source: XIOS/trunk/src/node/domain.hpp @ 1078

Last change on this file since 1078 was 1078, checked in by mhnguyen, 5 years ago

Adding rectilinear and curvilinear domain for expand_domain transformation
-) Rectilinear/curvilinear is expanded not only locally but also globally, its global size ni_glo, nj_glo become ni_glo+2 and nj_glo+2
-) Two attributes i_periodic, j_periodic are only used for rectilinear/curvilinear to process priodic condition

+) Do some minor modification

Test
+) Add test_connectivity_expand
+) On Curie
+) Work (but need more real tests)

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
File size: 8.1 KB
Line 
1#ifndef __XIOS_CDomain__
2#define __XIOS_CDomain__
3
4/// XIOS headers ///
5#include "xios_spl.hpp"
6#include "group_factory.hpp"
7
8#include "declare_group.hpp"
9#include "declare_ref_func.hpp"
10#include "event_client.hpp"
11#include "event_server.hpp"
12#include "buffer_in.hpp"
13#include "array_new.hpp"
14#include "attribute_array.hpp"
15#include "attribute_enum.hpp"
16#include "transformation.hpp"
17#include "transformation_enum.hpp"
18
19#include "mesh.hpp"
20
21namespace xios {
22
23   /// ////////////////////// Déclarations ////////////////////// ///
24
25   class CDomainGroup;
26   class CDomainAttributes;
27   class CDomain;
28   class CFile;
29
30   ///--------------------------------------------------------------
31
32   // Declare/Define CDomainAttribute
33   BEGIN_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CDomain)
34#  include "domain_attribute.conf"
35#  include "domain_attribute_private.conf"
36   END_DECLARE_ATTRIBUTE_MAP(CDomain)
37
38   ///--------------------------------------------------------------
39
40   class CDomain
41      : public CObjectTemplate<CDomain>
42      , public CDomainAttributes
43   {
44
45         enum EEventId
46         {
47           EVENT_ID_SERVER_ATTRIBUT, EVENT_ID_INDEX, EVENT_ID_LON, EVENT_ID_LAT, EVENT_ID_AREA
48         } ;
49
50         /// typedef ///
51         typedef CObjectTemplate<CDomain>   SuperClass;
52         typedef CDomainAttributes SuperClassAttribute;
53
54      public:
55
56         typedef CDomainAttributes RelAttributes;
57         typedef CDomainGroup      RelGroup;
58         typedef CTransformation<CDomain>::TransformationMapTypes TransMapTypes;
59
60         /// Constructeurs ///
61         CDomain(void);
62         explicit CDomain(const StdString & id);
63         CDomain(const CDomain & domain);       // Not implemented yet.
64         CDomain(const CDomain * const domain); // Not implemented yet.
65
66         static CDomain* createDomain();
67         
68         CMesh* mesh;
69         void assignMesh(const StdString, const int);
70       
71         virtual void parse(xml::CXMLNode & node);
72
73         /// Vérifications ///
74         void checkAttributes(void);
75
76         void checkAttributesOnClient();
77         void checkAttributesOnClientAfterTransformation();
78
79         void checkEligibilityForCompressedOutput(void);
80
81         void sendCheckedAttributes();
82
83         bool hasTransformation();
84         void solveInheritanceTransformation();
85         TransMapTypes getAllTransformations();
86         void redistribute(int nbLocalDomain);
87         void duplicateTransformation(CDomain*);
88         CTransformation<CDomain>* addTransformation(ETranformationType transType, const StdString& id="");
89
90      public:
91         const std::set<StdString> & getRelFiles(void) const;
92         bool IsWritten(const StdString & filename) const;
93         bool isWrittenCompressed(const StdString& filename) const;
94
95         const std::vector<int>& getIndexesToWrite(void) const;
96         int getNumberWrittenIndexes() const;
97         int getTotalNumberWrittenIndexes() const;
98         int getOffsetWrittenIndexes() const;
99
100         std::map<int, StdSize> getAttributesBufferSize();
101
102         bool isEmpty(void) const;
103         bool isDistributed(void) const;
104         bool isCompressible(void) const;
105         bool distributionAttributesHaveValue() const;
106
107         int ni_srv,ibegin_srv,iend_srv ;
108         int zoom_ni_srv,zoom_ibegin_srv,zoom_iend_srv ;
109
110         int nj_srv,jbegin_srv,jend_srv ;
111         int zoom_nj_srv,zoom_jbegin_srv,zoom_jend_srv ;
112
113         CArray<double, 1> lonvalue_srv, latvalue_srv ;
114         CArray<double, 2> bounds_lon_srv, bounds_lat_srv ;
115         CArray<double, 1> lonvalue_client, latvalue_client;
116         CArray<double, 2> bounds_lon_client, bounds_lat_client;
117         CArray<double, 1> area_srv;
118
119        vector<int> connectedServer ; // list of connected server
120        vector<int> nbSenders ; // for each communication with a server, number of communicating client
