv[1] = 0;
855                 countFaceConctv[0] = domain->ni;
856                 countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
857               }
858              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
859              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
860              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
861              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
862              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
863              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
864              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
865              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
866              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
867              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
868              SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
869            }
870            SuperClassWriter::definition_start();
871
872            break;
873          } // ONE_FILE
874
875          case (MULTI_FILE) :
876          {
877            break;
878          }
879
880          default :
881          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
882          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
883          << " not implemented yet !");
884          } // switch
885        } // try
886
887        catch (CNetCdfException& e)
888        {
889          StdString msg("On writing the domain : ");
890          msg.append(domid); msg.append("\n");
891          msg.append("In the context : ");
892          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
893          msg.append(e.what());
894          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
895        }
896
897  domain->addRelFile(this->filename);
898  }
899
900    //--------------------------------------------------------------
901
902    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
903      {
904         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
905         CContextServer* server=context->server ;
906
907         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
908         domain->checkAttributes();
909
910         if (domain->isEmpty())
911           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
912
913         std::vector<StdString> dim0, dim1;
914         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
915         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
916         else setWrittenDomain(domid);
917
918         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
919
920         StdString lonName,latName, cellName ;
921         if (domain->lon_name.isEmpty()) lonName = "lon";
922         else lonName = domain->lon_name;
923
924         if (domain->lat_name.isEmpty()) latName = "lat";
925         else latName = domain->lat_name;
926
927         if (!domain->dim_i_name.isEmpty()) cellName=domain->dim_i_name;
928         else cellName="cell";
929         StdString dimXid = cellName+appendDomid;
930         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
931
932         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
933         string areaId = "area" + appendDomid;
934
935         nc_type typePrec ;
936         if (domain->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
937         else if (domain->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
938         else if (domain->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
939
940         int nvertex = (domain->nvertex.isEmpty()) ? 0 : domain->nvertex;
941
942         CArray<size_t, 1>& indexToWrite = domain->localIndexToWriteOnServer;
943         int nbWritten = indexToWrite.numElements();
944         CArray<double,1> writtenLat, writtenLon;
945         CArray<double,2> writtenBndsLat, writtenBndsLon;
946         CArray<double,1> writtenArea;
947
948         if (domain->hasLonLat)
949         {
950           writtenLat.resize(nbWritten);
951           writtenLon.resize(nbWritten);
952           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
953           {
954             if (idx < domain->latvalue.numElements())
955             {
956               writtenLat(idx) = domain->latvalue(indexToWrite(idx));
957               writtenLon(idx) = domain->lonvalue(indexToWrite(idx));
958             }
959             else
960             {
961               writtenLat(idx) = 0.;
962               writtenLon(idx) = 0.;
963             }
964           }
965         }
966         
967         if (domain->hasBounds)
968         {
969           int nvertex = domain->nvertex, idx;
970           writtenBndsLat.resize(nvertex, nbWritten);
971           writtenBndsLon.resize(nvertex, nbWritten);
972           CArray<double,2>& boundslat = domain->bounds_latvalue;
973           CArray<double,2>& boundslon = domain->bounds_lonvalue;
974           for (idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
975           {
976             for (int nv = 0; nv < nvertex; ++nv)
977             {
978               if (idx < boundslat.columns())
979               {
980                 writtenBndsLat(nv, idx) = boundslat(nv, int(indexToWrite(idx)));
981                 writtenBndsLon(nv, idx) = boundslon(nv, int(indexToWrite(idx)));
982               }
983               else
984               {
985                 writtenBndsLat(nv, idx) = 0.;
986                 writtenBndsLon(nv, idx) = 0.;
987                }
988             }
989           }
990         }
991
992         if (domain->hasArea)
993         {
994           writtenArea.resize(nbWritten);           
995           for (int idx = 0; idx < nbWritten; ++idx)
996           {
997                  if (idx < domain->areavalue.numElements())
998                writtenArea(idx) = domain->areavalue(indexToWrite(idx));
999                  else
1000                writtenArea(idx) = 0.;
1001           }
1002         }
1003
1004         try
1005         {
1006           switch (SuperClass::type)
1007           {
1008              case (MULTI_FILE) :
1009              {
1010                 dim0.push_back(dimXid);
1011                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni);
1012
1013                 lonid = lonName+appendDomid;
1014                 latid = latName+appendDomid;
1015                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
1016                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
1017                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
1018                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
1019
1020                 if (domain->hasLonLat)
1021                 {
1022                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1023                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1024                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1025                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1026                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1027                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1028                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
1029                 }
1030                 dim0.clear();
1031                 if (domain->hasBounds)
1032                 {
1033                   dim0.push_back(dimXid);
1034                   dim0.push_back(dimVertId);
1035                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1036                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1037                 }
1038
1039                 dim0.clear();
1040                 dim0.push_back(dimXid);
1041                 if (domain->hasArea)
1042                 {
1043                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
1044                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1045                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1046                 }
1047
1048                 SuperClassWriter::definition_end();
1049
1050                 if (domain->hasLonLat)
1051                 {
1052                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0);
1053                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0);
1054                   if (domain->hasBounds)
1055                   {
1056                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0);
1057                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0);
1058                   }
1059                 }
1060
1061                 if (domain->hasArea)
1062                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0);
1063
1064                 SuperClassWriter::definition_start();
1065                 break ;
1066              }
1067
1068              case (ONE_FILE) :
1069              {
1070                 lonid = lonName+appendDomid;
1071                 latid = latName+appendDomid;
1072                 if (!domain->bounds_lon_name.isEmpty()) bounds_lonid = domain->bounds_lon_name;
1073                 else bounds_lonid = "bounds_"+lonName+appendDomid;
1074                 if (!domain->bounds_lat_name.isEmpty()) bounds_latid = domain->bounds_lat_name;
1075                 else bounds_latid = "bounds_"+latName+appendDomid;
1076
1077                 dim0.push_back(dimXid);
1078                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
1079                 if (domain->hasLonLat)
1080                 {
1081                   SuperClassWriter::addVariable(latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1082                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1083
1084                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
1085                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
1086                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
1087                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
1088                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, nvertex);
1089                 }
1090                 dim0.clear();
1091
1092                 if (domain->hasBounds)
1093                 {
1094                   dim0.push_back(dimXid);
1095                   dim0.push_back(dimVertId);
1096                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1097                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, typePrec, dim0, compressionLevel);
1098                 }
1099
1100                 if (domain->hasArea)
1101                 {
1102                   dim0.clear();
1103                   dim0.push_back(dimXid);
1104                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, typePrec, dim0, compressionLevel);
1105                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
1106                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
1107                 }
1108
1109                 SuperClassWriter::definition_end();
1110
1111                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1112                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1113                 if (domain->isEmpty())
1114                 {
1115                   start[0]=0 ;
1116                   count[0]=0 ;
1117                   startBounds[1]=0 ;
1118                   countBounds[1]=nvertex ;
1119                   startBounds[0]=0 ;
1120                   countBounds[0]=0 ;
1121                 }
1122                 else
1123                 {
1124                   start[0]=domain->ibegin;
1125                   count[0]=domain->ni;
1126                   startBounds[0]=domain->ibegin;
1127                   startBounds[1]=0 ;
1128                   countBounds[0]=domain->ni;
1129                   countBounds[1]=nvertex ;
1130                 }
1131
1132                 if (domain->hasLonLat)
1133                 {
1134                   SuperClassWriter::writeData(writtenLat, latid, isCollective, 0,&start,&count);
1135                   SuperClassWriter::writeData(writtenLon, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
1136                   if (domain->hasBounds)
1137                   {
1138                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLon, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1139                     SuperClassWriter::writeData(writtenBndsLat, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
1140                   }
1141                 }
1142
1143                 if (domain->hasArea)
