source: XIOS/trunk/src/io/nc4_data_output.cpp @ 929

Last change on this file since 929 was 929, checked in by oabramkina, 5 years ago

Mesh connectivity:

Fixing a bug for UGRID in case meshes containing cells with different number of vertexes.

Function for determining face neighbors of a local domain added.

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 111.1 KB
Line 
1#include "nc4_data_output.hpp"
2
3#include <boost/lexical_cast.hpp>
4#include "attribute_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6
7#include "file.hpp"
8#include "calendar.hpp"
9#include "context.hpp"
10#include "context_server.hpp"
11#include "netCdfException.hpp"
12#include "exception.hpp"
13
14namespace xios
15{
16      /// ////////////////////// Dfinitions ////////////////////// ///
17      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
18         (const StdString & filename, bool exist)
19            : SuperClass()
20            , SuperClassWriter(filename, exist)
21            , filename(filename)
22      {
23    SuperClass::type = MULTI_FILE;
24      }
25
26      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
27         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat, bool useCFConvention,
28          MPI_Comm comm_file, bool multifile, bool isCollective, const StdString& timeCounterName)
29            : SuperClass()
30            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, useCFConvention, &comm_file, multifile, timeCounterName)
31            , comm_file(comm_file)
32            , filename(filename)
33            , isCollective(isCollective)
34      {
35    SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
36      }
37
38      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
39    { /* Ne rien faire de plus */ }
40
41      ///--------------------------------------------------------------
42
43      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
44      {
45         return (this->filename);
46      }
47
48      //---------------------------------------------------------------
49
50      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
51      {
52        if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
53        {
54          if (SuperClassWriter::useCFConvention)
55            writeUnstructuredDomain(domain) ;
56          else
57            writeUnstructuredDomainUgrid(domain) ;
58          return ;
59        }
60
61         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
62         CContextServer* server=context->server ;
63
64         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
65         domain->checkAttributes();
66
67         if (domain->isEmpty())
68           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return;
69
70         std::vector<StdString> dim0, dim1;
71         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
72         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
73         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
74         else setWrittenDomain(domid);
75
76
77         StdString dimXid, dimYid ;
78
79         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::rectilinear);
80         switch (domain->type)
81         {
82           case CDomain::type_attr::curvilinear :
83             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
84             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
85             break ;
86           case CDomain::type_attr::rectilinear :
87             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
88             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
89             break;
90         }
91
92         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
93
94         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
95         string areaId = "area" + appendDomid;
96/*
97         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
98                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
99                             : lonid;
100         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
101                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
102                             : latid;
103*/
104
105         try
106         {
107           switch (SuperClass::type)
108           {
109              case (MULTI_FILE) :
110              {
111  //               if (domain->isEmpty()) return;
112
113                 if (server->intraCommSize > 1)
114                 {
115  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
116  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
117                 }
118
119                 switch (domain->type)
120                 {
121                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
122                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
123                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
124                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
125                     break ;
126                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
127                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
128                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
129                     dim0.push_back(dimYid);
130                     dim1.push_back(dimXid);
131                     break;
132                 }
133
134                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
135                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
136
137                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
138                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
139
140                 if (domain->hasBounds)
141                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
142
143                 if (server->intraCommSize > 1)
144                 {
145                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
146                                              domain->zoom_ni_srv,
147                                              domain->zoom_jbegin_srv,
148                                              domain->zoom_nj_srv,
149                                              appendDomid);
150
151                   if (singleDomain)
152                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
153                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
154                                                      domain->zoom_ni_srv,
155                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
156                                                      domain->zoom_nj_srv,
157                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
158                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
159                 }
160
161                 if (domain->hasLonLat)
162                 {
163                   switch (domain->type)
164                   {
165                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
166                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
167                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
168                       break ;
169                      case CDomain::type_attr::rectilinear :
170                        SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                        SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
172                        break ;
173                   }
174
175                   this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
176                   this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
177
178                   if (domain->hasBounds)
179                   {
180                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
181                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
182
183                     dim0.clear();
184                     dim0.push_back(dimYid);
185                     dim0.push_back(dimXid);
186                     dim0.push_back(dimVertId);
187                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
188                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
189                   }
190                 }
191
192                 dim0.clear();
193                 dim0.push_back(dimYid);
194                 dim0.push_back(dimXid);
195
196
197  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
198  // supress mask               {
199  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
200  // supress mask
201  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
202  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
203  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
204  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
205  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
206  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
207  // supress mask               }
208
209                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
210
211                 if (domain->hasArea)
212                 {
213                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
214                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
215                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
216                 }
217
218                 SuperClassWriter::definition_end();
219
220                 if (domain->hasLonLat)
221                 {
222                   switch (domain->type)
223                   {
224                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
225                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
226                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
227                       break;
228                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
229                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
230                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
231                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
232                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
233                       break;
234                   }
235
236                   if (domain->hasBounds)
237                   {
238                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
239                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
240                   }
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 if (domain->hasLonLat)
259                 {
260                   switch (domain->type)
261                   {
262                     case CDomain::type_attr::curvilinear :
263                       dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
264                       lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
265                       latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
266                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
267                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
268                       break;
269
270                     case CDomain::type_attr::rectilinear :
271                       dim0.push_back(dimYid);
272                       dim1.push_back(dimXid);
273                       lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
274                       latid = StdString("lat").append(appendDomid);
275                       SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
276                       SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
277                       break;
278                   }
279
280                   bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
281                   bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
282
283                   this->writeAxisAttributes
284                      (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
285                   this->writeAxisAttributes
286                      (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
287
288                   if (domain->hasBounds)
289                   {
290                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
291                     SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
292
293                     dim0.clear();
294                     dim0.push_back(dimYid);
295                     dim0.push_back(dimXid);
296                     dim0.push_back(dimVertId);
297                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
298                     SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
299                   }
300                 }
301
302                 if (domain->hasArea)
303                 {
304                   dim0.clear();
305                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
306                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
307                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
308                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
309                   dim0.clear();
310                 }
311
312                 SuperClassWriter::definition_end();
313
314                 switch (domain->type)
315                 {
316                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
317                   {
318                     std::vector<StdSize> start(2) ;
319                     std::vector<StdSize> count(2) ;
320                     if (domain->isEmpty())
321                     {
322                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
323                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
324                     }
325                     else
326                     {
327                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
328                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
329                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
330                     }
331
332                     if (domain->hasLonLat)
333                     {
334                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
335                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
336                     }
337                     break;
338                   }
339                   case CDomain::type_attr::rectilinear :
340                   {
341                     if (domain->hasLonLat)
342                     {
343                       std::vector<StdSize> start(1) ;
344                       std::vector<StdSize> count(1) ;
345                       if (domain->isEmpty())
