source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 924

Last change on this file since 924 was 924, checked in by oabramkina, 5 years ago

Parallel version of UGRID norms.

The following connectivity parameters have been implemented:

edge_nodes
face_nodes
face_edges
edge_faces
face_faces.

Test with a regular(structured) quadrilateral mesh (test_regular) has been added.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 110.9 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22      {
23    SuperClass::type = MULTI_FILE;
24      }
25
26      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
27         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
28          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
29            : SuperClass()
30            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
31            , comm_file(comm_file)
32            , filename(filename)
33            , isCollective(isCollective)
34      {
35    SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
36      }
37
38      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
39    { /* Ne rien faire de plus */ }
40
41      ///--------------------------------------------------------------
42
43      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
44      {
45         return (this->filename);
46      }
47
48      //---------------------------------------------------------------
49
50      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
51      {
52        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
53        {
54          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
55            writeUnstructuredDomain(domain) ;
56          else
57            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
58          return ;
59        }
60
61         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
62         CContextServer* server=context->server ;
63
64         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
65         domain->checkAttributes();
66
67         if (domain->isEmpty())
68           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
69
70         std::vector<StdString> dim0, dim1;
71         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
72         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
73         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
74         else setWrittenDomain(domid);
75
76
77         StdString dimXid, dimYid ;
78
79         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
80         switch (domain->type)
81         {
82           case CDomain::type_attr::curvilinear :
83             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
84             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
85             break ;
86           case CDomain::type_attr::rectilinear :
87             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
89             break;
90         }
91
92         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
93
94         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
95         string areaId = "area" + appendDomid;
96/*
97         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
98                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
99                             : lonid;
100         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
101                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
102                             : latid;
103*/
104
105         try
106         {
107           switch (SuperClass::type)
108           {
109              case (MULTI_FILE) :
110              {
111  //               if (domain->isEmpty()) return;
112
113                 if (server->intraCommSize > 1)
114                 {
115  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117                 }
118
119                 switch (domain->type)
120                 {
121                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                     break ;
126                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
127                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                     dim0.push_back(dimYid);
130                     dim1.push_back(dimXid);
131                     break;
132                 }
133
134                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
135                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
136
137                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
138                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
139
140                 if (domain->hasBounds)
141                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
142
143                 if (server->intraCommSize > 1)
144                 {
145                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
146                                              domain->zoom_ni_srv,
147                                              domain->zoom_jbegin_srv,
148                                              domain->zoom_nj_srv,
149                                              appendDomid);
150
151                   if (singleDomain)
152                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
153                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
154                                                      domain->zoom_ni_srv,
155                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
156                                                      domain->zoom_nj_srv,
157                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
158                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
159                 }
160
161                 if (domain->hasLonLat)
162                 {
163                   switch (domain->type)
164                   {
165                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
166                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
167                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
168                       break ;
169                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
170                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
172                        break ;
173                   }
174
175                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
176                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
177
178                   if (domain->hasBounds)
179                   {
180                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
181                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
182
183                     dim0.clear();
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim0.push_back(dimXid);
186                     dim0.push_back(dimVertId);
187                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
188                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
189                   }
190                 }
191
192                 dim0.clear();
193                 dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 if (domain->hasArea)
212                 {
213                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
214                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
215                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
216                 }
217
218                 SuperClassWriter::definition_end();
219
220                 if (domain->hasLonLat)
221                 {
222                   switch (domain->type)
223                   {
224                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
225                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
226                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
227                       break;
228                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
229                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
230                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
231                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
232                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
233                       break;
234                   }
235
236                   if (domain->hasBounds)
237                   {
238                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
239                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
240                   }
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 if (domain->hasLonLat)
259                 {
260                   switch (domain->type)
261                   {
262                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
263                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
264                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
265                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
266                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
267                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
268                       break;
269
270                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid);
272                       dim1.push_back(dimXid);
273                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
274                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
275                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
276                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
277                       break;
278                   }
279
280                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
281                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
282
283                   this->writeAxisAttributes
284                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
285                   this->writeAxisAttributes
286                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
287
288                   if (domain->hasBounds)
289                   {
290                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
291                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
292
293                     dim0.clear();
294                     dim0.push_back(dimYid);
295                     dim0.push_back(dimXid);
296                     dim0.push_back(dimVertId);
297                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
298                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
299                   }
300                 }
301
302                 if (domain->hasArea)
303                 {
304                   dim0.clear();
305                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
306                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
307                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
308                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
309                   dim0.clear();
310                 }
311
312                 SuperClassWriter::definition_end();
313
314                 switch (domain->type)
315                 {
316                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
317                   {
318                     std::vector<StdSize> start(2) ;
319                     std::vector<StdSize> count(2) ;
320                     if (domain->isEmpty())
321                     {
322                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
323                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
324                     }
325                     else
326                     {
327                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
328                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
329                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
330                     }
331
332                     if (domain->hasLonLat)
333                     {
334                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
335                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
336                     }
337                     break;
338                   }
339                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
340                   {
341                     if (domain->hasLonLat)
342                     {
343                       std::vector<StdSize> start(1) ;
344                       std::vector<StdSize> count(1) ;
345                       if (domain->isEmpty())
346                       {
347                         start[0]=0 ;
348                         count[0]=0 ;
349                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
350                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
351
352                       }
353                       else
354                       {
355                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
356                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
357                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
358                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
361                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
362                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
363                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
364                       }
365                     }
366                     break;
367                   }
368                 }
369
370                 if (domain->hasBounds)
371                 {
372                   std::vector<StdSize> start(3);
373                   std::vector<StdSize> count(3);
