source: XIOS/trunk/src/node/axis.cpp @ 622

Last change on this file since 622 was 622, checked in by mhnguyen, 9 years ago

Final testing transfomation algorithm: inverse axis (local commit)

+) Make some minor change to make sure one element (axis or domain) be able to have several similar transformation

Test
+) On Curie
+) test_new_feature: test passed with correct data written

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 13.1 KB
Line 
1#include "axis.hpp"
2
3#include "attribute_template.hpp"
4#include "object_template.hpp"
5#include "group_template.hpp"
6#include "message.hpp"
7#include "type.hpp"
8#include "context.hpp"
9#include "context_client.hpp"
10#include "xios_spl.hpp"
11
12namespace xios {
13
14   /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
15
16   CAxis::CAxis(void)
17      : CObjectTemplate<CAxis>()
18      , CAxisAttributes(), isChecked(false), relFiles(), baseRefObject(), areClientAttributesChecked_(false)
19      , isDistributed_(false)
20      , transformationMap_()
21   {
22   }
23
24   CAxis::CAxis(const StdString & id)
25      : CObjectTemplate<CAxis>(id)
26      , CAxisAttributes(), isChecked(false), relFiles(), baseRefObject(), areClientAttributesChecked_(false)
27      , isDistributed_(false)
28      , transformationMap_()
29   {
30   }
31
32   CAxis::~CAxis(void)
33   { /* Ne rien faire de plus */ }
34
35   ///---------------------------------------------------------------
36
37   const std::set<StdString> & CAxis::getRelFiles(void) const
38   {
39      return (this->relFiles);
40   }
41
42   bool CAxis::IsWritten(const StdString & filename) const
43   {
44      return (this->relFiles.find(filename) != this->relFiles.end());
45   }
46
47   bool CAxis::isDistributed(void) const
48   {
49      return isDistributed_;
50   }
51
52   void CAxis::addRelFile(const StdString & filename)
53   {
54      this->relFiles.insert(filename);
55   }
56
57   //----------------------------------------------------------------
58
59   StdString CAxis::GetName(void)   { return (StdString("axis")); }
60   StdString CAxis::GetDefName(void){ return (CAxis::GetName()); }
61   ENodeType CAxis::GetType(void)   { return (eAxis); }
62
63   //----------------------------------------------------------------
64
65   CAxis* CAxis::createAxis()
66   {
67     CAxis* axis = CAxisGroup::get("axis_definition")->createChild();
68     return axis;
69   }
70
71   void CAxis::duplicateAttributes(CAxis* axis)
72   {
73     axis->setAttributes(this);
74   }
75
76   void CAxis::checkAttributes(void)
77   {
78      if (this->size.isEmpty())
79         ERROR("CAxis::checkAttributes(void)",
80               << "Attribute <size> of the axis [ id = '" << getId() << "' , context = '" << CObjectFactory::GetCurrentContextId() << "' ] must be specified");
81      StdSize size = this->size.getValue();
82
83      isDistributed_ = !this->ibegin.isEmpty() || !this->ni.isEmpty();
84
85      if (!this->ibegin.isEmpty())
86      {
87        StdSize ibegin = this->ibegin.getValue();
88        if ((ibegin < 0) || (ibegin > size-1))
89          ERROR("CAxis::checkAttributes(void)",
90                << "Attribute <ibegin> of the axis [ id = '" << getId() << "' , context = '" << CObjectFactory::GetCurrentContextId() << "' ] must be non-negative and smaller than size-1");
91      }
92      else this->ibegin.setValue(0);
93
94      if (!this->ni.isEmpty())
95      {
96        StdSize ni = this->ni.getValue();
97        if ((ni < 0) || (ni > size))
98          ERROR("CAxis::checkAttributes(void)",
99                << "Attribute <ni> of the axis [ id = '" << getId() << "' , context = '" << CObjectFactory::GetCurrentContextId() << "' ] must be non-negative and smaller than size");
100      }
101      else this->ni.setValue(size);
102      std::cout <<  "value " <<  value <<  std::endl;
103      StdSize true_size = value.numElements();
