source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 705

Last change on this file since 705 was 705, checked in by ymipsl, 6 years ago

Bug fix for unstructured grid output. It was working before only with one server but not more.
Compression for such grid output need to be revised too.
YM

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 81.8 KB
Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12#include "netCdfException.hpp"
13#include "exception.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23      {
24         StdString timeid = StdString("time_counter");
25         SuperClass::type = MULTI_FILE;
26      }
27
28      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
29         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat,
30          MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
31            : SuperClass()
32            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, &comm_file, multifile)
33            , comm_file(comm_file)
34            , filename(filename)
35            , isCollective(isCollective)
36      {
37         StdString timeid = StdString("time_counter");
38
39         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
40      }
41
42
43      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
44      { /* Ne rien faire de plus */ }
45
46      ///--------------------------------------------------------------
47
48      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
49      {
50         return (this->filename);
51      }
52
53      //---------------------------------------------------------------
54
55      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
56      {
57         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
58         {
59           writeUnstructuredDomain(domain) ;
60           return ;
61         }
62
63         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
64         CContextServer* server=context->server ;
65
66         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
67         domain->checkAttributes();
68
69         if (domain->isEmpty())
70           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
71
72         std::vector<StdString> dim0, dim1;
73         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
74                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
75         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
76
77
78         StdString dimXid, dimYid ;
79
80         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
81         switch (domain->type)
82         {
83           case CDomain::type_attr::curvilinear :
84             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
85             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
86             break ;
87           case CDomain::type_attr::rectilinear :
88             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
89             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
90             break;
91         }
92
93         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
94
95         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
96         string areaId = "area" + appendDomid;
97/*
98         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
99                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
100                             : lonid;
101         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
102                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
103                             : latid;
104*/
105
106         try
107         {
108           switch (SuperClass::type)
109           {
110              case (MULTI_FILE) :
111              {
112  //               if (domain->isEmpty()) return;
113
114                 if (server->intraCommSize > 1)
115                 {
116  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
117  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
118                 }
119
120                 switch (domain->type)
121                 {
122                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
123                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
124                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
125                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
126                     break ;
127                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
128                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
129                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
130                     dim0.push_back(dimYid);
131                     dim1.push_back(dimXid);
132                     break;
133                 }
134
135                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
136                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
137
138                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
139                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
140
141                 if (domain->hasBounds)
142                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
143
144                 if (server->intraCommSize > 1)
145                 {
146                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
147                                              domain->zoom_ni_srv,
148                                              domain->zoom_jbegin_srv,
149                                              domain->zoom_nj_srv,
150                                              appendDomid);
151
152                   if (singleDomain)
153                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
154                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
155                                                      domain->zoom_ni_srv,
156                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
157                                                      domain->zoom_nj_srv,
158                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
159                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
160                 }
161
162                 if (domain->hasLonLat)
163                 {
164                   switch (domain->type)
165                   {
166                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
167                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
168                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
169                       break ;
170                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
171                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
172                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
173                        break ;
174                   }
175
176                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
177                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
178
179                   if (domain->hasBounds)
180                   {
181                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
182                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
183
184                     dim0.clear();
185                     dim0.push_back(dimYid);
186                     dim0.push_back(dimXid);
187                     dim0.push_back(dimVertId);
188                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
189                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
190                   }
191                 }
192
193                 dim0.clear();
194                 dim0.push_back(dimYid);
195                 dim0.push_back(dimXid);
196
197
198  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
199  // supress mask               {
200  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
201  // supress mask
202  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
203  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
204  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
207  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
208  // supress mask               }
209
210                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
211
212                 if (domain->hasArea)
213                 {
214                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
215                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
216                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
217                 }
218
219                 SuperClassWriter::definition_end();
220
221                 if (domain->hasLonLat)
222                 {
223                   switch (domain->type)
224                   {
225                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
226                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
227                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
228                       break;
229                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
230                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
231                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
232                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
233                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
234                       break;
235                   }
236
237                   if (domain->hasBounds)
238                   {
239                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
240                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
241                   }
242                 }
243
244                 if (domain->hasArea)
245                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
246
247                 SuperClassWriter::definition_start();
248
249                 break;
250              }
251              case (ONE_FILE) :
252              {
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
254                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
255
256                 if (domain->hasBounds)
257                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
258
259                 if (domain->hasLonLat)
260                 {
261                   switch (domain->type)
262                   {
263                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
264                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
265                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
266                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