374                   if (domain->isEmpty())
375                   {
376                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
377                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
378                   }
379                   else
380                   {
381                     start[2] = 0;
382                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
383                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
384                     count[2] = domain->nvertex;
385                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
386                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
387                   }
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
391                 }
392
393                 if (domain->hasArea)
394                 {
395                   std::vector<StdSize> start(2);
396                   std::vector<StdSize> count(2);
397
398                   if (domain->isEmpty())
399                   {
400                     start[0] = 0; start[1] = 0;
401                     count[0] = 0; count[1] = 0;
402                   }
403                   else
404                   {
405                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
406                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
407                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
408                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
409                   }
410
411                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
412                 }
413
414                 SuperClassWriter::definition_start();
415                 break;
416              }
417              default :
418                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
419                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
420                       << " not implemented yet !");
421           }
422         }
423         catch (CNetCdfException& e)
424         {
425           StdString msg("On writing the domain : ");
426           msg.append(domid); msg.append("\n");
427           msg.append("In the context : ");
428           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
429           msg.append(e.what());
430           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
431         }
432
433         domain->addRelFile(this->filename);
434      }
435
436    //--------------------------------------------------------------
437
438    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
439    {
440      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
441      CContextServer* server=context->server ;
442
443      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
444      domain->checkAttributes();
445      if (domain->isEmpty())
446        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
447
448      std::vector<StdString> dim0;
449      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
450      StdString domainName = domain->name;
451      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
452      //domain->mesh->createMesh(domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
453      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
454
455      StdString node_x = domainName + "_node_x";
456      StdString node_y = domainName + "_node_y";
457
458      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
459      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
460      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
461
462      StdString face_x = domainName + "_face_x";
463      StdString face_y = domainName + "_face_y";
464      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
465      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
466      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
467      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
468
469      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
470      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
471      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
472      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
473      StdString dimTwo = "Two";
474
475      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
476      if (!isWrittenDomain(domid))
477      {
478        dim0.clear();
479        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
480        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
481        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
482        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
483        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
484      }
485
486      try
487      {
488        switch (SuperClass::type)
489        {
490          case (ONE_FILE) :
491          {
492            // Adding nodes
493            if (domain->nvertex == 1)
494            {
495              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
496              {
497                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
498                dim0.clear();
499                dim0.push_back(dimNode);
500                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
501                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
502                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
503                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
504                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
505                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
506                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
507                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
508              }
509            } // domain->nvertex == 1
510
511            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
512            if (domain->nvertex == 2)
513            {
514              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
515              {
516                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
517                dim0.clear();
518                dim0.push_back(dimNode);
519                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
520                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
521                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
522                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
523                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
524                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
525                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
526                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
527              }
528              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
529              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
530              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
531              dim0.clear();
532              dim0.push_back(dimEdge);
533              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
534              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
535              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
536              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
537              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
538              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
539              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
540              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
541              dim0.clear();
542              dim0.push_back(dimEdge);
543              dim0.push_back(dimTwo);
544              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
545              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
546              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
547              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
548            } // domain->nvertex == 2
549
550            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
551            if (domain->nvertex > 2)
552            {
553              // Nodes
554              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
555              {
556                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
557                dim0.clear();
558                dim0.push_back(dimNode);
559                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
560                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
561                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
562                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
563                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
564                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
565                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
566                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
567              }
568              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
569              {
570                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
571                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
572                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
573                dim0.clear();
574                dim0.push_back(dimEdge);
575                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
576                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
577                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
578                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
579                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
580                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
581                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
582                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
583                dim0.clear();
584                dim0.push_back(dimEdge);
585                dim0.push_back(dimTwo);
586                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
587                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
588                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
589                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
590              }
591              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
592              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
593              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
594              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
595              dim0.clear();
596              dim0.push_back(dimFace);
597              SuperClassWriter::addVariable(face_x, NC_FLOAT, dim0);
598              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
599              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
600              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
601              SuperClassWriter::addVariable(face_y, NC_FLOAT, dim0);
602              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
603              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
604              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
605              dim0.clear();
606              dim0.push_back(dimFace);
607              dim0.push_back(dimVertex);
608              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
609              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
610              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
611              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
612              dim0.clear();
613              dim0.push_back(dimFace);
614              dim0.push_back(dimVertex);
615              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
616              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
617              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
618              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
619              dim0.clear();
620              dim0.push_back(dimEdge);
621              dim0.push_back(dimTwo);
622              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
623              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
624              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
625              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
626              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
627              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
628              dim0.clear();
629              dim0.push_back(dimFace);
630              dim0.push_back(dimVertex);
631              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
632              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
633              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
634              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
635              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
636              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
637            } // domain->nvertex > 2
638
639            SuperClassWriter::definition_end();
640
641            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
642            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
643            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
644            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
645            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
646            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
647            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