104      if (this->ni.getValue() != true_size)
105         ERROR("CAxis::checkAttributes(void)",
106               << "The array \'value\' of axis [ id = '" << getId() << "' , context = '" << CObjectFactory::GetCurrentContextId() << "' ] has a different size that the one defined by the \'size\' attribute");
107
108      this->checkData();
109      this->checkMask();
110      this->checkZoom();
111
112      if (!bounds.isEmpty())
113      {
114        if (bounds.extent(0) != size || bounds.extent(1) != 2)
115            ERROR("CAxis::checkAttributes(void)",
116                  << "The bounds array of the axis [ id = '" << getId() << "' , context = '" << CObjectFactory::GetCurrentContextId() << "' ] must be of dimension axis size x 2" << endl
117                  << "Axis size is " << size << endl
118                  << "Bounds size is "<< bounds.extent(0) << " x " << bounds.extent(1));
119      }
120   }
121
122   void CAxis::checkData()
123   {
124      if (data_begin.isEmpty()) data_begin.setValue(0);
125      if (!data_n.isEmpty() && data_n.getValue() <= 0)
126      {
127        ERROR("CAxis::checkData(void)",
128              << "Data dimension is negative (data_n).");
129      }
130      else if (data_n.isEmpty())
131        data_n.setValue(ni.getValue());
132
133      if (data_index.isEmpty())
134      {
135        int dn = data_n.getValue();
136        data_index.resize(dn);
137        for (int i = 0; i < dn; ++i) data_index(i) = (i+1);
138      }
139   }
140
141   void CAxis::checkZoom(void)
142   {
143      StdSize zoom_begin,zoom_end, zoom_size, axisSize;
144
145      zoom_begin = this->zoom_begin.isEmpty() ? 0 : this->zoom_begin.getValue();
146      zoom_size  = this->zoom_size.isEmpty() ? size.getValue() : this->zoom_size.getValue();
147      zoom_end   = this->zoom_end.isEmpty() ? (size.getValue() - 1) : this->zoom_end.getValue();
148
149      if (this->zoom_begin.isEmpty()) zoom_begin = zoom_end - zoom_size + 1;
150      if (this->zoom_end.isEmpty()) zoom_end = zoom_begin + zoom_size - 1;
151      if (this->zoom_size.isEmpty()) zoom_size = zoom_end - zoom_begin + 1;
152      axisSize = size.getValue();
153
154      if ( (zoom_begin < 0) || (zoom_begin > axisSize-1) || (zoom_end<0) || (zoom_end>axisSize-1) || (zoom_size<1) || (zoom_size>axisSize) || (zoom_begin>zoom_end))
155        ERROR("CAxis::checkAttributes(void)",
156              << "One or more attributes among <zoom_begin>, <zoom_end>, <zoom_size> of axis [ id = '" << getId() << "' , context = '" << CObjectFactory::GetCurrentContextId() << "' ] are not well specified");
157
158      this->zoom_begin.setValue(zoom_begin);
159      this->zoom_end.setValue(zoom_end);
160      this->zoom_size.setValue(zoom_size);
161   }
162
163   void CAxis::checkMask()
164   {
165      int begin_mask = 0,
166          end_mask = ni.getValue()-1;
167
168      if (!zoom_begin.isEmpty())
169      {
170         int zoom_end = zoom_begin.getValue() + zoom_size.getValue() - 1;
171
172         begin_mask = std::max(ibegin.getValue(), zoom_begin.getValue());
173         end_mask   = std::min(ibegin.getValue() + ni.getValue()-1, zoom_end);
174
175         begin_mask -= ibegin.getValue();
176         end_mask   -= ibegin.getValue();
177      }
178
179
180      if (!mask.isEmpty())
181      {
182         if (mask.extent(0) != ni)
183            ERROR("CAxis::checkMask(void)",
184                  << "the mask has not the same size than the local axis" << endl
185                  << "Local size is " << ni << "x" << endl
186                  << "Mask size is " << mask.extent(0) << "x");
187         for (int i = 0; i < ni; ++i)
188         {
189           if (i < begin_mask && i > end_mask)  mask(i) = false;
190         }
191      }
192      else // (!mask.hasValue())
193      { // Si aucun masque n'est défini,
194        // on en crée un nouveau qui valide l'intégralité du domaine.