267                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
268                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
269                       break;
270
271                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
272                       dim0.push_back(dimYid);
273                       dim1.push_back(dimXid);
274                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
275                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
276                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
277                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
278                       break;
279                   }
280
281                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
282                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
283
284                   this->writeAxisAttributes
285                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
286                   this->writeAxisAttributes
287                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
288
289                   if (domain->hasBounds)
290                   {
291                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
292                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
293
294                     dim0.clear();
295                     dim0.push_back(dimYid);
296                     dim0.push_back(dimXid);
297                     dim0.push_back(dimVertId);
298                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
299                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
300                   }
301                 }
302
303                 if (domain->hasArea)
304                 {
305                   dim0.clear();
306                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
307                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
308                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
309                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
310                   dim0.clear();
311                 }
312
313                 SuperClassWriter::definition_end();
314
315                 switch (domain->type)
316                 {
317                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
318                   {
319                     std::vector<StdSize> start(2) ;
320                     std::vector<StdSize> count(2) ;
321                     if (domain->isEmpty())
322                     {
323                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
324                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
325                     }
326                     else
327                     {
328                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
329                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
330                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
331                     }
332
333                     if (domain->hasLonLat)
334                     {
335                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
336                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
337                     }
338                     break;
339                   }
340                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
341                   {
342                     if (domain->hasLonLat)
343                     {
344                       std::vector<StdSize> start(1) ;
345                       std::vector<StdSize> count(1) ;
346                       if (domain->isEmpty())
347                       {
348                         start[0]=0 ;
349                         count[0]=0 ;
350                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
351                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
352
353                       }
354                       else
355                       {
356                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
357                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
358                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
359                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
360
361                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
362                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
363                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
364                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
365                       }
366                     }
367                     break;
368                   }
369                 }
370
371                 if (domain->hasBounds)
372                 {
373                   std::vector<StdSize> start(3);
374                   std::vector<StdSize> count(3);
375                   if (domain->isEmpty())
376                   {
377                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
378                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
379                   }
380                   else
381                   {
382                     start[2] = 0;
383                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
384                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
385                     count[2] = domain->nvertex;
386                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
387                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
388                   }
389
390                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
391                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
392                 }
393
394                 if (domain->hasArea)
395                 {
396                   std::vector<StdSize> start(2);
397                   std::vector<StdSize> count(2);
398
399                   if (domain->isEmpty())
400                   {
401                     start[0] = 0; start[1] = 0;
402                     count[0] = 0; count[1] = 0;
403                   }
404                   else
405                   {
406                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
407                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
408                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
409                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
410                   }
411
412                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
413                 }
414
415                 SuperClassWriter::definition_start();
416                 break;
417              }
418              default :
419                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
420                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
421                       << " not implemented yet !");
422           }
423         }
424         catch (CNetCdfException& e)
425         {
426           StdString msg("On writing the domain : ");
427           msg.append(domid); msg.append("\n");
428           msg.append("In the context : ");
429           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
430           msg.append(e.what());
431           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
432         }
433
434         domain->addRelFile(this->filename);
435      }
436
437      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
438      {
439         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
440         CContextServer* server=context->server ;
441
442         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
443         domain->checkAttributes();
444
445         if (domain->isEmpty())
446           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
447
448         std::vector<StdString> dim0, dim1;
449         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
450                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
451         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
452         else writtenDomains.insert(domid) ; 
453
454         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
455
456
457         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
458         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
459
460         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
461         string areaId = "area" + appendDomid;
462
463         try
464         {
465           switch (SuperClass::type)
466           {
467              case (MULTI_FILE) :
468              {
469                 dim0.push_back(dimXid);
470                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
471
472                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
473                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
474                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
475                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
476                 if (domain->hasLonLat)
477                 {
478                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
479                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
480                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
481                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
482                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
483                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
484                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
485                 }
486
487                 dim0.clear();
488                 if (domain->hasBounds)
489                 {
490                   dim0.push_back(dimXid);
491                   dim0.push_back(dimVertId);
492                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
493                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
494                 }
495
496                 dim0.clear();
497                 dim0.push_back(dimXid);
498                 if (domain->hasArea)
499                 {
500                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
501                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
502                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
503                 }
504
505                 SuperClassWriter::definition_end();
506
507                 if (domain->hasLonLat)
508                 {
509                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