1144                   SuperClassWriter::writeData(writtenArea, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
1145
1146                 SuperClassWriter::definition_start();
1147
1148                 break;
1149              }
1150              default :
1151                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1152                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1153                       << " not implemented yet !");
1154           }
1155         }
1156         catch (CNetCdfException& e)
1157         {
1158           StdString msg("On writing the domain : ");
1159           msg.append(domid); msg.append("\n");
1160           msg.append("In the context : ");
1161           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1162           msg.append(e.what());
1163           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1164         }
1165         domain->addRelFile(this->filename);
1166      }
1167      //--------------------------------------------------------------
1168
1169      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1170      {
1171        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1172        axis->checkAttributes();
1173
1174        axis->computeWrittenIndex();
1175        axis->computeWrittenCompressedIndex(comm_file);
1176       
1177        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? axis->zoom_n.getValue()
1178                                                          : axis->global_zoom_n.getValue();
1179
1180        int zoom_count = axis->zoom_n;                                                 
1181        int zoom_begin = axis->zoom_begin;
1182
1183        if ((0 == axis->zoom_n) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1184
1185        std::vector<StdString> dims;
1186        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1187        StdString axisDim, axisBoundsId;
1188        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1189        else setWrittenAxis(axisid);
1190
1191        nc_type typePrec ;
1192        if (axis->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1193        else if (axis->prec==4)   typePrec =  NC_FLOAT ;
1194        else if (axis->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1195         
1196        if (!axis->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1197        string strId="str_len" ;
1198        try
1199        {
1200          if (axis->dim_name.isEmpty()) axisDim = axisid;
1201          else axisDim=axis->dim_name.getValue();
1202          SuperClassWriter::addDimension(axisDim, zoom_size);
1203          dims.push_back(axisDim);
1204
1205          if (!axis->label.isEmpty() && !SuperClassWriter::dimExist(strId)) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1206
1207          if (axis->hasValue || !axis->label.isEmpty())
1208          {
1209            if (!axis->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1210
1211            SuperClassWriter::addVariable(axisid, typePrec, dims, compressionLevel);
1212
1213            if (!axis->name.isEmpty())
1214              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1215
1216            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1217              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1218
1219            if (!axis->long_name.isEmpty())
1220              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1221
1222            if (!axis->unit.isEmpty())
1223              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1224
1225            if (!axis->axis_type.isEmpty())
1226            {
1227              switch(axis->axis_type)
1228              {
1229              case CAxis::axis_type_attr::X :
1230                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("X"), &axisid);
1231                break;
1232              case CAxis::axis_type_attr::Y :
1233                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Y"), &axisid);
1234                break;
1235              case CAxis::axis_type_attr::Z :
1236                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1237                break;
1238              case CAxis::axis_type_attr::T :
1239                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1240                break;
1241              }
1242            }
1243
1244            if (!axis->positive.isEmpty())
1245            {
1246              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1247                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1248                                             &axisid);
1249            }
1250
1251            if (!axis->formula.isEmpty())
1252              SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula.getValue(), &axisid);
1253
1254            if (!axis->formula_term.isEmpty())
1255              SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term.getValue(), &axisid);
1256             
1257            axisBoundsId = (axis->bounds_name.isEmpty()) ? axisid + "_bounds" : axis->bounds_name;
1258            if (!axis->bounds.isEmpty() && axis->label.isEmpty())
1259            {
1260              dims.push_back("axis_nbounds");
1261              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, typePrec, dims, compressionLevel);
1262              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1263
1264              if (!axis->standard_name.isEmpty())
1265                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisBoundsId);
1266
1267              if (!axis->unit.isEmpty())
1268                SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisBoundsId);
1269
1270              if (!axis->formula_bounds.isEmpty())
1271                SuperClassWriter::addAttribute("formula", axis->formula_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1272
1273              if (!axis->formula_term_bounds.isEmpty())
1274                SuperClassWriter::addAttribute("formula_term", axis->formula_term_bounds.getValue(), &axisBoundsId);
1275            }
1276          }
1277
1278          SuperClassWriter::definition_end();
1279
1280          CArray<size_t, 1>& indexToWrite = axis->localIndexToWriteOnServer;
1281          int nbWritten = indexToWrite.numElements();
1282          CArray<double,1> axis_value(indexToWrite.numElements());
1283          if (!axis->value.isEmpty())
1284          {
1285            for (int i = 0; i < nbWritten; i++)
1286            {
1287              if (i < axis->value.numElements())
1288                axis_value(i) = axis->value(indexToWrite(i));
1289              else
1290                axis_value(i) = 0.;
1291            }
1292          }
1293          CArray<double,2> axis_bounds;
1294          CArray<string,1> axis_label;
1295          if (!axis->label.isEmpty())
1296          {
1297            axis_label.resize(indexToWrite.numElements());
1298            for (int i = 0; i < nbWritten; i++)
1299            {
1300              if (i < axis->label.numElements())
1301                axis_label(i) = axis->label(indexToWrite(i));
1302              else
1303                axis_label(i) = boost::lexical_cast<string>(0);  // Write 0 as a label
1304            }
1305          }
1306
1307          switch (SuperClass::type)
1308          {
1309            case MULTI_FILE:
1310            {
1311              if (axis->label.isEmpty())
1312              {
1313                if (!axis->value.isEmpty())
1314                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1315
1316                if (!axis->bounds.isEmpty())
1317                {
1318                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1319                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1320                  {
1321                    if (i < axis->bounds.columns())
1322                    {
1323                      axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1324                      axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1325                    }
1326                    else
1327                    {
1328                      axis_bounds(0, i) = 0.;
1329                      axis_bounds(1, i) = 0.;
1330
1331                    }
1332                  }
1333                  SuperClassWriter::writeData(axis_bounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
1334                }
1335              }
1336              else
1337                SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0);
1338
1339              SuperClassWriter::definition_start();
1340              break;
1341            }
1342            case ONE_FILE:
1343            {
1344              std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1345              std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1346              start[0] = startBounds[0] = zoom_begin - axis->global_zoom_begin;
1347              count[0] = countBounds[0] = zoom_count; // zoom_size
1348              startBounds[1] = 0;
1349              countBounds[1] = 2;
1350
1351              if (axis->label.isEmpty())
1352              {
1353                if (!axis->value.isEmpty())
1354                  SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1355
1356                if (!axis->bounds.isEmpty())
1357                {
1358                  axis_bounds.resize(2, indexToWrite.numElements());
1359                  for (int i = 0; i < nbWritten; ++i)
1360                  {
1361                    if (i < axis->bounds.columns())
1362                    {
1363                      axis_bounds(0, i) = axis->bounds(0, int(indexToWrite(i)));
1364                      axis_bounds(1, i) = axis->bounds(1, int(indexToWrite(i)));
1365                    }
1366                    else
1367                    {
1368                      axis_bounds(0, i) = 0.;
1369                      axis_bounds(1, i) = 0.;
1370                    }
1371                  }
1372                  SuperClassWriter::writeData(axis_bounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1373                }
1374              }
1375              else
1376              {
1377                std::vector<StdSize> startLabel(2), countLabel(2);
1378                startLabel[0] = start[0]; startLabel[1] = 0;
1379                countLabel[0] = count[0]; countLabel[1] = stringArrayLen;
1380                SuperClassWriter::writeData(axis_label, axisid, isCollective, 0, &startLabel, &countLabel);
1381              }
1382
1383              SuperClassWriter::definition_start();
1384
1385              break;
1386            }
1387            default :
1388              ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1389                    << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1390                    << " not implemented yet !");
1391          }
1392        }
1393        catch (CNetCdfException& e)
1394        {
1395          StdString msg("On writing the axis : ");
1396          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1397          msg.append("In the context : ");
1398          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1399          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1400          msg.append(e.what());
1401          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1402        }
1403        axis->addRelFile(this->filename);
1404     }
1405
1406      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1407      {
1408        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1409        scalar->checkAttributes();
1410        int scalarSize = 1;
1411
1412        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1413        StdString boundsId;
1414        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1415        else setWrittenAxis(scalaId);
1416
1417        nc_type typePrec ;
1418        if (scalar->prec.isEmpty()) typePrec =  NC_FLOAT ;
1419        else if (scalar->prec==4)  typePrec =  NC_FLOAT ;
1420        else if (scalar->prec==8)   typePrec =  NC_DOUBLE ;
1421
1422        if (!scalar->label.isEmpty()) typePrec = NC_CHAR ;
1423        string strId="str_len" ;
1424
1425        try
1426        {
1427          if (!scalar->label.isEmpty() && !SuperClassWriter::dimExist(strId)) SuperClassWriter::addDimension(strId, stringArrayLen);
1428
1429          if (!scalar->value.isEmpty() || !scalar->label.isEmpty())
1430          {
1431            std::vector<StdString> dims;
1432            StdString scalarDim = scalaId;
1433
1434            if (!scalar->label.isEmpty()) dims.push_back(strId);
