source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 887

Last change on this file since 887 was 887, checked in by mhnguyen, 5 years ago

Adding a new type of element into grid: Scalar

+) Add a new node Scalar for xml
+) Make some change on writing scalar value
+) Reorganize some codes
+) Remove some redundant codes

Test
+) On Curie
+) All tests pass

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 103.8 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22      {
23    SuperClass::type = MULTI_FILE;
24      }
25
26      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
27         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
28          MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
29            : SuperClass()
30            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
31            , comm_file(comm_file)
32            , filename(filename)
33            , isCollective(isCollective)
34      {
35    SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
36      }
37
38      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
39    { /* Ne rien faire de plus */ }
40
41      ///--------------------------------------------------------------
42
43      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
44      {
45         return (this->filename);
46      }
47
48      //---------------------------------------------------------------
49
50      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
51      {
52        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
53        {
54          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
55            writeUnstructuredDomain(domain) ;
56          else
57            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
58          return ;
59        }
60
61         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
62         CContextServer* server=context->server ;
63
64         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
65         domain->checkAttributes();
66
67         if (domain->isEmpty())
68           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
69
70         std::vector<StdString> dim0, dim1;
71         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
72         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
73         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
74         else setWrittenDomain(domid);
75
76
77         StdString dimXid, dimYid ;
78
79         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
80         switch (domain->type)
81         {
82           case CDomain::type_attr::curvilinear :
83             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
84             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
85             break ;
86           case CDomain::type_attr::rectilinear :
87             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
89             break;
90         }
91
92         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
93
94         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
95         string areaId = "area" + appendDomid;
96/*
97         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
98                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
99                             : lonid;
100         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
101                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
102                             : latid;
103*/
104
105         try
106         {
107           switch (SuperClass::type)
108           {
109              case (MULTI_FILE) :
110              {
111  //               if (domain->isEmpty()) return;
112
113                 if (server->intraCommSize > 1)
114                 {
115  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117                 }
118
119                 switch (domain->type)
120                 {
121                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                     break ;
126                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
127                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                     dim0.push_back(dimYid);
130                     dim1.push_back(dimXid);
131                     break;
132                 }
133
134                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
135                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
136
137                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
138                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
139
140                 if (domain->hasBounds)
141                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
142
143                 if (server->intraCommSize > 1)
144                 {
145                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
146                                              domain->zoom_ni_srv,
147                                              domain->zoom_jbegin_srv,
148                                              domain->zoom_nj_srv,
149                                              appendDomid);
150
151                   if (singleDomain)
152                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
153                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
154                                                      domain->zoom_ni_srv,
155                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
156                                                      domain->zoom_nj_srv,
157                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
158                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
159                 }
160
161                 if (domain->hasLonLat)
162                 {
163                   switch (domain->type)
164                   {
165                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
166                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
167                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
168                       break ;
169                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
170                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
172                        break ;
173                   }
174
175                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
176                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
177
178                   if (domain->hasBounds)
179                   {
180                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
181                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
182
183                     dim0.clear();
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim0.push_back(dimXid);
186                     dim0.push_back(dimVertId);
187                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
188                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
189                   }
190                 }
191
192                 dim0.clear();
193                 dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 if (domain->hasArea)
212                 {
213                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
214                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
215                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
216                 }
217
218                 SuperClassWriter::definition_end();
219
220                 if (domain->hasLonLat)
221                 {
222                   switch (domain->type)
223                   {
224                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
225                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
226                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
227                       break;
228                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
229                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
230                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
231                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
232                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
233                       break;
234                   }
235
236                   if (domain->hasBounds)
237                   {
238                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
239                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
240                   }
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 if (domain->hasLonLat)
259                 {
260                   switch (domain->type)
261                   {
262                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
263                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
264                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
265                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
266                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
267                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
268                       break;
269
270                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid);
272                       dim1.push_back(dimXid);
273                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
274                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
275                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
276                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
277                       break;
278                   }
279
280                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
281                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
282
283                   this->writeAxisAttributes
284                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
285                   this->writeAxisAttributes
286                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
287
288                   if (domain->hasBounds)
289                   {
290                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
291                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
292
293                     dim0.clear();
294                     dim0.push_back(dimYid);
295                     dim0.push_back(dimXid);
296                     dim0.push_back(dimVertId);
297                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
298                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
299                   }
300                 }
301
302                 if (domain->hasArea)
303                 {
304                   dim0.clear();
305                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
306                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
307                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
308                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
309                   dim0.clear();
310                 }
311
312                 SuperClassWriter::definition_end();
313
314                 switch (domain->type)
315                 {
316                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
317                   {
318                     std::vector<StdSize> start(2) ;
319                     std::vector<StdSize> count(2) ;
320                     if (domain->isEmpty())
321                     {
322                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
323                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
324                     }
325                     else
326                     {
327                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
328                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
329                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
330                     }
331
332                     if (domain->hasLonLat)
333                     {
334                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
335                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
336                     }
337                     break;
338                   }
339                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
340                   {
341                     if (domain->hasLonLat)
342                     {
343                       std::vector<StdSize> start(1) ;
344                       std::vector<StdSize> count(1) ;
345                       if (domain->isEmpty())
346                       {
347                         start[0]=0 ;
348                         count[0]=0 ;
349                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
350                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
351
352                       }
353                       else
354                       {
355                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
