source: XIOS/trunk/src/output/nc4_data_output.cpp @ 631

Last change on this file since 631 was 631, checked in by mhnguyen, 6 years ago

Implementing zooming on a domain

+) Add algorithm to do zooming on a domain
+) Remove some redundant codes

Test
+) On Curie
+) test_complete and test_client are correct

  • Property copyright set to
    Software name : XIOS (Xml I/O Server)
    http://forge.ipsl.jussieu.fr/ioserver
    Creation date : January 2009
    Licence : CeCCIL version2
    see license file in root directory : Licence_CeCILL_V2-en.txt
    or http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.html
    Holder : CEA/LSCE (Laboratoire des Sciences du CLimat et de l'Environnement)
    CNRS/IPSL (Institut Pierre Simon Laplace)
    Project Manager : Yann Meurdesoif
    yann.meurdesoif@cea.fr
  • Property svn:executable set to *
File size: 81.8 KB
Line 
1
2#include "nc4_data_output.hpp"
3
4#include <boost/lexical_cast.hpp>
5#include "attribute_template.hpp"
6#include "group_template.hpp"
7
8#include "file.hpp"
9#include "calendar.hpp"
10#include "context.hpp"
11#include "context_server.hpp"
12#include "netCdfException.hpp"
13#include "exception.hpp"
14
15namespace xios
16{
17      /// ////////////////////// Définitions ////////////////////// ///
18      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
19         (const StdString & filename, bool exist)
20            : SuperClass()
21            , SuperClassWriter(filename, exist)
22            , filename(filename)
23      {
24         StdString timeid = StdString("time_counter");
25         SuperClass::type = MULTI_FILE;
26//         if (!exist)
27//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
28      }
29
30      CNc4DataOutput::CNc4DataOutput
31         (const StdString & filename, bool exist, bool useClassicFormat,
32          MPI_Comm comm_file,bool multifile, bool isCollective)
33            : SuperClass()
34            , SuperClassWriter(filename, exist, useClassicFormat, &comm_file, multifile)
35            , comm_file(comm_file)
36            , filename(filename)
37            , isCollective(isCollective)
38      {
39         StdString timeid = StdString("time_counter");
40
41         SuperClass::type = (multifile) ? MULTI_FILE : ONE_FILE;
42
43 //        if (!exist)
44//            SuperClassWriter::addDimension(timeid);
45      }
46
47
48      CNc4DataOutput::~CNc4DataOutput(void)
49      { /* Ne rien faire de plus */ }
50
51      ///--------------------------------------------------------------
52
53      const StdString & CNc4DataOutput::getFileName(void) const
54      {
55         return (this->filename);
56      }
57
58      //---------------------------------------------------------------
59
60      void CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)
61      {
62         if (domain->type == CDomain::type_attr::unstructured)
63         {
64           writeUnstructuredDomain(domain) ;
65           return ;
66         }
67
68         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
69         CContextServer* server=context->server ;
70
71         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
72         domain->checkAttributes();
73
74         if (domain->isEmpty())
75           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
76
77         std::vector<StdString> dim0, dim1;
78         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
79                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
80         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
81
82
83         StdString dimXid, dimYid ;
84
85         bool isRegularDomain = (domain->type == CDomain::type_attr::regular);
86         switch (domain->type)
87         {
88           case CDomain::type_attr::curvilinear :
89             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
90             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
91             break ;
92           case CDomain::type_attr::regular :
93             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
94             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
95             break;
96         }
97
98         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
99
100         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
101         string areaId = "area" + appendDomid;
102/*
103         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
104                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
105                             : lonid;
106         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
107                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
108                             : latid;
109*/
110
111         try
112         {
113           switch (SuperClass::type)
114           {
115              case (MULTI_FILE) :
116              {
117  //               if (domain->isEmpty()) return;
118
119                 if (server->intraCommSize > 1)
120                 {
121  //                 SuperClassWriter::addDimension(lonid, domain->zoom_ni.getValue());
122  //                 SuperClassWriter::addDimension(latid, domain->zoom_nj.getValue());
123                 }
124
125                 switch (domain->type)
126                 {
127                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
128                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
129                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
130                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
131                     break ;
132                   case CDomain::type_attr::regular :
133                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
134                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
135                     dim0.push_back(dimYid);
136                     dim1.push_back(dimXid);
137                     break;
138                 }
139
140                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
141                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
142
143                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_ni_srv);
144                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->zoom_nj_srv);
145
146                 if (domain->hasBounds)
147                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
148
149                 if (server->intraCommSize > 1)
150                 {
151                   this->writeLocalAttributes(domain->zoom_ibegin_srv,
152                                              domain->zoom_ni_srv,
153                                              domain->zoom_jbegin_srv,
154                                              domain->zoom_nj_srv,
155                                              appendDomid);
156
157                   if (singleDomain)
158                    this->writeLocalAttributes_IOIPSL(dimXid, dimYid,
159                                                      domain->zoom_ibegin_srv,
160                                                      domain->zoom_ni_srv,
161                                                      domain->zoom_jbegin_srv,
162                                                      domain->zoom_nj_srv,
163                                                      domain->ni_glo,domain->nj_glo,
164                                                      server->intraCommRank,server->intraCommSize);
165                 }
166
167                 switch (domain->type)
168                 {
169                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
170                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
171                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
172                     break ;
173                    case CDomain::type_attr::regular :
174                      SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
175                      SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
176                      break ;
177                 }
178
179                 this->writeAxisAttributes(lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
180                 this->writeAxisAttributes(latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
181
182                 if (domain->hasBounds)
183                 {
184                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
185                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
186
187                   dim0.clear();
188                   dim0.push_back(dimYid);
189                   dim0.push_back(dimXid);
190                   dim0.push_back(dimVertId);
191                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
192                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
193                 }
194
195                 dim0.clear();
196                 dim0.push_back(dimYid);
197                 dim0.push_back(dimXid);
198
199
200  // supress mask               if (server->intraCommSize > 1)
201  // supress mask               {
202  // supress mask                  SuperClassWriter::addVariable(maskid, NC_INT, dim0);
203  // supress mask
204  // supress mask                  this->writeMaskAttributes(maskid,
205  // supress mask                     domain->data_dim.getValue()/*,
206  // supress mask                     domain->data_ni.getValue(),
207  // supress mask                     domain->data_nj.getValue(),
208  // supress mask                     domain->data_ibegin.getValue(),
209  // supress mask                     domain->data_jbegin.getValue()*/);
210  // supress mask               }
211
212                 //SuperClassWriter::setDefaultValue(maskid, &dvm);
213
214                 if (domain->hasArea)
215                 {
216                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
217                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
218                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
219                 }
220
221                 SuperClassWriter::definition_end();
222
223                 switch (domain->type)
224                 {
225                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
226                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
227                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
228                     break;
229                   case CDomain::type_attr::regular :
230                     CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
231                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0);
232                     CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
233                     SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0);
234                     break;
235                 }
236
237                 if (domain->hasBounds)
238                 {
239                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
240                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
241                 }
242
243                 if (domain->hasArea)
244                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