346                       {
347                         start[0]=0 ;
348                         count[0]=0 ;
349                         SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
350                         SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
351
352                       }
353                       else
354                       {
355                         start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
356                         count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
357                         CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
358                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
359
360                         start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
361                         count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
362                         CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
363                         SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
364                       }
365                     }
366                     break;
367                   }
368                 }
369
370                 if (domain->hasBounds)
371                 {
372                   std::vector<StdSize> start(3);
373                   std::vector<StdSize> count(3);
374                   if (domain->isEmpty())
375                   {
376                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
377                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
378                   }
379                   else
380                   {
381                     start[2] = 0;
382                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
383                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
384                     count[2] = domain->nvertex;
385                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
386                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
387                   }
388
389                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
390                 SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
391                 }
392
393                 if (domain->hasArea)
394                 {
395                   std::vector<StdSize> start(2);
396                   std::vector<StdSize> count(2);
397
398                   if (domain->isEmpty())
399                   {
400                     start[0] = 0; start[1] = 0;
401                     count[0] = 0; count[1] = 0;
402                   }
403                   else
404                   {
405                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
406                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
407                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
408                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
409                   }
410
411                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
412                 }
413
414                 SuperClassWriter::definition_start();
415                 break;
416              }
417              default :
418                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
419                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
420                       << " not implemented yet !");
421           }
422         }
423         catch (CNetCdfException& e)
424         {
425           StdString msg("On writing the domain : ");
426           msg.append(domid); msg.append("\n");
427           msg.append("In the context : ");
428           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
429           msg.append(e.what());
430           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
431         }
432
433         domain->addRelFile(this->filename);
434      }
435
436    //--------------------------------------------------------------
437
438    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)
439    {
440      CContext* context = CContext::getCurrent() ;
441      CContextServer* server=context->server ;
442
443      if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
444      domain->checkAttributes();
445      if (domain->isEmpty())
446        if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
447
448      std::vector<StdString> dim0;
449      StdString domid = domain->getDomainOutputName();
450      StdString domainName = domain->name;
451      domain->assignMesh(domainName, domain->nvertex);
452      //domain->mesh->createMesh(domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
453      domain->mesh->createMeshEpsilon(server->intraComm, domain->lonvalue_srv, domain->latvalue_srv, domain->bounds_lon_srv, domain->bounds_lat_srv);
454
455      StdString node_x = domainName + "_node_x";
456      StdString node_y = domainName + "_node_y";
457
458      StdString edge_x = domainName + "_edge_x";
459      StdString edge_y = domainName + "_edge_y";
460      StdString edge_nodes = domainName + "_edge_nodes";
461
462      StdString face_x = domainName + "_face_x";
463      StdString face_y = domainName + "_face_y";
464      StdString face_nodes = domainName + "_face_nodes";
465      StdString face_edges = domainName + "_face_edges";
466      StdString edge_faces = domainName + "_edge_face_links";
467      StdString face_faces = domainName + "_face_links";
468
469      StdString dimNode = "n" + domainName + "_node";
470      StdString dimEdge = "n" + domainName + "_edge";
471      StdString dimFace = "n" + domainName + "_face";
472      StdString dimVertex = "n" + domainName + "_vertex";
473      StdString dimTwo = "Two";
474
475      if (!SuperClassWriter::dimExist(dimTwo)) SuperClassWriter::addDimension(dimTwo, 2);
476      if (!isWrittenDomain(domid))
477      {
478        dim0.clear();
479        SuperClassWriter::addVariable(domainName, NC_INT, dim0);
480        SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("mesh_topology"), &domainName);
481        SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Topology data of 2D unstructured mesh"), &domainName);
482        SuperClassWriter::addAttribute("topology_dimension", 2, &domainName);
483        SuperClassWriter::addAttribute("node_coordinates", node_x + " " + node_y, &domainName);
484      }
485
486      try
487      {
488        switch (SuperClass::type)
489        {
490          case (ONE_FILE) :
491          {
492            // Adding nodes
493            if (domain->nvertex == 1)
494            {
495              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
496              {
497                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->ni_glo);
498                dim0.clear();
499                dim0.push_back(dimNode);
500                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
501                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
502                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
503                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
504                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
505                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
506                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
507                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
508              }
509            } // domain->nvertex == 1
510
511            // Adding edges and nodes, if nodes have not been defined previously
512            if (domain->nvertex == 2)
513            {
514              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
515              {
516                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
517                dim0.clear();
518                dim0.push_back(dimNode);
519                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
520                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
521                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
522                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
523                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
524                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
525                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
526                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
527              }
528              SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
529              SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
530              SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->ni_glo);
531              dim0.clear();
532              dim0.push_back(dimEdge);
533              SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
534              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
535              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
536              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
537              SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
538              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
539              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
540              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
541              dim0.clear();
542              dim0.push_back(dimEdge);
543              dim0.push_back(dimTwo);
544              SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
545              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
546              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
547              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
548            } // domain->nvertex == 2
549
550            // Adding faces, edges, and nodes, if edges and nodes have not been defined previously
551            if (domain->nvertex > 2)
552            {
553              // Nodes
554              if (!SuperClassWriter::varExist(node_x) || !SuperClassWriter::varExist(node_y))
555              {
556                SuperClassWriter::addDimension(dimNode, domain->mesh->nbNodesGlo);
557                dim0.clear();
558                dim0.push_back(dimNode);
559                SuperClassWriter::addVariable(node_x, NC_FLOAT, dim0);
560                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &node_x);
561                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Longitude of mesh nodes."), &node_x);
562                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &node_x);
563                SuperClassWriter::addVariable(node_y, NC_FLOAT, dim0);
564                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &node_y);
565                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Latitude of mesh nodes."), &node_y);
566                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &node_y);
567              }
568              if (!SuperClassWriter::varExist(edge_x) || !SuperClassWriter::varExist(edge_y))
569              {
570                SuperClassWriter::addAttribute("edge_coordinates", edge_x + " " + edge_y, &domainName);
571                SuperClassWriter::addAttribute("edge_node_connectivity", edge_nodes, &domainName);
572                SuperClassWriter::addDimension(dimEdge, domain->mesh->nbEdgesGlo);
573                dim0.clear();
574                dim0.push_back(dimEdge);
575                SuperClassWriter::addVariable(edge_x, NC_FLOAT, dim0);
576                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &edge_x);
577                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh edges."), &edge_x);
578                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &edge_x);
579                SuperClassWriter::addVariable(edge_y, NC_FLOAT, dim0);
580                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &edge_y);
581                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh edges."), &edge_y);
582                SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &edge_y);
583                dim0.clear();
584                dim0.push_back(dimEdge);
585                dim0.push_back(dimTwo);
586                SuperClassWriter::addVariable(edge_nodes, NC_INT, dim0);
587                SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_node_connectivity"), &edge_nodes);
588                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every edge/link to two nodes that it connects."), &edge_nodes);
589                SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_nodes);
590              }
591              SuperClassWriter::addAttribute("face_coordinates", face_x + " " + face_y, &domainName);
592              SuperClassWriter::addAttribute("face_node_connectivity", face_nodes, &domainName);
593              SuperClassWriter::addDimension(dimFace, domain->ni_glo);
594              SuperClassWriter::addDimension(dimVertex, domain->nvertex);
595              dim0.clear();
596              dim0.push_back(dimFace);
597              SuperClassWriter::addVariable(face_x, NC_FLOAT, dim0);
598              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("longitude"), &face_x);
599              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic longitude of mesh faces."), &face_x);
600              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_east"), &face_x);
601              SuperClassWriter::addVariable(face_y, NC_FLOAT, dim0);
602              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("latitude"), &face_y);
603              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Characteristic latitude of mesh faces."), &face_y);
604              SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("degrees_north"), &face_y);
605              dim0.clear();
606              dim0.push_back(dimFace);
607              dim0.push_back(dimVertex);
608              SuperClassWriter::addVariable(face_nodes, NC_INT, dim0);
609              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_node_connectivity"), &face_nodes);
610              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its corner nodes."), &face_nodes);
611              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_nodes);
612              dim0.clear();
613              dim0.push_back(dimFace);
614              dim0.push_back(dimVertex);
615              SuperClassWriter::addVariable(face_edges, NC_INT, dim0);
616              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_edge_connectivity"), &face_edges);
617              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Maps every face to its edges."), &face_edges);