648            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
649            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
650            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
651            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
652            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
653
654            if (!isWrittenDomain(domid))
655            {
656              if (domain->nvertex == 1)
657              {
658                if (domain->isEmpty())
659                 {
660                   startNodes[0]=0 ;
661                   countNodes[0]=0 ;
662                 }
663                 else
664                 {
665                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
666                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
667                 }
668
669                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
670                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
671              }
672              else if (domain->nvertex == 2)
673              {
674                if (domain->isEmpty())
675                 {
676                  startEdges[0]=0 ;
677                  countEdges[0]=0 ;
678                  startNodes[0]=0 ;
679                  countNodes[0]=0 ;
680                  startEdgeNodes[0]=0;
681                  startEdgeNodes[1]=0;
682                  countEdgeNodes[0]=0;
683                  countEdgeNodes[1]=0;
684
685                 }
686                 else
687                 {
688                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
689                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
690                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
691                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
692                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
693                   startEdgeNodes[1] = 0;
694                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
695                   countEdgeNodes[1]= 2;
696                 }
697                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
698                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
699                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
700                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
701                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
702              }
703              else
704              {
705                if (domain->isEmpty())
706                 {
707                   startFaces[0] = 0 ;
708                   countFaces[0] = 0 ;
709                   startNodes[0] = 0;
710                   countNodes[0] = 0;
711                   startEdges[0] = 0;
712                   countEdges[0] = 0;
713                   startEdgeFaces[0] = 0;
714                   startEdgeFaces[1] = 0;
715                   countEdgeFaces[0] = 0;
716                   countEdgeFaces[1] = 0;
717                   startFaceConctv[0] = 0;
718                   startFaceConctv[1] = 0;
719                   countFaceConctv[0] = 0;
720                   countFaceConctv[1] = 0;
721                 }
722                 else
723                 {
724                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
725                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
726                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
727                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
728                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
729                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
730                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
731                   startEdgeNodes[1] = 0;
732                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
733                   countEdgeNodes[1]= 2;
734                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
735                   startEdgeFaces[1]= 0;
736                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
737                   countEdgeFaces[1]= 2;
738                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
739                   startFaceConctv[1] = 0;
740                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
741                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
742                 }
743                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
744                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
745                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
746                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
747                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
748                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
749                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
750                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
751                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
752                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
753                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
754              }
755              setWrittenDomain(domid);
756            } // !isWrittenDomain
757            else
758            {
759              if (domain->nvertex == 2)
760              {
761                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
762                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
763                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
764                startEdgeNodes[1] = 0;
765                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
766                countEdgeNodes[1]= 2;
767                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
768                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
769                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
770              } 
771              if (domain->nvertex > 2)
772              {
773
774                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
775                {
776                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
777                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
778                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
779                  startEdgeNodes[1] = 0;
780                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
781                  countEdgeNodes[1]= 2;
782                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
783                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
784                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
785                }
786                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
787                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
788                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
789                startEdgeFaces[1]= 0;
790                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
791                countEdgeFaces[1]= 2;
792                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
793                startFaceConctv[1] = 0;
794                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
795                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
796                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
797                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
798                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
799                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
800                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
801                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
802              }
803            }// isWrittenDomain
804
805            SuperClassWriter::definition_start();
806
807            break;
808          } // ONE_FILE
809
810          case (MULTI_FILE) :
811          {
812            break;
813          }
814
815          default :
816          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
817          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
818          << " not implemented yet !");
819          } // switch
820        } // try
821
822        catch (CNetCdfException& e)
823        {
824          StdString msg("On writing the domain : ");
825          msg.append(domid); msg.append("\n");
826          msg.append("In the context : ");
827          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
828          msg.append(e.what());
829          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
830        }
831
832  domain->addRelFile(this->filename);
833  }
834
835    //--------------------------------------------------------------
836
837    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
838      {
839         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
840         CContextServer* server=context->server ;
841
842         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
843         domain->checkAttributes();
844
845         if (domain->isEmpty())
846           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
847
848         std::vector<StdString> dim0, dim1;
849         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
850         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
851         else setWrittenDomain(domid);
852
853         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
854
855         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
856         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
857
858         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
859         string areaId = "area" + appendDomid;
860
861         try
862         {
863           switch (SuperClass::type)
864           {
865              case (MULTI_FILE) :
866              {
867                 dim0.push_back(dimXid);
868                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
869
870                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
871                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
872                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
873                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
874                 if (domain->hasLonLat)
875                 {
876                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
877                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
878                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
879                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
880                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
881                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
882                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
883                 }
884                 dim0.clear();
885                 if (domain->hasBounds)
886                 {
887                   dim0.push_back(dimXid);
888                   dim0.push_back(dimVertId);
889                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
890                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
891                 }
892
893                 dim0.clear();
894                 dim0.push_back(dimXid);
895                 if (domain->hasArea)
896                 {
897                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
898                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
899                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
900                 }
901
902                 SuperClassWriter::definition_end();
903
904                 if (domain->hasLonLat)
905                 {
906                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
907                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
908                   if (domain->hasBounds)
909                   {
910                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
911                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
912                   }
913                 }
914
915                 if (domain->hasArea)
916                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
917
918                 SuperClassWriter::definition_start();
919                 break ;
920              }
921
922              case (ONE_FILE) :
923              {
924                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
925                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
926                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
927                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
928                 dim0.push_back(dimXid);
929                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
930                 if (domain->hasLonLat)
931                 {
932                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
933                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
934
935                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
936                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
937                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
938                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
939                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
940                 }
941                 dim0.clear();
942
943                 if (domain->hasBounds)
944                 {
945                   dim0.push_back(dimXid);
946                   dim0.push_back(dimVertId);