245
246                 SuperClassWriter::definition_start();
247
248                 break;
249              }
250              case (ONE_FILE) :
251              {
252                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->global_zoom_ni);
253                 SuperClassWriter::addDimension(dimYid, domain->global_zoom_nj);
254
255                 if (domain->hasBounds)
256                   SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
257
258                 switch (domain->type)
259                 {
260                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
261                     dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
262                     lonid = StdString("nav_lon").append(appendDomid);
263                     latid = StdString("nav_lat").append(appendDomid);
264                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
265                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
266                     break;
267
268                   case CDomain::type_attr::regular :
269                     dim0.push_back(dimYid);
270                     dim1.push_back(dimXid);
271                     lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
272                     latid = StdString("lat").append(appendDomid);
273                     SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
274                     SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim1);
275                     break;
276                 }
277
278                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
279                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
280
281                 if (domain->hasArea)
282                 {
283                   dim0.clear();
284                   dim0.push_back(dimYid); dim0.push_back(dimXid);
285                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
286                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
287                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
288                   dim0.clear();
289                 }
290
291                 this->writeAxisAttributes
292                    (lonid, isRegularDomain ? "X" : "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
293                 this->writeAxisAttributes
294                    (latid, isRegularDomain ? "Y" : "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
295
296                 if (domain->hasBounds)
297                 {
298                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_lonid, &lonid);
299                   SuperClassWriter::addAttribute("bounds", bounds_latid, &latid);
300
301                   dim0.clear();
302                   dim0.push_back(dimYid);
303                   dim0.push_back(dimXid);
304                   dim0.push_back(dimVertId);
305                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
306                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
307                 }
308
309                 SuperClassWriter::definition_end();
310
311                 switch (domain->type)
312                 {
313                   case CDomain::type_attr::curvilinear :
314                   {
315                     std::vector<StdSize> start(2) ;
316                     std::vector<StdSize> count(2) ;
317                     if (domain->isEmpty())
318                     {
319                       start[0]=0 ; start[1]=0 ;
320                       count[0]=0 ; count[1]=0 ;
321                     }
322                     else
323                     {
324                       start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
325                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
326                       count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
327                     }
328
329                     SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
330                     SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
331                     break;
332                   }
333                   case CDomain::type_attr::regular :
334                   {
335                     std::vector<StdSize> start(1) ;
336                     std::vector<StdSize> count(1) ;
337                     if (domain->isEmpty())
338                     {
339                       start[0]=0 ;
340                       count[0]=0 ;
341                       SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
342                       SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
343                     }
344                     else
345                     {
346                       start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
347                       count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
348                       CArray<double,1> lat = domain->latvalue_srv(Range(fromStart,toEnd,domain->zoom_ni_srv)) ;
349                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lat.copy()), latid, isCollective, 0,&start,&count);
350
351                       start[0]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->global_zoom_ibegin;
352                       count[0]=domain->zoom_ni_srv ;
353                       CArray<double,1> lon=domain->lonvalue_srv(Range(0,domain->zoom_ni_srv-1)) ;
354                       SuperClassWriter::writeData(CArray<double,1>(lon.copy()), lonid, isCollective, 0,&start,&count);
355                     }
356                     break;
357                   }
358                 }
359
360                 if (domain->hasBounds)
361                 {
362                   std::vector<StdSize> start(3);
363                   std::vector<StdSize> count(3);
364                   if (domain->isEmpty())
365                   {
366                     start[2] = start[1] = start[0] = 0;
367                     count[2] = count[1] = count[0] = 0;
368                   }
369                   else
370                   {
371                     start[2] = 0;
372                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
373                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
374                     count[2] = domain->nvertex;
375                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
376                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
377                   }
378
379                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0, &start, &count);
380                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0, &start, &count);
381                 }
382
383                 if (domain->hasArea)
384                 {
385                   std::vector<StdSize> start(2);
386                   std::vector<StdSize> count(2);
387
388                   if (domain->isEmpty())
389                   {
390                     start[0] = 0; start[1] = 0;
391                     count[0] = 0; count[1] = 0;
392                   }
393                   else
394                   {
395                     start[1] = domain->zoom_ibegin_srv - domain->global_zoom_ibegin;
396                     start[0] = domain->zoom_jbegin_srv - domain->global_zoom_jbegin;
397                     count[1] = domain->zoom_ni_srv;
398                     count[0] = domain->zoom_nj_srv;
399                   }
400
401                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
402                 }
403
404                 SuperClassWriter::definition_start();
405                 break;
406              }
407              default :
408                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
409                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
410                       << " not implemented yet !");
411           }
412         }
413         catch (CNetCdfException& e)
414         {
415           StdString msg("On writing the domain : ");
416           msg.append(domid); msg.append("\n");
417           msg.append("In the context : ");
418           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
419           msg.append(e.what());
420           ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain_(CDomain* domain)", << msg);
421         }
422
423         domain->addRelFile(this->filename);
424      }
425
426      void CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)
427      {
428         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
429         CContextServer* server=context->server ;
430
431         if (domain->IsWritten(this->filename)) return;
432         domain->checkAttributes();
433
434         if (domain->isEmpty())
435           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
436
437         std::vector<StdString> dim0, dim1;
438         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
439                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
440         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
441
442
443         StdString dimXid = StdString("cell").append(appendDomid);
444         StdString dimVertId = StdString("nvertex").append(appendDomid);
445
446         string lonid,latid,bounds_lonid,bounds_latid ;
447         string areaId = "area" + appendDomid;
448
449         try
450         {
451           switch (SuperClass::type)
452           {
453              case (MULTI_FILE) :
454              {
455                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
456                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
457                 dim0.push_back(dimXid);
458
459                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->zoom_nj_srv);
460                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
461                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
462
463                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
464                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
465
466
467                 this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
468                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
469                 this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
470                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
471                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
472                 dim0.clear();
473                 if (domain->hasBounds)
474                 {
475                   dim0.push_back(dimXid);
476                   dim0.push_back(dimVertId);
477                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
478                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
479                 }
480
481                 dim0.clear();
482                 dim0.push_back(dimXid);
483
484                 if (domain->hasArea)
485                 {
486                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
487                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
488                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
489                 }
490