618              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_edges);
619              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_edges);
620              dim0.clear();
621              dim0.push_back(dimEdge);
622              dim0.push_back(dimTwo);
623              SuperClassWriter::addVariable(edge_faces, NC_INT, dim0);
624              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("edge_face connectivity"), &edge_faces);
625              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("neighbor faces for edges"), &edge_faces);
626              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &edge_faces);
627              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", -999, &edge_faces);
628              SuperClassWriter::addAttribute("comment", StdString("missing neighbor faces are indicated using _FillValue"), &edge_faces);
629              dim0.clear();
630              dim0.push_back(dimFace);
631              dim0.push_back(dimVertex);
632              SuperClassWriter::addVariable(face_faces, NC_INT, dim0);
633              SuperClassWriter::addAttribute("cf_role", StdString("face_face connectivity"), &face_faces);
634              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", StdString("Indicates which other faces neighbor each face"), &face_faces);
635              SuperClassWriter::addAttribute("start_index", 0, &face_faces);
636              SuperClassWriter::addAttribute("_FillValue", 999999, &face_faces);
637              SuperClassWriter::addAttribute("flag_values", -1, &face_faces);
638              SuperClassWriter::addAttribute("flag_meanings", StdString("out_of_mesh"), &face_faces);
639            } // domain->nvertex > 2
640
641            SuperClassWriter::definition_end();
642
643            std::vector<StdSize> startEdges(1) ;
644            std::vector<StdSize> countEdges(1) ;
645            std::vector<StdSize> startNodes(1) ;
646            std::vector<StdSize> countNodes(1) ;
647            std::vector<StdSize> startFaces(1) ;
648            std::vector<StdSize> countFaces(1) ;
649            std::vector<StdSize> startEdgeNodes(2) ;
650            std::vector<StdSize> countEdgeNodes(2) ;
651            std::vector<StdSize> startEdgeFaces(2) ;
652            std::vector<StdSize> countEdgeFaces(2) ;
653            std::vector<StdSize> startFaceConctv(2) ;
654            std::vector<StdSize> countFaceConctv(2) ;
655
656            if (!isWrittenDomain(domid))
657            {
658              if (domain->nvertex == 1)
659              {
660                if (domain->isEmpty())
661                 {
662                   startNodes[0]=0 ;
663                   countNodes[0]=0 ;
664                 }
665                 else
666                 {
667                   startNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
668                   countNodes[0] = domain->zoom_ni_srv ;
669                 }
670
671                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
672                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
673              }
674              else if (domain->nvertex == 2)
675              {
676                if (domain->isEmpty())
677                 {
678                  startEdges[0]=0 ;
679                  countEdges[0]=0 ;
680                  startNodes[0]=0 ;
681                  countNodes[0]=0 ;
682                  startEdgeNodes[0]=0;
683                  startEdgeNodes[1]=0;
684                  countEdgeNodes[0]=0;
685                  countEdgeNodes[1]=0;
686
687                 }
688                 else
689                 {
690                   startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
691                   countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
692                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
693                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
694                   startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
695                   startEdgeNodes[1] = 0;
696                   countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
697                   countEdgeNodes[1]= 2;
698                 }
699                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
700                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
701                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
702                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
703                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
704              }
705              else
706              {
707                if (domain->isEmpty())
708                 {
709                   startFaces[0] = 0 ;
710                   countFaces[0] = 0 ;
711                   startNodes[0] = 0;
712                   countNodes[0] = 0;
713                   startEdges[0] = 0;
714                   countEdges[0] = 0;
715                   startEdgeFaces[0] = 0;
716                   startEdgeFaces[1] = 0;
717                   countEdgeFaces[0] = 0;
718                   countEdgeFaces[1] = 0;
719                   startFaceConctv[0] = 0;
720                   startFaceConctv[1] = 0;
721                   countFaceConctv[0] = 0;
722                   countFaceConctv[1] = 0;
723                 }
724                 else
725                 {
726                   startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
727                   countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv ;
728                   startNodes[0] = domain->mesh->node_start;
729                   countNodes[0] = domain->mesh->node_count;
730                   startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
731                   countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
732                   startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
733                   startEdgeNodes[1] = 0;
734                   countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
735                   countEdgeNodes[1]= 2;
736                   startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
737                   startEdgeFaces[1]= 0;
738                   countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
739                   countEdgeFaces[1]= 2;
740                   startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
741                   startFaceConctv[1] = 0;
742                   countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
743                   countFaceConctv[1] = domain->nvertex;
744                 }
745                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lat, node_y, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
746                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->node_lon, node_x, isCollective, 0, &startNodes, &countNodes);
747                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
748                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
749                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
750                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
751                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
752                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
753                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
754                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
755                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
756              }
757              setWrittenDomain(domid);
758            } // !isWrittenDomain
759            else
760            {
761              if (domain->nvertex == 2)
762              {
763                startEdges[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
764                countEdges[0] = domain->zoom_ni_srv ;
765                startEdgeNodes[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
766                startEdgeNodes[1] = 0;
767                countEdgeNodes[0] = domain->zoom_ni_srv;
768                countEdgeNodes[1]= 2;
769                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
770                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
771                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
772              } 
773              if (domain->nvertex > 2)
774              {
775
776                if (!domain->mesh->edgesAreWritten)
777                {
778                  startEdges[0] = domain->mesh->edge_start;
779                  countEdges[0] = domain->mesh->edge_count;
780                  startEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_start;
781                  startEdgeNodes[1] = 0;
782                  countEdgeNodes[0] = domain->mesh->edge_count;
783                  countEdgeNodes[1]= 2;
784                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lat, edge_y, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
785                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_lon, edge_x, isCollective, 0, &startEdges, &countEdges);
786                  SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_nodes, edge_nodes, isCollective, 0, &startEdgeNodes, &countEdgeNodes);
787                }
788                startFaces[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
789                countFaces[0] = domain->zoom_ni_srv;
790                startEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_start;
791                startEdgeFaces[1]= 0;
792                countEdgeFaces[0] = domain->mesh->edge_count;
793                countEdgeFaces[1]= 2;
794                startFaceConctv[0] = domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
795                startFaceConctv[1] = 0;
796                countFaceConctv[0] = domain->zoom_ni_srv;
797                countFaceConctv[1]= domain->nvertex;
798                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lat, face_y, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
799                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_lon, face_x, isCollective, 0, &startFaces, &countFaces);
800                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_nodes, face_nodes, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
801                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_edges, face_edges, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
802                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->edge_faces, edge_faces, isCollective, 0, &startEdgeFaces, &countEdgeFaces);
803                SuperClassWriter::writeData(domain->mesh->face_faces, face_faces, isCollective, 0, &startFaceConctv, &countFaceConctv);
804              }
805            }// isWrittenDomain
806
807            SuperClassWriter::definition_start();
808
809            break;
810          } // ONE_FILE
811
812          case (MULTI_FILE) :
813          {
814            break;
815          }
816
817          default :
818          ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
819          << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
820          << " not implemented yet !");
821          } // switch
822        } // try
823
824        catch (CNetCdfException& e)
825        {
826          StdString msg("On writing the domain : ");
827          msg.append(domid); msg.append("\n");
828          msg.append("In the context : ");
829          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
830          msg.append(e.what());
831          ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomainUgrid(CDomain* domain)", << msg);
832        }
833
834  domain->addRelFile(this->filename);
835  }
836
837    //--------------------------------------------------------------
838
839    void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
840      {
841         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
842         CContextServer* server=context->server ;
843
844         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
845         domain->checkAttributes();
846
847         if (domain->isEmpty())
848           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
849
850         std::vector<StdString> dim0, dim1;
851         StdString domid = domain->getDomainOutputName();
852         if (isWrittenDomain(domid)) return ;
853         else setWrittenDomain(domid);
854
855         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
856
857         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
858         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
859
860         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
861         string areaId = "area" + appendDomid;
862
863         try
864         {
865           switch (SuperClass::type)
866           {
867              case (MULTI_FILE) :
868              {
869                 dim0.push_back(dimXid);
870                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
871
872                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
873                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
874                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
875                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
876                 if (domain->hasLonLat)
877                 {
878                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
879                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
880                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
881                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
882                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
883                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
884                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
885                 }
886                 dim0.clear();
887                 if (domain->hasBounds)
888                 {
889                   dim0.push_back(dimXid);
890                   dim0.push_back(dimVertId);
891                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
892                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
893                 }
894
895                 dim0.clear();
896                 dim0.push_back(dimXid);
897                 if (domain->hasArea)
898                 {
899                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
900                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