510                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
511                   if (domain->hasBounds)
512                   {
513                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
514                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
515                   }
516                 }
517
518                 if (domain->hasArea)
519                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
520
521                 SuperClassWriter::definition_start();
522                 break ;
523              }
524
525              case (ONE_FILE) :
526              {
527                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
528                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
529                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
530                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
531                 dim0.push_back(dimXid);
532                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
533                 if (domain->hasLonLat)
534                 {
535                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
536                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
537
538                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
539                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
540                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
541                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
542                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
543                 }
544                 dim0.clear();
545
546                 if (domain->hasBounds)
547                 {
548                   dim0.push_back(dimXid);
549                   dim0.push_back(dimVertId);
550                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
551                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
552                 }
553
554                 if (domain->hasArea)
555                 {
556                   dim0.clear();
557                   dim0.push_back(dimXid);
558                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
559                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
560                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
561                 }
562
563                 SuperClassWriter::definition_end();
564
565                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
566                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
567                 if (domain->isEmpty())
568                 {
569                   start[0]=0 ;
570                   count[0]=0 ;
571                   startBounds[1]=0 ;
572                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
573                   startBounds[0]=0 ;
574                   countBounds[0]=0 ;
575                 }
576                 else
577                 {
578                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
579                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
580                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
581                   startBounds[1]=0 ;
582                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
583                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
584                 }
585
586                 if (domain->hasLonLat)
587                 {
588                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
589                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
590                   if (domain->hasBounds)
591                   {
592                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
593                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
594                   }
595                 }
596
597                 if (domain->hasArea)
598                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
599
600                 SuperClassWriter::definition_start();
601
602                 break;
603              }
604              default :
605                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
606                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
607                       << " not implemented yet !");
608           }
609         }
610         catch (CNetCdfException& e)
611         {
612           StdString msg("On writing the domain : ");
613           msg.append(domid); msg.append("\n");
614           msg.append("In the context : ");
615           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
616           msg.append(e.what());
617           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
618         }
619         domain->addRelFile(this->filename);
620      }
621      //--------------------------------------------------------------
622
623      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
624      {
625        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
626        axis->checkAttributes();
627        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
628        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
629        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
630                                                              : axis->global_zoom_size;
631        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
632                                                              : axis->global_zoom_begin;
633
634        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
635
636        std::vector<StdString> dims;
637        StdString axisid = !axis->name.isEmpty() ? axis->name.getValue() : axis->getId();
638        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
639        else writtenAxis.insert(axisid) ; 
640
641        try
642        {
643          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
644          dims.push_back(axisid);
645          SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
646
647          if (!axis->name.isEmpty())
648            SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
649
650          if (!axis->standard_name.isEmpty())
651            SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
652
653          if (!axis->long_name.isEmpty())
654            SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
655
656          if (!axis->unit.isEmpty())
657            SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
658
659          if (!axis->positive.isEmpty())
660          {
661            SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
662            SuperClassWriter::addAttribute("positive",
663                                           (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
664                                           &axisid);
665          }
666
667          StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
668          if (!axis->bounds.isEmpty())
669          {
670            dims.push_back("axis_nbounds");
671            SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
672            SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
673          }
674
675          SuperClassWriter::definition_end();
676          switch (SuperClass::type)
677          {
678            case MULTI_FILE:
679            {
680              CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
681              for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
682              SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
683
684              if (!axis->bounds.isEmpty())
685              {
686                CArray<double,2> axisBounds(2, zoom_size_srv);
687                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++)
688                {
689                  axisBounds(0, i) = axis->bound_srv(i, 0);
690                  axisBounds(1, i) = axis->bound_srv(i, 1);
691                }
692                SuperClassWriter::writeData(axisBounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
693              }
694
695              SuperClassWriter::definition_start();
696
697              break;
698            }
699            case ONE_FILE:
700            {
701              CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
702              axis_value = axis->value_srv;
703
704              std::vector<StdSize> start(1) ;
705              std::vector<StdSize> count(1) ;
706              start[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
707              count[0] = zoom_size_srv;
708              SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
709
710              if (!axis->bounds.isEmpty())
711              {
712                CArray<double,2> axisBounds(2, zoom_size_srv);
713                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; ++i)
714                {
715                  axisBounds(0, i+zoom_begin_srv) = axis->bound_srv(i, 0);
716                  axisBounds(1, i+zoom_begin_srv) = axis->bound_srv(i, 1);
717                }
718                SuperClassWriter::writeData(axisBounds, axisBoundsId, isCollective, 0, &start, &count);
719              }
720
721              SuperClassWriter::definition_start();
722
723              break;
724            }
725            default :
726              ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
727                    << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
728                    << " not implemented yet !");
729          }
730        }
731        catch (CNetCdfException& e)
732        {
733          StdString msg("On writing the axis : ");
734          msg.append(axisid); msg.append("\n");
735          msg.append("In the context : ");
736          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
737          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
738          msg.append(e.what());
739          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
740        }
741        axis->addRelFile(this->filename);
742     }
743
744     //--------------------------------------------------------------
745
746     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
747     {
748       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
749
750       try
751       {
752         CArray<bool,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
753         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
754         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
755         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0;
756
757         std::vector<StdString> dims;