491                 SuperClassWriter::definition_end();
492
493                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0);
494                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0);
495
496                 if (domain->hasBounds)
497                 {
498                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0);
499                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0);
500                 }
501
502                 if (domain->hasArea)
503                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0);
504
505                 SuperClassWriter::definition_start();
506                 break ;
507              }
508
509              case (ONE_FILE) :
510              {
511                 lonid = StdString("lon").append(appendDomid);
512                 latid = StdString("lat").append(appendDomid);
513                 bounds_lonid = StdString("bounds_lon").append(appendDomid);
514                 bounds_latid = StdString("bounds_lat").append(appendDomid);
515                 dim0.push_back(dimXid);
516                 SuperClassWriter::addDimension(dimXid, domain->nj_glo);
517                 SuperClassWriter::addVariable(latid, NC_FLOAT, dim0);
518                 SuperClassWriter::addVariable(lonid, NC_FLOAT, dim0);
519                 this->writeAxisAttributes(lonid, "", "longitude", "Longitude", "degrees_east", domid);
520                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_lonid, &lonid);
521                 this->writeAxisAttributes(latid, "", "latitude", "Latitude", "degrees_north", domid);
522                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addAttribute("bounds",bounds_latid, &latid);
523                 if (domain->hasBounds) SuperClassWriter::addDimension(dimVertId, domain->nvertex);
524                 dim0.clear();
525
526                 if (domain->hasBounds)
527                 {
528                   dim0.push_back(dimXid);
529                   dim0.push_back(dimVertId);
530                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_lonid, NC_FLOAT, dim0);
531                   SuperClassWriter::addVariable(bounds_latid, NC_FLOAT, dim0);
532                 }
533
534                 if (domain->hasArea)
535                 {
536                   dim0.clear();
537                   dim0.push_back(dimXid);
538                   SuperClassWriter::addVariable(areaId, NC_FLOAT, dim0);
539                   SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", StdString("cell_area"), &areaId);
540                   SuperClassWriter::addAttribute("units", StdString("m2"), &areaId);
541                 }
542
543                 SuperClassWriter::definition_end();
544
545                 std::vector<StdSize> start(1), startBounds(2) ;
546                 std::vector<StdSize> count(1), countBounds(2) ;
547                 if (domain->isEmpty())
548                 {
549                   start[0]=0 ;
550                   count[0]=0 ;
551                   startBounds[1]=0 ;
552                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
553                   startBounds[0]=0 ;
554                   countBounds[0]=0 ;
555                 }
556                 else
557                 {
558                   start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
559                   count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
560                   startBounds[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->global_zoom_jbegin;
561                   startBounds[1]=0 ;
562                   countBounds[0]=domain->zoom_nj_srv ;
563                   countBounds[1]=domain->nvertex ;
564                 }
565                 SuperClassWriter::writeData(domain->latvalue_srv, latid, isCollective, 0,&start,&count);
566                 SuperClassWriter::writeData(domain->lonvalue_srv, lonid, isCollective, 0,&start,&count);
567                 if (domain->hasBounds)
568                 {
569                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lon_srv, bounds_lonid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
570                   SuperClassWriter::writeData(domain->bounds_lat_srv, bounds_latid, isCollective, 0,&startBounds,&countBounds);
571                 }
572
573                 if (domain->hasArea)
574                   SuperClassWriter::writeData(domain->area_srv, areaId, isCollective, 0, &start, &count);
575
576                 SuperClassWriter::definition_start();
577
578                 break;
579              }
580              default :
581                 ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
582                       << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
583                       << " not implemented yet !");
584           }
585         }
586         catch (CNetCdfException& e)
587         {
588           StdString msg("On writing the domain : ");
589           msg.append(domid); msg.append("\n");
590           msg.append("In the context : ");
591           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
592           msg.append(e.what());
593           ERROR("CNc4DataOutput::writeUnstructuredDomain(CDomain* domain)", << msg);
594         }
595         domain->addRelFile(this->filename);
596      }
597      //--------------------------------------------------------------
598
599      void CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)
600      {
601        if (axis->IsWritten(this->filename)) return;
602        axis->checkAttributes();
603        int zoom_size_srv  = axis->zoom_size_srv;
604        int zoom_begin_srv = axis->zoom_begin_srv;
605        StdSize zoom_size  = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_size_srv
606                                                              : axis->global_zoom_size;
607        StdSize zoom_begin = (MULTI_FILE == SuperClass::type) ? zoom_begin_srv
608                                                              : axis->global_zoom_begin;
609
610
611        std::vector<StdString> dims;
612        StdString axisid = !axis->name.isEmpty() ? axis->name.getValue() : axis->getId();
613        try
614        {
615          SuperClassWriter::addDimension(axisid, zoom_size);
616          dims.push_back(axisid);
617
618          switch (SuperClass::type)
619          {
620            case MULTI_FILE:
621            case ONE_FILE:
622            {
623              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_FLOAT, dims);
624
625              if (!axis->name.isEmpty())
626                SuperClassWriter::addAttribute("name", axis->name.getValue(), &axisid);
627
628              if (!axis->standard_name.isEmpty())
629                SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", axis->standard_name.getValue(), &axisid);
630
631              if (!axis->long_name.isEmpty())
632                SuperClassWriter::addAttribute("long_name", axis->long_name.getValue(), &axisid);
633
634              if (!axis->unit.isEmpty())
635                SuperClassWriter::addAttribute("units", axis->unit.getValue(), &axisid);
636
637              if (!axis->positive.isEmpty())
638              {
639                SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("Z"), &axisid);
640                SuperClassWriter::addAttribute("positive",
641                                               (axis->positive == CAxis::positive_attr::up) ? string("up") : string("down"),
642                                               &axisid);
643              }
644
645              StdString axisBoundsId = axisid + "_bounds";
646              if (!axis->bounds.isEmpty())
647              {
648                dims.push_back("axis_nbounds");
649                SuperClassWriter::addVariable(axisBoundsId, NC_FLOAT, dims);
650                SuperClassWriter::addAttribute("bounds", axisBoundsId, &axisid);
651              }
652
653              SuperClassWriter::definition_end();
654
655              CArray<double,1> axis_value(zoom_size);
656              for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++) axis_value(i) = axis->value(i + zoom_begin_srv);
657              SuperClassWriter::writeData(axis_value, axisid, isCollective, 0);
658
659              if (!axis->bounds.isEmpty())
660              {
661                CArray<double,2> axisBounds(2, zoom_size);
662                for (int i = 0; i < zoom_size_srv; i++)
663                {
664                  axisBounds(0, i) = axis->bounds(i + zoom_begin_srv, 0);
665                  axisBounds(1, i) = axis->bounds(i + zoom_begin_srv, 1);
666                }
667                SuperClassWriter::writeData(axisBounds, axisBoundsId, isCollective, 0);
668              }
669
670              SuperClassWriter::definition_start();
671
672              break;
673            }
674            default :
675              ERROR("CNc4DataOutput::writeDomain(domain)",
676                    << "[ type = " << SuperClass::type << "]"
677                    << " not implemented yet !");
678          }
679        }
680        catch (CNetCdfException& e)
681        {
682          StdString msg("On writing the axis : ");
683          msg.append(axisid); msg.append("\n");
684          msg.append("In the context : ");
685          CContext* context = CContext::getCurrent() ;
686          msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
687          msg.append(e.what());
688          ERROR("CNc4DataOutput::writeAxis_(CAxis* axis)", << msg);
689        }
690        axis->addRelFile(this->filename);
691     }
692
693     void CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)
694     {
695       try
696       {
697        SuperClassWriter::addDimension("time_counter");
698       }
699       catch (CNetCdfException& e)
700       {
701         StdString msg("On writing time dimension : time_couter\n");
702         msg.append("In the context : ");
703         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
704         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
705         msg.append(e.what());
706         ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeDimension_(void)", << msg);
707       }
708     }
709      //--------------------------------------------------------------
710
711      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
712      {
713         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
714         CContextServer* server=context->server ;
715
716         std::vector<StdString> dims, coodinates;
717         CGrid* grid = field->grid;
718         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
719          if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
720
721         CArray<bool,1> axisDomainOrder = grid->axis_domain_order;
722         int numElement = axisDomainOrder.numElements(), idxDomain = 0, idxAxis = 0;
723         std::vector<StdString> domainList = grid->getDomainList();
724         std::vector<StdString> axisList   = grid->getAxisList();
725
726         StdString timeid  = StdString("time_counter");
727         StdString dimXid,dimYid;
728         std::deque<StdString> dimIdList, dimCoordList;