356                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
357                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
358                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
361                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
362                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
363                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
364                       }
365                     }
366                     break;
367                   }
368                 }
369
370                 if (domain->hasBounds)
371                 {
372                   std::vector<StdSize> start(3);
373                   std::vector<StdSize> count(3);
374                   if (domain->isEmpty())
375                   {
376                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
377                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
378                   }
379                   else
380                   {
381                     start[2] = 0;
382                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
383                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
384                     count[2] = domain->nvertex;
385                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
386                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
387                   }
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
391                 }
392
393                 if (domain->hasArea)
394                 {
395                   std::vector<StdSize> start(2);
396                   std::vector<StdSize> count(2);
397
398                   if (domain->isEmpty())
399                   {
400                     start[0] = 0; start[1] = 0;
401                     count[0] = 0; count[1] = 0;
402                   }
403                   else
404                   {
405                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
406                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
407                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
408                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
409                   }
410
411                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
412                 }
413
414                 SuperClassWriter::definition_start();
415                 break;
416              }
417              default :
418                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
419                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
420                       << " not implemented yet !");
421           }
422         }
423         catch (CNetCdfException& e)
424         {
425           StdString msg("On writing the domain : ");
426           msg.append(domid); msg.append("\n");
427           msg.append("In the context : ");
428           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
429           msg.append(e.what());
430           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
431         }
432
433         domain->addRelFile(this->filename);
434      }
435
436    //--------------------------------------------------------------
437
438    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
439    {
440      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
441      CContextServer* server=context->server ;
442
443      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
444      domain->checkAttributes();
445      if (domain->isEmpty())
446        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
447
448      std::vector<StdString> dim0;
449      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
450      StdString domainName = domain->name;
451      domain->assignMesh(domainName);
452      //domain->mesh->createMesh(domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
453      domain->mesh->createMeshEpsilon(domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
454
455      StdString node_x = domainName + "_node_x";
456      StdString node_y = domainName + "_node_y";
457
458      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
459      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
460      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
461
462      StdString face_x = domainName + "_face_x";
463      StdString face_y = domainName + "_face_y";
464      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
465
466      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
467      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
468      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
469      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
470      StdString dimTwo = "Two";
471
472      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
473      if (!isWrittenDomain(domid))
474      {
475        dim0.clear();
476        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
477        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
478        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
479      }
480
481      try
482      {
483        switch (SuperClass::type)
484        {
485          case (ONE_FILE) :
486          {
487            // Adding nodes
488            if (domain->nvertex == 1)
489            {
490              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
491              {
492                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodes);
493                dim0.clear();
494                dim0.push_back(dimNode);
495                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
496                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
497                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
498                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
499                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
500                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
501                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
502                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
503              }
504            } // domain->nvertex == 1
505
506            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
507            if (domain->nvertex == 2)
508            {
509              // Nodes
510              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
511              {
512                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodes);
513                dim0.clear();
514                dim0.push_back(dimNode);
515                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
516                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
517                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
518                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
519                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
520                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
521                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
522                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
523              }
524              // Edges
525              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
526              {
527                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
528                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
529                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdges);
530                dim0.clear();
531                dim0.push_back(dimEdge);
532                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
533                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
534                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
535                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
536                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
537                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
538                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
539                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
540                dim0.clear();
541                dim0.push_back(dimEdge);
542                dim0.push_back(dimTwo);
543                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
544                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
545                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
546                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
547              }
548            } // domain->nvertex == 2
549
550            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
551            if (domain->nvertex > 2)
552            {
553              // Nodes
554              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
555              {
556                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodes);
557                dim0.clear();
558                dim0.push_back(dimNode);
559                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
560                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
561                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
562                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
563                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
564                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
565                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
566                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
567              }
568              // Edges
569              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
570              {
571                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
572                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
573                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdges);
574                dim0.clear();
575                dim0.push_back(dimEdge);
576                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
577                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
578                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
579                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
580                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
581                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
582                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
583                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
584                dim0.clear();
585                dim0.push_back(dimEdge);
586                dim0.push_back(dimTwo);
587                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
588                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
589                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
590                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
591              }
592              // Faces
593                SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
594                SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
595                SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->mesh->nbFaces);
596                SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->mesh->nvertex);
597                dim0.clear();
598                dim0.push_back(dimFace);
599                SuperClassWriter::addVariable(face_x, NC_FLOAT, dim0);
600                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
601                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
602                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
603                SuperClassWriter::addVariable(face_y, NC_FLOAT, dim0);
604                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
605                SuperClassWriter::addAttribute("longname_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
606                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
607                dim0.clear();
608                dim0.push_back(dimFace);
609                dim0.push_back(dimVertex);
610                SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
611                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
612                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
613                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
614            } // domain->nvertex > 2
615
616            SuperClassWriter::definition_end();
617
618            if (!isWrittenDomain(domid))
619            {
620              if (domain->nvertex == 1)
621              {
622                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0);
623                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0);