758
759         if (grid->isCompressible())
760         {
761           StdString varId = grid->getId() + "_points";
762
763           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
764           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
765
766           dims.push_back(varId);
767           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
768
769           StdOStringStream compress;
770           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
771           {
772             if (axisDomainOrder(i))
773             {
774               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
775               StdString domId = !domain->name.isEmpty() ? domain->name.getValue() : domain->getId();
776               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
777
778               switch (domain->type)
779               {
780                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
781                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
782                   break;
783                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
784                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
785                   break;
786                 case CDomain::type_attr::unstructured:
787                   compress << "cell" << appendDomId;
788                   break;
789               }
790               ++idxDomain;
791             }
792             else
793             {
794               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
795               compress << (!axis->name.isEmpty() ? axis->name.getValue() : axis->getId());
796               ++idxAxis;
797             }
798
799             if (i != 0) compress << ' ';
800           }
801           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
802
803           grid->computeCompressedIndex();
804
805           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
806           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
807           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
808           {
809             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
810             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
811               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
812           }
813
814           switch (SuperClass::type)
815           {
816             case (MULTI_FILE):
817             {
818               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
819               break;
820             }
821             case (ONE_FILE):
822             {
823               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
824                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
825
826               std::vector<StdSize> start, count;
827               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
828               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
829
830               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
831               break;
832             }
833           }
834         }
835         else
836         {
837           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
838           {
839             StdString varId, compress;
840             CArray<int, 1> indexes;
841             bool isDistributed;
842             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
843             int firstGlobalIndex;
844
845             if (axisDomainOrder(i))
846             {
847               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
848               if (!domain->isCompressible()
849                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
850                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename))
851                 continue;
852
853               StdString domId = !domain->name.isEmpty() ? domain->name.getValue() : domain->getId();
854               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
855
856               varId = domId + "_points";
857               switch (domain->type)
858               {
859                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
860                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
861                   break;
862                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
863                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
864                   break;
865               }
866
867               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
868               indexes.resize(indexesToWrite.size());
869               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
870                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
871
872               isDistributed = domain->isDistributed();
873               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
874               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
875               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
876               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
877
878               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
879               ++idxDomain;
880             }
881             else
882             {
883               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
884               if (!axis->isCompressible() || axis->isWrittenCompressed(this->filename))
885                 continue;
886
887               StdString axisId = !axis->name.isEmpty() ? axis->name.getValue() : axis->getId();
888               varId = axisId + "_points";
889               compress = axisId;
890
891               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
892               indexes.resize(indexesToWrite.size());
893               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
894                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
895
896               isDistributed = axis->isDistributed();
897               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
898               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
899               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
900               firstGlobalIndex = axis->begin;
901
902               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
903               ++idxAxis;
904             }
905
906             if (!varId.empty())
907             {
908               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
909
910               dims.clear();
911               dims.push_back(varId);
912               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
913
914               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
915
916               switch (SuperClass::type)
917               {
918                 case (MULTI_FILE):
919                 {
920                   indexes -= firstGlobalIndex;
921                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
922                   break;
923                 }
924                 case (ONE_FILE):
925                 {
926                   std::vector<StdSize> start, count;
927                   start.push_back(offset);
928                   count.push_back(nbIndexes);
929
930                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
931                   break;
932                 }
933               }
934             }
935           }
936
937           if (!dims.empty())
938             grid->computeCompressedIndex();
939         }
940
941         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
942       }
943       catch (CNetCdfException& e)
944       {
945         StdString msg("On writing compressed grid : ");
946         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
947         msg.append("In the context : ");
948         CContext* context = CContext::getCurrent();
949         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
950         msg.append(e.what());
951         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
952       }
953     }
954
955     //--------------------------------------------------------------
956
957     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
958     {
959       try
960       {
961        SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
962       }
963       catch (CNetCdfException& e)
964       {
965         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
966         msg.append("In the context : ");
967         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
968         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
969         msg.append(e.what());
970         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
971       }
972     }
973
974      //--------------------------------------------------------------
975
976      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
977      {
978         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
979         CContextServer* server=context->server ;
980
981         std::vector<StdString> dims, coodinates;
982         CGrid* grid = field->grid;
983         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
984          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
985
986         CArray<bool,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
987         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0;
988         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
989         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
990
991         StdString timeid  = StdString("time_counter");
992         StdString dimXid,dimYid;
993         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
994         bool hasArea = false;
995         StdString cellMeasures = "area:";
996         bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
997
998         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
999         {
1000           if (axisDomainOrder(i))
1001           {
1002             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1003             StdString domId = !domain->name.isEmpty() ? domain->name.getValue() : domain->getId();
1004             StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1005
1006             if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1007             {
1008               dimIdList.push_back(domId + "_points");
1009               field->setUseCompressedOutput();
1010             }
1011
1012             switch (domain->type)
1013             {
1014               case CDomain::type_attr::curvilinear:
1015                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1016                 {