729         bool hasArea = false;
730         StdString cellMeasures = "area:";
731
732         for (int i = 0; i < numElement; ++i)
733         {
734           if (axisDomainOrder(i))
735           {
736             CDomain* domain = CDomain::get(domainList[idxDomain]);
737             StdString domid = (!domain->name.isEmpty())
738                                 ? domain->name.getValue() : domain->getId();
739             StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
740             switch (domain->type)
741             {
742               case CDomain::type_attr::curvilinear :
743                 dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
744                 dimIdList.push_back(dimXid);
745                 dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
746                 dimIdList.push_back(dimYid);
747                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
748                 dimCoordList.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
749                 break ;
750               case CDomain::type_attr::regular :
751                 dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
752                 dimIdList.push_back(dimXid);
753                 dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
754                 dimIdList.push_back(dimYid);
755                 break ;
756               case CDomain::type_attr::unstructured :
757                 dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
758                 dimIdList.push_back(dimXid);
759                 dimCoordList.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
760                 dimCoordList.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
761                 break ;
762            }
763            if (domain->hasArea)
764            {
765              hasArea = true;
766              cellMeasures += " area" + appendDomid;
767            }
768            ++idxDomain;
769           }
770           else
771           {
772             CAxis* axis = CAxis::get(axisList[idxAxis]);
773             StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
774                                ? axis->name.getValue() : axis->getId();
775             dimIdList.push_back(axisid);
776             dimCoordList.push_back(axisid);
777            ++idxAxis;
778           }
779         }
780
781/*
782         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
783                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
784                             : lonid;
785         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
786                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
787                             : latid;
788*/
789         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
790                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
791
792//         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
793//         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
794//          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
795
796         nc_type type ;
797         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
798         else
799         {
800           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
801           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
802           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
803         }
804
805         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
806
807         if (wtime)
808         {
809
810            //StdOStringStream oss;
811           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
812           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
813          //oss
814            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
815            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
816            dims.push_back(timeid);
817         }
818
819         while (!dimIdList.empty())
820         {
821           dims.push_back(dimIdList.back());
822           dimIdList.pop_back();
823         }
824
825         while (!dimCoordList.empty())
826         {
827           coodinates.push_back(dimCoordList.back());
828           dimCoordList.pop_back();
829         }
830
831         try
832         {
833           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
834
835           if (!field->standard_name.isEmpty())
836              SuperClassWriter::addAttribute
837                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
838
839           if (!field->long_name.isEmpty())
840              SuperClassWriter::addAttribute
841                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
842
843           if (!field->unit.isEmpty())
844              SuperClassWriter::addAttribute
845                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
846
847            if (!field->valid_min.isEmpty())
848              SuperClassWriter::addAttribute
849                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
850
851           if (!field->valid_max.isEmpty())
852              SuperClassWriter::addAttribute
853                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
854
855            if (!field->scale_factor.isEmpty())
856              SuperClassWriter::addAttribute
857                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
858
859             if (!field->add_offset.isEmpty())
860              SuperClassWriter::addAttribute
861                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
862
863           SuperClassWriter::addAttribute
864                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
865
866          // write child variables as attributes
867
868
869           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
870           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
871
872
873           if (wtime)
874           {
875              CDuration freqOp = field->freq_op.getValue();
876              freqOp.solveTimeStep(*context->calendar);
877              StdString freqOpStr = freqOp.toStringUDUnits();
878              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", freqOpStr, &fieldid);
879
880              CDuration freqOut = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
881              freqOut.solveTimeStep(*context->calendar);
882              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", freqOut.toStringUDUnits(), &fieldid);
883
884              StdString cellMethods = "time: ";
885              if (field->operation.getValue() == "instant") cellMethods += "point";
886              else if (field->operation.getValue() == "average") cellMethods += "mean";
887              else if (field->operation.getValue() == "accumulate") cellMethods += "sum";
888              else cellMethods += field->operation;
889              if (freqOp.resolve(*context->calendar) != freqOut.resolve(*context->calendar))
890                cellMethods += " (interval: " + freqOpStr + ")";
891              SuperClassWriter::addAttribute("cell_methods", cellMethods, &fieldid);
892           }
893
894           if (hasArea)
895             SuperClassWriter::addAttribute("cell_measures", cellMeasures, &fieldid);
896
897           if (!field->default_value.isEmpty())
898           {
899              double default_value = field->default_value.getValue();
900              float fdefault_value = (float)default_value;
901              if (type == NC_DOUBLE)
902                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
903              else
904                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
905           }
906           else
907              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
908
909            if (field->compression_level.isEmpty())
910              field->compression_level = field->file->compression_level.isEmpty() ? 0 : field->file->compression_level;
911            SuperClassWriter::setCompressionLevel(fieldid, field->compression_level);
912
913           {  // Ecriture des coordonnées
914
915              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
916              std::vector<StdString>::iterator
917                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
918
919              for (; itc!= endc; itc++)
920              {
921                 StdString & coord = *itc;
922                 if (itc+1 != endc)
923                       coordstr.append(coord).append(" ");
924                 else  coordstr.append(coord);
925              }
926
927              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
928
929           }
930         }
931         catch (CNetCdfException& e)
932         {
933           StdString msg("On writing field : ");
934           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
935           msg.append("In the context : ");
936           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
937           msg.append(e.what());
938           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
939         }
940      }
941
942
943//      void CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)
944//      {
945//         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
946//         CContextServer* server=context->server ;
947//
948//         std::vector<StdString> dims, coodinates;
949//         CGrid* grid = field->grid;
950//         CDomain* domain = grid->domain;
951//
952//         if (domain->isEmpty())
953//           if (SuperClass::type==MULTI_FILE) return ;
954//
955//         StdString timeid    = StdString("time_counter");
956//         StdString domid     = (!domain->name.isEmpty())
957//                             ? domain->name.getValue() : domain->getId();
958//         StdString appendDomid  = (singleDomain) ? "" : "_"+domid ;
959//
960////         bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
961////         bool isCurvilinear = (domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear) ;
962//
963//         StdString dimXid,dimYid ;
964//
965//         switch (domain->type)
966//         {
967//           case CDomain::type_attr::curvilinear :
968//             dimXid     = StdString("x").append(appendDomid);
969//             dimYid     = StdString("y").append(appendDomid);
970//             break ;
971//           case CDomain::type_attr::regular :
972//             dimXid     = StdString("lon").append(appendDomid);
973//             dimYid     = StdString("lat").append(appendDomid);
974//             break ;
975//           case CDomain::type_attr::unstructured :
976//             dimXid     = StdString("cell").append(appendDomid);
977//             break ;
978//        }
979//
980///*
981//         StdString lonid_loc = (server->intraCommSize > 1)
982//                             ? StdString("lon").append(appendDomid).append("_local")
983//                             : lonid;
984//         StdString latid_loc = (server->intraCommSize > 1)
985//                             ? StdString("lat").append(appendDomid).append("_local")
986//                             : latid;
987//*/