1435
1436            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, typePrec, dims);
1437
1438            if (!scalar->name.isEmpty())
1439              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1440
1441            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1442              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1443
1444            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1445              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1446
1447            if (!scalar->unit.isEmpty())
1448              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1449
1450            if (!scalar->axis_type.isEmpty())
1451            {
1452              switch(scalar->axis_type)
1453              {
1454              case CScalar::axis_type_attr::X :
1455                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("X"), &scalaId);
1456                break;
1457              case CScalar::axis_type_attr::Y :
1458                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Y"), &scalaId);
1459                break;
1460              case CScalar::axis_type_attr::Z :
1461                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &scalaId);
1462                break;
1463              case CScalar::axis_type_attr::T :
1464                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &scalaId);
1465                break;
1466              }
1467            }
1468
1469            if (!scalar->positive.isEmpty())
1470            {
1471              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1472                                             (scalar->positive == CScalar::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1473                                             &scalaId);
1474            }
1475
1476            if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1477            {
1478              dims.clear();
1479              dims.push_back("axis_nbounds");
1480              boundsId = (scalar->bounds_name.isEmpty()) ? (scalaId + "_bounds") : scalar->bounds_name.getValue();
1481              SuperClassWriter::addVariable(boundsId, typePrec, dims);
1482              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", boundsId, &scalaId);
1483            }
1484
1485            SuperClassWriter::definition_end();
1486
1487            switch (SuperClass::type)
1488            {
1489              case MULTI_FILE:
1490              {
1491                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1492                CArray<string,1> scalarLabel(scalarSize);
1493                CArray<double,1> scalarBounds(scalarSize*2);
1494
1495                if (!scalar->value.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1496                {
1497                  scalarValue(0) = scalar->value;
1498                  SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1499                }
1500
1501                if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1502                {
1503                  scalarBounds(0) = scalar->bounds(0);
1504                  scalarBounds(1) = scalar->bounds(1);
1505                  SuperClassWriter::writeData(scalarBounds, boundsId, isCollective, 0);
1506                }
1507
1508                if (!scalar->label.isEmpty())
1509                {
1510                  scalarLabel(0) = scalar->label;
1511                  SuperClassWriter::writeData(scalarLabel, scalaId, isCollective, 0);
1512                }
1513
1514                SuperClassWriter::definition_start();
1515
1516                break;
1517              }
1518              case ONE_FILE:
1519              {
1520                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1521                CArray<string,1> scalarLabel(scalarSize);
1522                CArray<double,1> scalarBounds(scalarSize*2);
1523
1524                std::vector<StdSize> start(1);
1525                std::vector<StdSize> count(1);
1526                start[0] = 0;
1527                count[0] = 1;
1528                if (!scalar->value.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1529                {
1530                  scalarValue(0) = scalar->value;
1531                  SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1532                }
1533                if (!scalar->bounds.isEmpty() && scalar->label.isEmpty())
1534                {
1535                  scalarBounds(0) = scalar->bounds(0);
1536                  scalarBounds(1) = scalar->bounds(1);
1537                  count[0] = 2;
1538                  SuperClassWriter::writeData(scalarBounds, boundsId, isCollective, 0, &start, &count);
1539                }
1540                if (!scalar->label.isEmpty())
1541                {
1542                  scalarLabel(0) = scalar->label;
1543                  count[0] = stringArrayLen;
1544                  SuperClassWriter::writeData(scalarLabel, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1545                }
1546
1547                SuperClassWriter::definition_start();
1548
1549                break;
1550              }
1551              default :
1552                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1553                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1554                      << " not implemented yet !");
1555            }
1556          }
1557        }
1558        catch (CNetCdfException& e)
1559        {
1560          StdString msg("On writing the scalar : ");
1561          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1562          msg.append("In the context : ");
1563          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1564          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1565          msg.append(e.what());
1566          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1567        }
1568        scalar->addRelFile(this->filename);
1569     }
1570
1571     //--------------------------------------------------------------
1572
1573     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1574     {
1575       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1576
1577       try
1578       {
1579         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1580         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1581         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1582         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1583         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1584
1585         std::vector<StdString> dims;
1586
1587         if (grid->isCompressible())
1588         {
1589           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1590
1591           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1592           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1593
1594           dims.push_back(varId);
1595           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1596
1597           StdOStringStream compress;
1598           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1599           {
1600             if (2 == axisDomainOrder(i))
1601             {
1602               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1603               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1604               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1605
1606               switch (domain->type)
1607               {
1608                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1609                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1610                   break;
1611                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1612                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1613                   break;
1614                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1615                   StdString cellName = (!domain->dim_i_name.isEmpty()) ? cellName=domain->dim_i_name : "cell";
1616                   compress << cellName << appendDomId;
1617//                   compress << "cell" << appendDomId;
1618                   break;
1619               }
1620               ++idxDomain;
1621             }
1622             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1623             {
1624               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1625               compress << axis->getAxisOutputName();
1626               ++idxAxis;
1627             }
1628             else
1629             {
1630               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1631               compress << scalar->getScalarOutputName();
1632               ++idxScalar;
1633             }
1634
1635             if (i != 0) compress << ' ';
1636           }
1637           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);         
1638
1639           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1640           indexes = grid->localIndexToWriteOnServer;
1641
1642           switch (SuperClass::type)
1643           {
1644             case (MULTI_FILE):
1645             {
1646               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1647               break;
1648             }
1649             case (ONE_FILE):
1650             {
1651               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1652                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1653
1654               std::vector<StdSize> start, count;
1655               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1656               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1657
1658               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1659               break;
1660             }
1661           }
1662         }
1663         else
1664         {
1665           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1666           {
1667             StdString varId, compress;
1668             CArray<int, 1> indexes;
1669             bool isDistributed;
1670             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1671             int firstGlobalIndex;
1672
1673             if (2 == axisDomainOrder(i))
1674             {
1675               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1676               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1677
1678               if (!domain->isCompressible()
1679                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1680                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1681                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1682                 continue;
1683
1684               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1685
1686               varId = domId + "_points";
1687               switch (domain->type)
1688               {
1689                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1690                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1691                   break;
1692                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1693                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1694                   break;
1695               }
1696
1697               // indexes.resize(domain->compressedIndexToWriteOnServer[comm_file].numElements());
1698               // indexes = domain->compressedIndexToWriteOnServer[com_file];
1699               indexes.resize(domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1700               indexes = domain->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1701
1702               isDistributed = domain->isDistributed();
1703               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1704               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1705               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1706               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1707
1708               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1709               setWrittenCompressedDomain(domId);
1710               ++idxDomain;
1711             }
1712             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1713             {
1714               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1715               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1716
1717               if (!axis->isCompressible()
1718                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1719                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1720                 continue;