947                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
948                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
949                 }
950
951                 if (domain->hasArea)
952                 {
953                   dim0.clear();
954                   dim0.push_back(dimXid);
955                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
956                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
957                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
958                 }
959
960                 SuperClassWriter::definition_end();
961
962                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
963                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
964                 if (domain->isEmpty())
965                 {
966                   start[0]=0 ;
967                   count[0]=0 ;
968                   startBounds[1]=0 ;
969                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
970                   startBounds[0]=0 ;
971                   countBounds[0]=0 ;
972                 }
973                 else
974                 {
975                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
976                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
977                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
978                   startBounds[1]=0 ;
979                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
980                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
981                 }
982
983                 if (domain->hasLonLat)
984                 {
985                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
986                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
987                   if (domain->hasBounds)
988                   {
989                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
990                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
991                   }
992                 }
993
994                 if (domain->hasArea)
995                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
996
997                 SuperClassWriter::definition_start();
998
999                 break;
1000              }
1001              default :
1002                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1003                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1004                       << " not implemented yet !");
1005           }
1006         }
1007         catch (CNetCdfException& e)
1008         {
1009           StdString msg("On writing the domain : ");
1010           msg.append(domid); msg.append("\n");
1011           msg.append("In the context : ");
1012           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1013           msg.append(e.what());
1014           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1015         }
1016         domain->addRelFile(this->filename);
1017      }
1018      //--------------------------------------------------------------
1019
1020      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1021      {
1022        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1023        axis->checkAttributes();
1024        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1025        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1026        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1027                                                              : axis->global_zoom_n;
1028        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
1029                                                              : axis->global_zoom_begin;
1030
1031        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1032
1033        std::vector<StdString> dims;
1034        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1035        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1036        else setWrittenAxis(axisid);
1037
1038        try
1039        {
1040          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1041          if (axis->hasValue)
1042          {
1043            dims.push_back(axisid);
1044            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
1045
1046            if (!axis->name.isEmpty())
1047              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1048
1049            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1050              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1051
1052            if (!axis->long_name.isEmpty())
1053              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1054
1055            if (!axis->unit.isEmpty())
1056              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1057
1058            if (!axis->positive.isEmpty())
1059            {
1060              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1061              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1062                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1063                                             &axisid);
1064            }
1065
1066            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1067            if (!axis->bounds.isEmpty())
1068            {
1069              dims.push_back("axis_nbounds");
1070              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
1071              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1072            }
1073
1074            SuperClassWriter::definition_end();
1075
1076            switch (SuperClass::type)
1077            {
1078              case MULTI_FILE:
1079              {
1080                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1081                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1082                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1083
1084                if (!axis->bounds.isEmpty())
1085                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1086
1087                SuperClassWriter::definition_start();
1088
1089                break;
1090              }
1091              case ONE_FILE:
1092              {
1093                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1094                axis_value = axis->value_srv;
1095
1096                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1097                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1098                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
1099                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1100                startBounds[1] = 0;
1101                countBounds[1] = 2;
1102                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1103
1104                if (!axis->bounds.isEmpty())
1105                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1106
1107                SuperClassWriter::definition_start();
1108
1109                break;
1110              }
1111              default :
1112                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1113                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1114                      << " not implemented yet !");
1115            }
1116          }
1117        }
1118        catch (CNetCdfException& e)
1119        {
1120          StdString msg("On writing the axis : ");
1121          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1122          msg.append("In the context : ");
1123          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1124          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1125          msg.append(e.what());
1126          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1127        }
1128        axis->addRelFile(this->filename);
1129     }
1130
1131      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1132      {
1133        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1134        scalar->checkAttributes();
1135        int scalarSize = 1;
1136
1137        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1138        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1139        else setWrittenAxis(scalaId);
1140
1141        try
1142        {
1143          if (!scalar->value.isEmpty())
1144          {
1145//            dims.push_back(scalaId);
1146            std::vector<StdString> dims;
1147            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, NC_FLOAT, dims);
1148
1149            if (!scalar->name.isEmpty())
1150              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1151
1152            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1153              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1154
1155            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1156              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1157
1158            if (!scalar->unit.isEmpty())
1159              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1160
1161            SuperClassWriter::definition_end();
1162
1163            switch (SuperClass::type)
1164            {
1165              case MULTI_FILE:
1166              {
1167                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1168                scalarValue(0) = scalar->value;
1169                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1170                SuperClassWriter::definition_start();
1171
1172                break;
1173              }
1174              case ONE_FILE:
1175              {
1176                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1177                scalarValue(0) = scalar->value;
1178
1179                std::vector<StdSize> start(1);
1180                std::vector<StdSize> count(1);
1181                start[0] = 0;
1182                count[0] = 1;
1183                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1184                SuperClassWriter::definition_start();
1185
1186                break;
1187              }
1188              default :
1189                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1190                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1191                      << " not implemented yet !");
1192            }
1193          }
1194        }
1195        catch (CNetCdfException& e)
1196        {
1197          StdString msg("On writing the scalar : ");
1198          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1199          msg.append("In the context : ");
1200          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1201          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1202          msg.append(e.what());
1203          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1204        }
1205        scalar->addRelFile(this->filename);
1206     }
1207
1208     //--------------------------------------------------------------
1209
1210     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1211     {
1212       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1213
1214       try
1215       {
1216         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1217         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1218         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1219         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1220         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1221
1222         std::vector<StdString> dims;
1223
1224         if (grid->isCompressible())
1225         {
1226           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1227
1228           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1229           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1230
1231           dims.push_back(varId);
1232           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1233
1234           StdOStringStream compress;
1235           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1236           {
1237             if (2 == axisDomainOrder(i))
1238             {
1239               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1240               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1241               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1242
1243               switch (domain->type)
1244               {
1245                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1246                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1247                   break;
1248                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1249                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1250                   break;
1251                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1252                   compress << "cell" << appendDomId;
1253                   break;
1254               }
1255               ++idxDomain;
1256             }
1257             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1258             {
1259               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1260               compress << axis->getAxisOutputName();
1261               ++idxAxis;
1262             }
1263             else
1264             {
1265               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1266               compress << scalar->getScalarOutputName();
1267               ++idxScalar;
1268             }
1269
1270             if (i != 0) compress << ' ';
1271           }
1272           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1273
1274           grid->computeCompressedIndex();
1275
1276           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1277           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1278           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1279           {