988//         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
989//                             ? field->name.getValue() : field->getBaseFieldReference()->getId();
990//
991////         unsigned int ssize = domain->zoom_ni_loc.getValue() * domain->zoom_nj_loc.getValue();
992////         bool isCurvilinear = (domain->lonvalue.getValue()->size() == ssize);
993////          bool isCurvilinear = domain->isCurvilinear ;
994//
995//         nc_type type ;
996//         if (field->prec.isEmpty()) type =  NC_FLOAT ;
997//         else
998//         {
999//           if (field->prec==2) type = NC_SHORT ;
1000//           else if (field->prec==4)  type =  NC_FLOAT ;
1001//           else if (field->prec==8)   type =  NC_DOUBLE ;
1002//         }
1003//
1004//         bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once);
1005//
1006//         if (wtime)
1007//         {
1008//
1009//            //StdOStringStream oss;
1010//           // oss << "time_" << field->operation.getValue()
1011//           //     << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1012//          //oss
1013//            if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) coodinates.push_back(string("time_instant"));
1014//            else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) coodinates.push_back(string("time_centered"));
1015//            dims.push_back(timeid);
1016//         }
1017//
1018//         std::vector<StdString> axisList = grid->getAxisList();
1019//         if (!axisList.empty())
1020//         {
1021//           std::vector<StdString>::const_iterator itAxis = axisList.begin(), iteAxis = axisList.end();
1022//           for (; itAxis != iteAxis; ++itAxis)
1023//           {
1024//             CAxis* axis = CAxis::get(*itAxis);
1025//             StdString axisid = (!axis->name.isEmpty())
1026//                                ? axis->name.getValue() : axis->getId();
1027//
1028//             dims.push_back(axisid);
1029//             coodinates.push_back(axisid);
1030//           }
1031//         }
1032//
1033//         switch (domain->type)
1034//         {
1035//           case CDomain::type_attr::curvilinear :
1036//             coodinates.push_back(StdString("nav_lon").append(appendDomid));
1037//             coodinates.push_back(StdString("nav_lat").append(appendDomid));
1038//             break;
1039//           case CDomain::type_attr::regular :
1040//           case CDomain::type_attr::unstructured :
1041//            coodinates.push_back(StdString("lon").append(appendDomid));
1042//            coodinates.push_back(StdString("lat").append(appendDomid));
1043//             break;
1044//         }
1045//
1046//         if ( domain->type == CDomain::type_attr::curvilinear || domain->type == CDomain::type_attr::regular)dims.push_back(dimYid);
1047//         dims.push_back(dimXid);
1048//
1049//         try
1050//         {
1051//           SuperClassWriter::addVariable(fieldid, type, dims);
1052//
1053//           if (!field->standard_name.isEmpty())
1054//              SuperClassWriter::addAttribute
1055//                 ("standard_name",  field->standard_name.getValue(), &fieldid);
1056//
1057//           if (!field->long_name.isEmpty())
1058//              SuperClassWriter::addAttribute
1059//                 ("long_name", field->long_name.getValue(), &fieldid);
1060//
1061//           if (!field->unit.isEmpty())
1062//              SuperClassWriter::addAttribute
1063//                 ("units", field->unit.getValue(), &fieldid);
1064//
1065//            if (!field->valid_min.isEmpty())
1066//              SuperClassWriter::addAttribute
1067//                 ("valid_min", field->valid_min.getValue(), &fieldid);
1068//
1069//           if (!field->valid_max.isEmpty())
1070//              SuperClassWriter::addAttribute
1071//                 ("valid_max", field->valid_max.getValue(), &fieldid);
1072//
1073//            if (!field->scale_factor.isEmpty())
1074//              SuperClassWriter::addAttribute
1075//                 ("scale_factor", field->scale_factor.getValue(), &fieldid);
1076//
1077//             if (!field->add_offset.isEmpty())
1078//              SuperClassWriter::addAttribute
1079//                 ("add_offset", field->add_offset.getValue(), &fieldid);
1080//
1081//           SuperClassWriter::addAttribute
1082//                 ("online_operation", field->operation.getValue(), &fieldid);
1083//
1084//          // write child variables as attributes
1085//
1086//
1087//           vector<CVariable*> listVars = field->getAllVariables() ;
1088//           for (vector<CVariable*>::iterator it = listVars.begin() ;it != listVars.end(); it++) writeAttribute_(*it, fieldid) ;
1089//
1090//
1091//           if (wtime)
1092//           {
1093//              CDuration duration = field->freq_op.getValue();
1094//              duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
1095//              SuperClassWriter::addAttribute("interval_operation", duration.toStringUDUnits(), &fieldid);
1096//
1097//              duration = field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1098//              duration.solveTimeStep(*(context->calendar));
1099//              SuperClassWriter::addAttribute("interval_write", duration.toStringUDUnits(), &fieldid);
1100//           }
1101//
1102//           if (!field->default_value.isEmpty())
1103//           {
1104//              double default_value = field->default_value.getValue();
1105//              float fdefault_value = (float)default_value;
1106//              if (type == NC_DOUBLE)
1107//                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &default_value);
1108//              else
1109//                 SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, &fdefault_value);
1110//           }
1111//           else
1112//              SuperClassWriter::setDefaultValue(fieldid, (double*)NULL);
1113//
1114//           {  // Ecriture des coordonnées
1115//
1116//              StdString coordstr; //boost::algorithm::join(coodinates, " ")
1117//              std::vector<StdString>::iterator
1118//                 itc = coodinates.begin(), endc = coodinates.end();
1119//
1120//              for (; itc!= endc; itc++)
1121//              {
1122//                 StdString & coord = *itc;
1123//                 if (itc+1 != endc)
1124//                       coordstr.append(coord).append(" ");
1125//                 else  coordstr.append(coord);
1126//              }
1127//
1128//              SuperClassWriter::addAttribute("coordinates", coordstr, &fieldid);
1129//
1130//           }
1131//         }
1132//         catch (CNetCdfException& e)
1133//         {
1134//           StdString msg("On writing field : ");
1135//           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1136//           msg.append("In the context : ");
1137//           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1138//           msg.append(e.what());
1139//           ERROR("CNc4DataOutput::writeField_(CField* field)", << msg);
1140//         }
1141//      }
1142
1143      //--------------------------------------------------------------
1144
1145      void CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)
1146      {
1147         StdString filename = (!file->name.isEmpty())
1148                            ? file->name.getValue() : file->getId();
1149         StdString description = (!file->description.isEmpty())
1150                               ? file->description.getValue()
1151                               : StdString("Created by xios");
1152
1153         singleDomain = (file->nbDomains == 1);
1154
1155         try
1156         {
1157           this->writeFileAttributes(filename, description,
1158                                     StdString("CF-1.5"),
1159                                     StdString("An IPSL model"),
1160                                     this->getTimeStamp());
1161
1162           SuperClassWriter::addDimension("axis_nbounds", 2);
1163         }
1164         catch (CNetCdfException& e)
1165         {
1166           StdString msg("On writing file : ");
1167           msg.append(filename); msg.append("\n");
1168           msg.append("In the context : ");
1169           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1170           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1171           msg.append(e.what());
1172           ERROR("CNc4DataOutput::writeFile_ (CFile* file)", << msg);
1173         }
1174      }
1175
1176      void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)
1177      {
1178        string name ;
1179        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
1180        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
1181        else return ;
1182
1183        try
1184        {
1185          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1186            addAttribute(name, var->getData<int>(), &fieldId);
1187          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1188            addAttribute(name, var->getData<short int>(), &fieldId);
1189          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1190            addAttribute(name, var->getData<float>(), &fieldId);
1191          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1192            addAttribute(name, var->getData<double>(), &fieldId);
1193          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1194            addAttribute(name, var->getData<string>(), &fieldId);
1195          else
1196            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)",
1197                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1198        }
1199       catch (CNetCdfException& e)
1200       {
1201         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1202         msg.append(name); msg.append("in the field "); msg.append(fieldId); msg.append("\n");
1203         msg.append("In the context : ");
1204         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1205         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1206         msg.append(e.what());
1207         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var, const string& fieldId)", << msg);
1208       }
1209     }
1210
1211     void CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)
1212     {
1213        string name ;
1214        if (!var->name.isEmpty()) name=var->name ;
1215        else if (var->hasId()) name=var->getId() ;
1216        else return ;
1217        try
1218        {
1219          if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int || var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int32)
1220            addAttribute(name, var->getData<int>());
1221          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_int16)
1222            addAttribute(name, var->getData<short int>());
1223          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_float)
1224            addAttribute(name, var->getData<float>());
1225          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_double)
1226            addAttribute(name, var->getData<double>());
1227          else if (var->type.getValue() == CVariable::type_attr::t_string)