1721
1722               varId = axisId + "_points";
1723               compress = axisId;
1724
1725               // indexes.resize(axis->compressedIndexToWriteOnServer.numElements());
1726               // indexes = axis->compressedIndexToWriteOnServer;
1727
1728               indexes.resize(axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file).numElements());
1729               indexes = axis->getCompressedIndexToWriteOnServer(comm_file);
1730
1731               isDistributed = axis->isDistributed();
1732               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file);
1733               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes(comm_file);
1734               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file);
1735               firstGlobalIndex = axis->begin;
1736
1737               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1738               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1739               ++idxAxis;
1740             }
1741             else
1742             {
1743             }
1744
1745             if (!varId.empty())
1746             {
1747               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1748
1749               dims.clear();
1750               dims.push_back(varId);
1751               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1752
1753               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1754
1755               switch (SuperClass::type)
1756               {
1757                 case (MULTI_FILE):
1758                 {
1759                   indexes -= firstGlobalIndex;
1760                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1761                   break;
1762                 }
1763                 case (ONE_FILE):
1764                 {
1765                   std::vector<StdSize> start, count;
1766                   start.push_back(offset);
1767                   count.push_back(nbIndexes);
1768
1769                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1770                   break;
1771                 }
1772               }
1773             }
1774            }
1775         }
1776
1777         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1778       }
1779       catch (CNetCdfException& e)
1780       {
1781         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1782         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1783         msg.append("In the context : ");
1784         CContext* context = CContext::getCurrent();
1785         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1786         msg.append(e.what());
1787         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1788       }
1789     }
1790
1791     //--------------------------------------------------------------
1792
1793     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1794     {
1795       try
1796       {
1797        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1798       }
1799       catch (CNetCdfException& e)
1800       {
1801         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1802         msg.append("In the context : ");
1803         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1804         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1805         msg.append(e.what());
1806         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1807       }
1808     }
1809
1810      //--------------------------------------------------------------
1811
1812      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1813      {
1814        CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1815        CContextServer* server=context->server ;
1816
1817        std::vector<StdString> dims, coodinates;
1818        CGrid* grid = field->grid;
1819        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1820          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1821
1822        CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1823        int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1824        std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1825        std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1826        std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();       
1827
1828        StdString timeid  = getTimeCounterName();
1829        StdString dimXid,dimYid;
1830        std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1831        bool hasArea = false;
1832        StdString cellMeasures = "area:";
1833        bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1834
1835        for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1836        {
1837          if (2 == axisDomainOrder(i))
1838          {
1839            CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1840            StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1841            StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1842            StdString lonName,latName ;
1843            StdString dimIname,dimJname ;
1844
1845            if (domain->lon_name.isEmpty())
1846            { 
1847              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) lonName = "nav_lon";
1848              else lonName = "lon";
1849            }
1850            else lonName = domain->lon_name;
1851
1852            if (domain->lat_name.isEmpty())
1853            {
1854              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) latName = "nav_lat";
1855              else latName = "lat";
1856            }
1857            else latName = domain->lat_name;
1858
1859            if (domain->dim_i_name.isEmpty())
1860            {
1861              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) dimIname = "x";
1862              else if (domain->type==CDomain::type_attr::unstructured) dimIname = "cell";
1863              else dimIname = lonName;
1864            }
1865            else dimIname = domain->dim_i_name;
1866
1867            if (domain->dim_j_name.isEmpty())
1868            {
1869              if (domain->type==CDomain::type_attr::curvilinear) dimJname = "y";
1870              else dimJname = latName;
1871            }
1872            else dimJname = domain->dim_j_name;
1873       
1874            if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1875            {
1876              dimIdList.push_back(domId + "_points");
1877              field->setUseCompressedOutput();
1878            }
1879
1880            switch (domain->type)
1881            {
1882              case CDomain::type_attr::curvilinear:
1883                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1884                {
1885                  dimXid=dimIname+appendDomId;
1886                  dimYid=dimJname+appendDomId;
1887                  dimIdList.push_back(dimXid);
1888                  dimIdList.push_back(dimYid);
1889                }
1890                dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1891                dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1892              break ;
1893              case CDomain::type_attr::rectilinear:
1894                if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1895                {
1896                  dimXid     = dimIname+appendDomId;
1897                  dimYid     = dimJname+appendDomId;
1898                  dimIdList.push_back(dimXid);
1899                  dimIdList.push_back(dimYid);
1900                }
1901                if (lonName != dimIname)  dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1902                if (latName != dimJname)  dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1903
1904              break ;
1905              case CDomain::type_attr::unstructured:
1906              {
1907                if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1908                {
1909                  dimXid     = dimIname + appendDomId;
1910                  dimIdList.push_back(dimXid);
1911                  dimCoordList.push_back(lonName+appendDomId);
1912                  dimCoordList.push_back(latName+appendDomId);
1913                }
1914                else
1915                {
1916                  StdString domainName = domain->name;
1917                  if (domain->nvertex == 1)
1918                  {
1919                    dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1920                    dimIdList.push_back(dimXid);
1921                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1922                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1923                  }
1924                  else if (domain->nvertex == 2)
1925                  {
1926                    dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1927                    dimIdList.push_back(dimXid);
1928                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1929                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1930                  }
1931                  else
1932                  {
1933                    dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1934                    dimIdList.push_back(dimXid);
1935                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1936                    dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1937                  }
1938                }  // ugrid convention
1939              }  // case unstructured domain
1940            }
1941
1942            if (domain->hasArea)
1943            {
1944              hasArea = true;
1945              cellMeasures += " area" + appendDomId;
1946            }
1947            ++idxDomain;
1948          }
1949          else if (1 == axisDomainOrder(i))
1950          {
1951            CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1952            StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1953            StdString axisDim;
1954
1955            if (axis->dim_name.isEmpty()) axisDim = axisId;
1956            else axisDim=axis->dim_name.getValue();
1957
1958            if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1959            {
1960              dimIdList.push_back(axisDim + "_points");
1961              field->setUseCompressedOutput();
1962            }
1963            else
1964              dimIdList.push_back(axisDim);
1965
1966            if (axisDim != axisId) dimCoordList.push_back(axisId);
1967            ++idxAxis;
1968          }
1969          else
1970          {
1971            CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[idxScalar]);
1972            StdString scalarId = scalar->getScalarOutputName();
1973            if (!scalar->value.isEmpty() || !scalar->label.isEmpty())
1974              dimCoordList.push_back(scalarId);
1975            ++idxScalar;
1976          }
1977        }
1978
1979        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1980
1981        nc_type type ;
1982        if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1983        else
1984        {
1985          if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1986          else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1987          else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1988        }
1989
1990        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1991
1992        if (wtime)
1993        {
1994          if (field->hasTimeInstant && hasTimeInstant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1995          else if (field->hasTimeCentered && hasTimeCentered)  coodinates.push_back(string("time_centered"));
1996          dims.push_back(timeid);
1997        }
1998
1999        if (compressedOutput && grid->isCompressible())
2000        {
2001          dims.push_back(grid->getId() + "_points");
2002          field->setUseCompressedOutput();
2003        }
2004        else
2005        {
2006          while (!dimIdList.empty())
2007          {
2008            dims.push_back(dimIdList.back());
2009            dimIdList.pop_back();
2010          }
2011        }
2012
2013        while (!dimCoordList.empty())
2014        {
2015          coodinates.push_back(dimCoordList.back());
2016          dimCoordList.pop_back();
2017        }
2018
2019        try
2020        {
2021           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
2022
2023           if (!field->standard_name.isEmpty())
2024              SuperClassWriter::addAttribute
2025                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
2026
2027           if (!field->long_name.isEmpty())
2028              SuperClassWriter::addAttribute