1280             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1281             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1282               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1283           }
1284
1285           switch (SuperClass::type)
1286           {
1287             case (MULTI_FILE):
1288             {
1289               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1290               break;
1291             }
1292             case (ONE_FILE):
1293             {
1294               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1295                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1296
1297               std::vector<StdSize> start, count;
1298               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1299               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1300
1301               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1302               break;
1303             }
1304           }
1305         }
1306         else
1307         {
1308           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1309           {
1310             StdString varId, compress;
1311             CArray<int, 1> indexes;
1312             bool isDistributed;
1313             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1314             int firstGlobalIndex;
1315
1316             if (2 == axisDomainOrder(i))
1317             {
1318               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1319               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1320
1321               if (!domain->isCompressible()
1322                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1323                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1324                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1325                 continue;
1326
1327               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1328
1329               varId = domId + "_points";
1330               switch (domain->type)
1331               {
1332                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1333                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1334                   break;
1335                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1336                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1337                   break;
1338               }
1339
1340               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1341               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1342               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1343                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1344
1345               isDistributed = domain->isDistributed();
1346               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1347               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1348               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1349               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1350
1351               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1352               setWrittenCompressedDomain(domId);
1353               ++idxDomain;
1354             }
1355             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1356             {
1357               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1358               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1359
1360               if (!axis->isCompressible()
1361                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1362                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1363                 continue;
1364
1365               varId = axisId + "_points";
1366               compress = axisId;
1367
1368               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1369               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1370               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1371                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1372
1373               isDistributed = axis->isDistributed();
1374               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1375               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1376               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1377               firstGlobalIndex = axis->begin;
1378
1379               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1380               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1381               ++idxAxis;
1382             }
1383             else
1384             {
1385             }
1386
1387             if (!varId.empty())
1388             {
1389               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1390
1391               dims.clear();
1392               dims.push_back(varId);
1393               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1394
1395               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1396
1397               switch (SuperClass::type)
1398               {
1399                 case (MULTI_FILE):
1400                 {
1401                   indexes -= firstGlobalIndex;
1402                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1403                   break;
1404                 }
1405                 case (ONE_FILE):
1406                 {
1407                   std::vector<StdSize> start, count;
1408                   start.push_back(offset);
1409                   count.push_back(nbIndexes);
1410
1411                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1412                   break;
1413                 }
1414               }
1415             }
1416           }
1417
1418           if (!dims.empty())
1419             grid->computeCompressedIndex();
1420         }
1421
1422         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1423       }
1424       catch (CNetCdfException& e)
1425       {
1426         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1427         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1428         msg.append("In the context : ");
1429         CContext* context = CContext::getCurrent();
1430         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1431         msg.append(e.what());
1432         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1433       }
1434     }
1435
1436     //--------------------------------------------------------------
1437
1438     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1439     {
1440       try
1441       {
1442        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1443       }
1444       catch (CNetCdfException& e)
1445       {
1446         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1447         msg.append("In the context : ");
1448         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1449         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1450         msg.append(e.what());
1451         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1452       }
1453     }
1454
1455      //--------------------------------------------------------------
1456
1457      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1458      {
1459         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1460         CContextServer* server=context->server ;
1461
1462         std::vector<StdString> dims, coodinates;
1463         CGrid* grid = field->grid;
1464         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1465          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1466
1467         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1468         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1469         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1470         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1471         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1472
1473         StdString timeid  = getTimeCounterName();
1474         StdString dimXid,dimYid;
1475         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1476         bool hasArea = false;
1477         StdString cellMeasures = "area:";
1478         bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1479
1480         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1481         {
1482           if (2 == axisDomainOrder(i))
1483           {
1484             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1485             StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1486             StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1487
1488             if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1489             {
1490               dimIdList.push_back(domId + "_points");
1491               field->setUseCompressedOutput();
1492             }
1493
1494             switch (domain->type)
1495             {
1496               case CDomain::type_attr::curvilinear:
1497                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1498                 {
1499                   dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1500                   dimIdList.push_back(dimXid);
1501                   dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1502                   dimIdList.push_back(dimYid);
1503                 }
1504                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1505                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1506                 break ;
1507               case CDomain::type_attr::rectilinear:
1508                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1509                 {
1510                   dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1511                   dimIdList.push_back(dimXid);
1512                   dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1513                   dimIdList.push_back(dimYid);
1514                 }
1515                 break ;
1516               case CDomain::type_attr::unstructured:
1517               {
1518           if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1519           {
1520            dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1521            dimIdList.push_back(dimXid);
1522            dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1523            dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1524          }
1525           else
1526           {
1527            StdString domainName = domain->name;
1528            if (domain->nvertex == 1)
1529            {
1530              dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1531              dimIdList.push_back(dimXid);
1532              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1533              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1534            }
1535            else if (domain->nvertex == 2)
1536            {
1537              dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1538              dimIdList.push_back(dimXid);
1539              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1540              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1541            }
1542            else
1543            {
1544              dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1545              dimIdList.push_back(dimXid);
1546              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1547              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1548            }
1549          }  // ugrid convention
1550        }  // case unstructured domain
1551             }
1552
1553             if (domain->hasArea)
1554             {
1555               hasArea = true;
1556               cellMeasures += " area" + appendDomId;
1557             }
1558             ++idxDomain;
1559           }
1560           else if (1 == axisDomainOrder(i))
1561           {
1562             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1563             StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1564
1565             if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1566             {
1567               dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1568               field->setUseCompressedOutput();
1569             }
1570             else
1571               dimIdList.push_back(axisId);
1572
1573             dimCoordList.push_back(axisId);
1574             ++idxAxis;
1575           }
1576           else // scalar
1577           {
1578             /* Do nothing here */
1579           }
1580         }
1581
1582/*
1583         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1584                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1585                             : lonid;
1586         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1587                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1588                             : latid;
1589*/
1590         StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1591
1592         nc_type type ;
1593         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1594         else
1595         {
1596           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1597           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1598           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1599         }
1600
1601         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1602
1603         if (wtime)
1604         {
1605
1606            //StdOStringStream oss;
1607           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1608           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1609          //oss
1610            if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1611            else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1612            dims.push_back(timeid);