901                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
902                 }
903
904                 SuperClassWriter::definition_end();
905
906                 if (domain->hasLonLat)
907                 {
908                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
909                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
910                   if (domain->hasBounds)
911                   {
912                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
913                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
914                   }
915                 }
916
917                 if (domain->hasArea)
918                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
919
920                 SuperClassWriter::definition_start();
921                 break ;
922              }
923
924              case (ONE_FILE) :
925              {
926                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
927                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
928                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
929                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
930                 dim0.push_back(dimXid);
931                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->ni_glo);
932                 if (domain->hasLonLat)
933                 {
934                   SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
935                   SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
936
937                   this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
938                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
939                   this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
940                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
941                   if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
942                 }
943                 dim0.clear();
944
945                 if (domain->hasBounds)
946                 {
947                   dim0.push_back(dimXid);
948                   dim0.push_back(dimVertId);
949                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
950                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
951                 }
952
953                 if (domain->hasArea)
954                 {
955                   dim0.clear();
956                   dim0.push_back(dimXid);
957                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
958                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
959                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
960                 }
961
962                 SuperClassWriter::definition_end();
963
964                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
965                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
966                 if (domain->isEmpty())
967                 {
968                   start[0]=0 ;
969                   count[0]=0 ;
970                   startBounds[1]=0 ;
971                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
972                   startBounds[0]=0 ;
973                   countBounds[0]=0 ;
974                 }
975                 else
976                 {
977                   start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
978                   count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
979                   startBounds[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
980                   startBounds[1]=0 ;
981                   countBounds[0]=domain->zoom_ni_srv ;
982                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
983                 }
984
985                 if (domain->hasLonLat)
986                 {
987                   SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
988                   SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
989                   if (domain->hasBounds)
990                   {
991                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
992                     SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
993                   }
994                 }
995
996                 if (domain->hasArea)
997                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
998
999                 SuperClassWriter::definition_start();
1000
1001                 break;
1002              }
1003              default :
1004                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
1005                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1006                       << " not implemented yet !");
1007           }
1008         }
1009         catch (CNetCdfException& e)
1010         {
1011           StdString msg("On writing the domain : ");
1012           msg.append(domid); msg.append("\n");
1013           msg.append("In the context : ");
1014           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1015           msg.append(e.what());
1016           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
1017         }
1018         domain->addRelFile(this->filename);
1019      }
1020      //--------------------------------------------------------------
1021
1022      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
1023      {
1024        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
1025        axis->checkAttributes();
1026        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
1027        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
1028        int zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
1029                                                              : axis->global_zoom_n;
1030        int zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
1031                                                              : axis->global_zoom_begin;
1032
1033        if ((0 == zoom_size_srv) && (MULTI_FILE == SuperClass::type)) return;
1034
1035        std::vector<StdString> dims;
1036        StdString axisid = axis->getAxisOutputName();
1037        if (isWrittenAxis(axisid)) return ;
1038        else setWrittenAxis(axisid);
1039
1040        try
1041        {
1042          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
1043          if (axis->hasValue)
1044          {
1045            dims.push_back(axisid);
1046            SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
1047
1048            if (!axis->name.isEmpty())
1049              SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
1050
1051            if (!axis->standard_name.isEmpty())
1052              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
1053
1054            if (!axis->long_name.isEmpty())
1055              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
1056
1057            if (!axis->unit.isEmpty())
1058              SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
1059
1060            if (!axis->positive.isEmpty())
1061            {
1062              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
1063              SuperClassWriter::addAttribute("positive",
1064                                             (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
1065                                             &axisid);
1066            }
1067
1068            StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
1069            if (!axis->bounds.isEmpty())
1070            {
1071              dims.push_back("axis_nbounds");
1072              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
1073              SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
1074            }
1075
1076            SuperClassWriter::definition_end();
1077
1078            switch (SuperClass::type)
1079            {
1080              case MULTI_FILE:
1081              {
1082                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1083                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value_srv(i);
1084                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
1085
1086                if (!axis->bounds.isEmpty())
1087                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0);
1088
1089                SuperClassWriter::definition_start();
1090
1091                break;
1092              }
1093              case ONE_FILE:
1094              {
1095                CArray<double,1> axis_value(zoom_size_srv);
1096                axis_value = axis->value_srv;
1097
1098                std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
1099                std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
1100                start[0] = startBounds[0] = zoom_begin_srv-axis->global_zoom_begin;
1101                count[0] = countBounds[0] = zoom_size_srv;
1102                startBounds[1] = 0;
1103                countBounds[1] = 2;
1104                SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0, &start, &count);
1105
1106                if (!axis->bounds.isEmpty())
1107                  SuperClassWriter::writeData(axis->bound_srv, axisBoundsId, isCollective, 0, &startBounds, &countBounds);
1108
1109                SuperClassWriter::definition_start();
1110
1111                break;
1112              }
1113              default :
1114                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)",
1115                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1116                      << " not implemented yet !");
1117            }
1118          }
1119        }
1120        catch (CNetCdfException& e)
1121        {
1122          StdString msg("On writing the axis : ");
1123          msg.append(axisid); msg.append("\n");
1124          msg.append("In the context : ");
1125          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1126          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1127          msg.append(e.what());
1128          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
1129        }
1130        axis->addRelFile(this->filename);
1131     }
1132
1133      void CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)
1134      {
1135        if (scalar->IsWritten(this->filename)) return;
1136        scalar->checkAttributes();
1137        int scalarSize = 1;
1138
1139        StdString scalaId = scalar->getScalarOutputName();
1140        if (isWrittenAxis(scalaId)) return ;
1141        else setWrittenAxis(scalaId);
1142
1143        try
1144        {
1145          if (!scalar->value.isEmpty())
1146          {
1147//            dims.push_back(scalaId);
1148            std::vector<StdString> dims;
1149            SuperClassWriter::addVariable(scalaId, NC_FLOAT, dims);
1150
1151            if (!scalar->name.isEmpty())
1152              SuperClassWriter::addAttribute("name", scalar->name.getValue(), &scalaId);
1153
1154            if (!scalar->standard_name.isEmpty())
1155              SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", scalar->standard_name.getValue(), &scalaId);
1156
1157            if (!scalar->long_name.isEmpty())
1158              SuperClassWriter::addAttribute("long_name", scalar->long_name.getValue(), &scalaId);
1159
1160            if (!scalar->unit.isEmpty())
1161              SuperClassWriter::addAttribute("units", scalar->unit.getValue(), &scalaId);
1162
1163            SuperClassWriter::definition_end();
1164
1165            switch (SuperClass::type)
1166            {
1167              case MULTI_FILE:
1168              {
1169                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1170                scalarValue(0) = scalar->value;
1171                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0);
1172                SuperClassWriter::definition_start();
1173
1174                break;
1175              }
1176              case ONE_FILE:
1177              {
1178                CArray<double,1> scalarValue(scalarSize);
1179                scalarValue(0) = scalar->value;
1180
1181                std::vector<StdSize> start(1);
1182                std::vector<StdSize> count(1);
1183                start[0] = 0;
1184                count[0] = 1;
1185                SuperClassWriter::writeData(scalarValue, scalaId, isCollective, 0, &start, &count);
1186                SuperClassWriter::definition_start();
1187
1188                break;
1189              }
1190              default :
1191                ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* scalar)",
1192                      << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
1193                      << " not implemented yet !");
1194            }
1195          }
1196        }
1197        catch (CNetCdfException& e)
1198        {
1199          StdString msg("On writing the scalar : ");
1200          msg.append(scalaId); msg.append("\n");
1201          msg.append("In the context : ");
1202          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1203          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1204          msg.append(e.what());
1205          ERROR("CNc4DataOutput::writeScalar_(CScalar* scalar)", << msg);
1206        }
1207        scalar->addRelFile(this->filename);
1208     }
1209
1210     //--------------------------------------------------------------
1211
1212     void CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)
1213     {
1214       if (grid->isScalarGrid() || grid->isWrittenCompressed(this->filename)) return;
1215
1216       try
1217       {
1218         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1219         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1220         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1221         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1222         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1223
1224         std::vector<StdString> dims;
1225
1226         if (grid->isCompressible())
1227         {
1228           StdString varId = grid->getId() + "_points";
1229
1230           int nbIndexes = (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? grid->getNumberWrittenIndexes() : grid->getTotalNumberWrittenIndexes();
1231           SuperClassWriter::addDimension(varId, nbIndexes);
1232
1233           dims.push_back(varId);
1234           SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1235
1236           StdOStringStream compress;
1237           for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
1238           {
1239             if (2 == axisDomainOrder(i))
1240             {