2029                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
2030
2031           if (!field->unit.isEmpty())
2032              SuperClassWriter::addAttribute
2033                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
2034
2035           // Ugrid field attributes "mesh" and "location"
2036           if (!SuperClassWriter::useCFConvention)
2037           {
2038            if (!domainList.empty())
2039            {
2040              CDomain* domain = CDomain::get(domainList[0]); // Suppose that we have only domain
2041              StdString mesh = domain->name;
2042              SuperClassWriter::addAttribute("mesh", mesh, &fieldid);
2043              StdString location;
2044              if (domain->nvertex == 1)
2045                location = "node";
2046              else if (domain->nvertex == 2)
2047                location = "edge";
2048              else if (domain->nvertex > 2)
2049                location = "face";
2050              SuperClassWriter::addAttribute("location", location, &fieldid);
2051            }
2052
2053           }
2054
2055           if (!field->valid_min.isEmpty())
2056              SuperClassWriter::addAttribute
2057                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
2058
2059           if (!field->valid_max.isEmpty())
2060              SuperClassWriter::addAttribute
2061                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
2062
2063            if (!field->scale_factor.isEmpty())
2064              SuperClassWriter::addAttribute
2065                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
2066
2067             if (!field->add_offset.isEmpty())
2068              SuperClassWriter::addAttribute
2069                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
2070
2071           SuperClassWriter::addAttribute
2072                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
2073
2074          // write child variables as attributes
2075
2076
2077           bool alreadyAddCellMethod = false;
2078           StdString cellMethodsPrefix(""), cellMethodsSuffix("");
2079           if (!field->cell_methods.isEmpty())
2080           {
2081              StdString cellMethodString = field->cell_methods;
2082              if (field->cell_methods_mode.isEmpty() ||
2083                 (CField::cell_methods_mode_attr::overwrite == field->cell_methods_mode))
2084              {
2085                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethodString, &fieldid);
2086                alreadyAddCellMethod = true;
2087              }
2088              else
2089              {
2090                switch (field->cell_methods_mode)
2091                {
2092                  case (CField::cell_methods_mode_attr::prefix):
2093                    cellMethodsPrefix = cellMethodString;
2094                    cellMethodsPrefix += " ";
2095                    break;
2096                  case (CField::cell_methods_mode_attr::suffix):
2097                    cellMethodsSuffix = " ";
2098                    cellMethodsSuffix += cellMethodString;
2099                    break;
2100                  case (CField::cell_methods_mode_attr::none):
2101                    break;
2102                  default:
2103                    break;
2104                }
2105              }
2106           }
2107
2108
2109           if (wtime)
2110           {
2111              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
2112              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
2113              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
2114              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
2115
2116              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2117              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
2118              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
2119
2120              StdString cellMethods(cellMethodsPrefix + "time: ");
2121              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
2122              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
2123              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
2124              else cellMethods += field->operation;
2125              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
2126                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
2127              cellMethods += cellMethodsSuffix;
2128              if (!alreadyAddCellMethod)
2129                SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
2130           }
2131
2132           if (hasArea)
2133             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
2134
2135           if (!field->default_value.isEmpty())
2136           {
2137             double default_value = field->default_value.getValue();
2138             if (type == NC_DOUBLE)
2139             {
2140               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
2141             }
2142             else if (type == NC_SHORT)
2143             {
2144               short sdefault_value = (short)default_value;
2145               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &sdefault_value);
2146             }
2147             else
2148             {
2149               float fdefault_value = (float)default_value;
2150               SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
2151             }
2152           }
2153           else
2154              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
2155
2156            if (field->compression_level.isEmpty())
2157              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
2158            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
2159
2160           {  // Ecriture des coordonnes
2161
2162              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
2163              std::vector<StdString>::iterator
2164                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
2165
2166              for (; itc!= endc; itc++)
2167              {
2168                 StdString & coord = *itc;
2169                 if (itc+1 != endc)
2170                       coordstr.append(coord).append(" ");
2171                 else  coordstr.append(coord);
2172              }
2173
2174              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
2175
2176           }
2177
2178           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
2179           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
2180
2181         }
2182         catch (CNetCdfException& e)
2183         {
2184           StdString msg("On writing field : ");
2185           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2186           msg.append("In the context : ");
2187           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2188           msg.append(e.what());
2189           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
2190         }
2191      } // writeField_()
2192
2193      //--------------------------------------------------------------
2194
2195      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
2196      {
2197         StdString filename = file->getFileOutputName();
2198         StdString description = (!file->description.isEmpty())
2199                               ? file->description.getValue()
2200                               : StdString("Created by xios");
2201
2202         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
2203
2204         StdString conv_str ;
2205         if (file->convention_str.isEmpty())
2206         {
2207            if (SuperClassWriter::useCFConvention) conv_str="CF-1.6" ;
2208            else conv_str="UGRID" ;
2209         }
2210         else conv_str=file->convention_str ;
2211           
2212         try
2213         {
2214           if (!appendMode) this->writeFileAttributes(filename, description,
2215                                                      conv_str,
2216                                                      StdString("An IPSL model"),
2217                                                      this->getTimeStamp());
2218
2219           if (!appendMode)
2220             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
2221         }
2222         catch (CNetCdfException& e)
2223         {
2224           StdString msg("On writing file : ");
2225           msg.append(filename); msg.append("\n");
2226           msg.append("In the context : ");
2227           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2228           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2229           msg.append(e.what());
2230           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
2231         }
2232      }
2233
2234      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
2235      {
2236        StdString name = var->getVariableOutputName();
2237
2238        try
2239        {
2240          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2241            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
2242          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2243            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
2244          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2245            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
2246          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2247            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
2248          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2249            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
2250          else
2251            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
2252                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2253        }
2254       catch (CNetCdfException& e)
2255       {
2256         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2257         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
2258         msg.append("In the context : ");
2259         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2260         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2261         msg.append(e.what());
2262         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
2263       }
2264     }
2265
2266     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
2267     {
2268        StdString name = var->getVariableOutputName();
2269
2270        try
2271        {
2272          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
2273            addAttribute(name, var->getData<int>());
2274          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
2275            addAttribute(name, var->getData<short int>());
2276          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
2277            addAttribute(name, var->getData<float>());
2278          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
2279            addAttribute(name, var->getData<double>());
2280          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
2281            addAttribute(name, var->getData<string>());
2282          else
2283            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
2284                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
2285        }
2286       catch (CNetCdfException& e)
2287       {
2288         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
2289         msg.append(name); msg.append("\n");
2290         msg.append("In the context : ");
2291         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2292         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2293         msg.append(e.what());
2294         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
2295       }
2296     }
2297
2298      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
2299      {
2300        try
2301        {
2302          SuperClassWriter::sync() ;
2303        }
2304        catch (CNetCdfException& e)
2305        {
2306         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
2307         msg.append("In the context : ");
2308         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2309         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2310         msg.append(e.what());
2311         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2312        }
2313      }
2314
2315      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
2316      {
2317        try
2318        {
2319          SuperClassWriter::close() ;
2320        }
2321        catch (CNetCdfException& e)
2322        {