1228            addAttribute(name, var->getData<string>());
1229          else
1230            ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)",
1231                  << "Unsupported variable of type " << var->type.getStringValue());
1232        }
1233       catch (CNetCdfException& e)
1234       {
1235         StdString msg("On writing attributes of variable with name : ");
1236         msg.append(name); msg.append("\n");
1237         msg.append("In the context : ");
1238         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1239         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1240         msg.append(e.what());
1241         ERROR("CNc4DataOutput::writeAttribute_ (CVariable* var)", << msg);
1242       }
1243     }
1244
1245      void CNc4DataOutput::syncFile_ (void)
1246      {
1247        try
1248        {
1249          SuperClassWriter::sync() ;
1250        }
1251        catch (CNetCdfException& e)
1252        {
1253         StdString msg("On synchronizing the write among processes");
1254         msg.append("In the context : ");
1255         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1256         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1257         msg.append(e.what());
1258         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1259        }
1260      }
1261
1262      void CNc4DataOutput::closeFile_ (void)
1263      {
1264        try
1265        {
1266          SuperClassWriter::close() ;
1267        }
1268        catch (CNetCdfException& e)
1269        {
1270         StdString msg("On closing file");
1271         msg.append("In the context : ");
1272         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1273         msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1274         msg.append(e.what());
1275         ERROR("CNc4DataOutput::syncFile_ (void)", << msg);
1276        }
1277
1278      }
1279
1280      //---------------------------------------------------------------
1281
1282      StdString CNc4DataOutput::getTimeStamp(void) const
1283      {
1284         const int buffer_size = 100;
1285         time_t rawtime;
1286         struct tm * timeinfo = NULL;
1287         char buffer [buffer_size];
1288
1289         time ( &rawtime );
1290         timeinfo = localtime ( &rawtime );
1291         strftime (buffer, buffer_size, "%Y-%b-%d %H:%M:%S %Z", timeinfo);
1292
1293         return (StdString(buffer));
1294      }
1295
1296      //---------------------------------------------------------------
1297
1298      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1299      {
1300         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1301//          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
1302         CContextServer* server=context->server ;
1303
1304         CGrid* grid = field->grid ;
1305
1306         if (!grid->doGridHaveDataToWrite())
1307          if (SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) return ;
1308
1309         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
1310                             ? field->name.getValue()
1311                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
1312
1313         StdOStringStream oss;
1314         string timeAxisId ;
1315         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
1316         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
1317
1318         StdString timeBoundId("time_counter_bounds");
1319
1320         StdString timeAxisBoundId;
1321         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisBoundId="time_instant_bounds" ;
1322         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisBoundId="time_centered_bounds" ;
1323
1324         CArray<double,1> time_data(1) ;
1325         CArray<double,1> time_counter(1) ;
1326         CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1327         CArray<double,1> time_data_bound(2);
1328
1329        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
1330
1331        if (wtime)
1332        {
1333          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv) + Time(*field->lastlast_Write_srv)) / 2;
1334          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1335            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv);
1336          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
1337
1338          time_counter_bound(0) = Time(*field->lastlast_Write_srv);
1339          time_counter_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
1340          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1341            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
1342          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)
1343          {
1344            time_data_bound(0) = time_counter_bound(0);
1345            time_data_bound(1) = time_counter_bound(1);
1346          }
1347         }
1348
1349         bool isRoot ;
1350         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
1351         else isRoot=false ;
1352
1353         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1354         {
1355           double scaleFactor=1. ;
1356           double addOffset=0. ;
1357           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
1358           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
1359           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
1360         }
1361
1362         try
1363         {
1364           CArray<double,1> fieldData(grid->getWrittenDataSize());
1365           if (!field->default_value.isEmpty()) fieldData = field->default_value;
1366           field->outputField(fieldData);
1367           if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) fieldData=round(fieldData) ;
1368
1369           switch (SuperClass::type)
1370           {
1371              case (MULTI_FILE) :
1372              {
1373                 SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
1374                 if (wtime)
1375                 {
1376                   SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
1377                   SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
1378                   SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1379                   SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1380                 }
1381                 break ;
1382              }
1383              case (ONE_FILE) :
1384              {
1385                std::vector<int> nZoomBeginGlobal = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginGlobal();
1386                std::vector<int> nZoomBeginServer = grid->getDistributionServer()->getZoomBeginServer();
1387                std::vector<int> nZoomSizeServer  = grid->getDistributionServer()->getZoomSizeServer();
1388
1389                int ssize = nZoomBeginGlobal.size();
1390
1391                std::vector<StdSize> start(ssize) ;
1392                std::vector<StdSize> count(ssize) ;
1393
1394                for (int i = 0; i < ssize; ++i)
1395                {
1396                  start[i] = nZoomBeginServer[ssize-i-1] - nZoomBeginGlobal[ssize-i-1];
1397                  count[i] = nZoomSizeServer[ssize-i-1];
1398                }
1399
1400                SuperClassWriter::writeData(fieldData, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
1401                if (wtime)
1402                {
1403                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1404                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1405                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot );
1406                  SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1407                }
1408
1409                break;
1410              }
1411            }
1412         }
1413         catch (CNetCdfException& e)
1414         {
1415           StdString msg("On writing field data: ");
1416           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1417           msg.append("In the context : ");
1418           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1419           msg.append(e.what());
1420           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
1421         }
1422      }
1423
1424//      //---------------------------------------------------------------
1425//
1426//      void CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)
1427//      {
1428//         CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1429////          if (field->getRelFile()->isSyncTime()) SuperClassWriter::sync() ;
1430//         CContextServer* server=context->server ;
1431//
1432//         CGrid* grid = field->grid ;
1433//         CDomain* domain = grid->domain ;
1434//
1435//         if(SuperClass::type==MULTI_FILE || !isCollective) if (domain->isEmpty()) return;
1436//
1437//
1438//         StdString fieldid   = (!field->name.isEmpty())
1439//                             ? field->name.getValue()
1440//                             : field->getBaseFieldReference()->getId();
1441//
1442//         StdOStringStream oss;
1443//         string timeAxisId ;
1444//         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisId="time_instant" ;
1445//         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisId="time_centered" ;
1446//
1447//         StdString timeBoundId("time_counter_bounds");
1448//
1449//         StdString timeAxisBoundId;
1450//         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)  timeAxisBoundId="time_instant_bounds" ;
1451//         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)  timeAxisBoundId="time_centered_bounds" ;
1452//
1453//         CArray<double,1> time_data(1) ;
1454//         CArray<double,1> time_counter(1) ;
1455//         CArray<double,1> time_counter_bound(2);
1456//         CArray<double,1> time_data_bound(2);
1457//
1458//        bool wtime   = !(!field->operation.isEmpty() && (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once));
1459//
1460//        if (wtime)
1461//        {
1462//          time_counter(0)= (Time(*field->last_Write_srv) + Time(*field->lastlast_Write_srv)) / 2;
1463//          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1464//            time_data(0) = Time(*field->last_Write_srv);
1465//          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) time_data(0) = time_counter(0);
1466//
1467//          time_counter_bound(0) = Time(*field->lastlast_Write_srv);
1468//          time_counter_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
1469//          if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1470//            time_data_bound(0) = time_data_bound(1) = Time(*field->last_Write_srv);
1471//          else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered)
1472//          {
1473//            time_data_bound(0) = time_counter_bound(0);
1474//            time_data_bound(1) = time_counter_bound(1);
1475//          }
1476//         }
1477//
1478//         bool isRoot ;
1479//         if (server->intraCommRank==0) isRoot=true ;
1480//         else isRoot=false ;
1481//
1482//         if (!field->scale_factor.isEmpty() || !field->add_offset.isEmpty())
1483//         {
1484//           double scaleFactor=1. ;
1485//           double addOffset=0. ;