1017                   dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1018                   dimIdList.push_back(dimXid);
1019                   dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1020                   dimIdList.push_back(dimYid);
1021                 }
1022                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1023                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1024                 break ;
1025               case CDomain::type_attr::rectilinear:
1026                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1027                 {
1028                   dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1029                   dimIdList.push_back(dimXid);
1030                   dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1031                   dimIdList.push_back(dimYid);
1032                 }
1033                 break ;
1034               case CDomain::type_attr::unstructured:
1035                 dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1036                 dimIdList.push_back(dimXid);
1037                 dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1038                 dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1039                 break ;
1040             }
1041             if (domain->hasArea)
1042             {
1043               hasArea = true;
1044               cellMeasures += " area" + appendDomId;
1045             }
1046             ++idxDomain;
1047           }
1048           else
1049           {
1050             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1051             StdString axisId = !axis->name.isEmpty() ? axis->name.getValue() : axis->getId();
1052
1053             if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1054             {
1055               dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1056               field->setUseCompressedOutput();
1057             }
1058             else
1059               dimIdList.push_back(axisId);
1060
1061             dimCoordList.push_back(axisId);
1062             ++idxAxis;
1063           }
1064         }
1065
1066/*
1067         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1068                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1069                             : lonid;
1070         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1071                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1072                             : latid;
1073*/
1074         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
1075                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
1076
1077//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
1078//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
1079//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
1080
1081         nc_type type ;
1082         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1083         else
1084         {
1085           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1086           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1087           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1088         }
1089
1090         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1091
1092         if (wtime)
1093         {
1094
1095            //StdOStringStream oss;
1096           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1097           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1098          //oss
1099            if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1100            else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1101            dims.push_back(timeid);
1102         }
1103
1104         if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1105         {
1106           dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1107           field->setUseCompressedOutput();
1108         }
1109         else
1110         {
1111           while (!dimIdList.empty())
1112           {
1113             dims.push_back(dimIdList.back());
1114             dimIdList.pop_back();
1115           }
1116         }
1117
1118         while (!dimCoordList.empty())
1119         {
1120           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1121           dimCoordList.pop_back();
1122         }
1123
1124         try
1125         {
1126           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1127
1128           if (!field->standard_name.isEmpty())
1129              SuperClassWriter::addAttribute
1130                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1131
1132           if (!field->long_name.isEmpty())
1133              SuperClassWriter::addAttribute
1134                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1135
1136           if (!field->unit.isEmpty())
1137              SuperClassWriter::addAttribute
1138                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1139
1140            if (!field->valid_min.isEmpty())
1141              SuperClassWriter::addAttribute
1142                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1143
1144           if (!field->valid_max.isEmpty())
1145              SuperClassWriter::addAttribute
1146                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1147
1148            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1149              SuperClassWriter::addAttribute
1150                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1151
1152             if (!field->add_offset.isEmpty())
1153              SuperClassWriter::addAttribute
1154                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1155
1156           SuperClassWriter::addAttribute
1157                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1158
1159          // write child variables as attributes
1160
1161
1162           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1163           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1164
1165
1166           if (wtime)
1167           {
1168              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1169              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1170              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1171              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1172
1173              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1174              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1175              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1176
1177              StdString cellMethods = "time: ";
1178              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1179              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1180              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1181              else cellMethods += field->operation;
1182              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1183                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1184              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1185           }
1186
1187           if (hasArea)
1188             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1189
1190           if (!field->default_value.isEmpty())
1191           {
1192              double default_value = field->default_value.getValue();
1193              float fdefault_value = (float)default_value;
1194              if (type == NC_DOUBLE)
1195                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1196              else
1197                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1198           }
1199           else
1200              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1201
1202            if (field->compression_level.isEmpty())
1203              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1204            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1205
1206           {  // Ecriture des coordonnées
1207
1208              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1209              std::vector<StdString>::iterator
1210                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1211
1212              for (; itc!= endc; itc++)
1213              {
1214                 StdString & coord = *itc;
1215                 if (itc+1 != endc)
1216                       coordstr.append(coord).append(" ");
1217                 else  coordstr.append(coord);
1218              }
1219
1220              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1221
1222           }
1223         }
1224         catch (CNetCdfException& e)
1225         {
1226           StdString msg("On writing field : ");
1227           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1228           msg.append("In the context : ");
1229           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1230           msg.append(e.what());
1231           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1232         }
1233      }
1234
1235      //--------------------------------------------------------------
1236
1237      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1238      {
1239         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
1240                            ? file->name.getValue() : file->getId();
1241         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1242                               ? file->description.getValue()
1243                               : StdString("Created by xios");
1244
1245         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1246
1247         try
1248         {
1249           this->writeFileAttributes(filename, description,
1250                                     StdString("CF-1.5"),
1251                                     StdString("An IPSL model"),
1252                                     this->getTimeStamp());
1253
1254           if (!appendMode)
1255             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1256         }
1257         catch (CNetCdfException& e)
1258         {
1259           StdString msg("On writing file : ");
1260           msg.append(filename); msg.append("\n");
1261           msg.append("In the context : ");
1262           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1263           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1264           msg.append(e.what());
1265           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1266         }
1267      }
1268
1269      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1270      {
1271        string name ;