2323         StdString msg("On closing file");
2324         msg.append("In the context : ");
2325         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2326         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2327         msg.append(e.what());
2328         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
2329        }
2330
2331      }
2332
2333      //---------------------------------------------------------------
2334
2335      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
2336      {
2337         const int buffer_size = 100;
2338         time_t rawtime;
2339         struct tm * timeinfo = NULL;
2340         char buffer [buffer_size];
2341         StdString formatStr;
2342         if (file->time_stamp_format.isEmpty()) formatStr="%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z" ;
2343         else formatStr=file->time_stamp_format;
2344
2345//         time ( &rawtime );
2346//         timeinfo = localtime ( &rawtime );
2347         time ( &rawtime );
2348         timeinfo = gmtime ( &rawtime );
2349         strftime (buffer, buffer_size, formatStr.c_str(), timeinfo);
2350
2351         return (StdString(buffer));
2352      }
2353
2354      //---------------------------------------------------------------
2355
2356      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
2357      {
2358        CContext* context = CContext::getCurrent();
2359        CContextServer* server = context->server;
2360        CGrid* grid = field->grid;
2361
2362        if (field->getNStep()<1) 
2363        {
2364          return;
2365        }
2366       
2367        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
2368          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective)
2369          {
2370            return;
2371          }
2372
2373        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
2374
2375        StdOStringStream oss;
2376        string timeAxisId;
2377        if (field->hasTimeInstant) timeAxisId = "time_instant";
2378        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisId = "time_centered";
2379
2380        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2381
2382        StdString timeAxisBoundId;
2383        if (field->hasTimeInstant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
2384        else if (field->hasTimeCentered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
2385
2386        if (!field->wasWritten())
2387        {
2388          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty() && 
2389              field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once)
2390          {
2391            double factorUnit;
2392            if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2393            factorUnit=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2394            else factorUnit=1 ;
2395            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv,factorUnit) + 1);
2396          }
2397
2398          field->setWritten();
2399        }
2400
2401
2402        CArray<double,1> time_data(1);
2403        CArray<double,1> time_data_bound(2);
2404        CArray<double,1> time_counter(1);
2405        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
2406
2407        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
2408        bool wtimeCounter =false ;
2409        bool wtimeData =false ;
2410       
2411
2412        if (wtime)
2413        {
2414          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
2415          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
2416
2417         
2418          if (field->hasTimeInstant)
2419          {
2420            time_data(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2421            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
2422            if (timeCounterType==instant)
2423            {
2424              time_counter(0) = time_data(0);
2425              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0);
2426              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1);
2427              wtimeCounter=true ;
2428            }
2429            if (hasTimeInstant) wtimeData=true ;
2430          }
2431          else if (field->hasTimeCentered)
2432          {
2433            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
2434            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
2435            time_data_bound(1) = lastWrite;
2436            if (timeCounterType==centered)
2437            {
2438              time_counter(0) = time_data(0) ;
2439              time_counter_bound(0) = time_data_bound(0) ;
2440              time_counter_bound(1) = time_data_bound(1) ;
2441              wtimeCounter=true ;
2442            }
2443            if (hasTimeCentered) wtimeData=true ;
2444          }
2445
2446          if (timeCounterType==record)
2447          {
2448            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
2449            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
2450            wtimeCounter=true ;
2451          }
2452
2453          if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days)
2454          {
2455            double secByDay=context->getCalendar()->getDayLengthInSeconds() ;
2456            time_data/=secByDay;
2457            time_data_bound/=secByDay;
2458            time_counter/=secByDay;
2459            time_counter_bound/=secByDay;
2460          }
2461        }
2462
2463         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
2464
2465         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
2466         {
2467           double scaleFactor = 1.0;
2468           double addOffset = 0.0;
2469           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
2470           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
2471           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
2472         }
2473
2474         try
2475         {
2476           size_t writtenSize;
2477           if (field->getUseCompressedOutput())
2478             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
2479           else
2480             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2481
2482           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2483           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2484
2485           if (field->getUseCompressedOutput())
2486             field->outputCompressedField(fieldData);
2487           else
2488             field->outputField(fieldData);
2489
2490           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2491
2492           switch (SuperClass::type)
2493           {
2494              case (MULTI_FILE) :
2495              {
2496                 CTimer::get("Files : writing data").resume();
2497                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2498                 CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2499                 if (wtime)
2500                 {
2501                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2502                   if ( wtimeData)
2503                   {
2504                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2505                       SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2506                  }
2507                   if (wtimeCounter)
2508                   {
2509                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2510                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2511                   }
2512                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend();
2513                 }
2514                 break;
2515              }
2516              case (ONE_FILE) :
2517              {
2518
2519                std::vector<StdSize> start, count;
2520
2521                if (field->getUseCompressedOutput())
2522                {
2523                  if (grid->isCompressible())
2524                  {
2525                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2526                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2527                  }
2528                  else
2529                  {
2530                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2531                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2532                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2533                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2534                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2535                    int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;
2536
2537                    start.reserve(idx+1);
2538                    count.reserve(idx+1);
2539
2540                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2541                    {
2542                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2543                      {
2544                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2545
2546                        if (domain->isCompressible())
2547                        {
2548                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2549                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2550                          idx -= 2;
2551                        }
2552                        else
2553                        {
2554                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2555                          {
2556                            start.push_back(domain->jbegin);
2557                            count.push_back(domain->nj);
2558                          }
2559                          --idx;
2560                          start.push_back(domain->ibegin);
2561                          count.push_back(domain->ni);
2562                          --idx;
2563                        }
2564                        --idxDomain;
2565                      }
2566                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2567                      {
2568                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2569
2570                        if (axis->isCompressible())
2571                        {
2572                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes(comm_file));
2573                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes(comm_file));
2574                        }
2575                        else
2576                        {
2577                          start.push_back(axis->begin);
2578                          count.push_back(axis->n);
2579                        }
2580                        --idxAxis;
2581                        --idx;
2582                      }
2583                    }
2584                  }
2585                }
2586                else
2587                {
2588                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2589                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2590                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2591                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2592                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2593                  int idx = domainList.size() * 2 + axisList.size() - 1;
2594
2595                  start.reserve(idx+1);
2596                  count.reserve(idx+1);
2597
2598                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2599                  {
2600                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2601                    {
2602                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2603                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2604                      {
2605                        start.push_back(domain->jbegin);
2606                        count.push_back(domain->nj);
2607                      }
2608                      --idx ;
2609
2610                        start.push_back(domain->ibegin);
2611                        count.push_back(domain->ni);
2612                      --idx ;
2613                      --idxDomain;
2614                    }
2615                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2616                    {
2617                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2618                        start.push_back(axis->zoom_begin - axis->global_zoom_begin);
2619                        count.push_back(axis->zoom_n);
2620                      --idx;
2621                      --idxAxis;
2622                    }
2623                    else
2624                    {