624              }
625              else if (domain->nvertex == 2)
626                            {
627                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0);
628                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0);
629                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0);
630                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0);
631                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes);
632                            }
633              else
634              {
635                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0);
636                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0);
637                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0);
638                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0);
639                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes);
640                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0);
641                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0);
642                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes);
643              }
644              setWrittenDomain(domid);
645            } // !isWrittenDomain
646            else
647            {
648              if (domain->nvertex == 1)
649              {
650                if ( (!domain->mesh->edgesAreWritten) && (!domain->mesh->facesAreWritten) )
651                {
652                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0);
653                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0);
654                }
655              }
656              if (domain->nvertex == 2)
657              {
658                if (!domain->mesh->facesAreWritten)
659                {
660                  if (!domain->mesh->nodesAreWritten)
661                  {
662                    SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0);
663                    SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0);
664                  }
665                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0);
666                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0);
667                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes);
668                }
669              } 
670              if (domain->nvertex > 2)
671              {
672                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
673                {
674                  if (!domain->mesh->nodesAreWritten)
675                  {
676                    SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0);
677                    SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0);
678                  }
679                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0);
680                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0);
681                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes);
682                }
683                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0);
684                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0);
685                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes);
686              }
687            }// isWrittenDomain
688
689            SuperClassWriter::definition_start();
690
691            break;
692          } // ONE_FILE
693
694          case (MULTI_FILE) :
695          {
696            break;
697          }
698
699          default :
700          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
701          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
702          << " not implemented yet !");
703          } // switch
704        } // try
705
706        catch (CNetCdfException& e)
707        {
708          StdString msg("On writing the domain : ");
709          msg.append(domid); msg.append("\n");
710          msg.append("In the context : ");
711          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
712          msg.append(e.what());
713          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
714        }
715
716  domain->addRelFile(this->filename);
717  }
718
719    //--------------------------------------------------------------
720
721    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
722      {
723         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
724         CContextServer* server=context->server ;
725
726         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
727         domain->checkAttributes();
728
729         if (domain->isEmpty())
730           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
731
732         std::vector<StdString> dim0, dim1;
733         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
734         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
735         else setWrittenDomain(domid);
736
737         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
738
739
740         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
741         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
742
743         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
744         string areaId = "area" + appendDomid;
745
746         try
747         {
748           switch (SuperClass::type)
749           {
750              case (MULTI_FILE) :
751              {
752                 dim0.push_back(dimXid);
753                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
754
755                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
756                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
757                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
758                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
759                 if (domain->hasLonLat)
760                 {
761                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
762                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
763                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
764                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
765                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
766                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
767                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
768                 }
769                 dim0.clear();
770                 if (domain->hasBounds)
771                 {
772                   dim0.push_back(dimXid);
773                   dim0.push_back(dimVertId);
774                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
775                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
776                 }
777
778                 dim0.clear();
779                 dim0.push_back(dimXid);
780                 if (domain->hasArea)
781                 {
782                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
783                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
784                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
785                 }
786
787                 SuperClassWriter::definition_end();
788
789                 if (domain->hasLonLat)
790                 {
791                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
792                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
793                   if (domain->hasBounds)
794                   {
795                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
796                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
797                   }
798                 }
799
800                 if (domain->hasArea)
801                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
802
803                 SuperClassWriter::definition_start();
804                 break ;
805              }
806
807              case (ONE_FILE) :
808              {
809                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
810                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
811                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
812                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
813                 dim0.push_back(dimXid);
814                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
815                 if (domain->hasLonLat)
816                 {
817                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
818                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
819
820                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
821                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
822                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
823                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
824                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
825                 }
826                 dim0.clear();
827
828                 if (domain->hasBounds)
829                 {
830                   dim0.push_back(dimXid);
831                   dim0.push_back(dimVertId);
832                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
833                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
834                 }
835
836                 if (domain->hasArea)
837                 {
838                   dim0.clear();
839                   dim0.push_back(dimXid);
840                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
841                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
842                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
843                 }
844
845                 SuperClassWriter::definition_end();
846
847                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
848                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
849                 if (domain->isEmpty())
850                 {
851                   start[0]=0 ;
852                   count[0]=0 ;
853                   startBounds[1]=0 ;
854                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
855                   startBounds[0]=0 ;
856                   countBounds[0]=0 ;
857                 }
858                 else
859                 {
860                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
861                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
862                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
863                   startBounds[1]=0 ;
864                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
865                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
866                 }
867
868                 if (domain->hasLonLat)
869                 {
870                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
871                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
872                   if (domain->hasBounds)
873                   {
874                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
875                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
876                   }
877                 }
878
879                 if (domain->hasArea)
880                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
881
882                 SuperClassWriter::definition_start();
883
884                 break;
885              }
886              default :
887                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
888                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
889                       << " not implemented yet !");
890           }
891         }
892         catch (CNetCdfException& e)
893         {
894           StdString msg("On writing the domain : ");
895           msg.append(domid); msg.append("\n");
896           msg.append("In the context : ");
897           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
898           msg.append(e.what());
899           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
900         }
901         domain->addRelFile(this->filename);
902      }
903      //--------------------------------------------------------------
904
905      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
906      {
907        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
908        axis->checkAttributes();
909        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
910        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
911        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
912                                                              : axis->global_zoom_n;
913        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
914                                                              : axis->global_zoom_begin;
915
916        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
917
918        std::vector<StdString> dims;
919        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