1613         }
1614
1615         if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1616         {
1617           dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1618           field->setUseCompressedOutput();
1619         }
1620         else
1621         {
1622           while (!dimIdList.empty())
1623           {
1624             dims.push_back(dimIdList.back());
1625             dimIdList.pop_back();
1626           }
1627         }
1628
1629         while (!dimCoordList.empty())
1630         {
1631           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1632           dimCoordList.pop_back();
1633         }
1634
1635         try
1636         {
1637           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1638
1639           if (!field->standard_name.isEmpty())
1640              SuperClassWriter::addAttribute
1641                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1642
1643           if (!field->long_name.isEmpty())
1644              SuperClassWriter::addAttribute
1645                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1646
1647           if (!field->unit.isEmpty())
1648              SuperClassWriter::addAttribute
1649                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1650
1651            if (!field->valid_min.isEmpty())
1652              SuperClassWriter::addAttribute
1653                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1654
1655           if (!field->valid_max.isEmpty())
1656              SuperClassWriter::addAttribute
1657                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1658
1659            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1660              SuperClassWriter::addAttribute
1661                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1662
1663             if (!field->add_offset.isEmpty())
1664              SuperClassWriter::addAttribute
1665                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1666
1667           SuperClassWriter::addAttribute
1668                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1669
1670          // write child variables as attributes
1671
1672
1673           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1674           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1675
1676
1677           if (wtime)
1678           {
1679              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1680              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1681              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1682              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1683
1684              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1685              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1686              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1687
1688              StdString cellMethods = "time: ";
1689              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1690              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1691              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1692              else cellMethods += field->operation;
1693              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1694                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1695              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1696           }
1697
1698           if (hasArea)
1699             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1700
1701           if (!field->default_value.isEmpty())
1702           {
1703              double default_value = field->default_value.getValue();
1704              float fdefault_value = (float)default_value;
1705              if (type == NC_DOUBLE)
1706                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1707              else
1708                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1709           }
1710           else
1711              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1712
1713            if (field->compression_level.isEmpty())
1714              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1715            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1716
1717           {  // Ecriture des coordonnes
1718
1719              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1720              std::vector<StdString>::iterator
1721                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1722
1723              for (; itc!= endc; itc++)
1724              {
1725                 StdString & coord = *itc;
1726                 if (itc+1 != endc)
1727                       coordstr.append(coord).append(" ");
1728                 else  coordstr.append(coord);
1729              }
1730
1731              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1732
1733           }
1734         }
1735         catch (CNetCdfException& e)
1736         {
1737           StdString msg("On writing field : ");
1738           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1739           msg.append("In the context : ");
1740           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1741           msg.append(e.what());
1742           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1743         }
1744      } // writeField_()
1745
1746      //--------------------------------------------------------------
1747
1748      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1749      {
1750         StdString filename = file->getFileOutputName();
1751         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1752                               ? file->description.getValue()
1753                               : StdString("Created by xios");
1754
1755         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1756
1757         try
1758         {
1759       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1760             this->writeFileAttributes(filename, description,
1761                                       StdString("CF-1.5"),
1762                                       StdString("An IPSL model"),
1763                                       this->getTimeStamp());
1764           else
1765             this->writeFileAttributes(filename, description,
1766                                       StdString("UGRID"),
1767                                       StdString("An IPSL model"),
1768                                       this->getTimeStamp());
1769
1770
1771           if (!appendMode)
1772             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1773         }
1774         catch (CNetCdfException& e)
1775         {
1776           StdString msg("On writing file : ");
1777           msg.append(filename); msg.append("\n");
1778           msg.append("In the context : ");
1779           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1780           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1781           msg.append(e.what());
1782           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1783         }
1784      }
1785
1786      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1787      {
1788        StdString name = var->getVariableOutputName();
1789
1790        try
1791        {
1792          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1793            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1794          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1795            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1796          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1797            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1798          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1799            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1800          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1801            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1802          else
1803            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1804                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1805        }
1806       catch (CNetCdfException& e)
1807       {
1808         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1809         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1810         msg.append("In the context : ");
1811         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1812         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1813         msg.append(e.what());
1814         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1815       }
1816     }
1817
1818     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1819     {
1820        StdString name = var->getVariableOutputName();
1821
1822        try
1823        {
1824          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1825            addAttribute(name, var->getData<int>());
1826          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1827            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1828          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1829            addAttribute(name, var->getData<float>());
1830          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1831            addAttribute(name, var->getData<double>());
1832          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1833            addAttribute(name, var->getData<string>());
1834          else
1835            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1836                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1837        }
1838       catch (CNetCdfException& e)
1839       {
1840         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1841         msg.append(name); msg.append("\n");
1842         msg.append("In the context : ");
1843         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1844         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1845         msg.append(e.what());
1846         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1847       }
1848     }
1849
1850      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1851      {
1852        try
1853        {
1854          SuperClassWriter::sync() ;
1855        }
1856        catch (CNetCdfException& e)
1857        {
1858         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1859         msg.append("In the context : ");
1860         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1861         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1862         msg.append(e.what());
1863         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1864        }
1865      }
1866
1867      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1868      {
1869        try
1870        {
1871          SuperClassWriter::close() ;
1872        }
1873        catch (CNetCdfException& e)
1874        {
1875         StdString msg("On closing file");
1876         msg.append("In the context : ");
1877         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1878         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1879         msg.append(e.what());
1880         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1881        }
1882
1883      }
1884
1885      //---------------------------------------------------------------
1886
1887      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1888      {
1889         const int buffer_size = 100;
1890         time_t rawtime;
1891         struct tm * timeinfo = NULL;
1892         char buffer [buffer_size];
1893
1894         time ( &rawtime );
1895         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1896         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1897
1898         return (StdString(buffer));
1899      }
1900
1901      //---------------------------------------------------------------
1902
1903      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1904      {
1905        CContext* context = CContext::getCurrent();
1906        CContextServer* server = context->server;
1907        CGrid* grid = field->grid;
1908
1909        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1910          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
1911
1912        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1913
1914        StdOStringStream oss;
1915        string timeAxisId;
1916        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
1917        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
1918
1919        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
1920
1921        StdString timeAxisBoundId;
1922        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
1923        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
1924
1925        if (!field->wasWritten())
1926        {
1927          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty())
1928          {
1929            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv) + 1);
1930          }
1931
1932          field->setWritten();
1933        }
1934
1935
1936        CArray<double,1> time_data(1);
1937        CArray<double,1> time_data_bound(2);
1938        CArray<double,1> time_counter(1);
1939        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1940
1941        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
1942
1943        if (wtime)
1944        {
1945          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
1946          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
1947
1948          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1949            time_data(0) = lastWrite;
1950          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1951            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1952