1486//           if (!field->scale_factor.isEmpty()) scaleFactor=field->scale_factor ;
1487//           if (!field->add_offset.isEmpty()) addOffset=field->add_offset ;
1488//           field->scaleFactorAddOffset(scaleFactor,addOffset) ;
1489//         }
1490//
1491//         try
1492//         {
1493//           if (grid->hasAxis()) // 3D
1494//           {
1495//              CAxis* axis = grid->axis ;
1496//              CArray<double,3> field_data3D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv,axis->zoom_size) ;
1497//              if (!field->default_value.isEmpty()) field_data3D = field->default_value ;
1498//
1499//              field->outputField(field_data3D);
1500//
1501//              if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data3D=round(field_data3D) ;
1502//
1503//              switch (SuperClass::type)
1504//             {
1505//                case (MULTI_FILE) :
1506//                {
1507//                   SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
1508//                   if (wtime)
1509//                   {
1510//                     SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
1511//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
1512//                     SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1513//                     SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1514//                   }
1515//                   break ;
1516//                }
1517//                case (ONE_FILE) :
1518//                {
1519//                   std::vector<StdSize> start(3) ;
1520//                   std::vector<StdSize> count(3) ;
1521//                   if (domain->isEmpty())
1522//                   {
1523//                     start[0]=0 ; start[1]=0 ; start[2]=0 ;
1524//                     count[0]=0 ; count[1]=0 ; start[2]=0 ;
1525//                   }
1526//                   else
1527//                   {
1528//  //                 start[2]=domain->zoom_ibegin_loc.getValue()-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_loc.getValue()-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
1529//                     start[2]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start [1]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ; start[0]=0 ;
1530//                     count[2]=domain->zoom_ni_srv ; count[1]=domain->zoom_nj_srv ; count[0] = axis->zoom_size.getValue();
1531//                   }
1532//                   SuperClassWriter::writeData(field_data3D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count );
1533//                   if (wtime)
1534//                   {
1535//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1536//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot );
1537//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot );
1538//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1539//                   }
1540//                   break;
1541//                }
1542//              }
1543//
1544//           }
1545//           else // 2D
1546//           {
1547//              CArray<double,2> field_data2D(domain->zoom_ni_srv,domain->zoom_nj_srv) ;
1548//              if (!field->default_value.isEmpty()) field_data2D = field->default_value ;
1549//              field->outputField(field_data2D);
1550//              if (!field->prec.isEmpty() && field->prec==2) field_data2D=round(field_data2D) ;
1551//              switch (SuperClass::type)
1552//              {
1553//                case (MULTI_FILE) :
1554//                {
1555//                  SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1);
1556//                  if (wtime)
1557//                  {
1558//                    SuperClassWriter::writeData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1);
1559//                    SuperClassWriter::writeData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1);
1560//                    SuperClassWriter::writeData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1561//                    SuperClassWriter::writeData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1);
1562//                  }
1563//                  break;
1564//                }
1565//                case (ONE_FILE) :
1566//                {
1567//                   std::vector<StdSize> start(2) ;
1568//                   std::vector<StdSize> count(2) ;
1569//                   if (domain->isEmpty())
1570//                   {
1571//                     start[0]=0 ; start[1]=0 ;
1572//                     count[0]=0 ; count[1]=0 ;
1573//                   }
1574//                   else
1575//                   {
1576//                     start[1]=domain->zoom_ibegin_srv-domain->zoom_ibegin.getValue() ; start[0]=domain->zoom_jbegin_srv-domain->zoom_jbegin.getValue() ;
1577//                     count[1]=domain->zoom_ni_srv ; count[0]=domain->zoom_nj_srv ;
1578//                   }
1579//
1580//                   SuperClassWriter::writeData(field_data2D, fieldid, isCollective, field->getNStep()-1,&start,&count);
1581//                   if (wtime)
1582//                   {
1583//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data, timeAxisId, isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
1584//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter, string("time_counter"), isCollective, field->getNStep()-1,isRoot);
1585//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_counter_bound, timeBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1586//                     SuperClassWriter::writeTimeAxisData(time_data_bound, timeAxisBoundId, isCollective, field->getNStep()-1, isRoot);
1587//                   }
1588//                   break;
1589//
1590//                }
1591//              }
1592//           }
1593//         }
1594//         catch (CNetCdfException& e)
1595//         {
1596//           StdString msg("On writing field data: ");
1597//           msg.append(fieldid); msg.append("\n");
1598//           msg.append("In the context : ");
1599//           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1600//           msg.append(e.what());
1601//           ERROR("CNc4DataOutput::writeFieldData_ (CField*  field)", << msg);
1602//         }
1603//      }
1604
1605      //---------------------------------------------------------------
1606
1607      void CNc4DataOutput::writeTimeAxis_
1608                  (CField*    field,
1609                   const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)
1610      {
1611         StdOStringStream oss;
1612
1613//         if (field->operation.getValue().compare("once") == 0) return ;
1614         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::once) return ;
1615
1616//         oss << "time_" << field->operation.getValue()
1617//             << "_" << field->getRelFile()->output_freq.getValue();
1618
1619//         StdString axisid = oss.str();
1620//         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::centered) axisid="time_centered" ;
1621//         else if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant) axisid="time_instant" ;
1622
1623         StdString axisid("time_centered") ;
1624         StdString axisBoundId("time_centered_bounds");
1625         StdString timeid("time_counter");
1626         StdString timeBoundId("axis_nbounds");
1627
1628         if (field->foperation->timeType() == func::CFunctor::instant)
1629         {
1630            axisid = "time_instant";
1631            axisBoundId = "time_instant_bounds";
1632         }
1633
1634         try
1635         {
1636          // Adding time_instant or time_centered
1637           std::vector<StdString> dims;
1638           dims.push_back(timeid);
1639           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1640           {
1641              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1642
1643              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1644              StdOStringStream oss2;
1645  //            oss2<<initDate.getYear()<<"-"<<initDate.getMonth()<<"-"<<initDate.getDay()<<" "
1646  //                <<initDate.getHour()<<"-"<<initDate.getMinute()<<"-"<<initDate.getSecond() ;
1647              StdString strInitdate=oss2.str() ;
1648              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1649              this->writeTimeAxisAttributes
1650                 (axisid, cal->getType(),
1651                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1652                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1653           }
1654
1655           // Adding time_instant_bounds or time_centered_bounds variables
1656           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1657           {
1658              dims.clear() ;
1659              dims.push_back(timeid);
1660              dims.push_back(timeBoundId);
1661              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1662           }
1663
1664           // Adding time_counter
1665           axisid = "time_counter" ;
1666           axisBoundId = "time_counter_bounds" ;
1667           dims.clear() ;
1668           dims.push_back(timeid);
1669           if (!SuperClassWriter::varExist(axisid))
1670           {
1671              SuperClassWriter::addVariable(axisid, NC_DOUBLE, dims);
1672              SuperClassWriter::addAttribute("axis", string("T"), &axisid);
1673              CDate timeOrigin=cal->getTimeOrigin() ;
1674              StdString strTimeOrigin=timeOrigin.toString() ;
1675
1676              this->writeTimeAxisAttributes
1677                 (axisid, cal->getType(),
1678                  StdString("seconds since ").append(strTimeOrigin),
1679                  strTimeOrigin, axisBoundId);
1680           }
1681
1682           // Adding time_counter_bound dimension
1683           if (!SuperClassWriter::varExist(axisBoundId))
1684           {
1685              dims.clear();
1686              dims.push_back(timeid);
1687              dims.push_back(timeBoundId);
1688              SuperClassWriter::addVariable(axisBoundId, NC_DOUBLE, dims);
1689           }
1690         }
1691         catch (CNetCdfException& e)
1692         {
1693           StdString msg("On writing time axis data: ");
1694           msg.append("In the context : ");
1695           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1696           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1697           msg.append(e.what());
1698           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxis_ (CField*    field, \
1699                  const boost::shared_ptr<CCalendar> cal)", << msg);
1700         }
1701      }
1702
1703      //---------------------------------------------------------------
1704
1705      void CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1706                                                   const StdString & calendar,
1707                                                   const StdString & units,
1708                                                   const StdString & time_origin,
1709                                                   const StdString & time_bounds,