1241               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[domainList.size() - idxDomain - 1]);
1242               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1243               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1244
1245               switch (domain->type)
1246               {
1247                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1248                   compress << "y" << appendDomId << " x" << appendDomId;
1249                   break;
1250                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1251                   compress << "lat" << appendDomId << " lon" << appendDomId;
1252                   break;
1253                 case CDomain::type_attr::unstructured:
1254                   compress << "cell" << appendDomId;
1255                   break;
1256               }
1257               ++idxDomain;
1258             }
1259             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1260             {
1261               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[axisList.size() - idxAxis - 1]);
1262               compress << axis->getAxisOutputName();
1263               ++idxAxis;
1264             }
1265             else
1266             {
1267               CScalar* scalar = CScalar::get(scalarList[scalarList.size() - idxScalar - 1]);
1268               compress << scalar->getScalarOutputName();
1269               ++idxScalar;
1270             }
1271
1272             if (i != 0) compress << ' ';
1273           }
1274           SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress.str(), &varId);
1275
1276           grid->computeCompressedIndex();
1277
1278           CArray<int, 1> indexes(grid->getNumberWrittenIndexes());
1279           std::map<int, CArray<size_t, 1> >::const_iterator it;
1280           for (it = grid->outIndexFromClient.begin(); it != grid->outIndexFromClient.end(); ++it)
1281           {
1282             const CArray<size_t, 1> compressedIndexes = grid->compressedOutIndexFromClient[it->first];
1283             for (int i = 0; i < it->second.numElements(); i++)
1284               indexes(compressedIndexes(i)) = it->second(i);
1285           }
1286
1287           switch (SuperClass::type)
1288           {
1289             case (MULTI_FILE):
1290             {
1291               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1292               break;
1293             }
1294             case (ONE_FILE):
1295             {
1296               if (grid->doGridHaveDataDistributed())
1297                 grid->getDistributionServer()->computeGlobalIndex(indexes);
1298
1299               std::vector<StdSize> start, count;
1300               start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
1301               count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
1302
1303               SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1304               break;
1305             }
1306           }
1307         }
1308         else
1309         {
1310           for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1311           {
1312             StdString varId, compress;
1313             CArray<int, 1> indexes;
1314             bool isDistributed;
1315             StdSize nbIndexes, totalNbIndexes, offset;
1316             int firstGlobalIndex;
1317
1318             if (2 == axisDomainOrder(i))
1319             {
1320               CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1321               StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1322
1323               if (!domain->isCompressible()
1324                    || domain->type == CDomain::type_attr::unstructured
1325                    || domain->isWrittenCompressed(this->filename)
1326                    || isWrittenCompressedDomain(domId))
1327                 continue;
1328
1329               StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId;
1330
1331               varId = domId + "_points";
1332               switch (domain->type)
1333               {
1334                 case CDomain::type_attr::curvilinear:
1335                   compress = "y" + appendDomId + " x" + appendDomId;
1336                   break;
1337                 case CDomain::type_attr::rectilinear:
1338                   compress = "lat" + appendDomId + " lon" + appendDomId;
1339                   break;
1340               }
1341
1342               const std::vector<int>& indexesToWrite = domain->getIndexesToWrite();
1343               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1344               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1345                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1346
1347               isDistributed = domain->isDistributed();
1348               nbIndexes = domain->getNumberWrittenIndexes();
1349               totalNbIndexes = domain->getTotalNumberWrittenIndexes();
1350               offset = domain->getOffsetWrittenIndexes();
1351               firstGlobalIndex = domain->ibegin + domain->jbegin * domain->ni_glo;
1352
1353               domain->addRelFileCompressed(this->filename);
1354               setWrittenCompressedDomain(domId);
1355               ++idxDomain;
1356             }
1357             else if (1 == axisDomainOrder(i))
1358             {
1359               CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1360               StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1361
1362               if (!axis->isCompressible()
1363                    || axis->isWrittenCompressed(this->filename)
1364                    || isWrittenCompressedAxis(axisId))
1365                 continue;
1366
1367               varId = axisId + "_points";
1368               compress = axisId;
1369
1370               const std::vector<int>& indexesToWrite = axis->getIndexesToWrite();
1371               indexes.resize(indexesToWrite.size());
1372               for (int n = 0; n < indexes.numElements(); ++n)
1373                 indexes(n) = indexesToWrite[n];
1374
1375               isDistributed = axis->isDistributed();
1376               nbIndexes = axis->getNumberWrittenIndexes();
1377               totalNbIndexes = axis->getTotalNumberWrittenIndexes();
1378               offset = axis->getOffsetWrittenIndexes();
1379               firstGlobalIndex = axis->begin;
1380
1381               axis->addRelFileCompressed(this->filename);
1382               setWrittenCompressedAxis(axisId);
1383               ++idxAxis;
1384             }
1385             else
1386             {
1387             }
1388
1389             if (!varId.empty())
1390             {
1391               SuperClassWriter::addDimension(varId, (SuperClass::type == MULTI_FILE) ? nbIndexes : totalNbIndexes);
1392
1393               dims.clear();
1394               dims.push_back(varId);
1395               SuperClassWriter::addVariable(varId, NC_INT, dims);
1396
1397               SuperClassWriter::addAttribute("compress", compress, &varId);
1398
1399               switch (SuperClass::type)
1400               {
1401                 case (MULTI_FILE):
1402                 {
1403                   indexes -= firstGlobalIndex;
1404                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0);
1405                   break;
1406                 }
1407                 case (ONE_FILE):
1408                 {
1409                   std::vector<StdSize> start, count;
1410                   start.push_back(offset);
1411                   count.push_back(nbIndexes);
1412
1413                   SuperClassWriter::writeData(indexes, varId, isCollective, 0, &start, &count);
1414                   break;
1415                 }
1416               }
1417             }
1418           }
1419
1420           if (!dims.empty())
1421             grid->computeCompressedIndex();
1422         }
1423
1424         grid->addRelFileCompressed(this->filename);
1425       }
1426       catch (CNetCdfException& e)
1427       {
1428         StdString msg("On writing compressed grid : ");
1429         msg.append(grid->getId()); msg.append("\n");
1430         msg.append("In the context : ");
1431         CContext* context = CContext::getCurrent();
1432         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1433         msg.append(e.what());
1434         ERROR("CNc4DataOutput::writeGridCompressed_(CGrid* grid)", << msg);
1435       }
1436     }
1437
1438     //--------------------------------------------------------------
1439
1440     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
1441     {
1442       try
1443       {
1444        SuperClassWriter::addDimension(getTimeCounterName());
1445       }
1446       catch (CNetCdfException& e)
1447       {
1448         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
1449         msg.append("In the context : ");
1450         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1451         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1452         msg.append(e.what());
1453         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
1454       }
1455     }
1456
1457      //--------------------------------------------------------------
1458
1459      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
1460      {
1461         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1462         CContextServer* server=context->server ;
1463
1464         std::vector<StdString> dims, coodinates;
1465         CGrid* grid = field->grid;
1466         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1467          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
1468
1469         CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
1470         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0, idxScalar = 0;
1471         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
1472         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
1473         std::vector<StdString> scalarList = grid->getScalarList();
1474
1475         StdString timeid  = getTimeCounterName();
1476         StdString dimXid,dimYid;
1477         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
1478         bool hasArea = false;
1479         StdString cellMeasures = "area:";
1480         bool compressedOutput = !field->indexed_output.isEmpty() && field->indexed_output;
1481
1482         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
1483         {
1484           if (2 == axisDomainOrder(i))
1485           {
1486             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
1487             StdString domId = domain->getDomainOutputName();
1488             StdString appendDomId  = singleDomain ? "" : "_" + domId ;
1489
1490             if (compressedOutput && domain->isCompressible() && domain->type != CDomain::type_attr::unstructured)
1491             {
1492               dimIdList.push_back(domId + "_points");
1493               field->setUseCompressedOutput();
1494             }
1495
1496             switch (domain->type)
1497             {
1498               case CDomain::type_attr::curvilinear:
1499                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1500                 {
1501                   dimXid     = StdString("x").append(appendDomId);
1502                   dimIdList.push_back(dimXid);
1503                   dimYid     = StdString("y").append(appendDomId);
1504                   dimIdList.push_back(dimYid);
1505                 }
1506                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomId));
1507                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomId));
1508                 break ;
1509               case CDomain::type_attr::rectilinear:
1510                 if (!compressedOutput || !domain->isCompressible())
1511                 {
1512                   dimXid     = StdString("lon").append(appendDomId);
1513                   dimIdList.push_back(dimXid);
1514                   dimYid     = StdString("lat").append(appendDomId);
1515                   dimIdList.push_back(dimYid);
1516                 }
1517                 break ;
1518               case CDomain::type_attr::unstructured:
1519               {
1520           if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1521           {
1522            dimXid     = StdString("cell").append(appendDomId);
1523            dimIdList.push_back(dimXid);
1524            dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomId));
1525            dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomId));
1526          }
1527           else
1528           {
1529            StdString domainName = domain->name;
1530            if (domain->nvertex == 1)
1531            {
1532              dimXid     = "n" + domainName + "_node";
1533              dimIdList.push_back(dimXid);
1534              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_x"));
1535              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_node_y"));
1536            }
1537            else if (domain->nvertex == 2)
1538            {
1539              dimXid     = "n" + domainName + "_edge";
1540              dimIdList.push_back(dimXid);
1541              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_x"));
1542              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_edge_y"));
1543            }
1544            else
1545            {
1546              dimXid     = "n" + domainName + "_face";
1547              dimIdList.push_back(dimXid);
1548              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_x"));
1549              dimCoordList.push_back(StdString(domainName + "_face_y"));
1550            }
1551          }  // ugrid convention
1552        }  // case unstructured domain
1553             }
1554
1555             if (domain->hasArea)
1556             {
1557               hasArea = true;
1558               cellMeasures += " area" + appendDomId;
1559             }
1560             ++idxDomain;
1561           }
1562           else if (1 == axisDomainOrder(i))
1563           {
1564             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
1565             StdString axisId = axis->getAxisOutputName();
1566
1567             if (compressedOutput && axis->isCompressible())
1568             {
1569               dimIdList.push_back(axisId + "_points");
1570               field->setUseCompressedOutput();
1571             }
1572             else
1573               dimIdList.push_back(axisId);
1574
1575             dimCoordList.push_back(axisId);
1576             ++idxAxis;
1577           }
1578           else // scalar
1579           {
1580             /* Do nothing here */
1581           }
1582         }
1583
1584/*