920        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
921        else setWrittenAxis(axisid);
922
923        try
924        {
925          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
926          if (axis->hasValue)
927          {
928            dims.push_back(axisid);
929            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
930
931            if (!axis->name.isEmpty())
932              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
933
934            if (!axis->standard_name.isEmpty())
935              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
936
937            if (!axis->long_name.isEmpty())
938              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
939
940            if (!axis->unit.isEmpty())
941              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
942
943            if (!axis->positive.isEmpty())
944            {
945              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
946              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
947                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
948                                             &axisid);
949            }
950
951            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
952            if (!axis->bounds.isEmpty())
953            {
954              dims.push_back("axis_nbounds");
955              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
956              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
957            }
958
959            SuperClassWriter::definition_end();
960
961            switch (SuperClass::type)
962            {
963              case MULTI_FILE:
964              {
965                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
966                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
967                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
968
969                if (!axis->bounds.isEmpty())
970                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
971
972                SuperClassWriter::definition_start();
973
974                break;
975              }
976              case ONE_FILE:
977              {
978                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
979                axis_value = axis->value_srv;
980
981                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
982                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
983                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
984                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
985                startBounds[1] = 0;
986                countBounds[1] = 2;
987                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
988
989                if (!axis->bounds.isEmpty())
990                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
991
992                SuperClassWriter::definition_start();
993
994                break;
995              }
996              default :
997                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
998                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
999                      << " not implemented yet !");
1000            }
1001          }
1002        }
1003        catch (CNetCdfException& e)
1004        {
1005          StdString msg("On writing the axis : ");
1006          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1007          msg.append("In the context : ");
1008          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1009          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1010          msg.append(e.what());
1011          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1012        }
1013        axis->addRelFile(this->filename);
1014     }
1015
1016      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1017      {
1018        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1019        scalar->checkAttributes();
1020        int scalarSize = 1;
1021
1022        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1023        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1024        else setWrittenAxis(scalaId);
1025
1026        try
1027        {
1028          if (!scalar->value.isEmpty())
1029          {
1030//            dims.push_back(scalaId);
1031            std::vector<StdString> dims;
1032            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, NC_FLOAT, dims);
1033
1034            if (!scalar->name.isEmpty())
1035              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1036
1037            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1038              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1039
1040            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1041              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1042
1043            if (!scalar->unit.isEmpty())
1044              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1045
1046            SuperClassWriter::definition_end();
1047
1048            switch (SuperClass::type)
1049            {
1050              case MULTI_FILE:
1051              {
1052                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1053                scalarValue(0) = scalar->value;
1054                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1055                SuperClassWriter::definition_start();
1056
1057                break;
1058              }
1059              case ONE_FILE:
1060              {
1061                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1062                scalarValue(0) = scalar->value;
1063
1064                std::vector<StdSize> start(1);
1065                std::vector<StdSize> count(1);
1066                start[0] = 0;
1067                count[0] = 1;
1068                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1069                SuperClassWriter::definition_start();
1070
1071                break;
1072              }
1073              default :
1074                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1075                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1076                      << " not implemented yet !");
1077            }
1078          }
1079        }
1080        catch (CNetCdfException& e)
1081        {
1082          StdString msg("On writing the scalar : ");
1083          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1084          msg.append("In the context : ");
1085          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1086          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1087          msg.append(e.what());
1088          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1089        }
1090        scalar->addRelFile(this->filename);
1091     }
1092
1093     //--------------------------------------------------------------
1094
1095     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1096     {
1097       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1098
1099       try
1100       {
1101         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1102         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1103         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1104         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1105         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1106
1107         std::vector<StdString> dims;
1108
1109         if (grid->isCompressible())
1110         {
1111           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1112
1113           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1114           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1115
1116           dims.push_back(varId);
1117           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1118
1119           StdOStringStream compress;
1120           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1121           {
1122             if (2 == axisDomainOrder(i))
1123             {
1124               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1125               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1126               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1127
1128               switch (domain->type)
1129               {
1130                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1131                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1132                   break;
1133                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1134                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1135                   break;
1136                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1137                   compress << "cell" << appendDomId;
1138                   break;
1139               }
1140               ++idxDomain;
1141             }
1142             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1143             {
1144               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1145               compress << axis->getAxisOutputName();
1146               ++idxAxis;
1147             }
1148             else
1149             {
1150               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1151               compress << scalar->getScalarOutputName();
1152               ++idxScalar;
1153             }
1154
1155             if (i != 0) compress << ' ';
1156           }
1157           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1158
1159           grid->computeCompressedIndex();
1160
1161           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1162           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1163           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1164           {
1165             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1166             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1167               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1168           }
1169
1170           switch (SuperClass::type)
1171           {
1172             case (MULTI_FILE):
1173             {
1174               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1175               break;
1176             }
1177             case (ONE_FILE):
1178             {
1179               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1180                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1181
1182               std::vector<StdSize> start, count;
1183               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1184               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1185
1186               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1187               break;
1188             }
1189           }
1190         }
1191         else
1192         {
1193           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1194           {
1195             StdString varId, compress;
1196             CArray<int, 1> indexes;
1197             bool isDistributed;
1198             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1199             int firstGlobalIndex;
1200
1201             if (2 == axisDomainOrder(i))
1202             {
1203               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1204               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1205
1206               if (!domain->isCompressible()
1207                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1208                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1209                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1210                 continue;
1211
1212               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1213
1214               varId = domId + "_points";
1215               switch (domain->type)
1216               {
1217                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1218                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1219                   break;
1220                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1221                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1222                   break;
1223               }
1224
1225               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1226               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1227               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1228                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1229
1230               isDistributed = domain->isDistributed();
1231               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1232               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1233               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1234               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1235
1236               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1237               setWrittenCompressedDomain(domId);