2625                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2626                      {
2627                        start.push_back(0);
2628                        count.push_back(1);
2629                      }
2630                      --idx;
2631                    }
2632                  }
2633                }
2634
2635
2636                CTimer::get("Files : writing data").resume();
2637                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2638                CTimer::get("Files : writing data").suspend();
2639
2640                 if (wtime)
2641                 {
2642                   CTimer::get("Files : writing time axis").resume();
2643                   if ( wtimeData)
2644                   {
2645                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2646                     SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2647                   }
2648                   if (wtimeCounter)
2649                   {
2650                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1,isRoot);
2651                     if (timeCounterType!=record) SuperClassWriter::writeTimeAxisDataBounds(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2652
2653                   }
2654                   CTimer::get("Files : writing time axis").suspend(); 
2655                 }
2656
2657                break;
2658              }
2659            }
2660         }
2661         catch (CNetCdfException& e)
2662         {
2663           StdString msg("On writing field data: ");
2664           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2665           msg.append("In the context : ");
2666           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2667           msg.append(e.what());
2668           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2669         }
2670      }
2671
2672      //---------------------------------------------------------------
2673
2674      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2675                  (CField*    field,
2676                   const std::shared_ptr<CCalendar> cal)
2677      {
2678         StdOStringStream oss;
2679         bool createInstantAxis=false ;
2680         bool createCenteredAxis=false ;
2681         bool createTimeCounterAxis=false ;
2682         
2683         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2684
2685
2686         StdString axisId ;
2687         StdString axisBoundId;
2688         StdString timeid(getTimeCounterName());
2689         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2690
2691         StdString strTimeUnits ;
2692         if (!field->file->time_units.isEmpty() && field->file->time_units==CFile::time_units_attr::days) strTimeUnits="days since " ;
2693         else  strTimeUnits="seconds since " ;
2694 
2695         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) field->hasTimeInstant = true;
2696         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) field->hasTimeCentered = true;
2697
2698
2699         if (field->file->time_counter.isEmpty())
2700         {
2701           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2702           if (field->hasTimeCentered)
2703           {
2704             timeCounterType=centered ;
2705             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2706           }
2707           if (field->hasTimeInstant)
2708           {
2709             if (timeCounterType==none) timeCounterType=instant ;
2710             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2711           }
2712         }
2713         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant)
2714         {
2715           if (field->hasTimeCentered)
2716           {
2717             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2718           }
2719           if (field->hasTimeInstant)
2720           {
2721             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2722             timeCounterType=instant ;
2723             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2724           }
2725         }
2726         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered)
2727         {
2728           if (field->hasTimeCentered)
2729           {
2730             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2731             timeCounterType=centered ;
2732             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2733           }
2734           if (field->hasTimeInstant)
2735           {
2736             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2737           }
2738         }
2739         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::instant_exclusive)
2740         {
2741           if (field->hasTimeCentered)
2742           {
2743             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2744           }
2745           if (field->hasTimeInstant)
2746           {
2747             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2748             timeCounterType=instant ;
2749           }
2750         }
2751         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::centered_exclusive)
2752         {
2753           if (field->hasTimeCentered)
2754           {
2755             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2756             timeCounterType=centered ;
2757           }
2758           if (field->hasTimeInstant)
2759           {
2760             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2761           }
2762         }
2763         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::exclusive)
2764         {
2765           if (field->hasTimeCentered)
2766           {
2767             if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2768             if (timeCounterType==instant) createInstantAxis=true ;
2769             timeCounterType=centered ;
2770           }
2771           if (field->hasTimeInstant)
2772           {
2773             if (timeCounterType==none)
2774             {
2775               createTimeCounterAxis=true ;
2776               timeCounterType=instant ;
2777             }
2778             if (timeCounterType==centered)
2779             {
2780               if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2781             }
2782           }
2783         }
2784         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::none)
2785         {
2786           if (field->hasTimeCentered)
2787           {
2788             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2789           }
2790           if (field->hasTimeInstant)
2791           {
2792             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2793           }
2794         }
2795         else if (field->file->time_counter==CFile::time_counter_attr::record)
2796         {
2797           if (timeCounterType==none) createTimeCounterAxis=true ;
2798           timeCounterType=record ;
2799           if (field->hasTimeCentered)
2800           {
2801             if (!hasTimeCentered) createCenteredAxis=true ;
2802           }
2803           if (field->hasTimeInstant)
2804           {
2805             if (!hasTimeInstant) createInstantAxis=true ;
2806           }
2807         }
2808         
2809         if (createInstantAxis)
2810         {
2811           axisId="time_instant" ;
2812           axisBoundId="time_instant_bounds";
2813           hasTimeInstant=true ;
2814         }
2815
2816         if (createCenteredAxis)
2817         {
2818           axisId="time_centered" ;
2819           axisBoundId="time_centered_bounds";
2820           hasTimeCentered=true ;
2821         }
2822
2823         
2824         try
2825         {
2826            std::vector<StdString> dims;
2827           
2828            if (createInstantAxis || createCenteredAxis)
2829            {
2830              // Adding time_instant or time_centered
2831              dims.push_back(timeid);
2832              if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2833              {
2834                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2835
2836                CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2837                StdOStringStream oss2;
2838                StdString strInitdate=oss2.str() ;
2839                StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2840                this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),strTimeUnits+strTimeOrigin,
2841                                              strTimeOrigin, axisBoundId);
2842             }
2843
2844             // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2845             if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2846             {
2847                dims.clear() ;
2848                dims.push_back(timeid);
2849                dims.push_back(timeBoundId);
2850                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2851             }
2852           }
2853
2854           if (createTimeCounterAxis)
2855           {
2856             // Adding time_counter
2857             axisId = getTimeCounterName();
2858             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2859             dims.clear();
2860             dims.push_back(timeid);
2861             if (!SuperClassWriter::varExist(axisId))
2862             {
2863                SuperClassWriter::addVariable(axisId, NC_DOUBLE, dims);
2864                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisId);
2865
2866                if (field->file->time_counter.isEmpty() || 
2867                   (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2868                {
2869                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2870                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2871
2872                  this->writeTimeAxisAttributes(axisId, cal->getType(),
2873                                                strTimeUnits+strTimeOrigin,
2874                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2875                }
2876             }
2877
2878             // Adding time_counter_bound dimension
2879             if (field->file->time_counter.isEmpty() || (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record))
2880             {
2881                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2882                {
2883                  dims.clear();
2884                  dims.push_back(timeid);
2885                  dims.push_back(timeBoundId);
2886                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2887                }
2888             }
2889           }
2890         }
2891         catch (CNetCdfException& e)
2892         {
2893           StdString msg("On writing time axis data: ");
2894           msg.append("In the context : ");
2895           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2896           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2897           msg.append(e.what());
2898           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2899                  const std::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2900         }
2901      }
2902
2903      //---------------------------------------------------------------
2904
2905      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2906                                                   const StdString & calendar,
2907                                                   const StdString & units,
2908                                                   const StdString & time_origin,
2909                                                   const StdString & time_bounds,
2910                                                   const StdString & standard_name,
2911                                                   const StdString & long_name)
2912      {
2913         try
2914         {
2915           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2916           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2917           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2918           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2919           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2920           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2921         }
2922         catch (CNetCdfException& e)
2923         {
2924           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2925           msg.append("In the context : ");
2926           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2927           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2928           msg.append(e.what());