1585         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1586                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
1587                             : lonid;
1588         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
1589                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
1590                             : latid;
1591*/
1592         StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1593
1594         nc_type type ;
1595         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
1596         else
1597         {
1598           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1599           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1600           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1601         }
1602
1603         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once);
1604
1605         if (wtime)
1606         {
1607
1608            //StdOStringStream oss;
1609           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1610           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1611          //oss
1612            if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1613            else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1614            dims.push_back(timeid);
1615         }
1616
1617         if (compressedOutput && grid->isCompressible())
1618         {
1619           dims.push_back(grid->getId() + "_points");
1620           field->setUseCompressedOutput();
1621         }
1622         else
1623         {
1624           while (!dimIdList.empty())
1625           {
1626             dims.push_back(dimIdList.back());
1627             dimIdList.pop_back();
1628           }
1629         }
1630
1631         while (!dimCoordList.empty())
1632         {
1633           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
1634           dimCoordList.pop_back();
1635         }
1636
1637         try
1638         {
1639           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1640
1641           if (!field->standard_name.isEmpty())
1642              SuperClassWriter::addAttribute
1643                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1644
1645           if (!field->long_name.isEmpty())
1646              SuperClassWriter::addAttribute
1647                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1648
1649           if (!field->unit.isEmpty())
1650              SuperClassWriter::addAttribute
1651                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1652
1653            if (!field->valid_min.isEmpty())
1654              SuperClassWriter::addAttribute
1655                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1656
1657           if (!field->valid_max.isEmpty())
1658              SuperClassWriter::addAttribute
1659                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1660
1661            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1662              SuperClassWriter::addAttribute
1663                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1664
1665             if (!field->add_offset.isEmpty())
1666              SuperClassWriter::addAttribute
1667                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1668
1669           SuperClassWriter::addAttribute
1670                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1671
1672          // write child variables as attributes
1673
1674
1675           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1676           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1677
1678
1679           if (wtime)
1680           {
1681              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
1682              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
1683              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
1684              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
1685
1686              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1687              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
1688              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
1689
1690              StdString cellMethods = "time: ";
1691              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
1692              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
1693              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
1694              else cellMethods += field->operation;
1695              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
1696                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
1697              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
1698           }
1699
1700           if (hasArea)
1701             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
1702
1703           if (!field->default_value.isEmpty())
1704           {
1705              double default_value = field->default_value.getValue();
1706              float fdefault_value = (float)default_value;
1707              if (type == NC_DOUBLE)
1708                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1709              else
1710                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1711           }
1712           else
1713              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1714
1715            if (field->compression_level.isEmpty())
1716              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
1717            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
1718
1719           {  // Ecriture des coordonnes
1720
1721              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1722              std::vector<StdString>::iterator
1723                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1724
1725              for (; itc!= endc; itc++)
1726              {
1727                 StdString & coord = *itc;
1728                 if (itc+1 != endc)
1729                       coordstr.append(coord).append(" ");
1730                 else  coordstr.append(coord);
1731              }
1732
1733              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1734
1735           }
1736         }
1737         catch (CNetCdfException& e)
1738         {
1739           StdString msg("On writing field : ");
1740           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1741           msg.append("In the context : ");
1742           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1743           msg.append(e.what());
1744           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1745         }
1746      } // writeField_()
1747
1748      //--------------------------------------------------------------
1749
1750      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1751      {
1752         StdString filename = file->getFileOutputName();
1753         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1754                               ? file->description.getValue()
1755                               : StdString("Created by xios");
1756
1757         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1758
1759         try
1760         {
1761       if (SuperClassWriter::useCFConvention)
1762             this->writeFileAttributes(filename, description,
1763                                       StdString("CF-1.5"),
1764                                       StdString("An IPSL model"),
1765                                       this->getTimeStamp());
1766           else
1767             this->writeFileAttributes(filename, description,
1768                                       StdString("UGRID"),
1769                                       StdString("An IPSL model"),
1770                                       this->getTimeStamp());
1771
1772
1773           if (!appendMode)
1774             SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1775         }
1776         catch (CNetCdfException& e)
1777         {
1778           StdString msg("On writing file : ");
1779           msg.append(filename); msg.append("\n");
1780           msg.append("In the context : ");
1781           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1782           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1783           msg.append(e.what());
1784           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1785         }
1786      }
1787
1788      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1789      {
1790        StdString name = var->getVariableOutputName();
1791
1792        try
1793        {
1794          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1795            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1796          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1797            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1798          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1799            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1800          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1801            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1802          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1803            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1804          else
1805            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1806                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1807        }
1808       catch (CNetCdfException& e)
1809       {
1810         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1811         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1812         msg.append("In the context : ");
1813         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1814         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1815         msg.append(e.what());
1816         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1817       }
1818     }
1819
1820     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1821     {
1822        StdString name = var->getVariableOutputName();
1823
1824        try
1825        {
1826          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1827            addAttribute(name, var->getData<int>());
1828          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1829            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1830          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1831            addAttribute(name, var->getData<float>());
1832          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1833            addAttribute(name, var->getData<double>());
1834          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1835            addAttribute(name, var->getData<string>());
1836          else
1837            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1838                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1839        }
1840       catch (CNetCdfException& e)
1841       {
1842         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1843         msg.append(name); msg.append("\n");
1844         msg.append("In the context : ");
1845         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1846         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1847         msg.append(e.what());
1848         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1849       }
1850     }
1851
1852      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1853      {
1854        try
1855        {
1856          SuperClassWriter::sync() ;
1857        }
1858        catch (CNetCdfException& e)
1859        {
1860         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1861         msg.append("In the context : ");
1862         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1863         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1864         msg.append(e.what());
1865         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1866        }
1867      }
1868
1869      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1870      {
1871        try
1872        {
1873          SuperClassWriter::close() ;
1874        }
1875        catch (CNetCdfException& e)
1876        {
1877         StdString msg("On closing file");
1878         msg.append("In the context : ");
1879         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1880         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1881         msg.append(e.what());
1882         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1883        }
1884
1885      }
1886
1887      //---------------------------------------------------------------
1888
1889      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1890      {
1891         const int buffer_size = 100;
1892         time_t rawtime;
1893         struct tm * timeinfo = NULL;
1894         char buffer [buffer_size];
1895
1896         time ( &rawtime );
1897         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1898         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1899
1900         return (StdString(buffer));
1901      }
1902
1903      //---------------------------------------------------------------
1904
1905      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1906      {
1907        CContext* context = CContext::getCurrent();
1908        CContextServer* server = context->server;
1909        CGrid* grid = field->grid;
1910
1911        if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1912          if (SuperClass::type == MULTI_FILE || !isCollective) return;
1913
1914        StdString fieldid = field->getFieldOutputName();
1915
1916        StdOStringStream oss;
1917        string timeAxisId;
1918        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisId = "time_instant";
1919        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisId = "time_centered";
1920
1921        StdString timeBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
1922
1923        StdString timeAxisBoundId;
1924        if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) timeAxisBoundId = "time_instant_bounds";
1925        else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) timeAxisBoundId = "time_centered_bounds";
1926
1927        if (!field->wasWritten())
1928        {
1929          if (appendMode && field->file->record_offset.isEmpty())
1930          {
1931            field->resetNStep(getRecordFromTime(field->last_Write_srv) + 1);
1932          }
1933
1934          field->setWritten();
1935        }
1936
1937
1938        CArray<double,1> time_data(1);
1939        CArray<double,1> time_data_bound(2);
1940        CArray<double,1> time_counter(1);