121        vector<int> nbDataSrv ; // size of data to send to each server
122        vector< vector<int> > i_indSrv ; // for each server, i global index to send
123        vector< vector<int> > j_indSrv ; // for each server, j global index to send
124
125         std::vector<int> getNbGlob();
126      public:
127         /// Mutateur ///
128         void addRelFile(const StdString & filename);
129         void addRelFileCompressed(const StdString& filename);
130         void completeLonLatClient(void);
131         void sendServerAttribut(void) ;
132         void sendLonLatArea(void);
133         void computeConnectedServer(void) ;
134
135         void AllgatherRectilinearLonLat(CArray<double,1>& lon, CArray<double,1>& lat,
136                                         CArray<double,1>& lon_g, CArray<double,1>& lat_g);
137
138         void fillInRectilinearBoundLonLat(CArray<double,1>& lon, CArray<double,1>& lat,
139                                           CArray<double,2>& boundsLon, CArray<double,2>& boundsLat);
140         
141         void fillInLonLat();
142
143         static bool dispatchEvent(CEventServer& event);
144         static void recvServerAttribut(CEventServer& event);
145         static void recvIndex(CEventServer& event);
146         static void recvLon(CEventServer& event);
147         static void recvLat(CEventServer& event);
148         static void recvArea(CEventServer& event);
149         void recvServerAttribut(CBufferIn& buffer);
150         void recvIndex(int rank, CBufferIn& buffer);
151         void recvLon(int rank, CBufferIn& buffer);
152         void recvLat(int rank, CBufferIn& buffer);
153         void recvArea(int rank, CBufferIn& buffer);
154
155         /// Destructeur ///
156         virtual ~CDomain(void);
157
158         /// Accesseurs statiques ///
159         static StdString GetName(void);
160         static StdString GetDefName(void);
161
162         static ENodeType GetType(void);
163         const std::map<int, vector<size_t> >& getIndexServer() const;
164         CArray<bool, 1> localMask;
165         bool isCurvilinear ;
166         bool hasBounds ;
167         bool hasArea;
168         bool hasLonLat;
169         bool hasPole ;
170
171      private:
172         void checkDomain(void);
173         void checkLocalIDomain(void);
174         void checkLocalJDomain(void);
175
176         void checkMask(void);
177         void checkDomainData(void);
178         void checkCompression(void);
179
180         void checkBounds(void);
181         void checkArea(void);
182         void checkLonLat();
183         void checkZoom(void);
184         void computeLocalMask(void) ;
185
186         void checkTransformations();
187         void setTransformations(const TransMapTypes&);
188         void computeNGlobDomain();
189
190         void sendIndex();
191         void sendArea();
192         void sendLonLat();
193
194         void fillInRectilinearLonLat();
195         void fillInCurvilinearLonLat();
196         void fillInUnstructuredLonLat();
197       private:
198         bool isChecked;
199         std::set<StdString> relFiles, relFilesCompressed;
200         bool isClientChecked; // Verify whether all attributes of domain on the client side are good
201         bool isClientAfterTransformationChecked;
202         std::map<int, CArray<int,1> > indiSrv, indjSrv;
203         std::map<int,int> nbConnectedClients_; // Mapping of number of communicating client to a server
204         std::map<int, vector<size_t> > indSrv_; // Global index of each client sent to server
205         std::map<int, vector<int> > indWrittenSrv_; // Global written index of each client sent to server
206         std::vector<int> indexesToWrite;
207         int numberWrittenIndexes_, totalNumberWrittenIndexes_, offsetWrittenIndexes_;
208         std::vector<int> connectedServerRank_;
209         bool isDistributed_;
210         //! True if and only if the data defined on the domain can be outputted in a compressed way
211         bool isCompressible_;
212         bool isRedistributed_;
213         TransMapTypes transformationMap_;         
214         bool isUnstructed_;
215       
216       private:
217         static bool initializeTransformationMap(std::map<StdString, ETranformationType>& m);
218         static std::map<StdString, ETranformationType> transformationMapList_;
219         static bool _dummyTransformationMapList;
220
221         DECLARE_REF_FUNC(Domain,domain)
222
223   }; // class CDomain
224
225   ///--------------------------------------------------------------
226
227   // Declare/Define CDomainGroup and CDomainDefinition
228   DECLARE_GROUP(CDomain);
229
230   ///--------------------------------------------------------------
231
232} // namespace xios
233
234#endif //__XIOS_CDomain__
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.