1238               ++idxDomain;
1239             }
1240             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1241             {
1242               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1243               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1244
1245               if (!axis->isCompressible()
1246                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1247                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1248                 continue;
1249
1250               varId = axisId + "_points";
1251               compress = axisId;
1252
1253               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1254               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1255               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1256                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1257
1258               isDistributed = axis->isDistributed();
1259               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1260               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1261               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1262               firstGlobalIndex = axis->begin;
1263
1264               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1265               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1266               ++idxAxis;
1267             }
1268             else
1269             {
1270             }
1271
1272             if (!varId.empty())
1273             {
1274               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1275
1276               dims.clear();
1277               dims.push_back(varId);
1278               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1279
1280               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1281
1282               switch (SuperClass::type)
1283               {
1284                 case (MULTI_FILE):
1285                 {
1286                   indexes -= firstGlobalIndex;
1287                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1288                   break;
1289                 }
1290                 case (ONE_FILE):
1291                 {
1292                   std::vector<StdSize> start, count;
1293                   start.push_back(offset);
1294                   count.push_back(nbIndexes);
1295
1296                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1297                   break;
1298                 }
1299               }
1300             }
1301           }
1302
1303           if (!dims.empty())
1304             grid->computeCompressedIndex();
1305         }
1306
1307         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1308       }
1309       catch (CNetCdfException& e)
1310       {
1311         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1312         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1313         msg.append("In the context : ");
1314         CContext* context = CContext::getCurrent();
1315         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1316         msg.append(e.what());
1317         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1318       }
1319     }
1320
1321     //--------------------------------------------------------------
1322
1323     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1324     {
1325       try
1326       {
1327        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1328       }
1329       catch (CNetCdfException& e)
1330       {
1331         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1332         msg.append("In the context : ");
1333         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1334         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1335         msg.append(e.what());
1336         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1337       }
1338     }
1339
1340      //--------------------------------------------------------------
1341
1342      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1343      {
1344         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1345         CContextServer* server=context->server ;
1346
1347         std::vector<StdString> dims, coodinates;
1348         CGrid* grid = field->grid;
1349         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1350          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1351
1352         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1353         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1354         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1355         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1356         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1357
1358         StdString timeid  = getTimeCounterName();
1359         StdString dimXid,dimYid;
1360         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1361         bool hasArea = false;
1362         StdString cellMeasures = "area:";
1363         bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1364
1365         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1366         {
1367           if (2 == axisDomainOrder(i))
1368           {
1369             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1370             StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1371             StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1372
1373             if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1374             {
1375               dimIdList.push_back(domId + "_points");
1376               field->setUseCompressedOutput();
1377             }
1378
1379             switch (domain->type)
1380             {
1381               case CDomain::type_attr::curvilinear:
1382                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1383                 {
1384                   dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1385                   dimIdList.push_back(dimXid);
1386                   dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1387                   dimIdList.push_back(dimYid);
1388                 }
1389                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1390                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1391                 break ;
1392               case CDomain::type_attr::rectilinear:
1393                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1394                 {
1395                   dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1396                   dimIdList.push_back(dimXid);
1397                   dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1398                   dimIdList.push_back(dimYid);
1399                 }
1400                 break ;
1401               case CDomain::type_attr::unstructured:
1402               {
1403           if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1404           {
1405            dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1406            dimIdList.push_back(dimXid);
1407            dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1408            dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1409          }
1410           else
1411           {
1412            StdString domainName = domain->name;
1413            if (domain->nvertex == 1)
1414            {
1415              dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1416              dimIdList.push_back(dimXid);
1417              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1418              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1419            }
1420            else if (domain->nvertex == 2)
1421            {
1422              dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1423              dimIdList.push_back(dimXid);
1424              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1425              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1426            }
1427            else
1428            {
1429              dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1430              dimIdList.push_back(dimXid);
1431              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1432              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1433            }
1434          }  // ugrid convention
1435        }  // case unstructured domain
1436             }
1437
1438             if (domain->hasArea)
1439             {
1440               hasArea = true;
1441               cellMeasures += " area" + appendDomId;
1442             }
1443             ++idxDomain;
1444           }
1445           else if (1 == axisDomainOrder(i))
1446           {
1447             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1448             StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1449
1450             if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1451             {
1452               dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1453               field->setUseCompressedOutput();
1454             }
1455             else
1456               dimIdList.push_back(axisId);
1457
1458             dimCoordList.push_back(axisId);
1459             ++idxAxis;
1460           }
1461           else // scalar
1462           {
1463             /* Do nothing here */
1464           }
1465         }
1466
1467/*
1468         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1469                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1470                             : lonid;
1471         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1472                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1473                             : latid;
1474*/
1475         StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1476
1477         nc_type type ;
1478         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1479         else
1480         {
1481           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1482           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1483           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1484         }
1485
1486         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1487
1488         if (wtime)
1489         {
1490
1491            //StdOStringStream oss;
1492           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1493           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1494          //oss
1495            if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1496            else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1497            dims.push_back(timeid);
1498         }
1499
1500         if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1501         {
1502           dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1503           field->setUseCompressedOutput();
1504         }
1505         else
1506         {
1507           while (!dimIdList.empty())
1508           {
1509             dims.push_back(dimIdList.back());
1510             dimIdList.pop_back();
1511           }
1512         }
1513
1514         while (!dimCoordList.empty())
1515         {
1516           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1517           dimCoordList.pop_back();
1518         }
1519
1520         try
1521         {
1522           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1523
1524           if (!field->standard_name.isEmpty())
1525              SuperClassWriter::addAttribute
1526                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1527
1528           if (!field->long_name.isEmpty())
1529              SuperClassWriter::addAttribute
1530                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1531
1532           if (!field->unit.isEmpty())
1533              SuperClassWriter::addAttribute
1534                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1535
1536            if (!field->valid_min.isEmpty())
1537              SuperClassWriter::addAttribute
1538                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1539
1540           if (!field->valid_max.isEmpty())
1541              SuperClassWriter::addAttribute
1542                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1543
1544            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1545              SuperClassWriter::addAttribute
1546                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1547
1548             if (!field->add_offset.isEmpty())
1549              SuperClassWriter::addAttribute
1550                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1551
1552           SuperClassWriter::addAttribute
1553                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1554
1555          // write child variables as attributes
1556
1557
1558           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1559           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1560