1941        CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1942
1943        bool wtime = (field->getOperationTimeType() != func::CFunctor::once);
1944
1945        if (wtime)
1946        {
1947          Time lastWrite = field->last_Write_srv;
1948          Time lastLastWrite = field->lastlast_Write_srv;
1949
1950          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1951            time_data(0) = lastWrite;
1952          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1953            time_data(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1954
1955          if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
1956            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = lastWrite;
1957          else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered)
1958          {
1959            time_data_bound(0) = lastLastWrite;
1960            time_data_bound(1) = lastWrite;
1961          }
1962
1963          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1964            time_counter(0) = lastWrite;
1965          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1966            time_counter(0) = (lastWrite + lastLastWrite) / 2;
1967          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1968            time_counter(0) = field->getNStep() - 1;
1969
1970
1971          if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::instant)
1972            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = lastWrite;
1973          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::centered)
1974          {
1975            time_counter_bound(0) = lastLastWrite;
1976            time_counter_bound(1) = lastWrite;
1977          }
1978          else if (field->file->time_counter == CFile::time_counter_attr::record)
1979            time_counter_bound(0) = time_counter_bound(1) = field->getNStep() - 1;
1980        }
1981
1982         bool isRoot = (server->intraCommRank == 0);
1983
1984         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1985         {
1986           double scaleFactor = 1.0;
1987           double addOffset = 0.0;
1988           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor = field->scale_factor;
1989           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset = field->add_offset;
1990           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor, addOffset);
1991         }
1992
1993         try
1994         {
1995           size_t writtenSize;
1996           if (field->getUseCompressedOutput())
1997             writtenSize = grid->getNumberWrittenIndexes();
1998           else
1999             writtenSize = grid->getWrittenDataSize();
2000
2001           CArray<double,1> fieldData(writtenSize);
2002           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
2003
2004           if (field->getUseCompressedOutput())
2005             field->outputCompressedField(fieldData);
2006           else
2007             field->outputField(fieldData);
2008
2009           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec == 2) fieldData = round(fieldData);
2010
2011           switch (SuperClass::type)
2012           {
2013              case (MULTI_FILE) :
2014              {
2015                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1);
2016                 if (wtime)
2017                 {
2018                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2019                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2020                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2021                   {
2022                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1);
2023                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2024                       SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1);
2025                   }
2026                 }
2027                 break;
2028              }
2029              case (ONE_FILE) :
2030              {
2031                const std::vector<int>& nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
2032                const std::vector<int>& nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
2033                const std::vector<int>& nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
2034
2035                std::vector<StdSize> start, count;
2036
2037                if (field->getUseCompressedOutput())
2038                {
2039                  if (grid->isCompressible())
2040                  {
2041                    start.push_back(grid->getOffsetWrittenIndexes());
2042                    count.push_back(grid->getNumberWrittenIndexes());
2043                  }
2044                  else
2045                  {
2046                    CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2047                    std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2048                    std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2049                    int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2050                    int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2051                    int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2052
2053                    start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2054                    count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2055
2056
2057                    for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2058                    {
2059                      if (2 == axisDomainOrder(i))
2060                      {
2061                        CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2062
2063                        if (domain->isCompressible())
2064                        {
2065                          start.push_back(domain->getOffsetWrittenIndexes());
2066                          count.push_back(domain->getNumberWrittenIndexes());
2067                          idx -= 2;
2068                        }
2069                        else
2070                        {
2071                          if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2072                          {
2073                            start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2074                            count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2075                          }
2076                          --idx;
2077                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2078                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2079                          --idx;
2080                        }
2081                        --idxDomain;
2082                      }
2083                      else if (1 == axisDomainOrder(i))
2084                      {
2085                        CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
2086
2087                        if (axis->isCompressible())
2088                        {
2089                          start.push_back(axis->getOffsetWrittenIndexes());
2090                          count.push_back(axis->getNumberWrittenIndexes());
2091                        }
2092                        else
2093                        {
2094                          start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2095                          count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2096                        }
2097
2098                        --idxAxis;
2099                        --idx;
2100                      }
2101                    }
2102                  }
2103                }
2104                else
2105                {
2106
2107                  CArray<int,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
2108                  std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
2109                  std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
2110                  int numElement = axisDomainOrder.numElements();
2111                  int idxDomain = domainList.size() - 1, idxAxis = axisList.size() - 1;
2112                  int idx = nZoomBeginGlobal.size() - 1;
2113
2114                  start.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2115                  count.reserve(nZoomBeginGlobal.size());
2116
2117                  for (int i = numElement - 1; i >= 0; --i)
2118                  {
2119                    if (2 == axisDomainOrder(i))
2120                    {
2121                      CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
2122                      if ((domain->type) != CDomain::type_attr::unstructured)
2123                      {
2124                        start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2125                        count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2126                      }
2127                      --idx ;
2128                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2129                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2130                      --idx ;
2131                      --idxDomain;
2132                    }
2133                    else if (1 == axisDomainOrder(i))
2134                    {
2135                      start.push_back(nZoomBeginServer[idx] - nZoomBeginGlobal[idx]);
2136                      count.push_back(nZoomSizeServer[idx]);
2137                      --idx;
2138                    }
2139                    else
2140                    {
2141                      if (1 == axisDomainOrder.numElements())
2142                      {
2143                        start.push_back(0);
2144                        count.push_back(1);
2145                      }
2146                      --idx;
2147                    }
2148                  }
2149                }
2150
2151                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep() - 1, &start, &count);
2152                if (wtime)
2153                {
2154                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2155                   SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2156                   if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2157                   {
2158                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, getTimeCounterName(), isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2159                     if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2160                       SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep() - 1, isRoot);
2161                   }
2162                }
2163
2164                break;
2165              }
2166            }
2167         }
2168         catch (CNetCdfException& e)
2169         {
2170           StdString msg("On writing field data: ");
2171           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
2172           msg.append("In the context : ");
2173           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2174           msg.append(e.what());
2175           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
2176         }
2177      }
2178
2179      //---------------------------------------------------------------
2180
2181      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
2182                  (CField*    field,
2183                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
2184      {
2185         StdOStringStream oss;
2186
2187         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::once) return ;
2188
2189//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
2190//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
2191
2192//         StdString axisid = oss.str();
2193//         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
2194//         else if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
2195
2196         StdString axisid("time_centered") ;
2197         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
2198         StdString timeid(getTimeCounterName());
2199         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
2200
2201         if (field->getOperationTimeType() == func::CFunctor::instant)
2202         {
2203            axisid = "time_instant";
2204            axisBoundId = "time_instant_bounds";
2205         }
2206
2207         try
2208         {
2209          // Adding time_instant or time_centered
2210           std::vector<StdString> dims;
2211           dims.push_back(timeid);
2212           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2213           {
2214              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2215
2216              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
2217              StdOStringStream oss2;
2218  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
2219  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
2220              StdString strInitdate=oss2.str() ;
2221              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
2222              this->writeTimeAxisAttributes
2223                 (axisid, cal->getType(),
2224                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2225                  strTimeOrigin, axisBoundId);
2226           }
2227
2228           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
2229           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2230           {
2231              dims.clear() ;
2232              dims.push_back(timeid);
2233              dims.push_back(timeBoundId);
2234              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2235           }
2236
2237           if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::none)
2238           {
2239             // Adding time_counter
2240             axisid = getTimeCounterName();
2241             axisBoundId = getTimeCounterName() + "_bounds";
2242             dims.clear();
2243             dims.push_back(timeid);
2244             if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
2245             {
2246                SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
2247                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
2248
2249                if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2250                {
2251                  CDate timeOrigin = cal->getTimeOrigin();
2252                  StdString strTimeOrigin = timeOrigin.toString();
2253
2254                  this->writeTimeAxisAttributes(axisid, cal->getType(),
2255                                                StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
2256                                                strTimeOrigin, axisBoundId);
2257                }