1272        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
1273        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
1274        else return ;
1275
1276        try
1277        {
1278          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1279            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1280          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1281            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1282          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1283            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1284          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1285            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1286          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1287            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1288          else
1289            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1290                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1291        }
1292       catch (CNetCdfException& e)
1293       {
1294         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1295         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1296         msg.append("In the context : ");
1297         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1298         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1299         msg.append(e.what());
1300         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1301       }
1302     }
1303
1304     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1305     {
1306        string name ;
1307        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
1308        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
1309        else return ;
1310        try
1311        {
1312          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1313            addAttribute(name, var->getData<int>());
1314          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1315            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1316          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1317            addAttribute(name, var->getData<float>());
1318          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1319            addAttribute(name, var->getData<double>());
1320          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1321            addAttribute(name, var->getData<string>());
1322          else
1323            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1324                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1325        }
1326       catch (CNetCdfException& e)
1327       {
1328         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1329         msg.append(name); msg.append("\n");
1330         msg.append("In the context : ");
1331         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1332         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1333         msg.append(e.what());
1334         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1335       }
1336     }
1337
1338      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1339      {
1340        try
1341        {
1342          SuperClassWriter::sync() ;
1343        }
1344        catch (CNetCdfException& e)
1345        {
1346         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1347         msg.append("In the context : ");
1348         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1349         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1350         msg.append(e.what());
1351         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1352        }
1353      }
1354
1355      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1356      {
1357        try
1358        {
1359          SuperClassWriter::close() ;
1360        }
1361        catch (CNetCdfException& e)
1362        {
1363         StdString msg("On closing file");
1364         msg.append("In the context : ");
1365         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1366         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1367         msg.append(e.what());
1368         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1369        }
1370
1371      }
1372
1373      //---------------------------------------------------------------
1374
1375      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1376      {
1377         const int buffer_size = 100;
1378         time_t rawtime;
1379         struct tm * timeinfo = NULL;
1380         char buffer [buffer_size];
1381
1382         time ( &rawtime );
1383         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1384         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1385
1386         return (StdString(buffer));
1387      }
1388
1389      //---------------------------------------------------------------
1390
1391      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1392      {
1393         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1394//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
1395         CContextServer* server=context->server ;
1396
1397         CGrid* grid = field->grid ;
1398
1399         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1400          if (SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) return ;
1401
1402         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
1403                             ? field->name.getValue()
1404                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
1405
1406         StdOStringStream oss;
1407         string timeAxisId ;
1408         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
1409         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
1410
1411         StdString timeBoundId("time_counter_bounds");
1412
1413         StdString timeAxisBoundId;
1414         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisBoundId="time_instant_bounds" ;
1415         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisBoundId="time_centered_bounds" ;
1416
1417         CArray<double,1> time_data(1) ;
1418         CArray<double,1> time_data_bound(2);
1419         CArray<double,1> time_counter(1) ;
1420         CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1421
1422        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once));
1423
1424        if (wtime)
1425        {
1426          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
1427          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
1428
1429          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1430            time_data(0) = lastWrite;
1431          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1432            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1433
1434          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1435            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
1436          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1437          {
1438            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
1439            time_data_bound(1) = lastWrite;
1440          }
1441
1442          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1443            time_counter(0) = lastWrite;
1444          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1445            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1446          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1447            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
1448
1449
1450          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1451            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
1452          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1453          {
1454            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
1455            time_counter_bound(1) = lastWrite;
1456          }
1457          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1458            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
1459        }
1460
1461         bool isRoot ;
1462         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
1463         else isRoot=false ;
1464
1465         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1466         {
1467           double scaleFactor=1. ;
1468           double addOffset=0. ;
1469           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
1470           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
1471           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
1472         }
1473
1474         try
1475         {
1476           size_t writtenSize;
1477           if (field->getUseCompressedOutput())
1478             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
1479           else
1480             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
1481
1482           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
1483           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
1484
1485           if (field->getUseCompressedOutput())
1486             field->outputCompressedField(fieldData);
1487           else
1488             field->outputField(fieldData);
1489
1490           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) fieldData=round(fieldData) ;
1491
1492           switch (SuperClass::type)
1493           {
1494              case (MULTI_FILE) :
1495              {
1496                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
1497                 if (wtime)
1498                 {
1499                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
1500                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
1501                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
1502                   {
1503                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep() - 1);
1504                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
1505                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
1506                   }
1507                 }
1508                 break ;
1509              }
1510              case (ONE_FILE) :
1511              {
1512                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
1513                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
1514                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
1515
1516                std::vector<StdSize> start, count;
1517
1518                if (field->getUseCompressedOutput())
1519                {
1520                  if (grid->isCompressible())
1521                  {