1561
1562           if (wtime)
1563           {
1564              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1565              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1566              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1567              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1568
1569              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1570              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1571              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1572
1573              StdString cellMethods = "time: ";
1574              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1575              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1576              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1577              else cellMethods += field->operation;
1578              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1579                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1580              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1581           }
1582
1583           if (hasArea)
1584             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1585
1586           if (!field->default_value.isEmpty())
1587           {
1588              double default_value = field->default_value.getValue();
1589              float fdefault_value = (float)default_value;
1590              if (type == NC_DOUBLE)
1591                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1592              else
1593                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1594           }
1595           else
1596              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1597
1598            if (field->compression_level.isEmpty())
1599              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1600            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1601
1602           {  // Ecriture des coordonnes
1603
1604              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1605              std::vector<StdString>::iterator
1606                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1607
1608              for (; itc!= endc; itc++)
1609              {
1610                 StdString & coord = *itc;
1611                 if (itc+1 != endc)
1612                       coordstr.append(coord).append(" ");
1613                 else  coordstr.append(coord);
1614              }
1615
1616              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1617
1618           }
1619         }
1620         catch (CNetCdfException& e)
1621         {
1622           StdString msg("On writing field : ");
1623           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1624           msg.append("In the context : ");
1625           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1626           msg.append(e.what());
1627           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1628         }
1629      } // writeField_()
1630
1631      //--------------------------------------------------------------
1632
1633      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1634      {
1635         StdString filename = file->getFileOutputName();
1636         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1637                               ? file->description.getValue()
1638                               : StdString("Created by xios");
1639
1640         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1641
1642         try
1643         {
1644       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1645             this->writeFileAttributes(filename, description,
1646                                       StdString("CF-1.5"),
1647                                       StdString("An IPSL model"),
1648                                       this->getTimeStamp());
1649           else
1650             this->writeFileAttributes(filename, description,
1651                                       StdString("UGRID"),
1652                                       StdString("An IPSL model"),
1653                                       this->getTimeStamp());
1654
1655
1656           if (!appendMode)
1657             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1658         }
1659         catch (CNetCdfException& e)
1660         {
1661           StdString msg("On writing file : ");
1662           msg.append(filename); msg.append("\n");
1663           msg.append("In the context : ");
1664           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1665           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1666           msg.append(e.what());
1667           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1668         }
1669      }
1670
1671      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1672      {
1673        StdString name = var->getVariableOutputName();
1674
1675        try
1676        {
1677          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1678            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1679          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1680            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1681          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1682            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1683          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1684            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1685          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1686            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1687          else
1688            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1689                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1690        }
1691       catch (CNetCdfException& e)
1692       {
1693         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1694         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1695         msg.append("In the context : ");
1696         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1697         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1698         msg.append(e.what());
1699         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1700       }
1701     }
1702
1703     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1704     {
1705        StdString name = var->getVariableOutputName();
1706
1707        try
1708        {
1709          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1710            addAttribute(name, var->getData<int>());
1711          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1712            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1713          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1714            addAttribute(name, var->getData<float>());
1715          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1716            addAttribute(name, var->getData<double>());
1717          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1718            addAttribute(name, var->getData<string>());
1719          else
1720            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1721                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1722        }
1723       catch (CNetCdfException& e)
1724       {
1725         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1726         msg.append(name); msg.append("\n");
1727         msg.append("In the context : ");
1728         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1729         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1730         msg.append(e.what());
1731         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1732       }
1733     }
1734
1735      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1736      {
1737        try
1738        {
1739          SuperClassWriter::sync() ;
1740        }
1741        catch (CNetCdfException& e)
1742        {
1743         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1744         msg.append("In the context : ");
1745         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1746         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1747         msg.append(e.what());
1748         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1749        }
1750      }
1751
1752      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1753      {
1754        try
1755        {
1756          SuperClassWriter::close() ;
1757        }
1758        catch (CNetCdfException& e)
1759        {
1760         StdString msg("On closing file");
1761         msg.append("In the context : ");
1762         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1763         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1764         msg.append(e.what());
1765         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1766        }
1767
1768      }
1769
1770      //---------------------------------------------------------------
1771
1772      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1773      {
1774         const int buffer_size = 100;
1775         time_t rawtime;
1776         struct tm * timeinfo = NULL;
1777         char buffer [buffer_size];
1778
1779         time ( &rawtime );
1780         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1781         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1782
1783         return (StdString(buffer));
1784      }
1785
1786      //---------------------------------------------------------------
1787
1788      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1789      {
1790        CContext* context = CContext::getCurrent();
1791        CContextServer* server = context->server;
1792        CGrid* grid = field->grid;
1793
1794        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1795          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
1796
1797        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1798
1799        StdOStringStream oss;
1800        string timeAxisId;
1801        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
1802        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
1803
1804        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
1805
1806        StdString timeAxisBoundId;
1807        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
1808        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
1809
1810        if (!field->wasWritten())
1811        {
1812          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty())
1813          {
1814            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv) + 1);
1815          }
1816
1817          field->setWritten();
1818        }
1819
1820
1821        CArray<double,1> time_data(1);
1822        CArray<double,1> time_data_bound(2);
1823        CArray<double,1> time_counter(1);
1824        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1825
1826        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
1827
1828        if (wtime)
1829        {
1830          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
1831          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
1832
1833          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1834            time_data(0) = lastWrite;
1835          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1836            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1837
1838          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1839            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
1840          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1841          {
1842            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
1843            time_data_bound(1) = lastWrite;
1844          }
1845
1846          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1847            time_counter(0) = lastWrite;
1848          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1849            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1850          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1851            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
1852
1853
1854          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1855            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
1856          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1857          {
1858            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
1859            time_counter_bound(1) = lastWrite;
1860          }
1861          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1862            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
1863        }
1864
1865         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
1866
1867         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1868         {
1869           double scaleFactor = 1.0;
1870           double addOffset = 0.0;
1871           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