1953          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1954            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
1955          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1956          {
1957            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
1958            time_data_bound(1) = lastWrite;
1959          }
1960
1961          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1962            time_counter(0) = lastWrite;
1963          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1964            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1965          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1966            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
1967
1968
1969          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1970            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
1971          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1972          {
1973            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
1974            time_counter_bound(1) = lastWrite;
1975          }
1976          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1977            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
1978        }
1979
1980         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
1981
1982         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1983         {
1984           double scaleFactor = 1.0;
1985           double addOffset = 0.0;
1986           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
1987           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
1988           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
1989         }
1990
1991         try
1992         {
1993           size_t writtenSize;
1994           if (field->getUseCompressedOutput())
1995             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
1996           else
1997             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
1998
1999           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2000           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2001
2002           if (field->getUseCompressedOutput())
2003             field->outputCompressedField(fieldData);
2004           else
2005             field->outputField(fieldData);
2006
2007           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2008
2009           switch (SuperClass::type)
2010           {
2011              case (MULTI_FILE) :
2012              {
2013                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2014                 if (wtime)
2015                 {
2016                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2017                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2018                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2019                   {
2020                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2021                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2022                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2023                   }
2024                 }
2025                 break;
2026              }
2027              case (ONE_FILE) :
2028              {
2029                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2030                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2031                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2032
2033                std::vector<StdSize> start, count;
2034
2035                if (field->getUseCompressedOutput())
2036                {
2037                  if (grid->isCompressible())
2038                  {
2039                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2040                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2041                  }
2042                  else
2043                  {
2044                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2045                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2046                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2047                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2048                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2049                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2050
2051                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2052                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2053
2054
2055                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2056                    {
2057                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2058                      {
2059                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2060
2061                        if (domain->isCompressible())
2062                        {
2063                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2064                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2065                          idx -= 2;
2066                        }
2067                        else
2068                        {
2069                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2070                          {
2071                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2072                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2073                          }
2074                          --idx;
2075                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2076                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2077                          --idx;
2078                        }
2079                        --idxDomain;
2080                      }
2081                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2082                      {
2083                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2084
2085                        if (axis->isCompressible())
2086                        {
2087                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2088                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2089                        }
2090                        else
2091                        {
2092                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2093                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2094                        }
2095
2096                        --idxAxis;
2097                        --idx;
2098                      }
2099                    }
2100                  }
2101                }
2102                else
2103                {
2104
2105                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2106                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2107                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2108                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2109                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2110                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2111
2112                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2113                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2114
2115                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2116                  {
2117                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2118                    {
2119                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2120                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2121                      {
2122                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2123                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2124                      }
2125                      --idx ;
2126                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2127                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2128                      --idx ;
2129                      --idxDomain;
2130                    }
2131                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2132                    {
2133                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2134                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2135                      --idx;
2136                    }
2137                    else
2138                    {
2139                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2140                      {
2141                        start.push_back(0);
2142                        count.push_back(1);
2143                      }
2144                      --idx;
2145                    }
2146                  }
2147                }
2148
2149                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2150                if (wtime)
2151                {
2152                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2153                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2154                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2155                   {
2156                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2157                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2158                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2159                   }
2160                }
2161
2162                break;
2163              }
2164            }
2165         }
2166         catch (CNetCdfException& e)
2167         {
2168           StdString msg("On writing field data: ");
2169           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2170           msg.append("In the context : ");
2171           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2172           msg.append(e.what());
2173           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2174         }
2175      }
2176
2177      //---------------------------------------------------------------
2178
2179      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2180                  (CField*    field,
2181                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2182      {
2183         StdOStringStream oss;
2184
2185         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2186
2187//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2188//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2189
2190//         StdString axisid = oss.str();
2191//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2192//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2193
2194         StdString axisid("time_centered") ;
2195         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2196         StdString timeid(getTimeCounterName());
2197         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2198
2199         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2200         {
2201            axisid = "time_instant";
2202            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2203         }
2204
2205         try
2206         {
2207          // Adding time_instant or time_centered
2208           std::vector<StdString> dims;
2209           dims.push_back(timeid);
2210           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2211           {
2212              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2213
2214              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2215              StdOStringStream oss2;
2216  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2217  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2218              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2219              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2220              this->writeTimeAxisAttributes
2221                 (axisid, cal->getType(),
2222                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2223                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2224           }
2225
2226           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2227           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2228           {
2229              dims.clear() ;
2230              dims.push_back(timeid);
2231              dims.push_back(timeBoundId);
2232              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2233           }
2234
2235           if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2236           {
2237             // Adding time_counter
2238             axisid = getTimeCounterName();
2239             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2240             dims.clear();
2241             dims.push_back(timeid);
2242             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2243             {
2244                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2245                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2246
2247                if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2248                {
2249                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2250                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2251
2252                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2253                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2254                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2255                }
2256             }
2257
2258             // Adding time_counter_bound dimension
2259             if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2260             {
2261                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2262                {
2263                  dims.clear();
2264                  dims.push_back(timeid);
2265                  dims.push_back(timeBoundId);