1522                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1523                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1524                  }
1525                  else
1526                  {
1527                    CArray<bool,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1528                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1529                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1530                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
1531                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
1532                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
1533
1534                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1535                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1536
1537
1538                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1539                    {
1540                      if (axisDomainOrder(i))
1541                      {
1542                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1543
1544                        if (domain->isCompressible())
1545                        {
1546                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
1547                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
1548                        }
1549                        else
1550                        {
1551                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1552                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1553                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx - 1] - nZoomBeginGlobal[idx - 1]);
1554                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx - 1]);
1555                        }
1556
1557                        --idxDomain;
1558                        idx -= 2;
1559                      }
1560                      else
1561                      {
1562                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1563
1564                        if (axis->isCompressible())
1565                        {
1566                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
1567                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
1568                        }
1569                        else
1570                        {
1571                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1572                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1573                        }
1574
1575                        --idxAxis;
1576                        --idx;
1577                      }
1578                    }
1579                  }
1580                }
1581                else
1582                {
1583
1584                  CArray<bool,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1585                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1586                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1587                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
1588                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
1589                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
1590
1591                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1592                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1593
1594                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1595                  {
1596                    if (axisDomainOrder(i))
1597                    {
1598                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1599                      if (! domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
1600                      {
1601                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1602                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1603                      }
1604                      --idx ;
1605                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1606                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1607                      --idx ;
1608                      --idxDomain;
1609                    }
1610                    else
1611                    {
1612                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1613                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1614                      --idx;
1615                     }
1616                  }
1617/*
1618                  int ssize = nZoomBeginGlobal.size();
1619                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1620
1621
1622                  start.resize(ssize);
1623                  count.resize(ssize);
1624
1625                  for (int i = 0; i < ssize; ++i)
1626                  {
1627                    start[i] = nZoomBeginServer[ssize - i - 1] - nZoomBeginGlobal[ssize - i - 1];
1628                    count[i] = nZoomSizeServer[ssize - i - 1];
1629                  }
1630*/
1631                }
1632
1633                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
1634                if (wtime)
1635                {
1636                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
1637                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
1638                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
1639                   {
1640                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
1641                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
1642                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
1643                   }
1644                }
1645
1646                break;
1647              }
1648            }
1649         }
1650         catch (CNetCdfException& e)
1651         {
1652           StdString msg("On writing field data: ");
1653           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1654           msg.append("In the context : ");
1655           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1656           msg.append(e.what());
1657           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
1658         }
1659      }
1660
1661      //---------------------------------------------------------------
1662
1663      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
1664                  (CField*    field,
1665                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
1666      {
1667         StdOStringStream oss;
1668
1669         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
1670
1671//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
1672//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1673
1674//         StdString axisid = oss.str();
1675//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
1676//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
1677
1678         StdString axisid("time_centered") ;
1679         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
1680         StdString timeid("time_counter");
1681         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
1682
1683         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1684         {
1685            axisid = "time_instant";
1686            axisBoundId = "time_instant_bounds";
1687         }
1688
1689         try
1690         {
1691          // Adding time_instant or time_centered
1692           std::vector<StdString> dims;
1693           dims.push_back(timeid);
1694           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1695           {
1696              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1697
1698              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1699              StdOStringStream oss2;
1700  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
1701  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
1702              StdString strInitdate=oss2.str() ;
1703              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1704              this->writeTimeAxisAttributes
1705                 (axisid, cal->getType(),
1706                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1707                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1708           }
1709
1710           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
1711           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1712           {
1713              dims.clear() ;
1714              dims.push_back(timeid);
1715              dims.push_back(timeBoundId);
1716              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1717           }
1718
1719           if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
1720           {
1721             // Adding time_counter
1722             axisid = "time_counter";
1723             axisBoundId = "time_counter_bounds";
1724             dims.clear();
1725             dims.push_back(timeid);
1726             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1727             {
1728                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1729                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1730
1731                if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
1732                {
1733                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
1734                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
1735
1736                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
1737                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1738                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
1739                }
1740             }
1741
1742             // Adding time_counter_bound dimension
1743             if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
1744             {
1745                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1746                {
1747                  dims.clear();
1748                  dims.push_back(timeid);
1749                  dims.push_back(timeBoundId);
1750                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1751                }
1752             }
1753           }
1754         }
1755         catch (CNetCdfException& e)
1756         {
1757           StdString msg("On writing time axis data: ");
1758           msg.append("In the context : ");
1759           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1760           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1761           msg.append(e.what());
1762           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
1763                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