195         mask.resize(ni);
196         for (int i = 0; i < ni.getValue(); ++i)
197         {
198               if (i >= begin_mask && i <= end_mask)
199                 mask(i) = true;
200               else  mask(i) = false;
201         }
202      }
203   }
204
205  bool CAxis::dispatchEvent(CEventServer& event)
206   {
207      if (SuperClass::dispatchEvent(event)) return true;
208      else
209      {
210        switch(event.type)
211        {
212           case EVENT_ID_SERVER_ATTRIBUT :
213             recvServerAttribut(event);
214             return true;
215             break;
216           default :
217             ERROR("bool CContext::dispatchEvent(CEventServer& event)",
218                    << "Unknown Event");
219           return false;
220         }
221      }
222   }
223
224   void CAxis::checkAttributesOnClient(const std::vector<int>& globalDim, int orderPositionInGrid,
225                                       CServerDistributionDescription::ServerDistributionType distType)
226   {
227     if (this->areClientAttributesChecked_) return;
228
229     this->checkAttributes();
230
231     this->areClientAttributesChecked_ = true;
232   }
233
234   // Send all checked attributes to server
235   void CAxis::sendCheckedAttributes(const std::vector<int>& globalDim, int orderPositionInGrid,
236                                     CServerDistributionDescription::ServerDistributionType distType)
237   {
238     if (!this->areClientAttributesChecked_) checkAttributesOnClient(globalDim,
239                                                                     orderPositionInGrid,
240                                                                     distType);
241     CContext* context = CContext::getCurrent();
242
243     if (this->isChecked) return;
244     if (context->hasClient)
245     {
246       sendServerAttribut(globalDim, orderPositionInGrid, distType);
247     }
248
249     this->isChecked = true;
250   }
251
252  void CAxis::sendServerAttribut(const std::vector<int>& globalDim, int orderPositionInGrid,
253                                 CServerDistributionDescription::ServerDistributionType distType)
254  {
255    CContext* context = CContext::getCurrent();
256    CContextClient* client = context->client;
257
258    CServerDistributionDescription serverDescription(globalDim);
259
260    int nbServer = client->serverSize;
261
262    serverDescription.computeServerDistribution(nbServer, false, distType);
263    std::vector<std::vector<int> > serverIndexBegin = serverDescription.getServerIndexBegin();
264    std::vector<std::vector<int> > serverDimensionSizes = serverDescription.getServerDimensionSizes();
265
266    CEventClient event(getType(),EVENT_ID_SERVER_ATTRIBUT);
267    if (client->isServerLeader())
268    {
269      std::list<CMessage> msgs;
270
271      const std::list<int>& ranks = client->getRanksServerLeader();
272      for (std::list<int>::const_iterator itRank = ranks.begin(), itRankEnd = ranks.end(); itRank != itRankEnd; ++itRank)
273      {
274        // Use const int to ensure CMessage holds a copy of the value instead of just a reference
275        const int begin = serverIndexBegin[*itRank][orderPositionInGrid];
276        const int ni    = serverDimensionSizes[*itRank][orderPositionInGrid];
277        const int end   = begin + ni - 1;
278
279        msgs.push_back(CMessage());
280        CMessage& msg = msgs.back();
281        msg << this->getId();
282        msg << ni << begin << end;
283
284        event.push(*itRank,1,msg);
285      }
286      client->sendEvent(event);
287    }
288    else client->sendEvent(event);