2258             }
2259
2260             // Adding time_counter_bound dimension
2261             if (field->file->time_counter != CFile::time_counter_attr::record)
2262             {
2263                if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
2264                {
2265                  dims.clear();
2266                  dims.push_back(timeid);
2267                  dims.push_back(timeBoundId);
2268                  SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
2269                }
2270             }
2271           }
2272         }
2273         catch (CNetCdfException& e)
2274         {
2275           StdString msg("On writing time axis data: ");
2276           msg.append("In the context : ");
2277           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2278           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2279           msg.append(e.what());
2280           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
2281                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
2282         }
2283      }
2284
2285      //---------------------------------------------------------------
2286
2287      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2288                                                   const StdString & calendar,
2289                                                   const StdString & units,
2290                                                   const StdString & time_origin,
2291                                                   const StdString & time_bounds,
2292                                                   const StdString & standard_name,
2293                                                   const StdString & long_name)
2294      {
2295         try
2296         {
2297           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2298           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
2299           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
2300           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
2301           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
2302           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
2303         }
2304         catch (CNetCdfException& e)
2305         {
2306           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
2307           msg.append("In the context : ");
2308           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2309           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2310           msg.append(e.what());
2311           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2312                                                          const StdString & calendar,\
2313                                                          const StdString & units, \
2314                                                          const StdString & time_origin, \
2315                                                          const StdString & time_bounds, \
2316                                                          const StdString & standard_name, \
2317                                                          const StdString & long_name)", << msg);
2318         }
2319      }
2320
2321      //---------------------------------------------------------------
2322
2323      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
2324                                               const StdString & axis,
2325                                               const StdString & standard_name,
2326                                               const StdString & long_name,
2327                                               const StdString & units,
2328                                               const StdString & nav_model)
2329      {
2330         try
2331         {
2332          if (!axis.empty())
2333            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
2334
2335          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
2336          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
2337          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
2338          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
2339         }
2340         catch (CNetCdfException& e)
2341         {
2342           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
2343           msg.append("In the context : ");
2344           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2345           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2346           msg.append(e.what());
2347           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
2348                                                      const StdString & axis, \
2349                                                      const StdString & standard_name, \
2350                                                      const StdString & long_name, \
2351                                                      const StdString & units, \
2352                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
2353         }
2354      }
2355
2356      //---------------------------------------------------------------
2357
2358      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
2359         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
2360      {
2361        try
2362        {
2363         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
2364         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
2365         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
2366         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
2367        }
2368        catch (CNetCdfException& e)
2369        {
2370           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
2371           msg.append("In the context : ");
2372           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2373           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2374           msg.append(e.what());
2375           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
2376                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
2377        }
2378
2379      }
2380
2381      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
2382                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
2383      {
2384         CArray<int,1> array(2) ;
2385
2386         try
2387         {
2388           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
2389           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
2390           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
2391           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
2392           array=ni_glo,nj_glo ;
2393           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
2394           array=ni,nj ;
2395           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
2396           array=ibegin+1,jbegin+1 ;
2397           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
2398           array=ibegin+ni-1+1,jbegin+nj-1+1 ;
2399           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
2400           array=0,0 ;
2401           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
2402           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
2403           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
2404  /*
2405           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
2406           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
2407           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
2408           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
2409  */
2410         }
2411         catch (CNetCdfException& e)
2412         {
2413           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
2414           msg.append("In the context : ");
2415           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2416           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2417           msg.append(e.what());
2418           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
2419                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
2420         }
2421      }
2422      //---------------------------------------------------------------
2423
2424      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
2425                                                const StdString & description,
2426                                                const StdString & conventions,
2427                                                const StdString & production,
2428                                                const StdString & timeStamp)
2429      {
2430         try
2431         {
2432           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
2433           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
2434           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
2435           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
2436           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
2437           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
2438         }
2439         catch (CNetCdfException& e)
2440         {
2441           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
2442           msg.append("In the context : ");
2443           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2444           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2445           msg.append(e.what());
2446           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
2447                                                const StdString & description, \
2448                                                const StdString & conventions, \
2449                                                const StdString & production, \
2450                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
2451         }
2452      }
2453
2454      //---------------------------------------------------------------
2455
2456      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
2457                                               int data_dim,
2458                                               int data_ni,
2459                                               int data_nj,
2460                                               int data_ibegin,
2461                                               int data_jbegin)
2462      {
2463         try
2464         {
2465           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
2466           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
2467           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
2468           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
2469           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
2470         }
2471         catch (CNetCdfException& e)
2472         {
2473           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
2474           msg.append("In the context : ");
2475           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
2476           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
2477           msg.append(e.what());
2478           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
2479                                               int data_dim, \
2480                                               int data_ni, \
2481                                               int data_nj, \
2482                                               int data_ibegin, \
2483                                               int data_jbegin)", << msg);
2484         }
2485      }
2486
2487      ///--------------------------------------------------------------
2488
2489      StdSize CNc4DataOutput::getRecordFromTime(Time time)
2490      {
2491        std::map<Time, StdSize>::const_iterator it = timeToRecordCache.find(time);
2492        if (it == timeToRecordCache.end())
2493        {
2494          StdString timeAxisBoundsId(getTimeCounterName() + "_bounds");
2495          if (!SuperClassWriter::varExist(timeAxisBoundsId))
2496            timeAxisBoundsId = "time_instant_bounds";
2497
2498          CArray<double,2> timeAxisBounds;
2499          SuperClassWriter::getTimeAxisBounds(timeAxisBounds, timeAxisBoundsId, isCollective);
2500
2501          StdSize record = 0;
2502          double dtime(time);
2503          for (int n = timeAxisBounds.extent(1) - 1; n >= 0; n--)
2504          {
2505            if (timeAxisBounds(1, n) < dtime)
2506            {
2507              record = n + 1;
2508              break;
2509            }
2510          }
2511          it = timeToRecordCache.insert(std::make_pair(time, record)).first;
2512        }
2513        return it->second;
2514      }
2515
2516      ///--------------------------------------------------------------
2517
2518      bool CNc4DataOutput::isWrittenDomain(const std::string& domainName) const
2519      {
2520        return (this->writtenDomains.find(domainName) != this->writtenDomains.end());
2521      }
2522
2523      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName) const
2524      {
2525        return (this->writtenCompressedDomains.find(domainName) != this->writtenCompressedDomains.end());
2526      }
2527
2528      bool CNc4DataOutput::isWrittenAxis(const std::string& axisName) const
2529      {
2530        return (this->writtenAxis.find(axisName) != this->writtenAxis.end());
2531      }
2532
2533      bool CNc4DataOutput::isWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName) const
2534      {
2535        return (this->writtenCompressedAxis.find(axisName) != this->writtenCompressedAxis.end());
2536      }
2537
2538      bool CNc4DataOutput::isWrittenScalar(const std::string& scalarName) const
2539      {
2540        return (this->writtenScalar.find(scalarName) != this->writtenScalar.end());
2541      }
2542
2543      void CNc4DataOutput::setWrittenDomain(const std::string& domainName)
2544      {
2545        this->writtenDomains.insert(domainName);
2546      }
2547
2548      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedDomain(const std::string& domainName)
2549      {
2550        this->writtenCompressedDomains.insert(domainName);
2551      }
2552
2553      void CNc4DataOutput::setWrittenAxis(const std::string& axisName)
2554      {
2555        this->writtenAxis.insert(axisName);
2556      }
2557
2558      void CNc4DataOutput::setWrittenCompressedAxis(const std::string& axisName)
2559      {
2560        this->writtenCompressedAxis.insert(axisName);
2561      }
2562
2563      void CNc4DataOutput::setWrittenScalar(const std::string& scalarName)
2564      {
2565        this->writtenScalar.insert(scalarName);
2566      }
2567} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.