1764         }
1765      }
1766
1767      //---------------------------------------------------------------
1768
1769      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1770                                                   const StdString & calendar,
1771                                                   const StdString & units,
1772                                                   const StdString & time_origin,
1773                                                   const StdString & time_bounds,
1774                                                   const StdString & standard_name,
1775                                                   const StdString & long_name)
1776      {
1777         try
1778         {
1779           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1780           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
1781           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
1782           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
1783           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
1784           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
1785         }
1786         catch (CNetCdfException& e)
1787         {
1788           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
1789           msg.append("In the context : ");
1790           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1791           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1792           msg.append(e.what());
1793           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1794                                                          const StdString & calendar,\
1795                                                          const StdString & units, \
1796                                                          const StdString & time_origin, \
1797                                                          const StdString & time_bounds, \
1798                                                          const StdString & standard_name, \
1799                                                          const StdString & long_name)", << msg);
1800         }
1801      }
1802
1803      //---------------------------------------------------------------
1804
1805      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1806                                               const StdString & axis,
1807                                               const StdString & standard_name,
1808                                               const StdString & long_name,
1809                                               const StdString & units,
1810                                               const StdString & nav_model)
1811      {
1812         try
1813         {
1814          if (!axis.empty())
1815            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
1816
1817          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1818          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
1819          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
1820          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
1821         }
1822         catch (CNetCdfException& e)
1823         {
1824           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
1825           msg.append("In the context : ");
1826           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1827           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1828           msg.append(e.what());
1829           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1830                                                      const StdString & axis, \
1831                                                      const StdString & standard_name, \
1832                                                      const StdString & long_name, \
1833                                                      const StdString & units, \
1834                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
1835         }
1836      }
1837
1838      //---------------------------------------------------------------
1839
1840      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
1841         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
1842      {
1843        try
1844        {
1845         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
1846         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
1847         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
1848         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
1849        }
1850        catch (CNetCdfException& e)
1851        {
1852           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
1853           msg.append("In the context : ");
1854           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1855           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1856           msg.append(e.what());
1857           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
1858                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
1859        }
1860
1861      }
1862
1863      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
1864                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
1865      {
1866         CArray<int,1> array(2) ;
1867
1868         try
1869         {
1870           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
1871           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
1872           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
1873           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
1874           array=ni_glo,nj_glo ;
1875           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
1876           array=ni,nj ;
1877           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
1878           array=ibegin,jbegin ;
1879           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
1880           array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
1881           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
1882           array=0,0 ;
1883           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
1884           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
1885           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
1886  /*
1887           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
1888           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
1889           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
1890           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
1891  */
1892         }
1893         catch (CNetCdfException& e)
1894         {
1895           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
1896           msg.append("In the context : ");
1897           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1898           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1899           msg.append(e.what());
1900           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
1901                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
1902         }
1903      }
1904      //---------------------------------------------------------------
1905
1906      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
1907                                                const StdString & description,
1908                                                const StdString & conventions,
1909                                                const StdString & production,
1910                                                const StdString & timeStamp)
1911      {
1912         try
1913         {
1914           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
1915           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
1916           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
1917           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
1918           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
1919           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
1920         }
1921         catch (CNetCdfException& e)
1922         {
1923           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
1924           msg.append("In the context : ");
1925           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1926           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1927           msg.append(e.what());
1928           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
1929                                                const StdString & description, \
1930                                                const StdString & conventions, \
1931                                                const StdString & production, \
1932                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
1933         }
1934      }
1935
1936      //---------------------------------------------------------------
1937
1938      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1939                                               int data_dim,
1940                                               int data_ni,
1941                                               int data_nj,
1942                                               int data_ibegin,
1943                                               int data_jbegin)
1944      {
1945         try
1946         {
1947           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1948           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1949           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1950           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1951           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1952         }
1953         catch (CNetCdfException& e)
1954         {
1955           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
1956           msg.append("In the context : ");
1957           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1958           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1959           msg.append(e.what());
1960           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
1961                                               int data_dim, \
1962                                               int data_ni, \
1963                                               int data_nj, \
1964                                               int data_ibegin, \
1965                                               int data_jbegin)", << msg);
1966         }
1967      }
1968
1969      ///--------------------------------------------------------------
1970
1971} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.