1872           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
1873           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
1874         }
1875
1876         try
1877         {
1878           size_t writtenSize;
1879           if (field->getUseCompressedOutput())
1880             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
1881           else
1882             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
1883
1884           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
1885           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
1886
1887           if (field->getUseCompressedOutput())
1888             field->outputCompressedField(fieldData);
1889           else
1890             field->outputField(fieldData);
1891
1892           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
1893
1894           switch (SuperClass::type)
1895           {
1896              case (MULTI_FILE) :
1897              {
1898                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
1899                 if (wtime)
1900                 {
1901                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
1902                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
1903                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
1904                   {
1905                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
1906                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
1907                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
1908                   }
1909                 }
1910                 break;
1911              }
1912              case (ONE_FILE) :
1913              {
1914                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
1915                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
1916                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
1917
1918                std::vector<StdSize> start, count;
1919
1920                if (field->getUseCompressedOutput())
1921                {
1922                  if (grid->isCompressible())
1923                  {
1924                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1925                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1926                  }
1927                  else
1928                  {
1929                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1930                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1931                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1932                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
1933                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
1934                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
1935
1936                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1937                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1938
1939
1940                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1941                    {
1942                      if (2 == axisDomainOrder(i))
1943                      {
1944                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1945
1946                        if (domain->isCompressible())
1947                        {
1948                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
1949                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
1950                          idx -= 2;
1951                        }
1952                        else
1953                        {
1954                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
1955                          {
1956                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1957                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1958                          }
1959                          --idx;
1960                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1961                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1962                          --idx;
1963                        }
1964                        --idxDomain;
1965                      }
1966                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
1967                      {
1968                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1969
1970                        if (axis->isCompressible())
1971                        {
1972                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
1973                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
1974                        }
1975                        else
1976                        {
1977                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
1978                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
1979                        }
1980
1981                        --idxAxis;
1982                        --idx;
1983                      }
1984                    }
1985                  }
1986                }
1987                else
1988                {
1989
1990                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1991                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1992                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1993                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
1994                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
1995                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
1996
1997                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1998                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
1999
2000                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2001                  {
2002                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2003                    {
2004                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2005                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2006                      {
2007                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2008                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2009                      }
2010                      --idx ;
2011                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2012                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2013                      --idx ;
2014                      --idxDomain;
2015                    }
2016                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2017                    {
2018                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2019                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2020                      --idx;
2021                    }
2022                    else
2023                    {
2024                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2025                      {
2026                        start.push_back(0);
2027                        count.push_back(1);
2028                      }
2029                      --idx;
2030                    }
2031                  }
2032                }
2033
2034                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2035                if (wtime)
2036                {
2037                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2038                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2039                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2040                   {
2041                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2042                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2043                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2044                   }
2045                }
2046
2047                break;
2048              }
2049            }
2050         }
2051         catch (CNetCdfException& e)
2052         {
2053           StdString msg("On writing field data: ");
2054           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2055           msg.append("In the context : ");
2056           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2057           msg.append(e.what());
2058           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2059         }
2060      }
2061
2062      //---------------------------------------------------------------
2063
2064      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2065                  (CField*    field,
2066                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2067      {
2068         StdOStringStream oss;
2069
2070         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2071
2072//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2073//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2074
2075//         StdString axisid = oss.str();
2076//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2077//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2078
2079         StdString axisid("time_centered") ;
2080         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2081         StdString timeid(getTimeCounterName());
2082         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2083
2084         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2085         {
2086            axisid = "time_instant";
2087            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2088         }
2089
2090         try
2091         {
2092          // Adding time_instant or time_centered
2093           std::vector<StdString> dims;
2094           dims.push_back(timeid);
2095           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2096           {
2097              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2098
2099              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2100              StdOStringStream oss2;
2101  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2102  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2103              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2104              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2105              this->writeTimeAxisAttributes
2106                 (axisid, cal->getType(),
2107                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2108                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2109           }
2110
2111           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2112           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2113           {
2114              dims.clear() ;
2115              dims.push_back(timeid);
2116              dims.push_back(timeBoundId);
2117              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2118           }
2119
2120           if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2121           {
2122             // Adding time_counter
2123             axisid = getTimeCounterName();
2124             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2125             dims.clear();
2126             dims.push_back(timeid);
2127             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2128             {
2129                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2130                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2131
2132                if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2133                {
2134                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2135                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2136
2137                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2138                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2139                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2140                }
2141             }
2142
2143             // Adding time_counter_bound dimension
2144             if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2145             {
2146                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2147                {
2148                  dims.clear();
2149                  dims.push_back(timeid);
2150                  dims.push_back(timeBoundId);
2151                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2152                }
2153             }
2154           }
2155         }
2156         catch (CNetCdfException& e)
2157         {
2158           StdString msg("On writing time axis data: ");
2159           msg.append("In the context : ");
2160           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2161           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2162           msg.append(e.what());
2163           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2164                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2165         }
2166      }
2167
2168      //---------------------------------------------------------------
2169