2266                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2267                }
2268             }
2269           }
2270         }
2271         catch (CNetCdfException& e)
2272         {
2273           StdString msg("On writing time axis data: ");
2274           msg.append("In the context : ");
2275           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2276           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2277           msg.append(e.what());
2278           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2279                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2280         }
2281      }
2282
2283      //---------------------------------------------------------------
2284
2285      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2286                                                   const StdString & calendar,
2287                                                   const StdString & units,
2288                                                   const StdString & time_origin,
2289                                                   const StdString & time_bounds,
2290                                                   const StdString & standard_name,
2291                                                   const StdString & long_name)
2292      {
2293         try
2294         {
2295           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2296           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2297           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2298           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2299           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2300           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2301         }
2302         catch (CNetCdfException& e)
2303         {
2304           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2305           msg.append("In the context : ");
2306           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2307           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2308           msg.append(e.what());
2309           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2310                                                          const StdString & calendar,\
2311                                                          const StdString & units, \
2312                                                          const StdString & time_origin, \
2313                                                          const StdString & time_bounds, \
2314                                                          const StdString & standard_name, \
2315                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2316         }
2317      }
2318
2319      //---------------------------------------------------------------
2320
2321      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2322                                               const StdString & axis,
2323                                               const StdString & standard_name,
2324                                               const StdString & long_name,
2325                                               const StdString & units,
2326                                               const StdString & nav_model)
2327      {
2328         try
2329         {
2330          if (!axis.empty())
2331            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2332
2333          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2334          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2335          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2336          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2337         }
2338         catch (CNetCdfException& e)
2339         {
2340           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2341           msg.append("In the context : ");
2342           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2343           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2344           msg.append(e.what());
2345           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2346                                                      const StdString & axis, \
2347                                                      const StdString & standard_name, \
2348                                                      const StdString & long_name, \
2349                                                      const StdString & units, \
2350                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2351         }
2352      }
2353
2354      //---------------------------------------------------------------
2355
2356      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2357         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2358      {
2359        try
2360        {
2361         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2362         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2363         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2364         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2365        }
2366        catch (CNetCdfException& e)
2367        {
2368           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2369           msg.append("In the context : ");
2370           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2371           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2372           msg.append(e.what());
2373           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2374                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2375        }
2376
2377      }
2378
2379      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2380                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2381      {
2382         CArray<int,1> array(2) ;
2383
2384         try
2385         {
2386           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2387           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2388           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2389           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2390           array=ni_glo,nj_glo ;
2391           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2392           array=ni,nj ;
2393           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2394           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2395           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2396           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2397           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2398           array=0,0 ;
2399           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2400           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2401           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2402  /*
2403           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2404           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2405           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2406           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2407  */
2408         }
2409         catch (CNetCdfException& e)
2410         {
2411           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2412           msg.append("In the context : ");
2413           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2414           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2415           msg.append(e.what());
2416           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2417                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2418         }
2419      }
2420      //---------------------------------------------------------------
2421
2422      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2423                                                const StdString & description,
2424                                                const StdString & conventions,
2425                                                const StdString & production,
2426                                                const StdString & timeStamp)
2427      {
2428         try
2429         {
2430           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2431           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2432           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2433           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2434           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2435           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
2436         }
2437         catch (CNetCdfException& e)
2438         {
2439           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2440           msg.append("In the context : ");
2441           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2442           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2443           msg.append(e.what());
2444           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2445                                                const StdString & description, \
2446                                                const StdString & conventions, \
2447                                                const StdString & production, \
2448                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2449         }
2450      }
2451
2452      //---------------------------------------------------------------
2453
2454      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2455                                               int data_dim,
2456                                               int data_ni,
2457                                               int data_nj,
2458                                               int data_ibegin,
2459                                               int data_jbegin)
2460      {
2461         try
2462         {
2463           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2464           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2465           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2466           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2467           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2468         }
2469         catch (CNetCdfException& e)
2470         {
2471           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2472           msg.append("In the context : ");
2473           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2474           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2475           msg.append(e.what());
2476           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2477                                               int data_dim, \
2478                                               int data_ni, \
2479                                               int data_nj, \
2480                                               int data_ibegin, \
2481                                               int data_jbegin)", << msg);
2482         }
2483      }
2484
2485      ///--------------------------------------------------------------
2486
2487      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time)
2488      {
2489        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2490        if (it == timeToRecordCache.end())
2491        {
2492          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2493          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2494            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2495
2496          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2497          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2498
2499          StdSize record = 0;
2500          double dtime(time);
2501          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2502          {
2503            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2504            {
2505              record = n + 1;
2506              break;
2507            }
2508          }
2509          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2510        }
2511        return it->second;
2512      }
2513
2514      ///--------------------------------------------------------------
2515
2516      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2517      {
2518        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2519      }
2520
2521      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2522      {
2523        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2524      }
2525
2526      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2527      {
2528        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2529      }
2530
2531      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2532      {
2533        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2534      }
2535
2536      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2537      {
2538        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2539      }
2540
2541      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2542      {
2543        this->writtenDomains.insert(domainName);
2544      }
2545
2546      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2547      {
2548        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2549      }
2550
2551      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2552      {
2553        this->writtenAxis.insert(axisName);
2554      }
2555
2556      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2557      {
2558        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2559      }
2560
2561      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2562      {
2563        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2564      }
2565} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.