289  }
290
291  void CAxis::recvServerAttribut(CEventServer& event)
292  {
293    CBufferIn* buffer = event.subEvents.begin()->buffer;
294    string axisId;
295    *buffer >> axisId;
296    get(axisId)->recvServerAttribut(*buffer);
297  }
298
299  void CAxis::recvServerAttribut(CBufferIn& buffer)
300  {
301    int zoom_end = zoom_begin.getValue()+zoom_size.getValue()-1;
302    int ni_srv, begin_srv, end_srv;
303
304    buffer>>ni_srv>>begin_srv>>end_srv;
305
306    zoom_begin_srv = zoom_begin.getValue() > begin_srv ? zoom_begin.getValue() : begin_srv;
307    zoom_end_srv   = zoom_end < end_srv ? zoom_end : end_srv;
308    zoom_size_srv  = zoom_end_srv - zoom_begin_srv + 1;
309
310    if (zoom_size_srv<=0)
311    {
312      zoom_begin_srv = 0; zoom_end_srv = 0; zoom_size_srv = 0;
313    }
314
315    if (size == ni)
316    {
317      zoom_begin_srv = zoom_begin.getValue();
318      zoom_end_srv   = zoom_end;
319      zoom_size_srv  = zoom_end_srv - zoom_begin_srv + 1;
320    }
321  }
322
323  bool CAxis::hasTransformation()
324  {
325    return (!transformationMap_.empty());
326  }
327
328  void CAxis::setTransformations(const TransMapTypes& axisTrans)
329  {
330    transformationMap_ = axisTrans;
331  }
332
333  CAxis::TransMapTypes CAxis::getAllTransformations(void)
334  {
335    return transformationMap_;
336  }
337
338  /*!
339    Check the validity of all transformations applied on axis
340  This functions is called AFTER all inherited attributes are solved
341  */
342  void CAxis::checkTransformations()
343  {
344    TransMapTypes::const_iterator itb = transformationMap_.begin(), it,
345                                  ite = transformationMap_.end();
346    for (it = itb; it != ite; ++it)
347    {
348      (it->second)->checkValid(this);
349    }
350  }
351
352  void CAxis::solveInheritanceTransformation()
353  {
354    if (this->hasTransformation()) return;
355
356    std::vector<CAxis*> refAxis;
357    CAxis* refer_sptr;
358    CAxis* refer_ptr = this;
359    while (refer_ptr->hasDirectAxisReference())
360    {
361      refAxis.push_back(refer_ptr);
362      refer_sptr = refer_ptr->getDirectAxisReference();
363      refer_ptr  = refer_sptr;
364      if (refer_ptr->hasTransformation()) break;
365    }
366
367    if (refer_ptr->hasTransformation())
368      for (int idx = 0; idx < refAxis.size(); ++idx)
369        refAxis[idx]->setTransformations(refer_ptr->getAllTransformations());
370  }
371
372  void CAxis::parse(xml::CXMLNode & node)
373  {
374    SuperClass::parse(node);
375
376    if (node.goToChildElement())
377    {
378      StdString inverseAxisDefRoot("inverse_axis_definition");
379      StdString inverse("inverse_axis");
380      StdString zoomAxisDefRoot("zoom_axis_definition");
381      StdString zoom("zoom_axis");
382      do
383      {
384        if (node.getElementName() == inverse) {
385          CInverseAxis* tmp = (CInverseAxisGroup::get(inverseAxisDefRoot))->createChild();
386          tmp->parse(node);
387          transformationMap_.push_back(std::make_pair(TRANS_INVERSE_AXIS,tmp));
388        } else if (node.getElementName() == zoom) {
389          CZoomAxis* tmp = (CZoomAxisGroup::get(zoomAxisDefRoot))->createChild();
390          tmp->parse(node);
391          transformationMap_.push_back(std::make_pair(TRANS_ZOOM_AXIS,tmp));
392        }
393      } while (node.goToNextElement()) ;
394      node.goToParentElement();
395    }
396  }
397
398  DEFINE_REF_FUNC(Axis,axis)
399
400   ///---------------------------------------------------------------
401
402} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.