2170      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2171                                                   const StdString & calendar,
2172                                                   const StdString & units,
2173                                                   const StdString & time_origin,
2174                                                   const StdString & time_bounds,
2175                                                   const StdString & standard_name,
2176                                                   const StdString & long_name)
2177      {
2178         try
2179         {
2180           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2181           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2182           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2183           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2184           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2185           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2186         }
2187         catch (CNetCdfException& e)
2188         {
2189           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2190           msg.append("In the context : ");
2191           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2192           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2193           msg.append(e.what());
2194           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2195                                                          const StdString & calendar,\
2196                                                          const StdString & units, \
2197                                                          const StdString & time_origin, \
2198                                                          const StdString & time_bounds, \
2199                                                          const StdString & standard_name, \
2200                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2201         }
2202      }
2203
2204      //---------------------------------------------------------------
2205
2206      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2207                                               const StdString & axis,
2208                                               const StdString & standard_name,
2209                                               const StdString & long_name,
2210                                               const StdString & units,
2211                                               const StdString & nav_model)
2212      {
2213         try
2214         {
2215          if (!axis.empty())
2216            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2217
2218          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2219          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2220          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2221          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2222         }
2223         catch (CNetCdfException& e)
2224         {
2225           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2226           msg.append("In the context : ");
2227           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2228           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2229           msg.append(e.what());
2230           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2231                                                      const StdString & axis, \
2232                                                      const StdString & standard_name, \
2233                                                      const StdString & long_name, \
2234                                                      const StdString & units, \
2235                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2236         }
2237      }
2238
2239      //---------------------------------------------------------------
2240
2241      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2242         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2243      {
2244        try
2245        {
2246         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2247         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2248         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2249         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2250        }
2251        catch (CNetCdfException& e)
2252        {
2253           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2254           msg.append("In the context : ");
2255           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2256           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2257           msg.append(e.what());
2258           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2259                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2260        }
2261
2262      }
2263
2264      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2265                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2266      {
2267         CArray<int,1> array(2) ;
2268
2269         try
2270         {
2271           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2272           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2273           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2274           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2275           array=ni_glo,nj_glo ;
2276           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2277           array=ni,nj ;
2278           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2279           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2280           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2281           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2282           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2283           array=0,0 ;
2284           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2285           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2286           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2287  /*
2288           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2289           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2290           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2291           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2292  */
2293         }
2294         catch (CNetCdfException& e)
2295         {
2296           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2297           msg.append("In the context : ");
2298           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2299           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2300           msg.append(e.what());
2301           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2302                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2303         }
2304      }
2305      //---------------------------------------------------------------
2306
2307      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2308                                                const StdString & description,
2309                                                const StdString & conventions,
2310                                                const StdString & production,
2311                                                const StdString & timeStamp)
2312      {
2313         try
2314         {
2315           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2316           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2317           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2318           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2319           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2320           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
2321         }
2322         catch (CNetCdfException& e)
2323         {
2324           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2325           msg.append("In the context : ");
2326           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2327           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2328           msg.append(e.what());
2329           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2330                                                const StdString & description, \
2331                                                const StdString & conventions, \
2332                                                const StdString & production, \
2333                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2334         }
2335      }
2336
2337      //---------------------------------------------------------------
2338
2339      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2340                                               int data_dim,
2341                                               int data_ni,
2342                                               int data_nj,
2343                                               int data_ibegin,
2344                                               int data_jbegin)
2345      {
2346         try
2347         {
2348           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2349           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2350           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2351           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2352           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2353         }
2354         catch (CNetCdfException& e)
2355         {
2356           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2357           msg.append("In the context : ");
2358           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2359           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2360           msg.append(e.what());
2361           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2362                                               int data_dim, \
2363                                               int data_ni, \
2364                                               int data_nj, \
2365                                               int data_ibegin, \
2366                                               int data_jbegin)", << msg);
2367         }
2368      }
2369
2370      ///--------------------------------------------------------------
2371
2372      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time)
2373      {
2374        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2375        if (it == timeToRecordCache.end())
2376        {
2377          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2378          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2379            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2380
2381          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2382          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2383
2384          StdSize record = 0;
2385          double dtime(time);
2386          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2387          {
2388            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2389            {
2390              record = n + 1;
2391              break;
2392            }
2393          }
2394          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2395        }
2396        return it->second;
2397      }
2398
2399      ///--------------------------------------------------------------
2400
2401      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2402      {
2403        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2404      }
2405
2406      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2407      {
2408        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2409      }
2410
2411      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2412      {
2413        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2414      }
2415
2416      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2417      {
2418        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2419      }
2420
2421      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2422      {
2423        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2424      }
2425
2426      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2427      {
2428        this->writtenDomains.insert(domainName);
2429      }
2430
2431      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2432      {
2433        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2434      }
2435
2436      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2437      {
2438        this->writtenAxis.insert(axisName);
2439      }
2440
2441      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2442      {
2443        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2444      }
2445
2446      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2447      {
2448        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2449      }
2450} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.