1710                                                   const StdString & standard_name,
1711                                                   const StdString & long_name)
1712      {
1713         try
1714         {
1715           SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1716           SuperClassWriter::addAttribute("long_name",     long_name    , &axis_name);
1717           SuperClassWriter::addAttribute("calendar",      calendar     , &axis_name);
1718           SuperClassWriter::addAttribute("units",         units        , &axis_name);
1719           SuperClassWriter::addAttribute("time_origin",   time_origin  , &axis_name);
1720           SuperClassWriter::addAttribute("bounds",        time_bounds  , &axis_name);
1721         }
1722         catch (CNetCdfException& e)
1723         {
1724           StdString msg("On writing time axis Attribute: ");
1725           msg.append("In the context : ");
1726           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1727           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1728           msg.append(e.what());
1729           ERROR("CNc4DataOutput::writeTimeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1730                                                          const StdString & calendar,\
1731                                                          const StdString & units, \
1732                                                          const StdString & time_origin, \
1733                                                          const StdString & time_bounds, \
1734                                                          const StdString & standard_name, \
1735                                                          const StdString & long_name)", << msg);
1736         }
1737      }
1738
1739      //---------------------------------------------------------------
1740
1741      void CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name,
1742                                               const StdString & axis,
1743                                               const StdString & standard_name,
1744                                               const StdString & long_name,
1745                                               const StdString & units,
1746                                               const StdString & nav_model)
1747      {
1748         try
1749         {
1750          if (!axis.empty())
1751            SuperClassWriter::addAttribute("axis"       , axis         , &axis_name);
1752
1753          SuperClassWriter::addAttribute("standard_name", standard_name, &axis_name);
1754          SuperClassWriter::addAttribute("long_name"    , long_name    , &axis_name);
1755          SuperClassWriter::addAttribute("units"        , units        , &axis_name);
1756          SuperClassWriter::addAttribute("nav_model"    , nav_model    , &axis_name);
1757         }
1758         catch (CNetCdfException& e)
1759         {
1760           StdString msg("On writing Axis Attribute: ");
1761           msg.append("In the context : ");
1762           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1763           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1764           msg.append(e.what());
1765           ERROR("CNc4DataOutput::writeAxisAttributes(const StdString & axis_name, \
1766                                                      const StdString & axis, \
1767                                                      const StdString & standard_name, \
1768                                                      const StdString & long_name, \
1769                                                      const StdString & units, \
1770                                                      const StdString & nav_model)", << msg);
1771         }
1772      }
1773
1774      //---------------------------------------------------------------
1775
1776      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes
1777         (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)
1778      {
1779        try
1780        {
1781         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ibegin").append(domid), ibegin);
1782         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("ni"    ).append(domid), ni);
1783         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("jbegin").append(domid), jbegin);
1784         SuperClassWriter::addAttribute(StdString("nj"    ).append(domid), nj);
1785        }
1786        catch (CNetCdfException& e)
1787        {
1788           StdString msg("On writing Local Attributes: ");
1789           msg.append("In the context : ");
1790           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1791           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1792           msg.append(e.what());
1793           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes \
1794                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, StdString domid)", << msg);
1795        }
1796
1797      }
1798
1799      void CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL(const StdString& dimXid, const StdString& dimYid,
1800                                                       int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)
1801      {
1802         CArray<int,1> array(2) ;
1803
1804         try
1805         {
1806           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number_total",size ) ;
1807           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_number", rank) ;
1808           array = SuperClassWriter::getDimension(dimXid) + 1, SuperClassWriter::getDimension(dimYid) + 1;
1809           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_dimensions_ids",array) ;
1810           array=ni_glo,nj_glo ;
1811           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_global", array) ;
1812           array=ni,nj ;
1813           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_size_local", array) ;
1814           array=ibegin,jbegin ;
1815           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_first", array) ;
1816           array=ibegin+ni-1,jbegin+nj-1 ;
1817           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_position_last",array) ;
1818           array=0,0 ;
1819           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_start", array) ;
1820           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_halo_size_end", array);
1821           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_type",string("box")) ;
1822  /*
1823           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N001",string("x")) ;
1824           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N002",string("y")) ;
1825           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N003",string("axis_A")) ;
1826           SuperClassWriter::addAttribute("DOMAIN_DIM_N004",string("time_counter")) ;
1827  */
1828         }
1829         catch (CNetCdfException& e)
1830         {
1831           StdString msg("On writing Local Attributes IOIPSL \n");
1832           msg.append("In the context : ");
1833           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1834           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1835           msg.append(e.what());
1836           ERROR("CNc4DataOutput::writeLocalAttributes_IOIPSL \
1837                  (int ibegin, int ni, int jbegin, int nj, int ni_glo, int nj_glo, int rank, int size)", << msg);
1838         }
1839      }
1840      //---------------------------------------------------------------
1841
1842      void CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name,
1843                                                const StdString & description,
1844                                                const StdString & conventions,
1845                                                const StdString & production,
1846                                                const StdString & timeStamp)
1847      {
1848         try
1849         {
1850           SuperClassWriter::addAttribute("name"       , name);
1851           SuperClassWriter::addAttribute("description", description);
1852           SuperClassWriter::addAttribute("title"      , description);
1853           SuperClassWriter::addAttribute("Conventions", conventions);
1854           SuperClassWriter::addAttribute("production" , production);
1855           SuperClassWriter::addAttribute("timeStamp"  , timeStamp);
1856         }
1857         catch (CNetCdfException& e)
1858         {
1859           StdString msg("On writing File Attributes \n ");
1860           msg.append("In the context : ");
1861           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1862           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1863           msg.append(e.what());
1864           ERROR("CNc4DataOutput:: writeFileAttributes(const StdString & name, \
1865                                                const StdString & description, \
1866                                                const StdString & conventions, \
1867                                                const StdString & production, \
1868                                                const StdString & timeStamp)", << msg);
1869         }
1870      }
1871
1872      //---------------------------------------------------------------
1873
1874      void CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name,
1875                                               int data_dim,
1876                                               int data_ni,
1877                                               int data_nj,
1878                                               int data_ibegin,
1879                                               int data_jbegin)
1880      {
1881         try
1882         {
1883           SuperClassWriter::addAttribute("data_dim"   , data_dim   , &mask_name);
1884           SuperClassWriter::addAttribute("data_ni"    , data_ni    , &mask_name);
1885           SuperClassWriter::addAttribute("data_nj"    , data_nj    , &mask_name);
1886           SuperClassWriter::addAttribute("data_ibegin", data_ibegin, &mask_name);
1887           SuperClassWriter::addAttribute("data_jbegin", data_jbegin, &mask_name);
1888         }
1889         catch (CNetCdfException& e)
1890         {
1891           StdString msg("On writing Mask Attributes \n ");
1892           msg.append("In the context : ");
1893           CContext* context = CContext::getCurrent() ;
1894           msg.append(context->getId()); msg.append("\n");
1895           msg.append(e.what());
1896           ERROR("CNc4DataOutput::writeMaskAttributes(const StdString & mask_name, \
1897                                               int data_dim, \
1898                                               int data_ni, \
1899                                               int data_nj, \
1900                                               int data_ibegin, \
1901                                               int data_jbegin)", << msg);
1902         }
1903      }
1904
1905      ///--------------------------------------------------------------
1906
1907} // namespace xios
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.