2929           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2930                                                          const StdString & calendar,\
2931                                                          const StdString & units, \
2932                                                          const StdString & time_origin, \
2933                                                          const StdString & time_bounds, \
2934                                                          const StdString & standard_name, \
2935                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2936         }
2937      }
2938
2939      //---------------------------------------------------------------
2940
2941      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2942                                               const StdString & axis,
2943                                               const StdString & standard_name,
2944                                               const StdString & long_name,
2945                                               const StdString & units,
2946                                               const StdString & nav_model)
2947      {
2948         try
2949         {
2950          if (!axis.empty())
2951            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2952
2953          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2954          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2955          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2956//          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2957         }
2958         catch (CNetCdfException& e)
2959         {
2960           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2961           msg.append("In the context : ");
2962           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2963           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2964           msg.append(e.what());
2965           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2966                                                      const StdString & axis, \
2967                                                      const StdString & standard_name, \
2968                                                      const StdString & long_name, \
2969                                                      const StdString & units, \
2970                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2971         }
2972      }
2973
2974      //---------------------------------------------------------------
2975
2976      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2977         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2978      {
2979        try
2980        {
2981         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2982         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2983         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2984         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2985        }
2986        catch (CNetCdfException& e)
2987        {
2988           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2989           msg.append("In the context : ");
2990           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2991           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2992           msg.append(e.what());
2993           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2994                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2995        }
2996
2997      }
2998
2999      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
3000                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
3001      {
3002         CArray<int,1> array(2) ;
3003
3004         try
3005         {
3006           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
3007           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
3008           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
3009           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
3010           array=ni_glo,nj_glo ;
3011           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
3012           array=ni,nj ;
3013           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
3014           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
3015           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
3016           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
3017           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
3018           array=0,0 ;
3019           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
3020           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
3021           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
3022  /*
3023           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
3024           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
3025           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
3026           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
3027  */
3028         }
3029         catch (CNetCdfException& e)
3030         {
3031           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
3032           msg.append("In the context : ");
3033           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3034           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3035           msg.append(e.what());
3036           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
3037                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
3038         }
3039      }
3040      //---------------------------------------------------------------
3041
3042      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
3043                                                const StdString & description,
3044                                                const StdString & conventions,
3045                                                const StdString & production,
3046                                                const StdString & timeStamp)
3047      {
3048         try
3049         {
3050           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
3051           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
3052           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
3053           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
3054           // SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
3055
3056           StdString timeStampStr ;
3057           if (file->time_stamp_name.isEmpty()) timeStampStr="timeStamp" ;
3058           else timeStampStr=file->time_stamp_name ;
3059           SuperClassWriter::addAttribute(timeStampStr, timeStamp);
3060
3061           StdString uuidName ;
3062           if (file->uuid_name.isEmpty()) uuidName="uuid" ;
3063           else uuidName=file->uuid_name ;
3064
3065           if (file->uuid_format.isEmpty()) SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr());
3066           else SuperClassWriter::addAttribute(uuidName, getUuidStr(file->uuid_format));
3067         
3068         }
3069         catch (CNetCdfException& e)
3070         {
3071           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
3072           msg.append("In the context : ");
3073           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3074           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3075           msg.append(e.what());
3076           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
3077                                                const StdString & description, \
3078                                                const StdString & conventions, \
3079                                                const StdString & production, \
3080                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
3081         }
3082      }
3083
3084      //---------------------------------------------------------------
3085
3086      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
3087                                               int data_dim,
3088                                               int data_ni,
3089                                               int data_nj,
3090                                               int data_ibegin,
3091                                               int data_jbegin)
3092      {
3093         try
3094         {
3095           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
3096           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
3097           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
3098           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
3099           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
3100         }
3101         catch (CNetCdfException& e)
3102         {
3103           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
3104           msg.append("In the context : ");
3105           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
3106           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
3107           msg.append(e.what());
3108           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
3109                                               int data_dim, \
3110                                               int data_ni, \
3111                                               int data_nj, \
3112                                               int data_ibegin, \
3113                                               int data_jbegin)", << msg);
3114         }
3115      }
3116
3117      ///--------------------------------------------------------------
3118
3119      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time, double factorUnit)
3120      {
3121        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
3122        if (it == timeToRecordCache.end())
3123        {
3124          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
3125          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_centered_bounds";
3126          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId)) timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
3127
3128          CArray<double,2> timeAxisBounds;
3129          std::vector<StdSize> dimSize(SuperClassWriter::getDimensions(timeAxisBoundsId)) ;
3130         
3131          StdSize record = 0;
3132          double dtime(time);
3133          for (int n = dimSize[0] - 1; n >= 0; n--)
3134          {
3135            SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective, n);
3136            timeAxisBounds*=factorUnit ;
3137            if (timeAxisBounds(1, 0) < dtime)
3138            {
3139              record = n + 1;
3140              break;
3141            }
3142          }
3143          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
3144        }
3145        return it->second;
3146      }
3147
3148      ///--------------------------------------------------------------
3149
3150      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
3151      {
3152        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
3153      }
3154
3155      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
3156      {
3157        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
3158      }
3159
3160      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
3161      {
3162        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
3163      }
3164
3165      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
3166      {
3167        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
3168      }
3169
3170      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
3171      {
3172        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
3173      }
3174
3175      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
3176      {
3177        this->writtenDomains.insert(domainName);
3178      }
3179
3180      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
3181      {
3182        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
3183      }
3184
3185      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
3186      {
3187        this->writtenAxis.insert(axisName);
3188      }
3189
3190      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
3191      {
3192        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
3193      }
3194
3195      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
3196      {
3197        this->writtenScalar.insert(scalarName);
3198      }
3199} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.